Name: Tek Hücreli Kütle Spektrometresi Metabolomik Çalışmaları için Numune Hazırlama: Kombine Hücre Yıkama, Söndürme, Kurutma ve Depolama (Video) | JoVE Journal
Uploaded: 2025-09-16T14:00:00.000+00:00
Duration: 8 min 7 s
Description: Keşfedin tek hücreli metabolomik çalışmalar için hücre yıkama, söndürme ve depolama protokollerini. Sıvı azot kullanımı metabolit profillerinin korunmasını sağlar ve kütlesel spektrometri analizlerinin doğruluğunu artırır.

ai_agent_IP

ai_agent

maintenance

instantTrialDurationMinutes

isBiopharma

enableNewMyJoveSectionDesign

educationFeatures

seoMetaApi

ai_copilot_institution_blacklist

ai_chat_institution_blacklist

freeAccessWindow

ssoRoleCapture

scheduledMaintenanceBanner

joveLabsFeatures

disable_autoplay_for_bots

extended_trial_duration

5 minutes

<table><tbody><tr><td>-80 &derece; C dondurucu</td><td>Eppendorf Yeni Brunswick</td><td>U700 Serisi</td><td>Numune hazırlama </td></tr><tr><td>Asetontrile</td><td>ThermoFisher Bilimsel</td><td>240744</td><td>SCMS deney kurulumu</td></tr><tr><td>Amonyum formatı </td><td>ThermoFisher Bilimsel</td><td>401152500</td><td>Numune hazırlama </td></tr><tr><td>Lamel 18 mm</td><td>VMR mikro kapak camı</td><td>48380046</td><td>Hücre kültürü </td></tr><tr><td>Dijital stereomikroskop</td><td>Shenzhen D& F Şirketi</td><td>Süper gözler T004</td><td>Analiz</td></tr><tr><td>Çift delikli kuvars boru, 1.120"x0.005"x12"</td><td>Friedrich & Dimmock, Inc.</td><td>MBT-005-020-2Ç</td><td>Tek problu üretim</td></tr><tr><td>Epoksi reçine</td><td>Devcon</td><td>Parça No. 20945</td><td>Tek problu üretim</td></tr><tr><td>Formik asit</td><td>Ward'ın Bilimi </td><td>470301-120 500 mL</td><td>SCMS deney kurulumu</td></tr><tr><td>Füzyon silika kapiler, ID: 40 &micro; m, OD: 100 &mikro; m</td><td>Polimikro Teknolojiler</td><td>TSP040105</td><td>Tek problu üretim</td></tr><tr><td>Erimiş silika kapiler, ID: 50 &micro; m, OD: 150 &mikro; m</td><td>Polimikro Teknolojiler</td><td>1068150015</td><td>SCMS deney kurulumu</td></tr><tr><td>Cam lameller, 18 mm</td><td>VWR </td><td>48380046</td><td>Hücre kültürü</td></tr><tr><td>HyClone Sentetik serum (FBS)</td><td>Hidrolik klon</td><td>SH3006603</td><td>Hücre kültürü</td></tr><tr><td>Kuvöz </td><td>HeraCell (Heraeus)</td><td></td><td>Hücre kültürü </td></tr><tr><td>Lazer çektirme</td><td>Sutter Enstrüman A.Ş.</td><td>P-2000 Modeli</td><td>Tek problu üretim</td></tr><tr><td>LED UV lambası</td><td>Foshan Liang Ya Diş Ekipmanları</td><td>LY-C240 Serisi</td><td>Tek problu üretim</td></tr><tr><td>McCoy'un 5A'sı </td><td>Gibco </td><td>2537128</td><td>Hücre kültürü </td></tr><tr><td>Mikro birlik</td><td>IDEX Sağlık & Bilim LLC</td><td>M-539 Serisi</td><td>SCMS deney kurulumu</td></tr><tr><td>Değiştirilmiş FAIMS pro arayüzü </td><td>Termo Balıkçı </td><td>98100-20046</td><td>Analiz </td></tr><tr><td>MycoAlert PLUS Mikoplazma Tespit Kiti</td><td>Lonza</td><td>LT07-703 Serisi</td><td>Hücre kültürü</td></tr><tr><td>Optik kart </td><td>Thorlabs A.Ş., Newton</td><td></td><td>Analiz </td></tr><tr><td>Optima LC/MS sınıfı su (Fisher Chemical, ABD)</td><td>ThermoFisher Bilimsel</td><td>W6500 Serisi</td><td>Numune hazırlama </td></tr><tr><td>Orbitrap Exploris 240 kütle spektrometresi </td><td>ThermoFisher Bilimsel</td><td></td><td>SCMS deney kurulumu</td></tr><tr><td>Penisilin/Streptomisin</td><td>Gibco</td><td>15140-122</td><td>Hücre kültürü</td></tr><tr><td>Fosfat Tamponlu Salin (PBS)</td><td>VWR</td><td>0780-50L</td><td>Hücre kültürü</td></tr><tr><td>SpeedVac Konsantratörü (Savant)</td><td>ThermoFisher Bilimsel</td><td> SPD111 V</td><td>Numune hazırlama </td></tr><tr><td>Şırınga Pompası (SKE10)</td><td>Chemyx Inc.</td><td>80561</td><td>SCMS deney kurulumu</td></tr><tr><td>Şırınga, 250 &mikro; L</td><td>Hamilton</td><td>1725LTN250UL</td><td>SCMS deney kurulumu</td></tr><tr><td>TC20 Otomatik Hücre Sayacı</td><td>Bio-Rad Laboratuvarları </td><td>1450102EDU</td><td>Hücre sayısı</td></tr><tr><td>Doku Kültürü Kabı, 100mm</td><td>Fisher bilimsel </td><td>FB012924</td><td>Hücre kültürü </td></tr><tr><td>Tripsin-EDTA</td><td>ThermoFisher Bilimsel</td><td>25200-072</td><td>Hücre kültürü</td></tr><tr><td>USB dijital mikroskop ("Scorpio" 500 Zoom)</td><td>Chinavasion, Toptan Satış Ltd.</td><td></td><td>Analiz </td></tr><tr><td>UV kürleme reçinesi</td><td>Prime Diş</td><td>Ürün No. 006.030</td><td>Tek problu üretim</td></tr><tr><td>Xcalibur yazılımı</td><td>ThermoFisher Bilimsel</td><td></td><td></td></tr><tr><td>XYZ aşaması (CONEX-MFACC)</td><td>Newport Şirketi</td><td></td><td>Analiz </td></tr></tbody></table>

