Name: EasyFiji: Fijide Kullanıcı Dostu Floresan Görüntü İşleme İçin Grafiksel Arayüz (Video) | JoVE Journal
Uploaded: 2026-02-20T15:00:00.000+00:00
Duration: 10 min 9 s
Description: Öğrenin, Fiji (ImageJ) için geliştirilen EasyFiji eklentisiyle floresan görüntü işlemeyi nasıl kolaylaştırabilirsiniz. Kullanıcı dostu arayüzü sayesinde yaşam bilimleri araştırmacıları görselleştirme ve analiz süreçlerini hızlandırabilir.

ai_agent_IP

ai_agent

maintenance

instantTrialDurationMinutes

isBiopharma

enableNewMyJoveSectionDesign

educationFeatures

seoMetaApi

ai_copilot_institution_blacklist

ai_chat_institution_blacklist

freeAccessWindow

ssoRoleCapture

scheduledMaintenanceBanner

joveLabsFeatures

disable_autoplay_for_bots

extended_trial_duration

5 minutes

<ol><li>Schindelin, J., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Fiji%3A+an+open-source+platform+for+biological-image+analysis%5BTitle%5D)+AND+%22Nat+Methods%22%5BJournal%5D)">Fiji: an open-source platform for biological-image analysis.</a> Nat Methods. 9 (7), 676-682 (2012).</li>
<li>Rueden, C. T., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((ImageJ2%3A+ImageJ+for+the+next+generation+of+scientific+image+data%5BTitle%5D)+AND+%22BMC+Bioinformatics%22%5BJournal%5D)">ImageJ2: ImageJ for the next generation of scientific image data.</a> BMC Bioinformatics. 18 (1), 529(2017).</li>
<li>Mutterer, J. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Custom+toolbars+and+mini+applications+with+Action+Bar%5BTitle%5D)+AND+%22Figshare%22%5BJournal%5D)">Custom toolbars and mini applications with Action Bar.</a> Figshare. 10 (m9), (2017).</li>
<li>Levet, F., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Developing+open-source+software+for+bioimage+analysis%3A+opportunities+and+challenges%5BTitle%5D)+AND+%22F1000Res%22%5BJournal%5D)">Developing open-source software for bioimage analysis: opportunities and challenges.</a> F1000Res. 10, 302(2021).</li>
<li>Aaron, J. S., Taylor, A. B., Chew, T. L. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Image+co-localization-co-occurrence+versus+correlation%5BTitle%5D)+AND+%22J+Cell+Sci%22%5BJournal%5D)">Image co-localization-co-occurrence versus correlation.</a> J Cell Sci. 131 (3), (2018).</li>
<li>Taylor, A. B., Ioannou, M. S., Watanabe, T., Hahn, K., Chew, T. L. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Perceptually+accurate+display+of+two+greyscale+images+as+a+single+colour+image%5BTitle%5D)+AND+%22J+Microsc%22%5BJournal%5D)">Perceptually accurate display of two greyscale images as a single colour image.</a> J Microsc. 268 (1), 73-83 (2017).</li>
<li>Mary, H., Brouhard, G. <a target="_blank" href="http://scholar.google.com/scholar?hl=en&safe=off&q=author%3aMary%2C+H+%22KymographBuilder%22">KymographBuilder</a>. , https://imagej.net/plugins/kymograph-builder (2016).</li>
<li>Schanda, J. <a target="_blank" href="http://scholar.google.com/scholar?hl=en&safe=off&q=author%3aSchanda%2C+J+%22Colorimetry%3A+understanding+the+CIE+system%22">Colorimetry: understanding the CIE system</a>. , Wiley Interscience. Hoboken. (2007).</li>
<li>Dunn, K. W., Kamocka, M. M., McDonald, J. H. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((A+practical+guide+to+evaluating+colocalization+in+biological+microscopy%5BTitle%5D)+AND+%22Am+J+Physiol+Cell+Physiol%22%5BJournal%5D)">A practical guide to evaluating colocalization in biological microscopy.</a> Am J Physiol Cell Physiol. 300 (4), C723-C742 (2011).</li>
<li>Miura, K. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Bleach+correction+ImageJ+plugin+for+compensating+the+photobleaching+of+time-lapse+sequences%5BTitle%5D)+AND+%22F1000Res%22%5BJournal%5D)">Bleach correction ImageJ plugin for compensating the photobleaching of time-lapse sequences.</a> F1000Res. 9, 1494(2020).</li>
<li>Reid, R. C. Jr, Shapley, R. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Brightness+induction+by+local+contrast+and+the+spatial+dependence+of+assimilation%5BTitle%5D)+AND+%22Vision+Res%22%5BJournal%5D)">Brightness induction by local contrast and the spatial dependence of assimilation.</a> Vision Res. 28 (1), 115-132 (1988).</li>
<li>Stauffer, W., Sheng, H., Lim, H. N. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((EzColocalization%3A+an+ImageJ+plugin+for+visualizing+and+measuring+colocalization+in+cells+and+organisms%5BTitle%5D)+AND+%22Sci+Rep%22%5BJournal%5D)">EzColocalization: an ImageJ plugin for visualizing and measuring colocalization in cells and organisms.</a> Sci Rep. 8 (1), 15764(2018).</li>
<li>Taylor, A. B., Ioannou, M. S., Aaron, J., Chew, T. L. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Model-free+quantification+and+visualization+of+colocalization+in+fluorescence+images%5BTitle%5D)+AND+%22Cytometry+A%22%5BJournal%5D)">Model-free quantification and visualization of colocalization in fluorescence images.</a> Cytometry A. 93 (5), 504-516 (2018).</li>
</ol>

