Name: Mikoheterotrofik Bitkilerde Endofitik Mantarları Tanımlamak için İzolasyon, Karakterizasyon ve Toplam DNA Ekstraksiyonu (Video) | JoVE Journal
Uploaded: 2023-05-05T12:00:00.000+00:00
Duration: 6 min 53 s
Description: Öğrenin, mikoheterotrofik bitkilerden endofitik mantarları izole etmek ve karakterize etmek için steril kültür teknikleri, mikroskobik analiz ve DNA ekstraksiyonu yöntemlerini. Bu protokoller, fungal çeşitliliği ve ekolojik önemini anlamak için güvenilir araçlar sunar.

ai_agent_IP

ai_agent

maintenance

instantTrialDurationMinutes

isBiopharma

enableNewMyJoveSectionDesign

educationFeatures

seoMetaApi

ai_copilot_institution_blacklist

ai_chat_institution_blacklist

freeAccessWindow

ssoRoleCapture

scheduledMaintenanceBanner

joveLabsFeatures

disable_autoplay_for_bots

extended_trial_duration

5 minutes

FAPESP (2015/26479-6) ve CNPq (447453/2014-9) tarafından sağlanan fonlara teşekkür ederiz. JLSM, üretkenlik hibeleri için CNPq'ya teşekkür eder (303664/2020-7). MPP, Capes'e (yüksek lisans bursu, süreç 88887.600591/2021-00) ve CNPq'ye teşekkür eder.

