Name: On-Tether Sülfonyum Merkezi Kullanarak Döngüsel Peptitlerin Oluşturulması (Video) | JoVE Journal
Uploaded: 2022-09-28T13:30:00.000+00:00
Duration: 7 min 11 s
Description: Keşfedin, sülfonyum merkezi kullanarak sistein ve metiyonin arasındaki bisalkilasyon ile döngüsel peptit sentezi yöntemini. Bu Met-katalizörsüz teknik, peptid stabilizasyonu için hızlı ve verimli bir yaklaşım sunar.

ai_agent_IP

ai_agent

maintenance

instantTrialDurationMinutes

isBiopharma

enableNewMyJoveSectionDesign

educationFeatures

seoMetaApi

ai_copilot_institution_blacklist

ai_chat_institution_blacklist

freeAccessWindow

ssoRoleCapture

scheduledMaintenanceBanner

joveLabsFeatures

disable_autoplay_for_bots

extended_trial_duration

5 minutes

Çin Ulusal Anahtar Ar-Ge Programı'nın (2021YFC2103900) finansal desteğini kabul ediyoruz; Çin Doğa Bilimleri Vakfı hibe (21778009 ve 21977010); Guangdong Eyaleti Doğa Bilimleri Vakfı (2022A1515010996 ve 2020A1515010521): Shenzhen Bilim ve Teknoloji İnovasyon Komitesi, (RCJC20200714114433053, JCYJ201805081522131455 ve JCYJ20200109140406047); ve Shenzhen-Hong Kong Beyin Bilimi Enstitüsü-Shenzhen Temel Araştırma Kurumları hibesi (2019SHIBS0004). Yazarlar, referans 30 için Chemical Science, The Royal Society of Chemistry ve referans 31 için The Journal of Organic Chemistry, American Chemical Society'den dergi desteğini kabul etmektedir.

