Name: Karmaşık dışkı topluluklarının sürekli kültürü için biyoreaktör düzeneği (Video) | JoVE Journal
Uploaded: 2025-04-25T14:30:00.000+00:00
Duration: 9 min 37 s
Description: Keşfedin, karmaşık dışkı topluluklarının sürekli kültürü için mini-biyoreaktör dizisi kurulumunu. Bu maliyet etkin yöntem, mikrobiyom araştırmalarında kontrollü koşullarda paralel deneyler yapılmasını sağlar.

ai_agent_IP

ai_agent

maintenance

instantTrialDurationMinutes

isBiopharma

enableNewMyJoveSectionDesign

educationFeatures

seoMetaApi

ai_copilot_institution_blacklist

ai_chat_institution_blacklist

freeAccessWindow

ssoRoleCapture

scheduledMaintenanceBanner

joveLabsFeatures

disable_autoplay_for_bots

extended_trial_duration

5 minutes

<ol><li>Sender, R., Fuchs, S., Milo, R. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Revised+estimates+for+the+number+of+human+and+bacteria+cells+in+the+body%5BTitle%5D)+AND+%22PLoS+Biol%22%5BJournal%5D)">Revised estimates for the number of human and bacteria cells in the body.</a> PLoS Biol. 14 (8), e1002533(2016).</li>
<li>Postler, T. S., Ghosh, S. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Understanding+the+holobiont%3A+how+microbial+metabolites+affect+human+health+and+shape+the+immune+system%5BTitle%5D)+AND+%22Cell+Metab%22%5BJournal%5D)">Understanding the holobiont: how microbial metabolites affect human health and shape the immune system.</a> Cell Metab. 26 (1), 110-130 (2017).</li>
<li>Rooks, M. G., Garrett, W. S. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Gut+microbiota%2C+metabolites+and+host+immunity%5BTitle%5D)+AND+%22Nat+Rev+Immunol%22%5BJournal%5D)">Gut microbiota, metabolites and host immunity.</a> Nat Rev Immunol. 16 (6), 341-352 (2016).</li>
<li>Auchtung, J. M., Robinson, C. D., Farrell, K., Britton, R. A. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((MiniBioReactor+Arrays+%28MBRAs%29+as+a+tool+for+studying+C.+difficile+physiology+in+the+presence+of+a+complex+community%5BTitle%5D)+AND+%22Methods+Mol+Biol%22%5BJournal%5D)">MiniBioReactor Arrays (MBRAs) as a tool for studying C. difficile physiology in the presence of a complex community.</a> Methods Mol Biol. 1476, 235-258 (2016).</li>
<li>Han, S., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((A+metabolomics+pipeline+for+the+mechanistic+interrogation+of+the+gut+microbiome%5BTitle%5D)+AND+%22Nature%22%5BJournal%5D)">A metabolomics pipeline for the mechanistic interrogation of the gut microbiome.</a> Nature. 595 (7867), 415-420 (2021).</li>
<li>Bilinski, J., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Fresh+versus+frozen+stool+for+fecal+microbiota+transplantation-assessment+by+multimethod+approach+combining+culturing%2C+flow+cytometry%2C+and+next-generation+sequencing%5BTitle%5D)+AND+%22Front+Microbiol%22%5BJournal%5D)">Fresh versus frozen stool for fecal microbiota transplantation-assessment by multimethod approach combining culturing, flow cytometry, and next-generation sequencing.</a> Front Microbiol. 13, 872735(2022).</li>
<li>Li, X. M., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Effects+of+stool+sample+preservation+methods+on+gut+microbiota+biodiversity%3A+New+original+data+and+systematic+review+with+meta-analysis%5BTitle%5D)+AND+%22Microbiol+Spectr%22%5BJournal%5D)">Effects of stool sample preservation methods on gut microbiota biodiversity: New original data and systematic review with meta-analysis.</a> Microbiol Spectr. 11 (3), e0429722(2023).</li>
<li>Fouhy, F., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((The+effects+of+freezing+on+faecal+microbiota+as+determined+using+MiSeq+sequencing+and+culture-based+investigations%5BTitle%5D)+AND+%22PLoS+One%22%5BJournal%5D)">The effects of freezing on faecal microbiota as determined using MiSeq sequencing and culture-based investigations.</a> PLoS One. 10 (3), e0119355(2015).</li>
<li>Sun, X., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Microbiota-derived+metabolic+factors+reduce+Campylobacteriosis+in+mice%5BTitle%5D)+AND+%22Gastroenterology%22%5BJournal%5D)">Microbiota-derived metabolic factors reduce Campylobacteriosis in mice.</a> Gastroenterology. 154 (6), 1751-1763.e2 (2018).</li>
<li>He, Z., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Campylobacter+jejuni+promotes+colorectal+tumorigenesis+through+the+action+of+cytolethal+distending+toxin%5BTitle%5D)+AND+%22Gut%22%5BJournal%5D)">Campylobacter jejuni promotes colorectal tumorigenesis through the action of cytolethal distending toxin.</a> Gut. 68 (2), 289-300 (2019).</li>
<li>Newsome, R. C., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Interaction+of+bacterial+genera+associated+with+therapeutic+response+to+immune+checkpoint+PD-1+blockade+in+a+United+States+cohort%5BTitle%5D)+AND+%22Genome+Med%22%5BJournal%5D)">Interaction of bacterial genera associated with therapeutic response to immune checkpoint PD-1 blockade in a United States cohort.</a> Genome Med. 14 (1), 35(2022).</li>
<li>Ziv, N., Brandt, N. J., Gresham, D. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((The+use+of+chemostats+in+microbial+systems+biology%5BTitle%5D)+AND+%22J+Vis+Exp%22%5BJournal%5D)">The use of chemostats in microbial systems biology.</a> J Vis Exp. (80), e50168(2013).</li>
<li>Wille, J., Coenye, T. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Biofilm+dispersion%3A+The+key+to+biofilm+eradication+or+opening+Pandora%27s+box%5BTitle%5D)+AND+%22Biofilm%22%5BJournal%5D)">Biofilm dispersion: The key to biofilm eradication or opening Pandora's box.</a> Biofilm. 2, 100027(2020).</li>
<li>Biagini, F., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Designs+and+methodologies+to+recreate+in+vitro+human+gut+microbiota+models%5BTitle%5D)+AND+%22Bio-des+Manuf%22%5BJournal%5D)">Designs and methodologies to recreate in vitro human gut microbiota models.</a> Bio-des Manuf. 6 (3), 298-318 (2023).</li>
<li>Qi, Y., Yu, L., Tian, F., Zhao, J., Zhai, Q. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((In+vitro+models+to+study+human+gut-microbiota+interactions%3A+Applications%2C+advances%2C+and+limitations%5BTitle%5D)+AND+%22Microbiol+Res%22%5BJournal%5D)">In vitro models to study human gut-microbiota interactions: Applications, advances, and limitations.</a> Microbiol Res. 270, 127336(2023).</li>
<li>Gościniak, A., Eder, P., Walkowiak, J., Cielecka-Piontek, J. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Artificial+gastrointestinal+models+for+nutraceuticals+research-achievements+and+challenges%3A+A+practical+review%5BTitle%5D)+AND+%22Nutrients%22%5BJournal%5D)">Artificial gastrointestinal models for nutraceuticals research-achievements and challenges: A practical review.</a> Nutrients. 14 (13), 2560(2022).</li>
<li>Marrero, D., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Gut-on-a-chip%3A+Mimicking+and+monitoring+the+human+intestine%5BTitle%5D)+AND+%22Biosens+Bioelectron%22%5BJournal%5D)">Gut-on-a-chip: Mimicking and monitoring the human intestine.</a> Biosens Bioelectron. 181, 113156(2021).</li>
</ol>