<ol><li>de Azevedo, J. L. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Endophytic+microorganisms%5BTitle%5D)+AND+%22Ecologia+Microbiana%22%5BJournal%5D)">Endophytic microorganisms.</a> Ecologia Microbiana. , 117-137 (1998).</li>
<li>Stone, J. K., Bacon, C. W., White, J. F. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((An+overview+of+endophytic+microbes%3A+endophytism+defined%5BTitle%5D)+AND+%22Microbial+Endophytes%22%5BJournal%5D)">An overview of endophytic microbes: endophytism defined.</a> Microbial Endophytes. , 17-44 (2000).</li>
<li>Schulz, B., Boyle, C. What are Endophytes. <a target="_blank" href="http://scholar.google.com/scholar?hl=en&safe=off&q=author%3aSchulz%2C+B+%22Microbial+Root+Endophytes%22">Microbial Root Endophytes</a>. , Springer-Verlag. Berlin. 1-13 (2006).</li>
<li>Smith, S. E., Read, D. J. <a target="_blank" href="http://scholar.google.com/scholar?hl=en&safe=off&q=author%3aSmith%2C+SE+%22Mycorrhizal+Symbiosis%22">Mycorrhizal Symbiosis</a>. , Elsevier Science Academic Press. London. (2008).</li>
<li>Rasmussen, H. N., Dixon, K. W., Jersáková, J., Těšitelová, T. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Germination+and+seedling+establishment+in+orchids%3A+a+complex+of+requirements%5BTitle%5D)+AND+%22Annals+of+Botany%22%5BJournal%5D)">Germination and seedling establishment in orchids: a complex of requirements.</a> Annals of Botany. 116 (3), 391-402 (2015).</li>
<li>Rasmussen, H. N., Rasmussen, F. N. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Orchid+mycorrhiza%3A+implications+of+a+mycophagous+life+style%5BTitle%5D)+AND+%22Oikos%22%5BJournal%5D)">Orchid mycorrhiza: implications of a mycophagous life style.</a> Oikos. 118 (3), 334-345 (2009).</li>
<li>Ma, X., Kang, J., Nontachaiyapoom, S., Wen, T., Hyde, K. D. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Non-mycorrhizal+endophytic+fungi+from+orchids%5BTitle%5D)+AND+%22Current+Science%22%5BJournal%5D)">Non-mycorrhizal endophytic fungi from orchids.</a> Current Science. 109 (1), 72-87 (2015).</li>
<li>Favre-Godal, Q., Gourguillon, L., Lordel-Madeleine, S., Gindro, K., Choisy, P. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Orchids+and+their+mycorrhizal+fungi%3A+an+insufficiently+explored+relationship%5BTitle%5D)+AND+%22Mycorrhiza%22%5BJournal%5D)">Orchids and their mycorrhizal fungi: an insufficiently explored relationship.</a> Mycorrhiza. 30 (1), 5-22 (2020).</li>
<li>Sun, X., Guo, L. -D. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Endophytic+fungal+diversity%3A+review+of+traditional+and+molecular+techniques%5BTitle%5D)+AND+%22Mycology%22%5BJournal%5D)">Endophytic fungal diversity: review of traditional and molecular techniques.</a> Mycology. 3 (1), 65-76 (2012).</li>
<li>Pena-Passos, M., Sisti, L. S., Mayer, J. L. S. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Microscopy+techniques+for+interpreting+fungal+colonization+in+mycoheterotrophic+plants+tissues+and+symbiotic+germination+of+seeds%5BTitle%5D)+AND+%22Journal+of+Visualized+Experiments%22%5BJournal%5D)">Microscopy techniques for interpreting fungal colonization in mycoheterotrophic plants tissues and symbiotic germination of seeds.</a> Journal of Visualized Experiments. (183), e63777(2022).</li>
<li>Araújo, W. L., et al. <a target="_blank" href="http://scholar.google.com/scholar?hl=en&safe=off&q=author%3aAra%C3%BAjo%2C+WL+%22Endophytic+microorganisms%3A+Theoretical+and+Practical+Aspects+of+Isolation+and+Characterization.+1st+ed%22">Endophytic microorganisms: Theoretical and Practical Aspects of Isolation and Characterization. 1st ed</a>. 1, Santarém: UFOPA. 257(2014).</li>
<li>de Souza, R. S. C., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Unlocking+the+bacterial+and+fungal+communities+assemblages+of+sugarcane+microbiome%5BTitle%5D)+AND+%22Scientific+Reports%22%5BJournal%5D)">Unlocking the bacterial and fungal communities assemblages of sugarcane microbiome.</a> Scientific Reports. 6, 28774(2016).</li>
<li>Sisti, L. S., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((The+role+of+non-mycorrhizal+fungi+in+germination+of+the+mycoheterotrophic+orchid+Pogoniopsis+schenckii+Cogn%5BTitle%5D)+AND+%22Frontiers+in+Plant+Science%22%5BJournal%5D)">The role of non-mycorrhizal fungi in germination of the mycoheterotrophic orchid Pogoniopsis schenckii Cogn.</a> Frontiers in Plant Science. 10, 1589(2019).</li>
<li>Araújo, W. L., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Variability+and+interactions+between+endophytic+bacteria+and+fungi+isolated+from+leaf+tissues+of+citrus+rootstocks%5BTitle%5D)+AND+%22Canadian+Journal+of+Microbiology%22%5BJournal%5D)">Variability and interactions between endophytic bacteria and fungi isolated from leaf tissues of citrus rootstocks.</a> Canadian Journal of Microbiology. 47 (3), 229-236 (2001).</li>
<li>Castellani, A. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Further+researches+on+the+long+viability+and+growth+of+many+pathogenic+fungi+and+some+bacteria+in+sterile+distilled+water%5BTitle%5D)+AND+%22Mycopathologia%22%5BJournal%5D)">Further researches on the long viability and growth of many pathogenic fungi and some bacteria in sterile distilled water.</a> Mycopathologia. 20 (1-2), 1-6 (1963).</li>
<li>Currah, R. S., Zelmer, C. D., Hambleton, S., Richardson, K. A. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Fungi+from+orchid+mycorrhizas%5BTitle%5D)+AND+%22Orchid+Biology%3A+Reviews+and+Perspectives%2C+VII%22%5BJournal%5D)">Fungi from orchid mycorrhizas.</a> Orchid Biology: Reviews and Perspectives, VII. , 117-170 (1997).</li>
<li>Freitas, E. F. S., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Diversity+of+mycorrhizal+Tulasnella+associated+with+epiphytic+and+rupicolous+orchids+from+the+Brazilian+Atlantic+Forest%2C+including+four+new+species%5BTitle%5D)+AND+%22Scientific+Reports%22%5BJournal%5D)">Diversity of mycorrhizal Tulasnella associated with epiphytic and rupicolous orchids from the Brazilian Atlantic Forest, including four new species.</a> Scientific Reports. 10 (1), 7069(2020).</li>
<li>Sato, M., Inaba, S., Noguchi, M., Nakagiri, A. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Vermiculite+as+a+culture+substrate+greatly+improves+the+viability+of+frozen+cultures+of+ectomycorrhizal+basidiomycetes%5BTitle%5D)+AND+%22Fungal+Biology%22%5BJournal%5D)">Vermiculite as a culture substrate greatly improves the viability of frozen cultures of ectomycorrhizal basidiomycetes.</a> Fungal Biology. 124 (8), 742-751 (2020).</li>
<li>Pereira, O. L., Kasuya, M. C. M., Borges, A. C., Araújo, E. F. D. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Morphological+and+molecular+characterization+of+mycorrhizal+fungi+isolated+from+neotropical+orchids+in+Brazil%5BTitle%5D)+AND+%22Canadian+Journal+of+Botany%22%5BJournal%5D)">Morphological and molecular characterization of mycorrhizal fungi isolated from neotropical orchids in Brazil.</a> Canadian Journal of Botany. 83 (1), 54-65 (2005).</li>
<li>Riddell, R. W. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Permanent+stained+mycological+preparations+obtained+by+slide+culture%5BTitle%5D)+AND+%22Mycologia%22%5BJournal%5D)">Permanent stained mycological preparations obtained by slide culture.</a> Mycologia. 42 (2), 265-270 (1950).</li>
<li>Walsh, T. J., Hayden, R. T., Larone, D. H. <a target="_blank" href="http://scholar.google.com/scholar?hl=en&safe=off&q=author%3aWalsh%2C+TJ+%22Larone%27s+Medically+Important+Fungi%3A+A+Guide+to+Identification%22">Larone's Medically Important Fungi: A Guide to Identification</a>. , ASM Press. (2018).</li>
<li>Malloch, D. Moulds: Isolation, Cultivation, Identification. , Available from: 
 <a target="_blank" href="http://website.nbm-mnb.ca/mycologywebpages/Moulds/Moulds.html">http://website.nbm-mnb.ca/mycologywebpages/Moulds/Moulds.html</a> (1997).</li>
<li>Smith, P. Microscopy: Chemical Reagents. British Mycological Society. , Available from: 
