Name: Fare Embriyonik Kök Hücrelerinde İntergenik/İntojenik Güçlendirici RNA Miktar Tayini için Hesaplamalı Bir Boru Hattı (Video) | JoVE Journal
Uploaded: 2025-10-28T14:00:00.000+00:00
Duration: 6 min 2 s
Description: Keşfedin fare embriyonik kök hücrelerinde intergenik ve introgenik güçlendirici RNA miktar tayini için hesaplamalı bir boru hattı. Kromatin erişilebilirliği ve transkripsiyonel veri entegrasyonu ile güçlendirici aktiviteyi hassas şekilde analiz edin.

ai_agent_IP

ai_agent

maintenance

instantTrialDurationMinutes

isBiopharma

enableNewMyJoveSectionDesign

educationFeatures

seoMetaApi

ai_copilot_institution_blacklist

ai_chat_institution_blacklist

freeAccessWindow

ssoRoleCapture

scheduledMaintenanceBanner

joveLabsFeatures

disable_autoplay_for_bots

extended_trial_duration

5 minutes

<ol><li>Bulger, M., Groudine, M. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Functional+and+mechanistic+diversity+of+distal+transcription+enhancers%5BTitle%5D)+AND+%22Cell%22%5BJournal%5D)">Functional and mechanistic diversity of distal transcription enhancers.</a> Cell. 144 (3), 327-339 (2011).</li>
<li>Smith, E., Shilatifard, A. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Enhancer+biology+and+enhanceropathies%5BTitle%5D)+AND+%22Nat+Struct+Mol+Biol%22%5BJournal%5D)">Enhancer biology and enhanceropathies.</a> Nat Struct Mol Biol. 21 (3), 210-219 (2014).</li>
<li>Li, W., Notani, D., Rosenfeld, M. G. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Enhancers+as+non-coding+RNA+transcription+units%3A+recent+insights+and+future+perspectives%5BTitle%5D)+AND+%22Nat+Rev+Genet%22%5BJournal%5D)">Enhancers as non-coding RNA transcription units: recent insights and future perspectives.</a> Nat Rev Genet. 17 (4), 207-223 (2016).</li>
<li>Whyte, W. A., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((transcription+factors+and+mediator+establish+super-enhancers+at+key+cell+identity+genes%5BTitle%5D)+AND+%22Cell%22%5BJournal%5D)">transcription factors and mediator establish super-enhancers at key cell identity genes.</a> Cell. 153 (2), 307-319 (2013).</li>
<li>Plank, J. L., Dean, A. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Enhancer+function%3A+mechanistic+and+genome-wide+insights+come+together%5BTitle%5D)+AND+%22Mol+Cell%22%5BJournal%5D)">Enhancer function: mechanistic and genome-wide insights come together.</a> Mol Cell. 55 (1), 5-14 (2014).</li>
<li>Alexander, J. M., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Brg1+modulates+enhancer+activation+in+mesoderm+lineage+commitment%5BTitle%5D)+AND+%22Development%22%5BJournal%5D)">Brg1 modulates enhancer activation in mesoderm lineage commitment.</a> Development. 142 (8), 1418-1430 (2015).</li>
<li>Huang, J., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Dynamic+control+of+enhancer+repertoires+drives+lineage+and+stage-specific+transcription+during+hematopoiesis%5BTitle%5D)+AND+%22Dev+Cell%22%5BJournal%5D)">Dynamic control of enhancer repertoires drives lineage and stage-specific transcription during hematopoiesis.</a> Dev Cell. 36 (1), 9-23 (2016).</li>
<li>Xiong, L., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Genome-wide+identification+and+characterization+of+enhancers+across+10+human+tissues%5BTitle%5D)+AND+%22Int+J+Biol+Sci%22%5BJournal%5D)">Genome-wide identification and characterization of enhancers across 10 human tissues.</a> Int J Biol Sci. 14 (10), 1321-1332 (2018).</li>
<li>Heintzman, N. D., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Histone+modifications+at+human+enhancers+reflect+global+cell-type-specific+gene+expression%5BTitle%5D)+AND+%22Nature%22%5BJournal%5D)">Histone modifications at human enhancers reflect global cell-type-specific gene expression.</a> Nature. 459 (7243), 108-112 (2009).</li>