tek hücreli kütle spektrometresi metabolomik Çalışmaları için numune hazırlama: kombine hücre yıkama, söndürme, kurutma ve depolama

Sample Preparation for Single Cell Mass Spectrometry Metabolomics Studies: Combined Cell Washing, Quenching, Drying, and Storage

Bu rapor, hücre yıkama, hızlı hücre söndürme, vakumla kurutma ve -80 °C'de depolamayı entegre eden bir metodolojiyi açıklamaktadır (Şekil 1). Spesifik olarak, bu yaklaşım, SCMS analizinden önce hücrelerin metabolomik durumunu korumak için tasarlanmıştır. Bu protokolün etkinliği, hücrelerin iki farklı koşul altında hazırlanmasıyla test edildi: taze söndürülmüş ve kurutulmuş hücreler (Grup 1, kontrol görevi görür) ve söndürülmüş, kurutulmuş ve -80 °C'de depolanmış hücreler (Grup 2). Her grup, hem pozitif hem de negatif iyon modlarında Tek problu SCMS yöntemi kullanılarak analiz edildi. Gruplar arasında metabolomik profillerdeki farklılıkları değerlendirmek için Temel Bileşen Analizi (PCA) ve ısı haritası görselleştirmesi kullanıldı.
Pozitif iyon modundaki PCA sonuçları (Şekil 2A), Grup 1 ve Grup 2'nin benzer genel metabolit profillerine sahip olduğunu ortaya koymuştur. Grup 1 ve Grup 2'nin neredeyse aynı profilleri, hücreler kurutulmadan önce uygun şekilde söndürülürse, 48 saat boyunca -80 °C'de depolamanın metabolomu önemli ölçüde değiştirmediğini göstermektedir. Negatif iyon modunda (Şekil 2B), karşılaştırılabilir bir model gözlenir, ancak Grup 2 biraz daha belirgin görünmektedir - potansiyel olarak spesifik metabolit sınıfları arasındaki iyonizasyon farklılıkları nedeniyle, örneğin, fosfatidilkolinler pozitif modda daha iyi tespit edilirken, yağ asitleri negatif modda daha verimli bir şekilde iyonlaşır60. Bu varyasyona rağmen, her iki modda da Grup 1 ve 2 arasındaki tutarlı kümeleme, entegre söndürme-kurutma-depolama protokolünün metabolik bütünlüğü koruduğu sonucunu desteklemektedir.
Isı haritası analizi, iki gruptaki ilk 100 metabolitin nispi bolluğunu göstererek PCA bulgularını daha da doğruladı. Şekil 3'te gösterildiği gibi, ilk 100 metabolit, her iki iyon modunda da Grup 1 ve Grup 2 arasında oldukça tutarlı bolluk modelleri sergiler. Birkaç metabolit kümesindeki küçük varyasyonlar iyonizasyon verimliliği veya metabolit stabilitesindeki farklılıkları yansıtabilse de, büyük kaymalar veya gruba özgü kümelenme gözlenmez. Bu sonuçlar toplu olarak, söndürme-kurutma-depolama iş akışının hücresel metabolomik profilleri yüksek doğrulukla koruduğunu ve bu da onu ortam SCMS uygulamaları için çok uygun hale getirdiğini göstermektedir.
<img alt="Figure 1" class="xfigimg" src="/files/ftp_upload/68995/68995fig1.jpg"> 
