Name: Tavuğun Gastrointestinal Sisteminden Anaerobik Bakteri Yetiştiriciliğini Geliştirme Stratejileri (Video) | JoVE Journal
Uploaded: 2024-05-10T14:30:00.000+00:00
Duration: 4 min 36 s
Description: Keşfedin, tavuk bağırsaklarından anaerobik bakterileri izole etme ve yetiştirme yöntemlerini. Clostridiaceae ve Lactobacillaceae familyalarına ait yeni türleri tanımlayarak myo-inositol metabolizmasını aydınlatın.

ai_agent_IP

ai_agent

maintenance

instantTrialDurationMinutes

isBiopharma

enableNewMyJoveSectionDesign

educationFeatures

seoMetaApi

ai_copilot_institution_blacklist

ai_chat_institution_blacklist

freeAccessWindow

ssoRoleCapture

scheduledMaintenanceBanner

joveLabsFeatures

disable_autoplay_for_bots

extended_trial_duration

5 minutes

<meta charset="utf8"></head><body>Tavuk GI Yolunda Kültürlenmemiş Mikrobiyal Çeşitlilik için Yetiştirme Stratejileri

<ol><li>Wylensek, D., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((A+collection+of+bacterial+isolates+from+the+pig+intestine+reveals+functional+and+taxonomic+diversity%5BTitle%5D)+AND+%22Nat+Comm%22%5BJournal%5D)">A collection of bacterial isolates from the pig intestine reveals functional and taxonomic diversity.</a> Nat Comm. 11 (1), 6389(2020).</li>
<li>Medvecky, M., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Whole+genome+sequencing+and+function+prediction+of+133+gut+anaerobes+isolated+from+chicken+caecum+in+pure+cultures%5BTitle%5D)+AND+%22BMC+Geno%22%5BJournal%5D)">Whole genome sequencing and function prediction of 133 gut anaerobes isolated from chicken caecum in pure cultures.</a> BMC Geno. 19 (1), 561(2018).</li>
<li>Zenner, C., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Early-life+immune+system+maturation+in+chickens+using+a+synthetic+community+of+cultured+gut+bacteria%5BTitle%5D)+AND+%22mSystems%22%5BJournal%5D)">Early-life immune system maturation in chickens using a synthetic community of cultured gut bacteria.</a> mSystems. 6 (3), 1110-1128 (2021).</li>
<li>Borda-Molina, D., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Effects+on+the+ileal+microbiota+of+phosphorus+and+calcium+utilization%2C+bird+performance%2C+and+gender+in+japanese+quail%5BTitle%5D)+AND+%22Animals%22%5BJournal%5D)">Effects on the ileal microbiota of phosphorus and calcium utilization, bird performance, and gender in japanese quail.</a> Animals. 10 (5), 885(2020).</li>
<li>Bonnet, M., Lagier, J. C., Raoult, D., Khelaifia, S. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Bacterial+culture+through+selective+and+non-selective+conditions%3A+The+evolution+of+culture+media+in+clinical+microbiology%5BTitle%5D)+AND+%22New+Micro+New+Infect%22%5BJournal%5D)">Bacterial culture through selective and non-selective conditions: The evolution of culture media in clinical microbiology.</a> New Micro New Infect. 34, 100622(2020).</li>
<li>Tanaka, T., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((A+hidden+pitfall+in+the+preparation+of+agar+media+undermines+microorganism+cultivability%5BTitle%5D)+AND+%22Appl+Environ+Microbiol%22%5BJournal%5D)">A hidden pitfall in the preparation of agar media undermines microorganism cultivability.</a> Appl Environ Microbiol. 80 (24), 7659-7666 (2014).</li>
<li>Kawasaki, K., Kamagata, Y. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Phosphate-catalyzed+hydrogen+peroxide+formation+from+agar%2C+gellan%2C+and+%CE%BA-carrageenan+and+recovery+of+microbial+cultivability+via+catalase+and+pyruvate%5BTitle%5D)+AND+%22Appl+Environ+Microbiol%22%5BJournal%5D)">Phosphate-catalyzed hydrogen peroxide formation from agar, gellan, and κ-carrageenan and recovery of microbial cultivability via catalase and pyruvate.</a> Appl Environ Microbiol. 83 (21), e01366-e01417 (2017).</li>
<li>Kato, S., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Isolation+of+previously+uncultured+slow-growing+bacteria+by+using+a+simple+modification+in+the+preparation+of+agar+media%5BTitle%5D)+AND+%22Appl+Environ+Microbiol%22%5BJournal%5D)">Isolation of previously uncultured slow-growing bacteria by using a simple modification in the preparation of agar media.</a> Appl Environ Microbiol. 84 (19), e00807-e00818 (2018).</li>
<li>Lewis, W. H., Tahon, G., Geesink, P., Sousa, D. Z., Ettema, T. J. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Innovations+to+culturing+the+uncultured+microbial+majority%5BTitle%5D)+AND+%22Nat+Rev+Microbiol%22%5BJournal%5D)">Innovations to culturing the uncultured microbial majority.</a> Nat Rev Microbiol. 19 (4), 225-240 (2021).</li>
<li>Su, X. B., Ko, A. L. A., Saiardi, A. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Regulations+of+myo-inositol+homeostasis%3A+Mechanisms%2C+implications%2C+and+perspectives%5BTitle%5D)+AND+%22Adv+Biol+Regul%22%5BJournal%5D)">Regulations of myo-inositol homeostasis: Mechanisms, implications, and perspectives.</a> Adv Biol Regul. 87, 2212-4926 (2023).</li>
<li>Monastra, G., Dinicola, S., Unfer, V. <a target="_blank" href="http://scholar.google.com/scholar?hl=en&safe=off&q=author%3aMonastra%2C+G+%22Physiological+and+pathophysiological+roles+of+inositols+in+A+clinical+guide+to+inositols%22">Physiological and pathophysiological roles of inositols in A clinical guide to inositols</a>. , Elsevier. (2023).</li>
