Name: Artım çekirdeklerini örneklemek ve dijitalleştirmek için yeni bir iş akışı (Video) | JoVE Journal
Uploaded: 2024-09-27T14:05:00.000+00:00
Duration: 7 min 5 s
Description: Keşfedin, artım çekirdeklerini 3D baskılı tutucular ve Skippy görüntüleme sistemi kullanarak hızlıca örnekleyip dijitalleştirme yöntemini. Bu protokol, dendroekoloji ve dendroklimatoloji alanlarında araştırmacılara zaman kazandırarak daha büyük veri setleri üretmelerini sağlar.

ai_agent_IP

ai_agent

maintenance

instantTrialDurationMinutes

isBiopharma

enableNewMyJoveSectionDesign

educationFeatures

seoMetaApi

ai_copilot_institution_blacklist

ai_chat_institution_blacklist

freeAccessWindow

ssoRoleCapture

scheduledMaintenanceBanner

joveLabsFeatures

disable_autoplay_for_bots

extended_trial_duration

5 minutes

<meta charset="utf8"></head><body>Dendroekolojik Çalışmalarda Tarladan Laboratuvara Ağaç Halkası Sayısallaştırma Protokolü

<ol><li>Wimmer, R. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Arthur+Freiherr+von+Seckendorff-Gudent+and+the+early+history+of+tree-ring+crossdating%5BTitle%5D)+AND+%22Dendrochronologia%22%5BJournal%5D)">Arthur Freiherr von Seckendorff-Gudent and the early history of tree-ring crossdating.</a> Dendrochronologia. 19 (1), 153-158 (2001).</li>
<li>McGraw, D. J. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Andrew+Ellicott+Douglass+and+the+giant+sequoias+in+the+founding+of+dendrochronology%5BTitle%5D)+AND+%22Tree-Ring+Res%22%5BJournal%5D)">Andrew Ellicott Douglass and the giant sequoias in the founding of dendrochronology.</a> Tree-Ring Res. 59 (1), 21-27 (2003).</li>
<li>Schweingruber, F. H. <a target="_blank" href="http://scholar.google.com/scholar?hl=en&safe=off&q=author%3aSchweingruber%2C+FH+%22Tree+Rings+and+Environment%3A+Dendroecology%22">Tree Rings and Environment: Dendroecology</a>. , Paul Haupt Publishers. Bern. (1996).</li>
<li>Amoroso, M. M., Daniels, L. D., Baker, P. J., Camarero, J. J. <a target="_blank" href="http://scholar.google.com/scholar?hl=en&safe=off&q=author%3aAmoroso%2C+MM+%22Dendroecology%3A+Tree-Ring+Analyses+Applied+to+Ecological+Studies+%28Vol.231%29%22">Dendroecology: Tree-Ring Analyses Applied to Ecological Studies (Vol.231)</a>. 231, Springer. (2017).</li>
<li>Lopez-Saez, J., Corona, C., Von Arx, G., Fonti, P., Slamova, L., Stoffel, M. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Tree-ring+anatomy+of+Pinus+cembra+trees+opens+new+avenues+for+climate+reconstructions+in+the+European+Alps%5BTitle%5D)+AND+%22Sci+Total+Environ%22%5BJournal%5D)">Tree-ring anatomy of Pinus cembra trees opens new avenues for climate reconstructions in the European Alps.</a> Sci Total Environ. 855, 158605(2023).</li>
<li>Björklund, J., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Fennoscandian+tree-ring+anatomy+shows+a+warmer+modern+than+medieval+climate%5BTitle%5D)+AND+%22Nature%22%5BJournal%5D)">Fennoscandian tree-ring anatomy shows a warmer modern than medieval climate.</a> Nature. 620 (7972), 97-103 (2023).</li>
<li>Camarero, J. J., Colangelo, M., Rodriguez-Gonzalez, P. M. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Tree+growth%2C+wood+anatomy+and+carbon+and+oxygen+isotopes+responses+to+drought+in+Mediterranean+riparian+forests%5BTitle%5D)+AND+%22Forest+Ecol+Manag%22%5BJournal%5D)">Tree growth, wood anatomy and carbon and oxygen isotopes responses to drought in Mediterranean riparian forests.</a> Forest Ecol Manag. 529, 120710(2023).</li>
<li>Huang, R., Xu, C., Grießinger, J., Feng, X., Zhu, H., Bräuning, A. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Rising+utilization+of+stable+isotopes+in+tree+rings+for+climate+change+and+forest+ecology%5BTitle%5D)+AND+%22JForestry+Res%22%5BJournal%5D)">Rising utilization of stable isotopes in tree rings for climate change and forest ecology.</a> JForestry Res. 35, 13(2024).</li>
<li>Schneider, L., Gärtner, H. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Additive+manufacturing+for+lab+applications+in+environmental+sciences%3A+pushing+the+boundaries+of+rapid+prototyping%5BTitle%5D)+AND+%22Dendrochronologia%22%5BJournal%5D)">Additive manufacturing for lab applications in environmental sciences: pushing the boundaries of rapid prototyping.</a> Dendrochronologia. 76, 126015(2022).</li>
<li>Björklund, J., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Scientific+merits+and+analytical+challenges+of+tree-ring+densitometry%5BTitle%5D)+AND+%22Rev+Geophys%22%5BJournal%5D)">Scientific merits and analytical challenges of tree-ring densitometry.</a> Rev Geophys. 57, 1224-1264 (2019).</li>
<li>Katzenmaier, M., Garnot, V. S. F., Björklund, J., Schneider, L., Wegner, J. D., von Arx, G. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Towards+ROXAS+AI%3A+Deep+learning+for+faster+and+more+accurate+conifer+cell+analysis%5BTitle%5D)+AND+%22Dendrochronologia%22%5BJournal%5D)">Towards ROXAS AI: Deep learning for faster and more accurate conifer cell analysis.</a> Dendrochronologia. 81, 126126(2023).</li>
