Name: Bütün Caenorhabditis elegans L4 larvalarda kromatin erişilebilirlik profili (Video) | JoVE Journal
Uploaded: 2026-04-17T13:25:00.000+00:00
Duration: 8 min 2 s
Description: Öğrenin, Caenorhabditis elegans L4 larvalarında ATAC-seq ile kromatin erişilebilirlik profili oluşturmayı. Bu optimize protokol, kolajenli kütikül zorluğunu aşarak genom çapında kromatin dinamiklerini incelemenizi sağlar.

ai_agent_IP

ai_agent

maintenance

instantTrialDurationMinutes

isBiopharma

enableNewMyJoveSectionDesign

educationFeatures

seoMetaApi

ai_copilot_institution_blacklist

ai_chat_institution_blacklist

freeAccessWindow

ssoRoleCapture

scheduledMaintenanceBanner

joveLabsFeatures

disable_autoplay_for_bots

extended_trial_duration

5 minutes

<ol><li>Poulet, A., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Identification+and+characterization+of+histones+in+Physarum+polycephalum+evidence+a+phylogenetic+vicinity+of+mycetozoans+to+the+animal+kingdom%5BTitle%5D)+AND+%22NAR+Genom.+Bioinform%22%5BJournal%5D)">Identification and characterization of histones in Physarum polycephalum evidence a phylogenetic vicinity of mycetozoans to the animal kingdom.</a> NAR Genom. Bioinform. 3 (4), lqab107(2021).</li>
<li>Meléndez-Ramírez, C., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Dynamic+landscape+of+chromatin+accessibility+and+transcriptomic+changes+during+differentiation+of+human+embryonic+stem+cells+into+dopaminergic+neurons%5BTitle%5D)+AND+%22Sci.+Rep%22%5BJournal%5D)">Dynamic landscape of chromatin accessibility and transcriptomic changes during differentiation of human embryonic stem cells into dopaminergic neurons.</a> Sci. Rep. 11 (1), 16977(2021).</li>
<li>Mansisidor, A. R., Risca, V. I. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Chromatin+accessibility%3A+methods%2C+mechanisms%2C+and+biological+insights%5BTitle%5D)+AND+%22Nucleus%22%5BJournal%5D)">Chromatin accessibility: methods, mechanisms, and biological insights.</a> Nucleus. 13 (1), 236-276 (2022).</li>
<li>Koyanagi, K. O. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Inferring+chromatin+accessibility+during+murine+hematopoiesis+through+phylogenetic+analysis%5BTitle%5D)+AND+%22BMC+Res.+Notes%22%5BJournal%5D)">Inferring chromatin accessibility during murine hematopoiesis through phylogenetic analysis.</a> BMC Res. Notes. 16 (1), 222(2023).</li>
<li>Gómora-García, J. C., Furlan-Magaril, M. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Pioneer+factors+outline+chromatin+architecture%5BTitle%5D)+AND+%22Curr.+Opin.+Cell+Biol%22%5BJournal%5D)">Pioneer factors outline chromatin architecture.</a> Curr. Opin. Cell Biol. 93, 102480(2025).</li>
<li>Boivin, A., Dura, J. M. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((In+vivo+chromatin+accessibility+correlates+with+gene+silencing+in+Drosophila%5BTitle%5D)+AND+%22Genetics%22%5BJournal%5D)">In vivo chromatin accessibility correlates with gene silencing in Drosophila.</a> Genetics. 150 (4), 1539-1549 (1998).</li>
<li>Penagos-Puig, A., Furlan-Magaril, M. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Heterochromatin+as+an+important+driver+of+genome+organization%5BTitle%5D)+AND+%22Front.+Cell+Dev.+Biol%22%5BJournal%5D)">Heterochromatin as an important driver of genome organization.</a> Front. Cell Dev. Biol. 8, 579137(2020).</li>