<li>Kanehisa, M. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Toward+understanding+the+origin+and+evolution+of+cellular+organisms%5BTitle%5D)+AND+%22Prot+Sci%22%5BJournal%5D)">Toward understanding the origin and evolution of cellular organisms.</a> Prot Sci. 28 (11), 1947-1951 (2019).</li>
<li>Lee, S. A., Nagalakshmi, D., Raju, M. V., Rao, S. V. R., Bedford, M. R. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Effect+of+phytase+superdosing%2C+myo-inositol+and+available+phosphorus+concentrations+on+performance+and+bone+mineralisation+in+broilers%5BTitle%5D)+AND+%22Animal+Nutri%22%5BJournal%5D)">Effect of phytase superdosing, myo-inositol and available phosphorus concentrations on performance and bone mineralisation in broilers.</a> Animal Nutri. 3 (3), 247-251 (2017).</li>
<li>Farhadi, D., Karimi, A., Sadeghi, G., Rostamzadeh, J., Bedford, M. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Effects+of+a+high+dose+of+microbial+phytase+and+myo-inositol+supplementation+on+growth+performance%2C+tibia+mineralization%2C+nutrient+digestibility%2C+litter+moisture+content%2C+and+foot+problems+in+broiler+chickens+fed+phosphorus-deficient+diets%5BTitle%5D)+AND+%22Poultry+Sci%22%5BJournal%5D)">Effects of a high dose of microbial phytase and myo-inositol supplementation on growth performance, tibia mineralization, nutrient digestibility, litter moisture content, and foot problems in broiler chickens fed phosphorus-deficient diets.</a> Poultry Sci. 96 (10), 3664-3675 (2017).</li>
<li>Weber, M., Fuchs, T. M. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Metabolism+in+the+niche%3A+A+large-scale+genome-based+survey+reveals+inositol+utilization+to+be+widespread+among+soil%2C+commensal%2C+and+pathogenic+bacteria%5BTitle%5D)+AND+%22Microbio+Spect%22%5BJournal%5D)">Metabolism in the niche: A large-scale genome-based survey reveals inositol utilization to be widespread among soil, commensal, and pathogenic bacteria.</a> Microbio Spect. 10 (4), e02013-e02022 (2022).</li>
<li>Kawsar, H. I., Ohtani, K., Okumura, K., Hayashi, H., Shimizu, T. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Organization+and+transcriptional+regulation+of+myo-inositol+operon+in+Clostridium+perfringens%5BTitle%5D)+AND+%22FEMS+Microbiol+Lett%22%5BJournal%5D)">Organization and transcriptional regulation of myo-inositol operon in Clostridium perfringens.</a> FEMS Microbiol Lett. 235 (2), 289-295 (2004).</li>
<li>Hellinckx, J., Heermann, R., Felsl, A., Fuchs, T. M. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((High+binding+affinity+of+repressor+IolR+avoids+costs+of+untimely+induction+of+myo-inositol+utilization+by+Salmonella+Typhimurium%5BTitle%5D)+AND+%22Sci+Rep%22%5BJournal%5D)">High binding affinity of repressor IolR avoids costs of untimely induction of myo-inositol utilization by Salmonella Typhimurium.</a> Sci Rep. 7 (1), 44362(2017).</li>
<li>Yebra, M. J., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Identification+of+a+gene+cluster+enabling+Lactobacillus+casei+BL23+to+utilize+myo-inositol%5BTitle%5D)+AND+%22Appl+Environ+Microbiol%22%5BJournal%5D)">Identification of a gene cluster enabling Lactobacillus casei BL23 to utilize myo-inositol.</a> Appl Environ Microbiol. 73 (12), 3850-3858 (2007).</li>
<li>Zhang, W. Y., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Comparative+analysis+of+iol+clusters+in+Lactobacillus+casei+strains%5BTitle%5D)+AND+%22World+J+Microbiol+Biotechnol%22%5BJournal%5D)">Comparative analysis of iol clusters in Lactobacillus casei strains.</a> World J Microbiol Biotechnol. 26, 1949-1955 (2010).</li>
<li>Labeda, D. P. <a target="_blank" href="http://scholar.google.com/scholar?hl=en&safe=off&q=author%3aLabeda%2C+DP+%22Bergey%27s+manual+of+systematic+bacteriology%22">Bergey's manual of systematic bacteriology</a>. , Springer. (2001).</li>
<li>Peterson, L. R. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Effect+of+media+on+transport+and+recovery+of+anaerobic+bacteria%5BTitle%5D)+AND+%22Clin+Infect+Dis%22%5BJournal%5D)">Effect of media on transport and recovery of anaerobic bacteria.</a> Clin Infect Dis. 25, 134-136 (1997).</li>
<li>Ulrich, R. L., Hughes, T. A. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((A+rapid+procedure+for+isolating+chromosomal+DNA+from+Lactobacillus+species+and+other+Gram-positive+bacteria%5BTitle%5D)+AND+%22Lett+Appl+Microbiol%22%5BJournal%5D)">A rapid procedure for isolating chromosomal DNA from Lactobacillus species and other Gram-positive bacteria.</a> Lett Appl Microbiol. 32 (1), 52-56 (2008).</li>
<li>Relman, D. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Universal+bacterial+16s+rRNA+amplification+and+sequencing%5BTitle%5D)+AND+%22Diag+Mol+Microbiol%22%5BJournal%5D)">Universal bacterial 16s rRNA amplification and sequencing.</a> Diag Mol Microbiol. , 489-495 (1993).</li>
