Name: SMAD2/SMURF2 modeli kullanılarak memeli hücre lizatlarında ubiquitinasyon tespiti için karşılaştırmalı stratejiler (Video) | JoVE Journal
Uploaded: 2026-04-17T14:05:00.000+00:00
Duration: 9 min
Description: Keşfedin, memeli hücrelerde ubiquitinasyon tespiti için buz banyosu ve ısıtma yöntemlerini karşılaştırın. SMURF2/SMAD2 modeliyle protein düzenlemesi çalışmalarınızda doğru lizis tekniğini seçin.

ai_agent_IP

ai_agent

maintenance

instantTrialDurationMinutes

isBiopharma

enableNewMyJoveSectionDesign

educationFeatures

seoMetaApi

ai_copilot_institution_blacklist

ai_chat_institution_blacklist

freeAccessWindow

ssoRoleCapture

scheduledMaintenanceBanner

joveLabsFeatures

disable_autoplay_for_bots

extended_trial_duration

5 minutes

<ol><li>Popovic, D., Vucic, D., Dikic, I. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Ubiquitination+in+disease+pathogenesis+and+treatment%5BTitle%5D)+AND+%22Nat+Med%22%5BJournal%5D)">Ubiquitination in disease pathogenesis and treatment.</a> Nat Med. 20 (11), 1242-1253 (2014).</li>
<li>Han, D., Wang, L., Jiang, S., Yang, Q. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((The+ubiquitin-proteasome+system+in+breast+cancer%5BTitle%5D)+AND+%22Trends+Mol+Med%22%5BJournal%5D)">The ubiquitin-proteasome system in breast cancer.</a> Trends Mol Med. 29 (8), 599-621 (2023).</li>
<li>Fulcher, L. J., Batley, C., Sobajima, T., Barr, F. A. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Time+as+a+danger+signal+promoting+G1+arrest+after+mitosis%5BTitle%5D)+AND+%22Trends+Cell+Biol%22%5BJournal%5D)">Time as a danger signal promoting G1 arrest after mitosis.</a> Trends Cell Biol. 36 (2), 142-153 (2025).</li>
<li>Gao, L., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((The+mechanism+of+linear+ubiquitination+in+regulating+cell+death+and+correlative+diseases%5BTitle%5D)+AND+%22Cell+Death+Dis%22%5BJournal%5D)">The mechanism of linear ubiquitination in regulating cell death and correlative diseases.</a> Cell Death Dis. 14 (10), 659(2023).</li>
<li>Serratore, V., Lucibello, M., Malanga, D., Viglietto, G., De Marco, C. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Akt+and+DUBs%3A+A+bidirectional+relationship%5BTitle%5D)+AND+%22Cell+Mol+Biol+Lett%22%5BJournal%5D)">Akt and DUBs: A bidirectional relationship.</a> Cell Mol Biol Lett. 30 (1), 77(2025).</li>
<li>Kwon, Y. T., Ciechanover, A. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((The+ubiquitin+code+in+the+ubiquitin-proteasome+system+and+autophagy%5BTitle%5D)+AND+%22Trends+Biochem+Sci%22%5BJournal%5D)">The ubiquitin code in the ubiquitin-proteasome system and autophagy.</a> Trends Biochem Sci. 42 (11), 873-886 (2017).</li>
<li>Liu, J. Z., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((BDH2+triggers+ROS-induced+cell+death+and+autophagy+by+promoting+NRF2+ubiquitination+in+gastric+cancer%5BTitle%5D)+AND+%22J+Exp+Clin+Cancer+Res%22%5BJournal%5D)">BDH2 triggers ROS-induced cell death and autophagy by promoting NRF2 ubiquitination in gastric cancer.</a> J Exp Clin Cancer Res. 39 (1), 123(2020).</li>
<li>Cappadocia, L., Lima, C. D. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Ubiquitin-like+protein+conjugation%3A+Structures%2C+chemistry%2C+and+mechanism%5BTitle%5D)+AND+%22Chem+Rev%22%5BJournal%5D)">Ubiquitin-like protein conjugation: Structures, chemistry, and mechanism.</a> Chem Rev. 118 (3), 889-918 (2018).</li>
<li>Li, J., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((ATRA+upregulates+OTUD6B+to+recruit+CD8%2B+T+cells+to+suppress+colorectal+liver+metastasis+by+stabilizing+DDX5%2FSTAT3%2FCXCL11+axis%5BTitle%5D)+AND+%22Cell+Death+Dis%22%5BJournal%5D)">ATRA upregulates OTUD6B to recruit CD8+ T cells to suppress colorectal liver metastasis by stabilizing DDX5/STAT3/CXCL11 axis.</a> Cell Death Dis. 16 (1), 521(2025).</li>
