Ağ Farmakolojisi Akciğer Adenokarsinomuna Karşı Trikosantiz-Fritillaria Thunbergii Etki Mekanizmasının Tahmini ve Deneysel Validasyonu

Geleneksel Çin Tıbbı'nda, hedefin çok bileşenli özelliklerinden bahsedeceğiz. Ağ ve Biyolojik araştırmalar için en temel kutu budur. Eşiği düşürecek teknolojinin bir gösterimini yaptık.

Ağ Farmakolojisi sistematik analitik teknolojidir, çok faktörlü etkileşim ağı çalışmasının araçlarını oluşturur. Geleneksel Çin Tıbbı'nın tek yolunu etkili bir şekilde tahmin edebilir Ağ Farmakolojisinin verileri veritabanından gelir, ancak ilaçlar, proteinler ile olan ilişkiyi tahmin edemez ve bunun hala sonraki deneylerle doğrulanması gerekir. Başlamak için HERB Veritabanını açın ve iki ilacın bileşenlerini elde etmek için anahtar kelimeler olarak Gua Liu ve Zhebimu'yu kullanın.

İki ilacın ilgili bileşenlerinin listesini ve kanonik SMILES yapısını indirin. Şimdi, oral biyoyararlanım ve ilaç benzeri değerlere sahip bileşenleri HERB Grup Veritabanına dahil ederek elde edilen bileşenin aktif olup olmadığını belirleyin. Bileşenin oral biyoyararlanımı ve ilaç benzeri değerleri yoksa, her bileşen hakkında bilgi edinmek için bileşeni İsviçre ADME Veritabanına girin.

Yüksek GI emilimine sahip bileşenleri ve aktif bileşenler olarak en az iki evet ilaç benzeri değeri dahil edin. Etkin bileşenlerin hedefini tahmin etmek için HERB Veritabanı'nı açın. Etkin bileşenlerin kurallı SMILES yapılarını arayın ve kopyalayın.

Ardından benzerlik topluluğu yaklaşımını açın ve etkin bileşenlerin kurallı SMILES yapılarını arama kutusuna yapıştırın. Hedef anahtar hedef adını, P-değerini ve her etkin bileşenin maksimum TC'sini elde etmek için SEA'yı dene'ye tıklayın. Verileri bir elektronik tabloya kopyalayın ve etkin bileşen hedeflerini hedef anahtara göre filtrelemek için elektronik tablo dosyaları filtreleme işlevini kullanın.

Tüm hedefleri bir elektronik tabloya kopyalayın ve ilaç hedeflerini elde etmek için kopyaları kaldırın. Şimdi hastalık hedeflerini tahmin etmek için gen kartları veritabanını ve insanda çevrimiçi Mendel kalıtımını açın. Akciğer Adenokarsinomunun hastalık hedeflerini elde etmek için anahtar kelime olarak Akciğer Adenokarsinomunu kullanın.

Akciğer Adenokarsinom hedeflerini elde etmek için hastalık hedeflerinin tablolarını indirin ve tekrarlanan hedefleri silin. Akciğer adenokarsinomu ile ilgili hedefleri ve ilaç hedeflerini yeni bir elektronik tabloda aynı sütuna kopyalayarak bir ilaç bileşeni hastalık hedef ağı oluşturun. Akciğer Adenokarsinomu ile ilgili hedeflerin ve Trichosanthes Fritillaria Thunbergia aktif bileşen ile ilgili hedeflerin kesişim hedeflerini elde etmek için araç çubuğundaki veri tanımlama yineleme işlevini kullanın.

Cytoscape 3.8.0'ı açın. Menü çubuğunda dosyaya tıklayın ve içe aktar'ı seçin. Ardından dosyadan ağ.

Elektronik tablo dosyasını içe aktarmak için, sol kontrol panelindeki stil çubuğundan ağ düğümlerinin boyutunu ve rengini en iyi duruma getirin. Ağ topolojisi analizi için ağ çözümleme işlevini kullanın. Menü çubuğundaki araçlara tıklayın ve ağı analiz et'i seçin.

