Name: iChip Teknolojisi Kullanılarak Toprak Mikroorganizmalarının İzolasyonu (Video) | JoVE Journal
Uploaded: 2025-01-10T13:20:00.000+00:00
Duration: 5 min 33 s
Description: Öğrenin, iChip teknolojisiyle topraktan yeni mikroorganizmaları izole etme yöntemini. Bu teknik, tarımsal patojenlere karşı biyopestisit adayları keşfetmek için sürdürülebilir bir yaklaşım sunar.

ai_agent_IP

ai_agent

maintenance

instantTrialDurationMinutes

isBiopharma

enableNewMyJoveSectionDesign

educationFeatures

seoMetaApi

ai_copilot_institution_blacklist

ai_chat_institution_blacklist

freeAccessWindow

ssoRoleCapture

scheduledMaintenanceBanner

joveLabsFeatures

disable_autoplay_for_bots

extended_trial_duration

5 minutes

<meta charset="utf8"></head><body>Yeni mikroorganizmaların kültürlenmesi için iChip yönteminin geliştirilmesi

<ol><li>Newman, D. J., Cragg, G. M. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Natural+products+as+sources+of+new+drugs+over+the+nearly+four+decades+from+01%2F1981+to+09%2F2019%5BTitle%5D)+AND+%22J+Nat+Prod%22%5BJournal%5D)">Natural products as sources of new drugs over the nearly four decades from 01/1981 to 09/2019.</a> J Nat Prod. 83 (3), 770-803 (2020).</li>
<li>Fouillaud, M., Dufosse, L. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Microbial+secondary+metabolism+and+biotechnology%5BTitle%5D)+AND+%22Microorganisms%22%5BJournal%5D)">Microbial secondary metabolism and biotechnology.</a> Microorganisms. 10 (1), 123(2022).</li>
<li>Rizzetto, G., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Role+of+daptomycin+in+cutaneous+wound+healing%3A+A+narrative+review%5BTitle%5D)+AND+%22Antibiotics%22%5BJournal%5D)">Role of daptomycin in cutaneous wound healing: A narrative review.</a> Antibiotics. 11 (7), 944(2022).</li>
<li>Miethke, M., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Towards+the+sustainable+discovery+and+development+of+new+antibiotics%5BTitle%5D)+AND+%22Nat+Rev+Chem%22%5BJournal%5D)">Towards the sustainable discovery and development of new antibiotics.</a> Nat Rev Chem. 5 (10), 726-749 (2021).</li>
<li>Gunjal, V., Thakare, R., Chopra, S., Reddy, D. S. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Teixobactin%3A+A+paving+stone+toward+a+new+class+of+antibiotics%5BTitle%5D)+AND+%22J+Med+Chem%22%5BJournal%5D)">Teixobactin: A paving stone toward a new class of antibiotics.</a> J Med Chem. 63, 12171-12195 (2020).</li>
<li>Atanasov, A. G., Zotchev, S. B., Dirsch, V. M., Supuran, C. T. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Natural+products+in+drug+discovery%3A+Advances+and+opportunities%5BTitle%5D)+AND+%22Nat+Rev+Drug+Discov%22%5BJournal%5D)">Natural products in drug discovery: Advances and opportunities.</a> Nat Rev Drug Discov. 20 (3), 200-216 (2021).</li>
<li>Epstein, S. S. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((The+phenomenon+of+microbial+uncultivability%5BTitle%5D)+AND+%22Curr+Opin+Microbiol%22%5BJournal%5D)">The phenomenon of microbial uncultivability.</a> Curr Opin Microbiol. 16 (5), 636-642 (2013).</li>
<li>Wright, G. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((An+irresistible+newcomer%5BTitle%5D)+AND+%22Nature%22%5BJournal%5D)">An irresistible newcomer.</a> Nature. 517, 422-444 (2015).</li>
<li>Berdy, B., Spoering, A., Ling, L., Epstein, S. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((In+situ+cultivation+of+previously+uncultivable+microorganisms+using+the+ichip%5BTitle%5D)+AND+%22Nat+Protoc%22%5BJournal%5D)">In situ cultivation of previously uncultivable microorganisms using the ichip.</a> Nat Protoc. 12 (10), 2232-2242 (2017).</li>