1. Ekipman hazırlığı
DİKKAT: Morfolin, N, N-dimetilformamid (DMF), diklorometan (DCM), N, N-diizopropilelamin (DIPEA), TFA, morfolin, piperidin, dietil eter ve metanol toksik, uçucu ve aşındırıcıdır. Bu reaktifler insan vücuduna soluma, yutma veya cilt teması yoluyla zarar verebilir. Tüm kimyasal deneyler için, tek kullanımlık eldivenler, deneysel paltolar ve koruyucu gözlükler dahil olmak üzere koruyucu ekipman kullanın.
<ol><li>Rink-amid 4-metilbenzhidrilamin (MBHA) reçinesi üzerindeki tüm peptid substratlarını, Şekil 1'de gösterildiği gibi standart manuel Fmoc bazlı katı faz peptid sentezi (SPPS)29 ile oluşturun.</li>
	<li>Lineer peptitler oluşturmak için iki seçenekten birini kullanın: birincisi, yoğuşma ajanı 2-(7-azabenzotriazol-1-yl)-N,N, N',N'-tetrametiluronyum hekzaflorofosfat (HATU) ve bir PIPEA reaktifi kullanarak peptidi sentezleyin; veya iki, amid yoğuşma reaktifi olarak 1-hidroksibenzotriazol (HOBT) ve N, N'-diizopropilkarbodiimid (DIC) kullanarak sentezleyin. Peptitin sırasına göre peptid sentezi için uygun bir protokol seçin.</li>
	<li>Manuel bir peptit sentez cihazı kurmak için, bir duman davlumbazına modifiye edilmiş vakum katı faz ekstraksiyon ekipmanı kurun ve üç yönlü bir stopcock ile bağlayın. Ardından, azot (N2) gazına bağlıyken ekipmanın üzerine bir polipropilen filtre kartuşu veya cam reaktör yerleştirin. NOT: Vakumlu katı faz ekstraksiyon ekipmanını değiştirmek için, ekstraksiyon tüpünü çıkarın ve vakumla kapatılmış sistemi saklayın.</li>
	<li>MBHA reçinesini reçine dolu sütunlara yükleyin ve DMF'de çözün. Üç tıpaların anahtarınıN2 köpürmesi için ayarlayın ve ardından bir vakum sistemine bağlı çalışan bir pompa kullanarak kolondaki çözücüyü çıkarın. Aşağıdaki formülü kullanarak gerekli amino asit veya yoğuşma maddesi miktarını hesaplayın: Amino asit (g) ve yoğuşma maddesi (g) = reçine ölçeği (g) × reçine yükleme kapasitesi (mM/g) × eşdeğeri (5 eq) × moleküler ağırlık (g/M) NOT: Kaplin peptidinin uzunluğuna göre yüklenen reçine miktarını seçin. Daha tam reaksiyona girmek için amino asitlerin çoklu eşdeğerleri (eq) kullanılır. Sıvı çözücülerin yoğunluğa göre hacme dönüştürülmesi gerekir. 5 eq, hesaplanan bileşiğin giriş miktarının beş kat arttığını gösterir.</li>
</ol>2. Reçine hazırlama
NOT: Kaplin peptidinin uzunluğuna göre yüklenen reçine miktarını seçin.
<ol><li>Bir kolona (20 mL rezervuar) 302 mg Rink-amid MBHA reçinesini (0,331 mM/g yüklü) tartın. Reçineyi 30 dakika boyunca köpüren N2 altında şişirmek için sütuna 5-10 mL DCM veya DMF ekleyin.</li>
	<li>Ardından, N2 anahtarını kapatın ve ardından çözücüyü çıkarmak için vakum pompası emme anahtarını açın. Daha sonra, reçineleri sırayla DCM (5-10 mL) ve DMF (5-10 mL) 5x ile yıkayın.</li>
</ol>3. N-terminal Fmoc korumasından arındırma
NOT: Morfolin ile korumanın kaldırılması 30 dakika gerektirir ve piperidin ile korumanın kaldırılması 5 dakika sürer.
<ol><li>N-terminal 9-floresilmetiloksikarbonil (Fmoc) deproteksiyon çözeltisini hazırlayın: Fmoc grubu deproteksiyonu için bir cam kapta DMF'de yeterli hacimde (500 mL) %20 (v/v) piperidin veya %50 (v/v) morfolin hazırlayın.</li>
	<li>Kolona 10 mL deproteksiyon çözeltisi ekleyin, kabarcık N2'yi çözeltiye 30 dakika veya 5 dakika 2x ekleyin ve deprotection prosedürlerini 2x tekrarlayın.</li>
	<li>Çözeltiyi bir vakum pompası ile boşaltın ve reçineyi sırayla DCM (5-10 mL) ve DMF (5-10 mL) 5x ile yıkayın.</li>
	<li>Kaplin adımından önce Fmoc grubunun yokluğunu doğrulamak için reçineyi her korumadan sonra% 5 ninhidrin (Kaiser testi) ile koyu sarı renkli bir çözelti olarak tespit edin. Ayrıntılı olarak, az miktarda reçineye 1 mL DMF ekleyin ve reçine rengindeki değişiklikleri değerlendirmek için 3 dakika boyunca 130 ° C'de ısıtılan bir cam tüpe 200 μL% 5 ninhidrin ekleyin.</li>
	<li>Çözeltiyi bir vakum pompası ile boşaltın ve reçineyi sırayla DCM (5-10 mL) ve DMF (5-10 mL) 5x ile yıkayın.</li>
</ol>4. Lineer peptidin bağlanması (Şekil 2)
NOT: Sentetik peptit dizileri iki veya daha fazla tekrar eden birim içerdiğinde, bağlantı prosedürü doğrudan Fmoc-AA-OH veya Fmoc-AAA-OH gibi amino asit tipi seçilerek gerçekleştirilebilir. Sterik engele sahip bazı özel amino asitler ve daha uzun amino asit dizilerine sahip peptitler, bağlantı için reaksiyon süresini uygun şekilde uzatmak için gereklidir.
<ol><li>Tek bir bağlantı adımı için, örnek olarak Cys kalıntısının bağlanmasını alın (300 mg reçine ölçeklerini sentezleyin). Bir polipropilen tüp içinde Fmoc-Cys (Trt)-OH (5 eq, 292 mg) ve HATU (5 eq, 206 mg) veya Fmoc-Cys (Trt)-OH (5 eq, 292 mg) ve HOBT (5 eq, 106 mg) içeren bir karışım çözeltisi hazırlayın ve 3 mL DMF içinde çözün.</li>
	<li>Amino asidi aktive etmek için Cys çözeltisine 173 μL DIPEA (10 eq) veya 154 μL DIC (10 eq) ekleyin. Karışımın 1 dakika boyunca önceden aktive olmasına izin verin. Karışımı reçine ile sütuna ekleyin ve 2 saat boyunca N2 ile kabarcıklayın. NOT: Gereken spesifik reaksiyon süresi,% 5 ninhidrini tespit etmek için standartlaştırılmalıdır.</li>
	<li>Birleştirmeden sonra, az miktarda reçineye 1 mL DMF ekleyin ve 3 dakika boyunca 130 ° C'de ısıtılmış bir cam tüpe 200 μL% 5 ninhidrin ekleyin. Deprotection adımından önce serbest bir amino grubunun yokluğunu doğrulamak için reçinenin renksizliğe dönüşmesini gözlemleyin.</li>
	<li>Çözeltiyi bir vakum pompası kullanarak boşaltın ve reçineyi DCM (5-10 mL) ve DMF (5-10 mL) 5x ile sırayla yıkayın.</li>
	<li>Kolona 10 mL deproteksiyon çözeltisi ekleyin, 30 dakika veya 5 dakika 2x için N 2 ile kabarcık ekleyin, taze çözelti ekleyin ve korumasızlık prosedürlerini2x tekrarlayın.</li>