<li>Escamilla-Del-Arenal, M., Recillas-Targa, F. G. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((GATA-1+modulates+the+chromatin+structure+and+activity+of+the+chicken+alpha-globin+3%E2%80%B2+enhancer%5BTitle%5D)+AND+%22Mol.+Cell.+Biol%22%5BJournal%5D)">GATA-1 modulates the chromatin structure and activity of the chicken alpha-globin 3′ enhancer.</a> Mol. Cell. Biol. 28 (2), 575-586 (2008).</li>
<li>Zhong, J., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Mapping+nucleosome+positions+using+DNase-seq%5BTitle%5D)+AND+%22Genome+Res%22%5BJournal%5D)">Mapping nucleosome positions using DNase-seq.</a> Genome Res. 26 (3), 351-364 (2016).</li>
<li>Johnson, S. M., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Flexibility+and+constraint+in+the+nucleosome+core+landscape+of+Caenorhabditis+elegans+chromatin%5BTitle%5D)+AND+%22Genome+Res%22%5BJournal%5D)">Flexibility and constraint in the nucleosome core landscape of Caenorhabditis elegans chromatin.</a> Genome Res. 16 (12), 1505-1516 (2006).</li>
<li>Boyle, A. P., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((High-resolution+mapping+and+characterization+of+open+chromatin+across+the+genome%5BTitle%5D)+AND+%22Cell%22%5BJournal%5D)">High-resolution mapping and characterization of open chromatin across the genome.</a> Cell. 132 (2), 311-322 (2008).</li>
<li>Buenrostro, J. D., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Transposition+of+native+chromatin+for+fast+and+sensitive+epigenomic+profiling+of+open+chromatin%2C+DNA-binding+proteins%2C+and+nucleosome+position%5BTitle%5D)+AND+%22Nat.+Methods%22%5BJournal%5D)">Transposition of native chromatin for fast and sensitive epigenomic profiling of open chromatin, DNA-binding proteins, and nucleosome position.</a> Nat. Methods. 10 (12), 1213-1218 (2013).</li>
<li>Buenrostro, J. D., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((ATAC-seq%3A+A+method+for+assaying+chromatin+accessibility+genome-wide%5BTitle%5D)+AND+%22Curr.+Protoc.+Mol.+Biol%22%5BJournal%5D)">ATAC-seq: A method for assaying chromatin accessibility genome-wide.</a> Curr. Protoc. Mol. Biol. 109, 21.29.1-21.29.9 (2015).</li>
<li>Corces, M. R., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((The+chromatin+accessibility+landscape+of+primary+human+cancers%5BTitle%5D)+AND+%22Science%22%5BJournal%5D)">The chromatin accessibility landscape of primary human cancers.</a> Science. 362 (6413), eaav1898(2018).</li>
<li>Shema, E., Bernstein, B. E., Buenrostro, J. D. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Single-cell+and+single-molecule+epigenomics+to+uncover+genome+regulation+at+unprecedented+resolution%5BTitle%5D)+AND+%22Nat.+Genet%22%5BJournal%5D)">Single-cell and single-molecule epigenomics to uncover genome regulation at unprecedented resolution.</a> Nat. Genet. 51 (1), 19-25 (2019).</li>
<li>Cao, J., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((A+human+cell+atlas+of+fetal+gene+expression%5BTitle%5D)+AND+%22Science%22%5BJournal%5D)">A human cell atlas of fetal gene expression.</a> Science. 370 (6518), eaba7721(2020).</li>
<li>Ma, S., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Chromatin+potential+identified+by+shared+single-cell+profiling+of+RNA+and+chromatin%5BTitle%5D)+AND+%22Cell%22%5BJournal%5D)">Chromatin potential identified by shared single-cell profiling of RNA and chromatin.</a> Cell. 183 (4), 1103-1116.e20 (2020).</li>
<li>Jänes, J., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Chromatin+accessibility+dynamics+across+C.+elegans+development+and+ageing%5BTitle%5D)+AND+%22eLife%22%5BJournal%5D)">Chromatin accessibility dynamics across C. elegans development and ageing.</a> eLife. 7, e37344(2018).</li>
