Name: Arabidopsis çekirdeklerinde tek moleküllü lokalizasyon mikroskopisi için sadeleştirilmiş bir protokol (Video) | JoVE Journal
Uploaded: 2026-05-08T14:05:00.000+00:00
Duration: 9 min 54 s
Description: Keşfedin, Arabidopsis thaliana çekirdeklerinde kromatin yapısını nanometre ölçeğinde görüntülemek için tek moleküllü lokalizasyon mikroskopisi protokolünü. Bu yöntem, bitki biyolojisinde süper çözünürlüklü görüntüleme tekniklerinin kullanımını kolaylaştırır.

ai_agent_IP

ai_agent

maintenance

instantTrialDurationMinutes

isBiopharma

enableNewMyJoveSectionDesign

educationFeatures

seoMetaApi

ai_copilot_institution_blacklist

ai_chat_institution_blacklist

freeAccessWindow

ssoRoleCapture

scheduledMaintenanceBanner

joveLabsFeatures

disable_autoplay_for_bots

extended_trial_duration

5 minutes

<ol>
	<li>Misteli, T. <a target="_blank" href="https://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Beyond+the+sequence:+cellular+organization+of+genome+function.">Beyond the sequence: cellular organization of genome function.</a> Cell. 128 (4), 787-800 (2007).</li><li>Rowley, M. J., Corces, V. G. <a target="_blank" href="https://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Organizational+principles+of+3D+genome+architecture.">Organizational principles of 3D genome architecture.</a> Nat Rev Genet. 19 (12), 789-800 (2018).</li><li>Fransz, P., de Jong, J. H., Lysak, M., Castiglione, M. R., Schubert, I. <a target="_blank" href="https://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Interphase+chromosomes+in+Arabidopsis+are+organized+as+well+defined+chromocenters+from+which+euchromatin+loops+emanate.">Interphase chromosomes in Arabidopsis are organized as well defined chromocenters from which euchromatin loops emanate.</a> Proc Natl Acad Sci U S A. 99 (22), 14584-14589 (2002).</li><li>Tessadori, F., Chupeau, M. C., Chupeau, Y., Knip, M., Germann, S. <a target="_blank" href="https://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Large-scale+dissociation+and+sequential+reassembly+of+pericentric+heterochromatin+in+dedifferentiated+Arabidopsis+cells.">Large-scale dissociation and sequential reassembly of pericentric heterochromatin in dedifferentiated Arabidopsis cells.</a> J Cell Sci. 120 (7), 1200-1208 (2007).</li><li>Caballero, L., Pasternak, T., Riyazuddin, R., P&#233;rez-P&#233;rez, J. M. <a target="_blank" href="https://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Connecting+high-resolution+3D+chromatin+maps+with+cell+division+and+cell+differentiation+at+the+root+apical+meristem.">Connecting high-resolution 3D chromatin maps with cell division and cell differentiation at the root apical meristem.</a> Plant Cell Rep. 43 (10), 232 (2024).</li><li>Pavlova, P., van Zanten, M., Snoek, B. L., de Jong, H., Fransz, P. <a target="_blank" href="https://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=2D+morphometric+analysis+of+Arabidopsis+thaliana+nuclei+reveals+characteristic+profiles+of+different+cell+types+and+accessions.">2D morphometric analysis of Arabidopsis thaliana nuclei reveals characteristic profiles of different cell types and accessions.</a> Chromosome Res. 30 (1), 5-24 (2022).</li><li>Shao, L., Kner, P., Rego, E. H., Gustafsson, M. G. L. <a target="_blank" href="https://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Super-resolution+3D+microscopy+of+live+whole+cells+using+structured+illumination.">Super-resolution 3D microscopy of live whole cells using structured illumination.</a> Nat Methods. 8 (12), 1044-1046 (2011).</li><li>Gustafsson, M. G. L. <a target="_blank" href="https://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Nonlinear+structured-illumination+microscopy:+Wide-field+fluorescence+imaging+with+theoretically+unlimited+resolution.">Nonlinear structured-illumination microscopy: Wide-field fluorescence imaging with theoretically unlimited resolution.</a> Proc Natl Acad Sci U S A. 102 (37), 13081-13086 (2005).</li><li>Hell, S. W., Wichmann, J. <a target="_blank" href="https://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Breaking+the+diffraction+resolution+limit+by+stimulated+emission:+stimulated-emission-depletion+fluorescence+microscopy.">Breaking the diffraction resolution limit by stimulated emission: stimulated-emission-depletion fluorescence microscopy.</a> Opt Lett, OL. 19 (11), 780-782 (1994).</li><li>Klar, T. A., Hell, S. W. <a target="_blank" href="https://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Subdiffraction+resolution+in+far-field+fluorescence+microscopy.">Subdiffraction resolution in far-field fluorescence microscopy.</a> Opt Lett, OL. 24 (14), 954-956 (1999).</li><li>Hugelier, S., Colosi, P. L., Lakadamyali, M. <a target="_blank" href="https://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Quantitative+Single-Molecule+Localization+Microscopy.">Quantitative Single-Molecule Localization Microscopy.