<li>Niu, K., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((USP33+deubiquitinates+PRKN%2FParkin+and+antagonizes+its+role+in+mitophagy%5BTitle%5D)+AND+%22Autophagy%22%5BJournal%5D)">USP33 deubiquitinates PRKN/Parkin and antagonizes its role in mitophagy.</a> Autophagy. 16 (4), 724-734 (2020).</li>
<li>Yan, K., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((The+role+of+K63-linked+polyubiquitination+in+cardiac+hypertrophy%5BTitle%5D)+AND+%22J+Cell+Mol+Med%22%5BJournal%5D)">The role of K63-linked polyubiquitination in cardiac hypertrophy.</a> J Cell Mol Med. 22 (10), 4558-4567 (2018).</li>
<li>Guo, Y., Zhao, Y., Cong, Y. S. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Met1-linked+ubiquitination+in+cell+signaling+regulation%5BTitle%5D)+AND+%22Biophys+Rep%22%5BJournal%5D)">Met1-linked ubiquitination in cell signaling regulation.</a> Biophys Rep. 10 (4), 230-240 (2024).</li>
<li>Di, Y., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((The+c-Myc-WDR43+signalling+axis+promotes+chemoresistance+and+tumour+growth+in+colorectal+cancer+by+inhibiting+p53+activity%5BTitle%5D)+AND+%22Drug+Resist+Updat%22%5BJournal%5D)">The c-Myc-WDR43 signalling axis promotes chemoresistance and tumour growth in colorectal cancer by inhibiting p53 activity.</a> Drug Resist Updat. 66, 100909(2023).</li>
<li>Liebl, M. C., Hofmann, T. G. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((The+role+of+p53+signaling+in+colorectal+cancer%5BTitle%5D)+AND+%22Cancers+%28Basel%29%22%5BJournal%5D)">The role of p53 signaling in colorectal cancer.</a> Cancers (Basel). 13 (9), 2125(2021).</li>
<li>Oikawa, D., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((OTUD1+deubiquitinase+regulates+NF-%CE%BAB-+and+KEAP1-mediated+inflammatory+responses+and+reactive+oxygen+species-associated+cell+death+pathways%5BTitle%5D)+AND+%22Cell+Death+Dis%22%5BJournal%5D)">OTUD1 deubiquitinase regulates NF-κB- and KEAP1-mediated inflammatory responses and reactive oxygen species-associated cell death pathways.</a> Cell Death Dis. 13 (8), 694(2022).</li>
<li>Zhang, Q., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((The+deubiquitinase+OTUD1+stabilizes+NRF2+to+alleviate+hepatic+ischemia%2Freperfusion+injury%5BTitle%5D)+AND+%22Redox+Biol%22%5BJournal%5D)">The deubiquitinase OTUD1 stabilizes NRF2 to alleviate hepatic ischemia/reperfusion injury.</a> Redox Biol. 75, 103287(2024).</li>
<li>Moreau, P., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Oral+ixazomib%2C+lenalidomide%2C+and+dexamethasone+for+multiple+myeloma%5BTitle%5D)+AND+%22N+Engl+J+Med%22%5BJournal%5D)">Oral ixazomib, lenalidomide, and dexamethasone for multiple myeloma.</a> N Engl J Med. 374 (17), 1621-1634 (2016).</li>
<li>Stewart, A. K., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Carfilzomib%2C+lenalidomide%2C+and+dexamethasone+for+relapsed+multiple+myeloma%5BTitle%5D)+AND+%22N+Engl+J+Med%22%5BJournal%5D)">Carfilzomib, lenalidomide, and dexamethasone for relapsed multiple myeloma.</a> N Engl J Med. 372 (2), 142-152 (2015).</li>
<li>Zhu, Y., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Targeting+gut+microbial+nitrogen+recycling+and+cellular+uptake+of+ammonium+to+improve+bortezomib+resistance+in+multiple+myeloma%5BTitle%5D)+AND+%22Cell+Metab%22%5BJournal%5D)">Targeting gut microbial nitrogen recycling and cellular uptake of ammonium to improve bortezomib resistance in multiple myeloma.</a> Cell Metab. 36 (1), 159-175.e8 (2024).</li>
<li>De Silva, A. R. I., Page, R. C. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Ubiquitination+detection+techniques%5BTitle%5D)+AND+%22Exp+Biol+Med+%28Maywood%29%22%5BJournal%5D)">Ubiquitination detection techniques.</a> Exp Biol Med (Maywood). 248 (15), 1333-1346 (2023).</li>
<li>Choo, Y. S., Zhang, Z. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Detection+of+protein+ubiquitination%5BTitle%5D)+AND+%22J+Vis+Exp%22%5BJournal%5D)">Detection of protein ubiquitination.</a> J Vis Exp. (30), e1293(2009).</li>
