Name: Kıyı Sulak Alanlarında Metan Döngülü Mikrobiyal Dinamiklerin Görselleştirilmesi (Video) | JoVE Journal
Uploaded: 2025-01-31T14:30:00.000+00:00
Duration: 7 min 26 s
Description: Keşfedin metan döngülü mikrobiyal genlerin kıyı sulak alanlarındaki mekânsal ve mevsimsel dağılımını. Bu yöntem, çevresel faktörlerin metan dinamikleri üzerindeki etkisini anlamak için optimize edilmiş PCR ve GIS görselleştirmesini kullanır.

ai_agent_IP

ai_agent

maintenance

instantTrialDurationMinutes

isBiopharma

enableNewMyJoveSectionDesign

educationFeatures

seoMetaApi

ai_copilot_institution_blacklist

ai_chat_institution_blacklist

freeAccessWindow

ssoRoleCapture

scheduledMaintenanceBanner

joveLabsFeatures

disable_autoplay_for_bots

extended_trial_duration

5 minutes

<table><tbody><tr><td>0,2 mL PCR tüpleri</td><td>ThermoFisher Scientific</td><td>AB0620</td><td></td></tr><tr><td>https://www.thermofisher.com/order/catalog/product/AB0620?SID=srch-srp-AB0620 0,5 mL PCR Tüpleri</td><td>Promega</td><td>E4941</td><td>https://www.promega.com/products/biochemicals-and-labware/tips-and-accessories/0_5ml-pcr-tubes/?catNum=E4941</td></tr><tr><td>10 & mu; L uçlar</td><td>ThermoFisher Scientific</td><td>05-408-187</td><td>Fisherbrand SureGrip Pipet Ucu Raflı veya Yeniden Yükleme Sistemi Uçları Doğal; 10&mu; L; | Fisher Scientific</td></tr><tr><td>15 mL santrifüj tüpü</td><td>ThermoFisher Scientific</td><td>14-959-53A</td><td>https://www.fishersci.com/shop/products/falcon-15ml-conical-centrifuge-tubes-5/p-193301</td></tr><tr><td>200 & mu; L uçlar</td><td>ThermoFisher Scientific</td><td>05-408-190</td><td>Fisherbrand SureGrip Pipet Ucu Raflı veya Yeniden Yükleme Sistemi Uçları Doğal; 200 & mu; L; | Fisher Bilimsel</td></tr><tr><td>1000 &mu; L ipuçları</td><td>ThermoFisher Scientific</td><td>02-707-402</td><td>https://www.fishersci.com/shop/products/sureone-micropoint-pipette-tips-specific-standard-fit/02707402?gclid=Cj0KCQiAp NW6BhD5ARIsACmEb kUsQ9Lu0YIq5i4vWege 17qPdtxIYZyvmJH1cDo ARuwereO1V4GLz9UaA lDREALw_wcB& ef_id=C j0KCQiApNW6BhD5ARI sACmEbkUsQ9Lu0YIq5i 4vWege17qPdtxIYZyvmJ H1cDoARuwereO1V4GLz 9UaAlDREALw_wcB:G:s & ppc_id=PLA_goog_2175 7693617_171052169911_02 707402__715434303113_1555 377385658230343& ev_chn=sh op& s_kwcid=AL!4428!3!71543430 3113!! g!2366517300713!& gad_source=1</td></tr><tr><td>Uygulamalı Biyosistem Güç SYBR Green Master Karışımı&nbsp;</td><td>ThermoFisher Scientific</td><td>4368577</td><td>https://www.thermofisher.com/order/catalog/product/4368577</td></tr><tr><td>ArcGIS Pro&nbsp;</td><td>Esri</td><td></td><td>https://www.esri.com/en-us/arcgis/products/arcgis-pro/overview?srsltid=AfmBOopatJ4 JvHJfscHRcAaDx0Jz5_Jrl8l5 vYkkBvfOqE-uNSsMghN1</td></tr><tr><td>CFX Duet Gerçek Zamanlı PCR sistemi&nbsp;</td><td>Bio-Rad</td><td>12016265</td><td>https://www.bio-rad.com/en-us/product/cfx-duet-real-time-pcr-system?ID=97722926-9ed9-16a4-1d83-c92f587e427a</td></tr><tr><td>Corning Lambda plus tek kanallı pipetatör hacim 0,5-10 &mu; L</td><td>Sigma-Aldrich</td><td>CLS4071-1EA</td><td>https://www.sigmaaldrich.com/US/en/product/sigma/cls4071</td></tr><tr><td>Corning&nbsp; Lambda&nbsp; artı tek kanallı pipetör hacmi 100-1000&nbsp; &mu; L</td><td>Sigma-Aldrich</td><td>CLS4075-1EA</td><td>https://www.sigmaaldrich.com/US/en/product/sigma/cls4075</td></tr><tr><td>Corning&nbsp; Lambda&nbsp; artı tek kanallı pipetör hacmi 20-200&nbsp; &mu; L</td><td>Sigma-Aldrich</td><td>CLS4074-1EA</td><td>https://www.sigmaaldrich.com/US/en/product/sigma/cls4074</td></tr><tr><td>toprak için FastDNA spin kiti</td><td>MP Biyomedikal</td><td>116560200-CF</td><td>https://www.mpbio.com/us/116560000-fastdna-spin-kit-for-soil-samp-cf?srsltid=AfmBOoqOxxGilzY3IHNIZR ajegGTr9MoX1oMZUh 3dcbJqe0UvvukY128</td></tr><tr><td>Gen kopyası&nbsp; hesap makinesi</td><td>Bilim Astarı</td><td></td><td>https://scienceprimer.com/copy-number-calculator-for-realtime-pcr&nbsp;.</td></tr><tr><td>Yüksek hızlı tezgah üstü santrifüj</td><td>ThermoFisher Scientific</td><td>75004241</td><td>https://newlifescientific.com/products/thermo-scientific-sorvall-st16-high-speed-benchtop-centrifuge-75004241?gad_source=1&gclid=Cj0KCQiApN W6BhD5ARIsACmEbkVC_-cCIN9j 20TvYq8iDsBlUR5cPK_1_wN OBEcjMdv-CYVoGCfeOLYaAv enEALw_wcB</td></tr><tr><td>Yüksek hızlı mikrosantrifüj</td><td>VWR</td><td>75838-336</td><td>https://us.vwr.com/store/product/20546590/null</td></tr><tr><td>Lysing Matrix E tüpü&nbsp;</td><td></td><td></td><td>cam boncuk / seramik küre içeren tüp</td></tr><tr><td>Mikrosantrifüj tüpü</td><td>ThermoFisher Scientific</td><td>02-681-320</td><td>https://www.fishersci.com/shop/products/fisherbrand-low-retention-microcentrifuge-tubes-8/02681320?gclid=Cj0KCQiAp NW6BhD5ARIsACm EbkWbG4_o3oUiGk HJPU-_31-CuexDwQ fmWPnfyhBOf2BHXsy K3fFW1toaAgJbEALw_ wcB& ef_id=Cj0KCQiAp NW6BhD5ARIsACmEb kWbG4_o3oUiGkHJPU- _31-CuexDwQfmWPnfy hBOf2BHXsyK3fFW1toa AgJbEALw_wcB:G:s& PPC _id=PLA_goog_21757693 617_171052169911_0268 1320__715434303113_10 349826094968484711& EV _chn=Mağaza& s_kwcid=AL!4 428!3!715434303113!!! g!23 66517300713!& gad_source=1</td></tr><tr><td>PCR Master karışımı&nbsp;</td><td>Promega</td><td>M7502</td><td>https://www.promega.com/products/pcr/taq-polymerase/master-mix-pcr/?catNum=M7502</td></tr><tr><td>Quantiflour ONE dsDNA sistemi&nbsp;</td><td>Promega</td><td>E4871</td><td>https://www.promega.com/products/rna-analysis/dna-and-rna-quantitation/quantifluor-one-dsdna-system/?gad_source=1&gbraid=0AAAAAD _rg189yJTY3cxeVqMdu8RPx10 Ma& gclid=CjwKCAjwxNW2BhAk EiwA24Cm9FUgViPNyWq7UfZL VeeoroLAZ5JIP6w07RGK_4D0w oZgAqf-G1XTmxoCxm8QAvD_B wE& catNum=E4871</td></tr><tr><td>Quantus Florometre&nbsp;</td><td>Promega</td><td>E6150</td><td>https://www.promega.com/products/microplate-readers-fluorometers-luminometers/fluorometers/quantus-fluorometer/?catNum=E6150</td></tr><tr><td>YSI Pro 2030</td><td>YSI bir ksilem markası</td><td>603174</td><td>https://www.ysi.com/product/id-p2030/pro2030-kits</td></tr></tbody></table>