<li>Altschul, S. F., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Gapped+BLAST+and+PSI-BLAST%3A+A+new+generation+of+protein+database+search+programs%5BTitle%5D)+AND+%22Nuc+Acid+Res%22%5BJournal%5D)">Gapped BLAST and PSI-BLAST: A new generation of protein database search programs.</a> Nuc Acid Res. 25 (17), 3389-3402 (1997).</li>
<li>Rios-Galicia, B., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Novel+taxonomic+and+functional+diversity+of+eight+bacteria+from+the+upper+digestive+tract+of+chicken%5BTitle%5D)+AND+%22Int+J+Syst+Evol+Microbiol%22%5BJournal%5D)">Novel taxonomic and functional diversity of eight bacteria from the upper digestive tract of chicken.</a> Int J Syst Evol Microbiol. 74 (1), 006210(2024).</li>
<li>Lagier, J. C., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Microbial+culturomics%3A+Paradigm+shift+in+the+human+gut+microbiome+study%5BTitle%5D)+AND+%22Clin+Microbiol+Infect%22%5BJournal%5D)">Microbial culturomics: Paradigm shift in the human gut microbiome study.</a> Clin Microbiol Infect. 18 (12), 1185-1193 (2012).</li>
<li>Lagkouvardos, I., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((The+mouse+intestinal+bacterial+collection+%28mibc%29+provides+host-specific+insight+into+cultured+diversity+and+functional+potential+of+the+gut+microbiota%5BTitle%5D)+AND+%22Nat+Microbiol%22%5BJournal%5D)">The mouse intestinal bacterial collection (mibc) provides host-specific insight into cultured diversity and functional potential of the gut microbiota.</a> Nat Microbiol. 1 (10), 1-15 (2016).</li>
<li>Gilroy, R., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Extensive+microbial+diversity+within+the+chicken+gut+microbiome+revealed+by+metagenomics+and+culture%5BTitle%5D)+AND+%22PeerJ%22%5BJournal%5D)">Extensive microbial diversity within the chicken gut microbiome revealed by metagenomics and culture.</a> PeerJ. 9, e10941(2021).</li>
<li>Huang, P., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((The+chicken+gut+metagenome+and+the+modulatory+effects+of+plant-derived+benzylisoquinoline+alkaloids%5BTitle%5D)+AND+%22Microbiome%22%5BJournal%5D)">The chicken gut metagenome and the modulatory effects of plant-derived benzylisoquinoline alkaloids.</a> Microbiome. 6 (1), 1-17 (2018).</li>
<li>Zhang, Y., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Improved+microbial+genomes+and+gene+catalog+of+the+chicken+gut+from+metagenomic+sequencing+of+high-fidelity+long+reads%5BTitle%5D)+AND+%22GigaScience%22%5BJournal%5D)">Improved microbial genomes and gene catalog of the chicken gut from metagenomic sequencing of high-fidelity long reads.</a> GigaScience. 11, 116(2022).</li>
<li>Segura-Wang, M., Grabner, N., Koestelbauer, A., Klose, V., Ghanbari, M. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Genome-resolved+metagenomics+of+the+chicken+gut+microbiome%5BTitle%5D)+AND+%22Front+Microbiol%22%5BJournal%5D)">Genome-resolved metagenomics of the chicken gut microbiome.</a> Front Microbiol. 12, 726923(2021).</li>
<li>Borrelli, R. C., Fogliano, V., Monti, S. M., Ames, J. M. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Characterization+of+melanoidins+from+a+glucose-glycine+model+system%5BTitle%5D)+AND+%22Euro+Food+Res+Technol%22%5BJournal%5D)">Characterization of melanoidins from a glucose-glycine model system.</a> Euro Food Res Technol. 215, 210-215 (2002).</li>
<li>Ferrario, C., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Untangling+the+cecal+microbiota+of+feral+chickens+by+culturomic+and+metagenomic+analyses%5BTitle%5D)+AND+%22Environ+Microbiol%22%5BJournal%5D)">Untangling the cecal microbiota of feral chickens by culturomic and metagenomic analyses.</a> Environ Microbiol. 19 (11), 4771-4783 (2017).</li>
<li>Crhanova, M., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Systematic+culturomics+shows+that+half+of+chicken+caecal+microbiota+members+can+be+grown+in+vitro+except+for+two+lineages+of+clostridiales+and+a+single+lineage+of+bacteroidetes%5BTitle%5D)+AND+%22Microorganisms%22%5BJournal%5D)">Systematic culturomics shows that half of chicken caecal microbiota members can be grown in vitro except for two lineages of clostridiales and a single lineage of bacteroidetes.</a> Microorganisms. 7 (11), 496(2019).</li>
<li>Rubio, L., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Lactobacilli+counts+in+crop%2C+ileum+and+caecum+of+growing+broiler+chickens+fed+on+practical+diets+containing+whole+or+dehulled+sweet+lupin+%28lupinus+angustifolius%29+seed+meal%5BTitle%5D)+AND+%22British+Poult+Sci%22%5BJournal%5D)">Lactobacilli counts in crop, ileum and caecum of growing broiler chickens fed on practical diets containing whole or dehulled sweet lupin (lupinus angustifolius) seed meal.</a> British Poult Sci. 39 (3), 354-359 (1998).</li>
<li>Bjerrum, L., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Microbial+community+composition+of+the+ileum+and+cecum+of+broiler+chickens+as+revealed+by+molecular+and+culture-based+techniques%5BTitle%5D)+AND+%22Poult+Sci%22%5BJournal%5D)">Microbial community composition of the ileum and cecum of broiler chickens as revealed by molecular and culture-based techniques.</a> Poult Sci. 85 (7), 1151-1164 (2006).</li>
</ol>