<li>Worboys, J. D., Palazón-Riquelme, P., López-Castejón, G. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Method+to+measure+ubiquitination+of+NLRs%5BTitle%5D)+AND+%22Methods+Mol+Biol%22%5BJournal%5D)">Method to measure ubiquitination of NLRs.</a> Methods Mol Biol. 2696, 105-114 (2023).</li>
<li>DeCaprio, J., Kohl, T. O. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Denaturing+lysis+of+cells+for+immunoprecipitation%5BTitle%5D)+AND+%22Cold+Spring+Harb+Protoc%22%5BJournal%5D)">Denaturing lysis of cells for immunoprecipitation.</a> Cold Spring Harb Protoc. 2020 (2), 098616(2020).</li>
<li>Bass, J. J., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((An+overview+of+technical+considerations+for+western+blotting+applications+to+physiological+research%5BTitle%5D)+AND+%22Scand+J+Med+Sci+Sports%22%5BJournal%5D)">An overview of technical considerations for western blotting applications to physiological research.</a> Scand J Med Sci Sports. 27 (1), 4-25 (2017).</li>
<li>Mahmood, T., Yang, P. C. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Western+blot%3A+Technique%2C+theory%2C+and+troubleshooting%5BTitle%5D)+AND+%22N+Am+J+Med+Sci%22%5BJournal%5D)">Western blot: Technique, theory, and troubleshooting.</a> N Am J Med Sci. 4 (9), 429-434 (2012).</li>
<li>Crane, J. L., Cao, X. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Bone+marrow+mesenchymal+stem+cells+and+TGF-%CE%B2+signaling+in+bone+remodeling%5BTitle%5D)+AND+%22J+Clin+Invest%22%5BJournal%5D)">Bone marrow mesenchymal stem cells and TGF-β signaling in bone remodeling.</a> J Clin Invest. 124 (2), 466-472 (2014).</li>
<li>Gough, N. R., Xiang, X., Mishra, L. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((TGF-%CE%B2+signaling+in+liver%2C+pancreas%2C+and+gastrointestinal+diseases+and+cancer%5BTitle%5D)+AND+%22Gastroenterology%22%5BJournal%5D)">TGF-β signaling in liver, pancreas, and gastrointestinal diseases and cancer.</a> Gastroenterology. 161 (2), 434-452.e15 (2021).</li>
<li>Tzavlaki, K., Moustakas, A. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((TGF-%CE%B2+signaling%5BTitle%5D)+AND+%22Biomolecules%22%5BJournal%5D)">TGF-β signaling.</a> Biomolecules. 10 (3), 487(2020).</li>
<li><a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((The+western+blot%5BTitle%5D)+AND+%22J+vis+exp%22%5BJournal%5D)">The western blot.</a> J vis exp. , e5065(2025).</li>
<li>Wu, M., Chen, G., Li, Y. P. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((TGF-%CE%B2+and+BMP+signaling+in+osteoblast%2C+skeletal+development%2C+and+bone+formation%2C+homeostasis+and+disease%5BTitle%5D)+AND+%22Bone+Res%22%5BJournal%5D)">TGF-β and BMP signaling in osteoblast, skeletal development, and bone formation, homeostasis and disease.</a> Bone Res. 4, 16009(2016).</li>
<li>Jeon, S., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((The+miR-15b-SMURF2-HSP27+axis+promotes+pulmonary+fibrosis%5BTitle%5D)+AND+%22J+Biomed+Sci%22%5BJournal%5D)">The miR-15b-SMURF2-HSP27 axis promotes pulmonary fibrosis.</a> J Biomed Sci. 30 (1), 2(2023).</li>
<li>Zhang, W., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((SMURF2+predisposes+cancer+cell+toward+ferroptosis+in+GPX4-independent+manners+by+promoting+GSTP1+degradation%5BTitle%5D)+AND+%22Mol+Cell%22%5BJournal%5D)">SMURF2 predisposes cancer cell toward ferroptosis in GPX4-independent manners by promoting GSTP1 degradation.</a> Mol Cell. 83 (23), 4352-4369.e8 (2023).</li>
<li>Pi, Y., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Loss+of+SMURF2+expression+enhances+RACK1+stability+and+promotes+ovarian+cancer+progression%5BTitle%5D)+AND+%22Cell+Death+Differ%22%5BJournal%5D)">Loss of SMURF2 expression enhances RACK1 stability and promotes ovarian cancer progression.</a> Cell Death Differ. 30 (11), 2382-2392 (2023).</li>
</ol>

