Name: Açık Kaynak Damlacık Mikroakışkanları ile Plazmid Stabilite Analizi (Video) | JoVE Journal
Uploaded: 2024-12-27T15:00:00.000+00:00
Duration: 7 min 43 s
Description: Öğrenin, açık kaynak damlacık mikroakışkanları ile bakterilerde plazmid stabilitesini analiz etmeyi. Bu yöntem, tek hücreli mikrokolonilerde plazmid tutulumunu yüksek verimli ve erişilebilir şekilde nicelendirir.

ai_agent_IP

ai_agent

maintenance

instantTrialDurationMinutes

isBiopharma

enableNewMyJoveSectionDesign

educationFeatures

seoMetaApi

ai_copilot_institution_blacklist

ai_chat_institution_blacklist

freeAccessWindow

ssoRoleCapture

scheduledMaintenanceBanner

joveLabsFeatures

disable_autoplay_for_bots

extended_trial_duration

5 minutes

<ol><li>Wein, T., Hülter, N. F., Mizrahi, I., Dagan, T. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Emergence+of+plasmid+stability+under+non-selective+conditions+maintains+antibiotic+resistance%5BTitle%5D)+AND+%22Nat+Commun%22%5BJournal%5D)">Emergence of plasmid stability under non-selective conditions maintains antibiotic resistance.</a> Nat Commun. 10 (1), 2595(2019).</li>
<li>Rodríguez-Beltrán, J., DelaFuente, J., León-Sampedro, R., MacLean, R. C., Millán, ÁS. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Beyond+horizontal+gene+transfer%3A+The+role+of+plasmids+in+bacterial+evolution%5BTitle%5D)+AND+%22Nat+Rev+Microbiol%22%5BJournal%5D)">Beyond horizontal gene transfer: The role of plasmids in bacterial evolution.</a> Nat Rev Microbiol. 19 (6), 347(2021).</li>
<li>Wein, T., Dagan, T. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Plasmid+evolution%5BTitle%5D)+AND+%22Curr+Biol%22%5BJournal%5D)">Plasmid evolution.</a> Curr Biol. 30 (19), R1158-R1163 (2020).</li>
<li>Chen, S., Larsson, M., Robinson, R. C., Chen, S. L. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Direct+and+convenient+measurement+of+plasmid+stability+in+lab+and+clinical+isolates+of+E.+coli%5BTitle%5D)+AND+%22Sci+Rep%22%5BJournal%5D)">Direct and convenient measurement of plasmid stability in lab and clinical isolates of E. coli.</a> Sci Rep. 7 (1), 4788(2017).</li>
<li>Rouches, M. V., Xu, Y., Cortes, L. B. G., Lambert, G. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((A+plasmid+system+with+tunable+copy+number%5BTitle%5D)+AND+%22Nat+Commun%22%5BJournal%5D)">A plasmid system with tunable copy number.</a> Nat Commun. 13 (1), 3908(2022).</li>
<li>Silva, F., Queiroz, J. A., Domingues, F. C. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Evaluating+metabolic+stress+and+plasmid+stability+in+plasmid+DNA+production+by+Escherichia+coli%5BTitle%5D)+AND+%22Biotechnol+Adv%22%5BJournal%5D)">Evaluating metabolic stress and plasmid stability in plasmid DNA production by Escherichia coli.</a> Biotechnol Adv. 30 (3), 691-708 (2012).</li>
<li>Wang, R., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Construction+of+novel+pJRD215-derived+plasmids+using+chloramphenicol+acetyltransferase+%28cat%29+gene+as+a+selection+marker+for+Acidithiobacillus+caldus%5BTitle%5D)+AND+%22PLoS+ONE%22%5BJournal%5D)">Construction of novel pJRD215-derived plasmids using chloramphenicol acetyltransferase (cat) gene as a selection marker for Acidithiobacillus caldus.</a> PLoS ONE. 12 (8), e0183307(2017).</li>
<li>Moragues, T., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Droplet-based+microfluidics%5BTitle%5D)+AND+%22Nat+Rev+Methods+Primers%22%5BJournal%5D)">Droplet-based microfluidics.</a> Nat Rev Methods Primers. 3 (1), 32(2023).</li>
<li>Vitalis, C., Wenzel, T. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Leveraging+interactions+in+microfluidic+droplets+for+enhanced+biotechnology+screens%5BTitle%5D)+AND+%22Current+Opinion+in+Biotechnology%22%5BJournal%5D)">Leveraging interactions in microfluidic droplets for enhanced biotechnology screens.</a> Current Opinion in Biotechnology. 82, 102966(2023).</li>