 <a target="_blank" href="https://www.britmycolsoc.org.uk/field_mycology/microscopy/reagents">https://www.britmycolsoc.org.uk/field_mycology/microscopy/reagents</a> (2022).</li>
<li>Senanayake, I. C., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Morphological+approaches+in+studying+fungi%3A+Collection%2C+examination%2C+isolation%2C+sporulation+and+preservation%5BTitle%5D)+AND+%22Mycosphere%22%5BJournal%5D)">Morphological approaches in studying fungi: Collection, examination, isolation, sporulation and preservation.</a> Mycosphere. 11 (1), 2678-2754 (2020).</li>
<li>Slifkin, M., Cumbie, R. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Congo+red+as+a+fluorochrome+for+the+rapid+detection+of+fungi%5BTitle%5D)+AND+%22Journal+of+Clinical+Microbiology%22%5BJournal%5D)">Congo red as a fluorochrome for the rapid detection of fungi.</a> Journal of Clinical Microbiology. 26 (5), 827-830 (1988).</li>
<li>Raeder, U., Broda, P. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Rapid+preparation+of+DNA+from+filamentous+fungi%5BTitle%5D)+AND+%22Letters+in+Applied+Microbiology%22%5BJournal%5D)">Rapid preparation of DNA from filamentous fungi.</a> Letters in Applied Microbiology. 1 (1), 17-20 (1985).</li>
<li>Martins, M. K., et al. Molecular characterization of endophytic microorganisms. <a target="_blank" href="http://scholar.google.com/scholar?hl=en&safe=off&q=author%3aMartins%2C+MK+%22Endophytic+microorganisms%3A+theoretical+and+practical+aspects+of+isolation+and+characterization.+1st+edition%22">Endophytic microorganisms: theoretical and practical aspects of isolation and characterization. 1st edition</a>. , Santarém: UFOPA. 189-211 (2014).</li>
<li>Rayner, R. W. A Mycological Colour Chart. <a target="_blank" href="http://scholar.google.com/scholar?hl=en&safe=off&q=author%3aRayner%2C+RW+%22Commonwealth+Mycological+Institute%22">Commonwealth Mycological Institute</a>. , (1970).</li>
<li>Kornerup, A., Wanscher, J. H. <a target="_blank" href="http://scholar.google.com/scholar?hl=en&safe=off&q=author%3aKornerup%2C+A+%22Methuen+Handbook+of+Colour.+Methuen+handbook+of+colour%22">Methuen Handbook of Colour. Methuen handbook of colour</a>. , Methuen & Co. Ltd. London. (1967).</li>
<li>Ridgway, R. <a target="_blank" href="http://scholar.google.com/scholar?hl=en&safe=off&q=author%3aRidgway%2C+R+%22Color+Standards+and+Color+Nomenclature%22">Color Standards and Color Nomenclature</a>. , Washington, DC. Published by the author (1912).</li>
<li>McGinnis, M. R. <a target="_blank" href="http://scholar.google.com/scholar?hl=en&safe=off&q=author%3aMcGinnis%2C+MR+%22Laboratory+Handbook+of+Medical+Mycology%22">Laboratory Handbook of Medical Mycology</a>. , Elsevier Science. (2012).</li>
<li>Webster, J., Weber, R. <a target="_blank" href="http://scholar.google.com/scholar?hl=en&safe=off&q=author%3aWebster%2C+J+%22Introduction+to+Fungi%22">Introduction to Fungi</a>. , Cambridge University Press. Cambridge, UK. (2007).</li>
<li>Sridharan, G., Shankar, A. A. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Toluidine+blue%3A+A+review+of+its+chemistry+and+clinical+utility%5BTitle%5D)+AND+%22Journal+of+Oral+and+Maxillofacial+Pathology%22%5BJournal%5D)">Toluidine blue: A review of its chemistry and clinical utility.</a> Journal of Oral and Maxillofacial Pathology. 16 (2), 251-255 (2012).</li>
<li>Smith, D., Onions, A. H. S. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((A+comparison+of+some+preservation+techniques+for+fungi%5BTitle%5D)+AND+%22Transactions+of+the+British+Mycological+Society%22%5BJournal%5D)">A comparison of some preservation techniques for fungi.</a> Transactions of the British Mycological Society. 81 (3), 535-540 (1983).</li>
<li>Ryan, M. J., Smith, D., Jeffries, P. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((A+decision-based+key+to+determine+the+most+appropriate+protocol+for+the+preservation+of+fungi%5BTitle%5D)+AND+%22World+Journal+of+Microbiology+and+Biotechnology%22%5BJournal%5D)">A decision-based key to determine the most appropriate protocol for the preservation of fungi.</a> World Journal of Microbiology and Biotechnology. 16 (2), 183-186 (2000).</li>
<li>Lalaymia, I., Cranenbrouck, S., Declerck, S. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Maintenance+and+preservation+of+ectomycorrhizal+and+arbuscular+mycorrhizal+fungi%5BTitle%5D)+AND+%22Mycorrhiza%22%5BJournal%5D)">Maintenance and preservation of ectomycorrhizal and arbuscular mycorrhizal fungi.</a> Mycorrhiza. 24 (5), 323-337 (2014).</li>
<li>Zettler, L. W., Corey, L. L. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Orchid+mycorrhizal+fungi%3A+isolation+and+identification+techniques%5BTitle%5D)+AND+%22Orchid+Propagation%3A+From+Laboratories+to+Greenhouses-Methods+and+Protocols%22%5BJournal%5D)">Orchid mycorrhizal fungi: isolation and identification techniques.</a> Orchid Propagation: From Laboratories to Greenhouses-Methods and Protocols. , 27-59 (2018).</li>
<li>Yu, S., Wang, Y., Li, X., Yu, F., Li, W. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((The+factors+affecting+the+reproducibility+of+micro-volume+DNA+mass+quantification+in+Nanodrop+2000+spectrophotometer%5BTitle%5D)+AND+%22Optik%22%5BJournal%5D)">The factors affecting the reproducibility of micro-volume DNA mass quantification in Nanodrop 2000 spectrophotometer.</a> Optik. 145, 555-560 (2017).</li>
<li>Martos, F., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Independent+recruitment+of+saprotrophic+fungi+as+mycorrhizal+partners+by+tropical+achlorophyllous+orchids%5BTitle%5D)+AND+%22New+Phytologist%22%5BJournal%5D)">Independent recruitment of saprotrophic fungi as mycorrhizal partners by tropical achlorophyllous orchids.</a> New Phytologist. 184 (3), 668-681 (2009).</li>
<li>Schoch, C. L., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Nuclear+ribosomal+internal+transcribed+spacer+%28ITS%29+region+as+a+universal+DNA+barcode+marker+for+Fungi%5BTitle%5D)+AND+%22Proceedings+of+the+National+Academy+of+Sciences%22%5BJournal%5D)">Nuclear ribosomal internal transcribed spacer (ITS) region as a universal DNA barcode marker for Fungi.</a> Proceedings of the National Academy of Sciences. 109 (16), 6241-6246 (2012).</li>
<li>White, T. J., Bruns, T., Lee, S., Taylor, J. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Amplification+and+direct+sequencing+of+fungal+ribosomal+RNA+genes+for+phylogenetics%5BTitle%5D)+AND+%22PCR+Protocols%3A+A+Guide+to+Methods+and+Applications%22%5BJournal%5D)">Amplification and direct sequencing of fungal ribosomal RNA genes for phylogenetics.</a> PCR Protocols: A Guide to Methods and Applications. 18 (1), 315-322 (1990).</li>
<li>Sanger, F., Nicklen, S., Coulson, A. R. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((DNA+sequencing+with+chain-terminating+inhibitors%5BTitle%5D)+AND+%22Proceedings+of+the+National+Academy+of+Sciences%22%5BJournal%5D)">DNA sequencing with chain-terminating inhibitors.</a> Proceedings of the National Academy of Sciences. 74 (12), 5463-5467 (1977).</li>
<li>Ranjard, L., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Characterization+of+bacterial+and+fungal+soil+communities+by+automated+ribosomal+intergenic+spacer+analysis+fingerprints%3A+biological+and+methodological+variability%5BTitle%5D)+AND+%22Applied+and+Environmental+Microbiology%22%5BJournal%5D)">Characterization of bacterial and fungal soil communities by automated ribosomal intergenic spacer analysis fingerprints: biological and methodological variability.</a> Applied and Environmental Microbiology. 67 (10), 4479-4487 (2001).</li>
<li>Metzker, M. L. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Sequencing+technologies-the+next+generation%5BTitle%5D)+AND+%22Nature+Reviews+Genetics%22%5BJournal%5D)">Sequencing technologies-the next generation.</a> Nature Reviews Genetics. 11 (1), 31-46 (2010).</li>
</ol>

