Name: Mikroglial Parametreleri Haritalama Yazılımı (MMPS): Nicel Mikroglia Morfoloji Analizi için Açık Kaynaklı, Kullanıcı Dostu Bir Araç (Video) | JoVE Journal
Uploaded: 2026-07-24T12:55:00.000+00:00
Duration: 8 min 35 s
Description: Öğrenin, MMPS yazılımını kullanarak mikroglial morfolojiyi nicel olarak analiz etmeyi. Python tabanlı bu açık kaynak araç, immünofloresans görüntüleriyle tek hücre düzeyinde analiz sağlar.

ai_agent_IP

ai_agent

maintenance

instantTrialDurationMinutes

isBiopharma

enableNewMyJoveSectionDesign

educationFeatures

seoMetaApi

ai_copilot_institution_blacklist

ai_chat_institution_blacklist

freeAccessWindow

ssoRoleCapture

scheduledMaintenanceBanner

joveLabsFeatures

disable_autoplay_for_bots

extended_trial_duration

5 minutes

<table><tbody><tr><td>12-well plate</td><td>Fisher Scientific</td><td>07-200-82</td><td>Dokunma kesitlerinin inkübasyonu ve yıkanması için kullanılan plaka.</td></tr><tr><td>Alüminyum folyo</td><td>Fisher Scientific</td><td>01-213-101</td><td>Floresan numuneleri ışık maruziyetinden korumak için kullanılır.</td></tr><tr><td>Antijen Alma Tamponu (10&times;)</td><td>ThermoFisher Scientific</td><td>00-4955-58</td><td>İmmünofloresan boyama sırasında antijen erişilebilirliğini artırmak için kullanılır.</td></tr><tr><td>Anti-Iba1 birincil antikoru</td><td>FUJIFILM Wako Pure Chemical Corporation</td><td>019-19741</td><td>Mikroglia için immünofloresan etiketlemede kullanılan birincil antikor.</td></tr><tr><td>Cryostat</td><td>Fisher Scientific</td><td>95-710-0L</td><td>Dondurulmuş beyin dokusunu belirli kalınlıklarda kesmek için kullanılan alet.</td></tr><tr><td>Donkey anti-Rabbit IgG, Alexa Fluor 555</td><td>ThermoFisher Scientific</td><td>A-21428</td><td>Tavşan birincil antikorlarının görselleştirilmesi için kullanılan floresan ikincil antikor.</td></tr><tr><td>Donkey Serum</td><td>Fisher Scientific</td><td>50-413-115</td><td>Spesifik olmayan antikor bağlanmasını azaltmak için kullanılan blokaj reaktifi.</td></tr><tr><td>EVOS FL Auto 2 Görüntüleme Sistemi</td><td>ThermoFisher Scientific</td><td>AMAFD2000</td><td>Görüntü alımı için kullanılan floresan mikroskobu.</td></tr><tr><td>Fiji (ImageJ) 2.16.0</td><td>NIH</td><td>fiji.sc</td><td>Aşağı akış morfoloji analizleri ve eklentileri için kullanılan görüntü işleme platformu.</td></tr><tr><td>Fluoromount-G</td><td>ThermoFisher Scientific</td><td>00-4959-52</td><td>Floresansı korumak ve kapakları sabitlemek için kullanılan montaj ortamı.</td></tr><tr><td>Izofluran</td><td>EntirelyPets Eczanesi</td><td>MWI502017</td><td>Hayvan prosedürleri sırasında kullanılan inhalasyon anestezisi.</td></tr><tr><td>Lipopolisakkarit</td><td>Millipore Sigma</td><td>L2630</td><td>Kemirgenlerde sistemik nöroinflamasyon ve mikroglial aktivasyonu indüklemek için kullanılır.</td></tr><tr><td>Matplotlib</td><td>https://pypi.org/project/matplotlib/</td><td></td><td>Veri görselleştirme ve şekil oluşturma için kullanılan Python çizim kütüphanesi.</td></tr><tr><td>MMPS (Mapping Microglial Parameters Software) v1.00</td><td>Bu çalışma</td><td>https://github.com/NeurodegenerativePharmaceuticalLab/Mapping-Microglia-Parameters-Software/releases/tag/v1.00</td><td>Mikroglial morfoloji analizi için geliştirilen açık kaynaklı yazılım platformu.