<li>Creyghton, M. P., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Histone+H3K27ac+separates+active+from+poised+enhancers+and+predicts+developmental+state%5BTitle%5D)+AND+%22Proc+Natl+Acad+Sci%22%5BJournal%5D)">Histone H3K27ac separates active from poised enhancers and predicts developmental state.</a> Proc Natl Acad Sci. 107 (50), 21931-21936 (2010).</li>
<li>Calo, E., Wysocka, J. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Modification+of+enhancer+chromatin%3A+what%2C+how%2C+and+why%5BTitle%5D)+AND+%22Mol+Cell%22%5BJournal%5D)">Modification of enhancer chromatin: what, how, and why.</a> Mol Cell. 49 (5), 825-837 (2013).</li>
<li>Barakat, T. S., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Functional+dissection+of+the+enhancer+repertoire+in+human+embryonic+stem+cells%5BTitle%5D)+AND+%22Cell+Stem+Cell%22%5BJournal%5D)">Functional dissection of the enhancer repertoire in human embryonic stem cells.</a> Cell Stem Cell. 23 (2), 276-288 (2018).</li>
<li>Kim, T. -K., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Widespread+transcription+at+neuronal+activity-regulated+enhancers%5BTitle%5D)+AND+%22Nature%22%5BJournal%5D)">Widespread transcription at neuronal activity-regulated enhancers.</a> Nature. 465 (7295), 182-187 (2010).</li>
<li>Melgar, M. F., Collins, F. S., Sethupathy, P. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Discovery+of+active+enhancers+through+bidirectional+expression+of+short+transcripts%5BTitle%5D)+AND+%22Genome+Biol%22%5BJournal%5D)">Discovery of active enhancers through bidirectional expression of short transcripts.</a> Genome Biol. 12 (11), R113(2011).</li>
<li>Djebali, S., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Landscape+of+transcription+in+human+cells%5BTitle%5D)+AND+%22Nature%22%5BJournal%5D)">Landscape of transcription in human cells.</a> Nature. 489 (7414), 101-108 (2012).</li>
<li>Gorbovytska, V., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Enhancer+RNAs+stimulate+Pol+II+pause+release+by+harnessing+multivalent+interactions+to+NELF%5BTitle%5D)+AND+%22Nat+Commun%22%5BJournal%5D)">Enhancer RNAs stimulate Pol II pause release by harnessing multivalent interactions to NELF.</a> Nat Commun. 13 (1), 2429(2022).</li>
<li>Mousavi, K., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((eRNAs+promote+transcription+by+establishing+chromatin+accessibility+at+defined+genomic+loci%5BTitle%5D)+AND+%22Mol+Cell%22%5BJournal%5D)">eRNAs promote transcription by establishing chromatin accessibility at defined genomic loci.</a> Mol Cell. 51 (5), 606-617 (2013).</li>
<li>Hsieh, C. -L., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Enhancer+RNAs+participate+in+androgen+receptor-driven+looping+that+selectively+enhances+gene+activation%5BTitle%5D)+AND+%22Proc+Natl+Acad+Sci%22%5BJournal%5D)">Enhancer RNAs participate in androgen receptor-driven looping that selectively enhances gene activation.</a> Proc Natl Acad Sci. 111 (20), 7319-7324 (2014).</li>
<li>Schaukowitch, K., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Enhancer+RNA+facilitates+NELF+release+from+immediate+early+genes%5BTitle%5D)+AND+%22Mol+Cell%22%5BJournal%5D)">Enhancer RNA facilitates NELF release from immediate early genes.</a> Mol Cell. 56 (1), 29-42 (2014).</li>
<li>Pnueli, L., Rudnizky, S., Yosefzon, Y., Melamed, P. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((RNA+transcribed+from+a+distal+enhancer+is+required+for+activating+the+chromatin+at+the+promoter+of+the+gonadotropin+%CE%B1-subunit+gene%5BTitle%5D)+AND+%22Proc+Natl+Acad+Sci%22%5BJournal%5D)">RNA transcribed from a distal enhancer is required for activating the chromatin at the promoter of the gonadotropin α-subunit gene.</a> Proc Natl Acad Sci. 112 (14), 4369-4374 (2015).</li>