Bağırsak mikrobiyotası, bakteriler, mantarlar, arkeler ve virüsler dahil olmak üzere geniş bir mikroorganizma ağıdır ve bir insan konakçınınkinden çok daha fazla olan büyük bir genetik ve metabolik repertuar içerir1. Mikrobiyomun zengin metabolik kapasitesi, diyet besinlerinin bakteriyel olarak işlenmesinden üretilen metabolitleri, bakteriler tarafından kimyasal olarak modifiye edilmiş konakçı metabolitlerini ve mikrobiyota2 tarafından benzersiz bir şekilde sentezlenen metabolitleri içerir. Mikrobiyota hemen hemen tüm konak biyoproseslerinde rol oynar, aynı zamanda inflamatuar bağırsak hastalığı, kanser, metabolik bozukluklar ve hatta nörolojik bozukluklar gibi hastalık durumlarında da rol oynar 2,3. Mikrobiyotanın katkısını konakçınınkinden ayırmak, belirli mikroorganizmaların veya karmaşık toplulukların sağlık ve hastalıktaki rolünü anlamak için çok önemlidir. Bu diseksiyonu mümkün kılan bir yaklaşım, dinamik koşullar altında çeşitli mikrobiyal toplulukları yetiştiren mikrobiyal biyoreaktörlerin kullanılmasıdır. Büyük ölçekli biyoürün yetiştiriciliği veya metabolik süreçlerin incelenmesi için spesifik besleyici faktörlerin hassas kontrolü dahil olmak üzere, hemen hemen her amaç için dışkı bakteri topluluklarının büyümesine izin veren, ticari olarak temin edilebilen birçok biyoreaktör vardır. Bununla birlikte, bu sistemler son derece maliyetlidir ve kapsamlı bir hazırlık gerektirir ve çeşitli deneysel koşulların paralel olarak incelenmesine olanak sağlamaz. Daha az maliyetli, daha uyarlanabilir ve birçok paralel koşula izin veren basitleştirilmiş bir yaklaşım için, burada Auchtung ve ark.4'ten uyarlanan sürekli akış altında bir mini biyoreaktör dizisinin kurulumu ve kullanımı için protokolü sunuyoruz.
Mini biyoreaktör sisteminin tam kurulumu Şekil 1A'da gösterilmiştir. Bu mini biyoreaktör sistemi, sürekli ortam iletimini ve çıkarılmasını sağlamak için birbirinden tamamen bağımsız olan ve peristaltik akış altında anaerobik bir odaya kurulan 6 reaktör kuyusundan oluşan dizileri kullanır (Şekil 1A). Her reaktör dizisi, kaynak ortam ve atık akışı için 60 durdurmalı boruyu tutan iki adet 48 kasetli peristaltik pompa ile 2 konumlu bir manyetik karıştırma plakası üzerine oturur (Şekil 1A). Anaerobik oda, oksijen içeriği için bir CAM-12 anaerobik monitör, ısıtma kapasitesine sahip oksijeni uzaklaştırmak için bir katalizör kutusu ve bakteri metabolizmasından fazla gazı emmek için bir hidrojen sülfür giderme kolonu ile donatılmıştır. Her reaktör kuyusu, her bir reaktör kuyusunun aşılanmasına veya numune alınmasına izin veren bir kaynak ortam girişi, atık çıkışı ve numune portu ile donatılmıştır (Şekil 1B).
Açıklandığı gibi, biyoreaktör sistemi, dışkı topluluklarının yetiştirilmesini ve bakımını desteklemek için sıcaklık, ortam tüketimi ve besin mevcudiyeti üzerinde dinamik kontrol sağlar. Sıcaklık, ısıtma kapasitesine sahip bir katalizör kutusu tarafından modüle edilir ve tüm anaerobik oda boyunca sıcaklık değişikliklerinin hızlı bir şekilde uygulanmasını sağlar. Ortam tüketimi, reaktörlerdeki ortam devir hızını değiştirmek için değiştirilebilen peristaltik pompa akış hızları tarafından düzenlenir. Medya devri, reaktörlerde yetiştirilen topluluk türlerine göre özelleştirilebilir, örneğin, yavaş büyüyen veya çok hızlı büyüyen hedef suşlar için uyarlanabilir. Son olarak, besin mevcudiyeti, her bir reaktör kuyusu için ayrı numune portları aracılığıyla bileşenler eklenerek dinamik olarak değiştirilebilir. Bir deneyin başlangıcında