<table><tbody><tr><td>Asetik asit</td><td>VWR</td><td>20104.334</td><td></td></tr><tr><td>Agar</td><td>VWR</td><td>97064-332</td><td></td></tr><tr><td>Amonyum klorür</td><td>Carl Roth</td><td>P726.1</td><td></td></tr><tr><td>Anaerobik istasyon</td><td>Don Whitley Scientific</td><td>A35 HEPA</td><td></td></tr><tr><td>Butirik asit</td><td>Merck</td><td>8.0045.1000</td><td></td></tr><tr><td>Kalsiyum klorür dihidrat&nbsp;</td><td>VWR</td><td>97061-904</td><td></td></tr><tr><td>Santrifüj</td><td>Eppendorf</td><td>5424R</td><td></td></tr><tr><td>Tavuk lizozim (Muramidase)</td><td>VWR</td><td>1.05281.0010</td><td></td></tr><tr><td>Sistein</td><td>VWR</td><td>97061-204</td><td></td></tr><tr><td>Dekstroz</td><td>VWR</td><td>90000-908</td><td></td></tr><tr><td>Di-potasyum hidrojen fosfat</td><td>Carl Roth</td><td>P749.1</td><td></td></tr><tr><td>EDTA</td><td>Carl Roth</td><td>8043.2</td><td></td></tr><tr><td>Legehennen/ Junghennenfutter</td><td>Deutsche Tiernahrung Cremer GmbH & Co. KG, D&uuml; sseldorf,</td> <td>Almanya-MagAttract</td><td></td></tr> <tr><td>HMW DNA Kiti</td><td>Qiagen</td><td>67563</td><td></td></tr><tr><td>Magnezyum klorür</td><td>Carl Roth</td><td>2189.1</td><td></td></tr><tr><td>Karışık gaz (%80 N<alt>2</alt> (kalite seviyesi 5.0), %15 CO<alt>2</alt> (kalite seviyesi 3.0) ve %5 H<alt>2</alt> (kalite seviyesi 5.0))</td><td>Westfalen Gase GmbH,</td> <td>Almanya-Mutanolizin</td><td></td></tr><tr><td>, rekombinant (liyofilizat)</td><td>A& A Biyoteknoloji</td><td>1017-10L</td><td></td></tr><tr><td>Myo-inositol</td><td>Carl Roth</td><td>4191.2</td><td></td></tr><tr><td>PBS 1X</td><td>ChemSolute</td><td>8418.01</td><td></td></tr><tr><td>Potasyum dihidrojen fosfat</td><td>Carl Roth</td><td>3904.2</td><td></td></tr><tr><td>Propiyonik asit</td><td>Carl Roth</td><td>6026.1</td><td></td></tr><tr><td>QuantiFluor dsDNA Sistemi</td><td>Promega</td><td>E2671</td><td></td></tr><tr><td>RNAse A&nbsp;</td><td>QIAGEN Ribonükleaz A (RNase A)&nbsp;</td><td>19101</td><td></td></tr><tr><td>Sodyum klorür</td><td>VWR</td><td>27800.291</td><td></td></tr><tr><td>Sodyum resazurin</td><td>VWR</td><td>85019-296</td><td></td></tr><tr><td>Sodyum tiyoglikolat</td><td>Sigma-Aldrich</td><td>102933</td><td></td></tr><tr><td>Soya Peptonu, GDO'suz, Hayvansız</td><td>VWR</td><td>97064-186</td><td></td></tr><tr><td>Termodöngüleyici</td><td>Bio-Rad</td><td>T100</td><td></td></tr><tr><td>Tripton</td><td>Carl Roth</td><td>8952.1</td><td></td></tr><tr><td>Tween80</td><td>Carl Roth</td><td>9139.2</td><td></td></tr><tr><td>Vitamin karışımı (takviye)</td> <td>VWR</td><td>968290NL</td><td></td></tr><tr><td>Vortex</td><td>Star Lab</td><td>07127/92930</td><td></td></tr><tr><td>Maya Özü</td><td>Carl Roth</td><td>9257.05</td><td></td></tr><tr><td>&beta;-D-Fruktoz</td><td>VWR</td><td>53188-23-1</td><td></td></tr></tbody></table>

