Name: Yüzer Laboratuvar: Çevresel DNA Analizi için İşletme Feribotlarından Deniz Suyu Örneklerinin Toplanması ve Filtrelenmesi için Standart Operasyonel Prosedür (Video) | JoVE Journal
Uploaded: 2025-08-01T12:30:00.000+00:00
Duration: 6 min 22 s
Description: Keşfedin: Feribotlardan deniz suyu örnekleri toplayarak çevresel DNA analizi yapın. Bu yöntem, yunuslar ve balinalar gibi deniz memelilerinin dağılımını ve koruma stratejilerini incelemek için uzak açık deniz alanlarına erişimi kolaylaştırır.

ai_agent_IP

ai_agent

maintenance

instantTrialDurationMinutes

isBiopharma

enableNewMyJoveSectionDesign

educationFeatures

seoMetaApi

ai_copilot_institution_blacklist

ai_chat_institution_blacklist

freeAccessWindow

ssoRoleCapture

scheduledMaintenanceBanner

joveLabsFeatures

disable_autoplay_for_bots

extended_trial_duration

5 minutes

<ol><li>Andruszkiewicz, E. A., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Biomonitoring+of+marine+vertebrates+in+Monterey+Bay+using+eDNA+metabarcoding%5BTitle%5D)+AND+%22PLoS+One%22%5BJournal%5D)">Biomonitoring of marine vertebrates in Monterey Bay using eDNA metabarcoding.</a> PLoS One. 12 (4), e0176343(2017).</li>
<li>Djurhuus, A., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Environmental+DNA+reveals+seasonal+shifts+and+potential+interactions+in+a+marine+community%5BTitle%5D)+AND+%22Nat+Commun%22%5BJournal%5D)">Environmental DNA reveals seasonal shifts and potential interactions in a marine community.</a> Nat Commun. 11 (1), 254(2020).</li>
<li>DiBattista, J. D., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Environmental+DNA+can+act+as+a+biodiversity+barometer+of+anthropogenic+pressures+in+coastal+ecosystems%5BTitle%5D)+AND+%22Sci+Rep%22%5BJournal%5D)">Environmental DNA can act as a biodiversity barometer of anthropogenic pressures in coastal ecosystems.</a> Sci Rep. 10 (1), 8365(2018).</li>
<li>Beng, K. C., Corlett, R. T. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Applications+of+environmental+DNA+%28eDNA%29+in+ecology+and+conservation%3A+Opportunities%2C+challenges%2C+and+prospects%5BTitle%5D)+AND+%22Biodivers+Conserv%22%5BJournal%5D)">Applications of environmental DNA (eDNA) in ecology and conservation: Opportunities, challenges, and prospects.</a> Biodivers Conserv. 29 (7), 2089-2121 (2020).</li>
<li>He, X., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((eDNA+metabarcoding+enriches+traditional+trawl+survey+data+for+monitoring+biodiversity+in+the+marine+environment%5BTitle%5D)+AND+%22ICES+J+Mar+Sci%22%5BJournal%5D)">eDNA metabarcoding enriches traditional trawl survey data for monitoring biodiversity in the marine environment.</a> ICES J Mar Sci. 80 (5), 1529-1538 (2023).</li>
<li>Pawlowski, J., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((The+future+of+biotic+indices+in+the+ecogenomic+era%3A+Integrating+%28e%29DNA+metabarcoding+in+biological+assessment+of+aquatic+ecosystems%5BTitle%5D)+AND+%22Sci+Total+Environ%22%5BJournal%5D)">The future of biotic indices in the ecogenomic era: Integrating (e)DNA metabarcoding in biological assessment of aquatic ecosystems.</a> Sci Total Environ. 637 - 638, 1295-1310 (2018).</li>
<li>Arcangeli, A., Marini, L., Crosti, R. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Changes+in+cetacean+presence%2C+relative+abundance+and+distribution+over+20+years+along+a+trans-regional+fixed+line+transect+in+the+central+Tyrrhenian+sea%5BTitle%5D)+AND+%22Mar+Ecol%22%5BJournal%5D)">Changes in cetacean presence, relative abundance and distribution over 20 years along a trans-regional fixed line transect in the central Tyrrhenian sea.</a> Mar Ecol. 34 (1), 112-121 (2013).</li>