</a> Annu Rev Biophys. 52, 139-160 (2023).</li><li>Schermelleh, L., Ferrand, A., Huser, T., Eggeling, C., Sauer, M. <a target="_blank" href="https://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Super-resolution+microscopy+demystified.">Super-resolution microscopy demystified.</a> Nat Cell Biol. 21 (1), 72-84 (2019).</li><li>Hess, S. T., Girirajan, T. P. K., Mason, M. D. <a target="_blank" href="https://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Ultra-high+resolution+imaging+by+fluorescence+photoactivation+localization+microscopy.">Ultra-high resolution imaging by fluorescence photoactivation localization microscopy.</a> Biophys J. 91 (11), 4258-4272 (2006).</li><li>Heilemann, M., van de Linde, S., Sch&#252;ttpelz, M., Kasper, R., Seefeldt, B. <a target="_blank" href="https://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Subdiffraction-resolution+fluorescence+imaging+with+conventional+fluorescent+probes.">Subdiffraction-resolution fluorescence imaging with conventional fluorescent probes.</a> Angew Chem Int Ed Engl. 47 (33), 6172-6176 (2008).</li><li>Ricci, M. A., Manzo, C., Garc&#237;a-Parajo, M. F., Lakadamyali, M., Cosma, M. P. <a target="_blank" href="https://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Chromatin+fibers+are+formed+by+heterogeneous+groups+of+nucleosomes+in+vivo.">Chromatin fibers are formed by heterogeneous groups of nucleosomes in vivo.</a> Cell. 160 (6), 1145-1158 (2015).</li><li>Xu, J., Ma, H., Jin, J., Uttam, S., Fu, R. <a target="_blank" href="https://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Super-resolution+imaging+of+higher-order+chromatin+structures+at+different+epigenomic+states+in+single+mammalian+cells.">Super-resolution imaging of higher-order chromatin structures at different epigenomic states in single mammalian cells.</a> Cell Rep. 24 (4), 873-882 (2018).</li><li>Nozaki, T., Imai, R., Tanbo, M., Nagashima, R., Tamura, S. <a target="_blank" href="https://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Dynamic+organization+of+chromatin+domains+revealed+by+super-resolution+live-cell+imaging.">Dynamic organization of chromatin domains revealed by super-resolution live-cell imaging.</a> Molecular Cell. 67 (2), 282-293.e7 (2017).</li><li>Komis, G., &#352;amajov&#225;, O., Ove&#269;ka, M., &#352;amaj, J. <a target="_blank" href="https://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Super-resolution+microscopy+in+plant+cell+imaging.">Super-resolution microscopy in plant cell imaging.</a> Trends in Plant Science. 20 (12), 834-843 (2015).</li><li>Kracik-Dyer, E., Baroux, C. <a target="_blank" href="https://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=3D+STED+Imaging+of+isolated+Arabidopsis+thaliana+nuclei.">3D STED Imaging of isolated Arabidopsis thaliana nuclei.</a> Methods Mol Biol. 2873, 263-280 (2025).</li><li>Gaifas, L., et al. <a target="_blank" href="https://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Combining+live+fluorescence+imaging+with+in+situ+cryoelectron+tomography+sheds+light+on+the+septation+process+in+Deinococcus+radiodurans.">Combining live fluorescence imaging with in situ cryoelectron tomography sheds light on the septation process in Deinococcus radiodurans.</a> Proceedings of the National Academy of Sciences. 122 (19), e2425047122 (2025).</li><li>de Jong, I. G., Beilharz, K., Kuipers, O. P., Veening, J. W. <a target="_blank" href="https://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Live+Cell+Imaging+of+Bacillus+subtilis+and+Streptococcus+pneumoniae+using+Automated+time-lapse+microscopy.">Live Cell Imaging of Bacillus subtilis and Streptococcus pneumoniae using Automated time-lapse microscopy.</a> J Vis Exp. (53), e3145 (2011).</li><li>Vauclare, P., Wulffel&#233;, J., Lacroix, F., Servant, P., Canfalonieri, F., et al. <a target="_blank" href="https://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Stress-induced+nucleoid+remodeling+in+Deinococcus+radiodurans+is+associated+with+major+changes+in+Heat+Unstable+(HU)+protein+dynamics.">Stress-induced nucleoid remodeling in Deinococcus radiodurans is associated with major changes in Heat Unstable (HU) protein dynamics.</a> Nucleic Acids Res. 52 (11), 6406-6423 (2024).</li><li>Schubert, V. <a target="_blank" href="https://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Super-resolution+microscopy+&#8211;+Applications+in+plant+cell+research.">Super-resolution microscopy &#8211; Applications in plant cell research.</a> Front Plant Sci. 8, 531 (2017).</li><li>Carles, C. C., Ha, C. M., Jun, J. H., Fiume, E., Fletcher, J. C., Hennig, L., K&#246;hler, C. <a target="_blank" href="https://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Analyzing+Shoot+Apical+Meristem+Development.">Analyzing Shoot Apical Meristem Development.