tavuğun gastrointestinal sisteminden anaerobik bakteri yetiştiriciliğini geliştirme stratejileri

Strategies to Enhance Cultivation of Anaerobic Bacteria from Gastrointestinal Tract of Chicken

Taşıma sırasında anaerobik koşulların izlenmesi Sodyum resazurin ilavesi nedeniyle, numunenin tüpe aktarılmasından önce taşıma çözeltisinin renginin pembeye dönüşmesi, anaerobik koşulların korunmasında bir bozulma veya başarısızlık olduğunu gösterir. Bu nedenle, Şekil 2'de görüldüğü gibi, renk değişimi gösteren tüplerin taşıma sırasında kullanılmasından kaçınılmış ve sadece renk değişikliği göstermeyen tüpler kullanılmıştır.
Sıralama sonuçlarının analizi Aşırı arka plan gürültüsü veya taban çizgisinde bozulma, düşük sinyal yoğunluğuna sahip tepe noktası, tek konumda çoklu veya örtüşen tepe noktalarının varlığı ve tutarsız tepe yükseklikleri ile kromatogram verilerine sahip izolatların DNA ekstraksiyonu, numunenin kontaminasyonunu, eşit olmayan amplifikasyonu veya dizileme işlemi sırasında sorunu gösterdikleri için taze ve saf kültür kullanılarak tekrarlandı. NCBI'de BLAST araması yapılırken, en yüksek yüzde özdeşliği ve yüksek sorgu kapsamını gösteren suş, izolatın tanımlanmasına yol açan izolatımızla ilgili suştu.
Geniş bir anaerobik bakteri spektrumunun yetiştirilmesi Anaerobik bakterilerin izolasyonu, beş farklı ortamda elde edilen 600'den fazla izolatın ayrı şişelerde hazırlanıp sterilize edilmesiyle sonuçlandı. 16S rRNA geni kullanılarak yapılan tanımlama, 15 farklı bakteri cinsi ile sonuçlanmıştır (Şekil 4). Toplam izolat sayısı arasında, yarısından fazlası katı anaerobik bakterileri temsil eder ve geri kalanı fakültatif anaerobiktir.
İzolatların çeşitliliği, Clostridiaceae, Lactobacillaceae ve Oscillospiraceae familyalarının üyeleriyle ilgili yeni taksonomik türleri gösteren sekiz suş içerir (Tablo 5)25. Bu sonuçlar, kültür ortamlarının hazırlanmasında ve çeşitli ortamların kullanımında iyi uygulamalara bağlı kalmanın, yetiştirme çalışmalarının başarısı için önemini vurgulamaktadır.
Hedeflenen izolasyon Kolonilerin minimal agar ortamında gözlemlenmesi, MI'yı bir karbon kaynağı olarak kullanabilen anaerobik bakterilerin potansiyel varlığını göstermektedir (Şekil 5). Bu bulguları genetik düzeyde kesin olarak doğrulamak için, tüm genom dizilimi yoluyla kapsamlı analizler yapılabilir. Bu dizileme yaklaşımı, iolA, iolB, iolC, iolD, iolE, iolF, iolG, iolH, iolI, iolJ, iolT ve iolW dahil olmak üzere MI metabolizması ile ilişkili veya buna katkıda bulunan spesifik genlerin tanımlanmasını sağlar.
<img alt="Figure 1" class="xfigimg" src="/files/ftp_upload/66570/66570fig01.jpg"> Şekil 1: Anaerobik bakteri yetiştiriciliği için GIT bölümlerinden numune alma ve taşıma işlemi. 1) Bölümler kesilmeden önce sıkıştırılarak kapatılır. Noktalı çizgiler önerilen kesim konumunu gösterir. 2) Numune alınan bölümün taşıma çözeltisi ile doldurulmuş bir Hungate tüpüne aktarılması. 3) Anaerobik koşulları korumak için taşıma çözeltisi enjekte edilerek hava atmosferinin değiştirilmesi. <a href="https://www.jove.com/files/ftp_upload/66570/66570fig01large.jpg" target="_blank">Bu rakamın daha büyük bir sürümünü görüntülemek için lütfen buraya tıklayın.</a>
<img alt="Figure 2" class="xfigimg" src="/files/ftp_upload/66570/66570fig02.jpg"> Şekil 2: Tavuğun ileum kısmından elde edilen örnekleri içeren Hungate tüplerinin çizimi. Görüntü, Hungate tüplerinin taşıma çözeltisi ile uygun şekilde doldurulmasını, numunenin bulunmamasını ve kontrolün numuneye sahip olmamasına kıyasla tutarlı rengin korunmasını sağladığını göstermektedir. Numune tüplerinde gözle görülür bulanıklık, digesta'nın çözünmesine bağlanmaktadır. <a href="https://www.jove.com/files/ftp_upload/66570/66570fig02large.jpg" target="_blank">Bu rakamın daha büyük bir sürümünü görüntülemek için lütfen buraya tıklayın.</a>