<li>Gärtner, H., Lucchinetti, S., Schweingruber, F. H. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((A+new+sledge+microtome+to+combine+wood+anatomy+and+tree-ring+ecology%5BTitle%5D)+AND+%22IAWA+J%22%5BJournal%5D)">A new sledge microtome to combine wood anatomy and tree-ring ecology.</a> IAWA J. 36 (4), 452-459 (2015).</li>
<li>Gärtner, H., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((A+technical+perspective+in+modern+tree-ring+research+-+how+to+overcome+dendroecological+and+wood+anatomical+challenges%5BTitle%5D)+AND+%22J+Vis+Exp%22%5BJournal%5D)">A technical perspective in modern tree-ring research - how to overcome dendroecological and wood anatomical challenges.</a> J Vis Exp. 97 (e52337), (2015).</li>
<li>Gärtner, H., Banzer, L., Schneider, L., Schweingruber, F. H., Bast, A. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Preparing+micro+sections+of+entire+%28dry%29+conifer+increment+cores+for+wood+anatomical+time-series+analyses%5BTitle%5D)+AND+%22Dendrochronologia%22%5BJournal%5D)">Preparing micro sections of entire (dry) conifer increment cores for wood anatomical time-series analyses.</a> Dendrochronologia. 34, 19-23 (2015).</li>
<li>Gärtner, H., Schneider, L., Lucchinetti, S., Cherubini, P. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Advanced+workflow+for+taking+high-quality+increment+cores+-+new+techniques+and+devices%5BTitle%5D)+AND+%22J+Vis+Exp%22%5BJournal%5D)">Advanced workflow for taking high-quality increment cores - new techniques and devices.</a> J Vis Exp. (193), e64747(2023).</li>
<li>Wang, X. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Acoustic+measurements+on+trees+and+logs%3A+a+review+and+analysis%5BTitle%5D)+AND+%22Wood+Sci+Technol%22%5BJournal%5D)">Acoustic measurements on trees and logs: a review and analysis.</a> Wood Sci Technol. 47, 965-975 (2013).</li>
<li>Steenkamp, C. J., Van Rooyen, M. W., Van Rooyen, N. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((A+non-destructive+sampling+method+for+dendrochronology+in+hardwood+species%5BTitle%5D)+AND+%22South+Afr+For+J%22%5BJournal%5D)">A non-destructive sampling method for dendrochronology in hardwood species.</a> South Afr For J. 186, 5-7 (1999).</li>
<li>Toole, E. R., Gammage, J. L. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Damage+from+increment+borings+in+bottomland+hardwoods%5BTitle%5D)+AND+%22J+For%22%5BJournal%5D)">Damage from increment borings in bottomland hardwoods.</a> J For. 57, 909-911 (1959).</li>
<li>Grissino-Mayer, H. D. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((A+manual+and+tutorial+for+the+proper+use+of+an+increment+borer%5BTitle%5D)+AND+%22Tree-Ring+Res%22%5BJournal%5D)">A manual and tutorial for the proper use of an increment borer.</a> Tree-Ring Res. 59 (2), 63-79 (2003).</li>
<li>Griffin, D., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Gigapixel+macro+photography+of+tree+rings%5BTitle%5D)+AND+%22Tree-Ring+Res%22%5BJournal%5D)">Gigapixel macro photography of tree rings.</a> Tree-Ring Res. 77, 86-94 (2021).</li>
<li>, LINTAB-Precision ring by ring. , Rinntech. At
 <a target="_blank" href="https://rinntech.info/products/lintab/">https://rinntech.info/products/lintab/</a> (2003).</li>
<li>Cybis Dendrochronology. , Available from: 
 <a target="_blank" href="http://www.cybis.se/forfun/dendro/">http://www.cybis.se/forfun/dendro/</a> (2024).</li>
<li>Regent Instruments. , Available from: 
 <a target="_blank" href="https://regentinstruments.com">https://regentinstruments.com</a> (2024).</li>
<li>De Micco, V., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Intra-annual+density+fluctuations+in+tree+rings%3A+How%2C+when%2C+where%2C+and+why%5BTitle%5D)+AND+%22IAWA+J%22%5BJournal%5D)">Intra-annual density fluctuations in tree rings: How, when, where, and why.</a> IAWA J. 37, 232-259 (2016).</li>
<li>Edwards, J., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Intra-annual+climate+anomalies+in+northwestern+North+America+following+the+1783-1784+CE+Laki+eruption%5BTitle%5D)+AND+%22J+Geophys+Res+Atmos%22%5BJournal%5D)">Intra-annual climate anomalies in northwestern North America following the 1783-1784 CE Laki eruption.</a> J Geophys Res Atmos. 126, e2020JD033544(2020).</li>
<li>Levanič, T. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((ATRICS-A+new+system+for+image+acquisition+in+dendrochronology%5BTitle%5D)+AND+%22Tree-Ring+Res%22%5BJournal%5D)">ATRICS-A new system for image acquisition in dendrochronology.</a> Tree-Ring Res. 63 (2), 117-122 (2007).</li>
<li>García-Hidalgo, M., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((CaptuRING%3A+A+do-it-yourself+tool+for+wood+sample+digitization%5BTitle%5D)+AND+%22Methods+Ecol+Evol%22%5BJournal%5D)">CaptuRING: A do-it-yourself tool for wood sample digitization.</a> Methods Ecol Evol. 13 (6), 1185-1191 (2022).</li>
