Name: Toxoplasma gondii için Sürün Tipi için Çok Lokus Dizileme (Video) | JoVE Journal
Uploaded: 2026-05-26T13:00:00.000+00:00
Duration: 11 min 9 s
Description: Keşfedin, Toxoplasma gondii izolatları için çok lokus genotipleme protokolünü nanopore dizileme ile. SAG2 ve SAG3 genlerinde SNP ve INDEL tespiti yaparak suş ayrımını güvenilir şekilde gerçekleştirin.

ai_agent_IP

ai_agent

maintenance

instantTrialDurationMinutes

isBiopharma

enableNewMyJoveSectionDesign

educationFeatures

seoMetaApi

ai_copilot_institution_blacklist

ai_chat_institution_blacklist

freeAccessWindow

ssoRoleCapture

scheduledMaintenanceBanner

joveLabsFeatures

disable_autoplay_for_bots

extended_trial_duration

5 minutes

<ol><li>Uzelac, A., Djurkovic-Djakovic, O. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Isolation%2C+genotyping+and+phenotyping+Toxoplasma+gondii+in+Europe+-+A+critical+perspective%5BTitle%5D)+AND+%22Food+Waterborne+Parasitol%22%5BJournal%5D)">Isolation, genotyping and phenotyping Toxoplasma gondii in Europe - A critical perspective.</a> Food Waterborne Parasitol. 40, e00279(2025).</li>
<li>Yaman, Y., Bay, V., Kişi, Y. E. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Discovery+of+host+genetic+factors+through+multi-locus+GWAS+against+toxoplasmosis+in+sheep%3A+addressing+one+health+perspectives%5BTitle%5D)+AND+%22BMC+Veterinary+Research%22%5BJournal%5D)">Discovery of host genetic factors through multi-locus GWAS against toxoplasmosis in sheep: addressing one health perspectives.</a> BMC Veterinary Research. 21 (1), 263(2025).</li>
<li>Khedr, A. A., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Exploring+the+role+of+chitosan+and+curcumin-loaded+chitosan+nanoparticles+against+chronic+Toxoplasma+infection+in+experimental+mice%5BTitle%5D)+AND+%22Scientific+Reports%22%5BJournal%5D)">Exploring the role of chitosan and curcumin-loaded chitosan nanoparticles against chronic Toxoplasma infection in experimental mice.</a> Scientific Reports. 15 (1), 41765(2025).</li>
<li>Joeres, M., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Genotyping+of+European+Toxoplasma+gondii+strains+by+a+new+high-resolution+next-generation+sequencing-based+method%5BTitle%5D)+AND+%22Eur+J+Clin+Microbiol+Infect+Dis%22%5BJournal%5D)">Genotyping of European Toxoplasma gondii strains by a new high-resolution next-generation sequencing-based method.</a> Eur J Clin Microbiol Infect Dis. 43 (2), 355-371 (2024).</li>
<li>Gohar, Y., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Intra-strain+genetic+heterogeneity+in+Toxoplasma+gondii+ME49%3A+Oxford+Nanopore+long-read+sequencing+reveals+copy+number+variation+in+the+ROP8-ROP2A+locus%5BTitle%5D)+AND+%22BMC+Genomics%22%5BJournal%5D)">Intra-strain genetic heterogeneity in Toxoplasma gondii ME49: Oxford Nanopore long-read sequencing reveals copy number variation in the ROP8-ROP2A locus.</a> BMC Genomics. 26 (1), 1094(2025).</li>
<li>Koutsogiannis, Z., Denny, P. W. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Rapid+genotyping+of+Toxoplasma+gondii+isolates+via+Nanopore-based+multi-locus+sequencing%5BTitle%5D)+AND+%22AMB+Express%22%5BJournal%5D)">Rapid genotyping of Toxoplasma gondii isolates via Nanopore-based multi-locus sequencing.</a> AMB Express. 14 (1), 68(2024).</li>
