Name: Farelerde Böbrek Hasarının Diyabetik Patogenezinde Tüm Böbrek, Medulla ve Kortikal Tübüllerin Karşılaştırmalı Proteomik Analizi (Video) | JoVE Journal
Uploaded: 2025-05-02T14:35:00.000+00:00
Duration: 10 min 31 s
Description: Keşfedin farelerde diyabetik böbrek hastalığında bölgesel proteomik analiz yöntemini. Tüm böbrek, medulla ve kortikal tübüllerin karşılaştırmalı proteomik profillerini kitle spektrometrisi ile inceleyerek hastalık mekanizmalarını anlayın.

ai_agent_IP

ai_agent

maintenance

instantTrialDurationMinutes

isBiopharma

enableNewMyJoveSectionDesign

educationFeatures

seoMetaApi

ai_copilot_institution_blacklist

ai_chat_institution_blacklist

freeAccessWindow

ssoRoleCapture

scheduledMaintenanceBanner

joveLabsFeatures

disable_autoplay_for_bots

extended_trial_duration

5 minutes

<ol><li>Ding, X., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Epidemiological+patterns+of+chronic+kidney+disease+attributed+to+type+2+diabetes+from+1990-2019%5BTitle%5D)+AND+%22Front+Endocrinol%22%5BJournal%5D)">Epidemiological patterns of chronic kidney disease attributed to type 2 diabetes from 1990-2019.</a> Front Endocrinol. 15, 1383777(2024).</li>
<li>Liu, W., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Global+trends+in+the+burden+of+chronic+kidney+disease+attributable+to+type+2+diabetes%3A+an+age-period-cohort+analysis%5BTitle%5D)+AND+%22Diabetes+Obes+Metab%22%5BJournal%5D)">Global trends in the burden of chronic kidney disease attributable to type 2 diabetes: an age-period-cohort analysis.</a> Diabetes Obes Metab. 26 (2), 602-610 (2024).</li>
<li>Xie, D., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Global+burden+and+influencing+factors+of+chronic+kidney+disease+due+to+type+2+diabetes+in+adults+aged+20-59+years%2C+1990-2019%5BTitle%5D)+AND+%22Sci+Rep%22%5BJournal%5D)">Global burden and influencing factors of chronic kidney disease due to type 2 diabetes in adults aged 20-59 years, 1990-2019.</a> Sci Rep. 13 (1), 20234(2023).</li>
<li>Giunti, S., Barit, D., Cooper, M. E. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Mechanisms+of+diabetic+nephropathy%3A+role+of+hypertension%5BTitle%5D)+AND+%22Hypertension%22%5BJournal%5D)">Mechanisms of diabetic nephropathy: role of hypertension.</a> Hypertension. 48 (4), 519-526 (2006).</li>
<li>Thomas, M. C., Burns, W. C., Cooper, M. E. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Tubular+changes+in+early+diabetic+nephropathy%5BTitle%5D)+AND+%22Adv+Chronic+Kidney+Dis%22%5BJournal%5D)">Tubular changes in early diabetic nephropathy.</a> Adv Chronic Kidney Dis. 12 (2), 177-186 (2005).</li>
<li>Thomas, M. C., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Diabetic+kidney+disease%5BTitle%5D)+AND+%22Nat+Rev+Dis+Primers%22%5BJournal%5D)">Diabetic kidney disease.</a> Nat Rev Dis Primers. 1, 15018(2015).</li>
<li>Nath, K. A. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Tubulointerstitial+changes+as+a+major+determinant+in+the+progression+of+renal+damage%5BTitle%5D)+AND+%22Am+J+Kidney+Dis%22%5BJournal%5D)">Tubulointerstitial changes as a major determinant in the progression of renal damage.</a> Am J Kidney Dis. 20 (1), 1-17 (1992).</li>
<li>Bonventre, J. V. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Can+we+target+tubular+damage+to+prevent+renal+function+decline+in+diabetes%5BTitle%5D)+AND+%22Semin+Nephrol%22%5BJournal%5D)">Can we target tubular damage to prevent renal function decline in diabetes.</a> Semin Nephrol. 32 (5), 452-462 (2012).</li>
<li>Powell, D. W., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Renal+tubulointerstitial+fibrosis+in+OVE26+type+1+diabetic+mice%5BTitle%5D)+AND+%22Nephron+Exp+Nephrol%22%5BJournal%5D)">Renal tubulointerstitial fibrosis in OVE26 type 1 diabetic mice.</a> Nephron Exp Nephrol. 111 (1), e11-e19 (2008).</li>
<li>Cummins, T. D., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Quantitative+mass+spectrometry+of+diabetic+kidney+tubules+identifies+GRAP+as+a+novel+regulator+of+TGF-beta+signaling%5BTitle%5D)+AND+%22Biochim+Biophys+Acta%22%5BJournal%5D)">Quantitative mass spectrometry of diabetic kidney tubules identifies GRAP as a novel regulator of TGF-beta signaling.</a> Biochim Biophys Acta. (4), 653-661 (2010).</li>
<li>Barati, M. T., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Differential+expression+of+endoplasmic+reticulumstress-response+proteins+in+different+renal+tubule+subtypes+of+OVE26+diabetic+mice%5BTitle%5D)+AND+%22Cell+Stress+Chaperones%22%5BJournal%5D)">Differential expression of endoplasmic reticulumstress-response proteins in different renal tubule subtypes of OVE26 diabetic mice.</a> Cell Stress Chaperones. 21 (1), 155-166 (2016).</li>
