Name: Murin Kemik İliği Kaynaklı Nötrofillerin ATAC-Seq Kütüphanesi Hazırlanması (Video) | JoVE Journal
Uploaded: 2025-01-03T14:20:00.000+00:00
Duration: 9 min 44 s
Description: Öğrenin, immünmanyetik ayırma ile murin kemik iliği kaynaklı nötrofillerden yüksek kaliteli ATAC-seq kütüphanesi hazırlama yöntemini. Bu protokol, kromatin erişilebilirliği ve epigenetik yeniden programlama çalışmaları için araştırmacılara rehberlik eder.

ai_agent_IP

ai_agent

maintenance

instantTrialDurationMinutes

isBiopharma

enableNewMyJoveSectionDesign

educationFeatures

seoMetaApi

ai_copilot_institution_blacklist

ai_chat_institution_blacklist

freeAccessWindow

ssoRoleCapture

scheduledMaintenanceBanner

joveLabsFeatures

disable_autoplay_for_bots

extended_trial_duration

5 minutes

<meta charset="utf8"></head><body>Kemirgen Nötrofillerinde Kromatin Erişilebilirliği için Ölçeklenebilir ATAC-seq Protokolü

<ol><li>Mortaz, E., Alipoor, S. D., Adcock, I. M., Mumby, S., Koenderman, L. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Update+on+neutrophil+function+in+severe+inflammation%5BTitle%5D)+AND+%22Front+Immunol%22%5BJournal%5D)">Update on neutrophil function in severe inflammation.</a> Front Immunol. 9, 2171(2018).</li>
<li>Lehrer, R. I., Ganz, T., Selsted, M., Babior, B. M., Curnutte, J. T. Neutrophils and host defense. <a target="_blank" href="http://scholar.google.com/scholar?hl=en&safe=off&q=author%3aLehrer%2C+RI+%22Ann+Intern+Med%22">Ann Intern Med</a>. 109 (2), 127-142 (1988).</li>
<li>De Oliveira, S., Rosowski, E. E., Huttenlocher, A. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Neutrophil+migration+in+infection+and+wound+repair%3A+Going+forward+in+reverse%5BTitle%5D)+AND+%22Nat+Rev+Immunol%22%5BJournal%5D)">Neutrophil migration in infection and wound repair: Going forward in reverse.</a> Nat Rev Immunol. 16 (6), 378-391 (2016).</li>
<li>Herrera-Uribe, J., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Integrative+profiling+of+gene+expression+and+chromatin+accessibility+elucidates+specific+transcriptional+networks+in+porcine+neutrophils%5BTitle%5D)+AND+%22Front+Genet%22%5BJournal%5D)">Integrative profiling of gene expression and chromatin accessibility elucidates specific transcriptional networks in porcine neutrophils.</a> Front Genet. 14, 1107462(2023).</li>
<li>Kipnis, E. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Neutrophils+in+sepsis%3A+Battle+of+the+bands%5BTitle%5D)+AND+%22Crit+Care+Med%22%5BJournal%5D)">Neutrophils in sepsis: Battle of the bands.</a> Crit Care Med. 41 (3), 925-926 (2013).</li>
<li>Kong, Y., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Sepsis-induced+thymic+atrophy+is+associated+with+defects+in+early+lymphopoiesis%5BTitle%5D)+AND+%22Stem+Cells%22%5BJournal%5D)">Sepsis-induced thymic atrophy is associated with defects in early lymphopoiesis.</a> Stem Cells. 34 (12), 2902-2915 (2016).</li>
<li>Cassatella, M. A. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Neutrophil-derived+proteins%3A+Selling+cytokines+by+the+pound%5BTitle%5D)+AND+%22Adv+Immunol%22%5BJournal%5D)">Neutrophil-derived proteins: Selling cytokines by the pound.</a> Adv Immunol. 73, 369-509 (1999).</li>
<li>Tecchio, C., Cassatella, M. A. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Neutrophil-derived+cytokines+involved+in+physiological+and+pathological+angiogenesis%5BTitle%5D)+AND+%22Chem+Immunol+Allergy%22%5BJournal%5D)">Neutrophil-derived cytokines involved in physiological and pathological angiogenesis.</a> Chem Immunol Allergy. 99, 123-137 (2014).</li>
