Drosophila Activity Monitor Sistemini Kullanarak Isı Toleransı Testleri: Veri Analizi için Yürütülebilir Bir Uygulama Kılavuzu

Bu rapor, bir inkübatör odası içindeki bir hava iletimi ısı stresörüne yanıt olarak bir Drosophila Aktivite Monitörü (DAM2) kullanarak yetişkin Drosophila melanogaster'in devrilme süresini ölçmek için bir yöntemi açıklar. DAM2, bir kızılötesi ışını geçerken bireysel sinek hareketlerini kaydederek aktiviteyi ölçer. Veri analizi, yazarlar tarafından oluşturulan yeni bir yürütülebilir dosya ile kolaylaştırılır.

Yüksek lisansta, ısı toleransına, özellikle de davranışsal bileşenlerine çok ilgi duymaya başladım ve o zamandan beri davranışsal termo düzenleme ve endotermlerin vücut ısılarını düzenlemek için kullandıkları mekanizmalarla çok ilgileniyorum. Isı toleransı, organizmaların araştırmacı gözlemi ile onlarca yıldır incelenmiştir. Daha yakın zamanlarda, ısı toleransının yönlerini ölçmek için video tabanlı ve otomatik yöntemlerin ortaya çıkması olmuştur.

Ve bence bu yeni teknolojilerin, termal düzenleme ile ilgili olarak davranış ve aktivitenin bazı inceliklerini keşfetmek açısından bizi nereye götüreceğini görmek gerçekten harika olacak. Alandaki zorluklardan biri, şu anda büyük miktarda aktivite verisini izlemek ve toplamak için bir yolumuz olmasına rağmen, aktivite verilerinin gerçek hayattaki uygulamalar için biyolojik uygunluğu açısından ne anlama geldiğinin yorumlanmasının daha fazla araştırmaya ihtiyaç duyan bir soru olmaya devam etmesidir. Otomatik programa sahip olmanın avantajlarından biri, büyük veri kümeleriyle çok daha kolay erişilebilir bir şekilde başa çıkabilmenizdir.

Önceden, sonuçları analiz etmek ve yorumlamak için büyük Excel dosyalarını manuel olarak gözden geçirmek gerekiyordu. Otomatik program, veri analizini çok daha kolay hale getirir. Başlamak için, sinekleri DAM2 monitör tüplerine yükleyin ve tüplerin her iki ucunu da pamukla kapatın.

Tutma şişelerinden monitör tüplerine tek tek sinekleri aspire edin. Tahlil tüplerini aktivite monitörlerine yerleştirin ve her gruba karşılık gelen yuva numaralarını dikkatlice belgeleyin. Monitörleri tahlil inkübatörüne yükleyin.

Deneme için veri toplamaya başlamadan önce edinme yazılımını başlatın ve tercihlerin ayarlandığından emin olun. Monitör verilerini ve indeks numarasını DAMSystem arayüzü aracılığıyla gerçek zamanlı olarak görüntüleyin. Tanımlanan indeks sayısı geçtikten sonra inkübatördeki zararlı sıcaklığı ayarlayın ve alışma süresinin sonunu işaretleyin.

Edinim yazılımındaki DAMSystem ekranını kullanarak etkinlik sayımlarını gerçek zamanlı olarak izleyin. Alternatif olarak, etkinlik verilerini doğrudan DAMSystem dosyalarında izlemek daha kolay olabilir. Canlı veri kaydına müdahale edilmesini önlemek için metin dosyalarını kopyalayın ve orijinaller yerine kopyaları açın.

Birkaç dakika boyunca sineklerin hiçbirinde hareket gözlemlemedikten sonra, edinme yazılımını durdurun. Veriler alındıktan sonra, başvurulan yazılımı kullanarak metin dosyalarını hatalara karşı tarayın. Zararlı sıcaklığın indüksiyonundan önce uygulanan alışma aralığına bağlı olarak, taranan dosyayı kaydetmeden önce etkinlik verilerini gruplamak için belirli başlangıç ve bitiş noktalarını seçin.

Şimdi, HoTDAM'ı açın! analiz yazılımı ve tıklayın Dosya ve yüklenen monitör verilerini içe aktarmak için taranan monitör veri dosyaları. DAM2 monitörleri içindeki her bir hücreye karşılık gelen tedavi gruplarını belirtmek için grup tanımları ekleyin.

Bir grup ataması eklemek üzere iletişim kutusunu açmak için Çoklu Grup Tanımını Başlat'a tıklayın. Ardından, grup atamasını uygulamak için ilgili hücrelere tıklayın ve Çoklu Grup Atamasını Durdur'a tıklayın. Her bir parçanın TKD'sini CSV dosyası olarak dışa aktarmak için Dosya, Knockdown Data'yı Dışa Aktar ve Tüm Monitörleri Dışa Aktar veya Seçili Monitörleri Dışa Aktar'ı tıklatın.

Çıktı, her uçuş için TKD'yi grup atamasına göre düzenleyecektir. Şimdi Dosya, Etkinlik Verilerini Dışa Aktar ve Tüm Monitörleri Dışa Aktar veya Seçili Monitörleri Dışa Aktar'a tıklayarak her sineğin etkinlik verilerini CSV dosyası olarak dışa aktarın, veri dosyasını basitleştirmek için yalnızca zaman damgası ve sayım verilerini saklayın ve her sinek için belirlenmiş grup etiketlerini atayın. Sertleştirilmiş W1118 dişileri, kontrol dişilerine kıyasla ısı stresi sırasında önemli ölçüde daha düşük devrilme olasılığı sergiledi.

Erkeklerde anlamlı bir fark gözlenmezken, sertleşmiş TRPA1 erkekleri, ısı stresi sırasında kontrol erkeklerine kıyasla önemli ölçüde daha yüksek devrilme olasılığı sergilerken, sertleşmiş ve kontrol dişileri arasında anlamlı bir fark bulunmadı. Isı toleransı sırasındaki ortalama aktivite, W1118 stokları için sertleştirilmiş ve kontrol grupları arasında belirgin bir şekilde değişmiştir ve hem erkekler hem de kadınlar için aktivite sayılarında yaklaşık 30 dakikalık bir zirve göstermektedir. TRPA1 hisseleri için faaliyet, ilk aktivitede keskin bir artış gösterdi ve ardından tüm gruplar için hızlı bir düşüş izledi.