<img alt="Figure 3" class="xfigimg" src="/files/ftp_upload/66570/66570fig03.jpg"> Şekil 3: Anaerobik bakterilerin korunmasında sıralı adımlar. 1) İzotonik bir çözelti içinde 24 saatten 48 saate kadar aksenik kültürden biyokütle hasadı. 2) Artık ortamdan kurtulmak için bakteri hücrelerinin santrifüjleme ve süpernatan uzaklaştırma işlemiyle yıkanması. 3) Yıkama işleminin tekrarı. 4) Kültür ortamında pelet çözünmesi ve% 50 gliserol çözeltisi ve ardından steril kriyoviyallerde -80 ° C'de depolama. <a href="https://www.jove.com/files/ftp_upload/66570/66570fig03large.jpg" target="_blank">Bu rakamın daha büyük bir sürümünü görüntülemek için lütfen buraya tıklayın.</a>
<img alt="Figure 4" class="xfigimg" src="/files/ftp_upload/66570/66570fig04.jpg"> Şekil 4: İzole edilen bakterilerin cins düzeyinde taksonomik dağılımı. Yığılmış çubuk grafik, beş farklı ortam formülasyonundan izole edilen bakteri çeşitliliğini göstermekte ve bu çalışmada çeşitli ortam formülasyonlarının kullanılmasının yararlı etkisini vurgulamaktadır. Ortam formülasyonu Tablo 1'de listelenmiştir. <a href="https://www.jove.com/files/ftp_upload/66570/66570fig04large.jpg" target="_blank">Bu rakamın daha büyük bir sürümünü görüntülemek için lütfen buraya tıklayın.</a>
<img alt="Figure 5" class="xfigimg" src="/files/ftp_upload/66570/66570fig05.jpg"> Şekil 5: Minimal agar ortamında anaerobik bakteri kolonileri. 39 ° C'de 24 saatlik inkübasyondan sonra minimal agar ortamında gelişen anaerobik bakteri kolonileri. Kolonilerin gelişimi, diğer karbon kaynaklarının yanı sıra, miyo-inositolün birincil karbon kaynağı olarak potansiyel asimilasyonunu göstermektedir. İki seyreltme sunulmuştur, (A) 10-1, bollukları nedeniyle pratik bir sayımı aşan bir koloni sayısını ortaya çıkarır; ve (B) 10-2, ayırt edilebilir, sayılabilir kolonileri gösteren, seçici analizi kolaylaştıran. <a href="https://www.jove.com/files/ftp_upload/66570/66570fig05large.jpg" target="_blank">Bu rakamın daha büyük bir sürümünü görüntülemek için lütfen buraya tıklayın.</a>
<table border="1" fo:keep-together.within-page="1" fo:keep-with-next.within-page="always"><tbody><tr><td rowspan="2">Medya</td>
			<td>1</td>
			<td>2</td>
			<td>3</td>
			<td>4</td>
			<td>5</td>
		</tr><tr><td>Peptonlar medya</td>
			<td>Polisakkaritler ortamı</td>
			<td>Kısa yağ asitleri ortamı</td>
			<td>Karbonhidrat ortamı</td>
			<td>Sülfat indirgeyen bakteri (SRB) ortamı</td>
		</tr><tr><td rowspan="2">C Kaynağı</td>
			<td>Dekstroz %0.2</td>
			<td rowspan="2">Kanatlı hayvan yemi (%2)</td>
			<td rowspan="2">Asetik asit %0.17, İzovalerik asit %0.01, Propiyonik asit %0.2, Butirik asit %0.2</td>
			<td rowspan="2">Dekstroz %5</td>
			<td rowspan="2">Na-DL-laktat, Askorbik asit</td>
		</tr><tr><td>Nişasta %0,05</td>
		</tr><tr><td>N Kaynağı</td>
			<td>Soya fasulyesinden elde edilen amino asitler (% 1)</td>
			<td>-</td>
			<td>Tripton ve et ekstraktından elde edilen amino asitler (% 0.1)</td>
			<td>Soya peptonlarından elde edilen amino asitler (% 0.1), (NH4) 3 sitrat (% 0.1)</td>
			<td>NH4Cl (% 0.1)</td>
		</tr><tr><td>Mineral kaynağı</td>
			<td>K2HPO4 (% 0.05)</td>
			<td>-</td>
			<td>K2HPO4 (% 0.05)</td>
			<td>K2HPO4 (% 0.05)</td>
			<td>K2HPO4 (% 0.05)</td>
		</tr><tr><td>Ağar</td>
			<td>1.50%</td>
			<td>1.50%</td>
			<td>1.50%</td>
			<td>1.50%</td>
			<td>1.50%</td>
		</tr><tr><td>Kofaktör (Sterilizasyondan sonra eklenir)</td>
			<td>Maya özü (% 0.1)</td>
			<td>-</td>
			<td>Vitamin karışımı (%0.01)</td>
			<td>Vitamin karışımı (%0.01)</td>
			<td>Maya özü (% 0.01)</td>
		</tr><tr><td>Inhibitör -leri</td>
			<td>hiç kimse</td>
			<td>hiç kimse</td>
			<td>Ara: 80 (% 1)</td>
			<td>Menadion (% 0.05)</td>
			<td>-</td>
		</tr></tbody></table>Tablo 1: Geniş bir bakteri izolasyonu aralığı için kültür ortamının bileşimi. Her biri karbon kaynağı, nitrojen kaynağı, mineral kaynağındaki değişikliklere ve ko-faktörlerin ve inhibitörlerin dahil edilmesine dayalı olarak benzersiz bir şekilde formüle edilmiş beş agar ortamının bileşimi.
<table border="1" fo:keep-together.within-page="1" fo:keep-with-next.within-page="always"><tbody><tr><td>Kompozisyon</td>
			<td>Miktar (g/L)</td>
		</tr><tr><td>Kazein pepton</td>
			<td>17</td>
		</tr><tr><td>Soya pepton</td>
			<td>3</td>
		</tr><tr><td>Sodyum klorür</td>
			<td>5</td>
		</tr><tr><td>Dipotasyum hidrojen fosfat</td>