<li>Rodriguez, D. R. O., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Exploring+wood+anatomy%2C+density+and+chemistry+profiles+to+understand+the+tree-ring+formation+in+Amazonian+tree+species%5BTitle%5D)+AND+%22Dendrochronologia%22%5BJournal%5D)">Exploring wood anatomy, density and chemistry profiles to understand the tree-ring formation in Amazonian tree species.</a> Dendrochronologia. 71, 125915(2022).</li>
<li>Gärtner, H., Farahat, E. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Cambial+activity+of+Moringa+peregrina+%28Forssk.%29+Fiori+in+arid+environments%5BTitle%5D)+AND+%22Front+Plant+Sci%22%5BJournal%5D)">Cambial activity of Moringa peregrina (Forssk.) Fiori in arid environments.</a> Front Plant Sci. 12, 760002(2021).</li>
<li>Gärtner, H., Lucchinetti, S., Schweingruber, F. H. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((New+perspectives+for+wood+anatomical+analysis+in+dendrosciences%3A+the+GSL1-microtome%5BTitle%5D)+AND+%22Dendrochronologia%22%5BJournal%5D)">New perspectives for wood anatomical analysis in dendrosciences: the GSL1-microtome.</a> Dendrochronologia. 32, 47-51 (2014).</li>
<li>Maeglin, R. R. <a target="_blank" href="http://scholar.google.com/scholar?hl=en&safe=off&q=author%3aMaeglin%2C+RR+%22Increment+Cores%3A+How+to+Collect%2C+Handle%2C+and+Use+Them+%28Vol.+25%29%22">Increment Cores: How to Collect, Handle, and Use Them (Vol. 25)</a>. , General Technical Report, US Department of Agriculture, Forest Service, Forest Products Laboratory Madison, WI. (1979).</li>
<li>Agee, J. K., Huff, M. H. <a target="_blank" href="http://scholar.google.com/scholar?hl=en&safe=off&q=author%3aAgee%2C+JK+%22The+Care+and+Feeding+of+Increment+Borers%22">The Care and Feeding of Increment Borers</a>. , National Park Service. Seattle, WA. (1986).</li>
<li>Phipps, R. L., , <a target="_blank" href="http://scholar.google.com/scholar?hl=en&safe=off&q=author%3a+Phipps%2C+RL+%22Collecting%2C+Preparing%2C+Crossdating%2C+and+Measuring+Tree+Increment+Cores+%28No.+85-4148%29%22">Collecting, Preparing, Crossdating, and Measuring Tree Increment Cores (No. 85-4148)</a>. , US Department of the Interior, Geological Survey, USGS Publications Warehouse. (1985).</li>
<li>Cole, D. M. <a target="_blank" href="http://scholar.google.com/scholar?hl=en&safe=off&q=author%3aCole%2C+DM+%22Protection+and+Storing+Increment+Cores+in+Plastic+Straws%22">Protection and Storing Increment Cores in Plastic Straws</a>. 216, Department of Agriculture, Forest Service, Intermountain Forest and Range Experiment Station. Ogden, Utah. (1977).</li>
<li>Rossi, S., Anfodillo, T., Menardi, R. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Trephor%3A+a+new+tool+for+sampling+microcores+from+tree+stems%5BTitle%5D)+AND+%22IAWA+J%22%5BJournal%5D)">Trephor: a new tool for sampling microcores from tree stems.</a> IAWA J. 27 (1), 89-97 (2006).</li>
<li>Schneider, L., Gärtner, H. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((The+advantage+of+using+a+starch+based+non-Newtonian+fluid+to+prepare+micro+sections%5BTitle%5D)+AND+%22Dendrochronologia%22%5BJournal%5D)">The advantage of using a starch based non-Newtonian fluid to prepare micro sections.</a> Dendrochronologia. 31, 175-178 (2013).</li>
<li>Gärtner, H., Nievergelt, D. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((The+core-microtome%3A+A+new+tool+for+surface+preparation+on+corse+and+time+series+analysis+of+varying+cell+parameters%5BTitle%5D)+AND+%22Dendrochronologia%22%5BJournal%5D)">The core-microtome: A new tool for surface preparation on corse and time series analysis of varying cell parameters.</a> Dendrochronologia. 28 (2), 85-92 (2010).</li>
<li>McCarroll, D., Pettigrew, E., Luckman, A., Guibal, F., Edouard, J. L. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Blue+reflectance+provides+a+surrogate+for+latewood+density+of+high-latitude+pine+tree+rings%5BTitle%5D)+AND+%22Arct+Antarct+Alp+Res%22%5BJournal%5D)">Blue reflectance provides a surrogate for latewood density of high-latitude pine tree rings.</a> Arct Antarct Alp Res. 34 (4), 450-453 (2002).</li>
<li>Björklund, J., Seftigen, K., Kaczka, R. J., Rydval, M., Wilson, R. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((A+standard+definition+and+terminology+for+Blue+Intensity+from+conifers%5BTitle%5D)+AND+%22Dendrochronologia%22%5BJournal%5D)">A standard definition and terminology for Blue Intensity from conifers.</a> Dendrochronologia. 85, 126200(2024).</li>
<li>Van den Bulcke, J., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Advanced+X-ray+CT+scanning+can+boost+tree+ring+research+for+earth+system+sciences%5BTitle%5D)+AND+%22Ann+Bot%22%5BJournal%5D)">Advanced X-ray CT scanning can boost tree ring research for earth system sciences.</a> Ann Bot. 124 (5), 837-847 (2019).</li>
</ol>

