Name: Visual Dynamics 3.0daki Yeni Özellikler (Video) | JoVE Journal
Uploaded: 2024-08-09T14:15:00.000+00:00
Duration: 5 min
Description: Keşfedin Visual Dynamics 3.0 ile moleküler dinamik simülasyonlarını nasıl kolaylaştırabilirsiniz. Bu açık kaynaklı araç, protein-ligand etkileşimlerini incelemek için yeni başlayanlar ve deneyimli araştırmacılar için kapsamlı bir rehber sunar.

ai_agent_IP

ai_agent

maintenance

instantTrialDurationMinutes

isBiopharma

enableNewMyJoveSectionDesign

educationFeatures

seoMetaApi

ai_copilot_institution_blacklist

ai_chat_institution_blacklist

freeAccessWindow

ssoRoleCapture

scheduledMaintenanceBanner

joveLabsFeatures

disable_autoplay_for_bots

extended_trial_duration

5 minutes

Bu çalışma Fundação Oswaldo Cruz (Fiocruz), Fundação para o Desenvolvimento Científico e Tecnológico em Saúde (Fiotec), Instituto Nacional de Ciência e Tecnologia de Epidemiologia da Amazônia Ocidental - INCT-EpiAmO, Fundação Rondônia de Amparo ao Desenvolvimento das Ações Científicas e Tecnológicas e à Pesquisa do Estado de Rondônia (FAPERO), Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior (CAPES) ve Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico (CNPq).

1. Yazılıma erişim ve yeni kullanıcı kaydı
<ol><li>Visual Dynamics (VD) web sayfasını ziyaret edin. Bir hesap oluşturmak için sağ üstteki +Kaydol simgesine tıklayın. Yazılımı kullanmak için kaydolun. NOT: Yalnızca kurumsal e-posta adreslerine izin verilir. Kullanıcı, kaydı onaylandıktan sonra bir e-posta bildirimi alacaktır.</li>
	<li>Sistem giriş ekranına erişmek için sağ üstteki Login'e tıklayın. Kullanıcı adı/e-posta ve şifre alanlarını doldurun ve Oturum aç'a tıklayın. Giriş yaptıktan sonra, kullanıcı simülasyon gönderme alanına erişebilecektir. Ayrıca VD için öğreticileri ve kullanım istatistiklerini de görüntüleyebilirler.</li>
</ol>2. Apoenzim simülasyonu gönderimi
<ol><li>Sol kenar çubuğundaki Yeni Simülasyon'a tıklayın. Görünen ekranda, apoenzimi ifade eden APO düğmesine tıklayın.</li>
	<li>Ücretsiz protein 4mvg.pdb dosyasını yükleyin. AMBER94 kuvveti alanını (veya başka bir uygun seçeneği) seçin. NOT: 4mvg.pdb Ek Dosya 1'den edinilebilir veya doğrudan Protein Veri Bankası'ndan (PDB) indirilebilir.</li>
	<li>TIP3P su modelini seçin. Kübik kutuyu seçin. Protein ve kutu kenarı arasındaki 0,5 nm mesafeyi seçin. NOT: Seçilen seçenekler yalnızca öneri niteliğindedir. Diğer tüm seçenekler VD'de çalışır.</li>
	<li>Gönderilen dosyalar ve parametrelerle simülasyonu yürütmek için Sunucularımızda Çalıştır seçeneğini işaretleyin. Simülasyonu çalıştır'a tıkladıktan sonra, kullanıcı simülasyon adımlarının gelişimini ekranda görecek ve tamamlandıktan sonra simülasyon durumu hakkında bir e-posta bildirimi alacaktır.</li>
</ol>3. ACPYPE'de Hazırlanan Ligand ile Kompleks Oluşturan Enzim Simülasyonunun Sunulması
<ol><li>UCSF Chimera20'yi kullanarak, protein-ligand kompleksi 4mgv.pdb41'i açın, Seç altında Kalıntı'ya tıklayın ve kodu D5I olarak ayarlayın. Ardından, Dosya'nın altında PDB'yi Kaydet'i tıklatın, Yalnızca Seçili Atomları Kaydet'i seçin, dosya adını ligand.pdb olarak ayarlayın ve Kaydet'i tıklatın.</li>
	<li>Önceki adımda oluşturulan ligand.pdb dosyasını Bio2Byte ACPYPE sunucusuna42 gönderin, çıktı dosyalarından ligand_NEW.itp ve ligand_NEW.pdb bu deneyde kullanılan ve sağlananlar olacaktır. NOT: ligand_NEW.itp ve ligand_NEW.pdb dosyaları Ek Dosya 2 ve Ek Dosya 3'ten edinilebilir.</li>
	<li>Sol kenar çubuğundaki Yeni Simülasyon'a tıklayın. Protein + Ligand (ACPYPE'de hazırlanmış) düğmesine tıklayın.</li>
	<li>Ücretsiz protein 4mvg.pdb dosyasını yükleyin. ACPYPE'de hazırlanan Ligand Dosyalarını seçin: ligand_NEW.itp ve ligand_NEW.pdb. AMBER94 kuvveti alanını seçin.</li>
	<li>TIP3P su modelini seçin. Kübik kutuyu seçin. Protein ve kutu kenarı arasındaki 0,5 nm mesafeyi seçin. Seçilen seçenekler yalnızca öneri niteliğindedir. Diğer tüm seçenekler VD'de çalışır.</li>
	<li>Gönderilen dosyalar ve parametrelerle simülasyonu yürütmek için Sunucularımızda Çalıştır seçeneğini işaretleyin. Simülasyonu çalıştır'a tıkladıktan sonra, kullanıcı simülasyon adımlarının gelişimini ekranda görecek ve tamamlandıktan sonra simülasyon durumu hakkında bir e-posta bildirimi alacaktır.</li>
</ol>4. Simülasyon sonuçlarına erişim
<ol><li>Sol kenar çubuğundaki Simülasyonlarım'a tıklayın.</li>
	<li>Platform tarafından kullanılan simülasyon konfigürasyon dosyalarını kullanıcının bilgisayarına indirmek için MDP Dosyalarını İndir'e tıklayın.</li>
	<li>Simülasyon öğelerini aşağıda açıklandığı gibi indirin.<ol><li>Platform tarafından yürütülen komutların listesini kullanıcının bilgisayarına indirmek için Komutlar'a tıklayın.</li>
		<li>.gmx komut çıktılarını içeren günlük dosyasını sırayla kullanıcının bilgisayarına indirmek için GROMACS Log'a tıklayın.</li>
		<li>_npt.gro, _pr.edr, _pr.tpr, _pr_PBC.gro ve pr_PBC.xtc gibi .gmx komutları tarafından oluşturulan dosyaları kullanıcının bilgisayarına indirmek için Sonuçlar'ı tıklayın.</li>
		<li>Her bir simülasyon adımını analiz etmek üzere grafikleri görüntü ve .xvg formatında kullanıcının bilgisayarına indirmek için Şekil Grafikleri'ne tıklayın.</li>
	</ol></li>
</ol>