<table><tbody><tr><td>EasyFiji GitHub Sitesi</td><td>Açık Kaynak</td><td></td><td>https://github.com/stjude/EasyFiji</td></tr><tr><td>EasyFiji Image.sc forumu</td><td>Açık Kaynak</td><td></td><td>https://forum.image.sc/t/announcing-easyfiji-a-user-friendly-gui-plugin-for-fiji/117617</td></tr><tr><td>EasyFiji ImageJ.net sitesi</td><td>Açık Kaynak</td><td></td><td>https://imagej.net/plugins/EasyFiji_plugin#quick-start</td></tr><tr><td>FIJI Yazılımı</td><td>Açık Kaynak</td><td></td><td>https://imagej.net/software/fiji/downloads</td></tr><tr><td>VLC Medya Oynatıcı</td><td>Açık Kaynak</td><td></td><td>https://www.videolan.org/vlc/</td></tr></tbody></table>

easyfiji: fiji'de kullanıcı dostu floresan görüntü İşleme İçin grafiksel arayüz

EasyFiji: A Graphical Interface for User-Friendly Fluorescence Image Processing in Fiji

EasyFiji: Fiji'de Kullanıcı Dostu Floresan Görüntü İşleme İçin Grafiksel Arayüz

Fiji (Fiji Is Just ImageJ) is an extensive and extensible open-source image processing package widely employed by the bioimage analysis community. ...

easyfiji-graphical-interface-for-user-friendly-fluorescence-image

Research

JoVE Journal

Biology

Biyoloji

Streptomyces, hücre biyolojik yollarla incelenmesi deneysel olarak zor olan karmaşık bir yaşam döngüsü ile karakterize edilir. Burada, Streptomyces venezuelae'yi mikroakışkan bir cihazda büyüterek tüm yaşam döngüsünün floresan hızlandırılmış mikroskobunu gerçekleştirmek için bir protokol sunuyoruz.

Tam Floresans Zaman atlamalı Görüntüleme<em&gt; S. venezuelae</emBir mikroakışkan Cihaz Kullanımı&gt; Yaşam Döngüsü

Işık tabakası floresan mikroskobu, embriyonik gelişimi görüntülemek için mükemmel bir araçtır. Yakın fizyolojik koşullarda canlı embriyoların uzun hızlandırılmış filmlerinin kaydedilmesine izin verir. Geniş uzaysal-zamansal ölçeklerde zebra balığı gözü gelişimini görüntüleme uygulamasını gösteriyoruz ve çok görüntülü veri kümelerinin füzyonu ve evrişiminin çözülmesi için bir boru hattı sunuyoruz.

Görüntü Zebra balığı Göz Geliştirme Işık Sac floresan mikroskobu kullanarak

Işık levha bazlı floresan mikroskobu ile böcek embriyonlarından morfojenezini Görüntüleme tekniğin durumu haline gelmiştir. Bu protokol ana hatlarıyla ve Tribolium castaneum embriyolar için uygun üç montaj teknikleri karşılaştırır, canlı görüntüleme için uygun iki yeni ısmarlama transjenik çizgileri sunar, önemli bir kalite kontrol anlatılır ve mevcut deney sınırlamaları gösterir.