değiştirilebilen, ancak sistemde dinamik kontrole sahip olmayan statik koşullar, ortam tipi, oksijen içeriği ve eşzamanlı reaktör sayısıdır. Araştırmacılar istedikleri herhangi bir kaynak medyayı uygulamayı seçebilirler ve burada bir medya açıklanırken, sonsuz sayıda başka kaynak medya türü başarıyla uygulanmıştır. Reaktörler aerobik veya mikroaerofilik koşullar altında çalıştırılabilir (mikroaerofilik bir odanın mevcudiyetine bağlı olarak). Son olarak, araştırmacının deneysel ihtiyaçlarına bağlı olarak gerektiği kadar çok veya az sayıda reaktör kurulabilir. Reaktörler bir dizi içinde altılı setler halindeyken, her reaktör diğerlerinden bağımsız olarak çalışır ve istenirse her biri farklı bir kaynağa bağlanabilir.
Bu modüler biyoreaktör sistemi, yaklaşık 25.000 ABD Doları (anaerobik oda veya odaya özgü bileşenler dahil değil) karşılığında tamamen kurulabilir ve yeniden kullanılamayan tek parça, sistemin çalışması başına 100 ABD Dolarından daha az bir fiyata değiştirilebilen borudur. Sistem çoğunlukla otomatiktir, ancak medya kaynak şişelerinin boşaldığında değiştirilmesi gerekeceğinden, medya seviyelerinin günlük olarak kontrol edilmesini gerektirir. Ek olarak, herhangi bir örnekleme manuel olarak tamamlanmalıdır ve sistemdeki herhangi bir dinamik koşullu değişikliğin manuel olarak başlatılması gerekecektir (örneğin, sıcaklığın değiştirilmesi). Auchtung ve ark. tarafından yayınlanan orijinal sistem protokolünden, genel performansı ve yardımcı programı iyileştirmek için birkaç değişiklik yapıldı4. İlk olarak, biyoreaktör dizisinin 3D baskısı için malzeme, tekrarlanan otoklavlama turları yoluyla sistemin yapısal bütünlüğünü iyileştirmek için ABS benzeri Yarı Saydam Şeffaf Plastik olacak şekilde modifiye edilir. Ek olarak, 1/8 inç (3,2 mm) OD PTFE boru yerine, E-LFL, 2,06 mm ID, 100 ft boru kullanılır, çünkü çökmeye karşı daha dirençli olan daha sağlam malzeme nedeniyle sistemde akışta tıkanmalara neden olur. Son olarak, medya kaynaklı şişelerden tüp kaymasındaki değişiklikleri azaltmak için dikenli erkek adaptörlere 1/4 -28 mm diş kullanan ek bir bağlantı parçası kullanılır. Han ve ark.'dan, uyarlanmış MEGA medya tarifi, titiz anaerobik mikroorganizmaların yetiştirilmesini sağlayan tanımlanmamış, karmaşık, oldukça zengin bir ortam sağlar5. Ortam, histidin-hematin bileşeninin alternatif preparatını kullanmak için modifiye edilir, çünkü orijinal artık ticari olarak mevcut değildir. Sodyum hidroksit ayrıca ortamın pH değerini 7.0'a veya istenen herhangi bir pH'a çıkarmak için kullanılır. Genel olarak, bu sistem bütçe ve kullanıcı dostudur, optimize edilmiştir ve sürekli akış kültürü sistemlerine mükemmel bir giriş noktasıdır.
Bu protokolde, malzemeler, sistemin sterilizasyonu ve daha sonra bağırsakta insanlaştırılmış murin dışkı örneklerinin yetiştirilmesi için kullanım dahil olmak üzere bu mini biyoreaktör dizi sisteminin kurulumunu ayrıntılı olarak açıklıyoruz. Bu yöntemin genel amacı, kontrollü koşullar altında mikrobiyal toplulukların yetiştirilmesi için kullanılabilecek uyarlanabilir ve uygun maliyetli bir biyoreaktör sistemi oluşturmaktır. Mini biyoreaktör sisteminin montajı için iş akışının ayrıntılı bir şeması Şekil 2'de verilmiştir ve protokol içindeki uygun adımlarda referans alınmıştır. Örneğimizde, insanlaştırılmış bağırsak farelerinden aynı dışkı örneği ile iki reaktörü aşlıyoruz ve sürekli bir MEGA ortam akışı altında mikrobiyal topluluk yapısını tanımlıyoruz.
<img alt="Figure 1" class="xfigimg" src="/files/ftp_upload/68035/68035fig1v2.jpg"> 