<li>Sabari, B. R., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Coactivator+condensation+at+super-enhancers+links+phase+separation+and+gene+control%5BTitle%5D)+AND+%22Science%22%5BJournal%5D)">Coactivator condensation at super-enhancers links phase separation and gene control.</a> Science. 361 (6400), eaar3958(2018).</li>
<li>Nair, S. J., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Phase+separation+of+ligand-activated+enhancers+licenses+cooperative+chromosomal+enhancer+assembly%5BTitle%5D)+AND+%22Nat+Struct+Mol+Biol%22%5BJournal%5D)">Phase separation of ligand-activated enhancers licenses cooperative chromosomal enhancer assembly.</a> Nat Struct Mol Biol. 26 (3), 193-203 (2019).</li>
<li>Lee, J. -H., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Enhancer+RNA+m6A+methylation+facilitates+transcriptional+condensate+formation+and+gene+activation%5BTitle%5D)+AND+%22Mol+Cell%22%5BJournal%5D)">Enhancer RNA m6A methylation facilitates transcriptional condensate formation and gene activation.</a> Mol Cell. 81 (16), 3368-3385 (2021).</li>
<li>Chen, Q., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Enhancer+RNAs+in+transcriptional+regulation%3A+recent+insights%5BTitle%5D)+AND+%22Front+Cell+Dev+Biol%22%5BJournal%5D)">Enhancer RNAs in transcriptional regulation: recent insights.</a> Front Cell Dev Biol. 11, 1205540(2023).</li>
<li>Moon, J., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Embryonic+stem+cell-specific+intragenic+enhancer+RNA+essential+for+NSUN2-mediated+stem+cell+fate+regulation%5BTitle%5D)+AND+%22Int+J+Biol+Macromol%22%5BJournal%5D)">Embryonic stem cell-specific intragenic enhancer RNA essential for NSUN2-mediated stem cell fate regulation.</a> Int J Biol Macromol. 245, 470(2025).</li>
<li>Tuvikene, J., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Intronic+enhancer+region+governs+transcript-specific+Bdnf+expression+in+rodent+neurons%5BTitle%5D)+AND+%22Elife%22%5BJournal%5D)">Intronic enhancer region governs transcript-specific Bdnf expression in rodent neurons.</a> Elife. 10, e65161(2021).</li>
<li>Cheng, F., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Intronic+enhancers+of+the+human+SNCA+gene+predominantly+regulate+its+expression+in+brain+in+vivo%5BTitle%5D)+AND+%22Sci+Adv%22%5BJournal%5D)">Intronic enhancers of the human SNCA gene predominantly regulate its expression in brain in vivo.</a> Sci Adv. 8 (47), eabq6324(2022).</li>
<li>Hobson, D. J., Wei, W., Steinmetz, L. M., Svejstrup, J. Q. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((RNA+polymerase+II+collision+interrupts+convergent+transcription%5BTitle%5D)+AND+%22Mol+Cell%22%5BJournal%5D)">RNA polymerase II collision interrupts convergent transcription.</a> Mol Cell. 48 (3), 365-374 (2012).</li>
<li>Cinghu, S., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Intragenic+enhancers+attenuate+host+gene+expression%5BTitle%5D)+AND+%22Mol+Cell%22%5BJournal%5D)">Intragenic enhancers attenuate host gene expression.</a> Mol Cell. 68 (1), 104-117 (2017).</li>
<li>Bressin, A., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((High-sensitive+nascent+transcript+sequencing+reveals+BRD4-specific+control+of+widespread+enhancer+and+target+gene+transcription%5BTitle%5D)+AND+%22Nat+Commun%22%5BJournal%5D)">High-sensitive nascent transcript sequencing reveals BRD4-specific control of widespread enhancer and target gene transcription.</a> Nat Commun. 14 (1), 4971(2023).</li>