<li>Dhillon-Richardson, R. M., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Fishing+for+developmental+regulatory+regions%3A+Zebrafish+tissue-specific+ATAC-seq%5BTitle%5D)+AND+%22Methods+Mol.+Biol%22%5BJournal%5D)">Fishing for developmental regulatory regions: Zebrafish tissue-specific ATAC-seq.</a> Methods Mol. Biol. 2599, 271-282 (2023).</li>
<li>Huynh, K., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Genetic+variation+in+chromatin+state+across+multiple+tissues+in+Drosophila+melanogaster%5BTitle%5D)+AND+%22PLoS+Genet%22%5BJournal%5D)">Genetic variation in chromatin state across multiple tissues in Drosophila melanogaster.</a> PLoS Genet. 19 (5), e1010439(2023).</li>
<li>Lee, R. C., Feinbaum, R. L., Ambros, V. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((The+C.+elegans+heterochronic+gene+lin-4+encodes+small+RNAs+with+antisense+complementarity+to+lin-14%5BTitle%5D)+AND+%22Cell%22%5BJournal%5D)">The C. elegans heterochronic gene lin-4 encodes small RNAs with antisense complementarity to lin-14.</a> Cell. 75 (5), 843-854 (1993).</li>
<li>Fire, A., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Potent+and+specific+genetic+interference+by+double-stranded+RNA+in+Caenorhabditis+elegans%5BTitle%5D)+AND+%22Nature%22%5BJournal%5D)">Potent and specific genetic interference by double-stranded RNA in Caenorhabditis elegans.</a> Nature. 391 (6669), 806-811 (1998).</li>
<li>Hillier, L. W., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Genomics+in+C.+elegans%3A+so+many+genes%2C+such+a+little+worm%5BTitle%5D)+AND+%22Genome+Res%22%5BJournal%5D)">Genomics in C. elegans: so many genes, such a little worm.</a> Genome Res. 15 (12), 1651-1660 (2005).</li>
<li>Daugherty, A. C., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Chromatin+accessibility+dynamics+reveal+novel+functional+enhancers+in+C.+elegans%5BTitle%5D)+AND+%22Genome+Res%22%5BJournal%5D)">Chromatin accessibility dynamics reveal novel functional enhancers in C. elegans.</a> Genome Res. 27 (12), 2096-2107 (2017).</li>
<li>Johnstone, I. L. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((The+cuticle+of+the+nematode+Caenorhabditis+elegans%3A+a+complex+collagen+structure%5BTitle%5D)+AND+%22Bioessays%22%5BJournal%5D)">The cuticle of the nematode Caenorhabditis elegans: a complex collagen structure.</a> Bioessays. 16 (3), 171-178 (1994).</li>
<li>Zhang, S., Banerjee, D., Kuhn, J. R. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Isolation+and+culture+of+larval+cells+from+C.+elegans%5BTitle%5D)+AND+%22PLoS+One%22%5BJournal%5D)">Isolation and culture of larval cells from C. elegans.</a> PLoS One. 6 (4), e19505(2011).</li>
<li>Stiernagle, T. Maintenance of Caenorhabditis elegans. WormBook. , The C. elegans. Research Community. (2006).</li>
<li>Porta-de-la-Riva, M., Fontrodona, L., Villanueva, A., Cerón, J. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Basic+Caenorhabditis+elegans+methods%3A+synchronization+and+observation%5BTitle%5D)+AND+%22JoVE%22%5BJournal%5D)">Basic Caenorhabditis elegans methods: synchronization and observation.</a> JoVE. (64), e4019(2012).</li>
<li>Corces, M. R., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((An+improved+ATAC-seq+protocol+reduces+background+and+enables+interrogation+of+frozen+tissues%5BTitle%5D)+AND+%22Nat.+Methods%22%5BJournal%5D)">An improved ATAC-seq protocol reduces background and enables interrogation of frozen tissues.</a> Nat. Methods. 14 (10), 959-962 (2017).</li>
</ol>