</a> Plant Developmental Biology: Methods and Protocols. , 105-129 (2010).</li><li>Chincinska, I. A. <a target="_blank" href="https://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Leaf+infiltration+in+plant+science:+old+method,+new+possibilities.">Leaf infiltration in plant science: old method, new possibilities.</a> Plant Methods. 17 (1), 83 (2021).</li><li>Tse-Kang, S. Y., et al. <a target="_blank" href="https://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Intestinal+immunity+in+C.+elegans+is+activated+by+pathogen+effector-triggered+aggregation+of+the+guard+protein+TIR-1+on+lysosome-related+organelles.">Intestinal immunity in C. elegans is activated by pathogen effector-triggered aggregation of the guard protein TIR-1 on lysosome-related organelles.</a> Immunity. 57 (10), 2280-2295.e6 (2024).</li><li>Lim, D., Ford, T. N., Chu, K. K., Mertz, J. <a target="_blank" href="https://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Optically+sectioned+in+vivo+imaging+with+speckle+illumination+HiLo+microscopy.">Optically sectioned in vivo imaging with speckle illumination HiLo microscopy.</a> J Biomed Opt. 16 (1), 016014 (2011).</li><li>Culley, S., et al. <a target="_blank" href="https://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Quantitative+mapping+and+minimization+of+super-resolution+optical+imaging+artifacts.">Quantitative mapping and minimization of super-resolution optical imaging artifacts.</a> Nat Methods. 15 (4), 263-266 (2018).</li><li>Xue, M., et al. <a target="_blank" href="https://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Single+amino+acid+mutations+in+histone+H3.3+illuminate+the+functional+significance+of+H3K4+methylation+in+plants.">Single amino acid mutations in histone H3.3 illuminate the functional significance of H3K4 methylation in plants.</a> Nat Commun. 16 (1), 4408 (2025).</li><li>Rueden, C. T., et al. <a target="_blank" href="https://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=ImageJ2:+ImageJ+for+the+next+generation+of+scientific+image+data.">ImageJ2: ImageJ for the next generation of scientific image data.</a> BMC Bioinformatics. 18, 529 (2017).</li><li>Schindelin, J., et al. <a target="_blank" href="https://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Fiji:+an+open-source+platform+for+biological-image+analysis.">Fiji: an open-source platform for biological-image analysis.</a> Nat Methods. 9 (7), 676-682 (2012).</li><li>Ovesn&#253;, M., K&#345;&#237;&#382;ek, P., Borkovec, J., &#352;vindrych, Z., Hagen, G. M. <a target="_blank" href="https://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=ThunderSTORM:+a+comprehensive+ImageJ+plugin+for+PALM+and+STORM+data+analysis+and+super-resolution+imaging.">ThunderSTORM: a comprehensive ImageJ plugin for PALM and STORM data analysis and super-resolution imaging.</a> Bioinformatics. 30 (16), 2389-2390 (2014).</li><li>Thompson, R. E., Larson, D. R., Webb, W. W. <a target="_blank" href="https://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Precise+nanometer+localization+analysis+for+individual+fluorescent+probes.">Precise nanometer localization analysis for individual fluorescent probes.</a> Biophys J. 82 (5), 2775-2783 (2002).</li><li>Van Heel, M. <a target="_blank" href="https://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Similarity+measures+between+images.">Similarity measures between images.</a> Ultramicroscopy. 21 (1), 95-100 (1987).</li><li>Loureiro, J., et al. <a target="_blank" href="https://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Isolation+of+plant+nuclei+for+estimation+of+nuclear+DNA+content:+Overview+and+best+practices.">Isolation of plant nuclei for estimation of nuclear DNA content: Overview and best practices.</a> Cytometry Part A. 99 (4), 318-327 (2021).</li><li>Deal, R. B., Henikoff, S. <a target="_blank" href="https://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=The+INTACT+method+for+cell+type-specific+gene+expression+and+chromatin+profiling+in+Arabidopsis+thaliana.">The INTACT method for cell type-specific gene expression and chromatin profiling in Arabidopsis thaliana.</a> Nat Protoc. 6 (1), 56-68 (2011).</li><li>Duncan, S., Olsson, T. S. G., Hartley, M., Dean, C., Rosa, S. <a target="_blank" href="https://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=A+method+for+detecting+single+mRNA+molecules+in+Arabidopsis+thaliana.">A method for detecting single mRNA molecules in Arabidopsis thaliana.</a> Plant Methods. 12, 13 (2016).</li><li>Gutzat, R., Mittelsten Scheid, O. <a target="_blank" href="https://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Preparing+chromatin+and+RNA+from+rare+cell+types+with+fluorescence-activated+nuclear+sorting+(FANS).">Preparing chromatin and RNA from rare cell types with fluorescence-activated nuclear sorting (FANS).</a> Methods Mol Biol. 2093, 95-105 (2020).</li></ol>