<li>Jung, D., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Triggering+growth+via+growth+initiation+factors+in+nature%3A+A+putative+mechanism+for+in+situ+cultivation+of+previously+uncultivated+microorganisms%5BTitle%5D)+AND+%22Front+Microbiol%22%5BJournal%5D)">Triggering growth via growth initiation factors in nature: A putative mechanism for in situ cultivation of previously uncultivated microorganisms.</a> Front Microbiol. 12, 537194(2021).</li>
<li>Nichols, D., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Use+of+ichip+for+high-throughput+in+situ+cultivation+of+%26%2334%3Buncultivable%26%2334%3B+microbial+species%5BTitle%5D)+AND+%22Appl+Environ+Microbiol%22%5BJournal%5D)">Use of ichip for high-throughput in situ cultivation of &#34;uncultivable&#34; microbial species.</a> Appl Environ Microbiol. 76 (8), 2445-2450 (2010).</li>
<li>Megaw, J., Kelly, S. A., Thompson, T. P., Skvortsov, T., Gilmore, B. F. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Profiling+the+microbial+community+of+a+triassic+halite+deposit+in+Northern+Ireland%3A+An+environment+with+significant+potential+for+biodiscovery%5BTitle%5D)+AND+%22FEMS+Microbiol+Lett%22%5BJournal%5D)">Profiling the microbial community of a triassic halite deposit in Northern Ireland: An environment with significant potential for biodiscovery.</a> FEMS Microbiol Lett. 366 (22), fnz242(2019).</li>
<li>Vitorino, I., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Novel+and+conventional+isolation+techniques+to+obtain+planctomycetes+from+marine+environments%5BTitle%5D)+AND+%22Microorganisms%22%5BJournal%5D)">Novel and conventional isolation techniques to obtain planctomycetes from marine environments.</a> Microorganisms. 9 (10), 2078(2021).</li>
<li>Moote, P., Polo, R. O., Uwiera, R. R. E., Inglis, G. D. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Comparison+of+strategies+for+isolation+anaerobic+bacteria+from+the+porcine+intestine%5BTitle%5D)+AND+%22Appl+Environ+Microbiol%22%5BJournal%5D)">Comparison of strategies for isolation anaerobic bacteria from the porcine intestine.</a> Appl Environ Microbiol. 87 (9), e00088-e00121 (2021).</li>
<li>Vitorino, I. R., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Rhodopirellula+aestuarii+sp.+Nov.%2C+a+novel+member+of+the+genus+rhodopirellula+isolated+from+brackish+sediments+collected+in+the+tagus+river+estuary%2C+Portugal%5BTitle%5D)+AND+%22Syst+Appl+Microbiol%22%5BJournal%5D)">Rhodopirellula aestuarii sp. Nov., a novel member of the genus rhodopirellula isolated from brackish sediments collected in the tagus river estuary, Portugal.</a> Syst Appl Microbiol. 45 (6), 126360(2022).</li>
<li>Ding, H., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Hanstruepera+marina+sp.+Nov.+and+Hanstruepera+flava+sp.+Nov.%2C+two+novel+species+in+the+family+flavobacteriaceae+isolated+by+a+modified+in+situ+cultivation+technique+from+marine+sediment%5BTitle%5D)+AND+%22Front+Microbiol%22%5BJournal%5D)">Hanstruepera marina sp. Nov. and Hanstruepera flava sp. Nov., two novel species in the family flavobacteriaceae isolated by a modified in situ cultivation technique from marine sediment.</a> Front Microbiol. 13, 957397(2022).</li>
<li>Ling, L. L., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((A+new+antibiotic+kills+pathogens+without+detectable+resistance%5BTitle%5D)+AND+%22Nature%22%5BJournal%5D)">A new antibiotic kills pathogens without detectable resistance.</a> Nature. 517 (7535), 455-459 (2015).</li>