<table><tbody><tr><td>250 mL, 0.22 &micro;m PES</td><td>Ultra Curz</td><td>sc-200253</td><td></td></tr><tr><td>Agar</td><td>BD</td><td>214010</td><td></td></tr><tr><td>Agencourt AMPURE XP</td><td>Nalgene</td><td>A63886</td><td></td></tr><tr><td>Bovine Serum Albumin</td><td>Maplica</td><td>200100</td><td></td></tr><tr><td>Calcium Chloride</td><td>Sigma</td><td>C5670-100G</td><td></td></tr><tr><td>CellTrics 20 &micro;m</td><td>Sysmex</td><td>04-0042-2315</td><td></td></tr><tr><td>Cholesterol</td><td>Sigma</td><td>C8503-25G</td><td></td></tr><tr><td>Digitonin</td><td>Sigma</td><td>D141-500 mg</td><td></td></tr><tr><td>Tek kullanımlık eldivenler</td><td>Microflex</td><td>94-243</td><td></td></tr><tr><td>DL-Ditiyotroitol</td><td>sigma</td><td>D0632-10G</td><td>Zararlı</td></tr><tr><td>Etil alkol, saf</td><td>Sigma</td><td>1003661421</td><td></td></tr><tr><td>Fetal Bovine Serum</td><td>biowest</td><td>S181S-500</td><td></td></tr><tr><td>HEPES</td><td>Sigma</td><td>H3375-250 G</td><td></td></tr><tr><td>Illumina Tagment DNA Enzyme and Buffer (büyük Kit)</td><td>Illumina</td><td>20034211</td><td></td></tr><tr><td>Kapa Syber 50 mL</td><td>Sigma</td><td>KK4618</td><td></td></tr><tr><td>L-15 Medium (Leivobitz)</td><td>sigma</td><td>L4386-10L</td><td></td></tr><tr><td>Magnezyum Klorid anhidrat</td><td>Sigma</td><td>M8266-100G</td><td></td></tr><tr><td>Magnezyum Sülfat Heptahidrat</td><td>Sigma</td><td>M1880-500G</td><td></td></tr><tr><td>Magnezyum Sülfat Heptahidrat</td><td>Sigma</td><td>M1880-500G</td><td></td></tr><tr><td>MinElute PCR Purifikasyon Kiti (50 prep)</td><td>Qiagen</td><td>28004</td><td></td></tr><tr><td>NEBNext&reg; High-Fidelity 2X PCR Master Mix</td><td>NEB</td><td>M0541S</td><td></td></tr><tr><td>Nonidet P40 Substitüt</td><td>Sigma</td><td>74835-1L</td><td></td></tr><tr><td>Pen Strep</td><td>Gibco</td><td>15140-122</td><td></td></tr><tr><td>Pepton</td><td>BD</td><td>211677</td><td></td></tr><tr><td>Petri kabı 60 mm</td><td>Tritech</td><td>T3308</td><td></td></tr><tr><td>Petri kabı 90 mm</td><td>Interlux</td><td>C9015-2C</td><td></td></tr><tr><td>Pipet uçları 10 &micro;L, filtre</td><td>Cellpro</td><td>800108</td><td></td></tr><tr><td>Pipet uçları 20 &micro;L, filtre</td><td>Cellpro</td><td>800708</td><td></td></tr><tr><td>Pipet uçları 200 &micro;L, filtre</td><td>Cellpro</td><td>800608</td><td></td></tr><tr><td>Potasyum Klorür</td><td>Sigma</td><td>P9541 -500G</td><td></td></tr><tr><td>Potasyum Fosfat Dibazik Toz</td><td>J.T. Baker</td><td>3252-01</td><td></td></tr><tr><td>Potasyum Fosfat Monobazik, Kristal</td><td>J.T. Baker</td><td>3246-01 500G</td><td></td></tr><tr><td>Sodyum Klorid</td><td>JT Baker</td><td>3624-01</td><td></td></tr><tr><td>Sodyum dodesil sülfat</td><td>sigma</td><td>L4509-100G</td><td></td></tr><tr><td>Sodyum Hidroksit</td><td>Macron</td><td>7708-10</td><td></td></tr><tr><td>Sodyum Hipoklorit</td><td>Cloralex</td><td>544394479</td><td></td></tr><tr><td>Sodyum Fosfat Dibazik 7-Hidratlı Kristal</td><td>J.T. Baker</td><td>3824-01</td><td></td></tr><tr><td>SPRIselect</td><td>Beckman</td><td>B23318</td><td></td></tr><tr><td>Sükroz</td><td>Sigma</td><td>S0389-500G</td><td></td></tr><tr><td>Sıring Filtre PVDF 0.22 &micro;m</td><td>Ultra Curz</td><td>Sc-358812</td><td></td></tr><tr><td>Trizma bazı</td><td>Sigma</td><td>T1503 1KG</td><td></td></tr><tr><td>Tween 20</td><td>Sigma</td><td>P9416-50ML</td><td></td></tr></tbody></table>