Şekil 1: Anaerobik odadaki mini biyoreaktör dizisi kurulumunun şematik diyagramı. (A) Anaerobik odada tamamlanan mini biyoreaktör dizisi kurulumunun tam görünümü. 6 kuyulu biyoreaktör dizisi, 60 konumlu manyetik karıştırma plakası üzerinde yer almaktadır. Kaynak luer tee ağı, iki delikli şişe kapağı aracılığıyla sol taraftaki kaynak ortama bağlanır. İki peristaltik pompa, kaynaktan gelen 2 durdurmalı boruyu ve atık ağlarını sırasıyla solda ve sağda tutar. Atık luer tişört ağı, sağ taraftaki atık şişesine boşalır. CAM-12 monitörü, ısıtma kapasitesine sahip katalizör kutusu ve hidrojen sülfür giderme kolonu dahil olmak üzere anaerobik odanın çalışması için gerekli ekipman, dizi sisteminin etrafındaki oda içinde düzenlenmiştir. (B) Reaktörde uygun yükseklikte ortam bulunan bir reaktör kuyusuna bağlı kaynak, numune ve atık portlarının üstten görünümü. <a href="https://www.jove.com/files/ftp_upload/68035/68035fig1v2large.jpg" target="_blank">Bu rakamın daha büyük bir sürümünü görüntülemek için lütfen buraya tıklayın.</a>
<img alt="Figure 2" class="xfigimg" src="/files/ftp_upload/68035/68035fig2v2.jpg"> 
Şekil 2: Mini biyoreaktör dizisi montaj iş akışının şematik diyagramı. (A) Mini biyoreaktör dizisinin yukarıdan aşağıya görünümü, kaynağın, atığın ve numune portlarının yönünü gösterir. (B) Protokolün 2.3-2.4 adımlarını gösteren görünümle mini biyoreaktör dizisinin yandan görünümü. 1/8 inç PTFE boru ve bağlantı parçası (1) takılır ve atık ve s'ye yerleştirilir.ample portlar. PTFE'siz bağlantı parçası (1) kaynak bağlantı noktasına takılmıştır. (C) Protokolün 2.5-2.6 adımlarını gösteren mini biyoreaktör dizisinin yandan görünümü. Bağlantı parçası (2) kaynak ve atık portlarına takılıdır. Bağlantı parçası (3) numune portuna takılır ve bunun için bağlantı parçası (4) üstüne yerleştirilir. (D) Adım 2.9-2.11'i gösteren mini biyoreaktör dizisinin yandan görünümü. E-LFL 2.06 mm boru, kaynak ve atık portlarına bağlanır ve diğer ucu bağlantı parçalarına (5) ve ardından (6) bağlanır. Uygun çaptaki 2 durdurmalı boru daha sonra bağlantı parçasına (6) bağlanır. Ters bağlantı daha sonra 2 durdurmalı borunun sonunda tekrarlanır, bağlantı parçası (6) 2 durdurmalı boruya bağlanır ve bağlantı parçası (5) buna bağlanır. Son olarak, E-LFL 2.06 mm boru, luer tee ağına bağlantı için bağlantı parçasına (5) bağlanacaktır. (E) Adım 2.12-2.15'te açıklanan kaynak ve atık luer tee ağ kurulumunu gösteren mini biyoreaktör dizisinin yukarıdan aşağıya görünümü. Bağlantı parçası (5) ile biten E-LFL 2.06 mm boru, her bir reaktörü, son açıklığı kaynak veya atık şişesindeki kapağa bağlı olan birkaç bağlantı parçasına (7) bağlamak için kullanılır. (F) Adım 2.16-2.17'de açıklanan iki delikli şişe kapağı tertibatının yandan görünümü. Kapaktaki bir açıklık, şişenin içine yerleştirilen PTFE boruya bağlanır. Bu açıklığa bağlantı parçası (1), ardından bağlantı parçası (2) ve bağlantı parçasına (2.06) bağlı E-LFL 5 mm boru yerleştirilir. Bu bağlantı parçası, kaynak veya atık luer ağına bağlanır. PTFE boruya bağlı olmayan açıklığa, bağlantı parçası (1) takılır, ardından bağlantı parçası (2) takılır ve E-LFL 2.06 mm boru başka bir bağlantı parçasına (5) bağlanır. Bu uç, gelecekte steril bir 0.22 μM şırınga filtresine bağlanmak için otoklav sterilizasyonu sırasında folyo ile kapatılır. <a href="https://www.jove.com/files/ftp_upload/68035/68035fig2v2large.jpg" target="_blank">Bu rakamın daha büyük bir sürümünü görüntülemek için lütfen buraya tıklayın.</a>

