Name: SegElegans Kullanarak C. elegans Floresan Görüntülerinin Otomatik Analizi (Video) | JoVE Journal
Uploaded: 2025-10-10T14:05:00.000+00:00
Duration: 6 min 27 s
Description: Keşfedin SegElegans ile C. elegans floresan görüntülerinin otomatik analizini. Derin öğrenme tabanlı bu sistem, segmentasyon süresini 245 saniyeden 60 saniyenin altına düşürerek %93'ün üzerinde doğruluk sağlar.

ai_agent_IP

ai_agent

maintenance

instantTrialDurationMinutes

isBiopharma

enableNewMyJoveSectionDesign

educationFeatures

seoMetaApi

ai_copilot_institution_blacklist

ai_chat_institution_blacklist

freeAccessWindow

ssoRoleCapture

scheduledMaintenanceBanner

joveLabsFeatures

disable_autoplay_for_bots

extended_trial_duration

5 minutes

<ol><li>Kaletta, T., Hengartner, M. O. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Finding+function+in+novel+targets%3A+C.+elegans+as+a+model+organism%5BTitle%5D)+AND+%22Nat+Rev+Drug+Discov%22%5BJournal%5D)">Finding function in novel targets: C. elegans as a model organism.</a> Nat Rev Drug Discov. 5 (5), 387-398 (2006).</li>
<li>Markaki, M., Tavernarakis, N. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Caenorhabditis+elegans+as+a+model+system+for+human+diseases%5BTitle%5D)+AND+%22Curr+Opin+Biotechnol%22%5BJournal%5D)">Caenorhabditis elegans as a model system for human diseases.</a> Curr Opin Biotechnol. 63, 118-125 (2020).</li>
<li>Zuryn, S. C. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((elegans+as+a+model+for+health+and+disease%5BTitle%5D)+AND+%22Semin+Cell+Dev+Biol%22%5BJournal%5D)">elegans as a model for health and disease.</a> Semin Cell Dev Biol. 154 (Pt A), 1-3 (2024).</li>
<li>Corsi, A. K., Wightman, B., Chalfie, M. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((A+transparent+window+into+biology%3A+A+primer+on+Caenorhabditis+elegans%5BTitle%5D)+AND+%22WormBook%22%5BJournal%5D)">A transparent window into biology: A primer on Caenorhabditis elegans.</a> WormBook. , 1-31 (2015).</li>
<li>Kerr, R. A. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Imaging+the+activity+of+neurons+and+muscles%5BTitle%5D)+AND+%22WormBook%22%5BJournal%5D)">Imaging the activity of neurons and muscles.</a> WormBook. , 1-13 (2006).</li>
<li>Feinberg, E. H., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((GFP+reconstitution+across+synaptic+partners+%28GRASP%29+defines+cell+contacts+and+synapses+in+living+nervous+systems%5BTitle%5D)+AND+%22Neuron%22%5BJournal%5D)">GFP reconstitution across synaptic partners (GRASP) defines cell contacts and synapses in living nervous systems.</a> Neuron. 57 (3), 353-363 (2008).</li>
<li>Hammarlund, M., Jin, Y. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Axon+regeneration+in+C.+elegans%5BTitle%5D)+AND+%22Curr+Opin+Neurobiol%22%5BJournal%5D)">Axon regeneration in C. elegans.</a> Curr Opin Neurobiol. 27, 199-207 (2014).</li>
<li>Daniele, J. R., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((UPR%28ER%29+promotes+lipophagy+independent+of+chaperones+to+extend+life+span%5BTitle%5D)+AND+%22Sci+Adv%22%5BJournal%5D)">UPR(ER) promotes lipophagy independent of chaperones to extend life span.</a> Sci Adv. 6 (1), eaaz1441(2020).</li>
<li>Yemini, E., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((NeuroPAL%3A+A+multicolor+atlas+for+whole-brain+neuronal+identification+in+C.+elegans%5BTitle%5D)+AND+%22Cell%22%5BJournal%5D)">NeuroPAL: A multicolor atlas for whole-brain neuronal identification in C. elegans.</a> Cell. 184 (1), 272-288.e11 (2021).</li>
<li>Sinnige, T., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Kinetic+analysis+reveals+that+independent+nucleation+events+determine+the+progression+of+polyglutamine+aggregation+in+C.+elegans%5BTitle%5D)+AND+%22Proc+Natl+Acad+Sci+U+S+A%22%5BJournal%5D)">Kinetic analysis reveals that independent nucleation events determine the progression of polyglutamine aggregation in C. elegans.</a> Proc Natl Acad Sci U S A. 118 (11), e2021888118(2021).</li>
