ai_agent_IP

ai_agent

maintenance

instantTrialDurationMinutes

isBiopharma

enableNewMyJoveSectionDesign

educationFeatures

seoMetaApi

ai_copilot_institution_blacklist

ai_chat_institution_blacklist

freeAccessWindow

ssoRoleCapture

scheduledMaintenanceBanner

joveLabsFeatures

disable_autoplay_for_bots

extended_trial_duration

5 minutes

<ol>
	<li>Mattick JS, et al. Long non-coding RNAs: definitions, functions, challenges and recommendations. Nat Rev Mol Cell Biol. 2023;24(6):430-447.</li>
	<li>Chen LL, Kim VN. Small and long non-coding RNAs: past, present, and future. Cell. 2024;187(23):6451-6485.</li>
	<li>Ferr&#232; F, Colantoni A, Helmer-Citterich M. Revealing protein-lncRNA interaction. Brief Bioinform. 2016;17(1):106-116.</li>
	<li>Yi W, Yan J. Decoding RNA-protein interactions: Methodological advances and emerging challenges. Adv Genet (Hoboken). 2025;6(2):2500011.</li>
	<li>Elguindy MM, Mendell JT. NORAD-induced PUMILIO phase separation is required for genome stability. Nature. 2021;595(7866):303-308.</li>
	<li>Gr&#228;we C, Stelloo S, Van Hout FAH, Vermeulen M. RNA-centric methods: Toward the interactome of specific RNA transcripts. Trends Biotechnol. 2021;39(9):890-900.</li>
	<li>Chu C, Chang HY. ChIRP-MS: RNA-directed proteomic discovery. Methods Mol Biol. 2018;1861:37-45.</li>
	<li>Chu C, et al. Systematic discovery of Xist RNA binding proteins. Cell. 2015;161(2):404-416.</li>
	<li>Suryo Rahmanto A, et al. K6-linked ubiquitylation marks formaldehyde-induced RNA-protein crosslinks for resolution. Mol Cell. 2023;83(23):4272-4289.e10.</li>
	<li>Sun W, et al. Genetically encoded chemical crosslinking of RNA in vivo. Nat Chem. 2023;15(1):21-32.</li>
	<li>Esteban-Serna S, McCaughan H, Granneman S. Advantages and limitations of UV cross-linking analysis of protein-RNA interactomes in microbes. Mol Microbiol. 2023;120(4):477-489.</li>
	<li>Welp LM, et al. Chemical crosslinking extends and complements UV crosslinking in analysis of RNA/DNA nucleic acid-protein interaction sites by mass spectrometry. Nucleic Acids Res. 2025;53(15).</li>
	<li>McHugh CA, Guttman M. RAP-MS: A method to identify proteins that interact directly with a specific RNA molecule in cells. Methods Mol Biol. 2018;1649:473-488.</li>