	<li>Aşağıdaki adımları tekrarlayın: Fmoc grubunun korumasını kaldırma; reçine korumasının azaltılmasını tespit etmek; reçineyi yıkamak; amino asidin bağlanması; bağlantı reaksiyonunu algılama. Tüm peptitler sentezlenene kadar bağlantı adımını tekrarlayın. NOT: Korumasızlaştırmanın her adımının tamamlanıp tamamlanmadığını veya amino asit bağlantısının her adımının eksiksiz olup olmadığını izlemek için Kaiser testini kullanın. Alternatif olarak, az miktarda peptit reçineden ayrılabilir ve başarılı bir bağlantı için LC-MS tarafından kontrol edilebilir.</li>
</ol>5. Met ve Cys arasında bisalkilasyon (Şekil 3)
<ol><li>4.1-4.6 adımlarını tekrarlayarak Met ve Cys ile doğrusal bir peptit oluşturun. Dehidrasyon için reçineli kolona 10 mL susuz metanol ekleyin ve doğrusal peptit bağlantısından sonra bir sonraki kullanım içinN2 ile kurutun (tekrar 2x).</li>
	<li>Önceki adımda elde edilen reçinenin 100 mg'ını bir kolona (20 mL rezervuar) tartın ve reçineyi kaplin adımından önce DCM (5-10 mL) ve DMF (5-10 mL) ile yıkayın.</li>
	<li>Cys trt(trityl) koruma grubunu çıkarmak için bir çözelti hazırlayın. Koruyucu grubu çıkarmak için bir cam kapta yeterli miktarda (100 mL) TFA/TIS/DCM (3:5:92) karışımı hazırlayın.</li>
	<li>Koruma grubunu 10 dakika boyunca kaldırmak için sütuna 5-10 mL TFA/TIS/DCM (3:5:92) çözeltisi ekleyin. Sarı renk tamamen kaybolana kadarN2 köpürerek altı kez tekrarlayın.</li>
	<li>Çözeltiyi bir vakum pompası ile boşaltın ve reçineyi sırayla DCM (5-10 mL) ve DMF (5-10 mL) 5x ile yıkayın.</li>
	<li>Korumasız Cys ile reaksiyona girmek için bir çözelti hazırlayın. Korumasız Cys ile reaksiyona girmek için di-halojenli bağlayıcı (2 eq) ve DIPEA (4 eq) dahil olmak üzere yeterli miktarda (50 mL) karışım çözeltisi (DMF) hazırlayın.</li>
	<li>N2 köpürme ile en az 3 saat boyunca korumasız Cys ile reaksiyona girmek için kolona 5-10 mL reaksiyon çözeltisi ekleyin. Susuz metanol ile kurutun ve bir sonraki kullanım içinN2 ile kurutun.</li>
	<li>Çözeltiyi bir vakum pompası ile boşaltın ve reçineyi sırayla DCM (5-10 mL) ve DMF (5-10 mL) 5x ile yıkayın.</li>
	<li>Peptit siklizasyonu için bir çözelti hazırlayın: peptid siklizasyonu için duman davlumbazındaki bir cam kapta yeterli miktarda (20mL) TFA karışımı (TFA: TIS: H 2 O = 95: 2.5: 2.5) hazırlayın.</li>
	<li>Polipropilen tüpe 5-10 mL TFA karışım çözeltisi ekleyin ve reçineyi TFA kokteylinin altında 3 saat boyunca bölün. DİKKAT: TFA oldukça aşındırıcı ve tahriş edicidir; peptid bölünme işlemi bir duman davlumbazında yapılmalıdır.</li>
	<li>Ters faz sıvı faz saflaştırma (HPLC) ile doğrusal bir peptit çözeltisi elde etmek için 7.1-7.5 adımlarını uygulayın. Bir sonraki kullanım için çözeltiyi dondurarak kurutun.</li>
</ol>6. Propargyl sülfonyum tuzu siklizasyonu (Şekil 4)
<ol><li>4.1-4.6 adımlarını tekrarlayarak Met ve Cys ile doğrusal bir peptit oluşturun. Dehidrasyon için reçine ile kolona 10 mL susuz metanol ekleyin ve doğrusal peptit bağlantısından sonra bir sonraki kullanım için N2 ile kurutun (iki kez tekrarlayın).</li>
	<li>Önceki adımda elde edilen reçinenin 100 mg'ını bir kolona (20 mL rezervuar) tartın ve reçineyi kaplin adımından önce DCM (5-10 mL) ve DMF (5-10 mL) ile yıkayın.</li>
	<li>HPLC ile doğrusal bir peptit çözeltisi elde etmek için 7.1-7.5 adımlarını uygulayın ve bir sonraki kullanım için numuneyi belirtildiği gibi dondurarak kurutun.</li>
	<li>% 1'lik bir HCOOH sulu çözelti (hacim olarak) ve 1.0 mM propargil bromür (5 eq) hazırlayın ve Met peptid çözeltisine ekleyin (0.2 mM, 1 eq; 0.2 mL MeCN / H2O [1: 1, v / v]).</li>
	<li>Daha sonra, Met ve propargil bromürün bağlantı reaksiyonunu oda sıcaklığında 12 saat boyunca sallayın.</li>
	<li>Reaksiyondan sonra, ürünü asetonitril içinde bir polipropilen tüp içinde çözün ve 0.22 μmfilter membrandan süzün. Daha sonra, çözeltiyi hemen ters fazlı HPLC ile saflaştırın ve bir sonraki kullanım için dondurarak toz haline getirin.</li>
	<li>Son adımda, propargil bromür içeren peptidi bir polipropilen tüpe ekleyin, (NH4)2CO3 çözeltisi ekleyerek reaksiyon çözeltisi pH'ını 8.0'da tutun ve reaksiyon karışımını 12 saat boyunca 37 ° C'de çalkalayın. Bu adım, propargil sülfonyum tuzunun siklik peptidini elde eder.</li>
	<li>Son reaksiyon karışımını toplayın: asetonitril içinde bir polipropilen tüp içinde çözün ve 0,22 μm'lik bir filtre zarından süzün. Daha sonra, çözeltiyi hemen ters fazlı HPLC ile saflaştırın ve bir sonraki kullanım için dondurarak toz haline getirin.</li>
</ol>7. Siklik peptitlerin saflaştırılması
<ol><li>4.1-4.6 adımlarını tekrarlayarak Rink-amid MBHA reçinesi üzerinde doğrusal peptit substratları oluşturun. Dehidrasyon için reçineli kolona 10 mL susuz metanol ekleyin ve doğrusal peptit bağlantısından sonra bir sonraki kullanım için N2 ile kurutun (iki kez tekrarlayın).</li>
	<li>Duman davlumbazında yeterli miktarda bölünme kokteyli (TFA / H 2 O / TIS, v / v / v, 95: 2.5:2.5) hazırlayın. Polipropilen tüpe 1-5 mL TFA karışım çözeltisi ekleyin ve reçineyi TFA kokteylinin altında 3 saat boyunca bölün.</li>
	<li>Daha sonra, reçineyi sütundakiN2'lik bir buhar altında sırayla kurulayın. Alternatif olarak, reçineyi filtrelemek ve peptid çözeltisini toplamak için bir filtre cihazı kullanın. Daha sonra, peptidi çökeltmek için peptid çözeltisine 20 mL eter ekleyin, 5 dakika boyunca 3.500 x g'de santrifüj yapın ve iki kez tekrarlayın. Ham peptit çökeltiyi toplayın ve bir sonraki adım içinN2 akışı altında kurutun.</li>
	<li>200 mg ham peptidi bir polipropilen tüp içinde 4 mL asetonitril su çözeltisi içinde çözün ve 0.22 μm'lik bir filtreden süzün. Peptiti bir HPLC şişe ekine aktarın. Kesici ucu, C18 5 μm, 4,6 mm x 250 mm sütun ve 1 mL enjeksiyon döngüsü ile donatılmış yarı hazırlıklı ters fazlı HPLC sisteminin otomatik numune alma cihazına yerleştirin.</li>
	<li>254 nm'de UV kullanarak HPLC spektrumlarını izlerken, 30 dakika boyunca% 0.1 TFA ile% 5-95 asetonitril gradyan programı kullanarak peptidi saflaştırın ve izole edin. Peptit moleküler ağırlığını LC-MS ile onaylayın, peptidin çözeltisini toplayın ve bir sonraki kullanım için toz haline getirerek dondurarak kurutun.</li>
</ol>