<li>Qi, Y. K., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Discovery%2C+synthesis%2C+and+optimization+of+teixobactin%2C+a+novel+antibiotic+without+detectable+bacterial+resistance%5BTitle%5D)+AND+%22J+Pept+Sci%22%5BJournal%5D)">Discovery, synthesis, and optimization of teixobactin, a novel antibiotic without detectable bacterial resistance.</a> J Pept Sci. 28 (11), e3428(2022).</li>
<li>Piddock, L. J. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Teixobactin%2C+the+first+of+a+new+class+of+antibiotics+discovered+by+ichip+technology%5BTitle%5D)+AND+%22J+of+Antimicrob+Chemother%22%5BJournal%5D)">Teixobactin, the first of a new class of antibiotics discovered by ichip technology.</a> J of Antimicrob Chemother. 70 (10), 2679-2680 (2015).</li>
<li>Gong, L., Wong, C. H., Idol, J., Ngan, C. Y., Wei, C. L. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Ultra-long+read+sequencing+for+whole+genomic+DNA+analysis%5BTitle%5D)+AND+%22J+Vis+Exp%22%5BJournal%5D)">Ultra-long read sequencing for whole genomic DNA analysis.</a> J Vis Exp. (145), e58954(2019).</li>
<li>Covington, B. C., Xu, F., Seyedsayamdost, M. R. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((A+natural+product+chemist%27s+guide+to+unlocking+silent+biosynthetic+gene+clusters%5BTitle%5D)+AND+%22Annu+Rev+Biochem%22%5BJournal%5D)">A natural product chemist's guide to unlocking silent biosynthetic gene clusters.</a> Annu Rev Biochem. 90, 763-788 (2021).</li>
<li>Lee, N., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Mini+review%3A+Genome+mining+approaches+for+the+identification+of+secondary+metabolite+biosynthetic+gene+clusters+in+Streptomyces%5BTitle%5D)+AND+%22Comput+Mol+Biol%22%5BJournal%5D)">Mini review: Genome mining approaches for the identification of secondary metabolite biosynthetic gene clusters in Streptomyces.</a> Comput Mol Biol. 18, 1548-1556 (2020).</li>
<li>Kaeverlein, T., Lewis, K., Epstein, S. S. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Isolating+%26%2334%3Buncultivable%26%2334%3B+microorganisms+in+pure+culture+in+a+simulated+natural+environment%5BTitle%5D)+AND+%22Science%22%5BJournal%5D)">Isolating &#34;uncultivable&#34; microorganisms in pure culture in a simulated natural environment.</a> Science. 296 (5570), 1127-1129 (2002).</li>
<li>Trcek, J., Mira, N. P., Jarboe, L. R. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Adaptation+and+tolerance+of+bacteria+against+acetic+acid%5BTitle%5D)+AND+%22Appl+Microbiol+Biotechnol%22%5BJournal%5D)">Adaptation and tolerance of bacteria against acetic acid.</a> Appl Microbiol Biotechnol. 99 (15), 6215-6229 (2015).</li>
<li>Kurm, V., Van Der Putten, W. H., Hol, W. H. G. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Cultivation-success+of+rare+soil+bacteria+is+not+influenced+by+incubation+time+and+growth+medium%5BTitle%5D)+AND+%22PLOS+One%22%5BJournal%5D)">Cultivation-success of rare soil bacteria is not influenced by incubation time and growth medium.</a> PLOS One. 14 (1), e0210073(2019).</li>
<li>Buerger, S., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Microbial+scout+hypothesis+and+microbial+discovery%5BTitle%5D)+AND+%22Appl+Environ+Microbiol%22%5BJournal%5D)">Microbial scout hypothesis and microbial discovery.</a> Appl Environ Microbiol. 78 (9), 3229-3233 (2012).</li>
<li>Lodhi, A. F., Zhang, Y., Adil, M., Deng, Y. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Antibiotic+discovery%3A+Combining+isolation+chip+%28ichip%29+technology+and+co-culture+technique%5BTitle%5D)+AND+%22Appl+Microbiol+Biotechnol%22%5BJournal%5D)">Antibiotic discovery: Combining isolation chip (ichip) technology and co-culture technique.</a> Appl Microbiol Biotechnol. 102 (17), 7333-7341 (2018).</li>
</ol>