<table><tbody><tr><td>Çekirdek-mikrotom</td><td>WSL</td><td>https://www.wsl.ch/en/services-produkte/microtomes/</td> <td>Artımlı çekirdeklerden mikro bölümleri kesmek için mikrotom</td></tr><tr><td>Epson Expression 10000XL&nbsp;</td><td>EPSON</td><td>https://epson.com/Support/Scanners/Expression-Series/Epson-Expression-10000XL---Graphic-Arts/s/SPT_E10000XL-GA</td><td>düz yataklı tarayıcı</td></tr><tr><td>GSC tutucu</td><td>WSL</td><td>şirket içi</td><td>3D baskılı montaj, taşıma, hazırlama, analiz ve depolama için çekirdekleri sabitlemek için</td></tr><tr><td>Skippy görüntü yakalama sistemi</td><td>WSL</td><td>https://www.wsl.ch/en/services-produkte/skippy/)&nbsp;</td><td>WSL'de geliştirilen ve 61 MP kamera (Sony Alpha 7R IV ve Sony FE 90mm f/2.8 Makro lens) ile donatılmış görüntü yakalama sistemi</td></tr></tbody></table>

artım çekirdeklerini örneklemek ve dijitalleştirmek için yeni bir iş akışı 

A New Workflow for Sampling and Digitizing Increment Cores

GSC sahibi Çekirdek tutucular (varsayılan olarak) 35 cm uzunluğa kadar basılır, bu da neredeyse kullanılan 3D yazıcının maksimum baskı boyutuna karşılık gelir (Orijinal Prusa XL, yapı hacmi 36 cm × 36 cm × 36 cm). Daha uzun damarların alınması durumunda, tüm tutucuların her iki ucunda bulunan girintiler vasıtasıyla küçük bağlantı parçaları ile bağlanarak tutucu ek tutucularla uzatılabilir (Şekil 2A).
Saha çalışması yaparken, çekirdekleri doğrudan tutucuda saklamak için gereken süre, onları bir pipete veya başka bir ambalaj malzemesine koymakla karşılaştırılabilir. Çekirdeği tutucuya bastırmadan önce her bir çekirdeğin lif yönüne saygı gösterilmesi gerekmesine rağmen (Şekil 2), bu ek süre sadece birkaç saniyedir ve bir lens kullanılarak desteklenebilir. Deneyimlerimize göre, gereken ekstra süre (varsa) 10 çekirdek için yaklaşık 1 dakikaya kadar çıkar. Bu minimum ekstra süre aynı zamanda kırık çekirdekleri de ifade eder. Kırık çekirdekleri parça parça bir pipete almak yerine, bu parçalar birbiri ardına tutucuya yerleştirilir ve bastırılır.
Çekirdeklerin sahada ve laboratuvara güvenli bir şekilde taşınmasını garanti etmek için, çekirdekler de dahil olmak üzere tutucular için özel bir taşıma kutusu tasarladık ve bastık (Şekil 3). Tutucular, tutucuların her iki ucundaki girintilere tam olarak uyan küçük çıkıntılarla stabilize edildikleri kutuya basit bir şekilde yerleştirilebilir. Kutu daha sonra kutunun yan oluklarından içeri itilen bir kapakla kapatılabilir.
Yeni tutucunun gerçek avantajı laboratuvarda ortaya çıkar. Çekirdekleri samandan (veya diğer kaplardan) çıkarmak, ipucu ile ahşap bağlantılar hazırlamak, çekirdekleri yuvaya sabitlemek, etiketi yeni yuvaya aktarmak ve daha sonraki işlemler için yapıştırıcı kuruyana ve stabil hale gelene kadar en az birkaç saat beklemek yerine, tutucudaki çekirdekler doğrudan (i) düz bir yüzeyi kesmek için bir çekirdek mikrotomuna sabitlenebilir veya (ii) doğrudan bir zımparalama ile zımparalanabilir başka bir hazırlık işlemine gerek kalmadan makine. Etiketlerin herhangi bir yeni montaj parçasına aktarılması ihtiyacının ortadan kaldırılması, özellikle olası iletim hatalarını önler.
Tutucular herhangi bir çekirdek çapı için tasarlanabildiğinden, örneğin izotop veya diğer kimyasal analizler için alındıkları için "standart" 5 mm çekirdekler için mi yoksa 10 mm veya 12 mm çekirdekler için mi gerekli oldukları önemli değildir.
