Name: Topluluk Tabanlı Yerleştirme Analizi Kullanarak Hesaplamalı İlaç Keşfinde Hedef Protein Yapısı, Esnekliği ve Dinamiklerinin Dahil Edilmesi (Video) | JoVE Journal
Uploaded: 2025-06-20T13:10:00.000+00:00
Duration: 8 min 49 s
Description: Keşfedin topluluk tabanlı yerleştirme analizi kullanarak hesaplamalı ilaç keşfinde protein esnekliğini ve dinamiklerini nasıl dahil edeceğinizi. Bu yöntem, bağlanma tahminlerinin doğruluğunu artırarak daha etkili ilaç tasarımı sağlar.

ai_agent_IP

ai_agent

maintenance

instantTrialDurationMinutes

isBiopharma

enableNewMyJoveSectionDesign

educationFeatures

seoMetaApi

ai_copilot_institution_blacklist

ai_chat_institution_blacklist

freeAccessWindow

ssoRoleCapture

scheduledMaintenanceBanner

joveLabsFeatures

disable_autoplay_for_bots

extended_trial_duration

5 minutes

<table><tbody><tr><td>AutoDock</td><td>Scripps Araştırma Enstitüsü, ABD</td><td>Sürüm 4.2.6</td><td></td></tr><tr><td>AutoDock Araçları</td><td>Scripps Araştırma Enstitüsü, ABD</td><td>Sürüm 1.5.6</td><td></td></tr><tr><td>Avogadro</td><td>Geoffrey R Hutchison, Kimya Bölümü, Pittsburgh Üniversitesi, Pittsburgh, ABD</td><td>Sürüm 1.95</td><td></td></tr><tr><td>Discovery Studio</td><td>Dassault Syst&egrave; mes, Massachusetts, ABD</td><td>Versiyonu 2021</td><td></td></tr><tr><td>GROMACs</td><td>Groningen Üniversitesi Kraliyet Teknoloji Enstitüsü Uppsala Üniversitesi, İsveç</td><td>Versiyon 2023</td><td></td></tr><tr><td>UCSF Chimera</td><td>Biyohesaplama, Görselleştirme ve Bilişim için Kaynak California Üniversitesi</td><td>Sürüm 1.16</td><td></td></tr></tbody></table>

topluluk tabanlı yerleştirme analizi kullanarak hesaplamalı İlaç keşfinde hedef protein yapısı, esnekliği ve dinamiklerinin dahil edilmesi

Incorporating Target Protein Structure Flexibility and Dynamics in Computational Drug Discovery Using Ensemble-Based Docking Analysis

Optimizasyondan sonra FB'nin kimyasal yapısı ve 3 boyutlu yapısal temsili Şekil 8A'da gösterilmiştir. Şekil 8B, MD simülasyonundan önceki başlangıç durumunda pdb kodu 1LYZ ile lizozimin 3D yapısını göstermektedir. Lizozim 3D yapısının dinamiklerini ve esnekliğini incelemek için 100 ns için bir MD simülasyonu yapılmıştır. Protein yapısının toplam enerjisi, Şekil 9A'da gösterildiği gibi simülasyon sıra...

Topluluk Tabanlı Yerleştirme Analizi Kullanarak Hesaplamalı İlaç Keşfinde Hedef Protein Yapısı, Esnekliği ve Dinamiklerinin Dahil Edilmesi

The drug discovery process is a rigorous, time-consuming, and expensive operation. The computational approach in drug discovery allows researchers to ...

incorporating-target-protein-structure-flexibility-dynamics

Research

JoVE Journal

Biology

Biyoloji

Protein tasarımının birkaç önemli alanını ele alabilen hesaplamalı de novo protein tasarım yöntemleri geliştirdik. Bu yöntemleri yaymak için, protein tasarımı için çevrimiçi bir araç olan Protein WISDOM'ı sunuyoruz (http://www.proteinwisdom.org). Yapısal bir şablondan başlayarak, artan stabilite için monomerik proteinlerin ve artan bağlanma afinitesi için komplekslerin tasarımı gerçekleştirilebilir.

Protein AKIL: A Tezgahı<em&gt; Siliko olarak</em&gt;<em&gt; De novo</emBiyomoleküllerin&gt; Tasarım

Protein-protein etkileşimlerini hedeflemek için REPLACE stratejisinin uygulanmasını açıklıyoruz. REPLACE , optimize edilmiş peptidik inhibitörlerin ilaç benzeri moleküllere dönüştürülmesi için sentetik ve hesaplamalı yaklaşımları içeren yinelemeli bir stratejidir.

Aracılığıyla DEĞİŞTİR Protein-protein etkileşimleri İnhibitörlerinin Geliştirilmesi: Tasarım ve Geliştirme Olmayan ATP Rekabetçi CDK inhibitörleri Uygulama

Kütle spektrometresi (MS) yapısı incelenmesi ve makromoleküllerin derlemeler dinamikleri için önemli bir araç olarak ortaya çıkmıştır. Burada, protein kompleksi oluşumu ve ligand sorgulamaya MS tabanlı yaklaşımlar entegre.