<table><tbody><tr><td>0.1-20 ve mikro; L pipet uçları</td><td>VWR</td><td>76322-158</td><td>768</td></tr><tr><td>0,2 mL PCR tüpü</td> paketi <td>ThermoFisher Scientific</td><td>AB0337</td><td>1000</td></tr><tr><td>kutu 0,5-5 mL tek kanallı pipet</td><td>VWR</td><td>CA11020-004</td><td></td></tr><tr><td>1 L cam şişe</td><td>Millipore Sigma</td><td>CLS13951L</td><td>Otoklavlanabilir olmalıdır.</td></tr><tr><td>100 x 15 mm Petri plakaları</td><td>VWR</td><td>25384-342</td><td>500 Kılıf</td></tr><tr><td>%100 Silikon mastik</td><td>Marineland</td><td>31003</td><td></td></tr><tr><td>1000 & mikro; L çok kanallı pipet uçları</td><td>ThermoFisher Scientific</td><td>9401113</td><td>960</td></tr><tr><td>100-1000 ve mikro kutu; L pipet uçları</td><td>VWR</td><td>76322-164</td><td>768</td></tr><tr><td>100-1000 ve mikro paketi; L tek kanallı pipet</td><td>VWR</td><td>76169-240</td><td></td></tr><tr><td>100-1200 & mikro; L çok kanallı pippette</td><td>ThermoFisher Scientific</td><td>46300800</td><td>360 ve mikroya sahip olmalıdır; L hacim kapasitesi.&nbsp;</td></tr><tr><td>1-10 ve mikro; L tek kanallı pipet</td><td>VWR</td><td>76169-232</td><td></td></tr><tr><td>1-5 mL pipet uçları</td><td>VWR</td><td>CA11020-008</td><td>500 paketi</td></tr><tr><td>15 mL steril santrifüj tüpü</td><td>VWR</td><td>CA21008-918</td><td>500 kutu</td></tr><tr><td>16s rRNA-F astar (AGAGTTTGATCCTGGCTCAG) &ndash; 10mM</td><td>Entegre DNA Teknolojileri</td><td>51-01-19-06</td><td>10 &mikro; g</td></tr><tr><td>16s rRNA-R primer (ACGGCTACCTTGTTACGACTT) &ndash; 10mM</td><td>Entegre DNA Teknolojileri</td><td>51-01-19-07</td><td>10 & mikro; g</td></tr><tr><td>4 mm mantar delici</td><td>VWR</td><td>470121-860</td><td></td></tr><tr><td>50 mL steril santrifüj tüpleri</td><td>VWR</td><td>CA21008-940</td><td>500 vakası</td></tr><tr><td>%95 etanol</td><td>Thermo Fisher Scientific</td><td>A412-500</td><td>500 mL</td></tr><tr><td>96 kuyulu plaka</td><td>VWR</td><td>10062-900</td><td>100</td></tr><tr><td>Otoklav</td><td>Kasası Cole-Parmer</td><td>UZ-01850-34</td><td>8 L, 115 VAC</td></tr><tr><td>Bakteriyolojik agar</td><td>ThermoFisher Scientific</td><td>443570010</td><td>1 kg</td></tr><tr><td>çöp kutusu</td><td>Thomas Scientific</td><td>1216H91</td><td>Paket başına 5 kutu</td></tr><tr><td>Kaamino asitler</td><td>ThermoFisher Scientific</td><td>223120</td><td>500 g</td></tr><tr><td>Kazein digest</td><td>ThermoFisher Scientific</td><td>211610</td><td>500 g</td></tr><tr><td>Elektroflorez sınıfı agaroz</td><td>Thermo Fisher Scientific</td><td>J66501.30</td><td>250 g</td></tr><tr><td>iBright FL1500 Görüntüleme Sistemi</td><td>ThermoFisher Scientific</td><td>A44115</td><td></td></tr><tr><td>Laminer akış başlığı</td><td>CleanTech</td><td>1000-6-A</td><td></td></tr><tr><td>Minyon Nanopor Sıralayıcı&nbsp;</td><td>Oxford Nanopore Technologies</td><td>MinIon Mk1C</td><td></td></tr><tr><td>NanoDrop Bir/Bir Mikro Hacimli UV-Vis Spektrofotometre</td><td>ThermoFisher Scientific</td><td>ND-ONE-W</td><td></td></tr><tr><td>Nükleaz İçermeyen Su</td><td>Thermo Fisher Scientific</td><td>AM9937</td><td>10 x 50 mL</td></tr><tr><td>Nucleobond HMW DNA kiti</td><td>Takara</td><td>740160.2</td><td></td></tr><tr><td>Kağıt havlu</td><td>VWR</td><td>89402-824</td><td></td></tr><tr><td>Phusion Green Hot Start II Yüksek Sadakatli PCR Master Mix</td><td>Thermo Fisher Scientific</td><td>F566L</td><td>500 Reaksiyon Patates</td></tr><tr><td>nişastası</td><td>ThermoFisher Scientific</td><td></td><td>419690025 2,5 kg</td></tr><tr><td>QIAGEN CLC Genomics Workbench Yazılımı veya benzeri</td><td>Qiagen</td><td></td><td></td></tr><tr><td>Hızlı Barkodlama 24 Kit</td><td>Oxford Nanopore Teknolojileri</td><td>SQK-RBK114.24</td><td></td></tr><tr><td>SimpliAmp termal döngüleyici</td><td>Applied Biosystems</td><td>A24811</td><td></td></tr><tr><td>İğneli Steril Aşılama halkaları</td><td>VVWR</td><td>76534-512</td><td>1000</td></tr><tr><td>Steril cerrahi bıçak</td> kutusu <td>VWR</td><td>76457-444</td><td></td></tr><tr><td>SYBR Safe veya simmilar&nbsp;</td><td>ThermoFisher Scientific</td><td>S33101</td><td></td></tr><tr><td>UltraPure Agaroz&nbsp;</td><td>ThermoFisher Scientific</td><td>16500-500</td><td></td></tr><tr><td>Vorteks</td><td>VWR</td><td>76549-928</td><td>15 ve 50 mL santrifüj tüplerini eklemelidir</td></tr><tr><td>VWR Stereo Zoom Trinoküler Mikroskop</td><td>VWR</td><td>89404-476</td><td></td></tr><tr><td>Whatman&nbsp; Çekirdek gözeneği&nbsp; Palet Kazınmış Membranlar</td><td>Millipore Sigma</td><td>WHA113502</td><td>U x G 8&nbsp; içinde. x 10&nbsp; in., gözenek boyutu 0.03&nbsp; &mu; m</td></tr></tbody></table>