<ol><li>Arkin, M. R., Tang, Y. Y., Wells, J. A. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Small-molecule+inhibitors+of+protein-protein+interactions%3A+Progressing+toward+the+reality%5BTitle%5D)+AND+%22Chemistry+Biology%22%5BJournal%5D)">Small-molecule inhibitors of protein-protein interactions: Progressing toward the reality.</a> Chemistry Biology. 21 (9), 1102-1114 (2014).</li>
<li>Shi, X. D., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Reversible+stapling+of+unprotected+peptides+via+chemoselective+methionine+bis-alkylation%2Fdealkylation%5BTitle%5D)+AND+%22Chemical+Science%22%5BJournal%5D)">Reversible stapling of unprotected peptides via chemoselective methionine bis-alkylation/dealkylation.</a> Chemical Science. 9 (12), 3227-3232 (2018).</li>
<li>Muttenthaler, M., King, G. F., Adams, D. J., Alewood, P. F. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Trends+in+peptide+drug+discovery%5BTitle%5D)+AND+%22Nature+Reviews+Drug+Discovery%22%5BJournal%5D)">Trends in peptide drug discovery.</a> Nature Reviews Drug Discovery. 20 (4), 309-325 (2021).</li>
<li>White, C. J., Yudin, A. K. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Contemporary+strategies+for+peptide+macrocyclization%5BTitle%5D)+AND+%22Nature+Chemistry%22%5BJournal%5D)">Contemporary strategies for peptide macrocyclization.</a> Nature Chemistry. 3 (7), 509-524 (2011).</li>
<li>Victoria, G. G., Reddy, S. R. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Recent+advances+in+the+synthesis+of+organic+chloramines+and+their+insights+into+health+care%5BTitle%5D)+AND+%22New+Journal+of+Chemistry%22%5BJournal%5D)">Recent advances in the synthesis of organic chloramines and their insights into health care.</a> New Journal of Chemistry. 45, 8386-8408 (2021).</li>
<li>Kim, J. I., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Conformation+and+stereoselective+reduction+of+hapten+side+chains+in+the+antibody+combining+site%5BTitle%5D)+AND+%22Journal+of+the+American+Chemical+Society%22%5BJournal%5D)">Conformation and stereoselective reduction of hapten side chains in the antibody combining site.</a> Journal of the American Chemical Society. 113 (24), 9392-9394 (1991).</li>
<li>Waddington, M. A., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((An+organometallic+strategy+for+cysteine+borylation%5BTitle%5D)+AND+%22Journal+of+the+American+Chemical+Society%22%5BJournal%5D)">An organometallic strategy for cysteine borylation.</a> Journal of the American Chemical Society. 143 (23), 8661-8668 (2021).</li>
<li>Luong, H. X., Bui, H. T. P., Tung, T. T. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Application+of+the+all-hydrocarbon+stapling+technique+in+the+design+of+membrane-active+peptides%5BTitle%5D)+AND+%22Journal+of+Medicinal+Chemistry%22%5BJournal%5D)">Application of the all-hydrocarbon stapling technique in the design of membrane-active peptides.</a> Journal of Medicinal Chemistry. 65 (4), 3026-3045 (2022).</li>
<li>Góngora-Benítez, M., Tulla-Puche, J., Albericio, F. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Multifaceted+roles+of+disulfide+bonds.+peptides+as+therapeutics%5BTitle%5D)+AND+%22Chemical+Reviews%22%5BJournal%5D)">Multifaceted roles of disulfide bonds. peptides as therapeutics.</a> Chemical Reviews. 114 (2), 901-926 (2014).</li>
<li>Li, B., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Cooperative+stapling+of+native+peptides+at+lysine+and+tyrosine+or+arginine+with+formaldehyde%5BTitle%5D)+AND+%22Angewandte+Chemie+International+Edition%22%5BJournal%5D)">Cooperative stapling of native peptides at lysine and tyrosine or arginine with formaldehyde.</a> Angewandte Chemie International Edition. 60 (12), 6646-6652 (2021).</li>
<li>Blaum, B. S., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Lysine+and+arginine+side+chains+in+glycosaminoglycan-protein+complexes+investigated+by+NMR%2C+cross-Linking%2C+and+mass+spectrometry%3A+a+case+study+of+the+factor+h-heparin+Interaction%5BTitle%5D)+AND+%22Journal+of+the+American+Chemical+Society%22%5BJournal%5D)">Lysine and arginine side chains in glycosaminoglycan-protein complexes investigated by NMR, cross-Linking, and mass spectrometry: a case study of the factor h-heparin Interaction.</a> Journal of the American Chemical Society. 132 (18), 6374-6381 (2010).</li>
<li>Petitdemange, R., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Selective+tuning+of+elastin-like+polypeptide+properties+via+methionine+oxidation%5BTitle%5D)+AND+%22Biomacromolecules%22%5BJournal%5D)">Selective tuning of elastin-like polypeptide properties via methionine oxidation.</a> Biomacromolecules. 18 (2), 544-550 (2016).</li>
<li>Kadlcik, V., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Reductive+modification+of+a+methionine+residue+in+the+amyloid-beta+peptide%5BTitle%5D)+AND+%22Angewandte+Chemie+International+Edition%22%5BJournal%5D)">Reductive modification of a methionine residue in the amyloid-beta peptide.</a> Angewandte Chemie International Edition. 45 (16), 259(2006).</li>
<li>Reguera, L., Rivera, D. G. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Multicomponent+reaction+toolbox+for+peptide+macrocyclization+and+stapling%5BTitle%5D)+AND+%22Chemical+Reviews%22%5BJournal%5D)">Multicomponent reaction toolbox for peptide macrocyclization and stapling.</a> Chemical Reviews. 119 (17), 9836-9860 (2019).</li>
<li>Reddy, C. B. R., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Antiviral+activity+of+3-%281-chloropiperidin-4-yl%29-6-fluoro+benzisoxazole+2+against+white+spot+syndrome+virus+in+freshwater+crab%2C+Paratelphusa+hydrodomous%5BTitle%5D)+AND+%22Aquaculture+Research%22%5BJournal%5D)">Antiviral activity of 3-(1-chloropiperidin-4-yl)-6-fluoro benzisoxazole 2 against white spot syndrome virus in freshwater crab, Paratelphusa hydrodomous.</a> Aquaculture Research. 47 (8), 2677-2681 (2015).</li>
<li>Embaby, A. M., Schoffelen, S., Kofoed, C., Meldal, M., Diness, F. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Rational+tuning+of+fluorobenzene+probes+for+cysteine-selective+protein+modification%5BTitle%5D)+AND+%22Angewandte+Chemie+International+Edition%22%5BJournal%5D)">Rational tuning of fluorobenzene probes for cysteine-selective protein modification.</a> Angewandte Chemie International Edition. 57 (27), 8022-8026 (2018).</li>
<li>Jiang, H. F., Chen, W. J., Wang, J., Zhang, R. S. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Selective+N-terminal+modification+of+peptides+and+proteins%3A+recent+progresses+and+applications%5BTitle%5D)+AND+%22Chinese+Chemical+Letters%22%5BJournal%5D)">Selective N-terminal modification of peptides and proteins: recent progresses and applications.</a> Chinese Chemical Letters. 33 (1), 80-88 (2022).</li>
<li>Yu, Y., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((PDZ-reactive+peptide+activates+ephrin-B+reverse+signaling+and+inhibits+neuronal+chemotaxis%5BTitle%5D)+AND+%22ACS+Chemical+Biology%22%5BJournal%5D)">PDZ-reactive peptide activates ephrin-B reverse signaling and inhibits neuronal chemotaxis.</a> ACS Chemical Biology. 11 (1), 149-158 (2016).</li>
<li>Huhn, A. J., Guerra, R. M., Harvey, E. P., Bird, G. H., Walensky, L. D. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Selective+covalent+targeting+of+anti-apoptotic+BFL-1+by+cysteine-reactive+stapled+peptide+inhibitors%5BTitle%5D)+AND+%22Cell+Chemical+Biology%22%5BJournal%5D)">Selective covalent targeting of anti-apoptotic BFL-1 by cysteine-reactive stapled peptide inhibitors.</a> Cell Chemical Biology. 23 (9), 1123-1134 (2016).</li>
<li>Chow, H. Y., Zhang, Y., Matheson, E., Li, X. C. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Ligation+technologies+for+the+synthesis+of+cyclic+peptides%5BTitle%5D)+AND+%22Chemical+Reviews%22%5BJournal%5D)">Ligation technologies for the synthesis of cyclic peptides.</a> Chemical Reviews. 119 (17), 9971-10001 (2019).</li>
<li>Zhang, H. Y., Chen, S. Y. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Cyclic+peptide+drugs+approved+in+the+last+two+decades+%282001-2021%29%5BTitle%5D)+AND+%22RSC+Chemical+Biology%22%5BJournal%5D)">Cyclic peptide drugs approved in the last two decades (2001-2021).</a> RSC Chemical Biology. 3 (1), 18-31 (2021).</li>
<li>Lee, Y. J., Han, S. H., Lim, Y. B. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Simultaneous+stabilization+and+multimerization+of+a+peptide+alpha-helix+by+stapling+polymerization%5BTitle%5D)+AND+%22Macromolecular+Rapid+Communications%22%5BJournal%5D)">Simultaneous stabilization and multimerization of a peptide alpha-helix by stapling polymerization.</a> Macromolecular Rapid Communications. 37 (13), 1021-1026 (2016).</li>
<li>Karthikeyan, K., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Anti-viral+activity+of+methyl+1-chloro-7-methyl-2-propyl-1h-benzo%5Bd%5D+imidazole-5-carboxylate+against+white+spot+syndrome+virus+in+freshwater+crab+%28Paratelphusa+hydrodromous%29%5BTitle%5D)+AND+%22Aquaculture+International%22%5BJournal%5D)">Anti-viral activity of methyl 1-chloro-7-methyl-2-propyl-1h-benzo[d] imidazole-5-carboxylate against white spot syndrome virus in freshwater crab (Paratelphusa hydrodromous).</a> Aquaculture International. 30, 989-998 (2022).</li>
<li>Zhao, H., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Crosslinked+aspartic+acids+as+helix-nucleating+templates%5BTitle%5D)+AND+%22Angewandte+Chemie+International+Edition%22%5BJournal%5D)">Crosslinked aspartic acids as helix-nucleating templates.</a> Angewandte Chemie International Edition. 55 (39), 12088-12093 (2016).</li>
<li>Hu, K., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((An+in-tether+chiral+center+modulates+the+helicity%2C+cell+permeability%2C+and+target+binding+affinity+of+a+peptide%5BTitle%5D)+AND+%22Angewandte+Chemie+International+Edition%22%5BJournal%5D)">An in-tether chiral center modulates the helicity, cell permeability, and target binding affinity of a peptide.</a> Angewandte Chemie International Edition. 55 (28), 8013-8017 (2016).</li>
<li>Hu, K., Sun, C., Li, Z. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Reversible+and+versatile+on-tether+modification+of+chiral-center-induced+helical+peptides%5BTitle%5D)+AND+%22Bioconjugate+Chemistry%22%5BJournal%5D)">Reversible and versatile on-tether modification of chiral-center-induced helical peptides.</a> Bioconjugate Chemistry. 28 (7), 2001-2007 (2017).</li>
<li>Kramer, J. R., Deming, T. J. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Reversible+chemoselective+tagging+and+functionalization+of+methionine+containing+peptides%5BTitle%5D)+AND+%22Chemical+Communications%22%5BJournal%5D)">Reversible chemoselective tagging and functionalization of methionine containing peptides.</a> Chemical Communications. 49 (45), 5144-5146 (2013).</li>
<li>Shi, X. D., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Reversible+stapling+of+unprotected+peptides+via+chemoselective+methionine+bisalkylation%2Fdealkylation%5BTitle%5D)+AND+%22Chemical+Science%22%5BJournal%5D)">Reversible stapling of unprotected peptides via chemoselective methionine bisalkylation/dealkylation.</a> Chemical Science. 9 (12), 3227-3232 (2018).</li>
<li>Merrifield, B. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Solid+phase+synthesis.+Nobel+lecture%2C+8+December+1984%5BTitle%5D)+AND+%22Bioscience+Reports%22%5BJournal%5D)">Solid phase synthesis. Nobel lecture, 8 December 1984.</a> Bioscience Reports. 5 (5), 353-376 (1985).</li>
<li>Wang, D. Y., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((A+sulfonium+tethered+peptide+ligand+rapidly+and+selectively+modifies+protein+cysteine+in+vicinity%5BTitle%5D)+AND+%22Chemical+Science%22%5BJournal%5D)">A sulfonium tethered peptide ligand rapidly and selectively modifies protein cysteine in vicinity.</a> Chemical Science. 10 (19), 4966-4972 (2019).</li>
<li>Hou, Z. F., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((A+sulfonium+triggered+thiol-yne+reaction+for+cysteine+modification%5BTitle%5D)+AND+%22The+Journal+of+Organic+Chemistry%22%5BJournal%5D)">A sulfonium triggered thiol-yne reaction for cysteine modification.</a> The Journal of Organic Chemistry. 85 (3), 1698-1705 (2020).</li>
<li>Reguera, L., Rivera, D. G. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Multicomponent+reaction+toolbox+for+peptide+macrocyclization+and+stapling%5BTitle%5D)+AND+%22Chemical+Reviews%22%5BJournal%5D)">Multicomponent reaction toolbox for peptide macrocyclization and stapling.</a> Chemical Reviews. 119 (17), 9836-9860 (2019).</li>
</ol>