<li>Newburger, P. E. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Autoimmune+and+other+acquired+neutropenias%5BTitle%5D)+AND+%22Hematology+Am+Soc+Hematol+Educ+Program%22%5BJournal%5D)">Autoimmune and other acquired neutropenias.</a> Hematology Am Soc Hematol Educ Program. 2016 (1), 38-42 (2016).</li>
<li>Skokowa, J., Dale, D. C., Touw, I. P., Zeidler, C., Welte, K. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Severe+congenital+neutropenias%5BTitle%5D)+AND+%22Nat+Rev+Dis+Primers%22%5BJournal%5D)">Severe congenital neutropenias.</a> Nat Rev Dis Primers. 3, 17032(2017).</li>
<li>Burn, G. L., Foti, A., Marsman, G., Patel, D. F., Zychlinsky, A. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((The+neutrophil%5BTitle%5D)+AND+%22Immunity%22%5BJournal%5D)">The neutrophil.</a> Immunity. 54 (7), 1377-1391 (2021).</li>
<li>Wang, B., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Sepsis+induces+non-classic+innate+immune+memory+in+neutrophils%5BTitle%5D)+AND+%22Cell+Rep%22%5BJournal%5D)">Sepsis induces non-classic innate immune memory in neutrophils.</a> Cell Rep. 42 (9), 113044(2023).</li>
<li>Dinauer, M. C. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Primary+immune+deficiencies+with+defects+in+neutrophil+function%5BTitle%5D)+AND+%22Hematology+Am+Soc+Hematol+Educ+Program%22%5BJournal%5D)">Primary immune deficiencies with defects in neutrophil function.</a> Hematology Am Soc Hematol Educ Program. 2016 (1), 43-50 (2016).</li>
<li>Shaul, M. E., Fridlender, Z. G. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Tumour-associated+neutrophils+in+patients+with+cancer%5BTitle%5D)+AND+%22Nat+Rev+Clin+Oncol%22%5BJournal%5D)">Tumour-associated neutrophils in patients with cancer.</a> Nat Rev Clin Oncol. 16 (10), 601-620 (2019).</li>
<li>Hong, C. W. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Current+understanding+in+neutrophil+differentiation+and+heterogeneity%5BTitle%5D)+AND+%22Immune+Netw%22%5BJournal%5D)">Current understanding in neutrophil differentiation and heterogeneity.</a> Immune Netw. 17 (5), 298-306 (2017).</li>
<li>Carvalho, L. O., Aquino, E. N., Neves, A. C., Fontes, W. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((The+neutrophil+nucleus+and+its+role+in+neutrophilic+function%5BTitle%5D)+AND+%22J+Cell+Biochem%22%5BJournal%5D)">The neutrophil nucleus and its role in neutrophilic function.</a> J Cell Biochem. 116 (9), 1831-1836 (2015).</li>
<li>Tamassia, N., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Cutting+edge%3A+An+inactive+chromatin+configuration+at+the+il-10+locus+in+human+neutrophils%5BTitle%5D)+AND+%22J+Immunol%22%5BJournal%5D)">Cutting edge: An inactive chromatin configuration at the il-10 locus in human neutrophils.</a> J Immunol. 190 (5), 1921-1925 (2013).</li>
<li>Shiraishi, K., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Biophysical+forces+mediated+by+respiration+maintain+lung+alveolar+epithelial+cell+fate%5BTitle%5D)+AND+%22Cell%22%5BJournal%5D)">Biophysical forces mediated by respiration maintain lung alveolar epithelial cell fate.</a> Cell. 186 (7), 1478-1492.e15 (2023).</li>
<li>Chang, C. C., Sun, J. T., Chu, F. Y. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Bacterial+sepsis%2C+neutrophils+and+intracellular+organisms%5BTitle%5D)+AND+%22QJM%22%5BJournal%5D)">Bacterial sepsis, neutrophils and intracellular organisms.</a> QJM. 110 (6), 393-394 (2017).</li>
