Name: Akış sitometrisi ve tek hücreli RNA dizileme için tüm fare tümörü taşıyan akciğer dokusunun optimize edilmiş hazırlanması (Video) | JoVE Journal
Uploaded: 2026-05-22T13:15:00.000+00:00
Duration: 6 min 44 s
Description: Keşfedin, akış sitometrisi ve tek hücreli RNA dizileme için tüm fare tümörü taşıyan akciğer dokusundan yüksek kaliteli tek hücre izolasyonu protokolü. Bu yöntem, tümör mikroçevresi ve hücre-hücre iletişimi çalışmalarını destekler.

ai_agent_IP

ai_agent

maintenance

instantTrialDurationMinutes

isBiopharma

enableNewMyJoveSectionDesign

educationFeatures

seoMetaApi

ai_copilot_institution_blacklist

ai_chat_institution_blacklist

freeAccessWindow

ssoRoleCapture

scheduledMaintenanceBanner

joveLabsFeatures

disable_autoplay_for_bots

extended_trial_duration

5 minutes

<ol><li>Leiter, A., Veluswamy, R. R., Wisnivesky, J. P. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((The+global+burden+of+lung+cancer%3A+current+status+and+future+trends%5BTitle%5D)+AND+%22Nat+Rev+Clin+Oncol%22%5BJournal%5D)">The global burden of lung cancer: current status and future trends.</a> Nat Rev Clin Oncol. 20 (9), 624-639 (2023).</li>
<li>Schabath, M. B., Cote, M. L. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Cancer+progress+and+priorities%3A+Lung+cancer%5BTitle%5D)+AND+%22Cancer+Epidemiol+Biomarkers+Prev%22%5BJournal%5D)">Cancer progress and priorities: Lung cancer.</a> Cancer Epidemiol Biomarkers Prev. 28 (10), 1563-1579 (2019).</li>
<li>Sung, H., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Global+cancer+statistics+2020%3A+GLOBOCAN+estimates+of+incidence+and+mortality+worldwide+for+36+cancers+in+185+countries%5BTitle%5D)+AND+%22CA+Cancer+J+Clin%22%5BJournal%5D)">Global cancer statistics 2020: GLOBOCAN estimates of incidence and mortality worldwide for 36 cancers in 185 countries.</a> CA Cancer J Clin. 71 (3), 209-249 (2021).</li>
<li>Yu, H. A., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Poor+response+to+erlotinib+in+patients+with+tumors+containing+baseline+EGFR+T790M+mutations%5BTitle%5D)+AND+%22Ann+Oncol%22%5BJournal%5D)">Poor response to erlotinib in patients with tumors containing baseline EGFR T790M mutations.</a> Ann Oncol. 25 (2), 423-428 (2014).</li>
<li>Cappuzzo, F., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((MET+increased+gene+copy+number+and+primary+resistance+to+gefitinib+therapy+in+non-small-cell+lung+cancer%5BTitle%5D)+AND+%22Ann+Oncol%22%5BJournal%5D)">MET increased gene copy number and primary resistance to gefitinib therapy in non-small-cell lung cancer.</a> Ann Oncol. 20 (2), 298-304 (2009).</li>
<li>Maman, S., Witz, I. P. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((A+history+of+exploring+cancer+in+context%5BTitle%5D)+AND+%22Nat+Rev+Cancer%22%5BJournal%5D)">A history of exploring cancer in context.</a> Nat Rev Cancer. 18 (6), 359-376 (2018).</li>
<li>Croci, D. O., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Dynamic+cross-talk+between+tumor+and+immune+cells+in+orchestrating+the+immunosuppressive+network%5BTitle%5D)+AND+%22Cancer+Immunol+Immunother%22%5BJournal%5D)">Dynamic cross-talk between tumor and immune cells in orchestrating the immunosuppressive network.</a> Cancer Immunol Immunother. 56 (11), 1687-1700 (2007).</li>
<li>Dunn, G. P., Old, L. J., Schreiber, R. D. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((The+immunobiology+of+cancer+immunosurveillance+and+immunoediting%5BTitle%5D)+AND+%22Immunity%22%5BJournal%5D)">The immunobiology of cancer immunosurveillance and immunoediting.</a> Immunity. 21 (2), 137-148 (2004).</li>
<li>Mittal, D., Gubin, M. M., Schreiber, R. D., Smyth, M. J. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((New+insights+into+cancer+immunoediting%3A+Elimination%2C+equilibrium+and+escape%5BTitle%5D)+AND+%22Curr+Opin+Immunol%22%5BJournal%5D)">New insights into cancer immunoediting: Elimination, equilibrium and escape.</a> Curr Opin Immunol. 27, 16-25 (2014).</li>
<li>Papalexi, E., Satija, R. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Single-cell+RNA+sequencing+to+explore+immune+cell+heterogeneity%5BTitle%5D)+AND+%22Nat+Rev+Immunol%22%5BJournal%5D)">Single-cell RNA sequencing to explore immune cell heterogeneity.</a> Nat Rev Immunol. 18 (1), 35-45 (2018).</li>
<li>Han, G., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((An+atlas+of+epithelial+cell+states+and+plasticity+in+lung+adenocarcinoma%5BTitle%5D)+AND+%22Nature%22%5BJournal%5D)">An atlas of epithelial cell states and plasticity in lung adenocarcinoma.</a> Nature. 627 (8004), 656-663 (2024).</li>
<li>van den Brink, S. C., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Single-cell+sequencing+reveals+dissociation-induced+gene+expression+in+tissue+subpopulations%5BTitle%5D)+AND+%22Nat+Methods%22%5BJournal%5D)">Single-cell sequencing reveals dissociation-induced gene expression in tissue subpopulations.</a> Nat Methods. 14 (10), 935-936 (2017).</li>
<li>Denisenko, E., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Systematic+assessment+of+tissue+dissociation+and+storage+biases+in+single-cell+and+single-nucleus+RNA-seq+workflows%5BTitle%5D)+AND+%22Genome+Biol%22%5BJournal%5D)">Systematic assessment of tissue dissociation and storage biases in single-cell and single-nucleus RNA-seq workflows.</a> Genome Biol. 21 (1), 130(2020).</li>