<li><a target="_blank" href="http://scholar.google.com/scholar?hl=en&safe=off&q=%22DNeasy+Blood+%26+Tissue+Kit+Handbook%22">DNeasy Blood & Tissue Kit Handbook</a>. , QIAGEN. (2023).</li>
<li><a target="_blank" href="http://scholar.google.com/scholar?hl=en&safe=off&q=%22User+manual+PCR+clean-up+and+Gel+extraction%22">User manual PCR clean-up and Gel extraction</a>. , MACHEREY-NAGEL. (2024).</li>
<li>Karst, S. M., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((High-accuracy+long-read+amplicon+sequences+using+unique+molecular+identifiers+with+Nanopore+or+PacBio+sequencing%5BTitle%5D)+AND+%22Nature+Methods%22%5BJournal%5D)">High-accuracy long-read amplicon sequences using unique molecular identifiers with Nanopore or PacBio sequencing.</a> Nature Methods. 18 (2), 165-169 (2021).</li>
<li>Yu, P. -L., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Next-generation+fungal+identification+using+target+enrichment+and+Nanopore+sequencing%5BTitle%5D)+AND+%22BMC+Genomics%22%5BJournal%5D)">Next-generation fungal identification using target enrichment and Nanopore sequencing.</a> BMC Genomics. 24 (1), 581(2023).</li>
<li>Vilares, A., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Towards+a+rapid+sequencing-based+molecular+surveillance+and+mosaicism+investigation+of+Toxoplasma+gondii%5BTitle%5D)+AND+%22Parasitology+Research%22%5BJournal%5D)">Towards a rapid sequencing-based molecular surveillance and mosaicism investigation of Toxoplasma gondii.</a> Parasitology Research. 119 (2), 587-599 (2020).</li>
<li>Fazaeli, A., Ebrahimzadeh, A. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((A+new+perspective+on+and+re-assessment+of+SAG2+locus+as+the+tool+for+genetic+analysis+of+Toxoplasma+gondii+isolates%5BTitle%5D)+AND+%22Parasitology+Research%22%5BJournal%5D)">A new perspective on and re-assessment of SAG2 locus as the tool for genetic analysis of Toxoplasma gondii isolates.</a> Parasitology Research. 101 (1), 99-104 (2007).</li>
<li>Targa, L. S., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Toxoplasma+gondii+SAG2%2C+SAG3+and+GRA6+alleles+and+single+nucleotide+polymorphism+in+congenital+infections+with+known+parasite+load+and+clinical+outcome%5BTitle%5D)+AND+%22Rev+Inst+Med+Trop+Sao+Paulo%22%5BJournal%5D)">Toxoplasma gondii SAG2, SAG3 and GRA6 alleles and single nucleotide polymorphism in congenital infections with known parasite load and clinical outcome.</a> Rev Inst Med Trop Sao Paulo. 65, e8(2023).</li>
<li>Rico-Torres, C. P., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Can+cloning+and+sequencing+help+to+genotype+positive+Toxoplasma+gondii+clinical+samples%3F+Results+and+validation+using+SAG3+as+a+model%5BTitle%5D)+AND+%22Infect+Genet+Evol%22%5BJournal%5D)">Can cloning and sequencing help to genotype positive Toxoplasma gondii clinical samples? Results and validation using SAG3 as a model.</a> Infect Genet Evol. 101, 105283(2022).</li>
<li>Sanchez, S. G., Besteiro, S. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((The+pathogenicity+and+virulence+of+Toxoplasma+gondii%5BTitle%5D)+AND+%22Virulence%22%5BJournal%5D)">The pathogenicity and virulence of Toxoplasma gondii.</a> Virulence. 12 (1), 3095-3114 (2021).</li>
</ol>