<li>Sinha, N., Subedi, N., Wimmers, F., Soennichsen, M., Tel, J. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((A+pipette-tip+based+method+for+seeding+cells+to+droplet+microfluidic+platforms%5BTitle%5D)+AND+%22J+Vis+Exp%22%5BJournal%5D)">A pipette-tip based method for seeding cells to droplet microfluidic platforms.</a> J Vis Exp. (144), e57848(2019).</li>
<li>Wenzel, T. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Open+hardware%3A+From+DIY+trend+to+global+transformation+in+access+to+laboratory+equipment%5BTitle%5D)+AND+%22PLOS+Biol%22%5BJournal%5D)">Open hardware: From DIY trend to global transformation in access to laboratory equipment.</a> PLOS Biol. 21 (1), e3001931(2023).</li>
<li>Murillo, L. F. R., Wenzel, T. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Welcome+to+the+journal+of+open+hardware%5BTitle%5D)+AND+%22J+Open+Hardware%22%5BJournal%5D)">Welcome to the journal of open hardware.</a> J Open Hardware. 1 (1), (2017).</li>
<li>Shin, J. H., Choi, S. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Open-source+and+do-it-yourself+microfluidics%5BTitle%5D)+AND+%22Sens+Actuators+B+Chem%22%5BJournal%5D)">Open-source and do-it-yourself microfluidics.</a> Sens Actuators B Chem. 347, 130624(2021).</li>
<li>Pryszlak, A., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Enrichment+of+gut+microbiome+strains+for+cultivation-free+genome+sequencing+using+droplet+microfluidics%5BTitle%5D)+AND+%22Cell+Rep+Methods%22%5BJournal%5D)">Enrichment of gut microbiome strains for cultivation-free genome sequencing using droplet microfluidics.</a> Cell Rep Methods. 2 (1), 100137(2021).</li>
<li>Pollak, B., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Universal+loop+assembly%3A+open%2C+efficient+and+cross-kingdom+DNA+fabrication%5BTitle%5D)+AND+%22Biology%22%5BJournal%5D)">Universal loop assembly: open, efficient and cross-kingdom DNA fabrication.</a> Biology. 5 (1), (2020).</li>
<li>Volkmer, B., Heinemann, M. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Condition-dependent+cell+volume+and+concentration+of+Escherichia+coli+to+facilitate+data+conversion+for+systems+biology+modeling%5BTitle%5D)+AND+%22PLoS+ONE%22%5BJournal%5D)">Condition-dependent cell volume and concentration of Escherichia coli to facilitate data conversion for systems biology modeling.</a> PLoS ONE. 6 (7), e23126(2011).</li>
<li>Li, H., et al. Squid: Simplifying quantitative imaging platform development and deployment. <a target="_blank" href="http://scholar.google.com/scholar?hl=en&safe=off&q=author%3aLi%2C+H+%22bioRxiv%22">bioRxiv</a>. , (2020).</li>
<li>Abate, A. R., Weitz, D. A. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Faster+multiple+emulsification+with+drop+splitting%5BTitle%5D)+AND+%22Lab+Chip%22%5BJournal%5D)">Faster multiple emulsification with drop splitting.</a> Lab Chip. 11 (11), 1911-1915 (2011).</li>
<li>Lau, B. T. C., Malkus, P., Paulsson, J. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((New+quantitative+methods+for+measuring+plasmid+loss+rates+reveal+unexpected+stability%5BTitle%5D)+AND+%22Plasmid%22%5BJournal%5D)">New quantitative methods for measuring plasmid loss rates reveal unexpected stability.</a> Plasmid. 70 (3), 353-361 (2013).</li>
<li>Oellermann, M., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Open+hardware+in+science%3A+The+benefits+of+open+electronics%5BTitle%5D)+AND+%22Integr+Comp+Biol%22%5BJournal%5D)">Open hardware in science: The benefits of open electronics.</a> Integr Comp Biol. 62 (4), 1061-1075 (2022).</li>
</ol>

