Skuamöz Olmayan Küçük Hücreli Dışı Akciğer Kanserinde Ultra Hızlı Amplikon Tabanlı Yeni Nesil Dizileme
8 Eylül 2023
Skuamöz olmayan küçük hücreli dışı akciğer kanseri (NS-NSCLC) bakım yönetimi için test edilecek moleküler biyobelirteçlerin artması, hızlı ve güvenilir moleküler tespit yöntemlerinin geliştirilmesine yol açmıştır. NS-KHDAK hastaları için genomik değişiklik değerlendirmesi için ultra hızlı yeni nesil dizileme (NGS) yaklaşımı kullanan bir iş akışı tanımlıyoruz.
Günümüzde, küçük hücreli dışı akciğer kanseri için hedefe yönelik tedaviler, çoklu genomik değişikliklerin hızlı bir şekilde saptanmasını gerektirmektedir. Bu nedenle, torasik biyopsi genellikle küçük olduğundan ve az sayıda tümör hücresi içerdiğinden, optimal bir bakım için çok önemlidir. Bu nedenle, patoloji laboratuvarında rutin küçük hücreli dışı akciğer kanseri teşhisi için uygulanan ultra hızlı bir Yeni Nesil Dizileme iş akışı sunuyoruz.
Günümüzde farklı panel boyutları kullanılarak hedeflenen NGS, RT-PCR kullanılarak bir gen dizileme testi, dijital PCR, floresan in situ hibridizasyon ve immünohistokimya moleküler değişiklikleri saptamak için kullanılan farklı yöntemlerdir. Bununla birlikte, bu yöntemlerin çoğu zaman ve doku materyali tüketebilir, bu da tanının gecikmesine ve doku eforu riskine yol açabilir. Buradaki zorluk, malzemeleri korurken ve hızlı bir teşhise cevap verirken çoklu moleküler değişiklikleri verimli bir şekilde tespit etmektir.
İş akışı, torasik onkoloğa histolojik tanı, PD-L1 durumu ve hedeflenebilir genomik anormallikler dahil olmak üzere kapsamlı tümör bilgileri sağlar. Optimal tedavi seçimi için hızlı tedavi kararı verilmesini sağlar. Protokolümüz, ESMO, NCCN ve ASCO tavsiyelerine dayalı olarak torasik onkolojideki tüm önemli moleküler hedefleri tanımlar, küçük numune boyutları ve sınırlı DNA / RNA ile bile zamanında sonuç verir.
Ve böylece otomatik sistem, sadece üç saatlik ıslak laboratuvar manipülasyonu ile teknisyenlerin iş yükünü azalttı. Gelecekte doku ve plazma örnekleri için geniş bir NGS paneli geliştirerek tümörlerin hızlı ve kapsamlı genomik profilleme karakterizasyonlarına odaklanmayı hedefliyoruz. Bununla birlikte, küçük örneklem boyutlarında ve büyük paneller kullanan sitolojik örneklerde çok sayıda moleküler değişikliği tespit etmek için artan stratejilere acilen ihtiyaç vardır.
Tam transkripti görüntüleyin ve binlerce bilimsel videoya erişin
Genel Bakış
Bu çalışma, hedefe yönelik tedavileri belirlemek amacıyla non-skuamöz küçük hücreli dışı akciğer kanserindeki (NS-NSCLC) genomik değişikliklerin hızlı bir şekilde tespit edilmesine yönelik acil ihtiyacı ele almaktadır. Küçük biyopsi örneklerinin verimli bir şekilde analizi için çözüm olarak ultra hızlı bir yeni nesil dizileme (NGS) iş akışı sunulmaktadır.
Çalışmanın Temel Bileşenleri
Araştırma Alanı
- Onkoloji
- Moleküler tanı
- Yeni nesil dizileme
Arka Plan
- NS-NSCLC için hedefe yönelik tedaviler, genomik değişikliklerin zamanında tespit edilmesine bağlıdır.
- Geleneksel biyopsi yöntemleri genellikle küçük örnekler verir ve bu durum analizi zorlaştırır.
- Hasta bakımını iyileştirmek için hızlı testler sağlayan kapsamlı bir yaklaşıma ihtiyaç vardır.
Kullanılan Yöntemler
- Ultra hızlı yeni nesil dizileme (NGS)
- Formalinle fikse edilmiş parafine gömülü (FFPE) örneklerin analizi
- Otomatik saflaştırma ve dizileme süreçleri
Temel Sonuçlar
- İş akışı, temel genetik mutasyonları ve füzyonları zaman açısından verimli bir şekilde tanımlamaktadır.
- Çeşitli genomik değişikliklerin tespitinde yüksek hassasiyet elde edilmiştir.
- 259 NS-NSCLC hastasına kapsamlı moleküler profilleme uygulanmıştır.
Sonuçlar
- Bu çalışma, NS-NSCLC'de hızlı genomik profilleme için yeni bir standart ortaya koymaktadır.
- Onkolojide kişiselleştirilmiş tedavi stratejileri için kritik bilgiler sağlamaktadır.