<li>Lee, J., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Introductory+analysis+and+validation+of+CUT%26RUN+sequencing+data%5BTitle%5D)+AND+%22J+Vis+Exp%22%5BJournal%5D)">Introductory analysis and validation of CUT&RUN sequencing data.</a> J Vis Exp. (214), e67359(2024).</li>
<li>How to install Linux on Windows with WSL. , Microsoft. 
 <a target="_blank" href="https://learn.microsoft.com/en-us/windows/wsl/install">https://learn.microsoft.com/en-us/windows/wsl/install</a> (2025).</li>
<li>Terminal user guide. , Apple. 
 <a target="_blank" href="https://support.apple.com/guide/terminal/welcome/mac">https://support.apple.com/guide/terminal/welcome/mac</a> (2025).</li>
<li>How to open terminal in Linux. , GeeksforGeeks. 
 <a target="_blank" href="https://www.geeksforgeeks.org/linux-unix/how-to-open-terminal-in-linux/">https://www.geeksforgeeks.org/linux-unix/how-to-open-terminal-in-linux/</a> (2025).</li>
<li>Simon, A. <a target="_blank" href="http://scholar.google.com/scholar?hl=en&safe=off&q=author%3aSimon%2C+A+%22FastQC%3A+a+quality+control+tool+for+high+throughput+sequence+data%22">FastQC: a quality control tool for high throughput sequence data</a>. Version 0.10.1, (2010).</li>
<li>Krueger, F. Trim Galore!: a wrapper around Cutadapt and FastQC to consistently apply adapter and quality trimming to FastQ files, with extra functionality for RRBS data. <a target="_blank" href="http://scholar.google.com/scholar?hl=en&safe=off&q=author%3aKrueger%2C+F+%22Babraham+Inst%22">Babraham Inst</a>. , (2015).</li>
<li>Martin, M. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Cutadapt+removes+adapter+sequences+from+high-throughput+sequencing+reads%5BTitle%5D)+AND+%22EMBnet+J%22%5BJournal%5D)">Cutadapt removes adapter sequences from high-throughput sequencing reads.</a> EMBnet J. 17 (1), 3(2011).</li>
<li>Langmead, B., Salzberg, S. L. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Fast+gapped-read+alignment+with+Bowtie+2%5BTitle%5D)+AND+%22Nat+Methods%22%5BJournal%5D)">Fast gapped-read alignment with Bowtie 2.</a> Nat Methods. 9 (4), 357-359 (2012).</li>
<li>Li, H., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((The+sequence+alignment%2Fmap+format+and+SAMtools%5BTitle%5D)+AND+%22Bioinformatics%22%5BJournal%5D)">The sequence alignment/map format and SAMtools.</a> Bioinformatics. 25 (16), 2078-2079 (2009).</li>
<li>Tarasov, A., Vilella, A. J., Cuppen, E., Nijman, I. J., Prins, P. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Sambamba%3A+fast+processing+of+NGS+alignment+formats%5BTitle%5D)+AND+%22Bioinformatics%22%5BJournal%5D)">Sambamba: fast processing of NGS alignment formats.</a> Bioinformatics. 31 (12), 2032-2034 (2015).</li>
<li>Zhang, Y., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Model-based+analysis+of+ChIP-Seq+%28MACS%29%5BTitle%5D)+AND+%22Genome+Biol%22%5BJournal%5D)">Model-based analysis of ChIP-Seq (MACS).</a> Genome Biol. 9 (9), R137(2008).</li>
<li>Quinlan, A. R., Hall, I. M. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((BEDTools%3A+a+flexible+suite+of+utilities+for+comparing+genomic+features%5BTitle%5D)+AND+%22Bioinformatics%22%5BJournal%5D)">BEDTools: a flexible suite of utilities for comparing genomic features.</a> Bioinformatics. 26 (6), 841-842 (2010).</li>
<li>Heinz, S., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Simple+combinations+of+lineage-determining+transcription+factors+prime+cis-regulatory+elements+required+for+macrophage+and+B+cell+identities%5BTitle%5D)+AND+%22Mol+Cell%22%5BJournal%5D)">Simple combinations of lineage-determining transcription factors prime cis-regulatory elements required for macrophage and B cell identities.</a> Mol Cell. 38 (4), 576-589 (2010).</li>