<li>Gkikas, I., Daskalaki, I., Kounakis, K., Tavernarakis, N., Lionaki, E. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((MitoSNARE+assembly+and+disassembly+factors+regulate+basal+autophagy+and+aging+in+C.+elegans%5BTitle%5D)+AND+%22Int+J+Mol+Sci%22%5BJournal%5D)">MitoSNARE assembly and disassembly factors regulate basal autophagy and aging in C. elegans.</a> Int J Mol Sci. 24 (4), 4230(2023).</li>
<li>Kutscher, L. M., Shaham, S. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Forward+and+reverse+mutagenesis+in+C.+elegans%5BTitle%5D)+AND+%22WormBook%22%5BJournal%5D)">Forward and reverse mutagenesis in C. elegans.</a> WormBook. , 1-26 (2014).</li>
<li>Praitis, V., Maduro, M. F. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Transgenesis+in+C.+elegans%5BTitle%5D)+AND+%22Methods+Cell+Biol%22%5BJournal%5D)">Transgenesis in C. elegans.</a> Methods Cell Biol. 106, 161-185 (2011).</li>
<li>Kim, H. M., Colaiacovo, M. P. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((CRISPR-Cas9-guided+genome+engineering+in+Caenorhabditis+elegans%5BTitle%5D)+AND+%22Curr+Protoc+Mol+Biol%22%5BJournal%5D)">CRISPR-Cas9-guided genome engineering in Caenorhabditis elegans.</a> Curr Protoc Mol Biol. 129 (1), e106(2019).</li>
<li>Kamath, R. S., Ahringer, J. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Genome-wide+RNAi+screening+in+Caenorhabditis+elegans%5BTitle%5D)+AND+%22Methods%22%5BJournal%5D)">Genome-wide RNAi screening in Caenorhabditis elegans.</a> Methods. 30 (4), 313-321 (2003).</li>
<li>Lai, C. H., Chou, C. Y., Ch'ang, L. Y., Liu, C. S., Lin, W. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Identification+of+novel+human+genes+evolutionarily+conserved+in+Caenorhabditis+elegans+by+comparative+proteomics%5BTitle%5D)+AND+%22Genome+Res%22%5BJournal%5D)">Identification of novel human genes evolutionarily conserved in Caenorhabditis elegans by comparative proteomics.</a> Genome Res. 10 (5), 703-713 (2000).</li>
<li>Kuwabara, P. E., O'Neil, N. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((The+use+of+functional+genomics+in+C.+elegans+for+studying+human+development+and+disease%5BTitle%5D)+AND+%22J+Inherit+Metab+Dis%22%5BJournal%5D)">The use of functional genomics in C. elegans for studying human development and disease.</a> J Inherit Metab Dis. 24 (2), 127-138 (2001).</li>
<li>Ranganathan, R., Sawin, E. R., Trent, C., Horvitz, H. R. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Mutations+in+the+Caenorhabditis+elegans+serotonin+reuptake+transporter+MOD-5+reveal+serotonin-dependent+and+-independent+activities+of+fluoxetine%5BTitle%5D)+AND+%22J+Neurosci%22%5BJournal%5D)">Mutations in the Caenorhabditis elegans serotonin reuptake transporter MOD-5 reveal serotonin-dependent and -independent activities of fluoxetine.</a> J Neurosci. 21 (16), 5871-5884 (2001).</li>
<li>Lackner, M. R., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Chemical+genetics+identifies+Rab+geranylgeranyl+transferase+as+an+apoptotic+target+of+farnesyl+transferase+inhibitors%5BTitle%5D)+AND+%22Cancer+Cell%22%5BJournal%5D)">Chemical genetics identifies Rab geranylgeranyl transferase as an apoptotic target of farnesyl transferase inhibitors.</a> Cancer Cell. 7 (4), 325-336 (2005).</li>
<li>Yoon, S., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Microfluidics+in+high-throughput+drug+screening%3A+Organ-on-a-chip+and+C.+elegans-based+innovations%5BTitle%5D)+AND+%22Biosensors+%28Basel%29%22%5BJournal%5D)">Microfluidics in high-throughput drug screening: Organ-on-a-chip and C. elegans-based innovations.</a> Biosensors (Basel). 14 (1), 55(2024).</li>
<li>Schindelin, J., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Fiji%3A+An+open-source+platform+for+biological-image+analysis%5BTitle%5D)+AND+%22Nat+Methods%22%5BJournal%5D)">Fiji: An open-source platform for biological-image analysis.</a> Nat Methods. 9 (7), 676-682 (2012).</li>
<li>Schindelin, J., Rueden, C. T., Hiner, M. C., Eliceiri, K. W. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((The+ImageJ+ecosystem%3A+An+open+platform+for+biomedical+image+analysis%5BTitle%5D)+AND+%22Mol+Reprod+Dev%22%5BJournal%5D)">The ImageJ ecosystem: An open platform for biomedical image analysis.</a> Mol Reprod Dev. 82 (7-8), 518-529 (2015).</li>