Sıkça Sorulan Sorular
Sektörel Uygulanabilirlik Özeti
Ultra hızlı amplikon tabanlı yeni nesil dizileme (NGS), küçük ve çeşitli biyopsi örneklerinden non-skuamöz küçük hücreli dışı akciğer kanserinin (NS-NSCLC) hızlı ve kapsamlı moleküler profillemesini sağlar. Bu yetenek, uygulanabilir genomik değişikliklerin zamanında tespitine yönelik artan talebi karşılayarak hassas tedavi seçimini destekler ve tanısal gecikmeleri azaltır. Bu tür iş akışlarının tanısal kırılma noktasına entegre edilmesi, toraks onkolojisinde öngörü güvenini ve portföy karar verme süreçlerini geliştirir.
Biyofarma Ar-Ge'sindeki Stratejik Uygulamalar
Erken Keşif ve Hedef Doğrulama
- NS-NSCLC'de klinik olarak uygulanabilir genomik alterasyonların güvenilir bir şekilde tanımlanmasını sağlar.
- Sürücü mutasyonları ve gen füzyonlarını saptayarak fonksiyonel hedef doğrulamasını destekler.
- Kapsamlı moleküler karakterizasyon yoluyla biyolojik risklerin azaltılmasını kolaylaştırır.
- Alt süreçlerdeki terapötik hipotez testleri için öngörü güvenilirliğini artırır.
Tarama ve Analiz Geliştirme
- Yüksek kapasiteli tanısal iş akışlarına uygun, standardize edilmiş ve tekrarlanabilir moleküler profilleme sağlar.
- SNV'ler, INDEL'ler, CNV'ler ve füzyonlar için kantitatif çıktılar sunarak analiz hazırlığını destekler.
- Doku tüketimini ve sonuçlanma süresini azaltarak verimli örnek triyajı sağlar.
- Tarama ve biyobelirteç platformlarına entegrasyon için doğrulanmış moleküler veriler hazırlar.
Translasyonel ve Preklinik Araştırmalar
- Moleküler profillemeyi, torasik onkolojideki translasyonel biyobelirteç stratejileriyle uyumlu hale getirir.
- Tanısal keşiften preklinik model seçimine ve validasyona kadar olan sürekliliği sağlar.
- Kapsamlı genomik veriler sunarak risk ayarlı ilerleme kararlarını destekler.
- NS-NSCLC'de yeni terapi geliştirme süreçleri için mekanistik risk azaltmayı mümkün kılar.
İş Akışı ve Pipeline Entegrasyonu
Bu ultra hızlı NGS iş akışı, tanısal keşif ile translasyonel araştırmalar arasında köprü kurarak NS-NSCLC portföylerinde hızlı öncü madde tanımlamasını ve preklinik doğrulamayı desteklemektedir.
- Keşif Biyolojisi: Çoklu genomik analize olanak tanıyarak hipotez testlerini ve yolak açıklığa kavuşturma süreçlerini hızlandırır.
- Tarama: Deney geliştirme ve bileşik değerlendirmesi için tekrarlanabilir, kantitatif moleküler çıktılar sağlar.
- Analitik: Koşullar arası karşılaştırma ve karar desteği için ayrıntılı varyant, füzyon ve kopya sayısı verileri üretir.
- Translasyonel Araştırma: Gerçek dünya tümör genomiğine dayalı olarak biyobelirteç uyumlandırmasını ve preklinik model seçimini kolaylaştırır.
- Kurumsal Yeniden Kullanım: Çeşitli örnek türlerinde sürekli moleküler profilleme için ölçeklenebilir, otomatik bir platform oluşturur.
Operasyonel ve Kurumsal Etki
- Bilimsel Değer: Hedef seçimindeki öngörü güvenini artırır ve mekanistik belirsizliği azaltır.
- Operasyonel Değer: Minimum doku gereksinimleriyle moleküler tanı yöntemlerini standartlaştırır ve hızlandırır.
- Stratejik Değer: Onkoloji süreçlerinde daha hızlı devam/dur kararları alınmasını sağlar ve kaynak tahsisini optimize eder.
- Portföy Etkisi: Hedefe yönelik tedavi adaylarının riskle uyumlu önceliklendirilmesini ve geliştirilmesini destekler.
Uygulama Hususları
- Moleküler patoloji ve NGS veri yorumlama konularında uzmanlık gerektirir.
- Otomatik enstrümantasyona ve entegre genomik analiz yazılımlarına bağlıdır.
- Numune işleme ve veri raporlama için ekipler arası standardizasyon gereklidir.
- Sitolojik örnekler dahil olmak üzere, farklı numune boyutları ve doku türleri için protokoller uyarlanmalıdır.
- Sonuçlanma süresi ve sensitivite, numune kalitesi ve girdi materyali kısıtlamalarından etkilenir.
Biyofarma SSS
Chapters in this video
0:00
Introduction
2:11
Preparation of FFPE DNA and RNA Samples for Sequencing Using Automated Purification Instrument (API)
4:42
Amplicon‐Based Next‐Generation Sequencing of Non‐Squamous Non‐Small Cell Lung Cancer
5:50
Sequencing Analysis of Non‐Squamous Non‐Small Cell Lung Cancer Using Integrated Genomic Viewer Software