ichip teknolojisi kullanılarak toprak mikroorganizmalarının İzolasyonu

Isolation of Soil Microorganisms Using iChip Technology

Protokolün görsel bir genel bakışı Şekil 1'de gösterilmiştir. Başarılı bir modifiye iChip deneyi, kontrol kuyularında herhangi bir büyüme meydana gelmeden, kuyuların %'inden daha azında büyüme içeren en az bir plaka ile sonuçlanır. Büyüme gösteren bu kuyu sayısı genellikle tek kolonilerin kuyularda izole edilmesini sağlar. Ek olarak, kolonilerin sayısı veya koloni içeren kuyucukların sayısı, seyreltme serisinden hazırlanan sonraki her bir plaka ile on kat azalmalıdır. Temsili sonuçlar Şekil 2'de gösterilmiştir. burada plaka 7 ve 8, kuyuların %'inden daha azında büyüme içerdiğinden ve Tablo 1'de gösterildiği gibi koloni içeren kuyuların yüzdesi her plakayla birlikte azaldığından başarılı iChip'lerdir. Bir denemedeki tüm plakalar kuyucuk başına birden fazla koloni içeriyorsa veya herhangi bir kuyucukta koloni yoksa, bu olumsuz bir sonuç oluşturur.
<img alt="Mikrobiyal izolasyon iş akışı; silikon kaplı plakalar, santrifüj tüpleri, pipetleme, kültürleme." class="xfigimg" src="/files/ftp_upload/67426/67426fig01.jpg" data-altupdatedat="1754922859000" data-alt="Figure 1"> 
Şekil 1: Toprak mikroplarını kültürlemek için modifiye edilmiş bir iChip kullanmak için şematik genel bakış. (A,B) Plakanın yapısı (Adım 2). (C) Aşının hazırlanması (Adım 3). (D,E) iChip kurulumu (Adım 4). (F) iChip'in inkübasyonu (adım 5). (G-I) İzolatların konvansiyonel ortama aktarılması (Adım 6). <a href="https://www.jove.com/files/ftp_upload/67426/67426fig01large.jpg" target="_blank">Bu rakamın daha büyük bir sürümünü görüntülemek için lütfen buraya tıklayın.</a>
<table border="1" fo:keep-together.within-page="1" fo:keep-with-next.within-page="always">
	<tbody>
		<tr>
			<td>Ichip Teknolojisi</td>
			<td>Agar süspansiyonunda toprak konsantrasyonu</td>
			<td>Kolonili kuyular</td>
			<td>Koloni Oluşturan Birimler</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>E</td>
			<td>5.0 x 10-6 g/mL</td>
			<td>Tüm</td>
			<td>Sayılamayacak kadar çok</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>F</td>
			<td>5.0 x 10-7 g/mL</td>
			<td>Tüm</td>
			<td>Sayılamayacak kadar çok</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>G</td>
			<td>5.0 x 10-8 g/mL</td>
			<td>22</td>
			<td>22</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>H</td>
			<td>5.0 x 10-9 g/mL</td>
			<td>6</td>
			<td>6</td>
		</tr>
	</tbody>
</table>
Tablo 1: Koloni içeren kuyucuk sayısının seri olarak her seyreltme ile azaldığı başarılı bir iChip deneyinden elde edilen temsili veriler.
<img alt="Mikroplaka tahlil diyagramları; Çok kuyulu plakalar kullanarak biyokimyasal analiz için deneysel düzen." class="xfigimg" src="/files/ftp_upload/67426/67426fig02.jpg" data-altupdatedat="1754922859000" data-alt="Figure 2"> 
Şekil 2: İki başarılı modifiye iChip'in örnek sonuçları. iChips, (A) hücre-agar karışımı G'den hazırlanan plakanın 22 koloni içerdiği ve (B) hücre-agar karışımı H'den hazırlanan plakanın, karışımlar arasındaki 10 kat seyreltme farkıyla tutarlı olarak altı koloni içerdiği aynı deneyden alınmıştır. <a href="https://www.jove.com/files/ftp_upload/67426/67426fig02large.jpg" target="_blank">Bu rakamın daha büyük bir sürümünü görüntülemek için lütfen buraya tıklayın.</a>
Şekil 3A-G'de gösterildiği gibi koloniler çıplak gözle veya mikroskopi ile görselleştirilebilir. Koloniler, Şekil 3B'de görüldüğü gibi agarın yüzeyinde büyüyor olabilir veya Şekil 3F'deki koloni gibi agarın içine gömülü olabilir. Şekil 3G'deki gibi başarılı bir modifiye iChip'te aynı kuyuda iki koloninin bulunduğu durumlar olabilir. Bazı durumlarda, koloniler birbirinden ayrı ayrı bir iğne ile delinebilecek ve alt kültürlenebilecek kadar uzaktır; bununla birlikte, Şekil 3G'dekilerin aksenik mikroorganizmalar olarak kolayca kültürlenmesi olası değildir. İChip'ten geleneksel SMS ortamına aktarılan koloni örnekleri Şekil 4'te gösterilmektedir.