<table><tbody><tr><td>1.5 mL mikrotüp</td><td>Servicebio</td><td>EP-150-M</td><td></td></tr><tr><td>100 mm TC ile işlenmiş kültürlü tabak</td><td>Servicebio</td><td>CCD-100</td><td></td></tr><tr><td>6-kuyuklu disk</td><td>Servicebio</td><td>CCP-6H</td><td></td></tr><tr><td>Anti-FLAG antikorları</td><td>Proteintech</td><td>20543-1-AP</td><td>IP için 1:200 kullanılan seyreltme 1:10000 için WB için 1:10000</td></tr><tr><td>Anti-GAPDH antikorları</td><td>Proteintech</td><td>MA5-15738</td><td>kullanılan seyreltme 1:10000</td></tr><tr><td>Anti-HA antikorları</td><td>Proteintech</td><td>51064-2-AP</td><td>kullanılan seyreltme 1:10000</td></tr><tr><td>Anti-IgG antikorları</td><td>CST</td><td>#3900</td><td>IP için 1:200 suyulma kullanıldı</td></tr><tr><td>Anti-MYC antikorları</td><td>Proteintech</td><td>60003-2-Ig</td><td>kullanılan seyreltme 1:10000</td></tr><tr><td>Anti-SMAD2 antikorları</td><td>CST</td><td>#5339</td><td>Seyreltme IP için 1:200 kullanıldı, WB için 1:2000</td></tr><tr><td>Bromofenol mavisi</td><td>Servicebio</td><td>GC307006-5g</td><td></td></tr><tr><td>EDTA (pH=8.0)</td><td>Servicebio</td><td>G1207-1L</td><td></td></tr><tr><td>FBS</td><td>ABW</td><td></td><td></td></tr><tr><td>Gliserol</td><td>Sinopharm</td><td>10010618</td><td></td></tr><tr><td>Isıtma/Soğutma Kuru Banyo</td><td>Guocheng</td><td></td><td></td></tr><tr><td>HEK293T hücreleri</td><td>ATCC</td><td>CRL-3216</td><td></td></tr><tr><td>Yüksek glukozlu DMEM</td><td>Servicebio</td><td>G4515-500ML</td><td></td></tr><tr><td>HRP ile bağlanmış keçi anti-fare IgG Hafif Zinciri&nbsp;</td><td>Abklonal</td><td>AS062</td><td>kullanılan seyreltme 1:5000</td></tr><tr><td>HRP ile bağlanmış Fare anti-Tavşan IgG Hafif Zinciri&nbsp;</td><td>Abklonal</td><td>AS061</td><td>kullanılan seyreltme 1:10000</td></tr><tr><td>Lipo8000</td><td>Beyotime</td><td>C0533</td><td></td></tr><tr><td>MG132</td><td>Aladdin</td><td>M421264</td><td></td></tr><tr><td>Mikrosantrifüj</td><td>Labgic</td><td>CF1524R</td><td></td></tr><tr><td>NaCl tozu</td><td>Servicebio</td><td>GC102004</td><td></td></tr><tr><td>PBS&nbsp;</td><td>Servicebio</td><td>G4202-500ML</td><td></td></tr><tr><td>pCMV-FLAG-SMAD2</td><td></td><td></td><td>Memeli ifadesi için</td></tr><tr><td>pCMV-HA-Ub</td><td></td><td></td><td>Memeli ifadesi için</td></tr><tr><td>pCMV-MYC</td><td></td><td></td><td>Memeli ifadesi için</td></tr><tr><td>pCMV-MYC-SMURF2</td><td></td><td></td><td>Memeli ifadesi için</td></tr><tr><td>Penisillin-streptomisin</td><td>Servicebio</td><td>G4003-100ML</td><td></td></tr><tr><td>EDTA olmadan proteaz inhibitörü kokteyli</td><td>TargetMol</td><td>C0001</td><td></td></tr><tr><td>Protein A/G agaroz boncukları</td><td>Beyotime</td><td>P2017</td><td></td></tr><tr><td>PVDF membranı</td><td>Vayzme</td><td>E801</td><td></td></tr><tr><td>SDS tozu</td><td>Solarbio</td><td>S8010-500g</td><td></td></tr><tr><td>SDS-PAGE sistemi</td><td>Aervicebio</td><td>BVE4-BVT4</td><td></td></tr><tr><td>Sonics</td><td>Uibra hücresi</td><td></td><td></td></tr><tr><td>Tris-HCl tozu</td><td>Biotopped</td><td>HST-0372</td><td></td></tr><tr><td>Triton X-100</td><td>Servicebio</td><td>GC204003-100ml</td><td></td></tr><tr><td>Tripsin</td><td>Servicebio</td><td>G4021-100ML</td><td></td></tr><tr><td>Vortex mikser</td><td>Vayzme tarafından nazikçe bağışlanmıştır</td><td></td><td></td></tr><tr><td>&beta;-merkaptoetanol</td><td>Aladdin</td><td>M301573</td><td></td></tr></tbody></table>

