Name: Balina İzleme Gemileri için Çevresel DNA Örnekleme Örneği (Video) | JoVE Journal
Uploaded: 2026-04-10T12:35:00.000+00:00
Duration: 8 min 7 s
Description: Keşfedin balina izleme gemilerinden çevresel DNA örnekleme protokolünü. Bu yöntem, balina türlerini invaziv olmayan şekilde izlemek için hem araştırmacılara hem de eğitimli vatandaş bilim insanlarına uygundur.

ai_agent_IP

ai_agent

maintenance

instantTrialDurationMinutes

isBiopharma

enableNewMyJoveSectionDesign

educationFeatures

seoMetaApi

ai_copilot_institution_blacklist

ai_chat_institution_blacklist

freeAccessWindow

ssoRoleCapture

scheduledMaintenanceBanner

joveLabsFeatures

disable_autoplay_for_bots

extended_trial_duration

5 minutes

<table><tbody><tr><td>Alternatif eDNA filtreleri: SterivexTM /Waterra</td><td>Merck Millipore/Waterra Pompaları Limited</td><td>SVHVL10RC/NA</td><td>0.45 & mikro; Gözenek boyutu. eDNA koruma tamponları&nbsp gerektiriyor;</td></tr><tr><td>AW1, AW2, AE tamponları</td><td>Qiagen&nbsp; &nbsp;</td><td>19081, 19072, 19077</td><td>Ekstraksiyon sırasında DNA arıtması için kullanılan tampon çözeltiler</td></tr><tr><td>Çamaşır suyu çözeltisi (1:10)</td><td>DM - Denk mit, Hygienereiniger</td><td>Özelleştirilmiş</td><td>Yüzey dekontaminasyonu. Tüm laboratuvar süreçlerindeki adımlar</td></tr><tr><td>Kovalar</td><td>Tekne dükkanları, balıkçılık ekipmanları, Amazon</td><td></td><td>Katı. Kauçuk veya sert plastik (&ge; 10 L). Örnekleme kurulumu ve gemi lojisiğine bağlı olarak bir veya daha fazla</td></tr><tr><td>Temizlik Reagenti, Express PCR&nbsp;</td><td>ExoSAP-IT</td><td>75001.1.EA</td><td>Sanger dizilemesi için PCR ürünlerinin hazırlanması</td></tr><tr><td>Soğutma kutusu</td><td>Konut</td><td></td><td>Yalıtımlı sert kap veya soğutma torbası</td></tr><tr><td>Tek kullanımlık eldivenler, Büyük (L) ve Orta (M) bedenler, Pudrasız</td><td>Kimberly-Clark</td><td>43431, 55090</td><td>Tek kullanımlık nitril veya lateks eldivenler, 100 adet kutu. Gereken miktar: 10 - 15 yolculuk başına 1 kutu</td></tr><tr><td>DNA standartları (3 &mu; L)&nbsp;</td><td>NA</td><td>Özelleştirilmiş</td><td>DNA dokusundan türetilen seri seyreltme (8 puan, 10 ng/&mikro; L) kambur balinadan. qPCR'de kalibrasyon</td></tr><tr><td>DNA güvenli laboratuvar kıyafetleri</td><td>Falano, PP-Genel Puan</td><td>081-2900</td><td>Bunların hepsi laboratuvar süreçlerindeki adımlar.</td></tr><tr><td>eDNA konteyneri</td><td>Konut veya hırdavatçılar</td><td>NA</td><td>Kapaklı, dayanıklı, şeffaf (&ge; 10 L).&nbsp;</td></tr><tr><td>Elution plakası, Çubuk kapağı, Yıkama plakaları, Bağlanma plakası</td><td>Qiagen</td><td>19581, 997004, 1031656, 302570</td><td>DNA çıkarımı için kullanılan plastikler&nbsp;</td></tr><tr><td>Etanol (8:10)</td><td>Endure , ACS ISO Rang</td><td>Çeşitli</td><td>Tezgah kısırlaştırması. Tüm laboratuvar aşamaları</td></tr><tr><td>Saha veri sayfaları</td><td></td><td></td><td></td></tr><tr><td>Floresans tabanlı yüksek hassasiyet testi</td><td>Thermo Fisher Scientific</td><td>Q32851</td><td>Kubit dsDNA Yüksek Duyarlılık testi (Thermo Fisher Scientific, Waltham, ABD)</td></tr><tr><td>Yüksek hızlı santrifüj (24.000 rpm)</td><td>Hettich Zentrifugen&nbsp;</td><td></td><td>DNA içeren süpernatantı enkaz parçalarından ayırır. DNA lizisi</td></tr><tr><td>Buz paketleri</td><td>Konut mağazaları</td><td></td><td>Konteyner içindeki örneklerin soğutulması</td></tr><tr><td>IPC ileri ve geri primerler</td><td>Entegre DNA Teknolojileri</td><td>NA</td><td>Hedef tür DNA'sının amplifikasyonu için kullanılan özel ürün</td></tr><tr><td>IPC PrimeTime qPCR Probes</td><td>Entegre DNA Teknolojileri</td><td>NA</td><td>Hedef tür DNA'sının amplifikasyonu için kullanılan özel ürün</td></tr><tr><td>Laminar akış başlıkı&nbsp;</td><td>Kendro Laboratuvar Ürünleri</td><td>VFS1206</td><td>qPCR hazırlığında reaktif preparatları için steril ortam</td></tr><tr><td>Lamine resimli alan protokolü&nbsp;</td><td></td><td></td><td>Özelleştirilmiş</td></tr><tr><td>Liz tamponu</td><td>Qiagen</td><td>79216</td><td>DNeasy