<li>Matear, L., Robbins, J. R., Hale, M., Potts, J. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Cetacean+Biodiversity+in+the+Bay+of+Biscay%3A+Suggestions+for+environmental+protection+derived+from+citizen+science+data%5BTitle%5D)+AND+%22Mar+Policy%22%5BJournal%5D)">Cetacean Biodiversity in the Bay of Biscay: Suggestions for environmental protection derived from citizen science data.</a> Mar Policy. 103672, 109(2019).</li>
<li>Valsecchi, E., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Ferries+and+environmental+DNA%3A+Underway+sampling+from+commercial+vessels+provides+new+opportunities+for+systematic+genetic+surveys+of+marine+biodiversity%5BTitle%5D)+AND+%22Front+Mar+Sci%22%5BJournal%5D)">Ferries and environmental DNA: Underway sampling from commercial vessels provides new opportunities for systematic genetic surveys of marine biodiversity.</a> Front Mar Sci. 8, 704786(2021).</li>
<li>Boyse, E., Beger, M., Valsecchi, E., Goodman, S. J. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Sampling+from+commercial+vessel+routes+can+capture+marine+biodiversity+distributions+effectively%5BTitle%5D)+AND+%22Ecol+Evol%22%5BJournal%5D)">Sampling from commercial vessel routes can capture marine biodiversity distributions effectively.</a> Ecol Evol. 13 (2), e9810(2023).</li>
<li>Arcangeli, A., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Testing+indicators+for+trend+assessment+of+range+and+habitat+of+low-density+cetacean+species+in+the+Mediterranean+Sea%5BTitle%5D)+AND+%22Front+Mar+Sci%22%5BJournal%5D)">Testing indicators for trend assessment of range and habitat of low-density cetacean species in the Mediterranean Sea.</a> Front Mar Sci. 10, 1116829(2023).</li>
<li>Valsecchi, E., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Novel+universal+primers+for+metabarcoding+environmental+DNA+surveys+of+marine+mammals+and+other+marine+vertebrates%5BTitle%5D)+AND+%22Environ+DNA%22%5BJournal%5D)">Novel universal primers for metabarcoding environmental DNA surveys of marine mammals and other marine vertebrates.</a> Environ DNA. 2 (4), 460-476 (2020).</li>
<li>Hunter, M. E., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Improving+eDNA+yield+and+inhibitor+reduction+through+increased+water+volumes+and+multi-filter+isolation+techniques%5BTitle%5D)+AND+%22Sci+Rep%22%5BJournal%5D)">Improving eDNA yield and inhibitor reduction through increased water volumes and multi-filter isolation techniques.</a> Sci Rep. 9 (1), 5259(2019).</li>
<li>Capo, E., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Effects+of+filtration+methods+and+water+volume+on+the+quantification+of+brown+trout+%28Salmo+trutta%29+and+Arctic+char+%28Salvelinus+alpinus%29+eDNA+concentrations+via+droplet+digital+PCR%5BTitle%5D)+AND+%22Environ+DNA%22%5BJournal%5D)">Effects of filtration methods and water volume on the quantification of brown trout (Salmo trutta) and Arctic char (Salvelinus alpinus) eDNA concentrations via droplet digital PCR.</a> Environ DNA. 2 (2), 152-160 (2020).</li>
<li>Li, J., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((The+effect+of+filtration+method+on+the+efficiency+of+environmental+DNA+capture+and+quantification+via+metabarcoding%5BTitle%5D)+AND+%22Mol+Ecol+Resour%22%5BJournal%5D)">The effect of filtration method on the efficiency of environmental DNA capture and quantification via metabarcoding.</a> Mol Ecol Resour. 18 (5), 1102-1114 (2018).</li>
<li>Collins, R. A., Wangensteen, O. S., O'Gorman, E. J., Mariani, S., Sims, D. W., Genner, M. J. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Persistence+of+environmental+DNA+in+marine+systems%5BTitle%5D)+AND+%22Commun+Biol%22%5BJournal%5D)">Persistence of environmental DNA in marine systems.</a> Commun Biol. 1, 185(2018).</li>
<li>Kelly, R. P., Gallego, R., Jacobs-Palmer, E. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((The+effect+of+tides+on+nearshore+environmental+DNA%5BTitle%5D)+AND+%22PeerJ%22%5BJournal%5D)">The effect of tides on nearshore environmental DNA.</a> PeerJ. 6, e4521(2018).</li>
</ol>