İzotop veya kimyasal analizlerle ilgili olarak, tutucunun avantajı, çekirdeklerin yapıştırıcı veya sabitleme ortamına ihtiyaç duymadan sabitlenmesidir. Bu nedenle, çekirdekler kontamine olmaz ve daha spesifik analizler için tutucudan kolayca çıkarılabilirler. Ayrıca, ahşap anatomik analizlerle ilgili olarak, maçaların tutucudan kolayca çıkarılabilmesi, mikro kesitlerin hazırlanması için maçalara doğrudan dokunulmasını sağlar.
İsteğe bağlı olarak tutucuya sabitlenmiş çekirdekleri gömme imkanı, ince hücre duvarlarına sahip hücreler kesim sırasında kırılma eğiliminde olduğundan, hassas yapıların stabilize edilmesine olanak tanır. Çekirdeği parafine gömerek stabilize etmek, çoğu durumda, sadece bir mısır nişastası çözeltisi eklemekten daha etkilidir.
Diğer bir avantaj, çekirdeklerin daha sonraki denetimler veya yeniden analizler için saklanması gerektiğinde de ortaya çıkar. Tutucular, özel olarak tasarlanmış raflara yerleştirilebilir (Şekil 4) ve ayrıca taşıma kutusundaki depolamayla karşılaştırılabilir bir 3D yazıcı kullanılarak basılabilir. Çekirdekli GSC tutucular, oldukları gibi rafa yerleştirilir ve daha sonra herhangi bir yerde saklanabilir. Rafların genişliği, yani tek bir rafta kaç çekirdeğin sabitlenebileceği, bir raf veya depolama odasındaki mevcut alana bağlıdır. Raf modelleri herhangi bir özel ihtiyaca göre uyarlanabilir ve buna göre basılabilir.
Çekirdek veya disk yüzeylerinin sayısallaştırılması WSL'de (Şekil 5) geliştirilen görüntü yakalama sistemi, zaman açısından verimli, dijital tabanlı bir halka genişliği ölçümünü desteklemek için artımlı çekirdeklerin veya disklerin yüksek çözünürlüklü görüntülerini oluşturmak için ağaç halkalarının sayısallaştırılmasına (otomatik görüntü yakalama) olanak tanır. Sistem, numuneyi 61 MP'lik bir fotoğraf makinesinin (Sony Alpha 7R IV) objektifinin (Sony FE 90 mm f/2.8 Makro) altına 0,1 ila 1 cm arasında önceden tanımlanmış adımlarla hareket ettiren dişli bir çubuğa sabitlenmiş bir plakadan oluşur. Görüntüler, odaklanmış tek görüntüleri garanti etmek için kameranın otomatik odaklama sistemi kullanılarak çekilir. Kameranın çözünürlüğü, SilverFast çözünürlük hedefi (USAF 1951) kullanılarak test edilen her görüntünün 6500 dpi'lik gerçek çözünürlüğüne izin verir. Bu, belirli bir 4800 dpi çözünürlüğe sahip bir düz yataklı tarayıcının resmi çözünürlüğüne kıyasla biraz düşük gelebilir. Ancak, 4800 dpi çözünürlük kullanılarak bir Epson XL tarayıcı ile çekilen aynı hedefin görüntüleri test edildiğinde, elde edilen görüntüler yalnızca 1825 dpi'lik gerçek bir çözünürlük gösterdi (Şekil 6). Görüntülerin yüksek çözünürlüğü, tek hücrelerin net bir şekilde görülmesini ve bunun için görüntülerde yakalanan halka sınırlarının net bir şekilde tanımlanmasını sağlar (Şekil 7). Çekirdeklerin veya kullanılan disklerin yüzeyi iyi hazırlanmışsa, yapıyı tekrar kontrol etmek için orijinal numuneye geri dönmeye gerek yoktur. Tek görüntüleri diktikten sonra, ortaya çıkan çekirdek görüntüler, tercih edilen analiz yazılımı kullanılarak analiz edilebilir.
Görüntü yakalama sistemi, iletilen ışığı kullanarak 40 cm uzunluğa kadar mikro kesitlerden görüntü alınmasına da olanak tanır. Bu özellik, örneğin, tüm ağaç çekirdeklerinin mikro kesitlerindeki reaksiyon ahşabının başlangıcını veya diğer spesifik özellikleri tanımlamak için dendrojeomorfik uygulamalar için ilgi çekicidir (Şekil 8).
<img alt="Figure 1" class="xfigimg" src="/files/ftp_upload/67098/67098fig01v2.jpg"> Resim 1: Larix decidua Değirmeni'nin görüntüleri taranmıştır. Düz yataklı bir tarayıcı kullanılarak farklı çözünürlüklerde taranan ağaç halkaları. <a href="https://www.jove.com/files/ftp_upload/67098/67098fig01large.jpg" target="_blank">Bu rakamın daha büyük bir sürümünü görüntülemek için lütfen buraya tıklayın.</a>