<table><tbody><tr><td>1H, 1H, 2H, 2H-Perfloro-1-oktanol</td><td>Sigma-Aldrich</td><td>370533-25G</td><td>Emülsiyonu</td></tr>% <tr><td>70 etanol</td><td></td><td></td> kırmak <td>için Hücre geçirgenliği için</td></tr><tr><td>Agar-Agar</td><td>Winkler</td><td>9002-18-0</td><td></td></tr><tr><td>Biyopsi Punch</td><td></td><td></td><td>0,75 mm ve 1,8 mm</td></tr><tr><td>Mavi LED transilluminator</td><td>IO Rodeo</td><td></td><td></td></tr><tr><td>Kültür tüpü</td><td></td><td></td> Vakum pompalı <td>15 mL</td></tr><tr><td>Kurutucu</td><td></td><td></td><td></td></tr><tr><td>Tek kullanımlık bardak</td><td></td><td></td><td>PDMS'yi karıştırmak için</td></tr><tr><td>Tek kullanımlık çatal</td><td></td><td></td><td>PDMS</td></tr><tr><td>E. coli TOP10 suşu</td> FluoPi mikroskobu <td></td><td></td><td></td></tr><tr><td></td><td>https://github.com/wenzel-lab/FluoPi</td><td></td><td>Plakaları analiz etmek için yeşil floresan görüntüleme sistemi</td></tr><tr><td>Florlu Yağ</td><td>3M</td><td></td><td>Novec 7500</td></tr><tr><td>Cam sürgülü ısıtıcı</td><td>https://github.com/wenzel-lab/modular-microfluidics-workstation-controller/tree/master/module-heating-and-stirring</td><td></td><td>Sıcaklığı 40 ° C'de kontrol etmek için; Mikroakışkan çip C Cam</td></tr><tr><td>Slaytlar</td><td></td><td></td><td></td></tr><tr><td>Ocak</td><td>Gözü Mekanik</td><td></td><td>Aquapel'i buharlaştırmak için</td></tr><tr><td>Görüntü analiz yazılımı</td><td>Fiji/ImageJ</td><td></td><td>2.14.0/1.54f</td></tr><tr><td>İnkübatör</td><td>Mundo Lab</td><td></td><td>MLAB Scientific / Plakaların ve mikrojellerin inkübasyonu için&nbsp;</td></tr><tr><td>İzopropanol</td><td></td><td></td><td>Cam slaytları temizlemek için</td></tr><tr><td>Kanamisin</td><td></td><td></td><td>100 ug/mL konsantrasyonlu</td></tr><tr><td>L-şekilli yayıcı</td><td></td><td></td><td>Bakterileri agar plakalarına yaymak için</td></tr><tr><td>Ana kalıp</td><td></td><td></td><td>Silikon veya cam gofret üzerinde çip tasarımı</td></tr><tr><td>Mikrotüpler</td><td></td><td></td><td>2 mL</td></tr><tr><td>NaCl çözeltisi</td><td></td><td></td><td>Sodyum klorür %0,9 w/v</td></tr><tr><td>Açık kaynaklı donanım flaşla geliştirilmiş mikroskopi aşaması</td><td>https://github.com/wenzel-lab/flow-microscopy-platform</td><td></td><td>Parlak alan mikroskobu için</td></tr><tr><td>Petri kabı</td><td>Citotest</td><td>2303-1090</td><td>90 x 15 mm</td></tr><tr><td>Pipet ucu ısıtıcı</td><td>https://github.com/wenzel-lab/modular-microfluidics-workstation-controller/tree/master/module-heating-and-stirring</td><td></td><td>Sıcaklığı 40 ° C'de kontrol etmek için; Pipet ucunun C'si</td></tr><tr><td>Plazma Temizleyici</td><td>Diener Elektronik</td><td>117056</td><td>PDMS'yi bir cam slaytla yapıştırmak için</td></tr><tr><td>Plazmid pCA_Odd1</td><td></td><td></td><td>sfGFP ve kanamisin direncini kodlar</td></tr><tr><td>Politetrafloroetilen (PTFE) boru</td><td>Adtech Polimer Mühendisliği Ltd</td><td></td><td></td></tr><tr><td>. Önceden karıştırılmış Luria Bertoni ortamı</td><td>ABD Biyolojik Yaşam Bilimleri</td><td>L1520</td><td></td></tr><tr><td>Propidium iyodür (PI)Boyama</td><td></td><td></td> <td>için</td></tr><tr><td>Raspberry Pi tabanlı basınç ve akış kontrol sistemi</td><td>https://github.com/wenzel-lab/modular-microfluidics-workstation-controller</td><td></td><td>Basınç ve akış hızlarını kontrol etmek için</td></tr><tr><td>Silikon elastomer taban</td><td>Sylgard</td><td></td><td>PDMS kiti - 184 Silikon elastomer kiti</td></tr><tr><td>Silikon elastomer kürleme maddesi</td><td>Sylgard</td><td></td><td>PDMS kiti - 184 Silikon Elastomer Kiti</td></tr><tr><td>Spektrofotometre</td><td></td><td></td><td>Absorbans ölçmek için</td></tr><tr><td>SQUID mikroskobu</td><td>https://github.com/wenzel-lab/SQUID-bioimaging-platform</td><td></td><td>Lekeli hücreleri analiz etmek için çoklu floresan görüntüleme sistemi</td></tr><tr><td>Steril döngü</td><td></td><td></td><td>Bir koloni seçmek ve çizgi kaplaması için</td></tr><tr><td>Yüzey Aktif</td><td>Madde Küre Fluidics</td><td></td><td>Pico-Surf</td></tr><tr><td>Şırıngalar</td><td>NIPRO</td><td></td><td>Filtreler ve borular ile</td></tr><tr><td>Sıcaklık kontrollü çalkalayıcı</td><td>Mundo Lab</td><td></td><td>DLAB HCM100-Pro</td></tr><tr><td>Cımbız</td><td></td><td></td><td></td></tr><tr><td>Ultra düşük jelleşme sıcaklığı agaroz</td><td>Sigma-Aldrich</td><td>A2576-5G</td><td>Hidrojel boncuklar oluşturmak için</td></tr><tr><td>Su itici çözelti (floroalkil silan)</td><td>Aquapel</td><td></td><td>Tedavi için PDMS cihazının mikro kanalları</td></tr></tbody></table>