	<li>Lewandowski JP, et al. The Tug1 lncRNA locus is essential for male fertility. Genome Biol. 2020;21(1):237.</li>
	<li>Wang S, et al. LncRNA Tug1 maintains blood-testis barrier integrity by modulating ccl2 expression in high-fat diet mice. Cell Mol Life Sci. 2022;79(2):114.</li>
	<li>Li Y, et al. The landscape of RNA binding proteins in mammalian spermatogenesis. Science. 2024;386(6720).</li>
	<li>Xu Q, et al. Enhanced Crosslinking Immunoprecipitation (eCLIP) Method for Efficient Identification of Protein-bound RNA in Mouse Testis. J Vis Exp. 2019;(147):59681.&#160;</li>
	<li>Raj A, Van Den Bogaard P, Rifkin SA, Van Oudenaarden A, Tyagi S. Imaging individual mRNA molecules using multiple singly labeled probes. Nat Methods. 2008;5(10):877-879.</li>
	<li>Urdaneta EC, et al. Purification of cross-linked RNA-protein complexes by phenol-toluol extraction. Nat Commun. 2019;10(1):990.</li>
	<li>Van Nostrand EL, et al. Robust transcriptome-wide discovery of RNA-binding protein binding sites with enhanced CLIP (eCLIP). Nat Methods. 2016;13(6):508-514.</li>
	<li>Van Nostrand EL, et al. A large-scale binding and functional map of human RNA-binding proteins. Nature. 2020;583(7818):711-719.</li>
	<li>Dun MD, Aitken RJ, Nixon B. The role of molecular chaperones in spermatogenesis and the post-testicular maturation of mammalian spermatozoa. Hum Reprod Update. 2012;18(4):420-435.</li>
	<li>Urdaneta EC, Beckmann BM. Fast and unbiased purification of RNA-protein complexes after UV cross-linking. Methods. 2020;178:72-82.</li>
	<li>Greenberg JR. Ultraviolet light-induced crosslinking of mRNA to proteins. Nucleic Acids Res. 1979;6(2):715-732.</li>
	<li>Rinn JL, et al. Functional demarcation of active and silent chromatin domains in human HOX loci by noncoding RNAs. Cell. 2007;129(7):1311-1323.</li>
	<li>Clemson CM, et al. An architectural role for a nuclear noncoding RNA: NEAT1 RNA is essential for the structure of paraspeckles. Mol Cell. 2009;33(6):717-726.</li>
	<li>Chen H, et al. Dissecting mammalian spermatogenesis using spatial transcriptomics. Cell Rep. 2021;37(5):109915.</li>
	<li>Hafner M, et al. CLIP and complementary methods. Nat Rev Methods Primers. 2021;1(1):20.</li>
	<li>Ramanathan M, Porter DF, Khavari PA. Methods to study RNA-protein interactions. Nat Methods. 2019;16(3):225-234.</li>
</ol>