Işık Levha tabanlı Floresan Yaşayanlar Mikroskopi veya Sabit ve Lekeli<em&gt; Tribullum castaneum</em&gt; Embriyolar

Burada iki örnek işleme teknikleri, buz gibi yüksek basınç birleştirmek için bir iletişim kuralı mevcut ve mikrodalga destekli örnek işleme, veri odaklı iyon demeti Taramalı elektron mikroskobu (FIB-SEM) ile edinme için gömme en az reçine izledi. Bu bir fare tibial sinir örnek ve Caenorhabditis eleganskullanarak gösterilmiştir.

Yüksek basınç dondurucu, mikrodalga destekli kontrast geliştirme ve en az reçine birim görüntüleme için katıştırma tarafından biyolojik örnek hazırlama

Burada, tek parçacık kantitatif değerlendirilmesi Difüzyon katsayıları, Floresans mikroskobu tarafından algılanan tek parçacıkların hareket ve küme boyutları türleri sağlar görüntü analizi izleme için bir iletişim kuralı mevcut.

Görüntü membran reseptörleri Floresans mikroskobu tarafından küme boyutunu ve Difüzyon analizi için protokol işleme

Protokolün genel amacı, hücre içermeyen protein sentezi için kullanılabilecek 1 cm2 düzlemsel substrat üzerinde bir milyondan fazla sipariş, üniforma, kararlı ve biyouyumlu femtolitre damlacıkları hazırlamaktır.

Tek DNA Moleküllerinden Kitlesel Paralel Protein Sentezi için Femtolitre Damlacık Dizisi

Floresan mikroskopi görüntülerinde belirli hücre bölmelerinde hücresel cisimlerin hızlı araştırılması ve doğru analizi için oluşturulmuş serbestçe kullanılabilir bir iş akışı salıyoruz. Bu kullanıcı dostu iş akışı açık kaynak yazılım Icy üzerinde tasarlanmıştır ve aynı zamanda ImageJ işlevleri kullanır. Boru hattı görüntü analizi nde bilgi olmadan uygun fiyatlı.

Alt Yapı Analizörü: Floresan Mikroskopi Görüntülerinde HücreCisimlerinin Hızlı Araştırılması ve Doğru Analizi için Kullanıcı Dostu İş Akışı

Mısır yaprağı primordiaları derinlemesine kaplanır ve yuvarlanır, bu da onları incelemeyi zorlaştırır. Burada, floresan ve konfokal görüntüleme için enine kesitler ve açılmış mısır yaprağı primordialarının bütün montajlarını hazırlamak için yöntemler sunuyoruz.

Enine kesitler hazırlamak için geliştirilmiş yöntemler ve floresan ve konfokal görüntüleme için mısır yaprağı primordiasının bütün montajlarını açma

Bu yöntem, insan T lenfositlerinde çeşitli nükleer organizasyon paternleri ile protein dağılımını değerlendirmek için bir immünofloresan protokolünü ve miktar tayini boru hattını tanımlar. Bu protokol, numune hazırlamadan başlayarak Fiji'de yarı otomatik analizin yürütülmesine kadar devam eden ve bir Google Colab not defteri tarafından veri işleme ile sonuçlanan adım adım rehberlik sağlar.

Çeşitli hücre tiplerinde nükleer cisimlerdeki dinamik değişiklikleri analiz etmek için çok yönlü bir boru hattı

Yinelemeli ağartma-uzatma-çoğullama (IBEX) ve ticari bir nükleotid etiketleme testinin (Click-iT EdU) kombinasyonu, sabit donmuş murin dokusu kesitlerinde oldukça dinamik süreçlerde bölünen hücre tiplerinin saptanmasını ve sınıflandırılmasını sağlar. Ayrıca, yeni bir açık kaynaklı görüntü işleme hattı, yüksek verimli görüntü elde etme ve analiz sağlar.

Doku Örneklerinde Cilt Hücresi Fenotiplerini ve Proliferasyon Durumlarını Değerlendirmek için Yüksek Verimli Görüntüleme ve Analiz İş Akışı

Öğrenin, Fiji (ImageJ) için geliştirilen EasyFiji eklentisiyle floresan görüntü işlemeyi nasıl kolaylaştırabilirsiniz. Kullanıcı dostu arayüzü sayesinde yaşam bilimleri araştırmacıları görselleştirme ve analiz süreçlerini hızlandırabilir.

EasyFiji: Fiji'de Kullanıcı Dostu Floresan Görüntü İşleme İçin Grafiksel Arayüz

Daha fazla video keşfet