Görsel Dinamikler: Moleküler Dinamik Simülasyonlarını Basitleştirme

<ol><li>International Union of Pure and Applied Chemistry (IUPAC). <a target="_blank" href="http://scholar.google.com/scholar?hl=en&safe=off&q=%22The+IUPAC+Compendium+of+Chemical+Terminology%3A+The+Gold+Book%22">The IUPAC Compendium of Chemical Terminology: The Gold Book</a>. , International Union of Pure and Applied Chemistry (IUPAC). Research Triangle Park, NC. (2019).</li>
<li>Karplus, M., McCammon, J. A. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Molecular+dynamics+simulations+of+biomolecules%5BTitle%5D)+AND+%22Nat+Str+Biol%22%5BJournal%5D)">Molecular dynamics simulations of biomolecules.</a> Nat Str Biol. 9 (9), 646-652 (2002).</li>
<li>Adcock, S. A., McCammon, J. A. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Molecular+dynamics%3A+Survey+of+methods+for+simulating+the+activity+of+proteins%5BTitle%5D)+AND+%22Chem+Rev%22%5BJournal%5D)">Molecular dynamics: Survey of methods for simulating the activity of proteins.</a> Chem Rev. 106 (5), 1589-1615 (2006).</li>
<li>Stillinger, F. H., Rahman, A. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Improved+simulation+of+liquid+water+by+molecular+dynamics%5BTitle%5D)+AND+%22J+Chem+Phys%22%5BJournal%5D)">Improved simulation of liquid water by molecular dynamics.</a> J Chem Phys. 60 (4), 1545-1557 (1974).</li>
<li>Zinovjev, K., Van Der Kamp, M. W. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Enlighten2%3A+molecular+dynamics+simulations+of+protein-ligand+systems+made+accessible%5BTitle%5D)+AND+%22Bioinformatics%22%5BJournal%5D)">Enlighten2: molecular dynamics simulations of protein-ligand systems made accessible.</a> Bioinformatics. 36 (20), 5104-5106 (2020).</li>
<li>McCammon, J. A., Gelin, B. R., Karplus, M. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Dynamics+of+folded+proteins%5BTitle%5D)+AND+%22Nature%22%5BJournal%5D)">Dynamics of folded proteins.</a> Nature. 267 (5612), 585-590 (1977).</li>
<li>Berendsen, H. J. C., Van Der Spoel, D., Van Drunen, R. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((GROMACS%3A+A+message-passing+parallel+molecular+dynamics+implementation%5BTitle%5D)+AND+%22Comp+Phys+Comm%22%5BJournal%5D)">GROMACS: A message-passing parallel molecular dynamics implementation.</a> Comp Phys Comm. 91 (1-3), 43-56 (1995).</li>
<li>Pearlman, D. A., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((a+package+of+computer+programs+for+applying+molecular+mechanics%2C+normal+mode+analysis%2C+molecular+dynamics+and+free+energy+calculations+to+simulate+the+structural+and+energetic+properties+of+molecules%5BTitle%5D)+AND+%22Comp+Phys+Comm%22%5BJournal%5D)">a package of computer programs for applying molecular mechanics, normal mode analysis, molecular dynamics and free energy calculations to simulate the structural and energetic properties of molecules.</a> Comp Phys Comm. 91 (1-3), 1-41 (1995).</li>
<li>Nelson, M. T., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((NAMD%3A+A+parallel%2C+object-oriented+molecular+dynamics+program%5BTitle%5D)+AND+%22Int+J+Supercomp+Appl+High+Performance+Comp%22%5BJournal%5D)">NAMD: A parallel, object-oriented molecular dynamics program.</a> Int J Supercomp Appl High Performance Comp. 10 (4), 251-268 (1996).</li>
<li>Addison-Wesley Pub. Co. <a target="_blank" href="http://scholar.google.com/scholar?hl=en&safe=off&q=%22The+Art+of+human-computer+interface+design%22">The Art of human-computer interface design</a>. , Addison-Wesley Pub. Co. Reading, Mass. (1990).</li>
<li>Wigdor, D., Wixon, D. <a target="_blank" href="http://scholar.google.com/scholar?hl=en&safe=off&q=author%3aWigdor%2C+D+%22Brave+NUI+World%3A+Designing+Natural+User+Interfaces+for+Touch+and+Gesture%22">Brave NUI World: Designing Natural User Interfaces for Touch and Gesture</a>. , Elsevier Science. Saint Louis. (2014).</li>
<li>Unwin, A., Heike, H. <a target="_blank" href="http://scholar.google.com/scholar?hl=en&safe=off&q=author%3aUnwin%2C+A+%22GUI+and+Command-line+-+Conflict+or+Synergy%22">GUI and Command-line - Conflict or Synergy</a>. , (2000).</li>
<li>Clark, D. Developing Web Applications. <a target="_blank" href="http://scholar.google.com/scholar?hl=en&safe=off&q=author%3aClark%2C+D+%22Beginning+C%23+Object-Oriented+Programming%22">Beginning C# Object-Oriented Programming</a>. , 243-263 (2011).</li>
<li>Eswar, N., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Comparative+protein+structure+modeling+using+Modeller%5BTitle%5D)+AND+%22Curr+Protoc+Bioinformatics%22%5BJournal%5D)">Comparative protein structure modeling using Modeller.</a> Curr Protoc Bioinformatics. 5, 10(2006).</li>
<li>Morris, G. M., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((AutoDock4+and+AutoDockTools4%3A+Automated+docking+with+selective+receptor+flexibility%5BTitle%5D)+AND+%22J+Comp+Chem%22%5BJournal%5D)">AutoDock4 and AutoDockTools4: Automated docking with selective receptor flexibility.</a> J Comp Chem. 30 (16), 2785-2791 (2009).</li>
<li>Van Der Spoel, D., Lindahl, E., Hess, B., Groenhof, G., Mark, A. E., Berendsen, H. J. C. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((GROMACS%3A+Fast%2C+flexible%2C+and+free%5BTitle%5D)+AND+%22J+Comp+Chem%22%5BJournal%5D)">GROMACS: Fast, flexible, and free.</a> J Comp Chem. 26 (16), 1701-1718 (2005).</li>
<li>Guex, N., Peitsch, M. C. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((SWISS-MODEL+and+the+Swiss-Pdb+Viewer%3A+An+environment+for+comparative+protein+modeling%5BTitle%5D)+AND+%22Electrophoresis%22%5BJournal%5D)">SWISS-MODEL and the Swiss-Pdb Viewer: An environment for comparative protein modeling.</a> Electrophoresis. 18 (15), 2714-2723 (1997).</li>
<li>The PyMOL molecular graphics system. , Available from: 
 <a target="_blank" href="https://pymol.org/">https://pymol.org/</a> (2023).</li>
<li>Humphrey, W., Dalke, A., Schulten, K. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((VMD%3A+Visual+molecular+dynamics%5BTitle%5D)+AND+%22J+Mol+Graph%22%5BJournal%5D)">VMD: Visual molecular dynamics.</a> J Mol Graph. 14 (1), 33-38 (1996).</li>
<li>Pettersen, E. F., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((UCSF+Chimera-A+visualization+system+for+exploratory+research+and+analysis%5BTitle%5D)+AND+%22J+Comp+Chem%22%5BJournal%5D)">UCSF Chimera-A visualization system for exploratory research and analysis.</a> J Comp Chem. 25 (13), 1605-1612 (2004).</li>
<li>PyRx-python prescription v. 0.8. , Available from: 
 <a target="_blank" href="https://pyrx.sourceforge.io/">https://pyrx.sourceforge.io/</a> (2023).</li>
<li>BIOVIA Discovery Studio 2017 R2: A comprehensive predictive science application for the Life Sciences. , Available from: 
 <a target="_blank" href="https://www.3ds.com/products/biovia/discovery-studio">https://www.3ds.com/products/biovia/discovery-studio</a> (2023).</li>
<li>Maestro. , Available from: 
 <a target="_blank" href="https://www.schrodinger.com/platform/products/maestro/">https://www.schrodinger.com/platform/products/maestro/</a> (2024).</li>
<li>Molecular operating environment (MOE). , Available from: 
 <a target="_blank" href="https://www.chemcomp.com/en/Products.htm">https://www.chemcomp.com/en/Products.htm</a> (2023).</li>