<li>Rueden, C. T., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((ImageJ2%3A+ImageJ+for+the+next+generation+of+scientific+image+data%5BTitle%5D)+AND+%22BMC+Bioinformatics%22%5BJournal%5D)">ImageJ2: ImageJ for the next generation of scientific image data.</a> BMC Bioinformatics. 18 (1), 529(2017).</li>
<li>Valente, A. J., Maddalena, L. A., Robb, E. L., Moradi, F., Stuart, J. A. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((A+simple+ImageJ+macro+tool+for+analyzing+mitochondrial+network+morphology+in+mammalian+cell+culture%5BTitle%5D)+AND+%22Acta+Histochem%22%5BJournal%5D)">A simple ImageJ macro tool for analyzing mitochondrial network morphology in mammalian cell culture.</a> Acta Histochem. 119 (3), 315-326 (2017).</li>
<li>Ramki, K., Thiruppathi, G., Ramasamy, S. K., Sundararaj, P., Sakthivel, P. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((An+aggregation-induced+emission-based+ratiometric+fluorescent+chemosensor+for+Hg%28II%29+and+its+application+in+Caenorhabditis+elegans+imaging%5BTitle%5D)+AND+%22Methods%22%5BJournal%5D)">An aggregation-induced emission-based ratiometric fluorescent chemosensor for Hg(II) and its application in Caenorhabditis elegans imaging.</a> Methods. 221, 1-11 (2024).</li>
<li>Boulin, T., Etchberger, J. F., Hobert, O. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Reporter+gene+fusions%5BTitle%5D)+AND+%22WormBook%22%5BJournal%5D)">Reporter gene fusions.</a> WormBook. , 1-23 (2006).</li>
<li>Braeckman, B. P., Smolders, A., Back, P., De Henau, S. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((In+vivo+detection+of+reactive+oxygen+species+and+redox+status+in+Caenorhabditis+elegans%5BTitle%5D)+AND+%22Antioxid+Redox+Signal%22%5BJournal%5D)">In vivo detection of reactive oxygen species and redox status in Caenorhabditis elegans.</a> Antioxid Redox Signal. 25 (10), 577-592 (2016).</li>
<li>He, K., Gkioxari, G., Dollár, P., Girshick, R. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Mask+R-CNN%5BTitle%5D)+AND+%22arXiv%22%5BJournal%5D)">Mask R-CNN.</a> arXiv. , (2017).</li>
<li>Ronneberger, O., Fischer, P., Brox, T. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((U-Net%3A+Convolutional+networks+for+biomedical+image+segmentation%5BTitle%5D)+AND+%22arXiv%22%5BJournal%5D)">U-Net: Convolutional networks for biomedical image segmentation.</a> arXiv. , (2015).</li>
<li>Exploring deep learning architectures in NAECON 2018. Proc IEEE NAECON. Alom, M. Z., Yakopcic, C., Taha, T. M., Asari, V. K. IEEE National Aerospace and Electronics Conference, , 228-233 (2018).</li>
<li>Micallef, N., Seychell, D., Bajada, C. J. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Exploring+the+U-Net%2B%2B+model+for+automatic+brain+tumor+segmentation%5BTitle%5D)+AND+%22IEEE+Access%22%5BJournal%5D)">Exploring the U-Net++ model for automatic brain tumor segmentation.</a> IEEE Access. 9, 125523-125539 (2021).</li>
<li>Plebani, E., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((High-throughput+segmentation+of+unmyelinated+axons+by+deep+learning%5BTitle%5D)+AND+%22Sci+Rep%22%5BJournal%5D)">High-throughput segmentation of unmyelinated axons by deep learning.</a> Sci Rep. 12 (1), 1198(2022).</li>
<li>Fudickar, S., Nustede, E. J., Dreyer, E., Bornhorst, J. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Mask+R-CNN+based+C.+elegans+detection+with+a+DIY+microscope%5BTitle%5D)+AND+%22Biosensors+%28Basel%29%22%5BJournal%5D)">Mask R-CNN based C. elegans detection with a DIY microscope.</a> Biosensors (Basel). 11 (8), 257(2021).</li>
<li>Lalit, M., Tomancak, P., Jug, F. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((EmbedSeg%3A+Embedding-based+instance+segmentation+for+biomedical+microscopy+data%5BTitle%5D)+AND+%22Med+Image+Anal%22%5BJournal%5D)">EmbedSeg: Embedding-based instance segmentation for biomedical microscopy data.</a> Med Image Anal. 81, 102523(2022).</li>