<li>Walling, B. L., Murphy, P. M. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Protean+regulation+of+leukocyte+function+by+nuclear+lamins%5BTitle%5D)+AND+%22Trends+Immunol%22%5BJournal%5D)">Protean regulation of leukocyte function by nuclear lamins.</a> Trends Immunol. 42 (4), 323-335 (2021).</li>
<li>Sollberger, G., Tilley, D. O., Zychlinsky, A. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Neutrophil+extracellular+traps%3A+The+biology+of+chromatin+externalization%5BTitle%5D)+AND+%22Dev+Cell%22%5BJournal%5D)">Neutrophil extracellular traps: The biology of chromatin externalization.</a> Dev Cell. 44 (5), 542-553 (2018).</li>
<li>Klemm, S. L., Shipony, Z., Greenleaf, W. J. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Chromatin+accessibility+and+the+regulatory+epigenome%5BTitle%5D)+AND+%22Nat+Rev+Genet%22%5BJournal%5D)">Chromatin accessibility and the regulatory epigenome.</a> Nat Rev Genet. 20 (4), 207-220 (2019).</li>
<li>Grandi, F. C., Modi, H., Kampman, L., Corces, M. R. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Chromatin+accessibility+profiling+by+ATAC-seq%5BTitle%5D)+AND+%22Nat+Protoc%22%5BJournal%5D)">Chromatin accessibility profiling by ATAC-seq.</a> Nat Protoc. 17 (6), 1518-1552 (2022).</li>
<li>Khoyratty, T. E., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Distinct+transcription+factor+networks+control+neutrophil-driven+inflammation%5BTitle%5D)+AND+%22Nat+Immunol%22%5BJournal%5D)">Distinct transcription factor networks control neutrophil-driven inflammation.</a> Nat Immunol. 22 (9), 1093-1106 (2021).</li>
<li>Fischer, J., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Safeguard+function+of+pu.1+shapes+the+inflammatory+epigenome+of+neutrophils%5BTitle%5D)+AND+%22Nat+Immunol%22%5BJournal%5D)">Safeguard function of pu.1 shapes the inflammatory epigenome of neutrophils.</a> Nat Immunol. 20 (5), 546-558 (2019).</li>
<li>Ram-Mohan, N., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Profiling+chromatin+accessibility+responses+in+human+neutrophils+with+sensitive+pathogen+detection%5BTitle%5D)+AND+%22Life+Sci+Alliance%22%5BJournal%5D)">Profiling chromatin accessibility responses in human neutrophils with sensitive pathogen detection.</a> Life Sci Alliance. 4 (8), e202000976(2021).</li>
<li>Wei, L., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Integrative+analysis+of+single-cell+rna-seq+and+atac-seq+data+across+treatment+time+points+in+pediatric+AML%5BTitle%5D)+AND+%22Blood%22%5BJournal%5D)">Integrative analysis of single-cell rna-seq and atac-seq data across treatment time points in pediatric AML.</a> Blood. 136 (1), 29(2020).</li>
<li>Kolaczkowska, E., Kubes, P. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Neutrophil+recruitment+and+function+in+health+and+inflammation%5BTitle%5D)+AND+%22Nat+Rev+Immunol%22%5BJournal%5D)">Neutrophil recruitment and function in health and inflammation.</a> Nat Rev Immunol. 13 (3), 159-175 (2013).</li>
<li>Pillay, J., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((In+vivo+labeling+with+2H20+reveals+a+human+neutrophil+lifespan+of+5.4+days%5BTitle%5D)+AND+%22Blood%22%5BJournal%5D)">In vivo labeling with 2H20 reveals a human neutrophil lifespan of 5.4 days.</a> Blood. 116 (4), 625-627 (2010).</li>
<li>Orchard, P., Kyono, Y., Hensley, J., Kitzman, J. O., Parker, S. C. J. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Quantification%2C+dynamic+visualization%2C+and+validation+of+bias+in+ATAC-seq+data+with+ataqv%5BTitle%5D)+AND+%22Cell+Syst%22%5BJournal%5D)">Quantification, dynamic visualization, and validation of bias in ATAC-seq data with ataqv.</a> Cell Syst. 10 (3), 298-306.e4 (2020).</li>
</ol>

