Nükleik asit metabolize edici enzimleri test etmek için modifiye sentetik oligonükleotidlerin kullanılması

Burada, ligaz, nükleaz ve polimeraz enzimlerinin örnekleri kullanılarak nükleik asit metabolize edici enzimlerin tahlili için bir protokol sunulmaktadır. Test, enzim davranışının karakterizasyonuna izin veren, RNA ve/veya DNA hasarlarını veya yol ara ürünlerini taklit eden dupleksler oluşturmak için birleştirilebilen floresan etiketli ve etiketsiz oligonükleotidleri kullanır.

Araştırma grubum, DNA replikasyonu ve onarımında rol oynayan enzimlerle gerçekten ilgileniyoruz. Özellikle, ekstremofilik mikroorganizmalardan ve ayrıca patojenlerden gelen enzimler üzerinde çalışıyoruz çünkü bu enzimlerin bu organizmaların çevresel zorluklardan kurtulmasına nasıl izin verdiğini anlamak istiyoruz. Hem enzimlerin biyolojik işleviyle hem de biyoteknolojik uygulamalarla ilgileniyoruz.

Bu yüzden DNA ve RNA ligazları ile çok çalışıyoruz ve son zamanlarda bakteri hücresinin dışına kaçak olarak taşınıyor gibi görünen minimal bir DNA ligaz türünün rolünü belirledik. Ve bunun Neisseria gonorrhoeae patojeninde biyofilm oluşumunda rol oynadığını belirledik. Ayrıca, ArcticZymes'teki işbirlikçilerimizle birlikte, bir RNA parçasının her iki ucuna DNA adaptörleri bağlayabilen yeni bir RNA-DNA ligaz karakterize ettik.

Bu protokole de katkıda bulunan ArcticZymes'teki işbirlikçilerimiz, moleküler biyolojide potansiyel uygulamaları olan farklı DNA ve RNA metabolize edici enzimleri karakterize ediyorlar. Ve bu nedenle, bu tür bir protokolü, bu enzimlerin sahip olduğu aktivite spektrumunu anlamak ve bunları piyasada mevcut olanlara göre karşılaştırmak için ilk adım olarak kullanıyorlar. Protokol, radyoaktif işaretli substratların kullanımına kıyasla nükleik asit metabolize edici enzimlerin tahlili için daha kolay ve daha güvenli bir alternatif sunar.

Floresan etiketli DNA veya RNA substratları, çeşitli substratlar yapmak için oligonükleotidleri karıştırıp eşleştirebildiğimiz için yaklaşımımızı daha verimli hale getirir. Şu anda, Antarktika'daki bir çevresel genomda keşfettiğimiz bazı yeni nükleazların biyolojik işlevini anlamaya odaklanmış durumdayız. Bu nükleazların diğer ekstremofilik organizmalarda homologları var ve bu yüzden bu mikropların hayatta kalmasına izin vermede nasıl bir rol oynadıklarını anlamaya çalışıyoruz.

Ayrıca, bazı yeni enzimlerimizin doğal olmayan nükleik asit analogları üzerindeki aktivitesi ve bunların doğal olmayan DNA ve RNA substratları ile moleküler biyoloji araç setinin bir parçası olarak potansiyel kullanımlarıyla da gerçekten ilgileniyoruz.