<table><tbody><tr><td>0.25% Trypsin-EDTA Solution</td><td>Gibco</td><td>25200056</td><td>doku ayrışması ve tek hücreli süspansiyon hazırlığı için</td></tr><tr><td>100% Ethanol</td><td>Sigma-Aldrich</td><td>459844</td><td>RNA temizleme için</td></tr><tr><td>AffinityScript Reverse Transcriptase</td><td>Agilent</td><td>600107</td><td>eCLIP cDNA sentezi için</td></tr><tr><td>Anti-CCT3 Antikoru</td><td>Abcam</td><td>Ab225878</td><td>eCLIP için antikor</td></tr><tr><td>Anti-PABPC1 Antikoru</td><td>Abcam</td><td>Ab312314</td><td>eCLIP için antikor&nbsp;</td></tr><tr><td>Kloroform</td><td>Sigma-Aldrich</td><td>C2432</td><td>RNA ekstraksiyonu için</td></tr><tr><td>Kolagenaz Tip IV</td><td>Sigma-Aldrich</td><td>C5138</td><td>testis dokusunun enzimatik ayrışması için</td></tr><tr><td>Defosforilasyon reaktifleri (T4 PNK)</td><td>New England Biolabs</td><td>M0201S</td><td>eCLIP RNA defosforilasyonu için</td></tr><tr><td>DMEM Yüksek Glukozlu Medium</td><td>Gibco</td><td>11965092</td><td>hücre kültürü ve doku ayrışması tamponu için</td></tr><tr><td>Dynabeads MyOne Streptavidin C1 Manyetik Boncuklar</td><td>Thermo Fisher Scientific</td><td>65001</td><td>biyotinleştirilmiş prob-RNA-protein komplekslerinin yakalama için</td></tr><tr><td>DynaMag-15 Magnet</td><td>Thermo Fisher Scientific</td><td>12301D</td><td>manyetik boncuk ayrımı için</td></tr><tr><td>DynaMag-2 Magnet</td><td>Thermo Fisher Scientific</td><td>12321D</td><td>manyetik boncuk ayrımı için</td></tr><tr><td>EDTA</td><td>Sigma-Aldrich</td><td>E9884</td><td>lizis ve yıkama tamponlarında iki değerlikli katyonları şelatlamak için</td></tr><tr><td>Eksonükleaz I</td><td>New England Biolabs</td><td>M0293S</td><td>eCLIP cDNA saflaştırması için</td></tr><tr><td>Fetal Bovine Serum (FBS)</td><td>Gibco</td><td>10099141C</td><td>tripsin sindirimini durdurmak için</td></tr><tr><td>Formamid</td><td>Thermo Fisher Scientific</td><td>AM9342</td><td>hibridizasyon tamponu hazırlığı için</td></tr><tr><td>Hibridizasyon Fırını</td><td>TUOHE</td><td>LF-I</td><td>prob hibridizasyonu ve boncuk yıkama için</td></tr><tr><td>Düşük Erime Sıcaklığı Agaroz</td><td>Sigma-Aldrich</td><td>A9414</td><td>eCLIP kütüphane boyutu seçimi için</td></tr><tr><td>MinElute Jel Ekstraksiyon Kiti</td><td>Qiagen</td><td>28604</td><td>eCLIP kütüphane boyutu seçimi için</td></tr><tr><td>miRNeasy Mini Kit</td><td>Qiagen</td><td>217004</td><td>RNA saflaştırması için</td></tr><tr><td>NaCl</td><td>Sigma-Aldrich</td><td>S7653</td><td>yüksek tuzlu yıkama tamponu hazırlığı için</td></tr><tr><td>Nükleofil Membran</td><td>GE Healthcare / Amersham</td><td>10600002</td><td>eCLIP western blot transferi için</td></tr><tr><td>NP-40</td><td>Thermo Fisher Scientific</td><td>85125</td><td>yıkama tamponu deterjanı için</td></tr><tr><td>Nükleaz ve proteaz içermeyen su</td><td>Thermo Fisher Scientific</td><td>10977035</td><td>nüklez