Yazarların açıklayacak hiçbir şeyleri yoktur.

Bu yazıda açıklanan sentetik yaklaşım, temel lineer peptitlerin ortak katı faz peptid sentez teknikleri ile oluşturulduğu peptid dizisinde Cys ve Met kullanarak siklik peptidlerin sentezlenmesi için bir yöntem sunmaktadır. Cys ve Met arasındaki siklik peptitlerin bisalkilasyonu için, tüm sentetik yol üç ana sürece ayrılabilir: reçine üzerindeki Cys'nin korunmasının azaltılması, bağlayıcının bağlanması ve bir trifloroasetik asit bölünme çözeltisinde Cys ve Met arasındaki siklikleşme. Özellikle, koruyucu grup Cys'in çıkarı...

Protein-protein etkileşimleri (PPI'lar)1, ilaç araştırma ve geliştirmede çok önemli bir rol oynamaktadır. Stabilize peptitlerin kimyasal yollarla sabit bir konformasyonla oluşturulması, PPI'ların mimetik motiflerini geliştirmek için en önemli yöntemlerden biridir2. Bugüne kadar, ÜFE'leri hedef alan birkaç siklik peptit klinik kullanım için geliştirilmiştir3. Çoğu peptit, konformasyonel entropiyi azaltmak ve metabolik stabiliteyi, hedef bağlama afinitesini ve hücre geçirgenliğini iyileştirmek için bir α-sarmal konformasyonu ile sınırlıdır 4,5. Son 2 yılda, Cys6,7, lizin8,9, triptofan 10, arginin 11 ve Met12,13'ün yan zincirleri, peptidi siklik bir konformasyona sabitlemek için doğal olmayan amino asitlere yerleştirilmiştir. Bu tür siklik peptitler benzersiz bir kimyasal alanı veya özel bölgeleri hedefleyebilir, böylece protein-peptit kovalent bağlanması14,15,16,17 oluşturmak için kovalent bir reaksiyonu tetikleyebilir. Yu ve ark. tarafından yakın zamanda yayınlanan bir raporda, peptid ligandlarının alanına bir kloroasetamid tutturulmuş ve mükemmel protein özgüllüğü18 ile kovalent bir konjugasyon reaksiyonu sağlanmıştır. Ayrıca, akrilamid ve aril sülfonil florür (ArSO2F) gibi elektrofilik savaş başlıkları, stabilize peptid kovalent inhibitörleri oluşturmak ve peptid inhibitörlerinin anti-tümör etkisini iyileştirmek için Walensky ve ark.19 tarafından peptitlere daha fazla dahil edilmiştir. Bu nedenle, protein-peptid ligandlarını kovalent olarak modifiye etmek için ek bir fonksiyonel grup tanıtmak çok önemlidir20. Bu gruplar sadece yan zincirdeki proteinlerle reaksiyona girmekle kalmaz, aynı zamanda peptid21'in ikincil yapısını da stabilize eder. Bununla birlikte, peptid ligandları tarafından indüklenen kovalent modifiye proteinlerin uygulanması, karmaşık sentetik yol ve kimyasal grupların spesifik olmayan bağlanması nedeniyle sınırlıdır22,23. Bu nedenle, siklik peptitlerin sentezi için etkili stratejiler acilen gereklidir.
 2,24,25,26 siklik peptitlerin çok yönlü stratejilerinden esinlenen bu protokol, peptitleri stabilize etmek için basit ve etkili bir yöntem geliştirmeye çalışır. Ek olarak, kararlı bir peptidin yan zincir grubunun, peptid ligandlarına mekansal olarak yakın olduğunda bir hedef protein ile kovalent olarak reaksiyona girebileceğini belirttik. Kimyasal olarak modifiye edilmiş Met'in eksikliği, 2013 yılında Deming grubu tarafından, seçici olarak modifiye edilmiş peptid metiyonin27 üretmek için yeni bir yöntem geliştirilerek dolduruldu. Bu arka plana dayanarak, Shi ve ark. bir sülfonyum tuz merkezi oluşturmak için yan zincirlerin halka kapanmasının geliştirilmesine odaklandı. Peptit ligandı hedef protein ile birleştiğinde, sülfonyum tuzu grubu, mekansal olarak yakın Cys proteini ile kovalent olarak reaksiyona girer. Son yıllarda, Shi ve ark. siklik peptid28'i stabilize etmek için yeni bir yöntem tasarladılar. Siklik peptit üzerindeki sülfonyum tuzu, geri dönüşümlü olarak Met'e indirgenmiş bir sülfhidril grubuna sahip bir indirgeyici ajan tarafından indirgenmiştir. Bununla birlikte, reaksiyon düşük verimliliğe sahipti ve bu da sonraki biyolojik uygulama çalışmalarına zararlıydı. Bu çalışmada, siklik peptidin yan zincirinde kalan tek bir sülfonyum tuzu ile bir Met-Cys ve propargil bromür-Cys halka kapatma reaksiyonu tasarlanmıştır. Sülfonyum tuzu, uzaysal yakınlık altında Cys proteini ile kovalent olarak reaksiyona giren yeni bir savaş başlığı görevi gördü. Kısaca, bir Cys ve Met mutasyona uğramış peptid, molekül içi alkilasyon ile siklize edildi ve bu da bir on-tether sülfonyum merkezinin üretilmesiyle sonuçlandı. Bu süreçte, bir yan zincir köprüsünün oluşumu siklik peptitler için kritik öneme sahipti. Genel olarak, bu protokol, basit reaksiyon koşulları ve işlemleri kullanılarak elde edilen ayrıntılı bir sülfonyum bazlı peptid siklizasyonunu tanımlar. Amaç, daha geniş biyolojik uygulamalar için potansiyel bir yöntem geliştirmektir.