açık kaynak damlacık mikroakışkanları ile plazmid stabilite analizi

Plasmid Stability Analysis with Open-Source Droplet Microfluidics

Hücre kapsüllemesi ve mikrokoloni oluşumunun doğrulanması
Hücre kapsüllemesi, emülsiyonu kırmadan ve mikrojelleri yıkamadan önce jel mikro damlacıkları üzerinde parlak alan mikroskobu yapılarak görsel olarak doğrulanabilir. Bu adımdaki emülsiyonun temsili bir sonucu Şekil 4'te gösterilmiştir.
<img alt="Figure 4" class="xfigimg" src="/files/ftp_upload/67659/67659fig4.jpg"> 
Şekil 4: Floresan mikroskobu kaplama görüntüsünün kesiti. Gece boyunca inkübasyondan sonra, jel mikrodamlacıklarının içindeki E. coli kolonilerini eksprese eden sfGFP'nin temsili mikrokolonileri. 10x büyütme ve 0.30 NA olan bir mikroskop objektifi kullanıldı. Ölçek çubuğu: 100 μm. <a href="https://www.jove.com/files/ftp_upload/67659/67659fig4large.jpg" target="_blank">Bu rakamın daha büyük bir sürümünü görüntülemek için lütfen buraya tıklayın.</a>
Görüntü analizi sonuçları
Mikrojeller boyandıktan ve parlak alan haline getirildikten sonra, çeşitli pozisyonlarda elde edilen floresan kanallarının yanı sıra, orijinal görüntülerde negatif olarak tanımlanan koloniler görselleştirilebilir (bkz. Şekil 5A). Bir deneyin tüm görüntülerinden elde edilen veriler, çeşitli kolonilerin floresan oranını gösterecek şekilde çizilebilir ve plazmid kodlu floresan kaybedenleri vurgulayabilir (bkz. Şekil 5B). Sonuçlar, analiz edilen toplam 2785 mikrokoloniden 100 koloninin plazmit veya plazmit işlevselliğini kaybettiğini ve bu oranın %3.6'ya tekabül ettiğini göstermektedir.
<img alt="Figure 5" class="xfigimg" src="/files/ftp_upload/67659/67659fig5.jpg"> 
Şekil 5: Negatif mikrokolonilerin miktar tayini. (A) Floresan mikroskobu kaplama görüntüsünün bir bölümü. Yağın çıkarılması ve boyanmasından sonra, sfGFP'yi eksprese eden mikrojellerdeki temsili koloniler ve iki negatif koloni, DNA boyasının kırmızı floresansını gösterdi (siyah daire içine alınmış). Ölçek çubuğu: 100 μm. (B) 16 çok kanallı mikroskopi görüntüsünden çıkarılan tek tek mikrokolonilerin floresan değerlerinin dağılım grafiği. Yeşil floresan olmayan koloniler, grafikte kırmızı ile gösterildiği gibi negatif olarak sayıldı. <a href="https://www.jove.com/files/ftp_upload/67659/67659fig5large.jpg" target="_blank">Bu rakamın daha büyük bir sürümünü görüntülemek için lütfen buraya tıklayın.</a>
Agar plaka miktar tayini
Üçlü plakaların görüntüleri, beyaz oklarla gösterilen floresan olmayan kolonilerle Şekil 6'da gösterilmiştir. İlk plaka (Şekil 6A), 1'i floresan olmayan toplam 213 koloni gösterdi. İkinci plaka (Şekil 6B) toplam 49 koloniye sahipti ve floresan olmayan koloniler yoktu. Üçüncü plaka (Şekil 6C), 6'sı floresan olmayan toplam 252 koloni gösterdi. Bu sonuçlar, 3.2'lik büyük bir standart sapma ile ortalama %2.3'lük bir koloni plazmit kaybı oranına karşılık gelir.
<img alt="Figure 6" class="xfigimg" src="/files/ftp_upload/67659/67659fig6.jpg"> 
Şekil 6: Plakalar üzerindeki negatif kolonilerin tanımlanması. (A-C) LB-agar plakaları üzerinde floresan ve floresan olmayan E. coli kolonileri (çap: 90 mm, yükseklik: 15 mm). -80 °C stoğundan sfGFP'li E. coli'den türetilen aşı, 1. günde çizgilendi, 2. günde antibiyotikle kültürlendi ve plazmit kaybına izin vermek için 3. günden 6. güne kadar günde 1:100 oranında seyreltildi. Koloniler 37 ° C'de 24 saat inkübe edildi ve bir FluoPi odasında görüntülendi. Floresan olmayan koloniler GIMP ile arttırıldı ve beyaz oklarla gösterildi. <a href="https://www.jove.com/files/ftp_upload/67659/67659fig6large.jpg" target="_blank">Bu rakamın daha büyük bir sürümünü görüntülemek için lütfen buraya tıklayın.</a>