<li>Layana Castro, P. E., Garvi, A. G., Sanchez-Salmeron, A. J. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Automatic+segmentation+of+Caenorhabditis+elegans+skeletons+in+worm+aggregations+using+improved+U-Net+in+low-resolution+image+sequences%5BTitle%5D)+AND+%22Heliyon%22%5BJournal%5D)">Automatic segmentation of Caenorhabditis elegans skeletons in worm aggregations using improved U-Net in low-resolution image sequences.</a> Heliyon. 9 (4), e14715(2023).</li>
<li>A convolutional neural network model for worm imaging in 2020. Proc IEEE ISBI. Chen, L., et al. IEEE 17th International Symposium on Biomedical Imaging (ISBI), , 508-512 (2020).</li>
<li>Guan, G., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Cell+lineage-resolved+embryonic+morphological+map+reveals+signaling+associated+with+cell+fate+and+size+asymmetry%5BTitle%5D)+AND+%22Nat+Commun%22%5BJournal%5D)">Cell lineage-resolved embryonic morphological map reveals signaling associated with cell fate and size asymmetry.</a> Nat Commun. 16 (1), 3700(2025).</li>
<li>Cao, J., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Establishment+of+a+morphological+atlas+of+the+Caenorhabditis+elegans+embryo+using+deep-learning-based+4D+segmentation%5BTitle%5D)+AND+%22Nat+Commun%22%5BJournal%5D)">Establishment of a morphological atlas of the Caenorhabditis elegans embryo using deep-learning-based 4D segmentation.</a> Nat Commun. 11 (1), 6254(2020).</li>
<li>Zhao, C., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((EmbSAM%3A+Cell+boundary+localization+and+Segment+Anything+Model+for+fast+images+of+developing+embryos%5BTitle%5D)+AND+%22bioRxiv%22%5BJournal%5D)">EmbSAM: Cell boundary localization and Segment Anything Model for fast images of developing embryos.</a> bioRxiv. , (2024).</li>
<li>Castro, P. E. L., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((SegElegans%3A+Instance+segmentation+using+dual+convolutional+recurrent+neural+network+decoder+in+Caenorhabditis+elegans+microscopic+images%5BTitle%5D)+AND+%22Comput+Biol+Med%22%5BJournal%5D)">SegElegans: Instance segmentation using dual convolutional recurrent neural network decoder in Caenorhabditis elegans microscopic images.</a> Comput Biol Med. 190, 110012(2025).</li>
<li>Trebing, K., Stańczyk, T., Mehrkanoon, S. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((SmaAt-UNet%3A+Precipitation+nowcasting+using+a+small+attention-UNet+architecture%5BTitle%5D)+AND+%22Pattern+Recognit+Lett%22%5BJournal%5D)">SmaAt-UNet: Precipitation nowcasting using a small attention-UNet architecture.</a> Pattern Recognit Lett. 145, 178-186 (2021).</li>
<li>Woo, S., Park, J., Lee, J. Y., Kweon, I. S. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((CBAM%3A+Convolutional+block+attention+module%5BTitle%5D)+AND+%22arXiv%22%5BJournal%5D)">CBAM: Convolutional block attention module.</a> arXiv. , (2018).</li>
<li>Shi, X., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Convolutional+LSTM+network%3A+A+machine+learning+approach+for+precipitation+nowcasting%5BTitle%5D)+AND+%22arXiv%22%5BJournal%5D)">Convolutional LSTM network: A machine learning approach for precipitation nowcasting.</a> arXiv. , (2015).</li>
<li>Stuhr, N. L., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Rapid+lipid+quantification+in+Caenorhabditis+elegans+by+Oil+Red+O+and+Nile+Red+staining%5BTitle%5D)+AND+%22Bio+Protoc%22%5BJournal%5D)">Rapid lipid quantification in Caenorhabditis elegans by Oil Red O and Nile Red staining.</a> Bio Protoc. 12 (5), e4340(2022).</li>
<li>Kuzmic, M., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((In+situ+visualization+of+carbonylation+and+its+co-localization+with+proteins%2C+lipids%2C+DNA+and+RNA+in+Caenorhabditis+elegans%5BTitle%5D)+AND+%22Free+Radic+Biol+Med%22%5BJournal%5D)">In situ visualization of carbonylation and its co-localization with proteins, lipids, DNA and RNA in Caenorhabditis elegans.</a> Free Radic Biol Med. 101, 465-474 (2016).</li>
<li>Fang, E. F., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((In+vitro+and+in+vivo+detection+of+mitophagy+in+human+cells%2C+C.+elegans%2C+and+mice%5BTitle%5D)+AND+%22J+Vis+Exp%22%5BJournal%5D)">In vitro and in vivo detection of mitophagy in human cells, C. elegans, and mice.</a> J Vis Exp. (129), e56301(2017).</li>
</ol>