<li>Kent, W. J., Zweig, A. S., Barber, G., Hinrichs, A. S., Karolchik, D. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((BigWig+and+BigBed%3A+enabling+browsing+of+large+distributed+datasets%5BTitle%5D)+AND+%22Bioinformatics%22%5BJournal%5D)">BigWig and BigBed: enabling browsing of large distributed datasets.</a> Bioinformatics. 26 (17), 2204-2207 (2010).</li>
<li>Amemiya, H. M., Kundaje, A., Boyle, A. P. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((The+ENCODE+blacklist%3A+identification+of+problematic+regions+of+the+genome%5BTitle%5D)+AND+%22Sci+Rep%22%5BJournal%5D)">The ENCODE blacklist: identification of problematic regions of the genome.</a> Sci Rep. 9 (1), 9354(2019).</li>
<li>Liao, Y., Smyth, G. K., Shi, W. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((featureCounts%3A+an+efficient+general+purpose+program+for+assigning+sequence+reads+to+genomic+features%5BTitle%5D)+AND+%22Bioinformatics%22%5BJournal%5D)">featureCounts: an efficient general purpose program for assigning sequence reads to genomic features.</a> Bioinformatics. 30 (7), 923-930 (2014).</li>
<li>Ramírez, F., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((deepTools2%3A+a+next+generation+web+server+for+deep-sequencing+data+analysis%5BTitle%5D)+AND+%22Nucleic+Acids+Res%22%5BJournal%5D)">deepTools2: a next generation web server for deep-sequencing data analysis.</a> Nucleic Acids Res. 44, W160(2016).</li>
<li>Wickham, H. <a target="_blank" href="http://scholar.google.com/scholar?hl=en&safe=off&q=author%3aWickham%2C+H+%22ggplot2%3A+elegant+graphics+for+data+analysis%22">ggplot2: elegant graphics for data analysis</a>. , Springer. 189-201 (2016).</li>
<li>Wilke, C. O. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((cowplot%3A+streamlined+plot+theme+and+plot+annotations+for+ggplot2%5BTitle%5D)+AND+%22CRAN+Contrib.+Packages%22%5BJournal%5D)">cowplot: streamlined plot theme and plot annotations for ggplot2.</a> CRAN Contrib. Packages. , (2015).</li>
<li>Andersson, R., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((An+atlas+of+active+enhancers+across+human+cell+types+and+tissues%5BTitle%5D)+AND+%22Nature%22%5BJournal%5D)">An atlas of active enhancers across human cell types and tissues.</a> Nature. 507 (7493), 455-461 (2014).</li>
<li>Spicuglia, S., Vanhille, L. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Chromatin+signatures+of+active+enhancers%5BTitle%5D)+AND+%22Nucleus%22%5BJournal%5D)">Chromatin signatures of active enhancers.</a> Nucleus. 3 (2), 126-131 (2012).</li>
<li>Zentner, G. E., Tesar, P. J., Scacheri, P. C. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Epigenetic+signatures+distinguish+multiple+classes+of+enhancers+with+distinct+cellular+functions%5BTitle%5D)+AND+%22Genome+Res%22%5BJournal%5D)">Epigenetic signatures distinguish multiple classes of enhancers with distinct cellular functions.</a> Genome Res. 21 (8), 1273-1283 (2011).</li>
<li>Blinka, S., Reimer, M. H., Pulakanti, K., Rao, S. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Super-enhancers+at+the+Nanog+locus+differentially+regulate+neighboring+pluripotency-associated+genes%5BTitle%5D)+AND+%22Cell+Rep%22%5BJournal%5D)">Super-enhancers at the Nanog locus differentially regulate neighboring pluripotency-associated genes.</a> Cell Rep. 17 (1), 19-28 (2016).</li>
<li>Zhao, S., Ye, Z., Stanton, R. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Misuse+of+RPKM+or+TPM+normalization+when+comparing+across+samples+and+sequencing+protocols%5BTitle%5D)+AND+%22RNA%22%5BJournal%5D)">Misuse of RPKM or TPM normalization when comparing across samples and sequencing protocols.</a> RNA. 26 (8), 903-909 (2020).</li>
</ol>