<table><tbody><tr><td>Anti-RNA polymerase II CTD repeat YSPTSPS (phospho S2) antibody</td><td>Abcam</td><td>ab5095</td><td>Polymerazın aktif formunu görselleştirmek için immün boyama tamponunda 1/200 seyreliğinde kullanılan birincil antikor (Tavşanda üretilmiş poliklonal antikor)</td></tr><tr><td>Alım yazılımı</td><td>Abbelight</td><td>NEO LiveImaging v2.18</td><td></td></tr><tr><td>Sığır Serum Albumini</td><td>Sigma-Aldrich</td><td>A7906&nbsp;&nbsp;</td><td></td></tr><tr><td>Katalaz</td><td>Sigma-Aldrich</td><td>C40</td><td></td></tr><tr><td>Sertifikalı Düşük Erime Noktalı Agaroz</td><td>Bio-Rad</td><td>1613111</td><td></td></tr><tr><td>1.5H kalınlığında kapak camları</td><td>Marienfeld</td><td>117640</td><td>&Oslash;: 24 mm</td></tr><tr><td>D-(+)-Glukoz, susuz, %99</td><td>Thermo Scientific</td><td>A16828-36&nbsp;</td><td></td></tr><tr><td>Dikroiik ayna</td><td>Semrock</td><td>Di03-R405/488/561/635-t1</td><td>Uyarma/emiş ayrımı için dikroik ayna</td></tr><tr><td>Dulbecco&rsquo;s Fosfat Tamponlu Salin 10&acute;</td><td>biowest</td><td>X0515 - 500&nbsp;</td><td>Steril koşullarda çalışma</td></tr><tr><td>Epredia Ultra Tek Kullanımlık Mikrotom Bıçakları</td><td>FisherScientific</td><td>12191830</td><td>Düşük profilli, tek kullanımlık</td></tr><tr><td>Falcon 6-kuyuluk Şeffaf Düz Tabanlı TC-tedavi edilmiş Çoklu Kuyu Hücre Kültürü Plakası, Kapaklı</td><td>&nbsp;Falcon</td><td>353046</td><td></td></tr><tr><td>Formaldehit çözeltisi %37</td><td>Carl Roth</td><td>7398</td><td>Duman başlığı altında çalışın</td></tr><tr><td>Glükoz oksidaz</td><td>Sigma-Aldrich</td><td>G2133</td><td></td></tr><tr><td>Gliserol</td><td>VWR</td><td>24388.295</td><td></td></tr><tr><td>Keçi anti-Tavşan IgG (H+L) Yüksek Çapraz Adsorpsiyonlu İkincil Antikor, Alexa Fluor Plus 647</td><td>Thermo Scientific</td><td>A32733TR</td><td>AF647'ye bağlı ikincil antikor olarak 1/200'de kullanılır</td></tr><tr><td>Hoechst 33258 çözeltisi</td><td>Sigma-Aldrich</td><td>94403</td><td>DNA'yı karşı boyalama için 1/500 seyreliğinde kullanılır, agarose pedine eklenir</td></tr><tr><td>Hidrolorik Asit Çözeltisi</td><td>Chem-Lab</td><td>CL05.0311.1000&nbsp;</td><td></td></tr><tr><td>JF549-Hoechst</td><td>Lavis lab ve Open Chemistry ekibi (Janelia)</td><td>JF549-Hoechst</td><td>DNA'yı karşı boyalama için kullanılır, agarose pedine 1.5 nM son konsantrasyonunda eklenir</td></tr><tr><td>KIMBLE Dounce doku öğütücü seti</td><td>Sigma-Aldrich</td><td>D8938</td><td>Her ikisi de büyük (0.0030-0.0050 inç) ve küçük (0.0005-0.0025 inç) açıklıklı havanın olduğu 2 mL tüp</td></tr><tr><td>Lazer ünitesi</td><td>Oxxius</td><td>L6Cc</td><td>Altı