<li>Zhao, W., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((A+cellular+and+spatial+atlas+of+TP53-associated+tissue+remodeling+defines+a+multicellular+tumor+ecosystem+in+lung+adenocarcinoma%5BTitle%5D)+AND+%22Nat+Cancer%22%5BJournal%5D)">A cellular and spatial atlas of TP53-associated tissue remodeling defines a multicellular tumor ecosystem in lung adenocarcinoma.</a> Nat Cancer. 6 (11), 1857-1879 (2025).</li>
<li>Marjanovic, N. D., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Emergence+of+a+high-plasticity+cell+state+during+lung+cancer+evolution%5BTitle%5D)+AND+%22Cancer+Cell%22%5BJournal%5D)">Emergence of a high-plasticity cell state during lung cancer evolution.</a> Cancer Cell. 38 (2), 229-246.e13 (2020).</li>
<li>Xie, L., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((PLVAP+mediates+regulation+of+the+tumour+microenvironment+in+early-stage+lung+adenocarcinoma%5BTitle%5D)+AND+%22Clin+Transl+Med%22%5BJournal%5D)">PLVAP mediates regulation of the tumour microenvironment in early-stage lung adenocarcinoma.</a> Clin Transl Med. 15 (12), e70532(2025).</li>
<li>Fernandes, L. M., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((A+single-cell+atlas+of+normal+and+KRASG12D-malformed+lymphatic+vessels%5BTitle%5D)+AND+%22JCI+Insight%22%5BJournal%5D)">A single-cell atlas of normal and KRASG12D-malformed lymphatic vessels.</a> JCI Insight. 10 (5), e185181(2025).</li>
<li>Pirrello, A., Killingsworth, M., Spring, K., Rasko, J. E. J., Yeo, D. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Cancer-associated+macrophage-like+cells+as+a+prognostic+biomarker+in+solid+tumors%5BTitle%5D)+AND+%22J+Liquid+Biopsy%22%5BJournal%5D)">Cancer-associated macrophage-like cells as a prognostic biomarker in solid tumors.</a> J Liquid Biopsy. 6, 100275(2024).</li>
<li>Rudnick, J. A., Debnath, J. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Autophagy+in+host+stromal+fibroblasts+supports+tumor+desmoplasia%5BTitle%5D)+AND+%22Autophagy%22%5BJournal%5D)">Autophagy in host stromal fibroblasts supports tumor desmoplasia.</a> Autophagy. 17 (12), 4497-4498 (2021).</li>
<li>Nissen, N. I., Karsdal, M., Willumsen, N. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Collagens+and+cancer-associated+fibroblasts+in+reactive+stroma%5BTitle%5D)+AND+%22J+Exp+Clin+Cancer+Res%22%5BJournal%5D)">Collagens and cancer-associated fibroblasts in reactive stroma.</a> J Exp Clin Cancer Res. 38 (1), 115(2019).</li>
<li>Wu, J., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Transcardiac+perfusion+of+the+mouse+for+brain+tissue+dissection+and+fixation%5BTitle%5D)+AND+%22Bio+Protoc%22%5BJournal%5D)">Transcardiac perfusion of the mouse for brain tissue dissection and fixation.</a> Bio Protoc. 11 (5), e3988(2021).</li>
<li>Morton, J., Snider, T. A. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Guidelines+for+collection+and+processing+of+lungs+from+aged+mice+for+histological+studies%5BTitle%5D)+AND+%22Pathobiol+Aging+Age+Relat+Dis%22%5BJournal%5D)">Guidelines for collection and processing of lungs from aged mice for histological studies.</a> Pathobiol Aging Age Relat Dis. 7 (1), 1313676(2017).</li>
<li>Pariollaud, M., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Circadian+disruption+enhances+HSF1+signaling+and+tumorigenesis+in+KRAS-driven+lung+cancer%5BTitle%5D)+AND+%22Sci+Adv%22%5BJournal%5D)">Circadian disruption enhances HSF1 signaling and tumorigenesis in KRAS-driven lung cancer.</a> Sci Adv. 8 (39), eabo1123(2022).</li>
<li>Wu, F., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Single-cell+profiling+of+tumor+heterogeneity+and+microenvironment+in+advanced+NSCLC%5BTitle%5D)+AND+%22Nat+Commun%22%5BJournal%5D)">Single-cell profiling of tumor heterogeneity and microenvironment in advanced NSCLC.</a> Nat Commun. 12 (1), 2540(2021).</li>
<li>McKeehan, W. L., Ham, R. G. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Calcium+and+magnesium+ions+regulate+multiplication+in+normal+and+transformed+cells%5BTitle%5D)+AND+%22Nature%22%5BJournal%5D)">Calcium and magnesium ions regulate multiplication in normal and transformed cells.</a> Nature. 275 (5682), 756-758 (1978).</li>
<li>Seltzer, J. L., Welgus, H. G., Jeffrey, J. J., Eisen, A. Z. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Role+of+Ca2%E2%81%BA+in+mammalian+collagenase+activity%5BTitle%5D)+AND+%22Arch+Biochem+Biophys%22%5BJournal%5D)">Role of Ca2⁺ in mammalian collagenase activity.</a> Arch Biochem Biophys. 173 (1), 355-361 (1976).</li>
<li>Shao, S., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Pharmacological+expansion+of+type+II+alveolar+epithelial+cells+promotes+airway+repair%5BTitle%5D)+AND+%22Proc+Natl+Acad+Sci+U+S+A%22%5BJournal%5D)">Pharmacological expansion of type II alveolar epithelial cells promotes airway repair.</a> Proc Natl Acad Sci U S A. 121 (16), e2400077121(2024).</li>
<li>Chen, Q., Liu, Y. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Isolation+and+culture+of+mouse+alveolar+type+II+cells%5BTitle%5D)+AND+%22STAR+Protoc%22%5BJournal%5D)">Isolation and culture of mouse alveolar type II cells.</a> STAR Protoc. 2 (1), 100241(2021).</li>
<li>Arceneaux, D., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((A+contamination-focused+approach+for+optimizing+single-cell+RNA-seq+experiments%5BTitle%5D)+AND+%22iScience%22%5BJournal%5D)">A contamination-focused approach for optimizing single-cell RNA-seq experiments.</a> iScience. 26 (7), 107242(2023).</li>
</ol>