Yazarların ifşa edecek hiçbir şeyi ve çıkar çatışması yoktur.

Bitki örneklerinin yüzeysel olarak dezenfekte edilmesi, sunulan protokoldeki en kritik aşamalardan biridir. PDA bulaşıklarında son yıkamadan damla damla ile kirlenme olmaması çok arzu edilir. Endofitik bakterilerin bitki dokularında da yaygın olduğu göz önüne alındığında, bakteriler genellikle havadaki sporlu mantarlardan daha fazla olmak üzere, izolasyon kaplarında kirletici olarak sıklıkla gözlenir 3,11. Bu nedenle, organ parçalarını yerleştirirken kültür ortam...

An erratum was issued for:&#160;<a href="https://www.jove.com/t/65135">Isolation, Characterization, and Total DNA Extraction to Identify Endophytic Fungi in Mycoheterotrophic Plants</a>. The Authors section was updated from:
Juliana Lishcka Sampaio Mayer
to:
Juliana Lischka Sampaio Mayer

An erratum was issued for:&#160;<a href="https://www.jove.com/t/65135">Isolation, Characterization, and Total DNA Extraction to Identify Endophytic Fungi in Mycoheterotrophic Plants</a>. The Authors section was updated.

Erratum: Isolation, Characterization, and Total DNA Extraction to Identify Endophytic Fungi in Mycoheterotrophic Plants

Endofitik mantarlar, tanım gereği, göze çarpmayan enfeksiyonlarda (yani konakçılarına zarar vermeden) bitki organlarının ve dokularının iç kısımlarında yaşayan mantarlardır1,2. Bu mantarlar, konukçu bitkilerle nötr veya faydalı bir şekilde etkileşime girebilir, patojenlere ve elverişsiz çevre koşullarına karşı direnç sağlayabilir ve bitki için faydalı bileşiklerin (örneğin, büyüme faktörleri ve diğer fitohormonlar) sentezine katkıda bulunabilir1,3. Mikorizal endofitler, bitki ile mikorizal ilişkiler kuran ve besin transferinde yer alan mantarlardır4. Orchidaceae'de, mikorizal endofitlerle etkileşim, türlerin büyük çoğunluğunda tohum çimlenmesi ve ailedeki tüm bitkilerde fide oluşumu için temeldir5. Bu bağlamlarda, mikoheterotrofik orkideler, tüm yaşam döngüleri boyunca bu mantarlar tarafından mineral besinlere ve karbon bileşikleri transferine bağlı olduklarından, mikorizal partnerlerine karşı tam bir bağımlılık durumunu temsil eder6. Bu nedenle, ilişkili mantarların izolasyonu ve tanımlanması, mikoheterotrofik yaşam stratejilerini araştırırken temel bir temeldir. Ayrıca, mikoheterotrofik bitkilerde mantar endofitlerinin rolleri ve hatta bu mantarların gerçek çeşitliliği hakkında çok az şey bilinmektedir 7,8.
Endofitik mantarların araştırılması, geleneksel olarak kültürden bağımsız veya bağımlı olarak tanımlanan farklı tekniklerle gerçekleştirilebilir, örneğin: (a) doğrudan gözlem, (b) mantar izolasyonu ve morfolojik ve/veya moleküler tanımlama ve (c) bitki dokularının toplam DNA ekstraksiyonu ve moleküler tanımlama9. Doğrudan gözlemde (a), endofitik mantarlar, bitki hücrelerinin ve dokularının iç kısmındayken ışık veya elektron mikroskobu9 ile araştırılabilir, çünkü farklı mikroskopi protokolleri Pena-Passos ve ark.10 tarafından detaylandırılmıştır. İzolasyon yöntemleri (b) ile mantar endofitleri kolonilerine, hiflerine ve üreme veya direnç yapısı morfolojisine göre karakterize edilebilir. Ayrıca, izolasyon teknikleri ile , DNA ekstraksiyonu, moleküler tanımlama dizilerinin (barkodlar veya parmak izleri) amplifikasyonu ve dizileme yoluyla izolatların moleküler tanımlamasını yapmak mümkündür11. İkinci teknik (c), bitki dokularının iç kısmındayken (metabarkodlama) DNA ekstraksiyonu başına endofitik mantarların moleküler olarak tanımlanmasını ve ardından kütüphane hazırlığı ve dizilenmesinisağlar 12.
Ayrıca, mantar izolatları, ototrofik veya mikoheterotrofik orkidelerden elde edilen tohumlar kullanılarak simbiyotik çimlenme denemelerinde uygulanabilir. Böyle bir uygulamanın bir örneği, Sisti ve ark.13 tarafından yürütülen ve mikorizal olmayan endofitik mantarlar içeren bazı izolatları ile birlikte mikoheterotrofik bir orkide olan Pogoniopsis schenckii'de çimlenmeyi ve protokorm gelişiminin ilk aşamalarını tanımlayan araştırmadır. Uygulanan simbiyotik çimlenme protokolü detaylandırılmıştır ve Pena-Passos ve ark.10 tarafından bir videoda sunulmuştur. Mantarların farklı bitki organlarıyla birlikte izole edilmesi, bitki-mantar etkileşimlerinin doğası ile ilgili çeşitli araştırma odaklarına izin verir (örneğin, ilişkinin ekolojik veya fizyolojik yönlerini anlamak ve ayrıca mantarlardan bitkiye besin transferine ilişkin araştırmaları anlamak)9.
Bölüm 1'de sunulan metodolojiler, yeraltı organ örneklerinin toplanmasına dayanmaktadır, çünkü bu organlar toplamada en fazla zorluğu ortaya çıkarmaktadır ve mikorizal endofitler onları kolonize ettiği için büyük ilgi görmektedir. Bununla birlikte, dahil edilen her iki protokol de (adım 1.1 ve 1.2) diğer mikoheterotrofik bitki organlarına (örneğin, rizomlar, çiçek sapları ve meyveler) uygulanabilir. Adım 1.1'de açıklanan toplama metodolojisi, morfolojik karakterizasyon (bölüm 4 ve 5) için endofitik mantarların (bölüm 2) izole edilmesi ve/veya izolat tanımlaması için toplam DNA ekstraksiyonu (bölüm 6) için belirlenmiştir. Öte yandan, adım 1.2'de açıklanan toplama metodolojisi, yalnızca metabarkodlama teknikleri için bitki dokularının toplam DNA ekstraksiyonuna atanır (bölüm 7). Bölüm 3'te, filamentli mantarların depolanması ve korunması için, ikisi kısa süreli depolama (3-6 ay) ve diğer ikisi uzun süreli depolama (&gt;1 yıl) için yeterli olmak üzere dört yöntem sunulmaktadır. Morfolojik karakterizasyon (bölüm 4 ve 5), onu güçlendirmek ve mantar makro ve mikromorfolojisi hakkında önemli bilgiler sağlamak için moleküler tanımlama ile ilişkilendirilebilir. Şekil 1 , bundan sonra açıklanan kolektif metodolojileri özetlemektedir.
<img alt="Figure 1" class="xfigimg" src="/files/ftp_upload/65135/65135fig01.jpg"> Şekil 1: Sunulan yöntemlerin şematik özeti. Bitki toplama ve mantar izolasyonu, muhafazası ve kültüre bağlı ve bağımsız metodolojilerle moleküler tanımlama. <a href="https://www.jove.com/files/ftp_upload/65135/65135fig01large.jpg" target="_blank">Bu rakamın daha büyük bir sürümünü görüntülemek için lütfen buraya tıklayın.</a>