lizis tamponu AL. TES Tamponu + Proteinaz K'ya Alternatif</td></tr><tr><td>Manyetik boncuk&ndash; Temelli DNA robotu</td><td>KingFisher Apex 96 PCR başlığı</td><td>5400910</td><td>Yazılım: BindIx PC&nbsp;</td></tr><tr><td>Nükleik asit bağlanması için manyetik parçacıklar (30 &micro; L)</td><td>Qiagen</td><td>67563</td><td>MagAttract parçacıkları. DNA çıkarımında manyetik boncuklara DNA bağlanmasını kolaylaştırır</td></tr><tr><td>Master mix (5 &mu; L)</td><td>EMM, Yaşam Teknolojileri</td><td>4396838</td><td>TaqMan Çevre Master Karışımı (2.0)</td></tr><tr><td>Mini Plaka Döner Santrifüjü&nbsp;</td><td>Labnet</td><td>C1000</td><td>PCR ve mikroplakalardan sıvı damlacıkları ve yoğuşmayı spin down</td></tr><tr><td>OneStep-96 PCR İnhibitör Çıkarma Kiti</td><td>ZYMO Araştırması</td><td>D6035</td><td>eDNA ekstraktlarındaki kirleticilerin arındırılması ve uzaklaştırılması;</td></tr><tr><td>PCR Plakaları</td><td>Bio-Rad</td><td>HSP9601</td><td>Sert Kabuklu 96-Well</td></tr><tr><td>Pipetler + steril filtrelenmiş uçlar</td><td>Pipetler: BIOHIT, Filtre ipuçları: Biozym Safe&nbsp; Mühür İpuçları&nbsp; profesyonel</td><td>Çeşitli</td><td>Manuel veya elektronik pipetler çeşitli maksimum hacimlerde kullanılabilir</td></tr><tr><td>Plaka Döner Santrifüjü&nbsp;</td><td>NA</td><td>NA</td><td>qPCR&nbsp öncesinde baloncukları çıkarır;</td></tr><tr><td>Proteinaz K</td><td>Avantor VWR</td><td>A4392.0010</td><td>Liz sırasında DNA salgınmasına yardımcı olmak için proteinleri sindirir</td></tr><tr><td>Arındırılmış su</td><td>MilliQ</td><td>NA</td><td>RNase içermeyen su, negatif kontroller ve temizlik çözeltisi için kullanılır&nbsp;</td></tr><tr><td>Reaksiyon tüpleri (2 mL)</td><td>Eppendorf</td><td>30120094</td><td>DNA lizisi</td></tr><tr><td>Gerçek zamanlı nicel PCR termosikleti</td><td>Analytikjena</td><td>NA</td><td>QTower 3G platformu. DNA'yı gerçek zamanlı olarak artırır ve niceliklendirir</td></tr><tr><td>İpler</td><td>Tekne gezintisi, hırdavatçılar, balıkçılık limanları</td><td>NA</td><td>Sağlam malzeme (örneğin, polietilen veya örgü ip). Uzunluğu geminin yüksekliğinin en az iki katı</td></tr><tr><td>Sızdırmazlık filmi, yapıştırıcı, optik</td><td>Bio-Rad</td><td>MSB1001</td><td>Mikromühür 'B'. PCR'den önce PRC plakasını mühürleyin</td></tr><tr><td>Kendini koruyan eDNA filtreleri</td><td>Smith-Root&nbsp;</td><td>11579-25</td><td>1.2 & mikro; Gözenek boyutu. Örnekleme kampanyası başına miktar: gerektiği gibi</td></tr><tr><td>Nakliye konteyneri</td><td>Laboratuvarlar, eczaneler, Amazon</td><td>Çeşitli</td><td>Strafor yalıtımlı</td></tr><tr><td>Biyolojik dizi hizalama ve analiz için yazılım</td><td>Biyografi Düzenlemesi</td><td>Sürüm 7</td><td>Windows 95/98/NT için Kullanıcı Dostu Biyolojik Dizis Hizalama Editörü ve Analiz Programı</td></tr><tr><td>Sıkıştırma şişesi</td><td>Laboratuvarlar, eczaneler</td><td>Çeşitli</td><td>Ev çamaşır suyu ile dolu (1:10)</td></tr><tr><td>İstatistiksel analiz yazılımı</td><td>R Studio Ekibi. (2023)</td><td>Sürüm 4.2.1</td><td></td></tr><tr><td>Sterilize edilmiş DNA'sız eldivenler</td><td>Sempercare&nbsp; Baskı</td><td>79712</td><td>Tüm aşamalar laboratuvar süreçlerinde.&nbsp;</td></tr><tr><td>TES tamponu</td><td></td><td></td><td>DNeasy lizin tamponuna eşdeğer özel ürün.</td></tr><tr><td>Zehirli atık konteyneri</td><td></td><td></td><td>Tehlikeli atıkların güvenli bertarafı. Tüm adımlar</td></tr><tr><td>UV lamba&nbsp;</td><td>SterilAIR</td><td></td><td>QPCR hazırlığı için kapüşon sterilizasyonu</td></tr><tr><td>Vortex-genie 2 vortex mikseri&nbsp;</td><td>Thermo Fisher Scientific</td><td>50728002</td><td>Reaktifleri homojenleştirir ve karıştırır. DNA lizisi, ekstraksiyon</td></tr><tr><td>Atık konteyneri</td><td>Konut mağazaları</td><td></td><td>Küçük sert kap</td></tr><tr><td>Su pompası (peristaltik/vakum)</td><td>Eijkelkamp; Solinst/Smith-Root&nbsp;</td><td>12.34.SB; 410/12099</td><td>Taşınabilir pompalar</td></tr><tr><td>Su geçirmez marker</td><td>Çeşitli</td><td></td><td></td></tr></tbody></table>

