Name: Bakteriyel Jelatinazların Tek Adımda Ekstraksiyonu ve Zymografik Analizi (Video) | JoVE Journal
Uploaded: 2025-08-01T12:40:00.000+00:00
Duration: 7 min 20 s
Description: Keşfedin Leptospira bakterilerinden aktif jelatinazların tek adımda ekstraksiyonu ve zimografi ile analiz yöntemini. Bu protokol membran protein izolasyonu ve patogenez araştırmaları için değerli bir araç sunar.

ai_agent_IP

ai_agent

maintenance

instantTrialDurationMinutes

isBiopharma

enableNewMyJoveSectionDesign

educationFeatures

seoMetaApi

ai_copilot_institution_blacklist

ai_chat_institution_blacklist

freeAccessWindow

ssoRoleCapture

scheduledMaintenanceBanner

joveLabsFeatures

disable_autoplay_for_bots

extended_trial_duration

5 minutes

<ol><li>Yue, B. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Biology+of+the+extracellular+matrix%5BTitle%5D)+AND+%22J+Glaucoma%22%5BJournal%5D)">Biology of the extracellular matrix.</a> J Glaucoma. 23 (8 Suppl 1), S20-S23 (2014).</li>
<li>Cabral-Pacheco, G. A., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((The+roles+of+matrix+metalloproteinases+and+their+inhibitors+in+human+diseases%5BTitle%5D)+AND+%22Int+J+Mol+Sci%22%5BJournal%5D)">The roles of matrix metalloproteinases and their inhibitors in human diseases.</a> Int J Mol Sci. 21 (24), 1-53 (2020).</li>
<li>Ambili, M., Jayasree, K., Sudhakaran, P. R. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((60K+gelatinase+involved+in+mammary+gland+involution+is+regulated+by+%CE%B2-oestradiol%5BTitle%5D)+AND+%22Biochim+Biophys+Acta%22%5BJournal%5D)">60K gelatinase involved in mammary gland involution is regulated by β-oestradiol.</a> Biochim Biophys Acta. 1403 (3), 219-231 (1998).</li>
<li>Zhang, Y. -Z., Ran, L. -Y., Li, C. -Y., Chen, X. -L. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Diversity%2C+structures%2C+and+collagen-degrading+mechanisms+of+bacterial+collagenolytic+proteases%5BTitle%5D)+AND+%22Appl+Environ+Microbiol%22%5BJournal%5D)">Diversity, structures, and collagen-degrading mechanisms of bacterial collagenolytic proteases.</a> Appl Environ Microbiol. 81 (18), 6098-6107 (2015).</li>
<li>Duarte, A. S., Correia, A., Esteves, A. C. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Bacterial+collagenases+-+A+review%5BTitle%5D)+AND+%22Crit+Rev+Microbiol%22%5BJournal%5D)">Bacterial collagenases - A review.</a> Crit Rev Microbiol. 42 (1), 106-126 (2016).</li>
<li>Madathiparambil, M. G., Cattavarayane, S., Perumana, S. R., Manickam, G. D., Sehgal, S. C. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Presence+of+46+kDa+gelatinase+on+the+outer+membrane+of+Leptospira%5BTitle%5D)+AND+%22Curr+Microbiol%22%5BJournal%5D)">Presence of 46 kDa gelatinase on the outer membrane of Leptospira.</a> Curr Microbiol. 62 (5), 1478-1482 (2011).</li>
<li>Kramer, R. A., Zandwijken, D., Egmond, M. R., Dekker, N. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((In+vitro+folding%2C+purification+and+characterization+of+Escherichia+coli+outer+membrane+protease+OmpT%5BTitle%5D)+AND+%22Eur+J+Biochem%22%5BJournal%5D)">In vitro folding, purification and characterization of Escherichia coli outer membrane protease OmpT.</a> Eur J Biochem. 267 (3), 885-893 (2000).</li>
<li>Kum, S. L., Ho, J. C. S., Parikh, A. N., Liedberg, B. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Amphiphilic+membrane+environments+regulate+enzymatic+behaviors+of+Salmonella+outer+membrane+protease%5BTitle%5D)+AND+%22ACS+Bio+Med+Chem+Au%22%5BJournal%5D)">Amphiphilic membrane environments regulate enzymatic behaviors of Salmonella outer membrane protease.</a> ACS Bio Med Chem Au. 2 (1), 73-83 (2022).</li>
<li>Sarma, A., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Extracellular+proteome+analysis+shows+the+abundance+of+histidine+kinase+sensor+protein%2C+DNA+helicase%2C+putative+lipoprotein+containing+peptidase+M75+domain+and+peptidase+C39+domain+protein+in+Leptospira+interrogans+grown+in+EMJH+medium%5BTitle%5D)+AND+%22Pathogens%22%5BJournal%5D)">Extracellular proteome analysis shows the abundance of histidine kinase sensor protein, DNA helicase, putative lipoprotein containing peptidase M75 domain and peptidase C39 domain protein in Leptospira interrogans grown in EMJH medium.</a> Pathogens. 10 (7), 852(2021).</li>
<li>Seddon, A. M., Curnow, P., Booth, P. J. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Membrane+proteins%2C+lipids+and+detergents%3A+not+just+a+soap+opera%5BTitle%5D)+AND+%22Biochim+Biophys+Acta%22%5BJournal%5D)">Membrane proteins, lipids and detergents: not just a soap opera.</a> Biochim Biophys Acta. 1666 (1-2), 105-117 (2004).</li>
<li>Levy, D., Gulik, A., Seigneuret, M., Rigaud, J. L. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Phospholipid+vesicle+solubilization+and+reconstitution+by+detergents.+Symmetrical+analysis+of+the+two+processes+using+octaethylene+glycol+mono-n-dodecyl+ether%5BTitle%5D)+AND+%22Biochemistry%22%5BJournal%5D)">Phospholipid vesicle solubilization and reconstitution by detergents. Symmetrical analysis of the two processes using octaethylene glycol mono-n-dodecyl ether.</a> Biochemistry. 29 (40), 9480-9488 (1990).</li>
<li>Lichtenberg, D., Ahyayauch, H., Alonso, A., Goñi, F. M. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Detergent+solubilization+of+lipid+bilayers%3A+a+balance+of+driving+forces%5BTitle%5D)+AND+%22Trends+Biochem+Sci%22%5BJournal%5D)">Detergent solubilization of lipid bilayers: a balance of driving forces.</a> Trends Biochem Sci. 38 (2), 85-93 (2013).</li>
<li>Schägger, H., Cramer, W. A., von Jagow, G. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Analysis+of+molecular+masses+and+oligomeric+states+of+protein+complexes+by+blue+native+electrophoresis+and+isolation+of+membrane+protein+complexes+by+two-dimensional+native+electrophoresis%5BTitle%5D)+AND+%22Anal+Biochem%22%5BJournal%5D)">Analysis of molecular masses and oligomeric states of protein complexes by blue native electrophoresis and isolation of membrane protein complexes by two-dimensional native electrophoresis.</a> Anal Biochem. 217 (2), 220-230 (1994).</li>
<li>Schägger, H., von Jagow, G. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Blue+native+electrophoresis+for+isolation+of+membrane+protein+complexes+in+enzymatically+active+form%5BTitle%5D)+AND+%22Anal+Biochem%22%5BJournal%5D)">Blue native electrophoresis for isolation of membrane protein complexes in enzymatically active form.</a> Anal Biochem. 199 (2), 223-231 (1991).</li>
<li>Zeug, A., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Current+microscopic+methods+for+the+neural+ECM+analysis%5BTitle%5D)+AND+%22Prog+Brain+Res%22%5BJournal%5D)">Current microscopic methods for the neural ECM analysis.</a> Prog Brain Res. 214, 287-312 (2014).</li>
<li>Madathiparambil, M. G., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((A+zymography+analysis+of+proteinase+activity+present+in+Leptospira%5BTitle%5D)+AND+%22Curr+Microbiol%22%5BJournal%5D)">A zymography analysis of proteinase activity present in Leptospira.</a> Curr Microbiol. 62 (3), 917-922 (2011).</li>
</ol>