<table><tbody><tr><td>% 0.4 Tripan Mavi</td><td>Bilimsel</td><td>T10282</td><td></td></tr><tr><td>1x fosfat tamponlu tuzlu su</td><td>Biosharp</td><td>BL302A</td><td></td></tr><tr><td>20 bp&ndash; 5000 bp Hizalama işaretleyici</td><td>Bioptik</td><td>C109102-100A</td><td>DNA fragman analizörü destekleyici ürünler</td></tr><tr><td>5k Boyut işaretleyici (Standart 50 bp Merdiven)</td> <td>Bioptik</td><td>C109101-100A</td><td>DNA fragman analizörü destekleyici ürünler</td></tr><tr><td>Amplikon Arıtma Boncukları</td><td>Beckman</td><td>A63881</td><td>Amplikon Arıtma Boncukları, yüksek kaliteli DNA ürünleri elde etmek için bir nükleik asit saflaştırma kitidir.</td></tr><tr><td>Anti-Ly6G MicroBeads Ultrapure, fare</td><td>miltenyi</td><td>130-120-337</td><td>Anti-Ly-6G MicroBeads UltraPure, fare, fare kemik iliğinin tek hücreli süspansiyonlarından fare nötrofillerinin pozitif seçimi veya tükenmesi için geliştirilmiştir.</td></tr><tr><td>Anti-fare CD11b-BV605 (1:200)</td><td>BD</td><td>Kedi # 563015</td><td></td></tr><tr><td>Anti-fare CD48-PE-Cy7 (1:400)</td> <td>BD</td><td>Kedi # 560731</td><td></td></tr><tr><td>Anti-fare Ly6G-BV510 (1:200)</td> <td>BD</td><td>Kedi # 740157</td><td></td></tr><tr><td>C57BL / 6J fareler, vahşi tip, 8 haftalık, erkek</td><td>Laboratuvar Hayvanları Bilimi Enstitüsü, Çin Tıp Bilimleri Akademisi</td><td>Laboratuvar Hayvanları Bilimi Enstitüsü, Çin Tıp Akademisi Bilimler</td><td></td></tr><tr><td>DNA Ayırma Tamponu</td><td>Bioptik</td><td>C104406</td><td>DNA fragman analizörü destekleyici ürünler</td></tr><tr><td>E. coli türevi ultra saf LPS (serotype0111: B4)</td> <td>Sigma-Aldrich</td><td>Cat # L-2630</td><td></td></tr><tr><td>DNA Kantitatif Reaktif</td><td>vazim</td><td>EQ111</td><td>DNA Kantitatif Reaktif, basit, hassas ve doğru bir çift sarmallı DNA (dsDNA) floresan kantitatif tahlil kitidir.</td></tr><tr><td>Eritrosit lizis tamponu (10x)</td><td>BioLegend</td><td>Cat#420301</td><td></td></tr><tr><td>Fetal sığır serumu</td><td>Gibco</td><td>Cat#10099141C</td><td></td></tr><tr><td>MS Ayırma kolonları</td><td>miltenyi</td><td>130-042-201</td><td>MS Kolonları, hücrelerin pozitif seçimi için tasarlanmıştır.&nbsp;</td></tr><tr><td>RPMI 1640 orta</td><td>Gibco</td><td>C11875500BT</td><td></td></tr><tr><td>S2 Jel elektroforez iğnesi&nbsp;</td><td>Bioptik</td><td>C105101</td><td>DNA fragman analizörü destekleyici ürünler</td></tr><tr><td>Cerrahi aletler: neşter, diseksiyon makası, mikrodiseksiyon makası, ince forseps, künt anatomik forseps, iğne tutucu</td><td>Fisher Scientific</td><td>https://www.fishersci.com/us/en/browse/90184247/surgical-tools</td><td>Diğer nitelikli tedarikçilerden satın alınabilir</td></tr><tr><td>Şırınga (1 & nbsp; mL)</td><td>Fisher Bilimsel&nbsp;</td><td>https://www.fishersci.com/shop/products/sterile-syringes-single-use-12/14955464</td><td>Diğer nitelikli tedarikçilerden satın alınabilir</td></tr><tr>Illumina <td>vazyme</td><td>TD501-01</td><td>için TruePrepTM DNA Kitaplığı</td><td>Hazırlık Kiti V2 Illumina için TruePrep DNA Kitaplığı Hazırlık Kiti V2, Illumina'nın yüksek verimli dizileme platformu için özel olarak geliştirilmiş, amaca yönelik bir kittir. Kiti kullanarak DNA, Illumina'nın yüksek verimli dizileme platformuna adanmış dizileme kitaplıklarına hazırlanabilir.</td></tr><tr>Illumina <td>vazyme</td><td>TD202</td> <td>için TruePrepTM İndeks Kiti V2</td><td>Illumina için TruePrep İndeks Kiti V2, Illumina için TruePrep DNA Kitaplığı Hazırlık Kiti V2 için bir Kittir. 96 farklı çift uçlu Index kütüphanesi hazırlamak için kullanılabilir.</td></tr></tbody></table>