<table><tbody><tr><td>DMEM/F12</td><td>Thermo Fisher</td><td>11320033</td><td>Hücre kültürü</td></tr><tr><td>Kollagenaz Tip IV</td><td>Sigma Aldich</td><td>C5138</td><td>Sindirim enzimleri</td></tr><tr><td>Dispase II</td><td>Sigma Aldich</td><td>D4693</td><td>Sindirim enzimleri</td></tr><tr><td>DNase I</td><td>Roche</td><td>11284931001</td><td>DNA'yı kaldırın</td></tr><tr><td>Falcon 70 Hücre süzgeci</td><td>Falcon</td><td>352350</td><td>Sindirilmemiş dokuyu çıkarın</td></tr><tr><td>Steril Makas</td><td>FST</td><td>14088-10</td><td>Kesilmiş dokular</td></tr><tr><td>Kırmızı kan hücresi lizis tamponu</td><td>Sigma Aldich</td><td>R7757</td><td>Kan hücrelerini çıkar</td></tr><tr><td>Isı etkisiz FBS</td><td>Phoenix Scientific</td><td>PS100</td><td>Hücreleri koruyun</td></tr><tr><td>Ca+/Mg+ serbest PBS</td><td>Thermo Fisher</td><td>10010023</td><td>Enzimleri çöz/Yıkama hücreleri</td></tr><tr><td>Safety-multifly 21G iğne&nbsp;</td><td>Sarstedt</td><td>3051524</td><td>Tüm vücut perfüzyonu</td></tr><tr><td>50 mL şırınga&nbsp;</td><td>BD</td><td>300866</td><td>Tüm vücut perfüzyonu</td></tr><tr><td>6 cm çanak</td><td>Corning</td><td>430116</td><td>Sindirim dokuları</td></tr><tr><td>10 cm çanak</td><td>Corning</td><td>430167</td><td>Sindirim dokuları</td></tr><tr><td>Fc blok antikor</td><td>BD</td><td>553141; RRID:AB_394655</td><td>Akış sitometrisi</td></tr><tr><td>DAPI</td><td>BD</td><td>564907; RRID:AB_2869624</td><td>Akış sitometrisi</td></tr><tr><td>CD326</td><td>BD</td><td>563478; RRID:AB_2738234</td><td>Akış sitometrisi</td></tr><tr><td>HIVmPGKCre VSVG</td><td>UI Viral Vektör Çekirdeği</td><td>Iowa-VVC-U 7556</td><td>Lentivirous</td></tr><tr><td>ZE5 (Yeti) akış sitometresi</td><td>Bio-Rad</td><td></td><td>Akış Sitometrisi Analizi</td></tr><tr><td>KrasLSL-G12D/+ fare</td><td>Jackson Laboratuvarı</td><td>008179; RRID:IMSR_JAX:008179</td><td></td></tr><tr><td>TdTomato muhabir fare</td><td>Jackson Laboratuvarı</td><td>007909; RRID:IMSR_JAX:007909&nbsp;</td><td></td></tr></tbody></table>