balina İzleme gemileri için Çevresel dna Örnekleme Örneği

Environmental DNA Sampling from Whale-Watching Vessels for Cetacean Monitoring

Balina İzleme Gemileri için Çevresel DNA Örnekleme Örneği

Environmental DNA (eDNA) offers a non-invasive approach for monitoring cetaceans, yet its widespread application from operational platforms requires ...

Bu protokol, balina gözlem turları sırasında balina eDNA örneklemesi için standartlaştırılmış bir yaklaşım sunar. Birçok farklı eDNA örnekleme yöntemi mevcuttur. Bu, karşılaştırmalı veri analizini engeller.Protokolümüz çevresel koşullar ve kirlenmeye karşı korumalar açısından optimize edilmiştir. Bir eDNA radyo laboratuvarının desteğiyle, bu protokol uzman olmayanlar ve vatandaş bilim insanları tarafından balina gözlem faaliyetleri sırasında ve dünya çapında uygulanabilir. Başlamak için, saha veri sayfaları ve deniz deniz hayvanları çevresel DNA örneği için lamine edilmiş adım adım saha protokolü dahil olmak üzere saha dokümantasyon materyallerini hazırlayın.Kutuya su geçirmez bir işaretleyici, her flukeprint için iki eDNA filtresi, yeterli sayıda eldiven ve özel bir atık konteyneri koyun. Gemi tipine ve gemi konfigürasyonuna uygun bir veya daha fazla sert kova, ikincil bir çevresel DNA kabı ve taşınabilir bir peristaltik veya vakum su pompası hazırlayın. Tüm ekipman kullanımında eldiven takın ve görevler arasında eldiven değiştirin.Ekipmanı sterilize etmek için, kovaların, kapakların, kapların ve pompa borusunun tüm yüzeylerine eşit şekilde sıçratarak seyreltilmiş ev çamaşır suyu çözeltisi uygulayın. Musluk suyla üç kez iyice durulayın. Yolcular gelmeden önce tüm malzemeleri gemiye alın ve belirlenmiş temiz bir alanda saklayın.Geminin örnekleme zamanlaması ve konumlandırılmasını gemi mürettebatıyla koordine edin. Balina dalışlarını önceden tahmin etmek için su üzerindeki yüzey desenlerini gözlemleyin. Flukeprint'ten mümkün olan en kısa sürede 20 litre deniz suyu topla, balina dalışından sonra 10 dakikadan fazla gecikme yaşamayın.Her konum ve gemi türüne uygun özelleştirilmiş lojistik koşullar kullanarak çeşitli bölgelerden örnekler alın. Gerekirse, toplanan suyu gemideki belirlenmiş bir filtrasyon istasyonuna taşıyarak dökülmeyi önleyin. Tür kimliği, coğrafi konumlandırma sistemi koordinatları, zamanı ve örnek kopyalama tanımlamasını veri sayfasında kaydedin.Filtreleme öncesi eldivenleri değiştirin. Filtre torbasını açın ve filtreyi sadece prizden tutun. Girişi şnorkele yerleştirin, ardından pompa borusunu çıkışa bağlayın.Şnorkeli filtre yuvasını batırmadan su örneğine batırın ve pompayı hızlı ve sabit bir akış hızına ayarlayın. Akış stabilitesini izlerken sürekli olarak 10 litre filtreleyin. Sonra, filtreyi ters çevirip kalan suyu çıkarmak için pompayı 30-60 saniye çalıştırın.Filtreleme pompası kurulumunu saha koşullarına göre özelleştirin. Pompayı kapatın ve boruyu çıkarın. Filtreyi orijinal poşetine koyup hemen etiketleyin.Eldivenleri değiştirin ve ikinci replikasyon için filtrasyon yapmaya hazırlanın. Kendini koruyan çevresel DNA filtrelerini, gölgeli, ortam