<img alt="Figure 2" class="xfigimg" src="/files/ftp_upload/67098/67098fig02v2.jpg"> Şekil 2: GSC tutucusunun şematik görünümü. (A) Tutucunun her iki ucundaki açıklık, daha uzun çekirdekleri sabitlemek için iki tutucunun küçük bir kutupla bağlanmasına izin verir. Yeşil oklar, tutucu çekirdek mikrotomuna sabitlendiğinde basınç yönünü gösterir. Sol: Beyaz oklar, hava veya sıvı (gömme için) dolaşımına izin veren açıklıkları gösterir. Sağda: Çekirdeği bastırılmış GSC tutucusu. (B) Çekirdeğin lif yönünün dik olması gerekir. (C) Beyaz çizgi, çekirdeğin kesme yüzeyini gösterir. <a href="https://www.jove.com/files/ftp_upload/67098/67098fig02large.jpg" target="_blank">Bu rakamın daha büyük bir sürümünü görüntülemek için lütfen buraya tıklayın.</a>
<img alt="Figure 3" class="xfigimg" src="/files/ftp_upload/67098/67098fig03.jpg"> Şekil 3: Çekirdekler sahadayken GSC tutucuyu depolamak ve taşımak için taşıma kutusu. <a href="https://www.jove.com/files/ftp_upload/67098/67098fig03large.jpg" target="_blank">Bu rakamın daha büyük bir sürümünü görüntülemek için lütfen buraya tıklayın.</a>
<img alt="Figure 4" class="xfigimg" src="/files/ftp_upload/67098/67098fig04v2.jpg"> Şekil 4: GSC tutucularını bir arşivde son depolama için yerleştirmek için depolama çerçeveleri. Yerden tasarruf etmek için çerçeveler istiflenebilir. <a href="https://www.jove.com/files/ftp_upload/67098/67098fig04large.jpg" target="_blank">Bu rakamın daha büyük bir sürümünü görüntülemek için lütfen buraya tıklayın.</a>
<img alt="Figure 5" class="xfigimg" src="/files/ftp_upload/67098/67098fig05.jpg"> Şekil 5: WSL'de geliştirilen görüntü yakalama sistemi. <a href="https://www.jove.com/files/ftp_upload/67098/67098fig05large.jpg" target="_blank">Bu rakamın daha büyük bir sürümünü görüntülemek için lütfen buraya tıklayın.</a>
<img alt="Figure 6" class="xfigimg" src="/files/ftp_upload/67098/67098fig06.jpg"> Şekil 6: Düz yataklı tarayıcı ile görüntü yakalama sistemi arasındaki görüntü çözünürlüğünün karşılaştırılması. (A) SilverFast çözünürlük hedefi (USAF 1951). (B) Belirtilen 4800 dpi (enterpolasyonlu) çözünürlüğe sahip bir düz yataklı tarayıcı ile taranan görüntü ve aşağıdaki ilgili bölüm büyütmeleri. (C) Görüntü yakalama sistemi ile çekilen görüntü ve aşağıdaki ilgili bölüm büyütmeleri. <a href="https://www.jove.com/files/ftp_upload/67098/67098fig06large.jpg" target="_blank">Bu rakamın daha büyük bir sürümünü görüntülemek için lütfen buraya tıklayın.</a>
<img alt="Figure 7" class="xfigimg" src="/files/ftp_upload/67098/67098fig07.jpg"> Şekil 7: Bir Larix decidua Mill. artış çekirdeğinin kompozit görüntüsü (üstteki resim) ve aşağıdaki ilgili kesit büyütmeleri. Kompozitin tekil görüntüleri, görüntü yakalama sistemi ile çekildi. <a href="https://www.jove.com/files/ftp_upload/67098/67098fig07large.jpg" target="_blank">Bu rakamın daha büyük bir sürümünü görüntülemek için lütfen buraya tıklayın.</a>
<img alt="Figure 8" class="xfigimg" src="/files/ftp_upload/67098/67098fig08.jpg"> Şekil 8: Tüm bir artımlı çekirdeğin (Larix decidua Mill.) mikro kesitinin kompozit görüntüsü ve ilgili kesit büyütmesi. Kompozitin tek görüntüleri, görüntü yakalama sistemi (iletilen ışık) ile çekildi. <a href="https://www.jove.com/files/ftp_upload/67098/67098fig08large.jpg" target="_blank">Bu rakamın daha büyük bir sürümünü görüntülemek için lütfen buraya tıklayın.</a>