içermeyen çözeltilerin hazırlanması için</td></tr><tr><td>NuPAGE 4-12% Bis-Tris Jel</td><td>Thermo Fisher Scientific</td><td>NP0322BOX</td><td>eCLIP boyut seçimi için</td></tr><tr><td>NuPAGE Bis-Tris Hazır Jel</td><td>Thermo Fisher Scientific</td><td>NP0321BOX</td><td>SDS-PAGE protein ayrımı için</td></tr><tr><td>PBS (pH 7.4)</td><td>Thermo Fisher Scientific</td><td>10010023</td><td>hücre yıkama ve yeniden süspansiyon için</td></tr><tr><td>Fenilmetil sülfonil florür (PMSF)</td><td>Sigma-Aldrich</td><td>P7626</td><td>hücre lizis tamponu için serin proteaz inhibitörü; kullanımdan önce taze eklenir</td></tr><tr><td>Proteaz İnhibitör Kokteyli</td><td>Roche</td><td>4693132001</td><td>hücre lizis tamponu için geniş spektrumlu proteaz inhibitörü; kullanımdan önce taze eklenir</td></tr><tr><td>Proteinaz K</td><td>Sigma-Aldrich</td><td>P4850</td><td>RNA ekstraksiyonunda protein sindirimi için</td></tr><tr><td>qRT-PCR Master Mix</td><td>Thermo Fisher Scientific</td><td>11704044</td><td>RNA zenginleştirmeyi doğrulamak için kuantitatif RT-PCR için</td></tr><tr><td>RNase/Proteas-Ücretsiz DNase I Çözeltisi</td><td>Thermo Fisher Scientific</td><td>EN0521</td><td>doku ayrışması için</td></tr><tr><td>RNeasy Mini Kit</td><td>Qiagen</td><td>74104</td><td>RNA saflaştırması için</td></tr><tr><td>SDS-PAGE Numune Yükleme Tamponu</td><td>Beyotime</td><td>P0286</td><td>protein numune hazırlığı için</td></tr><tr><td>Istakoz Alkaline Fosfataz</td><td>New England Biolabs</td><td>M0371S</td><td>eCLIP cDNA saflaştırması için</td></tr><tr><td>Gümüş Leke Kiti</td><td>Beyotime</td><td>P00175</td><td>SDS-PAGE jelleri içinde proteinleri görselleştirmek için</td></tr><tr><td>Sodyum Deoksikolat</td><td>Sigma-Aldrich</td><td>D6750</td><td>yıkama tamponu deterjanı için</td></tr><tr><td>Sodyum dodesil sülfat (SDS)</td><td>Sigma-Aldrich</td><td>L3771</td><td>hücre lizisi ve protein denatürasyonu için</td></tr><tr><td>Superase-in RNase İnhibitörü</td><td>Thermo Fisher Scientific</td><td>AM2694</td><td>özel RNase inhibitörü; kullanımdan önce taze eklenir</td></tr><tr><td>T4 RNA Ligaz</td><td>New England Biolabs</td><td>M0204</td><td>eCLIP adaptör ligasyonu için</td></tr><tr><td>Tris&ndash;HCl (pH 7.0)</td><td>Sigma-Aldrich</td><td>T5941</td><td>lizis, hibridizasyon ve yıkama tamponlarının hazırlanması için</td></tr><tr><td>TRIzol Reagent</td><td>Thermo Fisher Scientific</td><td>15596026CN</td><td>RNA ekstraksiyonu için</td></tr><tr><td>Ultrasonik hücre kırıcı</td><td>ATPIO</td><td>ATPIO-650D</td><td>hücre lizisi ve DNA parçalanması için</td></tr><tr><td>Ultraviyole Çapraz Bağlayıcı</td><td>Analytik Jena</td><td>UVP CL-1000</td><td>RNA-protein etkileşimlerinin UV çapraz bağlanması için</td></tr><tr><td>üre</td><td>Sigma-Aldrich</td><td>U5128</td><td>membran üzerinde eCLIP protein bozunması için</td></tr></tbody></table>