<table><tbody><tr><td>Yapışkan bant</td><td></td><td></td> <td>(herhangi bir şirketten, mikromorfolojik analizlerde yapışkan bant montajı için)</td></tr> <tr><td>Ampisilin</td><td>Sigma-Aldrich</td><td>A5354</td> <td>(bitki parçalarının montajı için; diğer antibiyotikler kullanılabilir - adım 2.2.1'i kontrol edin)</td></tr> <tr><td>Otoklav</td><td></td><td></td> <td>(herhangi bir şirketten, birçok adımda malzeme sterilizasyonu için)</td></tr> <tr><td>Bakteriyolojik agar</td><td>Sigma-Aldrich</td><td>A1296</td> <td>(birçok adım için)</td></tr> <tr><td>C1, C2, C3, C4, C5 ve C6 çözümleri</td><td>Qiagen</td><td>12888-50</td> <td>(DNeasy PowerSoil kiti ile satın alınır)</td></tr> <tr><td>Santrifüj ve nbsp; &nbsp;</td><td>Merck/Eppendorf</td><td>5810 G</td> <td>(mantar izolatlarından toplam DNA ekstraksiyonu için)</td></tr> <tr><td>Santrifüj tüpleri</td><td>Merck</td><td>CLS430828</td> <td>(numune toplama için)</td></tr> <tr><td>Kloroform</td><td>Sigma-Aldrich</td><td>C2432</td> <td>(mantar izolatlarından toplam DNA ekstraksiyonu için)</td></tr> <tr><td>Kongo kırmızısı</td><td>Supelco</td><td>75768</td> <td>(hif boyama için)</td></tr> <tr><td>Kriyotüpler</td><td>Merck</td><td>BR114831</td> <td>(için birçok adım)</td></tr><tr><td>Etanol</td><td>Supelco</td><td></td><td>100983 Uygun seyreltmelerin yapılması gerekecektir (birçok adım için)</td></tr><tr><td>Etilendiamintetraasetik asit (EDTA)</td><td>Sigma-Aldrich</td><td>3609</td><td>(mantar izolatlarından toplam DNA ekstraksiyonu için)Filtre</td></tr> <tr><td>kağıdı</td><td>Merck</td><td>WHA10010155</td><td>(birçok adım için)</td></tr><tr><td>Cam test tüpleri</td><td>Merck</td><td>CLS7082516</td><td>(kabuksuz pirinç tanelerinde kriyoprezervasyon için)</td></tr><tr><td>Cam yünü</td><td>Supelco</td><td>20411</td> <td>(kabuksuz pirinç tanelerinde kriyoprezervasyon için)</td></tr> <tr><td>Glikoz</td><td>Sigma-Aldrich</td><td>G8270</td><td>Veya dekstroz (vermikülitte kriyoprezervasyon için)</td></tr> <tr><td>Gliserol</td><td>Sigma-Aldrich</td><td>G5516</td><td>Veya gliserin (vermikülitte kriyoprezervasyon için, LPCB hazırlamak için)</td></tr> <tr><td>İzopropanol</td><td>Sigma-Aldrich</td><td>563935</td> <td>(mantardan toplam DNA ekstraksiyonu için izolatlar)</td></tr> <tr><td>Laktik asit</td><td>Sigma-Aldrich</td><td>252476</td> <td>(LPCB - hif boyama hazırlamak için)</td></tr> <tr><td>Laktofenol mavisi çözeltisi (LPCB)</td> <td>Sigma-Aldrich</td><td>61335</td> <td>(hif boyama için)</td></tr> <tr><td>Laminer akış başlığı</td> <td>(sınıf I, herhangi bir şirketten, birçok adım için)</td> Işık mikroskobu <td></td><td></td></tr><tr><td></td><td></td><td></td><td>(herhangi bir şirketten, hif gözlemi için)</td></tr> <tr><td>MB Spin Sütunlar</td><td>Qiagen</td><td>12888-50</td> <td>(DNeasy PowerSoil kiti ile satın alınır)</td></tr> <tr><td>Metil mavisi (pamuk mavisi)</td> <td>Sigma-Aldrich</td><td>M5528</td> <td>(LPCB - hif boyama hazırlamak için)</td></tr> <tr><td>Mikrosantrifüj tüpü (1.5 mL)</td> <td>Merck</td><td>HS4323</td> <td>(mantar izolatlarından toplam DNA ekstraksiyonu için)</td></tr> <tr><td>Mikrosantrifüj tüpü (2 mL)</td> <td>Merck</td><td>BR780546</td> <td>(birçok adım için)</td></tr> <tr><td>Mineral yağ</td><td></td><td></td><td>(mantar izolatlarının korunması için)</td></tr><tr><td>Kağıt torbalar</td><td></td><td></td><td>Ortalama boyut 150 mm x 200 mm (numune toplama için)</td></tr><tr><td>Petri kabı (Cam, 120 mm x 20 mm)</td><td>Merck/Pyrex</td><td>SLW1480/10D</td><td>(otoklavlanabilir, mantar slayt kültürü için daha yüksek olanları tercih edin)</td></tr><tr><td>Petri kabı (Cam, 50 mm x 17 mm)</td><td>Merck/Aldrich</td><td>Z740618</td><td>(mantar izolatlarının saflaştırılması için); alternatif olarak: polistiren petri kapları (steril, &gamma;-ışınlanmış, otoklavlanamaz)</td></tr><tr><td>Petri kabı (Cam, 80 mm x 15 mm)</td><td>Merck/Brand</td><td>BR455732</td><td>(bitki parçalarının montajı için); alternatif olarak: polistiren petri kapları (steril, &gamma;-ışınlanmış, otoklavlanamaz)</td></tr><tr><td>Fenol</td><td>Sigma-Aldrich</td><td>P1037</td> <td>(mantar izolatlarından toplam DNA ekstraksiyonu için, LPCB hazırlamak için)</td></tr><tr><td>Porselen harç</td><td>Sigma-Aldrich</td><td>Z247464</td> <td>(mantar izolatlarından toplam DNA ekstraksiyonu için)</td></tr> <tr><td>Porselen havaneli</td><td>Sigma-Aldrich</td><td>Z247502</td> <td>(mantar izolatlarından toplam DNA ekstraksiyonu için)</td></tr> <tr><td>Patates dekstroz agar (PDA)</td> <td>Millipore</td><td>P2182</td> <td>(birçok adım için)</td></tr> <tr><td>PowerBead tüpleri</td><td>Qiagen</td><td>12888-50</td> <td>(DNeasy PowerSoil kiti ile birlikte satın alınır)</td></tr> <tr><td>Hızlı montaj orta (Entellan)</td><td>Sigma-Aldrich</td><td>1.0796</td><td>(mantar slayt kültürü için)</td></tr><tr><td>Silika jel</td><td>Supelco</td><td>717185</td><td>(kabuksuz pirinç tanelerinde kriyoprezervasyon için)</td></tr><tr><td>Sodyum klorür (NaCl)</td><td>Sigma-Aldrich</td><td>S9888(</td><td>mantar izolatlarından toplam DNA ekstraksiyonu için)</td></tr><tr><td>Sodyum dodesil sülfat (SDS)</td><td>Sigma-Aldrich</td><td>L3771</td><td>Lauril sülfat sodyum tuzu (toplam DNA ekstraksiyonu için) mantar izolatlarından)</td></tr><tr><td>Sodyum hipoklorit (w/% 2 aktif klor)</td><td></td><td></td><td>(ticari ürün, yüzeysel desinfeksiyon için)</td></tr><tr><td>Toprak DNA ekstraksiyon kiti (DNeasy PowerSoil kiti)</td><td>Qiagen</td><td>12888-50</td><td>(bitki organlarından toplam DNA ekstraksiyonu için)</td></tr><tr><td>Spektrofotometre - Nanodrop 2000/2000c</td><td>ThermoFisher Scientific</td><td>ND2000CLAPTOP</td><td>(bitki organlarından toplam DNA ekstraksiyonu için)</td></tr><tr><td>Stereomikroskop</td><td></td><td></td> <td>(= makromorfolojik analizler için herhangi bir şirketten diseksiyon mikroskobu)</td></tr> <tr><td>Tetrasiklin</td><td>Sigma-Aldrich</td><td>T7660</td> <td>(bitki parçalarının montajı için)</td></tr> <tr><td>Termoblok</td><td>Merck / Eppendorf</td><td>EP5362000035</td> <td>(veya diğer şirketlerden)</td></tr> <tr><td>Doku homojenizatörü ve hücre lizörü</td><td>SPEX SamplePrep</td><td></td><td>2010 Geno / Öğütücü - Otomatik Doku Homojenizatörü ve Hücre Lizörü (bitki organlarından toplam DNA ekstraksiyonu için)</td></tr> <tr><td>Toluidin mavisi O</td><td>Sigma-Aldrich / Harleco</td><td>364-M</td> <td>(hif boyama için)</td></tr> <tr><td>Trehaloz</td><td>Sigma-Aldrich</td><td>T9531</td> <td>(vermikülitte kriyoprezervasyon için)</td></tr> <tr><td>Tris Baz Çözeltisi (Tris)</td> <td>Sigma-Aldrich</td><td>T1699</td> <td>(mantar izolatlarından toplam DNA ekstraksiyonu için)</td></tr><tr><td>Kabuksuz pirinç taneleri</td><td></td><td></td> <td>(kriyoprezervasyon için)</td></tr> <tr><td>U-şekilli cam çubuk</td><td></td><td></td> <td>(veya bir adaptasyon - mantar slayt kültürü için adım 5.4.1'i kontrol edin)</td></tr> <tr><td>Vermikülit</td><td></td><td></td><td>İnce granülometri (vermikülitte kriyoprezervasyon için)</td></tr> <tr><td>Vortexer</td><td>Sigma-Aldrich / BenchMixer</td><td>BMSBV1000</td> <td>(mantar izolatlarından toplam DNA ekstraksiyonu için)</td></tr> <tr><td>Maya özü</td><td>Sigma-Aldrich</td><td>Y1625</td> <td>(vermikülitte kriyoprezervasyon için)</td></tr></tbody></table>