bütün caenorhabditis elegans l4 larvalarda kromatin erişilebilirlik profili

Chromatin Accessibility Profiling in Whole Caenorhabditis elegans L4 Larvae

Etiketleme sonrası kalite kontrol, doğru kütüphane hazırlığını sağlar Protokol sırasında, kromatin etiketlemesinden sonra yapılan qPCR'ye özel dikkat etmek önemlidir (bölüm 9), çünkü bu, DNA kalitesinin ve deneyin performansının değerlendirilmesi için hayati bir adımdır. Şekil 1A , iki amplifikasyon eğrisini gösterir; sol olan (15 döngüden alt) her şeyin bu noktaya kadar başarılı olduğunu gösteren kaliteli materyali temsil ediyor, bu yüzden devam etmek sorun değil. Sağdak...

Bütün Caenorhabditis elegans L4 larvalarda kromatin erişilebilirlik profili

Chromatin accessibility plays essential roles in transcription, DNA repair, and chromosome segregation. Hyper-accessible regions usually correlate with ...

Araştırmamız, epigenetik düzenlemenin gen ekspresyonunu nasıl şekillendirdiğine, özellikle kromatin erişilebilirliğinin farklı biyolojik koşullar altında gen aktivitesini nasıl kontrol ettiğine odaklanmaktadır. C.elegans'ta ATAC-seq, koruyucu kutikülü ile sınırlıdır. Bizim protokollerimiz, güvenilir kromatin erişilebilirliği analizi sağlamak için bu engeli aşar.Başlamak için, senkronize bir L1 solucan popülasyonu elde edin ve onların 20 derece Celsius'ta 26 saat boyunca büyümelerine izin verin. Mikroskop altında, solucanların çoğunun L4 aşamasında olduğunu doğrulayın. Tüm solucanları M9 tamponu ile plakalardan toplayın ve 1,5 mililitrelik bir santrifüj tüpüne aktarın.Solucanları beş kez bir mililitre steril su ile yıkamak için, yerçekimiyle yerleşmelerini bekleyin. Ardından, solucanları içeren tüpü 25 derece Celsius'taki bir inkübatöre 30 dakika yerleştirin, böylece bağırsaktaki yiyecek kalıntıları çıkarılır. Ardından solucan peletinden 50 mikrolitre alın ve yeni bir tüpe koyun.Solucanları liz etmek için, 200 mikrolitre taze SDS-DTT tamponu ekleyin ve tam olarak beş dakika boyunca bir tüp döndürücüde karıştırın. Ardından, bir mililitre soğuk yumurta tamponu ekleyin. Sonra bir picofuge'de süpernatantı çıkarmak için döndürün ve altı kez tekrarlayın.Bunun ardından, 80 mikrolitre taze hazırlanmış pronaz ekleyin. 200 mikrolitrelik bir pipet kullanarak, filtreli uçlu solucan-pronaz karışımını 70 kez karıştırın ve oda sıcaklığında 15 dakika boyunca inkübe edin. 800 mikrolitre L15 %10 fetal bovin serum ortamı ekleyin ve dört derece Celsius'ta 500G'de beş dakika boyunca santrifüj yapın.Süpernatantın çıkarılmasından sonra, bir mililitre L15 %10 fetal bovin serum ortamı ekleyin ve önceden gösterildiği gibi santrifüj yapın. Pelet üç kez yıkandıktan sonra, süpernatantı çıkarın ve peleti 900 mikrolitre L15 %10 fetal bovin serum ortamında yeniden süspanse edin. Ardından, süspansiyonu 20 mikrometrelik bir filtre kullanarak süzün.Süzülmüş hücre süspansiyonunu dört derece Celsius'ta 500G'de beş dakika boyunca santrifüj yapın. Ardından süpernatantı çıkarın, yaklaşık olarak 50 mikrolitre bırakarak, 45 mikrolitre taze hazırlanmış lizis tamponu ekleyin ve örneği dikkatlice yeniden süspanse edin.Dikkatlice, örneği karıştırmadan 50 mikrolitre yıkama tamponu ekleyin. Dört derece Celsius'ta 500G'de beş dakika boyunca santrifüj yapın. Süpernatantı çıkarın ve örneği buz üzerinde tutun.Santrifüj yaparken, örnek başına TN5 karışımını 25 mikrolitre TN5 tamponu, 24,8 mikrolitre nükleozu olmayan su ve 0,2 mikrolitre TN5 enzimi kombine ederek hazırlayın. Santrifüjden sonra, süpernatantı çıkarın ve çekirdekler buz üzerinde kalsın. Nükleer pelete 50 mikrolitre TN5 karışımı ekleyin.Daha sonra, karıştırmak için yedi kez yukarı ve aşağı pipetleyin. 37 derece Celsius'ta 30 dakika boyunca bir termal blokta inkübe edin ve her 10 dakika bir tüpü hafifçe vurun. TN5 inkübasyonundan sonra, 300 mikrolitre PB tamponu ekleyin ve maksimum hızda 25 saniye boyunca vorteks ile karıştırın.Tüpün tüm hacmini döndürme kolonuna aktarın. Oda sıcaklığında maksimum hızda bir dakika boyunca santrifüj yapın. Dönüşüm kolonuna 750 mikrolitre PE tamponu ekleyin ve tekrar santrifüj yapın.Daha sonra, toplanma tüpüyle birlikte süpernatantı atın. Boş bir döndürmeden sonra, kolonu yeni bir 1,5 mililitrelik tüpe yerleştirin. Kolonun ortasına 37 derece Celsius'ta 10 mikrolitre EB tamponu ekleyin, ancak kolona dokunmayın.Bir dakika boyunca oda sıcaklığında bırakın. Daha sonra, oda sıcaklığında maksimum hızda bir dakika boyunca santrifüj yapın. Son olarak, EB tamponunda son 20 mikrolitre hacminde elüsyon adımlarını tekrarlayın.ATAC kütüphane amplifikasyonu için uygun döngü amplifikasyon sayısını tahmin etmek için gerçek zamanlı bir PCR gerçekleştirin. Her örnek için amplifikasyon sinyalinin maksimum değerinin 1/3'üne ulaştığı döngüyü seçerek son amplifikasyon döngüsü sayısını tahmin edin. ATAC kütüphanesi için son amplifikasyonu gerçekleştirin ve her örnek için farklı bir ters primer atayın ve kaydedin.Her örnek için tahmin edilen döngü sayısı kadar amplifikasyon gerçekleştirin. Sunulan polimeraz zincir reaksiyonunu 50 mikrolitre toplam reaksiyon hacmindeki 10 mikrolitre DNA kütüphanesi kullanarak 200 mikrolitrelik tüplerde gerçekleştirin. Protokolü duraklatırsanız numuneleri eksi 20 derece Celsius'ta saklayın.Amplife kütüphaneyi saflaştırdıktan sonra, fragman boyutu dağılımı desenini görmek için kılcal elektroforez gerçekleştirin. Son kütüphane amplifikasyonunun 15 döngüden az olduğu tahmin edilen amplifikasyon eğrisi, devam etmek için uygun olan kaliteli malzemeyi gösterir. Artık gecikmeli bir artış gösteren amplifikasyon e