kıyı sulak alanlarında metan döngülü mikrobiyal dinamiklerin görselleştirilmesi

Visualizing Methane-Cycling Microbial Dynamics in Coastal Wetlands

Güney Teksas'ın kıyı sulak alanlarındakiCH4 döngüsüyle ilgili genlerin (mcrA, pmoA1, pmoA2 ve mmoX) dağılımını ve bolluğunu anlamak için, her numuneden ekstrakte edilen eDNA cPCR ve qPCR ile analiz edildi. Her bir biyobelirteç için evrensel primerler, önceki çalışmalardan cPCR'yi çalıştırmak üzere seçildi (Tablo 1)22,34,35,36,37 ve numune özelliklerine ve çevresel koşullara dayalı olarak tavlama sıcaklıklarını ve konsantrasyonlarını optimize etmek için modif...

Kıyı Sulak Alanlarında Metan Döngülü Mikrobiyal Dinamiklerin Görselleştirilmesi

Coastal wetlands are the largest biotic source of methane, where methanogens convert organic matter into methane and methanotrophs oxidize methane, thus ...

visualizing-methane-cycling-microbial-dynamics-in-coastal-wetlands

Research

JoVE Journal

Environment

Çevre

Akış sitometrik çözümlemesi saf kültürler araştıran ve mikrobiyal topluluk dinamikleri izleme için değerli kanıtlamıştır. Biz üç kapsamlı iş akışları, örnekleme veri analizi için saf kültürler ve net Orta de olduğu gibi zorlu matrisler, karmaşık toplulukları için gelen sırasıyla mevcut.

Karakteristik Microbiome Dynamics-akış sitometresi doğal topluluklar için iş akışları saf kültürler dayalı

Bu iletişim kuralı tek bir üretim için doğal organik madde ve mikrobiyal proteomik farklı ekosistemleri içinde tam olarak eşleştirilmiş karakterizasyonu sonuçlanan tamamlayıcı analitik ve omics teknikleri açıklar. Bu yaklaşım sağlam karşılaştırmalar metabolik yollar ve sera gazı üretim tanımlamak ve çevresel değişimin yanıt tahmin için önemli dönüşümleri tanımlamak için izin verir.

Karmaşık doğal organik madde karışımları karakterize için tek işlem hacmi tamamlayıcı yüksek çözünürlüklü analitik teknikler

Mikroakışkan ve miliakışkan kurulumlar içinde fotolik tarafından dinamik kimyasal manzara üretimi için bir protokol sunulmaktadır. Bu metodoloji, hem tek hücre hem de popülasyon düzeyinde, hareketli davranış, besin alımı veya mikroorganizmaların kimyasallarına adaptasyon dahil olmak üzere çeşitli biyolojik süreçleri incelemek için uygundur.

Mikrobiyal Davranışı İncelemek Için Kontrollü, Dinamik Kimyasal Manzaralar Üretmek

Burada, azot kütle dengesi modeline dayalı olarak Rhode Island, Narragansett Körfezi'ndeki biyolojik üretkenliğin bölgelenmesini görselleştirmeyi amaçlıyoruz. Sonuçlar, hipoksi ve ötrofikasyonu azaltmak için kıyı bölgelerindeki besin yönetimini bilgilendirecektir.