Tablo panelinde, bileşenleri azalan düzende dereceye göre düzenlemek için başlık çubuğundaki dereceye tıklayın. En iyi 10 bileşeni ve hedefi ana aktif bileşenler ve temel hedefler olarak alın. PPI ağını oluşturmak ve çekirdek proteinleri taramak.

Dize veritabanını açın ve Trichosanthes Fritillaria Thunbergia'nın Akciğer Adenokarsinomlarına karşı potansiyel hedeflerinin metin formatı listesini isimler listesinin diyalog kutusuna yapıştırın. Sonra organizmalarda homosapiens'i seçin. Ara'ya tıklayın ve devam et düğmelerini seçin, sonuçlar mevcut olduğunda ayarlar'a tıklayın Ve yüksek güvenilirlik 0,700'ü işaretleyin Temel ayarlarda, minimum gerekli etkileşim puanı altında, gelişmiş ayarlarda ağdaki yüksek bağlantısı kesilmiş düğümleri işaretleyin.

Ardından güncelle düğmesine tıklayın. Ardından, başlık çubuğundaki dışa aktarmalara tıklayın ve PPI ilişkisinin kısa tablo metnini TSV formatında indirin. Cytoscape 3.8.0'ı açın.

TSV formatındaki dosyayı görsel analiz için içe aktarmak üzere dosyaya tıklayın, seçin, içe aktarın, ardından dosyadan ağa tıklayın. Topolojik analizi gerçekleştirmek için ağ analizörü işlevini kullanın. Sol kontrol panelindeki stil çubuğu aracılığıyla ağ düğümlerinin boyutunu ve rengini optimize edin.

Medscape platformunu açarak, potansiyel terapötik hedeflerin metin formatı listesini diyalog kutusuna yapıştırarak ve ardından gönder düğmesine tıklayarak KEGG zenginleştirme analizi gerçekleştirin. Hem tür olarak girdi hem de tür olarak analizde Homo sapiens'i işaretleyin ve ardından özel analiz düğmesine tıklayın. Zenginleştirme'yi seçin.

Sadece KEGG yolunu işaretleyin ve ardından zenginleştirme analizine tıklayın. İlerleme çubuğu %100'e ulaştığında, zenginleştirme sonuçları için analiz raporu sayfası turuncu düğmesine tıklayın. Zenginleştirme sonucunu indirmek için tümü bir zip dosyasında 'üzerine tıklayın ve ardından sonucu elde etmek için Enrichment_GO' klasöründeki _FINAL_GO'csv dosyasını açın.

Açık R-Software ve tip yükleme paketi GG arsa iki' ve kütüphane GG Plot iki'in R GG arsa iki R paketinin kurulumu için. KEGG Görselleştirme programını çalıştırmak için enter tuşuna basın. Hücre canlılığını tespit etmek için, logaritmik büyüme fazı A 549 hücrelerini, 37 santigrat derecede bir dakika boyunca bir mililitre% 0.25 Tripsin ile sindirin.

Tripsin'i nötralize etmek için bir mililitre DMEM Complete Medium ekleyin ve hücre dökülmesini teşvik etmek için hafifçe üfleyin. Daha sonra hücre peletini elde etmek için karışımı santrifüj edin ve DMEM Complete Medium kullanarak elde edilen hücreleri yeniden askıya alın. Hücre süspansiyonunu bir Hemositometreye ekleyin ve otomatik bir hücre sayacı kullanarak sayın, DMEM tam ortamını kullanarak mililitre başına beş kez 10 ila dördüncü hücrelere seyreltin Şimdi bir gram Trichosanthes Fritillaria Thunbergia su ekstraktını 10 mililitre PBS'de çözün ve filtreleyin 0.22 mikrometrelik bir filtreden geçirin.

PBS kullanarak karışımı farklı konsantrasyonlarda seyreltin. Seyreltilmiş hücrelerin 100 mikrolitresini 96 kuyucuklu bir plakanın her bir kuyucuğuna plakalayın. Hücre yapışmasından sonra, her bir kuyucuğun konsantrasyonunu ayarlamak için farklı konsantrasyonlarda bir mikrolitre Trichosanthes Fritillaria Thunbergia su ekstraktı ekleyin.