akış sitometrisi ve tek hücreli rna dizileme için tüm fare tümörü taşıyan akciğer dokusunun optimize edilmiş hazırlanması

Optimized Preparation of Whole Murine Tumor-Bearing Lung Tissue for Flow Cytometry and Single-Cell RNA-Sequencing

Akış sitometrisi ve tek hücreli RNA dizileme için tüm fare tümörü taşıyan akciğer dokusunun optimize edilmiş hazırlanması

NSCLC accounts for approximately 85% of lung cancers, and Kirsten rat sarcoma (KRAS) is the most commonly mutated gene in NSCLC. Although management of ...

optimized-preparation-whole-murine-tumor-bearing-lung-tissue-for-flow

Research

JoVE Journal

Biology

Biyoloji

Bu çalışmada bildirilen yeni protokol kombine farelerde tek hücreli çözünürlükte metastaz seçici algılama...

Kombine tarafından Farelerde Tek Hücre çözünürlükte Akciğer Metastaz Geliştirilmiş Görselleştirme<em&gt; In-situ</emAkciğer Doku ve X-Gal Boyanma&gt; Perfüzyon<em&gt; LacZ</em&gt;-Tagged Tümör Hücreleri

Biz flow sitometrik negatif seçimin birincil fare tip II alveol epitel hücrelerinde (AECII) hızlı izolasyonu tarif. Bu AECII yüksek canlılığı ve saflık göstermektedir ve bu gibi otoimmün veya bulaşıcı hastalıklar gibi solunum koşullar altında rolü ile ilgili işlevsel ve klinik çalışmalar, geniş bir aralığı için uygundur.

Fonksiyonel ve Moleküler Çalışmalar Birincil murin Tip II alveol epitel hücrelerinde akım sitometri İzolasyonu

Bu video, akciğer adenokarsinomu hücrelerinin PD-L1 ekspresyonunu incelemek için akış sitometrik analizi için fare akciğer hücresi süspansiyonunun hazırlanmasını açıklar.