sıcaklığında güvenli ve kuru bir kapta saklayın. Ortam sıcaklığı 20 derece Celsius'u aşarsa filtreleri buzdolabında saklayıp üç ay içinde gönderin.Tüm laboratuvar işlemlerini yeterli havalandırmaya sahip özel ultraviyole sterilize odalarda gerçekleştirin. DNA içermeyen eldiven ve koruyucu giysiler giydikten sonra çalışma tezgahlarını iyice temizleyin. DNA-içermeyen forseps kullanarak, filtre zarını üçgenlere katlayın ve ucu aşağıya doğru yönelmiş iki mililitrelik bir reaksiyon tüpüne aktarın.Her reaksiyon tüpüne 380 mikrolitre TES tamponu ve 20 mikrolitre proteinaz K içeren 400 mikrolitre liz tamponu ekleyin. Vortex kısa süreliğine 56 derece Celsius'ta en az üç saat boyunca kışkırtma ile kuluçka içinde. Filtreyi delikli tabanlı plastik bir girişe yerleştirin ve oda sıcaklığında 18,626G sıcaklığında santrifüj yapın, böylece liz tamponunu filtreden ayırın.Pipet ekstraksiyon reaktifleri yıkama plakalarına ve elusiyon plakalarına dönüştürülür. Toplam lizat hacmi 300 mikrolitreyi azarsa, birden fazla bağlama plakası kullanın. Vortex manyetik parçacıkları ile ilk bağlayıcı plakaya her kuyuya 30 mikrolitre ekleyin.İki bağlayıcı plaka için ön DNA alım programını ve ardından robotta DNA çıkarma programını çalıştırın. Tüm QPCR reaksiyonlarını üçlü olarak çalıştırmak için, gerekli ana karışımı özel bir çalışma alanında hazırlayın ve kuyular arasında dağıtın. Her kuyuya üç mikrolitre hedef DNA standardı veya eDNA ekstraktı ekleyin.Hazırlanan PCR plakası mühürlendikten sonra, 3.500G ile 10 saniye boyunca santrifüjlenin ve plakayı gerçek zamanlı nicel PCR termosiklene yerleştirin. Son olarak, testi optimize edilmiş döngü koşullarında yapın. İzlanda'nın Skjalfandi Körfezi ve Azor Adaları'nda 247 çevresel DNA veya eDNA örneği toplandı; her flukeprint için iki kendini koruyan eDNA filtresi ile 10 litreye kadar deniz suyu toplandı.Kambur balina eDNA'sı için analiz edilen 44 eDNA filtresinden 20'si amplifikasyon sinyali verirken, 24'ü hiç amplifikasyon göstermedi. Ekstraksiyon boşlukları, alan kontrolleri ve nicel PCR kontrolleri tespit edilebilir bir amplifikasyon göstermedi, bu da kontaminasyon olmadığını gösteriyordu. Olumlu reaksiyonlar arasında, dokuz eDNA filtresi tespit sınırının altında en az bir döngü eşik değeri verdi ve güvenilir tespitler olarak sınıflandırıldı.Kalan 11 EDNA filtresi, tespit sınırının üzerinde döngü eşik değerleri üreterek makul tespitlerin mümkün olduğunu gösteriyordu. Azorlar eDNA filtrelerinde ortalama döngü eşik değeri, İzlanda filtrelerinde yaklaşık 36,9 değerine kıyasla yaklaşık 34,7 ile biraz daha düşüktü. Azor Adaları ile İzlanda eDNA filtreleri arasındaki döngü eşik değerlerindeki fark istatistiksel olarak anlamlı değildi.Bu protokol, deniz biyolojik çeşitliliği veya balina popülasyonu genetiğini araştırmak için gelecekteki büyük ölçekli eDNA örnekleme kampanyalarında kullanılabilir. Bu protokol, balina izleme gemilerinden toplanan fluke izlerinde bulunan eDNA aracılığıyla deniz ve aynı zamanda bulunan taksonların istilavsiz olarak tespit edilmesini ve izlenmesini sağlar.