<table><tbody><tr><td>Yatak aletleri</td><td>Quinlan Laboratuvarı, Utah Üniversitesi &nbsp;</td><td>v2.31.1</td><td>BED dosyalarını düzenlemek için yardımcı programlar</td></tr><tr><td>papyon2</td><td>Langmead Laboratuvarı, Johns Hopkins Üniversitesi</td><td>v2.5.4</td><td>Okumaları referans genomla eşlemek için çok iş parçacıklı hizalayıcı</td></tr><tr><td>Cowplot</td><td>Wilke Laboratuvarı, Teksas Üniversitesi</td><td>v1.2.0</td><td>ggplot2 tabanlı figürleri birleştirmek ve hizalamak için araçlar</td></tr><tr><td>cutadapt</td><td>Science For Life Laboratuvarı, Stockholm Üniversitesi</td><td>v5.1</td><td>Adaptör ve poli-A/G kuyruk trimmeri</td></tr><tr><td>Deeptools</td><td>Max Planck Enstitüsü Biyoinformatik Tesisi</td><td>v3.5.6</td><td>Tanımlı genomik bölgelerde okumaları nicelendirmek için okuma sayma aracı</td></tr><tr><td>FASTQC</td><td>Babraham Biyoinformatik, Babraham Enstitüsü</td><td>v0.12.1</td><td>Okuma dizileme kalite kontrolü</td></tr><tr><td>featureCounts (subread)</td><td>Shi Laboratuvarı, Monash Üniversitesi</td><td>v2.1.1</td><td>Belirli genomik bölgeler için ham okuma sayma araçları</td></tr><tr><td>Homeros</td><td>Benner Laboratuvarı, Kaliforniya Üniversitesi San Diego (UCSD)</td><td>v5.1</td><td>ChIP-dizi, ATAC-dizisi ve yeni başlayan RNA analizi için araç seti; etiket dizin oluşturma ve sinyal profilleme içerir</td></tr><tr><td>MacS3</td><td>Chan Zuckerberg Girişimi</td><td>v3.0.3</td><td>ChIP-seq ve ATAC-seq veri setleri için zirve çağrısı</td></tr><tr><td>Pigz</td><td>.</td><td>v2.8</td><td>gzip sıkıştırılmış dosyalar oluşturmak için çok iş parçacıklı sıkıştırma aracı</td></tr><tr><td>sambamba</td><td>Petersburg Devlet Üniversitesi</td><td>v1.0.1</td><td>Çok iş parçacıklı SAM/BAM dosya işleme araç takımı</td></tr><tr><td>samtools</td><td>Wellcome Trust Sanger Enstitüsü</td><td>v1.22.1</td><td>SAM/BAM dosyalarını işlemek ve işlemek için araçlar</td></tr><tr><td>SRA-tools</td><td>Ulusal Biyoteknoloji Bilgi Merkezi (NCBI)</td><td>v3.2.0</td><td>NCBI SRA veritabanından SRR dosyalarını indirmek için</td></tr><tr><td>tidyverse</td><td>PBC poziti</td><td>v2.0.0</td><td>Veri işleme ve görselleştirme için R paketlerinin toplanması</td></tr><tr><td>Trim-bol</td><td>Altos Laboratuvarları, Cambridge Bilim Enstitüsü</td><td>v0.6.10</td><td>Adaptör ve düşük kaliteli taban kesme ile çoklu iplik</td></tr><tr><td>Ubuntu 20.04</td><td></td><td></td><td>Boru hattının geliştirilmesi ve test edilmesi</td></tr><tr><td>ucsc-bedgraphtobigwig&nbsp;</td><td>Kent Laboratuvarı, Kaliforniya Üniversitesi Santa Cruze</td><td>v482</td><td>bigWig sinyal izleri üretmek için araçlar</td></tr></tbody></table>