<img alt="Kültürde bakteri üremesini analiz eden petri kabı deneyi; kolonileri vurgulayan mikroskop görüntüsü." class="xfigimg" src="/files/ftp_upload/67426/67426fig03.jpg" data-altupdatedat="1754922859000" data-alt="Figure 3"> 
Şekil 3: 6 haftalık inkübasyondan sonra bir iChip'te büyüyen kolonilerin temsili mikroskobik görünümü. (AF) Alt kültüre alınması gereken tek koloniler gözlenir ve (G) içinde aksenik kültür olarak elde edilmesi zor olan yakın mesafede iki koloni gözlenir. <a href="https://www.jove.com/files/ftp_upload/67426/67426fig03large.jpg" target="_blank">Bu rakamın daha büyük bir sürümünü görüntülemek için lütfen buraya tıklayın.</a>
<img alt="Agar plağında bakteri koloni üremesi, mikrobiyoloji deneyi, petri kabı analizi." class="xfigimg" src="/files/ftp_upload/67426/67426fig04.jpg" data-altupdatedat="1754922859000" data-alt="Figure 4"> 
Şekil 4: Bir SMS agar plakası üzerinde büyüdüğünde modifiye edilmiş iChip'ten izole edilen bir bakterinin temsili sonucu. <a href="https://www.jove.com/files/ftp_upload/67426/67426fig04large.jpg" target="_blank">Bu rakamın daha büyük bir sürümünü görüntülemek için lütfen buraya tıklayın.</a>
Kolonileri modifiye edilmiş iChip'ten geleneksel agar plakalarına izole etme yeteneği de deneyin başarısını belirler. Modifiye edilmiş iChip'te büyüyen tüm koloniler, geleneksel plakalara transferden sağ çıkamayacaktır. Bir iChip'te koloniler büyüme faktörlerine ve toprak besinlerine maruz kalarak yetiştirilebilirliklerini artırır. Bazı mikroorganizmalar için, evcilleştirme süresi, onları geleneksel koşullarda kültürlenebilir hale getirmek için yeterli değildir. Bir iChip'ten plakalara kolonilerin geri kazanım oranı deneyden deneye değişecektir, ancak bu yöntem aynı zamanda kolayca kültürlenebilen mikroorganizmaları da kültürleyeceğinden bazıları plakalarda büyümelidir. Örneğin, Şekil 2'deki modifiye iChip'ler toplamda 28 koloni içeriyordu ve alt kültürden sonra agar plakalarında büyüyen koloni sayısı 16 iken, 12'si transferden sağ çıkamadı. İzolatlar, Şekil 4'te gösterildiği gibi, tam boyutlu agar plakaları üzerinde kültürlendikten sonra tanımlanabilir ve daha fazla çalışma için kullanılabilir.
Başarılı bir modifiye iChip deneyi, tür düzeyinde bilinen mikroorganizmalardan farklı mikroorganizmaların izolasyonu ile sonuçlanmalıdır. Her bir izolatın bilinen mikroorganizmalara benzerlik derecesi, izole edilen DNA'nın bilinen mikroorganizmaların genomları ile karşılaştırılmasıyla bulunur. Her bir izolata en yakın ilişkili mikroorganizmaların tetra Z skorları, yüzde benzerliği tanımlar. Şekil 5 , izole edilen on iki bakteriden dördünün yeni tür veya daha yüksek olduğunu, ikisinin muhtemelen yeni suşlar olduğunu ve altısının bilinen mikroorganizmalar olduğunu göstermektedir. Birkaç yeni türün veya suşun geri kazanılması, daha önce yayınlanmış iChip deneyleriyle tutarlıdır, bu da bu değiştirilmiş iChip yapısının yeni türlerin geri kazanımındaki artışı engellemediğini gösterir11.
<img alt="Taksonomik yenilik analizi pasta grafiği; 6 bilinen, 2 olası, ichip izolatlarından 4 yeni tür." class="xfigimg" src="/files/ftp_upload/67426/67426fig05.jpg" data-altupdatedat="1754922859000" data-alt="Figure 5"> 
Şekil 5: Bir iChip deneyinden elde edilen izolatların taksonomik sınıflandırma seviyesi. Yüzde benzerlik, izolatların bilinen bakterilere benzerliğini tanımlayan tetra Z skorlarına göre belirlendi, burada %&gt;&lt;<a href="https://www.jove.com/files/ftp_upload/67426/67426fig05large.jpg" target="_blank"></a>