<table><tbody><tr><td>4,7 cm çapında filtre membranları</td><td>Biosigma S.p.A.</td><td>https://www.biosigma.com/</td> <td>0.45 & filtre membranları; m gözeneklilik, ayrı ayrı paketlenmiş&nbsp;</td></tr><tr><td>4/5 L vakumlu şişeler</td><td>Duran</td><td>https://www.duran-bottle-system.com/</td> <td>5 L tıpalı cam şişe</td></tr><tr><td>Emici kağıt pedler</td><td>Advantec MFS, Inc.</td><td>https://www.advantecmfs.com/category/absorbent-pads-1</td><td>Filtre kağıdı emici pedler, boyut 47 mm.</td></tr><tr><td>Kutuda Torba (BiB)</td><td>G.M.V. Agricenter Srl</td><td>https://www.gmvagricenter.it/</td> <td>10 litre musluklu kutu içi</td></tr><tr><td>torba Filtreleme silindirleri ve nbsp;</td><td>Sartorius AG</td><td>https://shop.sartorius.com/in/industrial-microbiology-filtration-devices/biosart-100-monitors/p/M_Biosart_100_Monitors#</td><td>Biostart 100 Monitör silindirleri, 0,45 & ile; M membran dahil&nbsp;</td></tr><tr><td>Sızdırmazlık filmi</td><td>Merck</td><td>https://www.sigmaaldrich.com/IN/en/product/sigma/hs234526a?utm_source=bing&utm_medium = < / > cpc & utm_campaign=Tümü+product_ dsa_WW_%28bing+ebizpfs%29& utm_id=626946489& utm_content= 1166583023365595& msclkid= d2b55b82440b1aef56fc3ca803c 6486f& utm_term=%2FÜrün%2F</td><td>4 inç x 125 fit laboratuvar sızdırmazlık filmi rulosu</td></tr><tr><td>Vakum pompası</td><td>KNF Group</td><td>https://knf.com/en/us</td><td>Laboport taşınabilir vakum pompası N. 96&nbsp;</td></tr></tbody></table>

yüzer laboratuvar: Çevresel dna analizi için İşletme feribotlarından deniz suyu Örneklerinin toplanması ve filtrelenmesi için standart operasyonel prosedür

The Floating Lab: Standard Operational Procedure for Collecting and Filtering Seawater Samples from Operating Ferries for Environmental DNA Analysis

Protokol açıklandığı gibi yürütüldüğünde, 3 kopya için çarpılan FSS sayısına eşit sayıda filtre operatör tarafından toplanacaktır. Her filtre, iki taraftan birinde biyolojik izleri (çevresel DNA) tutar. eDNA ekstraksiyonunu takip eden analitik adımlar, araştırma sorusuna, hedefine ve hedefine büyük ölçüde bağlıdır. Örneğin, Valsecchi ve ark.9 tarafından yapılan pilot çalışmada, açıklanan eDNA toplama protokolü, tekrarlanabilir ve sistematik bir deniz megafauna araştırmasının tasarımına izin verdi....

Yüzer Laboratuvar: Çevresel DNA Analizi için İşletme Feribotlarından Deniz Suyu Örneklerinin Toplanması ve Filtrelenmesi için Standart Operasyonel Prosedür

Genetic tools to retrieve information from environmental DNA traces are well-established for both targeted and taxonomically broad biodiversity ...

the-floating-lab-standard-operational-procedure-for-collecting

Research

JoVE Journal

Environment

Çevre

Bu video belgeleri kıyı deniz suyu örneklerinin toplanması ve biyokütle konsantrasyonu, nükleik asit saflaştırma, hücrenin bolluk, besin ve iz gaz analizleri de dahil olmak üzere çeşitli alt uygulamalar için işleme yöntemleri.

Deniz suyu Örnekleme ve Tahsilat

Su sütunu çapı 0.22μm ve 2.7μm arasında değişen mikrobiyal biyokütle Bu video belgeleri büyük hacimli filtrasyon (≥ 20 L).

Büyük Hacimli Kıyı Deniz suyu Örnekleri (20L +) Filtrasyon

Bu video belgeleri küçük hacimli (~ 1 L) su sütunu mikrobiyal biyokütle filtrasyon.

Kıyı Deniz suyu Örnekleri Küçük Hacim (1-3L) Filtrasyon

Burada, uzak deniz ortamlarında organik ve inorganik besin mevcudiyetini ve mikrobiyal ve viral toplulukların bolluğunu ve yapısını değerlendirmek için kapsamlı bir protokol sunuyoruz.