murin kemik İliği kaynaklı nötrofillerin atac-seq kütüphanesi hazırlanması

ATAC-Seq Library Preparation of Murine Bone Marrow-Derived Neutrophils

Ana hatlarıyla belirtilen protokol, nötrofilleri C57BL / 6 farelerinin kemik iliğinden izole etmek ve ATAC-seq yoluyla kromatin erişilebilirliği öncesi ve sonrası lipopolisakkarit (LPS) stimülasyonundaki ilgili varyanslarını karşılaştırmak için kullanıldı. Tipik olarak, 6-8 haftalık bir C57BL / 6 farenin her iki uyluk kemiğinden 2 x 107 BMC toplanabilir ve daha sonra 2-5 x 106 nötrofil izole edilebilir. Bunlar arasında, ATAC-seq için 1 x 105 hücre kullanılırken, fazla hücreler kapsamlı nö...

Murin Kemik İliği Kaynaklı Nötrofillerin ATAC-Seq Kütüphanesi Hazırlanması

Assay for Transposase-Accessible Chromatin with sequencing (ATAC-seq) is a powerful, high-throughput technique for assessing chromatin accessibility and ...

atac-seq-library-preparation-of-murine-bone-marrow-derived-neutrophils

Research

JoVE Journal

Immunology and Infection

İmmünoloji ve Enfeksiyon

Bir yoğunluk dereceli santrifüj yoluyla ve CellTracker boyalar kullanılarak nötrofil etiketlemesi için fare kemik iliğinden nötrofillerin izolasyonu ve saflaştırılması için bir protokol açıklamaktadır. Bu aşağı fonksiyonel çalışmalar ya da evlatlık transferi ve izleme deneyler için nötrofil çok sayıda elde etmek için basit, hızlı, tekrarlanabilir ve ekonomik yöntem temsil eder.

İzolasyon, Arıtma ve İşlevsel Araştırmalar ve Kabul edilmiş Transfer deneyler için Fare Kemik İliği Nötrofiller Etiketlenmesi

Bu yazıda, in vitro ve enjeksiyondan sonra farelerde akut lösemide C1498 hücre kültürlerinin karakterize etmek için kullanılabilen bir teknik prosedürü sağlar. Fenotipik ve fonksiyonel analizler flow sitometri, immünofloresan mikroskopi, histokimya ve Mayıs-Grünwald Giemsa boyama kullanılarak gerçekleştirilir.

Fare C1498 Cep Hattı ve İlişkili Lösemi Fare Modeli Karakterizasyonu için Detaylı Protokolü

Tahlil Transposase erişilebilir yüksek üretilen iş sıralama (ataç-seq) ile birleştiğinde Kromatin için erişilebilir Kromatin ortaya çıkarmak için genom geniş bir yöntemdir. Bu bir adım adım ataç-seq insan lenfosit (Th1/Th2) için en iyi duruma getirilmiş son hesaplama çözümleme moleküler üzerinden iletişim kuralıdır. Bu iletişim kuralı yeni nesil sıralama yöntemleri deneyiminiz olmadan araştırmacılar tarafından kabul edilebilir.

Birincil insan T lenfositler tarafından ataç-Seq genom genelinde erişilebilir Kromatin eşleme

Burada, mekanik çalışma içinde in vitro ve in vivoiçin bir besleyici-Alerjik farklılaşma sistemi kullanılarak gen susturmak fare NK hücreleri toplu üretim için bir protokol mevcut.

Roman besleyici-Alerjik sistemi fare doğal katil hücreler Vitro seri üretim için

Burada biz belirlenmesi ve GM-CSF myeloid hücrelerin hücre yüksek hızlı sıralama kullanarak tahrik çok sayıda ayırma için bir yöntem sağlar. Beş ayrı nüfus (ortak miyeloid ataları, granülosit/makrofaj ataları, monosit, monosit kaynaklı makrofajlar ve monosit kaynaklı DCs) Ly6C ve CD115 ifade üzerinde göre tespit edilebilir.