<li>Zheleznova, N. N., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Mitochondrial+proteomic+analysis+reveals+deficiencies+in+oxygen+utilization+in+medullary+thick+ascending+limb+of+Henle+in+the+Dahl+salt-sensitive+rat%5BTitle%5D)+AND+%22Physiol+Genomics%22%5BJournal%5D)">Mitochondrial proteomic analysis reveals deficiencies in oxygen utilization in medullary thick ascending limb of Henle in the Dahl salt-sensitive rat.</a> Physiol Genomics. 44 (17), 829-842 (2012).</li>
<li>Nordquist, L., Palm, F. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Diabetes-induced+alterations+in+renal+medullary+microcirculation+and+metabolism%5BTitle%5D)+AND+%22Curr+Diabetes+Rev%22%5BJournal%5D)">Diabetes-induced alterations in renal medullary microcirculation and metabolism.</a> Curr Diabetes Rev. 3 (1), 53-65 (2007).</li>
<li>dos Santos, E. A., Li, L. -P., Ji, L., Prasad, P. V. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Early+changes+with+diabetes+in+renal+medullary+hemodynamics+as+evaluated+by+fiberoptic+probes+and+BOLD+magnetic+resonance+imaging%5BTitle%5D)+AND+%22Invest+Radiol%22%5BJournal%5D)">Early changes with diabetes in renal medullary hemodynamics as evaluated by fiberoptic probes and BOLD magnetic resonance imaging.</a> Invest Radiol. 42 (3), 157-162 (2007).</li>
<li>Cummins, T. D., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Quantitative+Mass+Spectrometry+Normalization+in+UrineBiomarker+Analysis+in+Nephrotic+Syndrome%5BTitle%5D)+AND+%22Glomerular+Dis%22%5BJournal%5D)">Quantitative Mass Spectrometry Normalization in UrineBiomarker Analysis in Nephrotic Syndrome.</a> Glomerular Dis. (3), 121-131 (2022).</li>
<li>Carlson, E. C., Audette, J. L., Klevay, L. M., Nguyen, H., Epstein, P. N. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Ultrastructural+and+functional+analyses+of+nephropathy+in+calmodulin-induced+diabetic+transgenic+mice%5BTitle%5D)+AND+%22Anat+Rec%22%5BJournal%5D)">Ultrastructural and functional analyses of nephropathy in calmodulin-induced diabetic transgenic mice.</a> Anat Rec. 247 (1), 9-19 (1997).</li>
<li>Zheng, S., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Development+of+late-stage+diabetic+nephropathy+in+OVE26+diabetic+mice%5BTitle%5D)+AND+%22Diabetes%22%5BJournal%5D)">Development of late-stage diabetic nephropathy in OVE26 diabetic mice.</a> Diabetes. 53 (12), 3248-3257 (2004).</li>
<li>Wang, F., Veth, T., Kuipers, M., Altelaar, M., Stecker, K. E. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Optimized+suspension+trapping+method+for+phosphoproteomics+sample+preparation%5BTitle%5D)+AND+%22Anal+Chem%22%5BJournal%5D)">Optimized suspension trapping method for phosphoproteomics sample preparation.</a> Anal Chem. 95 (25), 9471-9479 (2023).</li>
<li>Mather, A., Pollock, C. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Glucose+handling+by+the+kidney%5BTitle%5D)+AND+%22Kidney+Int+Suppl%22%5BJournal%5D)">Glucose handling by the kidney.</a> Kidney Int Suppl. 120, S1-S6 (2011).</li>
<li>Ross, B. D., Espinal, J., Silva, P. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Glucose+metabolism+in+renal+tubular+function%5BTitle%5D)+AND+%22Kidney+Int%22%5BJournal%5D)">Glucose metabolism in renal tubular function.</a> Kidney Int. 29 (1), 54-67 (1986).</li>
<li>Roger, F., Martin, P. Y., Rousselot, M., Favre, H., Féraille, E. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Cell+shrinkage+triggers+the+activation+of+mitogen-activated+protein+kinases+by+hypertonicity+in+the+rat+kidney+medullary+thick+ascending+limb+of+the+Henle%27s+loop%3A+requirement+of+p38+kinase+for+the+regulatory+volume+increase+response%5BTitle%5D)+AND+%22J+Biol+Chem%22%5BJournal%5D)">Cell shrinkage triggers the activation of mitogen-activated protein kinases by hypertonicity in the rat kidney medullary thick ascending limb of the Henle's loop: requirement of p38 kinase for the regulatory volume increase response.</a> J Biol Chem. 274 (48), 34103-34110 (1999).</li>
<li>Yang, J., Lane, P. H., Pollock, J. S., Carmines, P. K. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((PKC-dependent+superoxide+production+by+the+renal+medullary+thick+ascending+limb+from+diabetic+rats%5BTitle%5D)+AND+%22Am+J+Physiol+Renal+Physiol%22%5BJournal%5D)">PKC-dependent superoxide production by the renal medullary thick ascending limb from diabetic rats.</a> Am J Physiol Renal Physiol. 297 (5), F1220-F1228 (2009).</li>
</ol>