<li>The Syntax, Vocabulary and APIs of HTML5. , Available from: 
 <a target="_blank" href="https://dev.w3.org/html5/html-author/">https://dev.w3.org/html5/html-author/</a> (2023).</li>
<li>Cascading Style Sheets. , Available from: 
 <a target="_blank" href="https://www.w3.org/Style/CSS/">https://www.w3.org/Style/CSS/</a> (2023).</li>
<li>ECMAScript 2020 language specification, 11th edition. , Available from: 
 <a target="_blank" href="https://www.ecma-international.org/publications-and-standards/standards/ecma-262/">https://www.ecma-international.org/publications-and-standards/standards/ecma-262/</a> (2023).</li>
<li>Pieper, U., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((ModBase%2C+a+database+of+annotated+comparative+protein+structure+models%2C+and+associated+resources%5BTitle%5D)+AND+%22Nucleic+Acids+Res%22%5BJournal%5D)">ModBase, a database of annotated comparative protein structure models, and associated resources.</a> Nucleic Acids Res. 39, Database D465-D474 (2011).</li>
<li>Kiefer, F., Arnold, K., Kunzli, M., Bordoli, L., Schwede, T. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((The+SWISS-MODEL+Repository+and+associated+resources%5BTitle%5D)+AND+%22Nucleic+Acids+Res%22%5BJournal%5D)">The SWISS-MODEL Repository and associated resources.</a> Nucleic Acids Res. 37, Database D387-D392 (2009).</li>
<li>De Vries, S. J., Van Dijk, M., Bonvin, A. M. J. J. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((The+HADDOCK+web+server+for+data-driven+biomolecular+docking%5BTitle%5D)+AND+%22Nat+Prot%22%5BJournal%5D)">The HADDOCK web server for data-driven biomolecular docking.</a> Nat Prot. 5 (5), 883-897 (2010).</li>
<li>Grosdidier, A., Zoete, V., Michielin, O. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((SwissDock%2C+a+protein-small+molecule+docking+web+service+based+on+EADock+DSS%5BTitle%5D)+AND+%22Nucleic+Acids+Res%22%5BJournal%5D)">SwissDock, a protein-small molecule docking web service based on EADock DSS.</a> Nucleic Acids Res. 39, suppl W270-W277 (2011).</li>
<li>Kozakov, D., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((The+ClusPro+web+server+for+protein-protein+docking%5BTitle%5D)+AND+%22Nat+Prot%22%5BJournal%5D)">The ClusPro web server for protein-protein docking.</a> Nat Prot. 12 (2), 255-278 (2017).</li>
<li>Santos, K. B., Guedes, I. A., Karl, A. L. M., Dardenne, L. E. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Highly+flexible+ligand+docking%3A+Benchmarking+of+the+DockThor+program+on+the+LEADS-PEP+protein-peptide+data+set%5BTitle%5D)+AND+%22J+Chem+Info+Modeling%22%5BJournal%5D)">Highly flexible ligand docking: Benchmarking of the DockThor program on the LEADS-PEP protein-peptide data set.</a> J Chem Info Modeling. 60 (2), 667-683 (2020).</li>
<li>Ribeiro, J. V., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((QwikMD+-+Integrative+molecular+dynamics+toolkit+for+novices+and+experts%5BTitle%5D)+AND+%22Sci+Rep%22%5BJournal%5D)">QwikMD - Integrative molecular dynamics toolkit for novices and experts.</a> Sci Rep. 6 (1), 26536(2016).</li>
<li>Rodríguez Martínez, A., et al. <a target="_blank" href="http://scholar.google.com/scholar?hl=en&safe=off&q=author%3aRodr%C3%ADguez+Mart%C3%ADnez%2C+A+%22ASGARD.+A+simple+and+automatic+GROMACS+tool+to+analyze+Molecular+Dynamic+simulations%22">ASGARD. A simple and automatic GROMACS tool to analyze Molecular Dynamic simulations</a>. , (2023).</li>
<li>Singh, H., Raja, A., Prakash, A., Medhi, B. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Gmx_qk%3A+An+automated+protein%2Fprotein-ligand+complex+simulation+workflow+bridged+to+MM%2FPBSA%2C+based+on+Gromacs+and+Zenity-Dependent+GUI+for+beginners+in+MD+simulation+study%5BTitle%5D)+AND+%22J+Chem+Info+Modeling%22%5BJournal%5D)">Gmx_qk: An automated protein/protein-ligand complex simulation workflow bridged to MM/PBSA, based on Gromacs and Zenity-Dependent GUI for beginners in MD simulation study.</a> J Chem Info Modeling. 63 (9), 2603-2608 (2023).</li>
<li>Yekeen, A. A., Durojaye, O. A., Idris, M. O., Muritala, H. F., Arise, R. O. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((CHAPERONg%3A+A+tool+for+automated+GROMACS-based+molecular+dynamics+simulations+and+trajectory+analyses%5BTitle%5D)+AND+%22Comp+Str+Biotechnol+J%22%5BJournal%5D)">CHAPERONg: A tool for automated GROMACS-based molecular dynamics simulations and trajectory analyses.</a> Comp Str Biotechnol J. 21, 4849-4858 (2023).</li>
<li>Bayarri, G., Andrio, P., Hospital, A., Orozco, M., Gelpí, J. L. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((BioExcel+building+blocks+workflows+%28BioBB-Wfs%29%2C+an+integrated+web-based+platform+for+biomolecular+simulations%5BTitle%5D)+AND+%22Nucleic+Acids+Res%22%5BJournal%5D)">BioExcel building blocks workflows (BioBB-Wfs), an integrated web-based platform for biomolecular simulations.</a> Nucleic Acids Res. 50 (W1), W99-W107 (2022).</li>
<li>Vieira, I. H. P., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Visual+dynamics%3A+a+WEB+application+for+molecular+dynamics+simulation+using+GROMACS%5BTitle%5D)+AND+%22BMC+Bioinfo%22%5BJournal%5D)">Visual dynamics: a WEB application for molecular dynamics simulation using GROMACS.</a> BMC Bioinfo. 24 (1), 107(2023).</li>
<li>Schüttelkopf, A. W., Van Aalten, D. M. F. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((PRODRG+a+tool+for+high-throughput+crystallography+of+protein-ligand+complexes%5BTitle%5D)+AND+%22Acta+Crystallographica+Sect+D+Biol+Crystallography%22%5BJournal%5D)">PRODRG a tool for high-throughput crystallography of protein-ligand complexes.</a> Acta Crystallographica Sect D Biol Crystallography. 60 (8), 1355-1363 (2004).</li>
<li>Harikishore, A., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Adamantyl+derivative+as+a+potent+inhibitor+of+Plasmodium+FK506+binding+protein+35%5BTitle%5D)+AND+%22ACS+Med+Chem+Lett%22%5BJournal%5D)">Adamantyl derivative as a potent inhibitor of Plasmodium FK506 binding protein 35.</a> ACS Med Chem Lett. 4 (11), 1097-1101 (2013).</li>
<li>Sousa Da Silva, A. W., Vranken, W. F. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((ACPYPE+-+AnteChamber+PYthon+Parser+interfacE%5BTitle%5D)+AND+%22BMC+Res+Notes%22%5BJournal%5D)">ACPYPE - AnteChamber PYthon Parser interfacE.</a> BMC Res Notes. 5 (1), 367(2012).</li>
<li>Gromacs developmet and developers. , Available from: 
 <a target="_blank" href="https://www.gromacs.org/development.html">https://www.gromacs.org/development.html</a> (2023).</li>
<li>Andrio, P., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((BioExcel+building+blocks%2C+a+software+library+for+interoperable+biomolecular+simulation+workflows%5BTitle%5D)+AND+%22Sci+Data%22%5BJournal%5D)">BioExcel building blocks, a software library for interoperable biomolecular simulation workflows.</a> Sci Data. 6 (1), 169(2019).</li>
<li>Páll, S., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Heterogeneous+parallelization+and+acceleration+of+molecular+dynamics+simulations+in+GROMACS%5BTitle%5D)+AND+%22J+Chem+Phys%22%5BJournal%5D)">Heterogeneous parallelization and acceleration of molecular dynamics simulations in GROMACS.</a> J Chem Phys. 153 (13), 134110(2020).</li>
</ol>