mikoheterotrofik bitkilerde endofitik mantarları tanımlamak için İzolasyon, karakterizasyon ve toplam dna ekstraksiyonu

Isolation, Characterization, and Total DNA Extraction to Identify Endophytic Fungi in Mycoheterotrophic Plants

Mikoheterotrofik bitkiler, ototrofik kapasitelerini tamamen kaybetmiş, mikorizal bağımlılığın en aşırı biçimlerinden birini sunar. Diğer hayati kaynaklar kadar önemli olan bu bitkilerin yakından ilişkili olduğu mantarlar onlar için çok önemlidir. Bu nedenle, mikoheterotrofik türlerin incelenmesinde en uygun tekniklerden bazıları, özellikle köklerde ve yeraltı organlarında yaşayanlar olmak üzere, ilişkili mantarların araştırılmasını sağlayan tekniklerdir. Bu bağlamda, kültüre bağımlı ve kültürden bağımsız endofitik mantarların tanımlanması için teknikler yaygın olarak uygulanmaktadır. Mantar endofitlerinin izole edilmesi, onları morfolojik olarak tanımlamak, çeşitliliklerini analiz etmek ve orkide tohumlarının simbiyotik çimlenmesindeki uygulamalar için aşılamayı korumak için bir araç sağlar. Bununla birlikte, bitki dokularında yaşayan çok çeşitli kültürlenemeyen mantarların olduğu bilinmektedir. Bu nedenle, kültürden bağımsız moleküler tanımlama teknikleri, tür çeşitliliği ve bolluğunun daha geniş bir kapsamını sunar. Bu makale, kültüre bağlı ve bağımsız olmak üzere iki soruşturma prosedürünü başlatmak için gerekli metodolojik desteği sağlamayı amaçlamaktadır. Kültüre bağlı protokol ile ilgili olarak, mikoheterotrofik bitkilerin yeraltı ve hava organlarından filamentli mantarların izole edilmesi, izolatların bir koleksiyonunun tutulması, slayt kültürü metodolojisi ile hiflerin morfolojik olarak karakterize edilmesi ve toplam DNA ekstraksiyonu ile mantarların moleküler olarak tanımlanması ile birlikte, toplama alanlarından laboratuvar tesislerine bitki örneklerinin toplanması ve muhafaza edilmesi süreçleri detaylandırılmıştır. Kültürden bağımsız metodolojileri kapsayan ayrıntılı prosedürler, metagenomik analizler için bitki örneklerinin toplanmasını ve ticari bir kit kullanılarak klorofilli bitki organlarından toplam DNA ekstraksiyonunu içerir. Son olarak, analizler için süreklilik protokolleri (örneğin, polimeraz zincir reaksiyonu [PCR], dizileme) de önerilmektedir ve teknikler burada sunulmaktadır.

İzolasyon protokolünde, son yıkamada kullanılan sudan kontaminasyon olduğu ve kontaminasyonun aşılanmış fragmanlı Petri kaplarında da tespit edildiği göz önüne alındığında, kirleticinin türüne bağlı olarak farklı önlemler alınabilir (Tablo 1). Bu prosedür, aynı zamanda hızlandırılmış büyüme gösteren yüksek oranda sporlu mantar kontaminantları ve seçilen antibiyotiklere dirençli yoğun çoğalan bakteriler durumunda baştan tekrarlanmalıdır. Bunun yerine, mantar kirleticisi ya...