Artım çekirdeklerini örneklemek ve dijitalleştirmek için yeni bir iş akışı 

Here we present a new workflow from taking increment cores in the field, storing and transporting them to the lab, to digitizing their tree rings for ...

a-new-workflow-for-sampling-and-digitizing-increment-cores

Research

JoVE Journal

Environment

Çevre

Burada, büyüme yapılarının genel değerlendirmesi için ahşap örneklerin nasıl örnekleneceğini özetleyen bir protokol sunuyoruz. İyi çoğaltılmış ve yüksek oranda çözülmüş ahşap anatomik ve dendroekolojik veri seti oluşturmak için gerekli makro ve mikroskobik hazırlama ve görselleştirme teknikleri açıklanır.

Modern Ağaç halkası Araştırma A Teknik Perspektif - Dendroekolojik ve Ahşap Anatomik Zorluklar Üstesinden Nasıl

kalibre dişli-çubuk kullanarak bir ekstrüzyon yöntemi su sediment çekirdeklerinden mm çaplı subsampling için izin veren sunulmuştur. Milimetre ölçekli örnekleme tamamen sediment kayıtlarında son olay stratigrafi karakterize etmek gereklidir.

Bir Kalibre, Dişli-çubuk kullanarak Milimetre çözünürlükte Tortu Çekirdek Ekstrüzyon Yöntemi

Bu çalışma altı hidrolojik, jeokimyasal ve toprak Lizimetre mikrobiyolojik heterojenite araştırmak için bir kazı yöntemi sunar. Lizimetre homojen koşul altında başlangıçta ve 18 aylık bir süre içinde sulama sekiz döngü üzerinde suyun yaklaşık 5.000 mm maruz kaldığını yapay Yamaç taklit eder.