Yazarların ifşa edecek hiçbir şeyi yok.

Süreçleri otomatikleştirmek kolay değildir, ancak aynı zamanda bir sistemi sıfırdan yeniden programlamaktan daha az zordur. Gromacs şu anda en popüler moleküler simülasyon yazılımıdır ve sürekli güncellenmektedir. Groningen Üniversitesi Biyofiziksel Kimya Bölümü başlangıçta geliştirdi ve şu anda Stockholm43 Üniversitesi'ndeki Yaşam Bilimleri Laboratuvarı tarafından sürdürülüyor.
Herhangi bir yeni kullanıcı için simülasyon tekniklerini öğrenmek uzun bir yolculuktur. VD, bu öğrenme sürecini kolaylaştırmanın yanı sıra, simülasyonları daha uzun süreler boyunca çalıştırmaya kaynak yatırmadan önce deneyleri doğrulamak için bir alternatif olarak ortaya çıkıyor. Kullanıcılar 5 ns simülasyon yürütebilir ve böylece simülasyonu daha da genişletmenin kullanışlılığını değerlendirebilir.
Birleştirmelerin ve Gromacs komutlarına parametre geçişinin otomasyonu, yalnızca Linux'un terminalinin yönetimini sağlama ve buna izin verme şekliyle mümkündür. VD'nin tam otomasyonu mümkün kılan ana özelliklerinden biri Şekil 3B'de görülebilir. Manuel bir yaklaşımda, analiz edilecek grupları seçmek için kullanıcının yürütmenin başında etkileşimde bulunması gerekir16. Bu durumda, grup 4 (Omurga) varsayılan olarak seçilmiştir. Bu adımı atlamak ve kullanıcı etkileşimini otomatikleştirmek için, echo "4 4" komutu, komut satırında kanal (|) olarak bilinen bir birleştirme aracıyla birlikte arka planda .gmx komutuna geçirilir. Bu, VD'ye benzer bir araç geliştirmek isteyen programcılar için kullanışlıdır ve kullanıcı etkileşiminin otomasyonuna ve öykünmesine izin verir.
Şu anda VD, WEB sunucusunda 5 ns süreli simülasyonları çalıştırmakla sınırlıdır. Önceki versiyonda bu sınır sadece 2 ns39 idi. Daha uzun bir simülasyon süresine ihtiyaç duyulursa, komut dosyasını ve MDP dosyalarını, Gromacs'ın kurulu olduğu kullanıcının kendi makinesinde yürütmek üzere indirmeniz önerilir. Sistemi Nötralize Et ve Hidrojenleri Yoksayla seçenekleri her zaman etkindir ve devre dışı bırakılamaz. Benzer şekilde, Çift duyarlık kullan seçeneği her zaman devre dışıdır. Bu seçenekler kullanıcıyı bilgilendirmek için gösterilir. Performans nedenleriyle bunlar sabittir. Mevcut versiyon, OPLS veya CHARMM kuvvet alanlarında hazırlanan ligandlarla simülasyon gerçekleştirmemektedir. Bu sınırlama tamamen teknik ve geçicidir.
Yapısal olarak, VD'nin iki uygulaması vardır: kullanıcının gördüğü uygulama olan bir web ön ucu ve MD'yi kurma ve çalıştırma işini yapacak uygulama olan bir sunucu arka ucu. Web ön ucu, kullanıcıların seçimler, geçişler ve dosya seçiciler aracılığıyla ne yapmak istediklerini toplamak için formlar içeren basit bir arayüzdür; Web ön ucunun akış şeması, protokolde adım adım açıklandığı gibi şimdilik atlanacaktır.
Sunucu arka ucu iki hizmetten oluşur: MD'leri yönetmek ve ayarlamak için bir uygulama ve MD'leri aynı anda yönetmek ve çalıştırmak için başka bir uygulama. Ek Şekil 1 , bir MD ayarlamak için alınan akışı gösterir ve Ek Şekil 2 , yürütme kuyruğu uygulamasının akışını gösterir.
Visual Dynamics'in yanı sıra MD'yi çalıştırmak için her biri kendi artıları ve eksileri olan başka otomatik/web araçları da vardır. ASGARD35, Gmx_qk36 ve CHAPERONg37 , GROMACS14'ün kullanımını kolaylaştırmaya yardımcı olan mükemmel araçlardır, ancak yine de kullanıcının kabuk hakkında minimum derecede bilgi sahibi olmasını gerektiren CLI uygulamalarıdır. BioBB-Wfs38 , VD39'a en çok benzeyen uygulamadır, aynı zamanda popüler MD araçları etrafında sarmalayıcılardan oluşan bir kütüphane olan BioBB44'ü kullandığı için VD'nin sunmadığı birçok şeyi sunar. Ekranlar, yeni başlayan biri için biraz fazla karmaşık olabilir. İşlem, VD'ye kıyasla oldukça karmaşıktır. Birçok adımdan sonra, HPC'lerde yürütülmek üzere Ortak İş Akışı Dili (CWL) adı verilen bir tür evrensel bileşen oluşturulur. Ancak, kullanıcının doğal olarak ücretsiz olmayan bu sunuculara erişimi olması gerekir.
VD'nin mevcut genel örneğinde işlemciyi kullanmak için Gromacs kuruludur, ancak makinenin Grafik İşleme Birimini (GPU) kullanma talimatlarıyla birlikte kurulabilir, bu da simülasyon performansını büyük ölçüde artırır45. Ayrıca, VD'de oluşturulan komut dosyası GPU şeffaftır, yani komutlarda herhangi bir değişiklik yapmaya gerek kalmadan kurulu bir GPU'ya sahip bir makinede yürütülebilir.
Bu noktada, VD, MD'yi yeni birine tanıtmak için harika bir araçtır, ancak en iyi MD ve Gromacs'a aşina olanlar tarafından kullanılabilir. Profesörün bir alıştırmayı yürütmek için kurulum veya parametre yapılandırma sorunları olmadan hızlı bir yaklaşıma ihtiyaç duyduğu simülasyon sınıflarında kullanılabilir. Ek olarak, VD bir simülasyonu doğrulamak için kullanılabilir; 5 ns için çalışıyorsa, genel olarak oluşturulan dosyaları kullanarak simülasyonu genişletmeye yatırım yapmak haklı VD.In, grup h-bağları ve Moleküler Mekanik Poisson-Boltzmann Yüzey Alanı (MMPBSA) bağlama enerjisi gibi daha otomatik analizleri dahil etmek için çalışıyor ve aynı zamanda sürekli olarak kullanılabilirliği geliştirmeye çalışıyor.