<table><tbody><tr><td>Agarose powder</td><td>Thermo Fisher Scientific</td><td>16500100</td><td>Jel elektroforezi için</td></tr><tr><td>Dulbecco&rsquo;s Modified Eagle Medium (DMEM)</td><td>Thermo Fisher Scientific</td><td>11995065</td><td>Hücre kültürü ortamı</td></tr><tr><td>epi2me-labs/wf-amplicon Nextflow workflow (v1.2.1)</td><td>Oxford Nanopore Technologies, UK</td><td>N/A</td><td>Nanopore amplikon dizileme verilerini işlemek ve analiz etmek için Nextflow workflow; tekrarlanabilir MinION veri analizi için sürüm 1.2.1 kullanılmıştır.</td></tr><tr><td>epi2me-labs/wf-alignment Nextflow workflow (v1.2.3)</td><td>Oxford Nanopore Technologies, UK</td><td>N/A</td><td>Nanopore dizileme okumalarını referans sekanslara hizalamak ve IGV kullanarak entegre görselleştirme için Nextflow workflow; tekrarlanabilir MinION veri analizi için sürüm 1.2.3 kullanılmıştır.</td></tr><tr><td>Ethyl alcohol, pure</td><td>Merck Life Science</td><td>51976-500ML-F</td><td>Boncuk temizleme için</td></tr><tr><td>Fetal bovine serum (FBS)</td><td>Sigma-Aldrich</td><td>MFCD00132239</td><td>Hücre kültürü takviyesi</td></tr><tr><td>Flow Cell Wash Kit</td><td>Oxford Nanopore Technologies</td><td>EXP-WSH004</td><td>Akış hücresinin yıkanması</td></tr><tr><td>GeneRuler 1 kb Plus DNA Ladder (10 kb)</td><td>Thermo Fisher Scientific</td><td>SM1331</td><td>Boyut onayı</td></tr><tr><td>HFF-1 human foreskin fibroblast cell line</td><td>American Type Culture Collection (ATCC)</td><td>SCRC-1041</td><td>Neonatal sünnet derisinden izole edilmiş insan deri fibroblastları; parazit çoğaltımı için kullanılır</td></tr><tr><td>MinION Flow Cell (R10.4.1)</td><td>Oxford Nanopore Technologies</td><td>FLO-MIN114</td><td>Dizileme için akış hücresi</td></tr><tr><td>MinION Mk1B Sequencing Device</td><td>Oxford Nanopore Technologies, UK</td><td>MIN-101B</td><td>Nanopore diziler; dizileme MinKNOW yazılımı (v25.09.16) kullanılarak cihaz kontrolü ve gerçek zamanlı baz çağrısı ile gerçekleştirildi.</td></tr><tr><td>MinKNOW Software</td><td>Oxford Nanopore Technologies, UK</td><td>N/A</td><td>MinION Mk1B cihaz kontrolü, gerçek zamanlı dizileme ve baz çağrısı için kullanılan yazılım; sürüm 25.09.16.</td></tr><tr><td>Native Barcoding Kit 24 V14</td><td>Oxford Nanopore Technologies</td><td>SQK-NBD114.24</td><td>Çoklu örnekler için barkodlama</td></tr><tr><td>NEB Blunt/TA Ligase Master Mix</td><td>New England Biolabs</td><td>M0367</td><td>DNA ligasyonu</td></tr><tr><td>NEBNext Quick Ligation Module</td><td>New England Biolabs</td><td>E6056</td><td>Adaptör ligasyonu</td></tr><tr><td>NEBNext Quick Ligation Reaction Buffer (5&times;)</td><td>New England Biolabs</td><td>B6058</td><td>DNA ligasyonunda kullanılır</td></tr><tr><td>NEBNext Ultra II End Repair/dA-Tailing Module</td><td>New England Biolabs</td><td>E7546</td><td>Kütüphane hazırlık</td></tr><tr><td>Nuclease-free water</td><td>Thermo Fisher Scientific</td><td>R0581</td><td>Moleküler biyoloji sınıfı</td></tr><tr><td>NucleoSpin Gel and PCR Clean-up Kit&nbsp;</td><td>Macherey-Nagel</td><td>740609.5</td><td>PCR ürünü saflaştırma</td></tr><tr><td>Penicillin&ndash;Streptomycin (1%)</td><td>Thermo Fisher Scientific (Gibco)</td><td>15140-122</td><td>Antibiyotik karışımı</td></tr><tr><td>Phosphate-buffered saline (PBS)</td><td>Thermo Fisher Scientific (Gibco)</td><td>10010023</td><td>Yıkama tamponu</td></tr><tr><td>Q5 High-Fidelity 2&times; Master Mix</td><td>New England Biolabs</td><td>M0492S</td><td>Yüksek doğruluklu polimeraz</td></tr><tr><td>QIAamp DNA Blood Mini Kit</td><td>Qiagen</td><td>69504</td><td>DNA ekstraksiyonu</td></tr><tr><td>Quick T4 DNA Ligase</td><td>New England Biolabs</td><td>M2200</td><td>Adaptör ligaz enzimi</td></tr><tr><td>SYBR Safe DNA Gel Stain</td><td>Thermo Fisher Scientific</td><td>S33102</td><td>DNA boyama boyası</td></tr><tr><td>TriTrack DNA Loading Dye (6&times;)</td><td>Thermo Fisher Scientific</td><td>R1161</td><td>Jele örnek yükleme</td></tr><tr><td>Trypsin&ndash;EDTA (0.25%)</td><td>Thermo Fisher Scientific (Gibco)</td><td>25200056</td><td>HFFs'lerin pasajajı için</td></tr><tr><td>1&times; TAE or 1&times; TBE buffer</td><td>&mdash;</td><td>&mdash;</td><td>Çalıştırma tamponu</td></tr><tr><td>2&times; PCR premix</td><td>&mdash;</td><td>&mdash;</td><td>PCR için hazır karışım</td></tr></tbody></table>