iChip Teknolojisi Kullanılarak Toprak Mikroorganizmalarının İzolasyonu

The iChip isolation technique uses an in-situ isolation device that increases the cultivability of previously unculturable microorganisms. Microorganisms ...

isolation-of-soil-microorganisms-using-ichip-technology

Research

JoVE Journal

Biochemistry

Biyokimya

Isotachophoresis (ITP) toksini tanıma ve numune hazırlama kadar uygulamaları ile sağlam bir elektrokinetik ayırma ve zenginleştirme tekniktir. Ayırma ve küçük moleküller ve hücre kültürü lizatı nükleik asitlerin saflaştırılması tespiti: Biz ITP fiziksel prensipleri ve iki özel örnek uygulamalar için bu tekniği uygulayarak metodolojisi gözden geçirin.

İyonların ayrılması ve Nükleik Asit Saflaştırılması için on-chip Isotachophoresis

Etiketli plastik film "biyolojik" malç olarak tarımsal kullanım için ticari olarak kullanılabilir. Toprak çekici bir bertaraf yöntemi temsil eder, ama saha şartlarında bozulma kötü anlaşılmaktadır. Bu çalışmanın amacı, alanında mezar sonra plastik malç filmleri kolonize yerli toprak mantar ve bakterileri izole etmek için yöntemler geliştirmektir.

Biyobozunur Plastik Malç Filmler Aşağı Breaking potansiyeli ile Yerli Toprak Mikroorganizmaların izolasyonu Tarımda Kullanılan

Bakteriler kendi mikrobiyal komşularının fizyolojisini etkileme potansiyeline sahip salgılanan bileşikler üretirler. Burada katı ortam üzerinde Bacillus subtilis flüoresan raportör transkripsiyon suşlar ile toprak mikrop karıştırılarak gibi kimyasal olarak aracılık edilen türler arası etkileşimlerin saptanmasına imkan veren bir kokültürü ekran tarif eder.