IUPAC tanımına göre MD, Newton'un hareket yasalarına göre bir moleküldeki atomların veya katılar, sıvılar ve gazlardaki tek tek atomların veya moleküllerin hareketini hesaplamaktan oluşan simülasyon prosedürüdür. Atomlara etki eden ve hareketlerini simüle etmek için gerekli olan kuvvetler, genellikle moleküler mekanik1'den gelen kuvvet alanları kullanılarak hesaplanır. Moleküler ve genellikle atomik düzeyde2 bilgi elde etmeye çalışan herhangi bir fenomene uygulanabilir.
MD, biyoinformatiğe, özellikle yapısal biyoinformatiğe dahil edilen tekniklerden biridir. Bununla beraber, biyomoleküler yapıların kinetik ve termodinamik özelliklerini elde etmek mümkündür. Örneğin, makromoleküler stabilite, allosterik bölgelerin tanımlanması, enzimatik aktivite mekanizmalarının aydınlatılması, küçük moleküllü komplekslerin moleküler tanınması ve özellikleri, proteinler arasındaki ilişki, protein katlanması ve hidrasyonu3. Ayrıca, MD, yapının ve arıtılmasının (X-ışını, NMR ve protein modellemesi) belirlenmesinde moleküler tasarım (ilaç tasarımında yaygın olarak kullanılır) dahil olmak üzere çok çeşitli çalışmalara olanak tanır3. Bir MD'nin sonunda elde edilen sonuçlar, kuantum olmayan simülasyon açısından en zengin ve en eksiksiz olanlardır4. Klasik MD, önemli yaklaşımların sayısı nedeniyle biyomoleküler sistemlerin fiziğinin tam olarak değerlendirilmesinden beklenenden çok daha verimlidir. Özellikle, kuantum dinamik etkileri genellikle göz ardı edilir3. Bununla birlikte, bir MD deneyi uygulamak önemsiz değildir5. Çoğu yapısal biyoinformatik yazılımı bunun için yapıldığından, özellikle Linux Terminali olmak üzere bilgi işlem bilgisi gerektirir. Bu bilgiyle bile, Gromacs komutlarını ve parametrelendirmeyi öğrenmek başka bir dik öğrenme eğrisidir.
1977'de biyolojiye ilk uygulamasından buyana6, artan hesaplamalı işleme ve gelişmiş kodlama nedeniyle çok şey gelişti. Yirmi yıldan fazla bir süre önce, biyolojik problemlere yönelik ilk MD yazılımı, yani Gromacs7, AMBER8 ve NAMD9 piyasaya sürüldü.
İlk sürümlerinden bu yana, bu yazılımlar hala en çok kullanılan ve alıntı yapılan yazılımlar olmaya devam ediyor. Bununla birlikte, bilgisayar uzmanı olmayan araştırmacıları rahatsız eden aynı yaygın uygulama zorluklarıyla devam ediyorlar5. Bazılarının karmaşık kurulum ve yapılandırma adımları vardır, bazen ondan en iyi şekilde yararlanmak için üzerinde çalışacağı donanım hakkında kapsamlı bilgi ve son derece bilgisayar merkezli teknik belgeler gerektirir. Komut satırı ve sonsuz parametrelerin yanı sıra onlarla arayüz oluşturmanın daha kolay bir yoluna ihtiyaç vardır.
Bir arayüz, gerçekleştirilecek mantıksal işlem ile insan10 arasında bir aracı görevi görür. Yazılımın nasıl yürütüldüğüne dair paradigma, bilgi işlem kaynakları geliştikçe gelişmiştir. İlk dijital paradigma, komut satırı arayüzleri (CLI) idi ve bunu bilinen grafiksel kullanıcı arayüzlerine (GUI) evrim izledi.11. Evrimsel döngüyü takiben, World Wide Web (veya kısaca WEB) tarafından üretilen arayüz, GUI'lerin11'in bir evrimi olarak kabul edilir. Bu üç paradigma şu anda geliştiricilere bağlı olarak bir arada var olmaktadır. CLI uygulamaları, işletim sistemi konsolunda metin komutlarını kullanır. Grafik masaüstleri olarak da adlandırılan GUI uygulamaları, pencereler, düğmeler ve diğer bileşenlerden oluşan bir grafik arabirim kullanır. Bir işletim sistemi için özeldir ve önceden programlanmıştır. CLI'dan temel farkı, farenin insan-makine etkileşiminde ek bir unsur olarak kullanılmasıdır12. WEB uygulamaları, bir GUI ile karıştırılmasına rağmen, geliştirilmesi daha karmaşıktır, ancak daha çok yönlüdür ve operasyonda açık ara en çevik olanlardır. Ayrıca, yalnızca tarayıcı adı verilen bir tercüman yazılımına bağımlıdırlar, bu da istemci uygulamasının işletim sisteminden bağımsız bir ağ üzerinden sunucuyla iletişim kurmasını mümkün kılar13.
Yapısal biyoinformatik yazılımı en yaygın olarak CLI ve GUI paradigmalarını kullanır. CLI kullanan klasik yazılımların bazı örnekleri, benzerlik modellemesi için Modeller14 , moleküler yerleştirme için Autodock15 ve moleküler dinamikler için Gromacs16'dır . GUI türünü benimseyen yazılımlara örnek olarak SwissPDBviewer17, Pymol18, VMD19, UCSF Chimera20, Autodock tools15, PyRx21, Biovia22, Maestro23 ve Moe24 verilebilir.
Diğerlerinin yanı sıra Hypertext Markup Language sürüm 5 (HTML5)25, Cascading Style Sheets (CSS)26 ve Javascript27 teknolojilerinin ortaya çıkmasıyla, birçok yapısal biyoinformatik uygulaması WEB'e getirilebilir ve böylece daha erişilebilir hale gelebilir. Benzerlik modelleme WEB sunucularına örnek olarak, arka uç olarak Modeller14 kullanan MODWEB28 ve Swissmodel29 verilebilir. Moleküler yerleştirme için web uygulama sunucularına örnek olarak Haddock30, Swissdock31, Cluspro32, Dockthor33 ve diğerleri verilebilir.
Yapısal analiz, modelleme ve yerleştirme metodolojileri CLI paradigmalarından GUI'ye ve son olarak WEB'e evrimleşirken, MD çoğunlukla komut satırı yürütme (CLI tipi) tarafından desteklenmeye devam ediyor. Bu panoramayı geliştirmek için bazı iyi girişimler ortaya çıktı. Bu girişimlere örnek olarak, VMD34'e QwikMD eklentisi, PyMOL'e GROMACS Eklentisi ve UCSF Chimera20'deki Moleküler Dinamik Simülasyon seçeneği gibi mevcut yazılımlarda eklentilerin uygulanması, ASGARD35, Gmx_qk 36 ve CHAPERONg37 gibi bazı yeni ve daha kolay CLI uygulamaları ve sağlam bir web platformu olan BioBB-Wfs38 verilebilir. Bu eklentilerin ve uygulamaların kullanımı bir ilerleme olsa da, bunların uygulanması çoğu vasıfsız araştırmacı için hala bir zorluktur. Yaygın zorluklar arasında, genellikle simülasyonun tam olarak yürütülmesini tehlikeye atan MD yazılımının yüklenmesi ve yapılandırılması sorunları yer alır5.
2022'de, web tabanlı hesaplamalı simülasyon için Visual Dynamics yazılımı, Fiocruz Rondônia39'daki Laboratório de Bioinformática e Química Medicinal tarafından kullanıma sunuldu. İlk versiyonu Python ve Flask'ta inşa edildi ve sadece 2 ns için serbest proteinler (apoenzimler) içeren sistemlerin simülasyonlarına izin verdi. Daha sonra, PRODRG40 kullanılarak hazırlanan ligandlarla otomatik bir simülasyon versiyonunu içerecek şekilde geliştirildi.
VD, yapısal biyofizik, biyoteknoloji ve ilgili alanlarda, hesaplama bilgisinde sınırlamaları olan tüm araştırmacılara yardımcı olmak için inşa edilmiştir; araç, bu araştırmacıların herhangi bir operasyonel sistemden ve yüksek performanslı bir bilgisayara (HPC) erişim olmadan MD simülasyonlarını içeren hipotezlerini test etmelerine olanak tanır. Bu çalışmanın amacı, Visual Dynamics sürüm 3.0'ın yeni özelliklerini sunmaktır. Ek olarak, araç için güncellenmiş bir kullanım protokolü sunmayı ve şu ana kadar olan kullanım istatistikleriyle birlikte gelecekte ele alınacak sınırlamaları vurgulamayı amaçlamaktadır (Şekil 1).