<table><tbody><tr><td>6-Aminokaproik asit</td><td>Merck</td><td>A2504 Serisi</td><td></td></tr><tr><td>Asetik asit</td><td>&nbsp; Sigma</td><td>&nbsp; 695092</td><td></td></tr><tr><td>Aseton</td><td>&nbsp; &nbsp; Sigma</td><td>&nbsp; 32201</td><td></td></tr><tr><td>Akrilamid</td><td>&nbsp; &nbsp; Sigma</td><td>&nbsp; A-3553</td><td></td></tr><tr><td>Amonyum persülfat</td><td>&nbsp; &nbsp; Sigma</td><td>&nbsp; A-3678</td><td></td></tr><tr><td>Bis Akrilamid</td><td>&nbsp; &nbsp; Sigma</td><td>&nbsp; M7279 Serisi</td><td></td></tr><tr><td>Sığır serum albümin fraksiyonu V (BSA)</td><td>&nbsp; Sigma</td><td>&nbsp; A-8022</td><td></td></tr><tr><td>Bromofenol Mavisi</td><td>&nbsp; &nbsp; Sigma</td><td>&nbsp; B-8026 Serisi</td><td></td></tr><tr><td>CaCl2</td><td>Merck</td><td>C4901 (İngilizce)</td><td></td></tr><tr><td>Coomassie parlak mavi</td><td>&nbsp; &nbsp; Sigma</td><td>1.12553</td><td></td></tr><tr><td>Deoksikolat</td><td>&nbsp; &nbsp; Sigma-Aldrich</td><td>D6750 Serisi</td><td></td></tr><tr><td>Ellinghausen&ndash; McCullough&ndash; Johnson&ndash; Harris (EMJH) orta, Difco</td><td>&nbsp; Difco</td><td>&nbsp; 279410</td><td></td></tr><tr><td>Jelatin</td><td>Merck</td><td>G9382 Serisi</td><td></td></tr><tr><td>Gliserol</td><td>Merck</td><td>G5516 Serisi</td><td></td></tr><tr><td>Glisin G8790</td><td>&nbsp; &nbsp; Sigma</td><td>&nbsp; G-8898 Serisi</td><td></td></tr><tr><td>Leptospira interrogans serovar Kopenhageni suşu Fiocruz L1-130 (ATCC BAA-1198)&nbsp;, ICMR-RMRC Portblair'in biyolojik deposunda tutulur</td><td>ICMR-RMRC Port Blair'in biyolojik deposunda tutulur</td><td></td><td>Optimum büyüme sıcaklığı 30 &deg; C</td></tr><tr><td>Magnezyum klorür M8266</td><td>&nbsp; Sigma</td><td>&nbsp; M8266 Serisi</td><td></td></tr><tr><td>Metanol</td><td>&nbsp; &nbsp; Sigma</td><td>&nbsp; 17995-7</td><td></td></tr><tr><td>Fosfat tamponlu salin</td><td>&nbsp; &nbsp; Sigma</td><td>P4417&nbsp;</td><td></td></tr><tr><td>Plaka ayırma aracı</td><td>Harika Eş</td><td></td><td></td></tr><tr><td>Rotor</td><td>Termobilimsel</td><td>FIBERLite F15 8x50 cy</td><td></td></tr><tr><td>Sodyum dodesil sülfat (SDS)</td><td>&nbsp; &nbsp; Sigma</td><td>&nbsp; L-4396</td><td></td></tr><tr><td>TEMED</td><td>&nbsp; &nbsp; Sigma</td><td>&nbsp; T-9281</td><td></td></tr><tr><td>Triton X-100</td><td>&nbsp; &nbsp; Sigma-Aldrich</td><td>T8787</td><td></td></tr><tr><td>Trizma Base (TRIS)&nbsp;</td><td>&nbsp; &nbsp; Sigma</td><td>&nbsp; T6066 Serisi</td><td></td></tr></tbody></table>