chromatin-accessibility-profiling-whole-caenorhabditis-elegans-l4

Research

JoVE Journal

Genetics

Genetik

Mikroarray analizi genetik ekspresyon profillerini belirlemek için...

Genetik İfade Profilleri Belirlenmesi C. elegans Mikroarray ve Real-time PCR

nasıl kromatin düzenleyiciler ve kromatin devletlerin soru in vivo genom hücre kaderi kararları gelişen embriyonun yapılır ne kadar erken anlayışımıza önemli olduğunu etkileyebilir. ChIP-Seq-küresel düzey bir Xenopus embriyolar için burada özetlenen kromotin özelliklerini araştırmak için en popüler yaklaşım.

Kromatin Regülatörleri ve Devletleri&#39;nde genom Anlık<em&gt; Ksenopus</emChIP-Sıra tarafından&gt; Embriyolar

Burada, nematod Caenorhabditis elegans'ın embriyonik uzamasının erken ve geç aşamalarında meydana gelen morfojenik kusurları izlemek için özel olarak tasarlanmış protokolleri detaylandırıyoruz. Sonuç olarak, bu protokoller, bu fazları düzenleyen genleri tanımlamak ve embriyonun antero-arka ekseni boyunca diferansiyel gereksinimlerini karakterize etmek için tasarlanmıştır.