</td></tr><tr><td>Net kuyuları</td><td>Millipore Sigma</td><td>CLS3477</td><td>Boyama prosedürleri sırasında serbest yüzen doku kesitlerini tutmak için kullanılan ekler.</td></tr><tr><td>Numpy</td><td>https://pypi.org/project/numpy/</td><td></td><td>MMPS içindeki sayısal hesaplamalar için kullanılan Python kütüphanesi.</td></tr><tr><td>Objektif lens (4&times;)</td><td>ThermoFisher Scientific</td><td>AMEP4922</td><td>Anatomi yönlendirme ve bölge tanımlaması için kullanılan düşük büyütmeli objektif.</td></tr><tr><td>Objektif lens (40&times;)</td><td>ThermoFisher Scientific</td><td>AMEP4625</td><td>Mikroglial morfoloji görüntüleme için kullanılan yüksek büyütmeli objektif.</td></tr><tr><td>opencv-python</td><td>https://pypi.org/project/opencv-python/</td><td></td><td>MMPS içindeki görüntü işleme işlevleri için kullanılan bilgisayarlı görü kütüphanesi.</td></tr><tr><td>Paraformaldehit</td><td>ThermoFisher Scientific</td><td>169650025</td><td>Bölümleme öncesi doku perfüzyonu ve korunması için kullanılan fiksatif.</td></tr><tr><td>Permount</td><td>Fisher Scientific</td><td>SP15-100</td><td>Slayt korunumu için kullanılan kalıcı montaj ortamı.</td></tr><tr><td>Fosfat tamponlu salin</td><td>Fisher Scientific</td><td>BP3991</td><td>Doku yıkama ve reaktif hazırlanması için kullanılan tampon çözeltisi.</td></tr><tr><td>Pillow</td><td>https://pypi.org/project/Pillow/</td><td></td><td>Görüntü işleme işlemleri için kullanılan Python görüntü işleme kütüphanesi.</td></tr><tr><td>PyQt5</td><td>https://pypi.org/project/PyQt5/</td><td></td><td>MMPS grafik kullanıcı arabirimini oluşturmak için kullanılan Python GUI çerçevesi.</td></tr><tr><td>Python 3.11</td><td>Python Software Foundation</td><td>python.org</td><td>MMPS'yi geliştirmek ve çalıştırmak için kullanılan programlama dili ortamı.</td></tr><tr><td>R 4.3.2</td><td>R Foundation for Statistical Computing</td><td>r-project.org</td><td>Veri analizi ve grafik oluşturma için kullanılan istatistiksel yazılım.</td></tr><tr><td>Scikit-image</td><td>https://pypi.org/project/scikit-image/</td><td></td><td>Görüntü işleme ve segmentasyon için kullanılan Python görüntü analiz kütüphanesi.</td></tr><tr><td>Scipy</td><td>https://pypi.org/project/scipy/</td><td></td><td>Filtreleme ve görüntü işleme işlemleri için kullanılan Python bilimsel hesaplama paketi.</td></tr><tr><td>Sprague-Dawley Sıçanları</td><td>Evingo</td><td>002</td><td>Nöroinflamasyon modelinin doğrulanması için kullanılan deney hayvanları.</td></tr><tr><td>Sükroz</td><td>Fisher Scientific</td><td>S5-3</td><td>Beyin dokusunu dondurmadan önce kullanılan kriyoprotektif.</td></tr><tr><td>Tifffile</td><td>https://pypi.org/project/tifffile/</td><td></td><td>TIFF görüntü dosyalarını okumak ve yazmakla kullanılan Python paketi.</td></tr><tr><td>Tissue-Tek O.C.T. Compound</td><td>Sakura Finetek</td><td>4583</td><td>Dondurulmuş doku örneklerinin krioseksionu için kullanılan gömme ortamı.</td></tr><tr><td>Triton X-100</td><td>Fisher Scientific</td><td>BP151-100</td><td>İmmünofloresan sırasında membran permeabilizasyonu için kullanılan deterjan.</td></tr></tbody></table>

mikroglial parametreleri haritalama yazılımı (mmps): nicel mikroglia morfoloji analizi için açık kaynaklı, kullanıcı dostu bir araç