lazerle donatılmıştır: 405 nm - 100 mW, 488 nm - 200 mW, 532 nm - 500 mW, 561 nm - 300 mW, 640 nm - 500 mW ve 730 nm - 30 mW</td></tr><tr><td>Magnezyum klorür heksahidrat</td><td>Carl Roth</td><td>HN03</td><td></td></tr><tr><td>Merkaptoetilamina (MEA)</td><td>Sigma-Aldrich</td><td>30070</td><td></td></tr><tr><td>MOPS sodyum tuzu %98</td><td>Fisher Scientific SAS</td><td>352590010</td><td></td></tr><tr><td>Çok bantlı emisyon filtresi</td><td>Semrock</td><td>FF01-446/523/600/677</td><td>Lazer dağınık ışığı engellemek için çok bantlı emisyon filtrasyonu</td></tr><tr><td>Nanoelmaslar</td><td>Adamas Nanotechnologies</td><td>NDNV100nmHiWGA2ml</td><td>Stok 1 mg/mL</td></tr><tr><td>ORCA-Fusion Dijital CMOS kamera</td><td>Hamamatsu</td><td>C14440-20UP&nbsp;</td><td></td></tr><tr><td>Petri kabı, 100/20 mm, PS, şeffaf, havalandırmalı, steril</td><td>Greiner Bio-One</td><td>664161</td><td>1/2 MS ortamında bitki yetiştirmek için kullanılır</td></tr><tr><td>Petri kabı, kare, PS, şeffaf, 120/120/17 mm, steril</td><td>Greiner Bio-One</td><td>688161</td><td>Bitki fidelerini keserek kullanılır</td></tr><tr><td>PluriStrainer Mini hücre süzgeci</td><td>pluriSelect</td><td>43-10030-50</td><td>Ağ boyutu 30 &micro;m, 1.5 mL Eppendorf tüpü için uygun</td></tr><tr><td>Potasyum Klorür</td><td>Sigma-Aldrich</td><td>P9333</td><td></td></tr><tr><td>Tek bantlı emisyon filtresi</td><td>Semrock</td><td>FF01-698/70</td><td>AF647 kanalı için özel emisyon filtresi</td></tr><tr><td>Tek bantlı emisyon filtresi</td><td>Chroma</td><td>ET600/50m</td><td>JF549 kanalı için özel emisyon filtresi</td></tr><tr><td>Sodyum klorür (%99,5%)&nbsp;</td><td>Euromedex</td><td>1112-A</td><td></td></tr><tr><td>Star-Frost slaytlar 76 x 26 mm</td><td>Knittel</td><td>&nbsp;VS112711FKB.01</td><td></td></tr><tr><td>Sterilizasyonlu şırınga filtresi&oslash; 33 mm gözeneklilik 0.2 &micro;m Luer Lock koni</td><td>ClearLine</td><td>146560</td><td></td></tr><tr><td>Süper çözünürlük sistemi</td><td>Abbelight</td><td>SAFe360</td><td>Olympus IX83, 100x NA1.5 yağ-daldırmalı objektif ile donatılmış</td></tr><tr><td>Tri-Sodyum Sitrat 2H2O Gen-Apex Biomole</td><td>Prolabo</td><td>PRO-33615.268</td><td></td></tr><tr><td>Tris Bazı Moleküler Biyoloji Sınıfı</td><td>Promega</td><td>H5135</td><td></td></tr><tr><td>Tris(2-karboksietil)fosfin hidroklorür (TCEP)</td><td>Thermo Scientific</td><td>20491</td><td></td></tr><tr><td>Triton X-100</td><td>Euromedex</td><td>2000-B</td><td></td></tr><tr><td>Tween 20</td><td>Euromedex</td><td>2001-B</td><td></td></tr><tr><td>Twinsil Hız</td><td>Picodent</td><td>13001002</td><td>Sil