24 saatlik kültürden sonra orijinal ortamı atın ve 100 mikrolitre DMEM ekleyin. 37 santigrat derecede ve% 5 karbondioksitte iki saat boyunca daha fazla inkübasyon için temel ortam. İnkübasyonun sonunda, 20 mikrolitre MTS çözeltisi ekleyin ve hücreleri bir saat daha inkübe edin.

İnkübe edilen karışımı farklı bir plakaya aktarın. Bir mikroplaka okuyucu kullanarak, 490 nanometre dalga boyundaki emilimi ölçün ve hücre canlılığını hesaplayın. Logaritmik büyüme fazı A 549 hücrelerini mililitre başına beş kez 10 ila beşinci hücrelere seyreltin.

Altı kuyucuklu bir plakaya iki mililitre hücre süspansiyonu ekleyin ve 12 saat boyunca büyütün. Daha önce gösterildiği gibi Trichosanthes Fritillaria Thunbergia su ekstraktının farklı PBS seyreltilerini elde ettikten sonra, boş kontrol grubuna 20 mikrolitre PBS çözeltisi ve Trichosanthes Fritillaria Thunbergia su ekstraktının çeşitli seyreltmelerinin 20 mikrolitresini farklı konsantrasyon grubuna ekleyin. 24 saatlik müdahaleden sonra, süpernatantı atın ve hücreleri PBS ile üç kez temizleyin.

Her bir oyuğa 250 mikrolitre RIPA tamponu ekleyin ve hücreleri 30 dakika boyunca lize edin. Santrifüjleme için lizatı toplayın ve süpernatanı elde edin. Trichosanthes Fritillaria Thunbergia'nın Akciğer Adenokarsinomuna karşı ilaç komponent hastalığı hedef etkileşim ağı gösterilmiştir.

Etkileşim ağında, Elde edilen ilk 10 aktif bileşen, Trichosanthes Fritillaria Thunbergia'nın Akciğer Adenokarsinomu tedavisinde etkisinin anahtar aktif bileşenleridir. PPI ağı 122 fonksiyonel protein ve 210 etkileşim ilişkisi içeriyordu. İlk 10 çekirdek protein esas olarak neovaskülarizasyon, hücre proliferasyonu, apoptoz ve hücre zarı taşınmasında rol oynar.

KEGG tarafından sıralanan ilk 20 yolaktan, PI3K-AKT sinyal yolu, Rap1 sinyal yolu, Fosfolipaz-D sinyal yolu ve MAPK1 sinyal yolu, PI3K-AKT yolunun ilk sırada yer aldığı akciğer kanseri ile yakından ilişkilidir. Trichosanthes Fritillaria Thunbergia ekstraktları, mililitre başına 400 mikrogramın üzerindeki konsantrasyonlarda hücre proliferasyonunu inhibe edebilir ve mililitre başına 800 mikrograma kadar konsantrasyonlarda A-549 hücreleri üzerindeki inhibisyon etkisi, yarıya yakın inhibitör konsantrasyona yakındı. Trichosanthes Fritillaria Thunbergia ekstraktlarının müdahalesi, her grupta AKT protein ekspresyonunda önemli bir değişikliğe neden olmamıştır.

Bununla birlikte, p-AKT Serin-473 ekspresyonu inhibe edildi ve doza bağımlı bir etki gösterdi. Trichosanthes Fritillaria Thunbergia'nın kritik bileşenleri, PI3K AKT yolunun anahtar proteinleri ile moleküler olarak kenetlendi ve sonuçlar, Diosmetin ve Kaempferol'ün AKT1 ile bağlanma enerjilerinin eksi yediden az olduğunu ve güçlü bağlanma aktivitesini gösterdiğini gösterdi. En önemlisi, Geleneksel Çin Tıbbının hedefleri üzerinde aktif bileşenlere ulaşmış olmaktır.

Hedefleri Network Farmakolojik'in çekirdeği olan hedeflerin yanı sıra.