Mapping Microglial Parameters Software (MMPS): An Open-Source, User-Friendly Tool for Quantitative Microglia Morphology Analysis

Mikroglial Parametreleri Haritalama Yazılımı (MMPS): Nicel Mikroglia Morfoloji Analizi için Açık Kaynaklı, Kullanıcı Dostu Bir Araç

Microglia are myeloid-derived immune cells of the central nervous system that mediate tissue degradation and remodeling following neurological injury and ...

mapping-microglial-parameters-software-mmps-an-open-source-user

Research

JoVE Journal

Neuroscience

Sinirbilim

Kaynak: Etienne, F.  et al. Akut Beyin Dilimlerinde Mikroglial Süreçlerin ATP veya Serotonine Karşı Çekiminin İki Fotonlu Görüntülemesi. J. Vis. Uzm. (2019)Bu video, mikroglial süreçlerin beyin dilimlerinde enjekte edilen bir bileşiğe doğru çekiciliğini incelemek için iki foton mikroskobunun kullanımını göstermektedir. Fare beyin dilimlerinin hazırlanmasına, kemoatraktan bir test bileşiğinin enjekte edilmesine ve yanıtlarını görselleştirmek için floresan olarak işaretlenmiş mikrogliaların...

Bir fare beyin dilimindeki bir bileşiğe doğru mikroglial süreç çekimini incelemek için iki foton mikroskobu

Mikrogliyal biyoloji başarılı bir soruşturma için bir anahtar CNS dokudan izolasyonu sırasında ex vivo mikroglialardan immunofunction korunmasıdır. Flüoresan görüntüleme, bağışıklık kimyası ve proenflamatuar stimuli lipopolisakarit (LPS) ile Pam 3 CSK 4 (PAM) ile ELISA aşağıda mikroglia aktivasyonu ile değerlendirilen gibi son derece saf ve immunofunctional hücre kültürlerinde döner çalkalama sonuçları ile mikroglia izole edilmesi.

Kemirgen Yenidoğan itibaren Korunan immunfenotipine ve İşlevselliği ile Kortikal mikrogliya İzolasyonu

Mikroglia hücre dışı bir ortamda malzemenin fagosite veya yutmak için yüksek bir kapasitesi olan merkezi sinir sistemi (CNS) içinde yerleşik bağışıklık hücreleri bulunmaktadır. Burada, sinaptik bileşenlerin mikroglia aracılı yutulmasına görselleştirme ve ölçmek için, genel olarak, uygun ve güvenilir olup, kantitatif analiz tarif edilmektedir.

Bir yutulma Deneyi: CNS Fagositler ve nöronlar arasındaki etkileşimi değerlendirmek için bir protokol

Mikroglia aktivasyonu ve mikroglioz kronik nörodejenerasyona önemli tepkilerdir. Burada, in vivo, konfokal oftalmoskopi retinal CX3CR1-GFP + mikroglial hücreleri uzun süreli görselleştirme için yöntemler sunmak ve eşik ve morfometrik için belirlemek ve aktivasyonunu ölçmek için analiz eder. Biz yaşa bağlı glokomun erken evrelerinde mikrogliyal değişiklikleri takip.