Açık Kaynak Damlacık Mikroakışkanları ile Plazmid Stabilite Analizi

Plasmids play a vital role in synthetic biology by enabling the introduction and expression of foreign genes in various organisms, thereby facilitating ...

plasmid-stability-analysis-with-open-source-droplet-microfluidics

Research

JoVE Journal

Bioengineering

Biyomühendislik

Mikroakışkan cihazlar gerçek zamanlı olarak ve uygun fiziksel ölçeklerde karmaşık doğal süreçler görselleştirmek için kullanılabilir. Biz yeraltı bakteri büyüme ve taşımacılık eğitimi için doğal gözenekli ortamın temel özellikleri taklit basit bir mikroakışkan cihaz geliştirdik.

Gözenekli Ortam Mikrobiyal Ulaştırma incelenmesi için basit mikroakışkan Sistemleri: Mikrodünya Pencere

Damlacık tabanlı mikroakışkan platformları kHz oranları ucuza pikolitrelik, kendi kendine bölümlere damarları oluşturmak mümkün olduğundan yüksek kapasiteli deney için umut vaat eden adaylardır. Hızlı, hassas ve yüksek çözünürlüklü floresans spektroskopik yöntemleri ile entegrasyon sayesinde, bu sistemler içinde üretilen bilgilerin büyük miktarda verimli, ayıklanır, harnessed ve kullanılan olabilir.

Mikroakışkan damlacık platformları için Floresan algılama yöntemleri

Biz temiz oda ya da yumuşak litografi gerek kalmadan, birden çok farklı suşları için benzer dinamik koşullar uygulanarak yeteneğine microfluidic cihazlar üretmek için basit bir yöntem sunulmaktadır.

Birden Farklı Suşlarının incelenmesi için bir mikroakışkan Cihazı

Kaynak: Hemmerich, J. ve diğerleri. Otomatik Mikrobiyoreaktör Teknolojisi Kullanarak Heterolog Protein Üretiminin Optimizasyonu İçin Protokol. J. Vis. Exp. (2017).Bu video, farklı ortam formülasyonlarına yanıt olarak bakteriyel büyüme ve floresan protein salgısını izlemek için otomatik bir mikrobiyoreaktör kullanımını göstermektedir. Sekretör floresan protein ifade eden genetik olarak modifiye edilmiş bir bakteri, antibiyotik seçimi altında kültürlenir ve besin çeşitliliğindeki kuyulara...