<table><tbody><tr><td>1 mL BD Kayma Uçlu Şırınga steril, tek kullanımlık</td><td>Fisher Scientific</td><td>309659</td><td></td></tr><tr><td>1/4-28 mm dişli - dikenli erkek adaptör (3,2 mm), 5/paket</td><td>Cole-Parmer</td><td>008NB32-KD5L</td><td>1 adet 6 oyuklu dizi oluşturmak için 2 pakete ihtiyacınız var</td></tr><tr><td>10M NaOH (Sodyum Hidroksit)</td> <td>Sigma</td><td>72068-100ML</td><td></td></tr><tr><td>2.0ml Vidalı Kapaklı Tüp, NonKnurl, Etekli, Doğal, E-Beam Steril tüp, ekli kapaklı</td><td>Fisher Scientific</td><td>14-755-228</td><td></td></tr><tr><td>2mag MIXdrive 60 Karıştırma Sürücüsü</td><td>2mag</td><td>40060</td><td>60 konumlu manyetik karıştırma plakası (isteğe bağlı ısıtma kapasitesi ilavesi - cat# 40260)</td></tr><tr><td>6 kuyulu reaktör arrray, ABS Benzeri Yarı Saydam Şeffaf plastik</td><td>Protolabs</td><td>Özel</td><td>3D baskı için .stl dosyası için ek dosyalara bakın</td></tr><tr><td>Mutlak Etanol (200 Kanıt)</td><td>Fisher Scientific</td><td>BP2818</td><td></td></tr><tr><td>Asetik asit, buzul</td><td>Sigma</td><td>A6283</td><td></td></tr><tr><td>Adaptör, naylon, 1/4-28 dişe erkek luer, 25/paket</td><td>Cole-Parmer</td><td>EW-45505-82</td><td>1 adet 6 oyuklu dizi oluşturmak için 6 (1 paket)</td></tr> <tr><td>gerekir Alüminyum folyo</td><td>Fisher Scientific</td><td>01-213-100</td><td></td></tr><tr><td>Anaerobik oda</td><td>Coy Lab Ürünleri</td><td>Tip B</td><td></td></tr><tr><td>Bel-Art&nbsp; SP Scienceware Flea Micro Spinbar Manyetik Karıştırma Çubukları (1/pk)</td><td>Fisher Scientific</td><td>22-261679</td><td>1 adet 6 oyuklu dizi oluşturmak için 6&nbsp;</td></tr><tr><td>Biyogüvenlik kabini class 2</td><td>Nuaire</td><td></td><td></td></tr><tr><td>Butirik asit</td><td>Sigma</td><td>B103500&nbsp;</td><td></td></tr><tr><td>CaCl2 & middot; 2H2O (Kalsiyum Klorür Dihidrat)</td> <td>Sigma</td><td>C7902</td><td></td></tr><tr><td>Clorox Healthcare Çamaşır Suyu ile Antiseptik Mendil, Kokusuz, 6 "x 5", 150'lik Mendil Paketi</td><td>Ofis Deposu</td><td>129202</td><td></td></tr><tr><td>D- (-) - Fruktoz</td><td>Sigma</td><td>F0127-100G</td><td></td></tr><tr><td>D-(+)-Cellobiose</td><td>Sigma</td><td>C7252-100G</td><td></td></tr><tr><td>D-(+)-Glikoz</td><td>Sigma</td><td>G8270-100G</td><td></td></tr><tr><td>D-(+)-Maltoz monohidrat</td><td>Sigma</td><td>M5885-100G</td><td></td></tr><tr><td>Matkap Amerika Tak El Musluğu DWTP1 / 4-28</td><td>Home Depot</td><td>305699489</td><td></td></tr><tr><td>Dulbecco'nun Fosfat Tamponlu Salin, 1X Ca ve Mg olmadan, Steril</td><td>Genesee</td><td>25-508</td><td></td></tr><tr><td>Dişi luer & zamanlar; 1/16 & Prime; hortum dikenli adaptör, Naylon, 25/paket</td><td>Cole-Parmer</td><td>EW-45502-00</td><td>1 adet 6 oyuklu dizi oluşturmak için 24 (1 paket)</td></tr> <tr><td>gerekir Dişi luer ve kez; 1/8 & Prime; hortum dikeni adaptörü, Naylon 25/paket</td><td>Cole-Parmer</td><td>EW-45502-04</td><td>1 adet 6 oyuklu dizi oluşturmak için 6 (1 paket)</td></tr> gerekir <tr><td>Dişi luer & kez; 3/32 & Prime; hortum dikeni adaptörü, Naylon, 25/ paket</td><td>Cole-Parmer</td><td>EW-45502-02</td><td>1 adet 6 kuyulu dizi oluşturmak için, 6 (1 paket)</td></tr> <tr><td>gerekir Dişi luer tişört, Naylon, 25/paket</td><td>Cole-Parmer</td><td>EW-45502-56</td><td>1 adet 6 oyuklu dizi oluşturmak için 10 (1 paket)</td></tr> <tr><td>FeSO4 ve orta nokta gerekir; 7H2O (Demir [II] Sülfat Heptahidrat)</td> <td>Sigma</td><td>F8633</td><td></td></tr><tr><td>Hematin</td><td>Sigma</td><td>H3281</td><td></td></tr><tr><td>Histidin</td><td>Sigma</td><td>H7750</td><td></td></tr><tr><td>İzovalerik