Çok sayıda miyeloid ataları ve dendritik hücre öncüleri fare kemik iliği strateji sıralama bir roman hücre kullanarak gelen nesil

Burada, bir tahlil transposase erişilebilir Kromatin (ataç-seq) aktif CD4 + insan lenfositler üzerinde sıralama için gerçekleştirmek için bir iletişim kuralı mevcut. Protokol % 50 mitokondrial DNA okuma yeni bir lizis arabellek başlanarak % 3 bulaşıcı en aza indirmek için değiştirildi.

ATAÇ-seq tahlil birincil insan CD4 + T lenfositleri kirlenme düşük mitokondrial DNA ile

Burada, fare veya insan yüksek boyutlu kitle sitometri için izole taze kemik iliği (BM) işlemek için bir protokol sunuyoruz (zaman-of-Flight ile sitometri, CyTOF) nötrofil-köklü hücrelerin analizi.

Nötrofil kütle sitometri analizi için tüm kemik Iliği hazırlanması-Lineage hücreler

Bu araştırma, sıçan kemik iliğinden bol miktarda nötrofil hücre dışı tuzakları (NET'ler) izole etmek için iki tekniği özetlemektedir. Bir yöntem, ticari bir nötrofil izolasyon kitini yoğunluk gradyanlı santrifüjleme ile birleştirirken, diğeri yalnızca yoğunluk gradyanlı santrifüjlemeyi kullanır. Her iki yaklaşım da periferik kan nötrofillerinden daha iyi fonksiyonel NET'ler verir.

Karşılaştırılabilir Kapasiteye Sahip Sıçan Kemik İliği Nötrofillerini İzole Etmek için Benzersiz Yaklaşım

Tek hücreli/tek çekirdekli transkriptomiklerin ve multi-omiklerin başarısı büyük ölçüde hücrelerin/çekirdeklerin kalitesine bağlıdır. Bu nedenle, hücrelerin/çekirdeklerin dokudan izole edilmesi ve saflaştırılması yüksek düzeyde standartlaştırılmalıdır. Bu protokol, aşağı akış tek çekirdekli multiom testi için beyin ve kemik iliğinden çekirdeklerin hazırlanmasını açıklar.

Tek Çekirdekli Multiom Tahlilleri için Yüksek Kaliteli Beyin ve Kemik İliği Çekirdeği Hazırlığı

Burada, miyelodisplastik sendromlar ve akut miyeloid löseminin murin modellerinden kemik iliği mikroçevre popülasyonlarını izole etmek ve karakterize etmek için ayrıntılı bir protokol sunulmaktadır. Bu teknik, endotelyal ve mezenkimal stromal hücreler dahil olmak üzere hematopoietik olmayan kemik iliği nişindeki değişiklikleri hastalık ilerlemesi ile tanımlar.

Miyelodisplastik Sendrom ve Akut Miyeloid Lösemide Kemik İliği Mikroçevresel Popülasyonlarının Belirlenmesi

Bu protokol, 7-9 günlük yenidoğan fare kemik iliği hücrelerini izole etmek ve granülosit koloni uyarıcı faktör (M-CSF) kaynağı olarak L929 hücrelerinin bir süpernatantını kullanarak farklılaşmış makrofajlar oluşturmak için enzimatik olmayan ve basit bir yöntemi tanımlar. Kemik iliği kaynaklı makrofajlar, yüzey antijenleri F4/80, CD206, CD11b ve fonksiyonel yeterlilik açısından daha fazla analiz edildi.

Yenidoğan Fare Kemik İliği İzolasyonu ve Kemik İliği Kaynaklı Makrofajların Hazırlanması

Öğrenin, immünmanyetik ayırma ile murin kemik iliği kaynaklı nötrofillerden yüksek kaliteli ATAC-seq kütüphanesi hazırlama yöntemini. Bu protokol, kromatin erişilebilirliği ve epigenetik yeniden programlama çalışmaları için araştırmacılara rehberlik eder.

Murin Kemik İliği Kaynaklı Nötrofillerin ATAC-Seq Kütüphanesi Hazırlanması

Daha fazla video keşfet