<table><tbody><tr><td>Kollajenaz tipi 1A&nbsp;</td><td>Kırlangıç Sinyali</td><td>C9891</td><td></td></tr><tr><td>Exploris 480 Orbitrap&nbsp;</td><td>Thermofisher</td><td>https://www.thermofisher.com/order/catalog/product/BRE725539</td><td>MS</td></tr><tr><td>Falcon Hücre Süzgeci, 100 & m</td><td>VWR</td><td>21008-950</td><td></td></tr><tr><td>Falcon Hücre Süzgeci, 70 & m</td><td>VWR</td><td>21008-952</td><td></td></tr><tr><td>Gibco PBS pH 7.4&nbsp;</td><td>Thermo</td><td>1001023</td><td></td></tr><tr><td>Halt Proteaz ve Fosfataz İnhibitörü Kokteyl</td><td>VWR</td><td>PI78440</td><td></td></tr><tr><td>İyodoasetamid</td><td>Sigma Aldrich</td><td>I1149</td><td></td></tr><tr><td>MetaboAnalyst 6.0&nbsp;</td><td>MetaboAnalist 6.0&nbsp;</td><td>https://www.metaboanalyst.ca/</td> <td>metabolomik veri analiz platformu</td></tr><tr><td>NanoDrop 2000&nbsp;</td><td>Thermofisher</td><td>https://www.thermofisher.com/order/catalog/product/ND-2000</td><td></td></tr><tr><td>Oasis HLB sütunu&nbsp;</td><td>Waters</td><td>186002034</td><td></td></tr><tr><td>PEAKS 12.0</td><td>Biyoinformatik Çözümler A.Ş.</td><td></td><td>LC-MS/MS veri analiz yazılımı</td></tr><tr><td>1.5 mL Mikrotüp için Havaneli</td><td>Fisher Scientific</td><td>NC0782485</td><td></td></tr><tr><td>Süspansiyon Tuzağı (S-tuzağı)</td><td>Protifi</td><td>C02-micro-10</td><td></td></tr><tr><td>TCEP</td><td>ThermoFisher Scientific</td><td>20490</td><td></td></tr><tr><td>TEABC</td><td>Sigma Aldrich</td><td>T7408</td><td></td></tr><tr><td>Tripsin Proteaz, MS Sınıfı</td><td>ThermoFisher Scientific</td><td>90057</td><td></td></tr><tr><td>Ultrasonik Temizleyici</td><td>Cole-Parmer&nbsp; &nbsp;</td><td>Ürün Kodu: 0884900</td><td></td></tr></tbody></table>