Flow Sitometrisi için Fare Akciğeri Hazırlığı: Flow Sitometrik Analiz için Akciğer Dokusundan Hücre Süspansiyonu Oluşturma

Hassas kesilmiş dilimler içeren organotipik primer doku eksplant kültürleri, üç boyutlu (3 boyutlu) doku mimarisinin yanı sıra doğal dokunun çok hücreli etkileşimlerini temsil eder. Bu video, dokuların oksijen ve besin maddelerine aralıklı olarak maruz kalmasını sağlayan bir sistem olan dönen bir inkübasyon ünitesi kullanılarak murin akciğer tümöründen türetilmiş doku dilimlerinin kültürlenmesini açıklamaktadır. Protokol, ilaç yanıt çalışmaları için hassas kesilmiş akciğer tümörü dilimleri...

Akciğer Tümörü Dokusu Eksplant Kültürü: Hassas Kesilmiş Akciğer Tümörü Dilimleri Oluşturma ve Kültür Prosedürü

Bu protokol, florofor etiketli nanokorlar ve geleneksel antikorlar kullanan farelerde in vivo yakın kızılötesi floresan ksenogreft görüntüleme deneylerinin ex vivo doğrulamasını gerçekleştirmek için gereken adımları ana hatlarıyla belirtir.

Nanobody ve Antikor Temelli Doğrulama<em&gt; İn Vivo</emFarelerde&gt; Tümör Xenograftlarında NIRF-görüntüleme Deneyler kullanma<em&gt; Ex vivo</em&gt; Sitometrisi ve Mikroskopi

Fare orthotopic PDAC homografts immunophenotyping deneysel ameliyat tümör IMMUNO-microenvironment profil oluşturma amaçlamaktadır. Tümör ameliyat ile implante orthotopically vardır. Tümör boyutu 200-600 mm3 hasat ve tek hücreli süspansiyonlar, çok bağışıklık marker FACS analizi farklı fluorescently etiketli antikorlar tarafından takip hazırlamak için ayrışmış.

Orthotopic Homogref (Syngeneic) fare birincil KPC pankreas duktal adenokarsinom, akış sitometresi tarafından Immunophenotyping

Bu çalışmada, murin solunum sisteminin immün popülasyonlarını izole etmek için etkili ve tekrarlanabilir bir protokol sunuyoruz. Ayrıca, 9 renk tabanlı bir akış sitometri paneli kullanarak, sağlıklı farelerin akciğerlerinde bulunan tüm doğuştan gelen ve adaptif bağışıklık hücrelerinin tanımlanması için bir yöntem sunuyoruz.

Murin Akciğerinin Doğuştan Gelen ve Adaptif İmmün Hücrelerinin Tanımlanması için Akım Sitometrik Analizi

Akciğer kesitleri oluşturmak için vibratom ve agaroza gömülü akciğer dokusu kullanan bir doku işleme tekniği geliştirdik, böylece akciğer mimarisinin yüksek çözünürlüklü görüntülerinin elde edilmesine izin verdik. Spesifik akciğer yapısal belirteçleri kullanarak uzamsal protein ekspresyonunu gözlemlemek için immünofloresan boyama kullandık.

Multipleks Floresan Görüntüleme için Agaroz Gömülü Akciğer Dokusunun Otomatik Vibratom Kesiti

Bu protokol, tek hücreli RNA dizilimi için insan ve fare tümör örneklerini hızlı bir şekilde ayırma prosedürünü ana hatlarıyla belirtir.

Tek Hücreli RNA Dizilimi için İnsan ve Fare Tümör Dokusu Örneklerinin Ayrışması

Fare timik epitel hücrelerinin tek hücreli süspansiyonunun hazırlanması ve akış sitometrik analizi için hücre içi moleküllerin boyanması için protokolleri açıklıyoruz.

Fare timik epitel hücrelerinin tek hücreli süspansiyonunun hazırlanması ve akış sitometrik analizi için hücre içi moleküllerin boyanması

Keşfedin, akış sitometrisi ve tek hücreli RNA dizileme için tüm fare tümörü taşıyan akciğer dokusundan yüksek kaliteli tek hücre izolasyonu protokolü. Bu yöntem, tümör mikroçevresi ve hücre-hücre iletişimi çalışmalarını destekler.

Akış sitometrisi ve tek hücreli RNA dizileme için tüm fare tümörü taşıyan akciğer dokusunun optimize edilmiş hazırlanması

Daha fazla video keşfet