<table><tbody><tr><td>1,3-bis (bromometil) -benzen</td><td>Enerji</td><td>D0215</td><td></td></tr><tr><td>1,3-Dimetilbarbitürik asit</td><td>Enerji</td><td>A46873</td><td></td></tr><tr><td>1H NMR ve HSQC</td><td>Bruker</td> <td>& nbsp; AVANCE-III 400</td><td></td></tr><tr><td>1-Hidroksibenzotriazol hidrat</td><td>Enerji</td><td>E020543</td><td></td></tr><tr><td>2- (7-azabenzotriazol-1-il) -N, N, N ', N'-tetrametiluronyum hekzaflorofosfat (HATU)</td> <td>Enerji</td><td>A1797</td><td></td></tr><tr><td>2-merkaptopiridin</td><td>Enerji</td><td>Y31130</td><td></td></tr><tr><td>6-Aminokaproik asit</td><td>Enerji</td><td>A010678</td><td></td></tr><tr><td>Asetik anhidrit</td><td>Enerji</td><td>A01021454</td><td></td></tr><tr><td>Asetonitril</td><td>Aldrich</td><td>9758</td><td></td></tr><tr><td>Amonyum karbonat</td><td>Enerji</td><td>12980</td><td></td></tr><tr><td>Diklorometan (DCM)</td><td>Enerji</td><td>W330229</td><td></td></tr><tr><td>Dijital Isıtma Soğutma Kuru Banyosu</td><td>&nbsp; Thermo Scientific</td><td>88880029</td><td></td></tr><tr><td>Diizopropiletilamin (DIPEA)</td> <td>Enerji</td><td>W320014</td><td></td></tr><tr><td>Dimetil formamid (DMF)</td> <td>Enerji</td><td>B020051</td><td></td></tr><tr><td>Ditiyotreitol</td><td>Enerji</td><td>A10027</td><td></td></tr><tr><td>Elektrosprey İyonizasyon Kütle</td><td>SHIMADZU2020</td><td>&nbsp; LC-MS2020</td><td></td></tr><tr><td>Fmoc-Ala-OH</td><td>Nanjing Peptit Biyoteknoloji Ltd</td><td>R30101</td><td></td></tr><tr><td>Fmoc-Arg (Pbf) -OH</td><td>Nanjing Peptit Biyoteknoloji Ltd</td><td>R30201</td><td></td></tr><tr><td>Fmoc-Cys (Trt) -OH</td><td>Nanjing Peptit Biyoteknoloji Ltd</td><td>R30501</td><td></td></tr><tr><td>Fmoc-gln (Trt) -OH</td><td>Nanjing Peptit Biyoteknoloji Ltd</td><td>R30601</td><td></td></tr><tr><td>Fmoc-Glu (OtBu) -OH</td><td>Nanjing Peptit Biyoteknoloji Ltd</td><td>R30701</td><td></td></tr><tr><td>Fmoc-His (Boc)-OH</td><td>Nanjing Peptit Biyoteknoloji Ltd</td><td>R30902</td><td></td></tr><tr><td>Fmoc-ile-OH</td><td>Nanjing Peptit Biyoteknoloji Ltd</td><td>R31001</td><td></td></tr><tr><td>Fmoc-Lys (Boc)-OH</td><td>Nanjing Peptit Biyoteknoloji Ltd</td><td>R31201</td><td></td></tr><tr><td>Fmoc-Met-OH</td><td>Nanjing Peptit Biyoteknoloji Ltd</td><td>R31301</td><td></td></tr><tr><td>Fmoc-Pro-OH</td><td>Nanjing Peptit Biyoteknoloji Ltd</td><td>R31501</td><td></td></tr><tr><td>Fmoc-Ser (tBu) -OH</td><td>Nanjing Peptit Biyoteknoloji Ltd</td><td>R31601</td><td></td></tr><tr><td>Fmoc-Thr (tBu) -OH</td><td>Nanjing Peptit Biyoteknoloji Ltd</td><td>R31701</td><td></td></tr><tr><td>Fmoc-Trp (Boc) -OH</td><td>Nanjing Peptit Biyoteknoloji Ltd</td><td>R31801</td><td></td></tr><tr><td>Fmoc-Tyr (tBu) -OH</td><td>Nanjing Peptit Biyoteknoloji Ltd</td><td>R31901</td><td></td></tr><tr><td>Fmoc-Val-OH</td><td>Nanjing Peptit Biyoteknoloji Ltd</td><td>R32001</td><td></td></tr><tr><td>Formik asit</td><td>Enerji</td><td>W810042</td><td></td></tr><tr><td>Yüksek Performanslı Sıvı Kromatografisi</td><td>SHIMADZU</td><td>LC-2030</td><td></td></tr><tr><td>Metanol</td><td>Aldrich</td><td>9758</td><td></td></tr><tr><td>Morfolin</td><td>Aldrich</td><td>M109062</td><td></td></tr><tr><td>N,N'-Diizopropilkarbodiimid</td><td>Enerji</td><td>B010023</td><td></td></tr><tr><td>Ninhidrin Reaktifi</td><td>Enerji</td><td>N7285</td><td></td></tr><tr><td>Propargil bromür</td><td>Enerji</td><td>W320293</td><td></td></tr><tr><td>Pist Amid MBHA reçine</td><td>Nanjing Peptid Biotech Ltd.</td><td></td><td></td></tr><tr><td>Katı Faz Ekstraksiyonu (SPE) Numune Toplama Plakaları</td><td>&nbsp; Thermo Scientific</td><td>60300-403</td><td></td></tr><tr><td>Tetrakis (trifenilfosfin) paladyum</td><td>Enerji</td><td>T1350</td><td></td></tr><tr><td>Üç musluklar</td><td>Bio-Rad</td><td>7328107</td><td></td></tr><tr><td>Trietilamin</td><td>Enerji</td><td>B010737</td><td></td></tr><tr><td>Trifloroasetik asit (TFA)</td> <td>J& K</td><td>101398</td><td></td></tr><tr><td>Triizopropilsilan (TIS)</td><td>Enerji</td><td>T1533</td><td></td></tr></tbody></table>