Coupled Hidrolojik, jeokimyasal ve Mikrobiyolojik Araştırmalar Toprak Lizimetre Kazı

İnsan femorasının ön yönünden SRμCT deneyleri için tek tip boyutta kortikal kemik örnekleri temin etmek için jeolojik (koring) örnekleme protokolü yaptık. Bu yöntem minimal yıkıcı, verimlidir, düzensiz örnek şekillerinden görüntüleme yapıtlarını en aza indiren ve mikroarşitektif görselleştirme ve analizi geliştiren silindirik örneklerle sonuçlanır.

Synchrotron Micro-CT için Yüksek Verimli Kortikal Kemik Örneği Alımı ve Analizi için Kesitleme, Coring ve Görüntü İşleme Kılavuzu

Burada, ağaçları keserken karşılaşılan sorunları en aza indirmek için tork çarpanlı akülü bir matkap uygulayarak artımlı çekirdeklerde mikro çatlakların nasıl önleneceğine ve bunun uzun mikro bölümlerin hazırlanması üzerindeki etkisine dair bir protokol sunuyoruz. Bu protokol aynı zamanda sahadaki corers'ı keskinleştirmek için bir prosedür içerir.

Yüksek Kaliteli Artımlı Çekirdekler Almak için Gelişmiş İş Akışı - Yeni Teknikler ve Cihazlar

Burada, bir X-ışını bilgisayarlı tomografi araç zinciri ile ağaç çekirdeklerinin nasıl işleneceğini gösteriyoruz. Bazı amaçlar için kimyasal ekstraksiyon dışında, daha fazla fiziksel laboratuvar tedavisine gerek yoktur. Araç zinciri, biyokütle tahminleri, MXD/ağaç halkası genişliği verilerinin elde edilmesi ve kantitatif ahşap anatomisi verilerinin elde edilmesi için kullanılabilir.

X-ray Bilgisayarlı Tomografi ile Ağaç Çekirdeği Analizi

Bu protokol, mercan resifi toplulukları için yapısal karmaşıklık, topluluk bileşimi ve nüfus demografisi ölçümlerini çıkarmak için kullanılan dört aşamalı bir geniş alan görüntüleme anketi metodolojisini kapsar. Toplanan görüntülerin kalitesi ve kaynak görüntülere entegre erişim, protokolün her adımında önceliklendirilir.

Geniş Alan Görüntüleme ile Sualtı Ortamlarının Yapısının, Bileşiminin ve Değişiminin Ölçülmesi

Biz Setaris viridis'e (S. viridis) haçları gerçekleştirmek için bir metodoloji geliştirdik. Yöntem, uygun bir polen öldürmek için önce bir sıcak su tedaviye salkım budama içerir. Haçlar iyi-kontrollü bir büyüme rejimi aşağıdaki gerçekleştirilen ve genellikle 1 tohum / s salkımda başına çapraz tozlaşma 7 kurtarma neden vardır.

In Cross Sahne Yöntemleri<em&gt; Setaris viridis&#39;in</emOtlar için&gt; Yeni Bir Model Sistemi

Entomopatojenik nematodlar böcek geniş bir yelpazede parasitize toprakta yaşayan yuvarlak solucan bulunmaktadır. Sırasıyla toprak örneklerinin ve enfekte olmuş böcek kadavra, nematod geri kazanılması için böcek kızdırma ve modifiye edilmiş beyaz tuzak: iki teknikler kullanılarak topraktan bu nematod izolasyonu için kullanılan örnekleme yöntemlerini göstermektedir.

Toprak Örnekleme ve Entomopatojenik Nematodlar İzolasyonu (Steinernematidae, Heterorhabditidae)

Bu protokol, deniz suyundan toplanan mikrobiyal biyokütleden protein ve DNA'nın ekstraksiyonu ve konsantrasyonu ve ardından tandem kütle spektrometresi tabanlı proteomik analiz için uygun triptik peptitlerin üretilmesi içindir.

Bir Aquatic Mikrobiyal Metaproteomics İş Akışı: Tandem Kütle Spektrometre tabanlı analiz için uygun Triptik Peptitler için Hücreleri itibaren

Keşfedin, artım çekirdeklerini 3D baskılı tutucular ve Skippy görüntüleme sistemi kullanarak hızlıca örnekleyip dijitalleştirme yöntemini. Bu protokol, dendroekoloji ve dendroklimatoloji alanlarında araştırmacılara zaman kazandırarak daha büyük veri setleri üretmelerini sağlar.

Artım çekirdeklerini örneklemek ve dijitalleştirmek için yeni bir iş akışı

Daha fazla video keşfet