Fare Glokomda Konfokal Oftalmoskopik Görüntüleme ve Hücre morfometrisi: Nörodejenerasyonda sırasında Retina Mikroglial Aktivasyonu Vivo Dynamics

Bu protokol, akış sitometrisi ile yetişkin fare merkezi sinir sisteminde makrofaj alt popülasyonlarının bir analizini sağlar ve bu hücrelerin eksprese ettiği çoklu belirteçlerin çalışması için yararlıdır.

Akış Sitometresi ile Merkezi Sinir Sisteminden Mikroglia ve Monosit Türevi Makrofajların Analizi

Microglia anket ve değişmiş beyin fizyolojisi kantitatif değerlendirilecek morfolojik değişiklikleri ile tepki beyin bağışıklık hücreleri vardır. Bu iletişim kuralı özetliyor bir ImageJ microglia morfoloji hücre yaklaşım, karmaşıklık ve şekli gibi ölçümleri göre sürekli veri olarak temsil etmek için analiz protokolüne dayalı.

ImageJ kullanarak doku hazırlanan immünhistokimya Photomicrographs üzerinden Microglia morfoloji miktarının

Bu protokol, mikroglial yoğunluk, dağılım ve morfolojinin yanı sıra fare beyin dokusunda periferik miyeloid hücre infiltrasyonunun analizine ek olarak, IBA1 ve TMEM119'un immünororesan costaining'i için adım adım iş akışını tanımlar.

Fare Beyninde Mikroglial Yoğunluk, Morfoloji ve Periferik Miyeloid Hücre Infiltrasyonu Analizi için IBA1 ve TMEM119 Kullanılarak İmmünofloresanS Boyama

Burada, uyanık farelerde mikroglial dinamiklerin ve nöronal aktivitenin eşzamanlı görüntülenmesi için adeno ilişkili virüs enjeksiyonunu kraniyal pencere implantasyonu ile birleştiren bir protokolü tanımladık.

Uyanık Farelerde Mikroglial Dinamiğin ve Nöronal Aktivitenin Eşzamanlı Görüntülenmesi

Burada, akış sitometrisi kullanarak vGLUT1 pozitif sinapsların ve pHRodo Red etiketli ham sinaptozomların mikroglial yutulmasını ölçmek için iki protokol sunuyoruz.

Akış Sitometrisi Kullanılarak Sinaptik Materyalin Mikroglial Yutulmasının Miktar Tayini

Bu makale, retinadaki postsinaptik nokta ve mikroglia hareketliliğini görselleştirme ve nicelleştirme yöntemini spinning disk konfokal mikroskopisi kullanarak göstermektedir.

Hasta Sare Retinasında Mikroglia Dinamikleri ve Sinapslarla Etkileşimlerin Canlı Görüntülemesi ve Karakterizasyonu

Bu protokol, erken doğum sonrası fare beyinlerinin beyinciklerindeki mikroglial hücre durumlarını izole etmek ve karakterize etmek için akış sitometrisi ve tek hücreli RNA dizilimini birleştirir. Mikroglia heterojenliğini ortaya çıkarmak ve serebellar gelişim ve hastalıktaki rollerinin anlaşılmasını geliştirmek için enzimatik ayrışma, Percoll santrifüjleme ve immün boyama kullanır.

Erken Doğum Sonrası Fare Beyin Gelişiminde Mikroglia Aktivasyonunu Karakterize Etmek için Akış Sitometrisi ve Tek Hücre Analizi

Öğrenin, MMPS yazılımını kullanarak mikroglial morfolojiyi nicel olarak analiz etmeyi. Python tabanlı bu açık kaynak araç, immünofloresans görüntüleriyle tek hücre düzeyinde analiz sağlar.

Mikroglial Parametreleri Haritalama Yazılımı (MMPS): Nicel Mikroglia Morfoloji Analizi için Açık Kaynaklı, Kullanıcı Dostu Bir Araç (Video) | JoVE Journal

Mikroglial Parametreleri Haritalama Yazılımı (MMPS): Nicel Mikroglia Morfoloji Analizi için Açık Kaynaklı, Kullanıcı Dostu Bir Araç

Daha fazla video keşfet