environmental-dna-sampling-from-whale-watching-vessels-for-cetacean

Research

JoVE Journal

Biology

Biyoloji

Bu video belgeleri kıyı deniz suyu örneklerinin toplanması ve biyokütle konsantrasyonu, nükleik asit saflaştırma, hücrenin bolluk, besin ve iz gaz analizleri de dahil olmak üzere çeşitli alt uygulamalar için işleme yöntemleri.

Deniz suyu Örnekleme ve Tahsilat

Biz Amerikan pika gösterildiği gibi, verimli bir şekilde zor küçük memeliler saç örnekleri toplamak için bir non-invaziv örnekleme yaklaşımı sunuyoruz. Biz örneklenmiş saç DNA açılan ve yaban hayatı ekolojisi ve korunması çalışmalarında yaygın olarak kullanılan moleküler belirteçler çeşitli yükseltme bu yöntemin yararını göstermektedir.

Elusive Küçük Memeliler Yüksek Kalite DNA Edinme Noninvaziv Saç Örnekleme Tekniği

Su örneklerinin bir filtre kartuşu ile filtrelenmesi ve filtreyi çıkarmak için muhafazayı kesmek zorunda kalmadan çevresel DNA'nın (eDNA) çıkarılması için bir protokol açıklıyoruz. Bu protokol, balıklardan alınan eDNA'yı metabarkodlama için geliştirilmiştir, ancak diğer organizmalardan alınan eDNA'ya da uygulanabilir.

