Analitik yöntemlerin aranabilir bir yapı veritabanını geliştirmek için keminformatiği uygulamak

EPA bilim adamlarının dağıtılmış kaynaklardan analitik yöntemler bulmaları için kolay bir yol oluşturmak istiyoruz, böylece bilim adamlarımız interneti taramak için daha az zaman harcayabilir ve bunun yerine mevcut kimyasal bilişim sistemimize entegre edilmiş küratörlü bir kaynağa sahip olabilirler. Oluşturduğumuz şey, esasen bu belgeleri çıkarılan kimyasal maddelerle eşleştiren hafif bir belge yönetim sistemidir. Sonuç olarak, bu kimyasalları tespit etmek için halihazırda uygulanmış olan yöntemleri bulmak için farklı kimyasal tanımlayıcılar kullanılarak binlerce analitik yöntem aranabilir. Topluluğun, bir kimyasal için mevcut bir referans analitik yöntemi veya belirli bir yöntem için iyi bir başlangıç koşulları seti elde etmek için arama yapabileceği başka bir ücretsiz çevrimiçi analitik yöntem veritabanı yoktur. Bu protokol, okuyucuya yöntem geliştirme çalışmalarını desteklemek için yararlı verileri toplamak için AMOS'u nasıl kullanacağını öğretir. Analitik yöntem verilerinin nasıl toplanacağı ve veritabanımıza ve uygulamamıza nasıl entegre edileceği hakkında çok şey öğrendik. Bu binlerce belgeyi bir araya getirerek ve bunlarla ilişkili kimyasal maddelerle eşleştirerek, artık bu belgelerin kullanımını keşfetmek ve bilim adamlarının sorgulayabileceği geniş bir dil yapay zeka modelini geliştirmek için mükemmel bir veri setine sahibiz.

[Anlatıcı] Başlamak için gezinme çubuğunun sol üst köşesindeki metin alanına veya ön sayfadaki arama alanına gidin ve bir Madde Adı, CAS Kayıt Numarası, InChIKey veya DSSTox Madde Tanımlayıcısı girin. Aramayı yürütmek için Enter tuşuna basın veya Ara'ya tıklayın. İlişkili kaydı sayfanın sağ tarafında görüntülemek için sonuçta elde edilen tabloda bir satır seçin. Toplu arama yapmak için, giriş verileri alanına DSSTox Madde Tanımlayıcılarının bir listesini girin ve her satıra bir tanımlayıcı yerleştirin. Sonuçları filtrelemek veya kayıtlara ek bilgi eklemek için Arama seçenekleri altındaki onay kutularını kullanın. Belirli bir madde listesiyle ilişkili veritabanındaki tüm kayıtlara ilişkin bilgileri listeleyen bir elektronik tablo dosyası oluşturmak ve indirmek için sayfanın altındaki aramaya tıklayın. Arama tamamlandığında, Ek Aramalar'a ve ardından Benzerlik Yapısı Araması'na tıklayın. Madde Tanımlayıcıyı girin, filtre minimum madde benzerliğini 0,8 olarak ayarlayın ve bir sekme tablosu elde etmek için Ara'ya tıklayın. Ardından, aranan madde ile tablodan seçilen madde arasında yapısal bir karşılaştırma görüntülemek için tabloda bir satır seçin. Sınıflandırıcı araması gerçekleştirmek için sayfanın üst kısmındaki alanı kullanarak ilk sınıflandırma düzeyini seçin. Ardından, bir sonraki seviye için sınıflandırma listesini görüntülemek için alanın altındaki düğmeyi tıklayın. Bu işlemi ikinci ve üçüncü seviyeler için tekrarlayın, her seferinde bir sınıflandırma seçin ve devam etmek için düğmeye tıklayın. Dördüncü seviyeyi seçtikten sonra, aramayı çalıştırmak ve sınıflandırıcı sınıflandırmasının seçilen dört seviyesine ait tüm maddeleri listelemek için aşağıdaki düğmeye tıklayın. Bir yöntem listesi ve bilgi sayfası araması gerçekleştirerek tüm bilgi formları ve yöntemler için veritabanında arama yapın. Sonuç tablosu yüklendikten sonra, verileri belirli alanlara göre filtrelemek için her sütunun üst kısmındaki giriş alanlarını kullanın. Kütle spektrumu araması yapmak için, hedef madde için Dalton cinsinden bir kütle aralığı ve Dalton veya milyonda parça cinsinden bir hata payı girin. Tepe benzerliği için pencere değerini 0,05 Dalton olarak ayarlayın. Gaz kromatografisi-kütle spektrometrisi veya sıvı kromatografisi-kütle spektrometrisi gibi bir metodoloji seçin. Kütle spektrumunu kütle-yük ve yoğunluk çiftlerinin bir listesi olarak girin. Tüm alanları doldurduktan sonra, kullanıcı tarafından sağlanan spektruma dayalı olarak veritabanından kütle spektrumu eşleşmelerinin bir listesini almak için Ara düğmesine tıklayın. Spektral görüntü için ortaya çıkan tabloda bir satır seçin. Şimdi, işlevsel kullanım sınıflandırmasını görselleştirmek için, işlevsel kullanım sınıfları listesinde arama yapmak üzere Sınıfları Ara alanını kullanın. Grafikte ilgili düğümü vurgulamak için listedeki bir sınıf adının üzerine gelin. Grafiği doğrudan keşfediyorsanız, sınıfın kısa bir açıklamasını görüntülemek için bir düğümün üzerine gelin ve bu düğüm için doğrudan üst veya alt sınıfları vurgulayın. Kil, balçık ve kumlu balçık gibi etiketli bölgelere sahip kil, silt ve kum oranlarına göre doku türlerini sınıflandıran üçlü bir toprak grafiği burada sunulmaktadır. Bu sınıflandırma aracı, AMOS kullanıcılarının toprak dokusu türlerini ilgili bilgi formlarına, analitik yöntemlere ve deneysel spektrumlara bağlamasına olanak tanıyarak, bileşim verilerinden fonksiyonel sınıflandırmalara dayalı hedeflenen madde aramalarına kadar verimli iş akışlarını kolaylaştırdı.