toxoplasma gondii için sürün tipi için Çok lokus dizileme

Multi-Locus Sequencing for Strain Typing of Toxoplasma gondii

Toxoplasma gondii için Sürün Tipi için Çok Lokus Dizileme

Toxoplasma gondii is a globally distributed apicomplexan parasite characterized by substantial genetic diversity, necessitating accurate molecular ...

multi-locus-sequencing-for-strain-typing-of-toxoplasma-gondii

Research

JoVE Journal

Genetics

Genetik

DNA parmak izi<emLeprae> Mycobacterium</emFragment Lenght Analizi (FLA) - Değişken Numarası Tandem Repeat (VNTR)> Suşlarının

Salmonella enterica serovars Enteritidis, Hadar, Heidelberg, ve Typhimurium hızlı tespiti için bir multipleks PCR açıklar. Belirli Salmonella serovars, belirli bir serovar O-antijen biyosentezi küme ve flagellin benzersiz genler ve dizileri bir multipleks PCR hedef tespit edilebilir. Serovar hedef allel ilgili özel, boyut amplikonlarının (PCR ürünü) görünümünü dayalı izole Salmonella sonra atanır.

Allelotyping belirlenmesi için bir PCR Salmonella enterica Serovars Enteritidis, Hadar, Heidelberg ve Typhimurium

Burada, tip I ve tip II olarak kullanmak için bir yöntem...

Genetik Manipülasyon<em&gt; Δku80</emFonksiyonel Genomik Analiz&gt; Suşlarının<em&gt; Toxoplasma gondii</em

Kütle spektrometresi tabanlı phyloproteomics (MSPP) Campylobacter jejuni ssp bir koleksiyon yazın kullanıldı. Doylei multilokus dizisi yazarak (MLST) kıyasla gerilme seviyesinde izole eder.

alt türlerinin<em&gt; Campylobacter jejuni</em&gt; Ssp.<em&gt; doylei</em&gt; Kütle Spektrometre tabanlı PhyloProteomics kullanma izolatlar (MSPP)

Detaylar, Toxoplasma gondii'de bir ilaca direnç genini tanımlamak için bütün genom dizisi tabanlı bir genetik harita ile QTL haritalamasının nasıl kullanılacağı ve bunun, bir genomik hedefi verimli bir şekilde düzenleyen CRISPR / Cas9 sistemi ile nasıl doğrulanabileceği üzerine sunulmaktadır; bu durumda Ilaç direnci geni.