Filtrasyon Su Örnekleri ve Çevre DNA Ekstraksiyon için bir Filtre Kartuşu Kullanımı

deniz yüzeyinde microplastics örnekleme, parçacıkların mikroplastik ve kimyasal kimlik ayrımı: protokol aşağıda için yöntem anlatılmaktadır. Bu protokol Deniz Çöp üzerinde MSFD Teknik Alt grup tarafından yayınlanan microplastics izleme önerileri doğrultusunda olduğunu.

Deniz Yüzey ve Numune Analizi Microplastics Örnekleme Protokolü

Çoğu microplastic araştırma bugüne deniz sistemleri asma katı düzeyleri nispeten düşük olduğu ortaya çıktı. Odak şimdi yüksek tortu yükler ve yüzen enkaz özelliği olabilir tatlı su sistemleri için kayıyor. Bu iletişim kuralı toplama ve asma katı yük içeren su ortamları microplastic örnekleri analiz giderir.

Örnekleme, sıralama ve Microplastics su ortamlarında yüksek askıya alınan tortu yükler ve büyük yüzen enkaz ile karakterize

Çevresel DNA tahlilleri, alan verilerinin toplanmasına başlamadan önce titiz bir tasarım, test, optimizasyon ve doğrulama gerektirir. Burada, çevresel örneklerden hedef tür DNA'sının tespiti ve nicelleştirilmesi için türe özgü, prob tabanlı bir qPCR testi tasarlamanın her adımında kullanıcıları götürecek bir protokol sunuyoruz.

ÇevreSEL DNA Uygulamaları için Türlere Özgü Nicel PCR Testlerinin Geliştirilmesi ve Testi

Burada, artık yumurta kalıntılarının sahada toplanmasına dayanan kelebek popülasyonlarının noninvaziv genetik örneklemesi için basit bir protokol sunuyoruz. Tür kimliğini doğrulamak ve genetik çeşitliliği ölçmek için kullanılabilir. Bu protokol, toplum bilimi katılımı için daha geniş gruplara kolayca uyarlanabilir.

Nadir Kelebek Popülasyonlarının Tahribatsız Genetik Örneklemesini Yapmak için Topluluk Bilim Adamlarını Görevlendirmek

Burada, faal feribotlardan ve diğer ticari gemilerden deniz suyu örneklerinin toplanması ve filtrelenmesi yoluyla deniz eDNA'sını almak için yeni bir protokol sunuyoruz.

Yüzer Laboratuvar: Çevresel DNA Analizi için İşletme Feribotlarından Deniz Suyu Örneklerinin Toplanması ve Filtrelenmesi için Standart Operasyonel Prosedür

Protokol, Güney Teksas kıyı sulak alanlarındaki temel metan döngüsü genlerini tespit eder ve bu dinamik ekosistemlerdeki metan düzenlemesi ve çevresel etkilerinin anlaşılmasını geliştirmek için mekansal dağılımlarını görselleştirir.

Kıyı Sulak Alanlarında Metan Döngülü Mikrobiyal Dinamiklerin Görselleştirilmesi

Burada, siyanofajları (ve konakçılarını) izole etmek için deniz ve tatlı su ekosistemlerinin öfotik bölgelerinden örnekleme yöntemlerini ve tek genotipleri zenginleştiren ve virüs-konak etkileşim dinamiklerini karakterize eden örnekleme sonrası süreçleri açıklıyoruz.

Fotosentetik Mikropların ve Virüslerinin Çevresel Örneklemesi: Tarladan Laboratuvara

Keşfedin balina izleme gemilerinden çevresel DNA örnekleme protokolünü. Bu yöntem, balina türlerini invaziv olmayan şekilde izlemek için hem araştırmacılara hem de eğitimli vatandaş bilim insanlarına uygundur.

Balina İzleme Gemileri için Çevresel DNA Örnekleme Örneği

Daha fazla video keşfet