Şekil 1: LN2 söndürmenin ve -80 °C'de 48 saatlik depolamanın tek hücrelerdeki metabolit profillerini nasıl etkilediğini araştıran tek hücreli kütle spektrometrisi (SCMS) analizi için genel iş akışı. (A) Hücreler, amonyum formatlı (AF) çözelti kullanılarak tohumlandı, inkübe edildi ve durulandı. (B) İki hücre grubu hazırlandı - Grup 1: hücreler yıkandı, söndürüldü ve depolanmadan anında SCMS deneyleri için dondurularak kurutuldu; Grup 2: hücreler yıkandı, söndürüldü, dondurularak kurutuldu ve -80 ° C'de saklandı. <a href="https://www.jove.com/files/ftp_upload/68995/68995fig1large.jpg" target="_blank">Bu rakamın daha büyük bir sürümünü görüntülemek için lütfen buraya tıklayın.</a>
<img alt="Figure 2" class="xfigimg" src="/files/ftp_upload/68995/68995fig2.jpg"> 
Şekil 2: (A) pozitif iyon modunda ve (B) negatif iyon modunda deney gruplarındaki HCT-116 hücrelerinden SCMS verilerinin Temel Bileşen Analizi (PCA). <a href="https://www.jove.com/files/ftp_upload/68995/68995fig2large.jpg" target="_blank">Bu rakamın daha büyük bir sürümünü görüntülemek için lütfen buraya tıklayın.</a>
<img alt="Figure 3" class="xfigimg" src="/files/ftp_upload/68995/68995fig3.jpg"> 
Şekil 3: Çeşitli koşullar altında hazırlanan tek HCT-116 hücrelerinde tespit edilen ilk 100 metabolitin nispi seviyelerini gösteren, (A) pozitif iyon modu ve (B) negatif iyon modu için sunulan ısı haritaları. <a href="https://www.jove.com/files/ftp_upload/68995/68995fig3large.jpg" target="_blank">Bu rakamın daha büyük bir sürümünü görüntülemek için lütfen buraya tıklayın.</a>

Tek Hücreli Kütle Spektrometresi Metabolomik Çalışmaları için Numune Hazırlama: Kombine Hücre Yıkama, Söndürme, Kurutma ve Depolama

Single-cell mass spectrometry (SCMS) has become an indispensable tool for studying cellular metabolism. Owing to advancements in modern mass spectrometry ...

sample-preparation-for-single-cell-mass-spectrometry-metabolomics

Research

JoVE Journal

Chemistry

Kimya

Bu videoda, metabolit profili oluşturma için meme kanseri hücresi örneklerinin hazırlanmasına yönelik bir teknik açıklanmaktadır. Meme kanseri hücreleri, östrojen reseptörü alfa'ya bağlanan ve metabolit bileşiminde değişikliğe neden olan estradiol ile tedavi edilir.

Metabolomik için Numune Hazırlama: Metabolit Profili Oluşturma için Hücre Numuneleri Hazırlama Yöntemi

Hedefsiz metabolomik bir metabolik profili anlık üreten bir hipotez sağlar. Bu protokol, serum hücreler veya doku metabolitlerinin çıkarma ve analiz gösterecektir. Metabolitleri bir dizi sıvı-sıvı faz ekstraksiyon kullanılarak anket vardır, Mikrosirkülasyon Ultra Performanslı sıvı kromatografisi / diferansiyel analiz yazılımı için birleştiğinde yüksek çözünürlüklü kütle spektrometresi (UPLC-HRMS).

Ultra Performanslı Sıvı Kromatografi-Yüksek Çözünürlüklü Kütle Spektrometre (UPLC-HRMS) kullanarak Biyolojik Kaynaklar gelen hedefsiz Metabolomik

Metabolit profil sağlık ve hastalık metabolizmanın çalışmasında değerli bir varlık olmuştur. Polarizasyon değiştirmesi ve hızlı görev döngüsü ile yüksek çözünürlüklü kütle spektrometresi birleştiğinde normal aşamalı sıvı kromatografisi kullanarak, yüksek hassasiyet, doğruluk ve çözünürlük ile biyolojik madde polar metabolik bileşimini analiz etmek için bir protokol açıklar.