on-tether sülfonyum merkezi kullanarak döngüsel peptitlerin oluşturulması

Constructing Cyclic Peptides Using an On-Tether Sulfonium Center

Son yıllarda, siklik peptitler, mükemmel biyolojik aktiviteleri nedeniyle ilaç keşfi alanında giderek daha fazla dikkat çekmektedir ve sonuç olarak, şimdi klinik olarak kullanılmaktadırlar. Bu nedenle, ilaç keşfi alanındaki uygulamalarını teşvik etmek için siklik peptitleri sentezlemek için etkili stratejiler aramak çok önemlidir. Bu yazıda, on-reçine veya intramoleküler (moleküller arası) bisalkilasyon kullanılarak siklik peptitlerin etkin sentezi için ayrıntılı bir protokol sunulmaktadır. Bu protokol kullanılarak, lineer peptitler, reçine üzerinde aynı anda bağlanmış sistein (Cys) ve metiyonin (Met) ile katı faz peptid sentezinden yararlanılarak sentezlendi. Ayrıca, siklik peptitler, ayarlanabilir bir tether ve bir tether sülfonyum merkezi kullanılarak Met ve Cys arasında bisalkilasyon yoluyla sentezlendi. Tüm sentetik yol üç ana sürece ayrılabilir: reçine üzerindeki Cys'nin korunmasının azaltılması, bağlayıcının bağlanması ve bir trifloroasetik asit (TFA) bölünme çözeltisinde Cys ve Met arasındaki döngüselleşme. Ayrıca, sülfonyum merkezinin reaktivitesinden esinlenerek, tiol-yne ilavesini tetiklemek ve siklik bir peptit oluşturmak için Met'e bir propargil grubu bağlandı. Bundan sonra, ham peptitler kurutuldu ve asetonitril içinde çözüldü, ayrıldı ve daha sonra yüksek performanslı sıvı kromatografisi (HPLC) ile saflaştırıldı. Siklik peptidin moleküler ağırlığı, sıvı kromatografi-kütle spektrometresi (LC-MS) ile doğrulandı ve indirgeyici ile siklik peptid kombinasyonunun stabilitesi HPLC kullanılarak daha da doğrulandı. Ek olarak, siklik peptitteki kimyasal kayma, 1 H nükleer manyetik rezonans (1H NMR) spektrumu ile analiz edildi. Genel olarak, bu protokol siklik peptitlerin sentezlenmesi için etkili bir strateji oluşturmayı amaçlamıştır.

Tüm lineer peptitler, standart manuel Fmoc katı faz sentezi ile Rink-amid MBHA reçinesi üzerinde sentezlendi. Şekil 5A'da açıklandığı gibi bir model siklik hekzapeptid (Ac (siklo-I)-WMAAAC-NH2) inşa edilmiştir. Özellikle, Met alkilasyonu ile yeni bir on-tether kiral merkezi üretildi ve siklik peptidin iki epimeri (Ia, Ib) ters faz HPLC tarafından doğrulandı. Ayrıca, epimerlerin dönüşümü ve oranı, ters faz HPLC'nin entegrasyonu kullanılarak belirlendi. Hekzapeptid Ac-WMAAAC-NH...

Bu protokol, sistein ve metiyonin arasındaki bisalkilasyon yoluyla siklik peptitlerin sentezini ve propargil sülfonyum merkezi tarafından tetiklenen fakil tiol-yne reaksiyonunu sunar.

On-Tether Sülfonyum Merkezi Kullanarak Döngüsel Peptitlerin Oluşturulması

In recent years, cyclic peptides have attracted increasing attention in the field of drug discovery due to their excellent biological activities, and, as ...

Bu protokolde, sülfonyum tuzu, özel yakınlıkta protein sistein ile reaksiyona giren yeni bir el gibi davranabilecek şekilde inşa edildi. Bu tekniğin avantajı, bu reaksiyonun hızlı ve verimli olması ve Met-katalizörün içermemesi ve peptitleri stabilize etmek için basit ve verimli bir yöntem geliştirmesiydi. Başlamak için, 500 mililitrelik bir beher veya şişede% 20 piperidin veya% 50 morfolin ve DMF'nin N-terminal 9-florinil-metiloksikarbonil deproteksiyon çözeltisini hazırlayın.Daha sonra, kolona 10 mililitre deproteksiyon çözeltisi ekleyin ve azotu çözeltiye 30 dakika veya beş dakika boyunca iki kez kabarcıklayın. Çözeltiyi bir vakum pompası ile boşaltın ve reçineyi diklorometan ve N, N-dimetilformamid ile beş kez sırayla yıkayın. Reçineyi koyu sarı renkli bir renk çözeltisi olarak tespit etmek için, az miktarda reçineye bir mililitre N, N-dimetilformamid ekleyin ve bir cam tüpe 200 mikrolitre% 5 ninhidrin ekleyin.Reçine rengindeki değişiklikleri değerlendirmek için üç dakika boyunca 130 santigrat derecede ısıtın. Peptitlerin bağlanması için, bir polipropilen tüp içinde el yazmasında tarif edildiği gibi bir karışım çözeltisi hazırlayın ve üç mililitre N, N-dimetilformamid içinde çözün. Daha sonra, amino asidi inaktive etmek için çözeltiye 173 mikrolitre N, N-diizopropiletilamin veya 154 mikrolitre N, N'diizopropilkarbodiimid ekleyin.Daha sonra, karışımı reçine ile kolona ekleyin ve iki saat boyunca azotla kabarcıklayın. Bağlantıdan sonra, az miktarda reçineye bir mililitre N, N-dimetilformamid ekleyin ve bir cam tüpe 200 mikrolitre% 5 ninhidrin ekleyin. Reçine renksizliğe dönüşürken, üç dakika boyunca 130 santigrat derecede ısıtın, bu da korumadan önce serbest bir amino grubunun bulunmadığını doğrular.Çözeltiyi boşalttıktan sonra, reçineyi daha önce gösterildiği gibi yıkayın ve kolona 10 mililitre deproteksiyon çözeltisi ekleyin. Daha sonra, 30 dakika veya beş dakika boyunca iki kez azotla kabarcıklayın. Ve yine, taze bir çözüm ekleyin.Dehidrasyon için reçineli kolona 10 mililitre susuz metanol ekleyin ve bir sonraki kullanım için azotla kurutun. Reçinenin 100 miligramını bir kolona tartın ve bağlantı adımından önce reçineyi diklorometan ve N, N-dimetilformamid ile yıkayın. Koruyucu grubu çıkarmak için 100 mililitrelik bir beher veya şişeye trifloroasetik asit, triizopropilsilan ve diklorometan karışımı ekleyerek tritil-L-sistein koruma grubunu çıkarmak için bir çözelti hazırlayın.Koruma grubunu 10 dakika boyunca çıkarmak için hazırlanan çözeltinin beş ila 10 mililitresini kolona ekleyin. Sarı renk tamamen kaybolana kadar azot köpürmesiyle altı kez tekrarlayın. Çözeltiyi bir vakum pompası ile boşalttıktan sonra, reçineyi daha önce gösterildiği gibi yıkayın.Daha sonra, 50 mililitrelik bir beherde dihalojenli bağlayıcı ve N, N-diizopropiletilamin ekleyerek veya N, N-dimetilformamid içeren şişe ekleyerek korumasız sistein ile reaksiyona girmek için bir çözelti hazırlayın. Azot köpürmesiyle en az üç saat boyunca korunan sistein ile reaksiyona girmek için kolona beş ila 10 mililitre reaksiyon çözeltisi ekleyin. Yine, çözeltiyi bir vakum pompasıyla boşaltın ve reçineyi daha önce gösterildiği gibi sırayla yıkayın.Peptit siklizasyon çözeltisini hazırlamak için, 20 mililitrelik bir beherde trifloroasetik asit karışımı ekleyin veya peptid siklizasyonu için duman davlumbazına şişe ekleyin. Daha sonra, karışım çözeltisinin beş ila 10 mililitresini polipropilen tüpe ekleyin ve reçineyi trifloroasetik asit kokteylinin altında üç saat boyunca bölün. Bağlantı adımı daha önce gösterilmeden önce reçineyi dehidrate ettikten ve yıkadıktan sonra,% 1'lik bir formik asit sulu çözeltisi ve bir milimolar propargil bromür hazırlayın ve metiyonin peptid çözeltisine ekleyin.Daha sonra, metiyonin ve propargil bromürün bağlantı reaksiyonunu oda sıcaklığında 12 saat çalkalayın. Reaksiyondan sonra, ürünü bir polipropilen tüp ve asetonitril içinde çözün ve 0.22 mikrometrelik bir filtre membranından süzün. Daha sonra, çözeltiyi hemen ters faz HPLC ile saflaştırın ve bir sonraki kullanım için toz haline getirerek dondurarak kurutun.Sistein ve metiyonin arasında bis-alkilasyon kullanılarak sentezlenen siklik peptitler, epimerlerin farklı tutma süreleri ve aynı moleküler ağırlıklar sergilediğini gösteren HPLC ve LCMS spektrumu ile karakterize edildi. Epimerlerin ve konjuge ürününün HPLC izleri, siklik peptit ile ürünü arasındaki zamana bağlı dönüşümü göstermiştir. Tiol-yne tipi reaksiyon kullanılarak sentezlenen siklik peptitlerin moleküler ağırlığı LCMS tarafından belirlendi ve peptid HPLC tarafından izole edildi ve saflaştırıldı.Peptitler ayrıca proton NMR ve heteronükleer tek kuantum tutarlı spektrumları ile karakterize edildi ve kimyasal kaymayı ortaya çıkardı. Sülfonyum halkasının açılmasına bağlı peptid stabilitesini araştırmak için siklik peptid ile ditiotrreitol ve döteryum oksit arasındaki zamana bağlı dönüşümün proton NMR spektrumları elde edildi. Sonuçlar, 24 saat sonra hiçbir ekleme veya halka açma ürününün oluşmadığını göstermiştir.Bu prosedür, siklik peptitlerin sentezlenmesi için etkili bir strateji oluşturdu. Reaksiyon, seçiciliğin, siklik peptidi stabilize eden bir doğrulama oluşturarak da arttığını ve siklik peptitlerin umut verici ilaç katalizörü olduğunu gösterdiğini söylüyor.