Su Kimya ve Deniz Mikrobiyoloji A Field Guide - Okyanusu&#39;nda gaybı Oyuncular çözülüyor

Sucul ortamlarda eser metal çalışmaları için su örneklerinin uygun şekilde toplanması ve işlenmesi için "temiz tekniklerin" kullanılmasına özel dikkat gösterilmesi gerekmektedir. Ayrıntılı eser metal çalışmaları için güvenilir çevresel izleme verileri ve yüksek hassasiyete sahip sonuçlar elde etmek amacıyla numune alma, işleme ve analitik prosedürler için bir protokol sunulmaktadır.

Temiz Örnekleme ve Eser Metal Çalışmaları Nehri ve haliç Waters Analizi

Suyun temiz ve doğru noktadan örneklenmesi için basit, müdahaleci olmayan ve güvenilir bir yöntem olan VacuSIP'i tanıtıyoruz. Sistem, partikül ve çözünmüş bileşiklerin uzaklaştırılmasını ve atılımını temiz bir şekilde ölçmek için bentik süspansiyon besleyiciler tarafından solunan ve solunan suyun yerinde eşzamanlı olarak toplanması için geliştirilmiş ve değerlendirilmiştir.

VacuSIP, bir Geliştirilmiş INEX Yöntemi için<em&gt; In Situ</em&gt; Partikül Ölçümü ve Çözünmüş bileşikler Aktif Süspansiyon besleme üniteleri İşlenmiş

Su örneklerinin bir filtre kartuşu ile filtrelenmesi ve filtreyi çıkarmak için muhafazayı kesmek zorunda kalmadan çevresel DNA'nın (eDNA) çıkarılması için bir protokol açıklıyoruz. Bu protokol, balıklardan alınan eDNA'yı metabarkodlama için geliştirilmiştir, ancak diğer organizmalardan alınan eDNA'ya da uygulanabilir.

Filtrasyon Su Örnekleri ve Çevre DNA Ekstraksiyon için bir Filtre Kartuşu Kullanımı

Plankton ve askıya alınan parçacıklar okyanusta biyojeokimyasal döngüleri içinde önemli bir rol oynamaktadır. Burada, deniz suyu büyük miktarlarda işleme yeteneği ile parçacıklar ve plankton denizde irili ufaklı derlemesinin bir ultra temiz, düşük stres yöntemi sağlamak.

Şeker boyutu deniz Plankton ve askıya alınan parçacıkları toplamak için Ultra temiz bir çok katmanlı aparat

Burada, siyanofajları (ve konakçılarını) izole etmek için deniz ve tatlı su ekosistemlerinin öfotik bölgelerinden örnekleme yöntemlerini ve tek genotipleri zenginleştiren ve virüs-konak etkileşim dinamiklerini karakterize eden örnekleme sonrası süreçleri açıklıyoruz.

Fotosentetik Mikropların ve Virüslerinin Çevresel Örneklemesi: Tarladan Laboratuvara

Bu protokol, balina gözlem gemilerinden deniz balığı çevresel DNA (eDNA) örnekleri toplamak için standartlaştırılmış bir iş akışını tanımlar. Araştırmacılar ve eğitimli vatandaş bilim insanları için fizibilite önceliklidirken, çevresel koşullar, filtrasyon süresi, bulanıklık ve gemi üzerindeki lojistik uygulamanın pratik sınırlarını belirler.

Balina İzleme Gemileri için Çevresel DNA Örnekleme Örneği

Keşfedin: Feribotlardan deniz suyu örnekleri toplayarak çevresel DNA analizi yapın. Bu yöntem, yunuslar ve balinalar gibi deniz memelilerinin dağılımını ve koruma stratejilerini incelemek için uzak açık deniz alanlarına erişimi kolaylaştırır.

Yüzer Laboratuvar: Çevresel DNA Analizi için İşletme Feribotlarından Deniz Suyu Örneklerinin Toplanması ve Filtrelenmesi için Standart Operasyonel Prosedür (Video) | JoVE Journal

Yüzer Laboratuvar: Çevresel DNA Analizi için İşletme Feribotlarından Deniz Suyu Örneklerinin Toplanması ve Filtrelenmesi için Standart Operasyonel Prosedür

Daha fazla video keşfet