Otomatik Mikrobiyoreaktörle Farklı Ortam Formülasyonlarında Bakteriyel Büyümenin İzlenmesi

Bu protokolde, prokaryotik mikroorganizmaların tek hücreli analizi için bir mikroakışkan pikolitre biyoreaktörün (PLBR) üretimi, kurulumu ve temel çalışması tanıtılmaktadır. Endüstriyel olarak ilgili mikroorganizmalar, geleneksel yöntemlerle neredeyse imkansız olan, belirli zaman dilimlerinde büyüme hızı, morfoloji ve fenotipik heterojenlik hakkında bilgi sahibi olmaya izin veren ilke kanıtı olarak analiz edildi.

Mikrobiyal Tek Hücreli Analiz için Mikroakışkan Pikolitre Biyoreaktör: Fabrikasyon, Sistem Kurulumu ve Çalışması

Basitleştirilmiş (analog) bir okuma ile nükleik asitleri ölçmek için bir uç nokta dijital testi tanımlıyoruz. Damlacık bazlı dijital tahlillerin toplu floresansını özel enstrümantasyon yerine standart bir qPCR makinesi kullanarak ölçüyoruz ve sonuçlarımızı mikroskopi ile doğruluyoruz.

Dijital Nükleik Asit Kantifikasyon Tahliller Basit Toplu Saati

Bu eser mikrosıvısal damlacık tabanlı platformlar imalatı ve polyacrylamide mikroküreler microsphere-PCR güçlendirme için uygulanması için bir yöntem sağlar. Microsphere-PCR yöntemi, Çift iplikçikli DNA ayıran olmadan tek iplikçikli DNA amplicons elde olanak verir.

Bir damlacık dayalı mikrosıvısal yaklaşım ve Microsphere-PCR güçlendirme tek iplikçikli DNA'Amplicons için

Deneysel yaklaşımımız, bakteri popülasyonlarında plazmid bolluğu ve antibiyotik direncini zaman içinde takip etmek için bir strateji sağlar.

Deneysel Evrim Yaklaşımında Plazmid Aracılı Antibiyotik Direncinin Ölçülmesi

Protokolün genel amacı, hücre içermeyen protein sentezi için kullanılabilecek 1 cm2 düzlemsel substrat üzerinde bir milyondan fazla sipariş, üniforma, kararlı ve biyouyumlu femtolitre damlacıkları hazırlamaktır.

Tek DNA Moleküllerinden Kitlesel Paralel Protein Sentezi için Femtolitre Damlacık Dizisi

Yağda su emülsiyonlarında (tapalar) kombinatoryal kütüphanelerin üretimi için polidimetilsiloksan (PDMS) bazlı iki katmanlı bir cihazın imalatı burada sunulmaktadır. Fiş üretimini otomatikleştirmek için gerekli donanım ve yazılım protokolde detaylandırılmıştır ve kantitatif bir floresan fiş kütüphanesinin üretimi de gösterilmiştir.

Kombinatoryal Fiş Üretimi için İki Katmanlı Mikroakışkan Cihaz

Bu protokol, endüstriyel mikroorganizmalar için standart yüksek verimli tarama iş akışı sunar. ARTP mutagenezi yoluyla mutant bir kütüphane oluşturmayı, otomatik mikrofluidiklerle pozitif damla taraması yapılmasını ve ardından sonuçların doğrulanmasını içerir. İş akışının güvenilirliği, yüksek verimli B. coagulans suşlarının taramasıyla doğrulandı.

L-laktik asit aşırı üreten Bacillus coagulans mutantlarının yüksek verimli taraması otomatik damla mikrofluidik platform kullanılarak

Öğrenin, açık kaynak damlacık mikroakışkanları ile bakterilerde plazmid stabilitesini analiz etmeyi. Bu yöntem, tek hücreli mikrokolonilerde plazmid tutulumunu yüksek verimli ve erişilebilir şekilde nicelendirir.

Açık Kaynak Damlacık Mikroakışkanları ile Plazmid Stabilite Analizi

Daha fazla video keşfet