smad2/smurf2 modeli kullanılarak memeli hücre lizatlarında ubiquitinasyon tespiti için karşılaştırmalı stratejiler

Comparative Strategies for Ubiquitination Detection in Mammalian Cell Lysates Using SMAD2/SMURF2 as a Model

SMAD2/SMURF2 modeli kullanılarak memeli hücre lizatlarında ubiquitinasyon tespiti için karşılaştırmalı stratejiler

Ubiquitination, a post-translational modification, is a critical regulator of intracellular protein function. Ubiquitination modulates protein functions ...

comparative-strategies-for-ubiquitination-detection-mammalian-cell

Research

JoVE Journal

Biology

Biyoloji

Ubikitinasyon üç enzimlerin kümesi tarafından yürütülen bir anahtar posttranslasyonel modifikasyonu. Bu değişiklik ilgili genler Mutasyonlar birçok farklı insan hastalıkları ile ilişkilidir. Burada, kültür hücrelerinde protein ubikuitinasyon tespit protokolleri...

Protein Ubikitinasyon Tespiti

Bu video, sıralı bir enzim kaskad kullanılarak substrat proteinlerinin SUMOylasyonu için in vitro yöntemi göstermektedir. Ayrıca, proteinin SUMOylated durumu, elektroforez ve immünoblotlama tekniği kullanılarak tanımlanır.

SUMOylation Assay: İmmünoblotlama ile Substrat Proteinlerinin SUMOylation Durumunu Tespit Etmek İçin İn Vitro Bir Teknik

Geçerli protokol işlevsel homolog deubiquitinating enzim aktivitesinin ölçülmesi için bir yöntem göstermektedir. Uzman problar kovalent enzim değiştirme ve saptama için izin verir. Bu yöntem, yeni tedavi hedefleri tespit etmek potansiyele sahiptir.

Hücre Kuşakları ve Doku Örneklerinde Deubiquitinating Enzim aktivitesinin ölçülmesi için bir yöntem

Kompleks biyolojik örneklerden her yerde bulunan proteinlerden kaynaklanan diGly peptidlerin arıtılmı, saptanması ve tanımlanması için bir yöntem salıyoruz. Sunulan yöntem çoğaltılabilir, sağlam ve ubiquitinome analizinin derinliği düzeyine göre yayınlanmış yöntemleri geride bırakır.