Bu makale, bitki ilişkili endofitik mantarların izolasyonu, izolatların uzun süreli korunması, morfolojik karakterizasyon ve sonraki moleküler tanımlama ve metagenomik analizler için toplam DNA ekstraksiyonu için ayrıntılı ve yeterli protokoller sağlamayı amaçlamaktadır.

Mikoheterotrofik Bitkilerde Endofitik Mantarları Tanımlamak için İzolasyon, Karakterizasyon ve Toplam DNA Ekstraksiyonu

Mycoheterotrophic plants present one of the most extreme forms of mycorrhizal dependency, having totally lost their autotrophic capacity. As essential as ...

Burada sunulan teknikler, farklı bitki organlarıyla ilişkili endofitik mantar topluluğunu araştırmak için yararlıdır. Endofitik mantar izolasyonu, tanımlanmalarına izin verir ve simbiyotik çimlenme gibi diğer tekniklerde değerlidir. Başlamak için, litre başına üç mililitre antibiyotik ile desteklenmiş sekiz ila 10 santimetre PDA kültür ortamı Petri kapları hazırlayın.Kültür ortamı Petri kaplarını kullanmadan önce 24 saat boyunca 36 santigrat derecede inkübe ederek kontaminasyon olup olmadığını kontrol edin. Ertesi gün, standart bir prosedür kullanarak sağlıklı mikoheterotrofik bitki parçalarını yüzeysel olarak dezenfekte edin ve steril bir Petri kabına yerleştirin. Numunelerin yüzeysel dezenfeksiyonunun etkinliğini değerlendirmek için, numunelerin son yıkaması sırasında kullanılan birkaç damla damıtılmış suyu PDA üzerinde aşılayın.Daha sonra, alevli bir neşter ve forseps kullanarak, numuneleri 0,2 santimetre kalınlığında parçalara ayırın. Ortamla temas halinde olacak yüzey alanını büyütmek için numuneleri bölümlere ayırın. Yeraltı organlarının beş parçasını, antibiyotik takviyeli PDA plakasına, çanak kenarlarına dokunmadan mümkün olduğunca uzağa yerleştirin.Petri kaplarını streç filmle kapatın ve beş gün boyunca karanlıkta 25 ila 27 santigrat derecede saklayın. Alt kültürlemeden bir gün önce, litre AA ortamı başına beş ila yedi gram kullanarak beş santimetre Petri kapları hazırlayın ve plakaları 24 saat boyunca 36 santigrat derecede inkübe edin. Mantar izolatlarını saflaştırmak için PDA plaka kolonilerini renge, büyüme desenine, dokuya ve kenar boşluğu formatına göre ayırt edin.Ardından yemeğin alt tarafındaki koloni kenar boşluklarını sınırlayın. Ayrıca kolonileri bir kodla tanımlayın. Otoklavlanmış bir tahta kürdanın ucunu kullanarak, tanımlanan mantar kolonisinin kenarlarından az miktarda miselyum geri kazanın ve AA plakasını çizgilendirin, birbirinden ve çanak kenarlarından bir santimetrede üç stria üretin.AA plakasını etiket kağıdı ve kurşun kalem kullanarak uygun kodla etiketleyin. Plakaları karanlıkta üç gün boyunca 25 ila 27 santigrat derecede inkübe etmeden önce kapatın. İnkübasyondan sonra, bireysel kolonileri oluşturan ince hifleri tanımlamak için plakaları titizlikle gözlemleyin.Kalıcı bir işaretleyici kullanarak tek tek kolonilerin alanını sınırlayın. Otoklavlanmış bir kürdan kullanarak koloniyi içeren ortamın bir kısmını kesin ve kesilen hacmi antibiyotiksiz yeni bir PDA Petri plakasının merkezine aktarın. Petri kaplarını izolatların kodlarıyla etiketledikten sonra, streç filmle kapatın ve yedi ila 14 gün boyunca karanlıkta 25 ila 27 santigrat derecede tutun.Mantar izolatlarının Castellani'nin yöntemiyle korunmasına başlamak için, otoklavlanmış iki mililitrelik mikrosantrifüj tüpüne 0,5 mililitre damıtılmış su ekleyin. Otoklavlanmış bir kürdan kullanarak, halihazırda yetiştirilmiş saflaştırılmış izolatların miselyum kenarlarından 0,5 x 0,5 santimetre küboid ortam kesin. Damıtılmış su ile mikrosantrifüj tüplerine dört ila altı küboid yerleştirin.Tüpleri karanlıkta 25 santigrat derecede gerektiği kadar saklayın. Gerektiğinde, bir küboidi geri kazanın ve depolanmış bir izolat yetiştirmek için yeni bir PDA kabının ortasına yerleştirin. Temiz bir cam slayt üzerine bir damla Toluidin mavi-O lekesi koyarak alay montaj yöntemine başlayın.Böyle bir teknikte farklı lekeler kullanılabilir. Otoklavlanmış bir kürdan kullanarak, yetiştirilen izolattan bir miktar hifleri dikkatlice çıkarın ve bunları leke damlasına yerleştirin. Bir kapak fişi yerleştirin ve ışık mikroskobu altında analiz edin.Yapışkan bant montaj yöntemi için, temiz bir cam slayt üzerine bir damla laktofenol pamuk mavisi leke koyun. Cam slayta ve merkezi leke damlasına tam olarak uyan boyutta şeffaf bir yapışkan bant şeridi kesin. Yapışkan şeridin yapışkan yüzeyini miselyum yüzeyine yönlendirin ve çok fazla bastırmadan veya toplamadan bir miktar hif toplamaya çalışın.Ardından bandı cam slayta yapıştırın ve lekenin toplanan hiflerle temas halinde olduğundan emin olun. Bandın üzerine bir damla su damlatın ve slaytı ışık mikroskobu altında analiz etmeden önce bir kapak fişi yerleştirin. Fragmanların iç kısmından çıkan küçük filamentli mantar misel gruplarının büyümesi, mikoheterotrofik bitki organ fragmanının PDA ortamı üzerinde aşılanmasından beş gün sonra gözlendi.Saflaştırılmış izolatın aşılanmasından yedi ila 14 gün sonra, PDA üzerinde saf mantar izolat kolonisinin santrifüj büyümesi gözlendi ve tek bir dairesel miselyum oluşturdu. Olası kontaminasyonlar kolayca tespit edildi ve ortamdaki büyüme formu, yönü, rengi ve pigment üretimi ile ilgili koloni homojenliğini tehlikeye attı. Mikoheterotrofik orkidenin fusiform köklerinden izole edilen bir koloni, Wullschlaegelia aphylla, ortamda yayılabilir pigmentler veya eksüdalar olmadan opaktı.Koloninin üst tarafı beyazımsı ila gri, alt tarafı kahverengimsiydi. Miseller havadan ve boldu ve kenarlar düzensiz ve havadandı. Koloni kadifemsi bir dokuya ve makroskopik yapıları olmayan buruşuk bir topografyaya sahipti.Boyanmamış miselyumda kolayca görülemeyen yapılar, mantar miselyumu laktofenol pamuk mavisi ve Toluidin mavisi-O ile boyandıktan sonra sergilendi ve tanımlanmaları kolaylaştırıldı. Burada sunulan mantar izolasyon yöntemleri, mantar endofitlerini tanımlamak için yeşil bitkilere de uygulanabilir. İzole edilen mantarlar simbiyotik çimlenme denemelerinde kullanılabilir.