farelerde böbrek hasarının diyabetik patogenezinde tüm böbrek, medulla ve kortikal tübüllerin karşılaştırmalı proteomik analizi

Comparative Proteomic Analysis of Whole Kidney, Medulla, and Cortical Tubules in Diabetic Pathogenesis of Kidney Injury in Mice

Genel olarak, her numune tipinden toplam protein tanımlamaları 1) tüm böbrek (1438), 2) medulla (2145) ve kortikal tübüller (1859) idi. MetaboAnalyst 6.0'da veri işleme, veri filtreleme ve atamanın ardından, son olarak her böbrek bölmesi için analiz edilen protein tanımlamaları şunlardı: tüm böbrek (455), medulla (997) ve kortikal tübüller (896). Şekil 4 , OVE26 diyabetik fare böbreğindeki küresel proteomik değişiklikleri göstermektedir. Etiketsiz kantitatif (LFQ) analiz, raportör iyon etike...

Farelerde Böbrek Hasarının Diyabetik Patogenezinde Tüm Böbrek, Medulla ve Kortikal Tübüllerin Karşılaştırmalı Proteomik Analizi

Defining the sequence of events in renal disease is the cornerstone of clinical practice in the nephrologist toolkit. Tissue proteomic analyses are a ...

comparative-proteomic-analysis-whole-kidney-medulla-cortical-tubules

Research

JoVE Journal

Biochemistry

Biyokimya

Fare izole edilmiş perfüze böbrek (MIPK) perfüze edildi ve 1 saat için fonksiyonel ex vivo koşullar altında bir fare böbrek tutmak için kullanılan bir tekniktir. tamponlar ve cerrahi teknik ayrıntılı olarak tarif edilmiştir.

Fare İzole perfüze Böbrek Tekniği

Bu iletişim kuralı bir tam böbrek iş-up glomerular hastalığı fare modellerinde yürütülmesi gereken açıklar. Yöntemler glomerular hastalığı tüm fare modelleri uygulanabilir glomerular işlevinin ayrıntılı işlevsel, yapısal ve mekanik analiz için olanak sağlar.

Fare modelleri Glomerular hastalığı böbrek fonksiyonlarının değerlendirilmesi

Renal arter darlığını başlatmak için poliüretan tüp kullanılarak modifiye edilmiş 2 böbrek 1 klips (2K1C) Goldblatt fare modeli geliştirildi ve renin ekspresyonunda ve böbrek hasarında artışa neden oldu. Burada, tekrarlanabilir ve tutarlı bir 2K1C fare modeli oluşturmak için manşetin renal arter üzerine hazırlanması ve yerleştirilmesi için ayrıntılı bir prosedür açıklıyoruz.