<table><tbody><tr><td>ACPYPE Sunucusu</td><td>Bio2Byte</td><td></td><td>https://www.bio2byte.be/acpype/</td></tr> <tr><td>GRACE yazılımında</td> mevcuttur <td>Weizmann Bilim Enstitüsü'nde</td><td></td> Plazma Laboratuvarı https://plasma-gate.weizmann.ac.il/Grace/ GROMACS <td>yazılımında mevcuttur</td></tr> <tr><td>GROMACS Ekibi</td><td></td><td>Kurulum talimatları şu adreste https://manual.gromacs.org/current/install-guide/index.html</td><td></td></tr><tr><td> inhibitörü D5 RCSB ile komplekslenmiş Plasmodium vivax'tan FK506 bağlayıcı protein </td><td>yapısı RCSB Protein Veri Bankası</td><td></td><td>https://www.rcsb.org/structure/4mgv adresinde mevcuttur. Zaten makromoleküle kompleks olmuş ligandı içerir.</td></tr></tbody></table>

visual dynamics 3.0'daki yeni Özellikler

New Features in Visual Dynamics 3.0

Görsel Dinamikler (VD), Gromacs'ta yürütülen Moleküler Dinamiğin (MD) kullanımını ve uygulanmasını kolaylaştırmayı amaçlayan bir web aracıdır ve hesaplama aşinalığı olmayan kullanıcıların doğrulama, gösterim ve öğretim amaçları için kısa süreli simülasyonlar çalıştırmasına olanak tanır. Kuantum yöntemlerinin en doğru olduğu doğrudur. Bununla birlikte, şu anda MD'nin gerçekleştirdiği deneyleri gerçekleştirmek için herhangi bir hesaplama fizibilitesi yoktur. Burada açıklanan araç, son birkaç yıl boyunca sürekli olarak iyileştirildi. Bu protokol, daha önce ACPYPE'de hazırlanmış bir protein-ligand kompleksi ile VD'de bir simülasyonu çalıştırmak için neyin gerekli olduğunu ve mevcut diğer simülasyon modelleriyle ilgili bazı genel talimatları açıklayacaktır. Ayrıntılı simülasyon için, inhibitör D5 (PDB ID: 4mgv) ile komplekslenmiş Plasmodium vivax'tan FK506 bağlayıcı protein kullanılacak ve kullanılan tüm dosyalar sağlanacaktır. Bu protokolün, sunulan sonuçların aynısını elde etmek için kullanılacak her seçeneği söyleyeceğini, ancak bu seçeneklerin yalnızca mevcut olması gerekmediğini unutmayın.