kültürlenmiş hücrelerden fare testisine doğrudan etkileşime giren proteinlerin doğrulanabilir tanımlanması İçin uv tabanlı chirp yöntemi

A UV-Based ChIRP Method For The Verifiable Identification of Proteins That Directly Interact With LncRNA: From Cultured Cells To Mouse Testis

Kültürlenmiş Hücrelerden Fare Testisine Doğrudan Etkileşime Giren Proteinlerin Doğrulanabilir Tanımlanması İçin UV Tabanlı ChIRP Yöntemi

Long non-coding RNAs (lncRNAs) have emerged as important regulators of diverse biological processes. However, the molecular mechanisms underlying the ...

Araştırmamız; hem kültürlenmiş hücrelerde hem de testisler gibi doğal dokularda RNA ve protein etkileşimlerini doğrudan haritalamak ve spermatogenezde TUG1'in moleküler mekanizmalarını aydınlatmak için bir UV çapraz bağlama yöntemi olan cPDiRT'yi geliştirmiştir. Bu protokol, kültürlenmiş hücrelerden sağlam doğal dokulara kadar daha geniş bir sistem yelpazesinde doğrudan RNA-protein etkileşim haritalamasına olanak tanır. Başlamak için, kalıntı kültür ortamını uzaklaştırmak amacıyla GC2 hücrelerini PBS ile üç kez yıkayın.Ardından, çapraz bağlama işleminden önce kaba üç mililitre PBS ekleyin ve eşit şekilde dağıtın. Hücreleri 254 nanometrelik bir ultraviyole çapraz bağlayıcıda, santimetrekare başına 4.000 milijul dozunda ışınlayın. Hücreleri PBS içerisinde toplayın ve hücre süspansiyonunu dört santigrat derecede beş dakika boyunca 3000G'de santrifüjleyin.Süpernatan atıldıktan sonra peleti tartın ve örnek başına minimum 500 miligram pelet kütlesini doğrulayın. Dört haftalık erkek C57BL6 farelerinden testisleri toplayın. Dekapsüle edilmiş testis dokusunu 5 ila 10 mililitre DMEM ile iki kez yıkayın.Ardından, 100 mg dokuyu, 1 mg/mL kollajenaz IV içeren 10 mL DMEM ile 37 °C'de inkübe edin. Seminifer tübüller serbest kalana kadar sindirime 5 ila 15 dakika boyunca devam edin. Daha sonra, süspansiyonu 4 °C'de 1000G'de bir dakika boyunca santrifüjleyin ve süpernatantı uzaklaştırın.Pelleti 5 ila 10 mililitre DMEM ile yıkayın. Süspansiyonu dört santigrat derecede, 1000G hızda bir dakika boyunca tekrar santrifüjleyin. Ardından pelleti, mililitre başına bir miligram deoxyribonuclease I içeren %0,25 trypsin içinde yeniden süspanse edin. Süspansiyonu 37 santigrat derecede 5 ila 15 dakika inkübe edin.Ardından, enzimatik sindirimi durdurmak için %10FBS ile takviye edilmiş eşit hacimde DMEM ekleyin. Süspansiyonu 70 µm hücre süzgecinden geçirin. Hücreleri 4 °C'de beş dakika boyunca 2000G'de santrifüjleyin.Süpernatanı uzaklaştırın ve peleti 5 ila 10 mililitre PBS ile yıkayın. Süspansiyonu dört santigrat derecede beş dakika boyunca 2000G hızda tekrar santrifüjleyin. Tek hücre süspansiyonunu PBS içinde yeniden süspanse edin ve 15 santimetrelik bir kültür kabına eşit şekilde dağıtın.Testis hücrelerini, daha önce GC2 hücreleri için gösterildiği şekilde çapraz bağlayın. Kontrol hücreleri için ışınlamayı atlayın. Çapraz bağlanan hücreleri toplayın.Süspansiyonu 4 °C'de, 3000G'de beş dakika boyunca santrifüjleyin ve süpernatantı atın. En az 10 ila 12 fareden izole edilen testis hücrelerini birleştirerek minimum 500 miligram pelet kütlesi elde edin. Pelet tartıldıktan sonra, her bir mililitre tampon başına 100 miligram pelet oranında hücre lizis tamponunda yeniden süspanse edin.Vorteksleme işleminden sonra, lizat görsel olarak berraklaşana kadar odaklanmış bir ultrasonikatör veya benmari tipi sonikatör kullanarak örneğe sonikasyon uygulayın. Ardından, RNA ve protein analizi için lizattan yaklaşık 10 µL'lik alikotlar alarak mikrosantrifüj tüplerine aktarın. Lizata 30 µL ön yıkama yapılmış manyetik boncuk ekleyin.