QTL Haritalama ve CRISPR / Cas9 Düzenlemesi, bir İlaç Direnç Geninin Belirlenmesi için<emToksoplasma gondii</em

Multi-Locus değişken-sayı tandem-Repeat analiz (MLVA) tahlil burada sunulan ucuz, sağlam ve taşınabilir yüksek çözünürlüklü balık-patojen bakteri Yersinia ruckeriGenotipleme sağlar. Saf kültürlerden başlayarak, tahlil düşük uygulamalar için on-loci MLVA profilleri üretmek için Multiplex PCR ve kapiller Elektroforez istihdam.

Multiplex PCR ve kapiller Elektroforez tarafından çok-Locus değişken-sayı tandem-balık tekrar Analizi-patojen Bakterium Yersinia ruckeri

Bu analitik hesaplama platformu, bakteriyel popülasyon genomiği ile ilgilenen mikrobiyologlar, ekolojistler ve epidemiyologlar için pratik rehberlik sağlar. Özellikle, burada sunulan çalışma nasıl gerçekleştirileceğini göstermiştir: i) hiyerarşik genotiplerin filogeni rehberliğinde haritalanması; ii) genotiplerin frekansa dayalı analizi; iii) akrabalık ve klonalite analizleri; iv) Soy farklılaştırıcı aksesuar lokuslarının tanımlanması.

Bakteriyel Popülasyonlarda Hiyerarşik Genotiplerin ve Aksesuar Genom Loci'nin Sezgisel Madenciliği

Bu protokol, mayaların ve küf Aspergillus fumigatus'un 7 gün gibi kısa bir sürede büyük toprak numunelerinden kültürlenmesi için etkili ve hızlı bir yöntemdir. Yöntemler, deneyler için gerektiğinde bir dizi inkübasyon ortamına ve sıcaklığına uyum sağlamak için kolayca değiştirilebilir.

Mantar Popülasyon Yapısını Araştırmak için Kültürlenebilir Maya ve Küflerin Topraklardan İzolasyonu

Masaüstü cihazları kullanan tüm genom dizileme (WGS) stratejilerinin fizibilitesi, laboratuvar ortamında halk sağlığı ile ilgili her mikrobun genom sorgulamasını basitleştirmiştir. Bakteriyel WGS için iş akışının metodolojik bir uyarlaması tanımlanmıştır ve analiz için bir biyoinformatik boru hattı da sunulmuştur.

Oreochromis spp. Çiftliklerinden Türetilen Patojenik Bir Escherichia coli Suşunun Karakterizasyonu Tüm Genom Dizilimini Kullanarak

Burada, hedef zenginleştirme kullanarak klinik örneklerden bakteriyel cinsel yolla bulaşan enfeksiyonların tüm genom dizilimini sağlamak için bir protokol sunuyoruz. Bu yeni, sendromik panel tabanlı yöntem, bol miktarda insan DNA'sı ve düşük bakteri yüklerinin zorluklarının üstesinden gelerek Chlamydia trachomatis, Neisseria gonorrhoeae, Treponema pallidum ve Mycoplasma genitalium için genomik sürveyansı kolaylaştırır.

Hedef Zenginleştirme İş Akışı Kullanarak Klinik Örneklerden Tüm Bakteri Genomları Oluşturma

Keşfedin, Toxoplasma gondii izolatları için çok lokus genotipleme protokolünü nanopore dizileme ile. SAG2 ve SAG3 genlerinde SNP ve INDEL tespiti yaparak suş ayrımını güvenilir şekilde gerçekleştirin.

Toxoplasma gondii için Sürün Tipi için Çok Lokus Dizileme

Daha fazla video keşfet