<table><tbody><tr><td>İnternet erişimi olan bilgisayar (örneğin: Dell Vostro Desktop)</td><td>Birkaç şirket (örneğin Dell)</td><td>&nbsp;-</td><td>Bu, SegElegans'ın önerildiği gibi bulut bilişim üzerinden çevrimiçi çalıştırılmasına ve ImageJ gibi görüntü analiz yazılımlarının kullanılmasına olanak tanıyacaktır.</td></tr><tr><td>En az 6 GB VRAM içeren CUDA uyumlu Grafik İşlemci Birimi (örneğin: MSI Geforce RTX&nbsp; RTX3050 Ventus 2X 6GB) (Isteğe bağlı)</td><td>NVIDIA + birkaç üretici (örneğin Micro Star International)</td><td>https://developer.nvidia.com/cuda-gpus</td><td>Bu, SegElegans'ı yerel bir makinede çevrimdışı çalıştırmanıza olanak tanır. CUDA uyumlu GPU yonga setleri burada bulunabilir: https://developer.nvidia.com/cuda-gpus VRAM, üreticinin çipsetin GPU'ya uygulanmasına bağlıdır. UYARI: Bulut bilişim versiyonunun elde ettiği performansa ayak uydurmak için minimum gereksinimi (16+ GB VRAM) çok aşan pahalı ve güçlü bir CUDA kartına ihtiyacınız olacak.</td></tr><tr><td>Epifloresans Mikroskobu (Invitrogen EVOS FL Auto 2)</td><td>ThermoFisher Scientific&nbsp;</td><td>AMAFD2000 örneğin</td><td>Neredeyse aynı anda hem parlak alandan hem de bir veya daha fazla floresan kanalından otomatik olarak görüntü alabilen bir sistem kullanmanızı öneriyoruz.</td></tr><tr><td>ImageJ (İsteğe Bağlı)</td><td>NIH</td><td>https://imagej.net/software/fiji/downloads</td><td>Fiji dağıtımını öneriyoruz, burada bulunabilir: https://imagej.net/software/fiji/downloads</td></tr><tr><td>NVIDIA GPU uyumluluğuna sahip PC (örneğin: Dell Vostro Desktop) (İsteğe bağlı)&nbsp;</td><td>Birkaç şirket (örneğin Dell)</td><td>&nbsp;-</td><td>Bu, SegElegans'ı yerel bir makinede çevrimdışı çalıştırmak için GPU ile birlikte gereklidir. Bir GPU, anakartta uygun PCI yuvaları, kartın sığması için yer ve yeterince güçlü bir güç kaynağı ile Windows uyumlu donanım gerektirir.</td></tr><tr><td>SegElegans</td><td>-</td><td>https://github.com/KonstantinosKounakis/SegElegansOnline/tree/v1.0&nbsp;</td><td>Tam talimatlar için el yazmasına bakınız.&nbsp;</td></tr></tbody></table>