arabidopsis çekirdeklerinde tek moleküllü lokalizasyon mikroskopisi için sadeleştirilmiş bir protokol

A Streamlined Protocol for Single-Molecule Localization Microscopy in Arabidopsis Nuclei

Arabidopsis çekirdeklerinde tek moleküllü lokalizasyon mikroskopisi için sadeleştirilmiş bir protokol

While confocal fluorescence microscopy has provided valuable insights into chromatin organization in plant nuclei, its diffraction-limited resolution ...

a-streamlined-protocol-for-single-molecule-localization-microscopy

Research

JoVE Journal

Biology

Biyoloji

Hücre Özgül Analizi<em&gt; Arabidopsis</em&gt; Floresans Aktif Hücre Ayırma kullanma Leaves

Biz İmmunosteyn, floresan in situ hibridizasyon, tüm montaj Arabidopsis thaliana ovüllerindeki kantitatif, yüksek çözünürlüklü görüntüleme ile takip DNA boyama için burada etkin ve güvenilir bir protokol sağlar. Bu yöntem başarıyla kromatin modifikasyonları ve nükleer mimarisi kullanılarak analiz edildi.

Tüm montaj ovüllerindeki in Kromatin Modifikasyonu ve Nükleer Mimarlık Kantitatif, Tek hücreli Analizi için Etkin Bir Yöntem<em&gt; Arabidopsis</em

Birden çok chimeric floresan füzyon protein geleneksel yöntemlerle zorlukları aşmak tesislerinde ortak ifade etmek için yeni bir yöntem geliştirdik. Kaset protein ortak ifade ulaşmak için ifade birden çok fonksiyonel olarak bağımsız protein içeren bir tek ifade plazmid kullanarak yararlanır.

Bitkilerde etkin bir şekilde birden fazla Chimeric floresan Fusion proteinlerin ortak ifade

Floresan canlı görüntüleme Arabidopsis thaliana yaprakların uzun bir zaman aralığı içinde gerçekleştirmek için basit ve çok yönlü bir yöntemi bildirin. Biz bir transgenik Arabidopsis bitki bitki bağışıklık yanıtı kronolojik zamanmekansal anlayış kazanıyor için bir örnek olarak bir bağışıklık ile ilgili düzenleyici denetimi altındaki bir floresan muhabir gen ifade kullanın.