Örnekleri bir hibridizasyon fırınında 37 °C'de 30 dakika boyunca hafifçe karıştırarak inkübe edin. Örnekleri, çözelti berraklaşana kadar veya yaklaşık bir dakika boyunca manyetik bir standa yerleştirin. Berraklaşan lizatı yeni bir tüpe aktarın.Yeni tüpü manyetik standa yerleştirin. Ardından, kalıntı boncukları uzaklaştırmak için lizatı başka bir tüpe aktarın. Her örneğe 37 °C'ye ısıtılmış iki hacim hibridizasyon tamponu ekleyin.Her 1 mL lizata, 100 µM stok probdan 1 µL olacak şekilde biotinillenmiş DNA probları ekleyin. Numuneleri, bir hibridizasyon fırınında, 37 °C'de 12 ila 16 saat boyunca uçtan uca rotasyonla inkübe edin. Kullanmadan hemen önce, 100 µL streptavidin manyetik boncuklarını hücre lizis tamponu ile üç kez yıkayın.Ve son yıkamadan sonra kalan tamponu uzaklaştırın. Hibridizasyon reaksiyon tüplerini kısaca santrifüjleyin. Ardından, hibridize edilmiş örneği yıkanmış boncuklara ekleyin ve nazikçe karıştırın.Boncuk süspansiyonunu orijinal tüpe geri aktarın ve karıştırarak 37 °C'de 30 ila 40 dakika inkübe edin. İnkübasyon sonrası numuneleri kısa süreliğine santrifüjleyin. Tüpleri, çözelti berraklaşana kadar bir ila iki dakika boyunca manyetik standa yerleştirin.Ardından, süpernatanı atın. Boncukları yıkamak için bir mililitre yıkama tamponu ekleyin ve tüpleri hibridizasyon fırınında 37 °C'de beş dakika inkübe edin. Beş yıkama işleminden sonra, RNA analizi için boncukların %1-10'unu temiz bir tüpe aktarın.Son olarak, kalan boncuklara 40 µL 1X SDS örnek tamponu ekleyin. Proteinlerin elüsyonunu sağlamak ve çapraz bağları tersine çevirmek için örnekleri 95 °C'de 30 dakika boyunca kaynatın. Proteinleri sonraki kütle spektrometrisi analizi için geri kazanın.ChIRP kütle spektrometrisi analizi, GC2 hücrelerinde negatif kontrole kıyasla zenginleşmiş 190'tan fazla protein tanımlamıştır. Santimetrekare başına 4.000 milijoule'lük bir UV dozunda, cPDiRT-MS daha seçici bir protein seti tanımlamıştır. Bu proteinlerin üçte ikisinden fazlası, geleneksel ChIRP-MS ile tanımlananlarla örtüşmektedir.En az iki benzersiz peptid ile tanımlanan proteinlerin çoğu, hem GC2 hücrelerinde hem de fare testislerindeki biyolojik tekrarlarda tutarlı bir şekilde tespit edilmiştir. Tekrarlanabilir şekilde tanımlanan proteinlerin gen ontolojisi analizi, TUG1'in bilinen işlevleriyle genel olarak uyumlu biyolojik süreçler ortaya çıkarmıştır. GC2 hücresi ve fare testisi veri setlerinin karşılaştırılması, ortak olarak zenginleşmiş 15 protein belirlemiştir.Geliştirilmiş çapraz bağlama immünopresipitasyon dizileme, PABPC1 ve CCT3 için TUG1 transkripti üzerinde net ve spesifik bağlanma piklerini ortaya çıkarmıştır. cPDiRT, araştırmacıların hem kültür hücrelerinde hem de doğal dokularda spesifik olarak bağlı RNA ile doğrudan etkileşime giren proteinleri tanımlamasına ve ölçmesine olanak tanır. En önemli zorluk, doğrudan RNA ve protein etkileşimleri için yüksek spesifite sağlarken etkili bir UV çapraz bağlama gerçekleştirmektir.Protokolümüz, bu yaklaşımın diğer RNA'lara ve dokulara uygulanmasına yönelik gelecekteki çalışmaları destekleyerek, gelişim ve üremede doğrudan RNA protein etkileşimlerinin işlevselliğinin yeniden belirlenmesine katkı sağlayacaktır.