asit</td><td>Sigma</td><td>129542</td><td></td></tr><tr><td>K2HPO4 dibazik (dipotasyum hidrojen fosfat)</td><td>Sigma</td><td>P2222-1KG</td><td></td></tr><tr><td>KH2PO4 monobazik (potasyum dihidrojen fosfat)</td><td>Sigma</td><td>P0662-500G</td><td></td></tr><tr><td>Büyük Orifis Pipet Uçları</td><td>Fisher Scientific</td><td>02-707-134</td><td></td></tr><tr><td>L-Sistein hidroklorür</td><td>Sigma</td><td>C1276-10G</td><td></td></tr><tr><td>Kilit halkalı ve zamanlar; 1/8 & Prime; hortum dikeni adaptörü, Naylon, 25/paket</td><td>Cole-Parmer</td><td>EW-45505-04</td><td>1 adet 6 oyuklu dizi oluşturmak için 42 (2 paket) gerekir</td></tr> <tr><td>Et özü</td><td>Sigma</td><td>70164-500G</td><td></td></tr><tr><td>Med Vet International&nbsp; Exel İğnesi, 20G X 1 ", Hipodermik, 100 / Kutu, 26417</td><td>Fisher Scientific</td><td>50-209-2532</td><td></td></tr><tr><td>Menadione (Vitamin K3)</td> <td>Sigma</td><td>M5625</td><td></td></tr><tr><td>MgSO4 &nbsp; &orta nokta; 7H2O (Magnezyum Sülfat Heptahidrat)</td> <td>Sigma</td><td>M1880-500G&nbsp;</td><td></td></tr><tr><td>Milli-Q su</td><td></td><td></td><td></td></tr><tr><td>NaCl (Sodyum Klorür)</td> <td>Sigma</td><td>S9888-500G&nbsp;</td><td></td></tr><tr><td>NaHCO3 (Sodyum Bikarbonat)</td> <td>Sigma</td><td>S5761-500G</td><td></td></tr><tr><td>Omnifi t Q serisi iki delikli şişe kapağı</td><td>Cole-Parmer</td><td>00945Q-2</td><td>1 adet 6 kuyulu dizi oluşturmak için 1</td></tr><tr><td>PMP IPC-N L 24CHNL 8RLR 115V</td><td>MasterFlex</td><td>ISM939C-115V</td><td>24 kanallı peristaltik pompaya ihtiyacınız vardır, kaynak için 1 ve atık için 1 gerekir</td></tr><tr><td>Hassas Sızdırmazlık ve reg; kauçuk septa, beyaz, 7 mm OD cam boru (100 / pk)</td><td>Millipore Sigma</td><td>Z553905-100EA</td><td>1 adet 6 oyuklu dizi oluşturmak için 6 septa</td></tr><tr><td>Propiyonik asit</td><td>Sigma</td><td>P5561&nbsp;</td><td></td></tr><tr><td>Pompa Hortumu, 2 Kademeli, Tygon S3 E-Lab, 1,02 mm İç Çap; 12/PK</td><td>VWR</td><td>MFLX96460-28</td><td>1 adet 6 kuyulu dizi oluşturmak için 6&nbsp; (1 paket)</td></tr><tr><td>Pompa Hortumu, 2 Kademeli, Tygon S3 E-Lab, 1,14 mm İç Çap; 12/PK</td><td>VWR</td><td>MFLX96460-30</td><td>1 adet 6 kuyulu dizi oluşturmak için 6 (1 paket) gerekir</td></tr> <tr><td>Puritan Cary-Blair Medium, 5 ml</td><td>Fisher Scientific</td><td>22-029-646</td><td></td></tr><tr><td>PYREX 2L Yuvarlak Medya Saklama Şişeleri, GL45 Vidalı Kapaklı</td><td>Fisher Scientific</td><td>06-414-1E</td><td></td></tr><tr><td>Tıraş Bıçağı</td><td>Genesee</td><td>12-640</td><td></td></tr><tr><td>Resazurin, sodyum tuzu</td><td>ThermoFisher'dan ACROS Organics</td><td>AC41890-0010</td><td></td></tr><tr><td>Çözünür nişasta</td><td>Sigma</td><td>S9765-100G</td><td></td></tr><tr><td>Paslanmaz Çelik Mikro Spatula, kaşık gibi bıçak</td><td>Fisher Scientific</td><td>S50823</td><td></td></tr><tr><td>TBNG TYGON ELFL 2.06MMID 100'VWR</td><td></td> <td>MFLX06449-42</td><td>1 adet 6 oyuklu dizi oluşturmak için 205,5 cm</td></tr><tr><td>İz Mineral Takviyesi</td><td>ATCC</td><td>MD-TMS'ye</td> <td>ihtiyacınız vardır</td></tr><tr><td>Triptikaz Pepton (BBL)</td> <td>Fisher Scientific</td><td>B11921</td><td></td></tr><tr><td>Boru, PTFE, 1/8 ve Prime; (3,2 mm) OD ve zamanlar; 1,5 mm İç Çap, 10 M</td><td>Cole-Parmer</td><td>008 T32-150-10</td><td>1 adet 6 kuyulu dizi oluşturmak için 300 mm</td></tr><tr><td>Tween 80</td><td>Sigma</td><td>P1754&nbsp;</td><td></td></tr><tr><td>Vitamin Takviyesi</td><td>ATCC</td><td>MD-VS</td><td></td></tr><tr><td>Maya Özü (Bacto)</td><td>Fisher Scientific</td><td>DF0127-17-9</td><td></td></tr></tbody></table>