VD, kullanıcı müdahalesi veya kullanıcı tarafından sağlanan hesaplama kaynakları gerektirmeyen tamamen otonom bir simülasyon yürütmesi sağlar. Bir simülasyonu yürütmeye gönderdikten sonra, kullanıcı onu bırakabilir, makinelerini kapatabilir ve simülasyon çalışmaya devam eder. Ayrıca, kullanıcıların sonuçlara ister dizüstü bilgisayar ister mobil cihaz olsun, herhangi bir cihazdan erişmesine olanak tanır.
VD'nin WEB üzerinden otomatik modda kullanılmasına bir örnek olarak, test, inhibitör D5 (PDB ID: 4mgv) ile komplekslenmiş Plasmodium vivax'tan FK506 bağlayıcı proteinin yapısı kullanılarak ACPYPE'de hazırlanan bir protein-ligand kompleksi için yapılmıştır41. Hazırlık, tarif edilen protokolü takip etti ve analizin sonuçları Şekil 2A-D'de gösterildi.
Şekil 2A , ilk protein yapısı ile 5 ns boyunca (sistemde sabitlendiği gibi) simülasyonu arasındaki Kök Ortalama Kare Sapmasını (RMSD) temsil eder. Protein omurgası, simülasyon boyunca 2.5 Å'den daha az bir RMSD sergiledi. Şekil 2B , 5 ns simülasyonu sırasında proteinin kompaktlığını tanımlayan Dönme Yarıçapını (Rg) göstermektedir. Bu grafik, genel değerin yanı sıra x, y ve z olmak üzere üç koordinatta Rg'yi gösterir. Şekil 2C , 5 ns simülasyonu sırasında protein yapısındaki her bir amino asidin ortalama dalgalanma mesafesini temsil eden Kök Ortalama Kare Dalgalanmasını (RMSF) göstermektedir. Şekil 2D , en dik iniş yöntemini kullanarak enerji minimizasyon işlemi sırasında sistem için kJ/mol cinsinden enerji değişimini göstermektedir. Bu grafikten, sistemin 1000 kJ/mol/nm'den daha düşük bir maksimum kuvvetle stabilize olduğunu gözlemliyoruz.
Başka bir kullanım durumu, kullanıcının Gromacs kurulu olarak kendi sunucusunda çalıştırmak istemesidir. Bu kullanım şekli, Linux Terminali ve CLI uygulamaları hakkında orta düzeyde bilgi gerektirdiğinden bu protokolde ele alınmamıştır. Bu yöntem, oluşturulduğu gibi yürütüldüğünde VD ile aynı sonucu elde eden değiştirilebilir Gromacs komutlarının bir üreteci olarak VD'yi kullanır. MDP dosyalarını ve oluşturulan komutları içeren dosyayı indirirler (Şekil 3A). Her şey VD'de mevcuttur. Linux terminalinde çalıştırdıklarında, Şekil 3B'deki gibi sonuçlar alacaklardır.
<img alt="Figure 1" class="xfigimg" src="/files/ftp_upload/66964/66964fig03.jpg"> Şekil 1: Komut komut dosyaları oluşturmak için VD kullanma. (A) Komut listesi indirme seçeneği seçildiğinde VD'de oluşturulan komutların listesi. (B) Bir komutun yürütülmesinden elde edilen çıktı örneği. Sadece kopyalayın, yapıştırın ve yerel Linux isteminde çalıştırın. <a href="https://www.jove.com/files/ftp_upload/66964/66964fig03large.jpg" target="_blank">Bu rakamın daha büyük bir sürümünü görüntülemek için lütfen buraya tıklayın.</a>
<img alt="Figure 2" class="xfigimg" src="/files/ftp_upload/66964/66964fig01.jpg"> Şekil 2: Visual Dynamics erişim ve kullanım istatistikleri. Yaklaşık 63 ülkeden 4 binden fazla tek IP kullanıcısı şimdiden VD'ye erişti. <a href="https://www.jove.com/files/ftp_upload/66964/66964fig01large.jpg" target="_blank">Bu rakamın daha büyük bir sürümünü görüntülemek için lütfen buraya tıklayın.</a>
<img alt="Figure 3" class="xfigimg" src="/files/ftp_upload/66964/66964fig02.jpg"> Şekil 3: Otomatik VD analizi ile ilgili çıktı grafikleri örnekleri. (A) 5 ns boyunca Ortalama Karekök Sapması (RMSD). (B) 5 ns boyunca Dönme Yarıçapı (Rg). (C) 5 ns boyunca Ortalama Kare Kök Dalgalanması (RMSF). RMSF grafiğinin x ekseni, enzimdeki amino asitlerin sayısını temsil eder ve görüntüleme yazılımı minimum boyutta çıktı verir. Protein daha büyükse, x ekseni artacaktır. (D) Enerji minimizasyonu işlemi sırasında enerji değişimi. Enerji değişimi, işlem yeterli bir değere ulaştığında sona erer. <a href="https://www.jove.com/files/ftp_upload/66964/66964fig02large.jpg" target="_blank">Bu rakamın daha büyük bir sürümünü görüntülemek için lütfen buraya tıklayın.</a>
Ek Şekil 1: Visual Dynamics'in yeni bir simülasyon kurmak için kullandığı sürecin basitleştirilmiş akış şeması. <a href="https://www.jove.com/files/ftp_upload/66964/Supplemental%20Figure%201.zip" target="_blank">Bu dosyayı indirmek için lütfen buraya tıklayın.</a>
Ek Şekil 2: Visual Dynamics'in kuyruğa alınmış simülasyonların yürütülmesini yönetmek için kullandığı sürecin basitleştirilmiş akış şeması. <a href="https://www.jove.com/files/ftp_upload/66964/Supplemental%20Figure%202.zip" target="_blank">Bu dosyayı indirmek için lütfen buraya tıklayın.</a>
Ek Dosya 1: Protein pdb dosyası. <a href="https://www.jove.com/files/ftp_upload/66964/Supplementary%20File%201_RE.zip" target="_blank">Bu dosyayı indirmek için lütfen buraya tıklayın.</a>
Ek Dosya 2: Ligand itp dosyası. <a href="https://www.jove.com/files/ftp_upload/66964/Supplementary%20File%202_RE.zip" target="_blank">Bu dosyayı indirmek için lütfen buraya tıklayın.</a>
Ek Dosya 3: Ligand pdb dosyası. <a href="https://www.jove.com/files/ftp_upload/66964/Supplementary%20File%203_RE.zip" target="_blank">Bu dosyayı indirmek için lütfen buraya tıklayın.</a>

Visual Dynamics, Gromacs kullanarak moleküler dinamik simülasyonunda uygulamaları ve öğrenmeyi hızlandıran açık kaynaklı bir araçtır. Sunulan protokol, ACPYPE'de hazırlanmış bir protein-ligand simülasyonunu kolaylıkla gerçekleştirme adımlarında ve diğer simülasyon modellerine genel adımlarda size rehberlik edecektir.