bakteriyel jelatinazların tek adımda ekstraksiyonu ve zymografik analizi

One-step Extraction and Zymographic Analysis of Bacterial Gelatinases

Sonuç, leptospiral proteinin zimogramını ve insan serumundan elde edilen jelatinazları gösterir. Şekil 1'de gösterilen sonuçlar, proteazları mavi bir arka plana karşı beyaz şeffaf bantlar olarak temsil eder. Bantlar, kopolimerize jelatinin bozulduğu ve dolayısıyla lekelenmediği alanları temsil ederken, tüm jelin diğer alanları jelatinin varlığından dolayı maviye boyanır. Ayrıca, jelatinin aynı zamanda bir protein olmasına rağmen, akrilamid ile kopolimerizasyon nedeniyle elektroforezde ayrışt...

Bakteriyel Jelatinazların Tek Adımda Ekstraksiyonu ve Zymografik Analizi

Proteinases of pathogenic bacteria contribute to invasion and pathogenesis by actively degrading the host's extracellular matrix (ECM) components and ...

one-step-extraction-and-zymographic-analysis-of-bacterial-gelatinases

Research

JoVE Journal

Biochemistry

Biyokimya

Biz, iki boyutlu agaroz-jel analizi, UV ışını meydana çoğaltma ara yapısını tanımlamak için kullanılır olabilir bir prosedür sunuyoruz.

UV ile indüklenen Çoğaltma Ara Görselleştirme E. coli İki boyutlu agaroz-jel Analizi

Bu protokol, kültür süpernatantlar veya vücut sıvıları matriks metalloproteinazların tespit etmek için bir faaliyet tabanlı test açıklamaktadır.