karmaşık dışkı topluluklarının sürekli kültürü için biyoreaktör düzeneği

Bioreactor Assembly for Continuous Culture of Complex Fecal Communities

Dışkı örnekleri, aşılamadan 2 hafta sonra insan dışkı bulamacı ile kolonize edilen farelerden toplandı ve -80 ° C'de saklandı. Biyoreaktör sistemi, iki replike reaktör kuyusu için sürekli MEGA ortam akışı ile kurulmuştur (Şekil 3A). Dışkı bulamacı, adım 6'da açıklanan protokole göre fare dışkı peletlerinden hazırlandı ve her iki reaktör de yanıtlayıcı fare dışkı bulamacı ile numune portu ile aşılandı. Reaktör kuyularındaki dışkı topluluklarının statik koşull...

Karmaşık dışkı topluluklarının sürekli kültürü için biyoreaktör düzeneği

The microbiota, especially bacteria, respond to various environmental exposures such as micro and macronutrients, pharmacological compounds, and ...

bioreactor-assembly-for-continuous-culture-complex-fecal

Research

JoVE Journal

Immunology and Infection

İmmünoloji ve Enfeksiyon

Laboratuar ölçekli anaerobik çürütücü bilim adamları anaerobik biyoteknolojinin mevcut uygulamaları optimize yeni yollarını araştırmak ve çeşitli organik atıkların metan üretim potansiyelini değerlendirmek için izin verir. Bu makale, sürekli anaerobik çürütücü karıştırılmış bir laboratuvar ölçekli inşaat, aşılama, işletme ve izleme için genel bir modeli tanıttı.

Sistem Kurulumu ve Temel İşlemler: Organik Atıklardan Biyogaz haline dönüştürme Anaerobik Digester sürekli karıştırılan

Kaynak: Ahmadi, S. ve diğerleri. Girişimsel rejimlerin insan dışkı mikrobiyotası üzerindeki etkilerini tahmin etmek için in vitro toplu kültür modeli. J. Vis. Exp. (2019).Bu video, bağırsak mikrobiyotasının metabolit üretimini incelemek için anaerobik koşullarda diyetle fermente edilebilir lifle fekal örnekleri inkübe yoluyla bağırsak mikrobiyal fermantasyonunu modelleme yöntemini göstermektedir.