fare embriyonik kök hücrelerinde İntergenik/İntojenik güçlendirici rna miktar tayini için hesaplamalı bir boru hattı

A Computational Pipeline for Intergenic/Intragenic Enhancer RNA Quantification in Mouse Embryonic Stem Cells

Geliştirici transkript niceleme işlem hattı için şematik iş akışı Halka açık ChIP-seq (H3K27ac, H3K4me1), ATAC-seq ve GRO-seq veri kümeleri (Tablo 1), öncelikle doğrulama için tasarlanmış standartlaştırılmış bir işlem hattıyla işlendi. Adaptör kırpma ve kalite filtreleme, Trim Galore ve Cutadapt ile gerçekleştirildi, ardından Bowtie2 kullanılarak mm10 referans genomuna hizalama yapıldı (protokol Adım 6'da ayrıntılı olarak açıklanmıştır). ChIP-seq ve AT...

Fare Embriyonik Kök Hücrelerinde İntergenik/İntojenik Güçlendirici RNA Miktar Tayini için Hesaplamalı Bir Boru Hattı

Core cis-regulatory elements known as enhancers play a central role in enabling precise transcriptional regulation of target genes that control diverse ...

a-computational-pipeline-for-intergenicintragenic-enhancer-rna

Research

JoVE Journal

Genetics

Genetik

Biz hızla belirlemek ve fare embriyonik kök hücre bakım ve kendini yenileme düzenleyen genlerin karakterize bir floresan reporter assay açıklar.

Fare Embriyonik Kök Hücre Bakım ve Kendini yenileme Regulate Genler Okumak Oct4GiP Reporter Assay

Tek hücre gen sentezleme tahlili kök hücre heterojeniteler anlamak için gereklidir.

Kantitatif RT-PCR ile Bireysel İnsan Embriyonik Kök Hücreleri profilleme

Bu protokol Fare preimplantasyon embriyolar soy özellikleri çalışma protein ekspresyonu in situ analiz kantitatif, tek hücreli gerçekleştirmek için bir yöntem sunmaktadır. blastosist toplanması için gerekli işlemler, proteinlerin immunofluorescent algılama tüm montaj, bir konfokal mikroskop ve nükleer segmentasyon ve görüntü analizi örneklerin görüntüleme açıklanmıştır.

Protein İfade Kantitatif Analiz Fare Preimplantasyon Embriyolar Lineage Şartname Eğitim için

Bu çalışmada, aktif geliştiricilerin nasıl tanımlanabileceğine ve deneysel olarak doğrulanabileceğine dair deneysel bir iş akışı sağlıyoruz.

Tahmin ve Gen Düzenleme Elementlerin Doğrulama Retinoik Asit Kaynaklı Embriyonik sırasında Aktif Hücre Farklılaşma Kök

Bu iletişim kuralını tasarlayın ve çoğaltılmış arttırıcılar deactivating füzyon protein SID4X-dCas9-KRAB, olarak da bilinen artırıcı girişim (Enhancer-i) ile hedefleme gerçekleştirmek için gereken adımları açıklar. Bu iletişim kuralı gen ekspresyonu düzenleyen arttırıcılar tanımlaması sağlar ve ortak bir hedef geni düzenleyen arttırıcılar arasındaki ilişkileri diseksiyon kolaylaştırır.