Protein mimarileri ve Protein-Ligand komplekslerinin bütünleştirici yapısal kütle spektrometresi tarafından analiz

Bu çalışma, ilaç-peptit etkileşimlerini tanımlamak için bir strateji sunmayı amaçlamaktadır. Strateji, bir kuvars-kristal mikro denge (QCM) biyosensörüne dayanan ilaç tanıyan kısa peptitlerin biyopannasyonunu ve ardından ilaç tanıma ve ilaç bağlayıcı bölgelerin proteinler üzerinde ek açıklama için elde edilen bilgileri nicel olarak değerlendirmek için biyoinformatik analizini içerir.

İlaç-protein Etkileşimlerinin Küresel Doğrulanması için Biyosensör Tabanlı Yüksek Verimli Biyopanning ve Biyoinformatik Analiz Stratejisi

Burada kullanılan deney, küçük moleküller ve protein hedefleri arasındaki etkileşimi tahmin etmek ve doğrulamak için hücresel termal kayma testi ile birleştirilmiş bir moleküler yerleştirme yöntemini göstermektedir.

Küçük moleküllü bileşiğin protein hedef tahmini ve validasyonu

Burada, yeni ilaçların keşfinde hayati öneme sahip olan Sanglifehrin A ile Cyclophilin A/Ganoderiol-F arasındaki protein-ligand bağlanma etkileşiminin yapısal rehberli tasarımına yönelik bir protokol sunuyoruz. Ligand-reseptör kompleksinin kararlılığı moleküler dinamik simülasyonu kullanılarak değerlendirildi.

Yeni Siklofilin A Inhibitörleri ve Ganoderiol-F Türevlerinin Yapı Yönlendirmeli Tasarımı ve Geliştirilmesi: Bir Silico İçeri Yaklaşım

Bu çalışma, Numaralandırılmış Etravirin'i HIV için umut verici bir terapötik ajan olarak tanımlamak için in silico stratejiler kullanmıştır. Moleküler etkileşimler ve dinamikler hakkındaki bulgularımız, olası HIV tedavi alternatifleri olarak yeni NNRTI'lerin rasyonel tasarımını desteklemektedir.

Nükleotid Olmayan Ters Transkriptaz İnhibitörlerinin Kantitatif Yapı-Aktivite İlişkisi, Aktivite Tahmini ve Moleküler Dinamiği

Bu iki dilli protokol, Polo benzeri Kinazlar 1'den 3'e (PLK1–3) ve veritabanı kaynaklı doğal moleküllerin Emilim, Dağılım, Metabolizma, Salgılama, Toksisite ve Stabilite (ADMET-S) özelliklerini değerlendiren hesaplamalı ilaç keşif iş akışı sağlar.

Amerikan İşaret Dili ve İngilizce'de Potansiyel PLK1 Inhibitörlerini Tanımlamak İçin İki Dilli Hesaplamalı İş Akışı

Protein tasarımı, amino asit dizilerinin inşasını ve fonksiyonel varyantlar oluşturmak için belirli motiflerin dahil edilmesini içerir. Bu yaklaşım, antibiyotiğe dirençli patojenlerle savaşmak için antimikrobiyal peptitlerin (AMP'ler) geliştirilmesi için kritik öneme sahiptir. Bu makale, çeşitli biyoinformatik araçları kullanılarak protein yapımı için bir prosedür sunmaktadır.

Proteinlerin De Novo ve In Silico Tasarımı için I TASSER, trRosetta, UCSF Chimera, HADDOCK sunucusu ve HEX loria uygulaması

Biz geçerlidir etiket kinetik karakterizasyonu ile papain birkaç sistatin B mutantlar bağlayıcı yapı-işlev analizi için ücretsiz Biacore X100 kullanarak protein etkileşim analizi. Kalibrasyon konsantrasyon analizi (CFCA) standart eğri gerek kalmadan muhafaza bağlayıcı aktivite ile protein konsantrasyonu ölçer. Biz CFCA kinetik analiz güvenilirliğini artırır ve bu kinetik sabitler güvenilir bir rekombinant proteinin aktivitesi azalır bile tespit edilebilir kullanarak bu onay konsantrasyonlarının...

Kinetik ve Yapı-fonksiyon Analiz Affinity belirlenmesi Doğru Protein Konsantrasyonu Önemi

Keşfedin topluluk tabanlı yerleştirme analizi kullanarak hesaplamalı ilaç keşfinde protein esnekliğini ve dinamiklerini nasıl dahil edeceğinizi. Bu yöntem, bağlanma tahminlerinin doğruluğunu artırarak daha etkili ilaç tasarımı sağlar.

Topluluk Tabanlı Yerleştirme Analizi Kullanarak Hesaplamalı İlaç Keşfinde Hedef Protein Yapısı, Esnekliği ve Dinamiklerinin Dahil Edilmesi (Video) | JoVE Journal

Topluluk Tabanlı Yerleştirme Analizi Kullanarak Hesaplamalı İlaç Keşfinde Hedef Protein Yapısı, Esnekliği ve Dinamiklerinin Dahil Edilmesi

Daha fazla video keşfet