In Vitro İnsan bağırsak mikrobiyotası ile kolonik fermantasyonu taklit etmek için parti kültürü modeli

Sürekli büyümeye göre ayarlanmış besleme kullanan besin düzenlemesi, karıştırılmış süspansiyon biyoreaktörlerindeki kültürler için aralıklı toplu beslemeye kıyasla memeli hücre sferoidlerinin büyüme oranlarını iyileştirir.  Bu çalışma, basit düzeltilmiş oranlı beslenen kültürlerin oluşturulması için gerekli yöntemleri göstermektedir.

Küresellerde Memeli Hücrelerinin Büyük ölçekli Genişleme için sürekli Beslenme ile Besin Yönetmeliği

Kültürdeki hücrelerin işlevsel davranışı, 3 boyutlu bir kültür ortamında 16-21 benzeri in vivo olarak daha fazla kültür iyileştirilebilir. Bu el yazması, in vivo benzeri memeli doku kültürü için bir içi boş fiber biyoreaktör sisteminin kurulum ve çalışması açıklanmaktadır.

için içi boş fiber Biyoreaktörler<em&gt; İn Vivo</em&gt; Benzeri Memeli Doku Kültürü

Yüksek yoğunluklu biyoreaktör (HDBR) olarak adlandırılan yeni bir reaktör tasarımı, yüksek yoğunluklu mikrobiyal toplulukların yetiştirilmesi ve incelenmesi için sunulmuştur. Burada, HDBR, karışık bir yüksek yoğunluklu alg topluluğu tarafından nitrojen metabolizmasının incelenmesi için bir fotobiyoreaktör (PBR) konfigürasyonunda başarıyla uygulanmaktadır.

Çeşitli mikrobiyal Toplulukları Yüksek Yoğunluklu Yetiştirme için Yeni Bir Biyoreaktör

Gut ana bilgisayar-mikrop etkileşimleri sentetik bir sözlü topluluk, vitro gastrointestinal sindirim ve ince bağırsak epitel modeli birleştirerek yeni bir yaklaşım kullanarak değerlendirildi. Biz hücre istilası patojenler ve çoklu türler biyofilmler değerlendirmek veya bile probiyotik formülasyonları Beka sınamak için adapte edilebilir bir yöntem mevcut.

Sentetik bir bakteriyel konsorsiyum Vitro Gut ana bilgisayar-mikrop arabirimde canlılık değerlendirilmesi

Burada, fizyolojik şartlarda mide bağırsak, taklit Biyoreaktörler bir dizi kullanarak gut microbiota kolon tüp bebek, kültür için bir iletişim kuralı mevcut.

Uygulama gelişmiş teknoloji insan Gut Microbiota Eğitim Kültür Vitro

Burada, GMP sınıfı çözünebilir mikro taşıyıcılara dayanan tamamen kapalı bir sistem aracılığıyla yapışık hücrelerin büyük ölçekli üretimini gerçekleştirmek için bir protokol sunuyoruz. İnsan mezenkimal kök hücrelerinin, HEK293T hücrelerinin ve Vero hücrelerinin yetiştirilmesi doğrulandı ve hücre ve gen terapisi endüstrisi için hem miktar taleplerini hem de kalite kriterlerini karşıladı.

GMP Sınıfı Çözünebilir Gözenekli Mikro Taşıyıcılara Dayalı Büyük Ölçekli Hücre Üretimi

Bu makalenin odak noktası, bir ortamdan elde edilen titiz anaerobik mikroorganizmalar için ortam yapmak için en iyi uygulamaları detaylandırmaktır. Bu yöntemler anaerobik kültürlerin yönetilmesine yardımcı olur ve "mikrobiyal karanlık madde" olarak adlandırılan, kültürlenmemiş mikroorganizmaların büyümesini desteklemek için uygulanabilir.

Çevresel Olarak Edinilmiş Anaerobik Mikroorganizmaların Kültürlenmesi için Bir Dizi Yerinde Bilgilendirilmiş Simüle Edilmiş Ortam Formatı

Minibiyoreaktör Dizisi (MBRA), mikrobiyom dinamiklerini, terapötik etkileşimleri ve çevresel faktörlere mikrobiyal tepkileri incelemek için paralel deneyleri destekleyen, karmaşık mikrobiyal toplulukların yetiştirilmesini sağlayan yüksek verimli, özelleştirilebilir, sürekli akışlı bir kültür sistemidir.

Minibiyoreaktör Dizisinin (MBRA) montajı ve kullanımı için güncellenmiş protokol

Keşfedin, karmaşık dışkı topluluklarının sürekli kültürü için mini-biyoreaktör dizisi kurulumunu. Bu maliyet etkin yöntem, mikrobiyom araştırmalarında kontrollü koşullarda paralel deneyler yapılmasını sağlar.

Karmaşık dışkı topluluklarının sürekli kültürü için biyoreaktör düzeneği

Daha fazla video keşfet