Zymography Fonksiyonel Matrix Metalloproteinazlar Tespiti

, Izole ve en bol bulunan proteinlerin iskelet kası ifade kimliğini belirlemek için yöntemler ileri düz bir set. Yaklaşık 800 noktalar 10 mg kas iki boyutlu bir jel üzerinde ayırt bu cinsiyete özgü protein ifade belirlenmesi için olanak sağlar. Bu yöntemler çoğu dokularda eşdeğer sonuçlar verecektir.

İskelet Kası Cinsiyet Proteomik Dimorfizm

Biz son zamanlarda basit bir bakteriyel tespiti için floresan assay "mix-ve-okuma" kurmak için uygulanabilir Flourogenik DNAzyme probları üretmek için yeni bir yaklaşım bildirdin. Bu özel DNA sondaları böylece floresans sinyali kuşağa bakteriyel algılama çevirme belirli bakteri tarafından üretilen ham hücre dışı karışımı (CEM) varlığında, bir kromofor-değiştirilmiş-DNA RNA kimerik substratın bölünme katalize. Bu yazıda, "RFD-EC1" ifade belirli bir DNAzyme prob modeli bakterinin tespiti için...

Flourogenik DNAzymes kullanarak Bakterilerin Tespiti

Biz invadopodia aracılı matriks yıkımı görselleştirmek için floresan jelatin kaplı mikroskop lamelleri üretmek için prototip yöntem açıklanmaktadır. Mevcut yazılımını kullanarak hesaplama teknikleri karışık bir popülasyon içindeki ve bütün mikroskobik alanı kapsayan çok hücreli grupları için tek hücreler ile matris proteolizin sonuç seviyeleri ölçülmesi için sunulmuştur.

Tek ve Çok hücreli Bağlamlarda Invadopodia aracılı Ekstrasellüler Matriks Proteoliz Kantitatif Ölçümü

Bu videoda, biyolojik örneklerdeki proteolitik aktiviteyi analiz etmek için elektroforetik bir teknik olan zimografi uyguluyoruz.

Floresan Peptit Zimografi: Zymogram Jellerinde Florojenik Substratlar Kullanılarak Proteaz Aktivitesini Tespit Etmek İçin Modifiye Edilmiş Bir Teknik

Bu video, hücre kültürü süpernatanında bulunan matris metaloproteinazların (MMP'ler) aktivitesini değerlendirmek için zimografi jel elektroforezi tekniğini göstermektedir. Aktif MMP'ler, boyamayı takiben koyu lekeli bir arka plana karşı şeffaf bantlar olarak görünen bir poliakrilamid jel içine gömülü MMP'ye özgü substratı bozar.

Zymography Jel Elektroforezi: Enzimatik aktiviteyi değerlendirerek matris metaloproteinazları tespit etmek için elektroforetik bir teknik

Burkholderia cinsin üyeleri klinik önemi patojenlerdir. Bu, mekanik bozulma ve daha sonraki analiz için proteomik 2-D jel elektroforezi kullanılarak, toplam bakteri protein çıkarımı için bir yöntem tarif eder.

Toplam Protein Ekstraksiyon ve 2-D Jel Elektroforez Yöntemleri<em&gt; Burkholderia</em&gt; Türler

Burada, floresan peptidler yerli protein yerine parçalanabilir substrat olarak kullanıldığı bir değiştirilmiş zymographic teknik için detaylı bir iletişim kuralı mevcut. Elektroforez floresan peptid zymograms Biyolojik örneklerin daha önceki zymographic teknikleri geniş proteaz tespiti sağlar.

Floresan peptid Zymography tarafından proteaz aktivitesinin algılama

Trehaloz analogları, biyo(teknolojik)olojik ve biyomedikal uygulamalar için önemli moleküller olarak ortaya çıkmaktadır. Basit, verimli, hızlı ve çevre dostu olan trehaloz analoglarını enzimatik olarak sentezlemek ve saflaştırmak için optimize edilmiş bir protokol açıklıyoruz. Mikobakterilerin tespiti için bir probun hızlı üretimi ve uygulanmasına uygulanması gösterilmiştir.

Hızlı Bir adım enzimatik sentezi ve Trehaloz Analoglarının All-sulu Arıtma

Keşfedin Leptospira bakterilerinden aktif jelatinazların tek adımda ekstraksiyonu ve zimografi ile analiz yöntemini. Bu protokol membran protein izolasyonu ve patogenez araştırmaları için değerli bir araç sunar.

Bakteriyel Jelatinazların Tek Adımda Ekstraksiyonu ve Zymografik Analizi

Daha fazla video keşfet