segelegans kullanarak c. elegans floresan görüntülerinin otomatik analizi

Automated Analysis of C. elegans Fluorescence Images using SegElegans

SegElegans Kullanarak C. elegans Floresan Görüntülerinin Otomatik Analizi

Microscopy, particularly of the fluorescent kind, is a frequently used tool in C. elegans research. The analysis of data from microscopy experiments can, ...

automated-analysis-of-c-elegans-fluorescence-images-using-segelegans

Research

JoVE Journal

Biology

Biyoloji

Biz zebrafish transgenik embriyolar multiwell plakaları otomatik olarak görüntüleme ve analiz için bir sistem geliştirme raporu. Fibroblast Büyüme Faktörü muhabiri gen ekspresyonu üzerine küçük bir molekül, BCI, doza bağımlı etkileri ölçmek ve yüksek verimli zebrafish kimyasal ekranlar kurulması için teknoloji yeteneğini göstermektedir.

Zebrafish kimyasal ekranlar için otomatik görüntüleme ve analiz geliştirilmesi.

Görüntüleme C. elegans Embriyolar Epifluorescent Mikroskop ve Açık Kaynak Yazılım

Kavşaklarda bulunan kümelenmiş nörotransmitter reseptörlerinin bolluğu güçlü sinaptik gücü etkiler. Bu yöntem tek-sinaps çözünürlükte üç boyutlu olarak floresan etiketli nörotransmitter reseptörleri...

Içinde Synaptic florasan Otomatik Sayısallaştırma<em&gt; C. elegans</em

Biz kayıt ve sayısal bir video-hızı izleme mikroskop sistemi...

C. elegans Takip ve Davranış Ölçme

Bu videoda, bir arenada solucan hareketini kaydetmek için video ve izleme yazılımının kullanımı açıklanmaktadır. Örnek protokol, etanol maruziyetinin solucan hareketi üzerindeki etkisini ölçer.