isolation-characterization-total-dna-extraction-to-identify

Research

JoVE Journal

Biology

Biyoloji

Bu protokol mantar entomopatojenin tanıtmak için iki aşılama yöntemleri...

Endophytes olarak Mantar Entomopatojenlerin Kurulması: Endofitik Biyolojik Kontrol Doğru

Bu bakteri grubunun özel kültür veya moleküler çalışmalarını gerçekleştirmek için karmaşık mikrobiyal topluluklardan bakteri endosporlarını ayırmak için bir yöntem geliştirilmiştir.

Bitkisel Hücreler Hedefli lizis ile Çevre Örneklerden endosporlar Fiziksel İzolasyonu

İki bitki organelleri DNA zenginleştirme yönteminin karşılaştırılması ve optimizasyonu sunulmaktadır: geleneksel diferansiyel santrifüjleme ve metilasyon durumuna dayalı toplam gDNA'nın fraksiyonlanması. Ortaya çıkan DNA miktarını ve kalitesini değerlendirir, kısa okunmuş yeni nesil dizilemede performans gösteririz ve uzun okunan tek moleküllü dizilemede kullanım potansiyelini tartışırız.

Yeni nesil Sıralama için Uygun Bitki Organelleri DNA Zenginleştirme Yöntemlerinin Optimizasyonu ve Karşılaştırmalı Analizi

Burada, toprak, rizosferde ve kök endosphere microbiomes amplicon sıra verileri elde etmek için bir protokol açıklayın. Bu bilgiler kompozisyon ve çeşitlilik bitki ilişkili mikrobiyal toplulukların araştırmak için kullanılan ve bitki türlerinin geniş bir kullanım için uygundur.

Kök Microbiome keşfetmek: toprak, rizosferde ve kök Endosphere bakteriyel topluluk verileri ayıklama

Kazı alanından bitki köklerinin yanı sıra endosphere, rizosferde ve toprak içine örnekleri işleme DNA ekstraksiyon ve veri analiz yöntemleri de dahil olmak üzere ayrıntılı olarak açıklanmıştır. Bu kağıt bu teknikleri toprak, endosphere ve rizosferde microbiomes çalışma için kullanmak diğer laboratuvarlar sağlamak için tasarlanmıştır.

Yalıtım ve mikrobiyal topluluklarda toprak, rizosferde ve kökleri çok yıllık çim deneylerde Analizi

Glifosat bazlı ürünler (GBP), dünya çapında en yaygın geniş spektrumlu herbisitlerdir. Bu makalede, GBP'nin mikrobiyomlar üzerindeki etkisini ölçmek için saha deneylerinden biyoinformatik analizlere kadar genel kılavuzlar sunuyoruz.

Glifosat Bazlı Ürünlerin Mikrobiyomlar Üzerindeki Potansiyel Etkisinin Ölçülmesi

Entomopatojenik mantar kolonileri, Tenebrio yemi, Galleria yemi ve seçici yapay ortam, yani kloramfenikol, tiyabendazol ve sikloheksimid (CTC ortamı) ile desteklenmiş maya özü ile zenginleştirilmiş patates dekstroz agarı kullanılarak tropikal toprak örneklerinden izole edilir.

Entomopatojenik mantarları toprak örneklerinden izole etme yöntemlerinin karşılaştırılması

Bu protokol, mayaların ve küf Aspergillus fumigatus'un 7 gün gibi kısa bir sürede büyük toprak numunelerinden kültürlenmesi için etkili ve hızlı bir yöntemdir. Yöntemler, deneyler için gerektiğinde bir dizi inkübasyon ortamına ve sıcaklığına uyum sağlamak için kolayca değiştirilebilir.

Mantar Popülasyon Yapısını Araştırmak için Kültürlenebilir Maya ve Küflerin Topraklardan İzolasyonu

Yüksek verimli scRNA-seq yöntemlerinin fizibilitesi ve etkinliği, bitki araştırmalarında tek hücreli bir çağın habercisidir. Burada, spesifik Arabidopsis thaliana kök hücre tiplerinin izole edilmesi ve ardından transkriptom kütüphanesi yapımı ve analizi için sağlam ve eksiksiz bir prosedür sunulmaktadır.

Bitki Hücre Tiplerinin İzolasyonu ve Transkriptom Analizi

Burada, bir orman odun kurdundan entomopatojenik mantarlar elde etmek için bir protokol ve bir Coleopteran model böcek kullanarak entomopatojenik aktivitelerini değerlendirmek için ikame edici bir yol sunuyoruz. Bu yöntem, doğal ormanlardaki odun delici böcek zararlılarından entomopatojenik mantar kaynaklarını keşfetmek için etkili ve kullanışlıdır.

Bir Orman Ağaç Kurdundan Entomopatojenik Mantarların İzolasyonu, Davranışsal Tanımlama ve Patojenite Değerlendirmesi

iChip tekniği, topraktan yeni mikroorganizma keşfi oranlarını artıran ucuz ve basit bir yerinde izolasyon cihazı kullanır. Yeni mikroorganizmalar, diğer uygulamaların yanı sıra toprak mikrobiyomu veya doğal ürün keşfi ile ilgili daha fazla çalışma için kullanılabilir.

iChip Teknolojisi Kullanılarak Toprak Mikroorganizmalarının İzolasyonu

Öğrenin, mikoheterotrofik bitkilerden endofitik mantarları izole etmek ve karakterize etmek için steril kültür teknikleri, mikroskobik analiz ve DNA ekstraksiyonu yöntemlerini. Bu protokoller, fungal çeşitliliği ve ekolojik önemini anlamak için güvenilir araçlar sunar.

Mikoheterotrofik Bitkilerde Endofitik Mantarları Tanımlamak için İzolasyon, Karakterizasyon ve Toplam DNA Ekstraksiyonu

Daha fazla video keşfet