Hassas, Büyük Ölçekli Kantitatif metabolomik için bir strateji

Bu makale, kütle sitometrisi analizi için örneklerin toplanmasını ve işlenmesini açıklamaktadır.

Kütle Sitometri Analizi için Numune Hazırlama

Bu makale, kararlı izotop izleme, belirli hücre tiplerini izole etmek için hücre sıralama ve kütle spektrometresinin bir kombinasyonunu kullanarak, birden fazla hücre tipinden oluşan karmaşık topluluklarda hücresel metabolizmayı incelemek için bir yöntemi açıklar.

Kararlı İzotop izlemeyi kullanma Kompleks Hücre Toplulukları Sıralama alt popülasyonlar Metabolizma Ölçme Bir Yöntem

Bu makalenin amacı, metabolomik analiz için kültürlü yapışan hücrelerden sulu metabolitlerin çıkarılması için bir protokol açıklamak için, özellikle, kapiller Elektroforez-kütle spektrometresi.

Kılcal Elektroforez-kütle spektrometresi tarafından metabolomik analiz için kültürlü yapışan hücrelerden sulu metabolitlerin çıkarılması

Saccharomyces cerevisiaemayasında suda çözünen metabolitlerin ana sınıflarının tanımlanması ve nicelliği için bir protokol sunuyoruz. Açıklanan yöntem çok yönlü, sağlam ve hassastır. Suda çözünür metabolitlerin yapısal izomerlerinin ve stereoisomerik formlarının birbirinden ayrılmasına izin verir.

Sıvı KromatografiSi Kullanan Saccharomyces Cerevisiae'nin Nicel Metabolomikleri Tandem Kütle Spektrometresi ile Birleştiğinde

Sfengolipidler, insan hastalıklarında iyi bilinen rollere sahip biyoaktif metabolitlerdir. Kütle spektrometresi ile dokulardaki değişikliklerin karakterize edilmesi, hastalık etiyolojisindeki rolleri ortaya çıkarabilir veya terapötik hedefleri tanımlayabilir. Bununla birlikte, biyodepolarda kriyoprezervasyon için kullanılan OCT bileşiği, kütle spektrometrisine müdahale eder. OCT'ye gömülü insan dokularındaki sfingolipidleri LC-ESI-MS / MS ile analiz etme yöntemlerini özetliyoruz.

Kütle Spektrometrisi Analizi için Optimum Kesme Sıcaklığı Bileşiğine Gömülü İnsan Dokularının Hazırlanması

Bu protokolde, birçok numunenin verimli ve hızlı bir şekilde numune hazırlamasını birleştiren optimize edilmiş bir iş akışı sunuyoruz. Ek olarak, metabolik GWAS çalışmalarının yüksek verimli değerlendirilmesi için analitik varyasyonları azaltmak için adım adım bir kılavuz sunuyoruz.

Büyük Ölçekli Multi-omik Genom Çapında İlişkilendirme Çalışmaları (Mo-GWAS): Numune Hazırlama ve Normalleştirme Kılavuzları

Burada, omurgalı Xenopus laevis embriyosunda bilinen doku kaderlerine sahip hücre soylarının kütle spektrometrisine dayalı proteomik karakterizasyonu açıklanmaktadır.

Gelişmekte Olan (Kurbağa) Embriyoda Hücre-Soy Kılavuzlu Kütle Spektrometrisi Proteomikleri

Bu protokolde, memeli hücrelerinin, hem manuel hem de otomatik pipetleme seçenekleriyle, ticari olarak temin edilebilen reaktifler ve ekipmanlar kullanılarak kütle spektrometresi yoluyla tek hücreli proteomik analiz için nasıl hazırlanacağını açıklıyoruz.

Dondurarak Isı Lizisi ve İzobarik Taşıyıcı Kullanarak Kütle Spektrometresi Analizi için Tek Hücreli Proteomik Hazırlık

Keşfedin tek hücreli metabolomik çalışmalar için hücre yıkama, söndürme ve depolama protokollerini. Sıvı azot kullanımı metabolit profillerinin korunmasını sağlar ve kütlesel spektrometri analizlerinin doğruluğunu artırır.

Tek Hücreli Kütle Spektrometresi Metabolomik Çalışmaları için Numune Hazırlama: Kombine Hücre Yıkama, Söndürme, Kurutma ve Depolama (Video) | JoVE Journal

Tek Hücreli Kütle Spektrometresi Metabolomik Çalışmaları için Numune Hazırlama: Kombine Hücre Yıkama, Söndürme, Kurutma ve Depolama

Daha fazla video keşfet