C. elegans Hareket İzleme: Solucanlarda Hareketi Değerlendirmek İçin Bir Yöntem

sıvı içinde nematod yüzme davranış bilgisayar tabanlı analiz için etkin ve basit bir yöntem tarif edilmektedir. Yöntem C. elegans laboratuarlar için hiçbir yatırım çok az gerektirir. kullanılan donanım standart ve davranışsal analizi (Celest) için bilgisayar yazılımı açık kaynak kodlu bir tanesidir.

ve Otomatik Analizi<em&gt; C. elegans</emCelest Yazılım Kullanma&gt; Deniz Davranışı

Burada, bir çerçeve geniş menzilli diyet kısıtlaması gen ekspresyonu ve ömrü ile ilgili mevcut. Biz iletişim kuralları bu paradigma altında gen ekspresyonu kantitatif görüntüleme ve geniş menzilli diyet kısıtlaması için açıklar. Daha fazla bilgi işleme özellikleri genetik devrelerin temel gıda algılamalı içinde söz konusu ortaya çıkarmak için hesaplama analizleri anahat.

C. elegans gen ifade seviyeleri sırasında ömrü modülasyon altında geniş menzilli diyet kısıtlama tarafından kodlanmış bilginin bir miktar

Burada, nörogelişme sırasında tek hücreli dinamikleri anlamak için C. elegans embriyoları yaşayan yüksek çözünürlüklü mikroskobik, Hesaplamalı araçlar ve tek hücreli etiketleme kullanarak bir Kombinatoryal yaklaşım sunuyoruz.

İzotropik hafif levha mikroskobu ve otomatik hücre Lineage analizleri kataloğa Caenorhabditis elegans Embriyogenesis Subcellular çözünürlük ile

Bu çalışmada, sinaptik boyut ve lokalizasyon, kas Morfoloji ve marochondrial şekil nicel ölçümler serbestçe kullanılabilir görüntü işleme araçları kullanarak C. elegans özetliyor. Bu yaklaşım, C. elegans 'da gelecekteki çalışmaların, genetik mutasyonların bir sonucu olarak doku ve organel yapısal değişikliklerin kapsamını nicel olarak karşılaştırmasına olanak sağlar.

Caenorhabditis elegans hücresel yapıları ve organelle morfoloji eğitim için nicel yaklaşımlar

Bu çalışma, embriyogenezin 80-100 C.'de eşzamanlı 3Boyutlu hızlandırılmış görüntülemesine olanak tanıyan yarı-yüksek iş letme protokolünü açıklamaktadır. Ayrıca, veri çözümlemesi kolaylaştırmak için görüntü işleme ve görselleştirme araçları dahildir. Bu yöntemlerin özel muhabir suşları ile birleşimi embriyogenezin ayrıntılı olarak izlenmesini sağlar.

C. elegans Embriyonik Gelişimi Analiz Etmek Için Yarı-yüksek-throughput Görüntüleme Yöntemi ve Veri Görselleştirme Araç Seti

Worm-align/Worm_CP, Caenorhabditis elegans örneklerini düzeltmek ve hizalamak ve önceki eğitim adımlarına gerek kalmadan tüm solucan görüntü tabanlı tahlilleri yapmak için kullanılabilecek basit bir FIJI/CellProfiler iş akışıdır. Solucan hizalama/Worm_CP, canlı hayvanlarda ısı şokuna bağlı ekspresyonun veya sabit numunelerdeki lipid damlacıklarının ölçülebilirhale uyguladık.

Caenorhabditis elegans'tan Elde Edilen Floresan Görüntü Verilerinin Düzleştirilmesi ve Ölçülmesi Için Solucan Hizalama ve Worm_CP İki Açık Kaynak Boru Hattı

Keşfedin SegElegans ile C. elegans floresan görüntülerinin otomatik analizini. Derin öğrenme tabanlı bu sistem, segmentasyon süresini 245 saniyeden 60 saniyenin altına düşürerek %93'ün üzerinde doğruluk sağlar.

SegElegans Kullanarak C. elegans Floresan Görüntülerinin Otomatik Analizi

Daha fazla video keşfet