constructing-cyclic-peptides-using-an-on-tether-sulfonium-center

Research

JoVE Journal

Chemistry

Kimya

Bir HMBA reçineden Yarılma Prosedürü: "emniyet yakalamak" kullanılarak, bir fonksiyonlandırılmış bis-peptit trimerininkinden verimli bir katı-faz peptid sentezi açıklanmaktadır.

Bir Fonksiyonlu Bis-Peptid Katı Faz Sentezi Metodolojisi &quot;Güvenlik&quot; Catch Kullanımı

Mikrodalga ışınlaması kullanılarak siklik peptitlerin sentezi için basit ve genel bir yöntem özetlenmiştir. Bu prosedür, yan zincirleri ve farmakoforik kısımları korurken farklı konformasyonların bir koleksiyonu ile omurga siklik peptitlerinin sentezini sağlar ve bu nedenle biyoaktif konformasyonun taranmasına izin verir.

Mikrodalga Radyasyon Kullanımı Potansiyel Antiparazitik Therapeutics gibi omurga Siklik Peptit Kütüphanesi Gelişimi

Aynı dizide karışık katyonik işlevselliğe sahip peptoidleri sentezlemek için bir protokol sunulmuştur (lizin ve arginin tipi monomerler). Bu bileşiklerin, kutanöz leishmaniasis'e neden olan protozoan parazitler olan Leishmania mexicana'ya karşı daha sonraki testleri de açıklanmaktadır.

Bunların Anti layişmanya Faaliyet karışık Lizin tipi / Arjinin-monomerleri ve Değerlendirilmesi peptoidler Sentezi için etkili bir yöntem

Helisel peptidler sülfür hayvan zinciri fotoğraf kaynaklı thiol-KD/thiol-yne hydrothiolation kullanarak thioether/vinil inşası için bir iletişim kuralı mevcut.

Thioether/vinil sülfür-gergin helisel peptidler fotoğraf yolu ile indüklenen Thiol-KD/yne Hydrothiolation oluşturmak

Polyamine tabanlı peptid amphiphiles (PPAs) sentezi gruplar bu reaktif işlevler maske korumanın akılcı kullanımı gerektiren birden çok Amin nitrogens, varlığı nedeniyle önemli bir sorundur. Bu yazıda, bu yeni sınıf kendi kendine montaj moleküllerin hazırlanması için facile yöntemi açıklanmaktadır.

Polyamine tabanlı peptid Amphiphiles (PPAs) ve ilgili Biyomalzeme kendi kendine montaj sentezi için facile iletişim kuralı

1,2-dithiolane sentezi için bir protokol peptid ve peptid kendinden montajlı kaynaklanan supramolecular yapıları karakterizasyonu değiştiren.

1,2-Dithiolane malzemelerin ve kendi kendine montaj peptidler değiştirilme tarihi

Sistein-zengin peptidler onların disülfür bağlantısı bağlı olarak farklı üç boyutlu yapılar içine katlayın. Arabellek oksidasyon istenen disülfür bağlantı yol değil tek tek disülfit izomerler hedeflenen sentezi gereklidir. Protokol ile 3 disülfür bağ peptidler ve NMR ve MS/MS çalışmaları kullanarak onların yapısal analiz sentez seçici fırsatlar.

Sentez ve μ-Conotoxin PIIIA izomerler farklı disülfür Connectivities ile yapı belirlenmesi

Enantiyomerik zenginleştirilmiş bispiro [γ-butirolakton-pyrrolidin-4, 4'-pyrazolone] iskeletler asimetrik olarak basit organocatalytic 1,3-dipolar cycloaddition tepki ile sentezlenmiş.

Verimli α-Imino γ-Lactones Organocatalytic Cycloadditions ve Alkylidene Pirazolonlar ile ilaç gibi Bispirocyclic İskele İnşaatı

Bir protokol bilgi kodlanmış peptoid oligomers sentezi için ve dinamik kovalent reaktan çiftleri ve Lewis asidik nadir toprak olarak aminler ve aldehitler kullanarak moleküler merdivenler içine bu peptoidlerin dizi yönelimli kendini montaj için sunulmaktadır metal çok rol reaktifler olarak triflates.

Bilgi taşıyan Peptoidlerin sentezi ve Dizi yönelimli Dinamik Kovalent Öz-montaj

Bu protokol, siklik hücreye nüfuz eden peptitlerin aromatik çapraz bağlarla sentezini ve biyolojik bariyerler boyunca geçirgenliklerinin değerlendirilmesini açıklar.

Biyolojik Bariyerlerin Daha İyi Penetrasyonu için Siklik Hücre Nüfuz Eden Peptitlerin Yapımı

Ticari bir mikrodalga reaktöründe katı faz peptit sentezlerini gerçekleştirmek için basit, ucuz ve yeni bir aparat sunulmaktadır.

Katı faz peptit sentezi için ticari bir mikrodalga reaktörünün ucuz bir adaptasyonu

Keşfedin, sülfonyum merkezi kullanarak sistein ve metiyonin arasındaki bisalkilasyon ile döngüsel peptit sentezi yöntemini. Bu Met-katalizörsüz teknik, peptid stabilizasyonu için hızlı ve verimli bir yaklaşım sunar.

On-Tether Sülfonyum Merkezi Kullanarak Döngüsel Peptitlerin Oluşturulması

Daha fazla video keşfet