			<td>2.5</td>
		</tr><tr><td>Miyo-inositol</td>
			<td>2.5</td>
		</tr></tbody></table>Tablo 2: Zenginleştirme ortamı bileşimi. Geniş bir bakteri spektrumunun büyümesini desteklemek için karmaşık bileşenlerin bir karışımı ile tasarlanmış ortamın formülasyonu. Her bir bileşenin miktarı g/L cinsinden belirtilmiştir.
<table border="1" fo:keep-together.within-page="1" fo:keep-with-next.within-page="always"><tbody><tr><td>Kompozisyon</td>
			<td>Minimal Agar Ortamı (g / mL) / L</td>
			<td>Minimal Et Suyu Ortamı (g / mL) / L</td>
		</tr><tr><td>L-sistin</td>
			<td>0.5</td>
			<td>0.5</td>
		</tr><tr><td>Sodyum klorür</td>
			<td>0.3</td>
			<td>0.3</td>
		</tr><tr><td>Sodyum tiyoglikolat</td>
			<td>0.5</td>
			<td>0.5</td>
		</tr><tr><td>Sodyum hidrojen fosfat dihidrat</td>
			<td>0.53</td>
			<td>0.53</td>
		</tr><tr><td>Potasyum dihidrojen fosfat</td>
			<td>0.41</td>
			<td>0.41</td>
		</tr><tr><td>Amonyum klorür</td>
			<td>0.3</td>
			<td>0.3</td>
		</tr><tr><td>Kalsiyum klorür</td>
			<td>0.11</td>
			<td>0.11</td>
		</tr><tr><td>Magnezyum klorür</td>
			<td>0.1</td>
			<td>0.1</td>
		</tr><tr><td>Tripton</td>
			<td>10</td>
			<td>10</td>
		</tr><tr><td>EDTA</td>
			<td>0.00773</td>
			<td>0.00773</td>
		</tr><tr><td>Eser element çözeltisi SL7</td>
			<td>1</td>
			<td>1</td>
		</tr><tr><td>Vitamin karışımı</td>
			<td>0.2</td>
			<td>0.2</td>
		</tr><tr><td>Miyo-inositol (20 mM)</td>
			<td>3.6</td>
			<td>3.6</td>
		</tr><tr><td>Ağar</td>
			<td>15</td>
			<td>--</td>
		</tr><tr><td>pH (1 mM HCl kullanarak)</td>
			<td>6 ± 0.2</td>
			<td>6 ± 0.2</td>
		</tr></tbody></table>Tablo 3: Minimal ortam bileşimi. Ortam, birincil karbon kaynağı olarak miyo-inositol ile formüle edilmiştir.
<table border="1" fo:keep-together.within-page="1" fo:keep-with-next.within-page="always"><tbody><tr><td>İlk Denatürasyon</td>
			<td>95 °C</td>
			<td>4 dk</td>
			<td>1 katı</td>
		</tr><tr><td>denatürasyon</td>
			<td>95 °C</td>
			<td>30 Saniye</td>
			<td></td>
		</tr><tr><td>Tavlama</td>
			<td>52 °C</td>
			<td>30 Saniye</td>
			<td>30 katı</td>
		</tr><tr><td>Uzantı</td>
			<td>68 °C</td>
			<td>90 Saniye</td>
			<td></td>
		</tr><tr><td>Son Uzatma</td>
			<td>68 °C</td>
			<td>10 dk</td>
			<td>1 katı</td>
		</tr><tr><td></td>
			<td>4 °C</td>
			<td>∞</td>
			<td></td>
		</tr></tbody></table>Tablo 4: 16S rRNA gen amplifikasyonu için en uygun koşullar. Hedef genin verimli bir şekilde amplifikasyonu için termosiklerde kullanılacak ideal sıcaklık, süre ve döngü parametreleri.
<table border="1" fo:keep-together.within-page="1" fo:keep-with-next.within-page="always"><tbody><tr><td>Yeni taksonomi ataması</td>
			<td>Genom boyutu</td>
			<td>GC içeriği</td>
			<td>Bağırsak bölgesi</td>
			<td>16S katılımı </td>
		</tr><tr><td>Limozilactobacillus galli</td>
			<td>1861581</td>
			<td>50.43</td>
			<td>ekin</td>
			<td>OM760982</td>
		</tr><tr><td>Limosilactobacillus avium</td>
			<td>2158112</td>
			<td>48.49</td>
			<td>Ileum</td>
			<td>OM760983</td>
		</tr><tr><td>Limosilactobacillus pulli</td>
			<td>1924125</td>
			<td>45.87</td>
			<td>Ileum</td>
			<td>OQ831033</td>
		</tr><tr><td>Clostridium butanoliproducens</td>
			<td>3507657</td>
			<td>28.34</td>
			<td>ekin</td>
			<td>OQ831034</td>
		</tr><tr><td>Faecalispora anaeroviscerum</td>
			<td>2921858</td>
			<td>50.36</td>
			<td>Ileum</td>
			<td>OM760984</td>
		</tr><tr><td>Limosilactobacillus viscerum</td>
			<td>1993658</td>
			<td>44.9</td>
			<td>Ileum</td>
			<td>OM760986</td>
		</tr><tr><td>Ligilactobacillus hohenheimensis</td>
			<td>1381484</td>
			<td>50.47</td>
			<td>Jejunum (Türkçe)</td>
			<td>OM760988</td>
		</tr><tr><td>Limosilactobacillus difficilis</td>
			<td>1998683</td>
			<td>47.38</td>
			<td>Ileum</td>
			<td>OQ832131</td>
		</tr></tbody></table>Tablo 5. Yeni bakteri türlerinin taksonomik olarak tanımlanması. Bu çalışmada tavukların gastrointestinal sisteminden izole edilen ve tanımlanan yeni bakteri türleri, genom boyutları, GC içerikleri, kesitleri ve 16S rRNA gen katılımı ile birlikte detaylandırılmıştır. Bu tablo25'ten değiştirildi.