Visual Dynamics 3.0'daki Yeni Özellikler

Visual Dynamics (VD) is a web tool that aims to facilitate the use and application of Molecular Dynamics (MD) executed in Gromacs, allowing users without ...

Research

JoVE Journal

Biochemistry

Biyokimya

Edimsel koşullanma paradigması kullanarak rasgele nokta kinematograms ve bilgisayar tarafından oluşturulan omurgasızlar video oynatma kullanan bir kertenkele görsel duyarlılık testi.

Kertenkeleler Hareket Hız ve Yön Visual Hassasiyet Test

Bu videoda, dinamik olarak değişen yüzeylerin yoğun 3D ölçümlerini sağlayan dijital saçak projeksiyon tekniklerinin temelleri açıklanmaktadır. Ayrıca, bu tekniklere dayalı yüksek hızlı bir ikili bulanıklaştırma sisteminin tasarımını ve çalışmasını da gösterir.

Dijital Fringe Projeksiyon Teknikleri ile Yüksek Çözünürlüklü, Yüksek Hızlı, Üç Boyutlu Video Görüntüleme

GPU hızlandırmalı moleküler dinamik simülasyonu ve nanoyapıların 3D/VR görselleştirmesi, analizi ve manipülasyonunu içeren yeni bir hesaplama sistemi uygulanmıştır, bu da malzeme araştırmalarını ilerletmek ve insan gözünün göremediği boyutlara sahip malzeme yapıları hakkında bilgi edinmek için yenilikçi araştırmaları ve alternatif yöntemleri teşvik etmek için yeni bir yaklaşımı temsil eder.

Roman 3D / MD Simülasyonlar, Görselleştirme ve Analiz VR İnteraktif Çevre

Pulmoner ven izolasyonu planlanırken pulmoner damarların (PV) boyutları önemli parametrelerdir. 2D transofagus ekokardiyografisi sadece PV'ler hakkında sınırlı veri sağlayabilir; bununla birlikte, 3D ekokardiyografi, PV'lerin ilgili çaplarını ve alanlarını ve çevredeki yapılarla mekansal ilişkilerini değerlendirebilir.

Pulmoner Damarların Spesifik Parametrelerinin Görselleştirilmesi ve Değerlendirilmesi için Üç Boyutlu Ekokardiyografik Yöntem

Inherent Dynamics Visualizer, gelişmiş, kolaylaştırılmış işlevsel ağ modelleri üretimi için gen düzenleyici ağ çıkarım aracına bağlanan etkileşimli bir görselleştirme paketidir. Görselleştirici, çıkarım aracını parametrelendirmek için daha bilinçli kararlar vermek ve böylece ortaya çıkan modellere olan güveni artırmak için kullanılabilir.

Doğal Dinamikler Görselleştiricisi, Gen Düzenleyici Ağ Çıkarım Ardışık Düzeninden Çıktıları Değerlendirmek ve Görselleştirmek için etkileşimli bir uygulama

3D sanal deneyler için simülasyon ve veri işleme araçlarını otomatik iş akışlarına entegre etmek isteyen alan uzmanı araştırmacılar için genelleştirilmiş ve FAIR uyumlu bir yöntem sunulmaktadır. Nötronik bir örnek, yerel bir Galaxy örneği kurmayı, OpenMC ve dosya dönüştürme araçlarını paketlemeyi, Omniverse'ten iş akışlarını başlatmayı ve dönüştürülmüş 3D çıktıların görselleştirilmesini gösterir.

Metaverse'de Sanal Deneyler İçin Otomatik Simülasyon İş Akışlarını 3D Görselleştirme ile Entegre Etmek

Uyumlu esneklik proteini fonksiyonunda önemli bir rol oynamaktadır. Burada, düzenli ve düzensiz protein işlevi sürücü hızlı yapısal değişiklikleri algılama için hidrojen döteryum değişimi bağlanmış zamana bağımlı elektrosprey iyonizasyon kütle spektrometresi kullanılmasını tarif eder.

Zaman çözülmesi elektro sprey iyonizasyon Hidrojen-döteryum Değişim Kütle Spektrometre Protein Yapısı ve Dinamikleri incelenmesi için

Burada iletişim kuralları için deterjan-Alerjik homojenizasyon kültürlü memeli hücrelerinin azot kavitasyon ve sonraki sitozolik ve membran bağlı proteinler ayrılması ultrasantrifüj tarafından dayalı mevcut. Bu yöntem periferik membran proteinlerinin çözünür arasındaki bölümleme izlemek için idealdir ve membran kesirler.

Azot kavitasyon ve diferansiyel Santrifüjü sağlar periferik membran proteinlerinin kültürlü hücrelerdeki dağılımını izlemek için

Siklin bağımlı kinaz 1 (Cdk1) hücre döngüsünün G2 aşamasında aktif ve birçok hücresel yolları düzenler. Burada, bir vitro kinaz tahlil için bir protokol ile bu önemli kinaz hücresel hedefleri oluşturmak üzere Cdk1 özgü fosforilasyon siteler tanımlaması sağlar Cdk1 mevcut.

Siklin bağımlı kinaz 1 tanımlaması belirli fosforilasyon siteleri bir Vitro kinaz tarafından tahlil

Burada, bağlama benzeşim ve aynı anda ölçerek immobilize katı destekli bilayers ile (SLB) A2 annexin etiket içermeyen fosfolipid bağlayıcı protein etkileşim modunu belirlemek için istihdam deneysel bir iletişim kuralı mevcut kütle alımı ve A2 annexin protein visko elastik özellikleri.

A2 bir kuvars rezonatör kullanarak katı destekli Lipid Bilayers için Annexin Protein bağlayıcı fosfolipid bağlama dinamikleri çalışmaya dissipative Microgravimetry

Keşfedin Visual Dynamics 3.0 ile moleküler dinamik simülasyonlarını nasıl kolaylaştırabilirsiniz. Bu açık kaynaklı araç, protein-ligand etkileşimlerini incelemek için yeni başlayanlar ve deneyimli araştırmacılar için kapsamlı bir rehber sunar.

Visual Dynamics 3.0'daki Yeni Özellikler

Daha fazla video keşfet