Narragansett Körfezi, Rhode Island'da Azot Kütle Dengesi Modeline Dayalı Verimlilik Bölgelerinin Görselleştirilmesi

Bu çalışma, kapalı bir döngüde bir enjeksiyon odasına bağlı taşınabilir optik analizörler kullanılarak sulu numunelerdeki metan gazı konsantrasyonlarını ölçmek için bir yaklaşım göstermektedir. Sonuçlar, geleneksel gaz kromatografisine benzer ve özellikle uzak saha çalışmaları için uygun, pratik ve düşük maliyetli bir alternatif sunar.

Optik Spektroskopi Gaz Analizörü Kullanarak Sucul Ekosistemlerde Çözünmüş Metanın Ölçülmesi

Aerobik metan oksitleyici bakterilerin doğal ortamlarında bulunan metan-oksijen karşı gradyanını yeniden oluşturan ve fizyolojilerinin mekansal olarak çözülmüş bir bağlamda incelenmesini sağlayan basit bir model ekosistem hazırlamak için bir protokol açıklanmaktadır. Agaroz bazlı model ekosistemi ile kullanım için yaygın biyokimyasal tahlillerde yapılan değişiklikler de açıklanmaktadır.

Metan-oksijen karşı gradyanında metanotrof yetiştirmek için agaroz tabanlı model ekosistem

Burada, büyüme yapılarının genel değerlendirmesi için ahşap örneklerin nasıl örnekleneceğini özetleyen bir protokol sunuyoruz. İyi çoğaltılmış ve yüksek oranda çözülmüş ahşap anatomik ve dendroekolojik veri seti oluşturmak için gerekli makro ve mikroskobik hazırlama ve görselleştirme teknikleri açıklanır.

Modern Ağaç halkası Araştırma A Teknik Perspektif - Dendroekolojik ve Ahşap Anatomik Zorluklar Üstesinden Nasıl

Bu el yazması, yeni nesil dizileme için DNA parçalarını saflaştırmak için otomatik bir jel boyutu seçim yaklaşımını açıklamaktadır. Ranger Teknolojisi, agaroz jel yükleme, elektroforetik analiz ve hedeflenen DNA parçalarının geri kazanılması sürecinin tamamının tam otomasyonunu sağlayarak yüksek verimli ve yüksek kaliteli yeni nesil dizileme kitaplıklarına olanak tanır.

Otomatik Jel Boyut Seçimi Çevre Su Örneklerinden hazırlanmıştır nesil Sıralama Kütüphaneler Kalitesi Geliştirmek için

Gerçek zamanlı PCR aracılığıyla kıyı çökeltilerinden bakteriyel 16S rRNA genlerini ve transkriptlerini ölçmek için bir protokol sağlanır. Metodoloji, DNA ve RNA'nın birlikte ekstraksiyonunu içerir; DNA'sız RNA'nın hazırlanması; ve standart eğri yapısı dahil olmak üzere RT-q-PCR yoluyla 16S rRNA geni ve transkript miktar tayini.

Gerçek zamanlı PCR ile Kıyı tortulları ve Niceleme 16S rRNA Genler ve Transkriptler eşzamanlı DNA-RNA Ekstraksiyon

Fosfolipid yağ asitleri toprak mikrobiyal toplulukların yapısı hakkında bilgi vermek. Bu tek fazlı kloroform karışımı, bir katı faz ekstraksiyon kolonları kullanılarak ekstre lipidlerin fraksiyonasyonu ve kılcal gaz kromatografisi ile analiz edilir yağlı asit metil esterlerinin üretilmesi için metanoliz toprak örneklerinden çıkarılması için yöntemler sunmak.

Ekstraksiyon ve Topraklarda Mikrobiyal Fosfolipid Yağ Asitleri Analizi

Keşfedin metan döngülü mikrobiyal genlerin kıyı sulak alanlarındaki mekânsal ve mevsimsel dağılımını. Bu yöntem, çevresel faktörlerin metan dinamikleri üzerindeki etkisini anlamak için optimize edilmiş PCR ve GIS görselleştirmesini kullanır.

Kıyı Sulak Alanlarında Metan Döngülü Mikrobiyal Dinamiklerin Görselleştirilmesi

Daha fazla video keşfet