Roman Metrik Nematodu Embriyonik Uzama karakterize etmek<em&gt; Caenorhabditis elegans</em

Burada, bir çerçeve geniş menzilli diyet kısıtlaması gen ekspresyonu ve ömrü ile ilgili mevcut. Biz iletişim kuralları bu paradigma altında gen ekspresyonu kantitatif görüntüleme ve geniş menzilli diyet kısıtlaması için açıklar. Daha fazla bilgi işleme özellikleri genetik devrelerin temel gıda algılamalı içinde söz konusu ortaya çıkarmak için hesaplama analizleri anahat.

C. elegans gen ifade seviyeleri sırasında ömrü modülasyon altında geniş menzilli diyet kısıtlama tarafından kodlanmış bilginin bir miktar

Biz üç boyutlu Caenorhabditis elegans germline. inşası için otomatik yöntemi mevcut Bizim yöntem sayısını ve her çekirdek germline ve analizleri germline protein dağıtım ve hücre iskeleti yapısı içindeki konumunu belirler.

Çekirdeklerin dağıtım, proteinler ve sitoiskeleti çalışmaya Caenorhabditis elegans Germline sayısal analizi

Burada, nörogelişme sırasında tek hücreli dinamikleri anlamak için C. elegans embriyoları yaşayan yüksek çözünürlüklü mikroskobik, Hesaplamalı araçlar ve tek hücreli etiketleme kullanarak bir Kombinatoryal yaklaşım sunuyoruz.

İzotropik hafif levha mikroskobu ve otomatik hücre Lineage analizleri kataloğa Caenorhabditis elegans Embriyogenesis Subcellular çözünürlük ile

Bu yöntem hücre hatlarında ÇHC2 aracılı kromatin etki alanlarının oluşumunu takip etmek için tasarlanmıştır ve yöntem diğer birçok sistemlere uyarlanabilir.

Kromatin Etki Alanlarının De novo Oluşumunu İnceleme Yöntemi

Bu çalışma, embriyogenezin 80-100 C.'de eşzamanlı 3Boyutlu hızlandırılmış görüntülemesine olanak tanıyan yarı-yüksek iş letme protokolünü açıklamaktadır. Ayrıca, veri çözümlemesi kolaylaştırmak için görüntü işleme ve görselleştirme araçları dahildir. Bu yöntemlerin özel muhabir suşları ile birleşimi embriyogenezin ayrıntılı olarak izlenmesini sağlar.

C. elegans Embriyonik Gelişimi Analiz Etmek Için Yarı-yüksek-throughput Görüntüleme Yöntemi ve Veri Görselleştirme Araç Seti

Dinamik mikrotübüllerin floresan etiketli Uç bağlayıcı protein kullanılarak vivo olarak görüntülenmesi için bir protokol sunulmuştur. C. elegans'ınPosterior lateral mikrotübül (PLM) nöronunda dinamik mikrotübülleri etiketleme, görüntüleme ve analiz etme yöntemlerini açıkladık.

In vivo Caenorhabditis elegans Nöronlarında Mikrotübül Dinamiklerinin ve Oryantasyonunun Değerlendirilmesi

Mevcut protokol, genomik, proteomik, mikrobiyom veya diğer tahlillere giriş için bağırsakları yetişkin Caenorhabditis elegans nematod solucanlarından elle izole etmek için bir prosedürü açıklamaktadır.

Caenorhabditis elegans Bağırsaklarının El Diseksiyonu

Bu protokol, C. elegans'ta RNAi kaynaklı susturma ve ilişkili kromatin modifikasyonlarının epigenetik kalıtımını incelemek için bir RNA girişimini ve ChIP testini açıklar.

Nesiller Arası Epigenetik Kalıtımın Analizi C. elegans Floresan Raportör ve Kromatin İmmünopresipitasyon (ChIP) Kullanılarak

Öğrenin, Caenorhabditis elegans L4 larvalarında ATAC-seq ile kromatin erişilebilirlik profili oluşturmayı. Bu optimize protokol, kolajenli kütikül zorluğunu aşarak genom çapında kromatin dinamiklerini incelemenizi sağlar.

Bütün Caenorhabditis elegans L4 larvalarda kromatin erişilebilirlik profili

Daha fazla video keşfet