Kimyasal Dolayımlı Türler arası etkileşimleri tespit etmek Coculture kullanma

Entomopatojenik mantar kolonileri, Tenebrio yemi, Galleria yemi ve seçici yapay ortam, yani kloramfenikol, tiyabendazol ve sikloheksimid (CTC ortamı) ile desteklenmiş maya özü ile zenginleştirilmiş patates dekstroz agarı kullanılarak tropikal toprak örneklerinden izole edilir.

Entomopatojenik mantarları toprak örneklerinden izole etme yöntemlerinin karşılaştırılması

Bu protokol, mayaların ve küf Aspergillus fumigatus'un 7 gün gibi kısa bir sürede büyük toprak numunelerinden kültürlenmesi için etkili ve hızlı bir yöntemdir. Yöntemler, deneyler için gerektiğinde bir dizi inkübasyon ortamına ve sıcaklığına uyum sağlamak için kolayca değiştirilebilir.

Mantar Popülasyon Yapısını Araştırmak için Kültürlenebilir Maya ve Küflerin Topraklardan İzolasyonu

Burada, inatçı materyallerin parçalanmasında rol oynayan mantar suşlarını aramak için toprak biyoçeşitliliğini taramak için bir protokol sunuyoruz. İlk olarak, hümik asitler veya lignoselüloz üzerinde büyüyebilen mantar suşları izole edilir. Aktiviteleri daha sonra hem enzimatik testlerde hem de hidrokarbonlar ve plastikler gibi kirleticiler üzerinde test edilir.

İnatçı Malzemelerin Parçalanmasında Rol Oynayan Mantarlar için Toprak Biyoçeşitliliğinden İzolasyon ve Tarama

Bu protokol, inatçı toprak mikroplarının doğal ortamlarında yerinde yetiştirilmesi için bir izolasyon çipinin (iChip) tasarımını ve kullanımını açıklar. Aynı zamanda antimikrobiyal üreten toprak bakterilerinin yerinde yetiştirilmesini de tanımlar. Protokol, diğer arzu edilen özelliklere sahip çeşitli nişlerden bakterileri kurtarmak için uyarlanabilir.

Yerinde İzolasyon Çipi (iChip) Kullanılarak İnatçı Toprak Bakterilerinin İzolasyonu ve Kültürlenmesi

Bu el yazması, ökaryotik hücrelerde oluşan seçilmiş akraba RNP'leri spesifik bir oligonükleotid yönelimli zenginleştirme yoluyla izole etmek için bir yaklaşımı açıklar. Bu yaklaşımın uygulanabilirliğini, DHX9/RNA helikaz A'dan oluşan retroviral 5' çevrilmemiş bölgeye bağlı bir akraba RNP'yi izole ederek gösteriyoruz.

Oligonükleotid yönelik elüsyon kullanılarak Hücreler Aynı Kökenli RNA-protein kompleksleri izolasyonu

Mitokondri bitki hücre sadece küçük bir yüzdesi olarak, onlar çalışmalar bir dizi için saf gerekir. Mitokondri bitki organları çeşitli Homojenizasyon, son derece saf mitokondriyal kesir elde etmek için Diferansiyel ve yoğunluk gradient Santrifüjü tarafından takip tarafından ayrılmış olabilir.

Yalıtım ve solunum ölçümleri mitokondri Arabidopsis thaliana üzerinden

Burada, üç renkli smFRET veri ve onun analizi ile 3D ensemble gizli Markov modeli elde etmek için bir iletişim kuralı mevcut. Bu yaklaşım ile bilim adamları Kinetik bilgi cooperativity veya ilişkili etkileşimler de dahil olmak üzere karmaşık protein sistemlerden ayıklayabilirsiniz.

Üç renkli tek molekül FRET Protein etkileşimleri korelasyon çalışma için kullanma

Öğrenin, iChip teknolojisiyle topraktan yeni mikroorganizmaları izole etme yöntemini. Bu teknik, tarımsal patojenlere karşı biyopestisit adayları keşfetmek için sürdürülebilir bir yaklaşım sunar.

iChip Teknolojisi Kullanılarak Toprak Mikroorganizmalarının İzolasyonu

Daha fazla video keşfet