Renal Arter Darlığında Renin Regülasyonunun Modifiye İki Böbrek Bir Klipsli Fare Modeli

Bu makale, kantitatif gerçek zamanlı ters transkripsiyon polimeraz zincir reaksiyonu kullanılarak akut böbrek hasarı olan bir fare modelinin böbreklerinde mikroRNA ekspresyonunu tespit etmek için bir protokol sunmaktadır. Bu protokol, iskemik böbrek hasarı fare modelini ve mikroRNA örneklerinin dikkatli bir şekilde çıkarılmasını vurgular.

İskemik Böbrek Hasarı Fare Modelinin Böbrekteki MikroRNA'ları için Kantitatif Bir Tespit Yöntemi

Bu protokol, obstrüktif nefropatide doku fibrozunun ilerlemesini incelemek için farelerde tek taraflı üreter tıkanıklığını (UUO) indüklemek için bir yöntemi tanımlar. Cerrahi prosedürleri, ameliyat sonrası bakımı ve fibroz değerlendirmesi için yöntemleri içerir.

Böbrek İnterstisyel Fibrozisinin Araştırılmasında Tek Taraflı Üreter Obstrüksiyon Modeli

Bu makale, örnek toplamadan bir gün önce yapılan kontralateral nefrektomi ile tek taraflı böbrek IRI kullanan iskemik CKD modelini sunmaktadır; bu protokol, serum tabanlı fonksiyonel değerlendirme, yüksek sağkalma ve tekrarlanabilir KBD patolojisini 28 ve 42 gün içinde mümkün kılarak mekanik ve girişimsel çalışmalar için çok yönlü bir platform sağlar.

Böbrek Iskemisi/Reperfüzyon Yaralanması Nedeniyle Akut Böbrek Hastalığına Geçişin Fare Modeli

Burada bir etiket bilgilerini kantitatif kütle spektrometresi kullanılarak protein korelasyon profil ardından afinite protein komplekslerinin saflaştırılması ve mavi doğal PAGE ile onların ayrılması için protokoller, mevcut. Bu yöntem, farklı protein kompleksleri halinde interactomes çözmek için yararlıdır.

Mavi Yerli PAGE ve Protein İlişkisi Profil Yöntemi ile Affinity Saf protein Kompleksler çözümleniyor

İnsan retina fovea, makula ve periferik retina gibi işlevsel ve tatlı farklı bölgelerinde oluşur. Burada, incelemek ve bu farklı retina bölgeler aşağı akım proteomik analiz için toplamak için punch biyopsi ve doku katmanları bir insan gözünün üzerinden el ile kaldırılması kullanarak bir yöntemi açıklanmaktadır.

İnsan Retina ve RPE koroid diseksiyon proteomik analizi için

Protokol tarafından enzimatik alkalin hidroliz keratin hidrolizat tavuk tüyleri üzerinden hazırlamak için ve keratin hidrolizat içine bir kozmetik merhem temel cilt bariyer fonksiyonunu artırır ekleme olup olmadığını sınamak için hedeftir (hidrasyon heightening ve «««azalan) transepidermal su kaybı. Erkek ve kadın üzerinde testler yapılır gönüllüler.

Keratin hidrolizat tavuk tüyleri ve kozmetik kendi uygulamasında hazırlanması

İnsan lökosit antijeni (HLA) serileri organ donörü ve alıcı çiftleri arasındaki uyuşmazlıklar antikor aracılıklı ret organ nakli yapılan en önemli nedeni vardır. Burada Anti-donör HLA alloantibodies organ alıcıları içinde soruşturma için bireysel bağış HLA dizileri üzerinde temel alan özel antijen diziler kullanımı mevcut.

Peptid diziler HLA Alloantibodies Organ nakli olarak algılanması için kişiselleştirilmiş

Keşfedin farelerde diyabetik böbrek hastalığında bölgesel proteomik analiz yöntemini. Tüm böbrek, medulla ve kortikal tübüllerin karşılaştırmalı proteomik profillerini kitle spektrometrisi ile inceleyerek hastalık mekanizmalarını anlayın.

Farelerde Böbrek Hasarının Diyabetik Patogenezinde Tüm Böbrek, Medulla ve Kortikal Tübüllerin Karşılaştırmalı Proteomik Analizi

Daha fazla video keşfet