Diseksiyon artırıcı işlevi hücre hatlarında Multiplex artırıcı CRISPR tabanlı girişim kullanma

Burada fare embriyonik dokularında gen ekspresyonunu profillemek için çok katlı tek hücreli mRNA dizileme yöntemi ni sunduk. Damlacık tabanlı tek hücreli mRNA dizileme (scRNA-Seq) yöntem çoklama stratejileri ile birlikte aynı anda birden fazla örnekten tek hücre profili olabilir, hangi önemli ölçüde reaktif maliyetlerini azaltır ve deneysel toplu etkileri en aza indirir.

Fare Embriyonik Hücrelerinin Çok katlı Tek Hücreli mRNA Sıralama Analizi

Embriyonik kök hücrelerden üretilen embriyoid cisimlerde yüksek iş eldeli sıralamanın ardından kantitatif kromozom konformasyon yakalama uygulamasını rapor ediyoruz. Bu teknik, embriyonik kök hücre farklılaşması sırasında belirli bir genin putatif arttırıcılar ve promotör bölgeleri arasındaki temasları tanımlamaya ve quantitate sağlar.

Kantitatif Kromozom Konformasyon Yakalama (4C) ile Embriyoid Cisimlerde Arttırıcı-Organizatör Kontalarının Belirlenmesi

Bu protokol, topolojik olarak ilişkili alanların (TAD'ler) sınırları ve düzenleyici ve diğer DNA dizisi elemanları arasındaki uzun menzilli kromatin etkileşimleri de dahil olmak üzere, mega tabanlı boyutlu hedeflenen genomik bölgelerin 3D organizasyonunu yüksek çözünürlükte karakterize etmek için kullanılan Capture Hi-C yöntemini açıklar.

Yüksek Çözünürlüklü 3D Kromatin Organizasyonunun Capture Hi-C ile Deşifre Edilmesi

Mevcut protokol, 2i ve LIF ortamı ile kültür sırasında fare embriyonik kök hücrelerinin ters poli-transfeksiyonu için bir yöntemi açıklamaktadır. Bu yöntem, geleneksel ileri transfeksiyon protokollerinden daha yüksek canlılık ve verimlilik sağlarken, aynı zamanda plazmit oranlarının tek kap optimizasyonunu da sağlar.

Nükleik Asit Oranlarının Hızlı Araştırılması için Optimize Edilmiş Bir Fare Embriyonik Kök Hücre Tabanlı Ters Poli-Transfeksiyon Tekniği

Bu makale, tek hücrelerin ve çekirdeklerin dizilimi için gastrulasyon yapan fare embriyolarının yüksek kaliteli tek hücreli ve çekirdek süspansiyonları için bir boru hattı oluşturur.

Mutant Bütün Fare Embriyolarının Tek Hücreli RNA Dizilimi: Epiblasttan Gastrulasyonun Sonuna Kadar

Bu protokol, fare embriyonik kök hücrelerinde intergenik ve intragenik güçlendirici RNA'ların kararlılığını ve yarı ömrünü Aktinomisin D tedavisi, RT-qPCR ve doğrusal olmayan regresyon analiziyle nicel olarak ölçer. Konuma özgü normalleştirme stratejileri, eRNA bozunma dinamiklerini bağlama bağlı olarak doğru şekilde modellemek için dahil edilir.

Fare embriyonik kök hücrelerinde Enhancer RNA Stabilitesinin Optimize Edilebilir Nicel Değerlendirmesi

Keşfedin fare embriyonik kök hücrelerinde intergenik ve introgenik güçlendirici RNA miktar tayini için hesaplamalı bir boru hattı. Kromatin erişilebilirliği ve transkripsiyonel veri entegrasyonu ile güçlendirici aktiviteyi hassas şekilde analiz edin.

Fare Embriyonik Kök Hücrelerinde İntergenik/İntojenik Güçlendirici RNA Miktar Tayini için Hesaplamalı Bir Boru Hattı

Daha fazla video keşfet