Yüzer Laboratuvar: Çevresel DNA Analizi için İşletme Feribotlarından Deniz Suyu Örneklerinin Toplanması ve Filtrelenmesi için Standart Operasyonel Prosedür

Burada, faal feribotlardan ve diğer ticari gemilerden deniz suyu örneklerinin toplanması ve filtrelenmesi yoluyla deniz eDNA'sını almak için yeni bir protokol sunuyoruz.

Araştırmamızın amacı, çevresel DNA örneklerinin toplanması için bir platform olarak ticari gemiler kullanılarak açık denizlerdeki biyolojik topluluklar üzerinde yapılan araştırmalardır. Bizim özel durumumuzda, odak noktası cetaecans üzerindedir. Korunmaları için ekolojik olarak stratejik olan açık deniz alanını belirlemeye çalışın. EDNA numunesinin alınması son derece kolay olsa da, sadece deniz suyu numunesi toplamak ve analitik teknoloji sürekli ilerlemesine rağmen, asıl zorluk, özellikle derin suların açık deniz sularında olduğu gibi, erişilmesi zor olduğunda, izlenecek ortamlara nasıl ulaşılacağıdır. EDNA, deniz ortamının incelenmesi için sıklıkla seçmeli teknik haline gelse de, sahada kolay ve tekrarlanabilir büyük hacimli numune işlemeye izin veren protokoller eksiktir. EDNA saatler içinde bozulduğundan, maksimum geri alma ve verimliliği sağlamak için deniz suyu EDNA örneklerini topladıktan sonra filtrelemek ve saklamak çok önemlidir. Sunulan protokol, veri toplama için tamamen feribotların işletilmesine dayanmaktadır. Feribot tabanlı izleme, tekrarlanabilirlik, yolların sabit olması ve tüm yıl boyunca çalışması, mevsimsel izlemeye izin vermesi, açık deniz sularına kolay erişim, emisyonsuz numune toplama, gece saatlerinde de numune almayı mümkün kılması ve son olarak numune alma maliyetlerini önemli ölçüde düşürmesi gibi çeşitli avantajlar sunar. Bu protokolü kullanarak, çok sayıda örnek topladık ve filtreledik, uzak ve açık deniz bölgelerine ulaştık, bu da araştırmamız için mekansal çözünürlüğün artmasına izin verdi. Bu, özellikle açık denizde yaşayan deniz organizmalarını, yani deniz memelilerini hedef aldığımız için önemlidir. EDNA'larından elde edilen bilgiler, dağılımlarına, habitat tercihlerine ve nihayetinde koruma durumlarına ışık tutabilir mi?

[Ekran Okuyucusu] Başlamak için, örnekleme gerginliğinin uzantısını tahmin etmek için feribotun rota üzerindeki mevcut veya ortalama seyir hızını not edin. Filtreleme yüzeyini sterilize ettikten sonra, seyir süresince numune toplama musluğunu hafifçe açın. Toplama borusunu yerel suyla durulamak için sürekli deniz suyu akışını kullanın ve sintinedeki fazla suyu atın. BIB'yi gerekli ayrıntılarla etiketlemek için kalıcı bir işaretleyici kullanın. Tavan filmini BIB açıklığından çıkarın ve yaklaşık 13 litre deniz suyu ile doldurun. BIB neredeyse dolduğunda, tavan filmini kapaktan çıkarın ve musluğun etrafındaki filmi olduğu gibi bırakın. BIB'yi sıkıca kapattıktan sonra, numune alımının tam olarak ne zaman tamamlandığını not edin ve numune alımının toplam süresini kaydedin. Kalıcı bir işaretleyici kullanarak tamamlanma süresini BIB'ye yazın ve bilgileri numune toplama ve filtreleme formuna aktarın. Doldurulmuş BIB'yi depolama odasına veya filtreleme alanına yerleştirin. Filtreleme istasyonunu hazırlamak için, vakum pompasını termosun emme ağzına bağlayın ve filtrasyon silindirini yerleştirmek için durdurucuyu destekle birlikte şişenin boynuna yerleştirin. Gerekli tüm malzemeleri hazırlayın ve filtreleme sistemini filtreleme için belirlenen alana monte edin. Her istasyon için yeni bir silindir ve yeni bir çift tek kullanımlık cımbız veya sterilize edilmiş cımbız kullanın. Kontaminasyon riskini en aza indirmek için, su akışını izole etmek için musluk ile filtrasyon silindiri arasına plastik torba gibi bir yalıtım manşonu yerleştirin. Vakum pompasını etkinleştirin ve filtreleme süresini kaydetmek için zamanlayıcıyı başlatın. Filtre başına dört litreye kadar su geçirin ve hava girişini önlemek için silindirin işlem boyunca dolu kalmasını sağlayın. Filtrelenmiş su dört litre işaretine ulaştığında, vakum pompasını kapatın ve zamanlayıcıyı hemen durdurun. Filtreleme süresini veri kayıt sayfasına kaydedin. Ardından, herhangi bir hasarı önlemek için ilk filtreyi veya filtre a'yı silindirden dikkatlice kurtarmak için cımbız kullanın. Biyolojik materyali tutan yan kısım içe doğru katlanmış olarak ikiye katlayın ve alüminyum folyoya sarın. Folyoyu numune numarasıyla etiketleyin ve dondurucuda saklamadan önce çoğaltma kimliğini filtreleyin. Bir sonraki filtreleme turu için filtreleme silindirinin içine yeni bir filtre yerleştirin ve şişeyi boşaltın. Filtrasyondan sonra. Tüm filtreleri eksi dört santigrat derece ile eksi 20 santigrat derece arasında daha fazla laboratuvar işlemine kadar saklayın. Gemiden inmeden hemen önce, tüm numuneleri alın ve nakliye için düşük sıcaklıkta taşınabilir soğutuculara yerleştirin. Deniz çevresel DNA toplama ve meta çubuk kaplama kullanılarak yapılan analiz, örneklenen rota boyunca Kiremit Balıkları, Alas, Brinks ve deniz memelileri dahil olmak üzere birden fazla omurgalı türünü tanımlayarak omurgalı topluluk bileşiminin ve trofik yapının yeniden yapılandırılmasını sağladı.