a-uv-based-chirp-method-for-verifiable-identification-proteins-that

Research

JoVE Journal

Biochemistry

Biyokimya

RIP-Chip aracılığıyla RNA ilişkili kompleksleri izole ve tanımlamak için adım protokolü bir adım.

RIP-Chip kullanarak Hücre Ekstraktlarının gelen mRNA mikroRNA&#39;lar ve ribonükleoprotein Kompleksi Protein Bileşenlerinin İzolasyonu ve Tanımlama için Yöntemi

Cıvıldamak uzun kodsuz RNA'lar genomik bağlanma yerleri (lncRNAs) eşleştirmek için yeni ve hızlı bir tekniktir. Yöntemi lncRNA bağlı genomik sitelerin numaralandırılmasına izin anti-sense fayans oligonükleotidden özgüllük yararlanır.

RNA Saflaştırma tarafından Kromatin İzolasyon (chirp)

Biz doğru ve yanlış protein-protein etkileşimleri ayırmak için önce tanıtıldı HIZLI (Nakavt ile birlikte kantitatif immünopresipitasyon) yaklaşımın bir çeşitleme sunuyor. Bizim yaklaşıma...

Dayanarak protein-protein etkileşimleri ve kimliği için bir protokol<sup&gt; 15</sup&gt; K Metabolik Etiketleme, immünopresipitasyon, Kantitatif Kütle Spektrometrisi ve Affinity Modülasyon

Bu video, fare testisindeki RNA bağlayıcı proteinleri tanımlamak için geliştirilmiş çapraz bağlama immünopresipitasyon (eCLIP) yöntemini göstermektedir. eCLIP, RNA bağlayıcı proteinlerin (RBP'ler) hedef RNA'ları ile etkileşime girdiği bağlanma bölgelerinin hassas bir şekilde tanımlanmasını sağlar.

Fare Testislerinde Proteine Bağlı RNA'nın Verimli Tanımlanması için Gelişmiş Bir Çapraz Bağlama İmmünopresipitasyon Yöntemi

Protein etkileşimleri: SILAC immunopresipitasyon deneyler yeni proteini keşfetmek için güçlü bir araç temsil eder. Sağlayarak kontrol ve test örnekleri, gerçek etkileşim hem de protein bolluğu doğru nispi miktar kolaylıkla deneysel kirletici ayırt edilebilir ve düşük afiniteli etkileşimler daha az sıkı tampon koşullarında kullanımı yoluyla korunur.

SILAC-immunoprecipitation Kantitatif PROTEOMİK kullanma Memeli Hücrelerde Protein Etkileşim Ortakların Kimlik

3' çevrilmemiş bölgelerdeki fonksiyonel elementlerin ışıldayan tanımlaması (3'UTR'ler) (3'LIFE), miRNA'lar veya diğer düzenleyici faktörler tarafından 3'UTR'lerdeki fonksiyonel düzenlemeyi tanımlamak için kullanılan bir tekniktir. Bu protokol, fonksiyonel baskılama için yüzlerce varsayılan etkileşimi taramak için 96 oyuklu transfeksiyon ve lusiferaz tahlilleri gibi yüksek verimli metodolojiyi kullanır.

3&#39;LIFE Test kullanma Yüksek throughput miRNA Hedefleri tespiti

Biz, LC-MS / MS sistemi kullanılarak coregulatory etkileşimi proteinlerinin saflaştırılması için bir yöntem oluşturmuştur.

LC-MS / MS Analizi Nükleer kofaktör ile etkileşimde proteinlerin yüksek verimli belirlenmesi için bir protein Hazırlama Yöntemi

Bu RNA açılan yöntem uzun kodlamayan RNA (lncRNA) RNA hedeflerini belirleme sağlar. Ev yapımı, tasarlanmış Anti-anlamda DNA Oligonükleotid probları bu lncRNA uygun bir şekilde sabit doku veya hücre için belirli hibridizasyon dayanarak, verimli bir şekilde lncRNA ait tüm RNA hedefleri yakalama sağlar.

Uzun kodlamayan RNA, RNA hedefleri tanımlamak için RNA Pull-down yordamı

Bu rapor hücresel miRNAs mRNA hedefleri doğrulamak için hızlı ve güvenilir bir yöntem açıklanır. Sentetik biotinylated miRNA kilitli nükleik asit LNA tabanlı yakalamaya taklit eden yöntemi kullanır mRNA hedef. Daha sonra manyetik boncuklar streptavidin kaplı açılan için istihdam edilmektedir hedef mRNA qPCR polimeraz zincir reaksiyonu tarafından miktar için.

Biotin tabanlı açılan tahlil için Doğrula mRNA hedefleri hücresel miRNAs

Burada, testis 'teki RBP adaylarının büyük RNA hedeflerini belirlemek için bir eCLIP Protokolü sunuyoruz.

Gelişmiş Crosslinking Immünoprecipitation (eCLIP) fare testis protein bağlı RNA verimli tanımlaması için yöntem

Nanjing Medical University.  Doğrudan LNCRNA-protein etkileşimlerini tanımlamak için UV tabanlı bir ChIRP yöntemi.

Kültürlenmiş Hücrelerden Fare Testisine Doğrudan Etkileşime Giren Proteinlerin Doğrulanabilir Tanımlanması İçin UV Tabanlı ChIRP Yöntemi

Daha fazla video keşfet