Tavuğun Gastrointestinal Sisteminden Anaerobik Bakteri Yetiştiriciliğini Geliştirme Stratejileri

The gastrointestinal tract (GIT) of chicken is a complex ecosystem harboring trillions of microbes that play a pivotal role in the host&#39;s physiology, ...

strategies-to-enhance-cultivation-anaerobic-bacteria-from

Research

JoVE Journal

Biology

Biyoloji

Clostridium difficile sıkı anaerob ve antibiyotik ilişkili ishal (AAD) neden olan bir patojen bakteridir. Burada, izole edilmesi ve kültür C muhafaza edilmesi için yöntemler difficile bitkisel hücreleri ve sporlar açıklanmıştır. Bu teknikler optimum C için uygun koşulları sağlamak için düzenli bakım gerektirir, bir anaerobik odasını gerektiren difficile ekimi.

Kültürleme ve bakımı<em&gt; Clostridium difficile</em&gt; Bir Anaerobik Çevre

Bakteriyosinlerin farklı ekolojik alanlarda mikrobik çeşitliliği tanımlamada önemli bir rol oynadığı düşünülmektedir. Burada, bir hayvan modelinde bakteriyosinin bağırsak mikrobiyotik kompozisyonunu nasıl etkilediğini değerlendiren etkili bir prosedürü anlatacağız.

Bakteriyosin Etkilerini Farenin Bağırsak Mikrobiyolojisi Üzerine Etkileyen Bir Yöntem

Zorunlu anaerobik organizmalar oksijene maruz kaldıktan sonra büyüyemedikleri için anaerobik kültür tekniklerinin kullanımı vazgeçilmezdir. Burada, medya hazırlığından gaz ve uçucu yağ asidi nicelleştirmesine kadar bir biyogaz bitkisinden elde edilen karışık bir kültürü yetiştirmek için basit ve etkili bir yöntem gösteriyoruz.

Kesinlikle Anaerobik/Anoksik Koşullarda Mikroorganizmaların Yetiştirilmesi için Orta Hazırlık

Burada, ticari bir piliç hattı olan Ross PM3'ün yumurtalarından mikropsuz civcivlerin üretilmesi için bir yöntem açıklıyoruz. Bu yöntem, diğer kanatlı hayvan türlerinden mikropsuz hayvanların üretimi için uyarlanabilir.

Mikrobiyota Çalışmaları için Ticari Bir Hattan Mikropsuz Hızlı Büyüyen Piliçlerin Üretimi

Diş plaklarını filtre ederek ve konak bakterilerle birlikte kültleştirerek, saccharibacteria adlı yeni bakteriyel fitülümün yetiştirilmede zor olan üyelerini izole etmek için bir yöntem gösteriyoruz.

Ağız Boşluğundan Simbiyotik Sakkarakterinin Kararlı İkili Kültürlerinin Kurulması

Protokol, anaerobik olarak kültürlenmiş insan vajinal bakterileri ile vajinal kolonizasyonun bir fare modelini sunar. Prevotella bivia ve Fusobacterium nucleatum için öneriler eklerken Gardnerella vaginalis'e odaklanıyoruz. Bu protokol aynı zamanda vajinal aşılamalar ve diğer anaerobik olarak yetiştirilen bakterilerin canlı iyileşmesi için bir rehber olarak da kullanılabilir.

Yapay Olarak Yetiştirilen Bakteriler Tarafından Murin Vajinal Kolonizasyon Modelleri

Bu makalenin odak noktası, bir ortamdan elde edilen titiz anaerobik mikroorganizmalar için ortam yapmak için en iyi uygulamaları detaylandırmaktır. Bu yöntemler anaerobik kültürlerin yönetilmesine yardımcı olur ve "mikrobiyal karanlık madde" olarak adlandırılan, kültürlenmemiş mikroorganizmaların büyümesini desteklemek için uygulanabilir.

Çevresel Olarak Edinilmiş Anaerobik Mikroorganizmaların Kültürlenmesi için Bir Dizi Yerinde Bilgilendirilmiş Simüle Edilmiş Ortam Formatı

Ovo elektroporasyon Civciv kuş embriyonun genetik manipülasyon sağlayan bir tekniktir. Bu tekniğin yaygın uygulamalar genlerin fonksiyonel analiz ve olası artırıcı unsurları içerir. Bu video HH 10 civciv embriyosunda nöral tüp elektroporasyon göstermektedir. Enjeksiyon tekniği ve uygun yumurta taşıma tartışılmıştır.

HH Sahne 10 Tavuk Embriyolar Ovo Electroporations

Biz, üç-boyutlu hücre kültürü için gözenekli polimer cips mikroimalat için iki süreç sunuyoruz. Bunlardan birincisi, solvent buhar kaynak işlemi ile birlikte sıcak kabartma. Ikincisi ise, kısa bir süre önce geliştirilen iyon izleme teknolojisi ile üretim önemli bir basitleştirme giden kombine microthermoforming süreci kullanır.

Üç boyutlu Hücre ekimi için Chip-ölçekli Yapı iskeleleri mikroimalat

Bu yazıda, tavuk embriyo merkezi sinir sisteminin çeşitli bölgelerinde insan kök hücrelerinin nakli için bir yöntem mevcut. Bu...

Tavuk embriyo haline İnsan Kök Hücre Xenotransplantation

Keşfedin, tavuk bağırsaklarından anaerobik bakterileri izole etme ve yetiştirme yöntemlerini. Clostridiaceae ve Lactobacillaceae familyalarına ait yeni türleri tanımlayarak myo-inositol metabolizmasını aydınlatın.

Tavuğun Gastrointestinal Sisteminden Anaerobik Bakteri Yetiştiriciliğini Geliştirme Stratejileri

Daha fazla video keşfet