Peptit Zenginleştirme ve Kütle Spektrometresi ile Protein Ubiquitinasyon Sitelerinin Saptanması

Ubiquitination hücresel süreçlerde önemli roller oynar ve sıkıca deubiquitination tarafından koordine edilen bir post-translational modifikasyon olduğunu. Her iki reaksiyon kusurları insan patolojileri altında yatan. Biz arıtılmış bileşenleri kullanarak in vitro mayası ve deubiquitination reaksiyonu yürütmek için protokoller sunuyoruz.

Nükliosomal Histones in vitro Ubiquitination ve Deubiquitination bulguları

Bu protokol, kemirgen beynin farklı hücresel bölmeler içinde Ubiquitin-proteasome sistemi (UPS) etkinliğini verimli bir şekilde ölçmek için tasarlanmıştır. Kullanıcılar, aynı hayvanlarda nükleer, sitoplazmik ve sinaptik fraksiyonlar içinde çalışan UPS 'i inceleyebilir, bu karmaşık analizleri gerçekleştirmek için gereken zaman ve hayvan sayısını azaltır.

Subcellular Ubiquitin ölçümü-kemirgen beyinde proteasom aktivitesi

Bu protokol, bu tür çeviri sonrası modifikasyonların (PtM'ler) bir tedavi veya fenotip gibi belirli bir durumla ilişkili değişikliklerini belirlemek için ubiquitin (Ub) ve ubiquitin benzeri (Ubls) spesifik proteomların oluşturulmasını amaçlamaktadır.

Ubiquitin ve Ubiquitin benzeri Bağımlı Post-translational Modifikasyonlar ve Önemli Değişikliklerin Belirlenmesi Profilleme

Bu yöntem, ubiquitin zincir topolojislerindeki küresel değişikliklerin değerlendirilmesini açıklar. Değerlendirme, kütle spektrometresi tabanlı hedefli proteomik yaklaşımın uygulanmasıyla gerçekleştirilir.

Paralel Reaksiyon İzleme ile Ubiquitin Zincir Analizi

Bu çalışma, E3 ubiquitin ligase katalitik aktivitesinin analizi için ayrıntılı in vitro ubiquitylation tahlil protokolleri sunmaktadır. Rekombinant proteinler Escherichia coli kültürü gibi prokaryotik sistemler kullanılarak ifade edildi.

In Vitro E3 Ubiquitin Ligase fonksiyonunun analizi

Memeli hücrelerinde belirli bir substratın ubikitilasyon testi ve bir E3 ubikitin-ligazının ubikitilasyon testi için ayrıntılı bir protokol sunuyoruz. HEK293T hücre hatları protein aşırı ekspresyonu için kullanıldı, poliubikitillenmiş substrat immünopresipitasyon ile hücre lizatlarından arındırıldı ve SDS-PAGE'de çözüldü. Bu post-translasyonel modifikasyonu görselleştirmek için immünoblotlama kullanıldı.

Memeli Hücre Lisatlarında E3 Ubikitin-ligaz ile Substrat Ubikitilasyonunun Değerlendirilmesi

Protokol, örnek olarak p53 tümör baskılayıcı proteini kullanarak memeli hücrelerinden ubikitinlenmiş proteinleri saflaştırmak için adım adım bir yöntemi açıklar. Ubikitinlenmiş p53 proteinleri, sıkı denatüre olmayan ve denatüre edici koşullar altında hücrelerden saflaştırıldı.

Memeli Hücrelerinden Ubikitinlenmiş p53 Proteinlerinin Saflaştırılması

Keşfedin, memeli hücrelerde ubiquitinasyon tespiti için buz banyosu ve ısıtma yöntemlerini karşılaştırın. SMURF2/SMAD2 modeliyle protein düzenlemesi çalışmalarınızda doğru lizis tekniğini seçin.

SMAD2/SMURF2 modeli kullanılarak memeli hücre lizatlarında ubiquitinasyon tespiti için karşılaştırmalı stratejiler

Daha fazla video keşfet