Arabidopsis montaj için çok yönlü bir yöntem Intravital zaman hata görüntüleme için yaprakları

3D tek moleküllü lokalizasyon mikroskopisi, yaşayan bakteri hücrelerinde floresan olarak etiketlenmiş proteinlerin mekansal konumlarını ve hareket yörüngelerini araştırmak için kullanılır. Burada açıklanan deneysel ve veri analizi protokolü, sitosolik proteinlerin havuzhalinde ki tek moleküllü yörüngelere dayalı yaygın diffüzif davranışlarını belirler.

Tek Moleküllü İzleme Mikroskobu - Sitosolik Moleküllerin Diffüz Durumlarını Belirlemede Bir Araç

Burada, ateş apikal meristem'deki kortikal mikrotübül sitoiskeletinin canlı hücre görüntülemesi ve fiziksel kuvvetlerdeki değişikliklere tepkisini izleme protokolünü anlatıyoruz.

Mikrotübül Sitoiskeletinin Canlı Hücre Görüntülemesi ve Arabidopsis Shoot Apikal Meristem'in Mikromekanik Manipülasyonu

Mayoz fazı sırasında kromozom hareketi, spor oluşumu için temel olan, yeterince anlaşılmamış bir olgudur. Bu protokol, Arabidopsis thaliana erkek mayositlerinde mayotik faz sırasında sentromer hareketlerini elde etmek, analiz etmek ve ölçmek için bir yöntemi açıklar.

Arabidopsis thaliana'da Erkek Mayoz Fazı Sırasında Sentromer Hareketlerinin Canlı Görüntüleme Karakterizasyonu

Uzaysal analiz için euchromatin, heterokromatin ve RNAP II'nin tekrarlanabilir haritalanmasını sağlayan üç renkli kromatin tek molekül lokalizasyon mikroskopisi (SMLM) boyama ve analiz protokolü sunuyoruz. Bu protokol, kromatinle ilişkili hedefler dahil olmak üzere yoğun nükleer ortamlarda verimli çok renkli etiketleme sağlar ve güvenilir eşzamanlı tespiti sağlar.

Yoğun Nükleer Ortamda Kromatinin Araştırılması İçin Çok Etiketli Tek Molekül Lokalizasyon Mikroskopi Protokolü

Erkek mısır meyositlerindeki bu immünolokalizasyon protokolü, meyoz sırasında hücrelerin üç boyutlu bütünlüğünü korur. Bu yöntem, korunmuş paraformaldehit sabit materyalde üç bağımsız antikorun hücre içi lokalizasyonunun dinamik izlenmesine olanak tanır; ayrıca DNA boyayan DAPI'ye ek olarak.

Mısır Meiositlerinde Üç Boyutlu İmmünolokalizasyon

Bu süreç, Arabidopsis thaliana'da floresan etiketlenmiş çekirdek ve kromatin işaretleyici çizgisi ile birlikte konfokal mikroskopi kullanarak Arabidopsis köklerinde çekirdek ve kromatin dinamiklerini aynı anda kaydeder ve gelişimsel ile çevresel ipuçlarına yanıt olarak bu dinamiklerdeki değişiklikleri araştırır.

Arabidopsis thaliana Kökünde Gelişim Sırasında Nükleer Şekil ve Kromatin Dinamiklerinin Nicel Canlı Hücre Görüntülemesi ve Çevresel Stres

Keşfedin, Arabidopsis thaliana çekirdeklerinde kromatin yapısını nanometre ölçeğinde görüntülemek için tek moleküllü lokalizasyon mikroskopisi protokolünü. Bu yöntem, bitki biyolojisinde süper çözünürlüklü görüntüleme tekniklerinin kullanımını kolaylaştırır.

Arabidopsis çekirdeklerinde tek moleküllü lokalizasyon mikroskopisi için sadeleştirilmiş bir protokol

Daha fazla video keşfet