ai_agent_IP

ai_agent

maintenance

instantTrialDurationMinutes

isBiopharma

enableNewMyJoveSectionDesign

educationFeatures

seoMetaApi

ai_copilot_institution_blacklist

ai_chat_institution_blacklist

freeAccessWindow

ssoRoleCapture

scheduledMaintenanceBanner

joveLabsFeatures

disable_autoplay_for_bots

extended_trial_duration

5 minutes

<ol>
	<li>Barret M, et al. Emergence shapes the structure of the seed microbiota. Appl Environ Microbiol. 2015;81(4):1257-66.</li>
	<li>Nelson EB. The seed microbiome: Origins, interactions, and impacts. Plant Soil. 2018;422(1):7-34.</li>
	<li>Shade A, Jacques MA, Barret M. Ecological patterns of seed microbiome diversity, transmission, and assembly. Curr Opin Microbiol. 2017;37:15-22.</li>
	<li>Truyens S, Weyens N, Cuypers A, Vangronsveld J. Bacterial seed endophytes: Genera, vertical transmission and interaction with plants. Environ Microbiol Rep. 2015;7(1):40-50.</li>
	<li>Torres-Cort&#233;s G, et al. Differences in resource use lead to coexistence of seed-transmitted microbial populations. Sci Rep. 2019;9(1):6648.</li>
	<li>Vilchez JI, Yang Y, Yi D, Zhang H. Measurements of root colonized bacteria species. Bio-protocol. 2021;11(7):e3976.</li>
	<li>Wassermann B, Cernava T, M&#252;ller H, Berg C, Berg G. Seeds of native alpine plants host unique microbial communities embedded in cross-kingdom networks. Microbiome. 2019;7(1):108.</li>
	<li>Ding JYM, Ho LS, Ibrahim J, Teh CK, Goh KM. Impact of sterilization and chemical fertilizer on the microbiota of oil palm seedlings. Front Microbiol. 2023;14:1091755.</li>
	<li>Lagier JC, et al. The rebirth of culture in microbiology through the example of culturomics to study human gut microbiota. Clin Microbiol Rev. 2015;28(1):237-64.</li>
	<li>Links MG, et al. Simultaneous profiling of seed-associated bacteria and fungi reveals antagonistic interactions between microorganisms within a shared epiphytic microbiome on Triticum and Brassica seeds. New Phytol. 2014;202(2):542-53.</li>
	<li>Compant S, et al. The plant endosphere world&#8212;bacterial life within plants. Environ Microbiol. 2021;23(4):1812-29.</li>
	<li>Wegner CE, Liesack W. Microbial community dynamics during the early stages of plant polymer breakdown in paddy soil. Environ Microbiol. 2016;18(9):2825-42.</li>
	<li>Xu XY, et al. Seed-microbiome interactions: Mechanistic insights and utilization toward seed performance for sustainable agriculture. Plant Commun. 2026;7(3):101716.</li>
	<li>Rom&#227;o I, do Carmo-Gomes J, Silva D, Vilchez JI. The seed microbiota from an application perspective: An underexplored frontier in plant-microbe interactions. Crop Health. 2025;3(1):12.</li>
	<li>Amann RI, Ludwig W, Schleifer KH. Phylogenetic identification and in situ detection of individual microbial cells without cultivation. Microbiol Rev. 1995;59(1):143-69.</li>
	<li>Yu Y, Chen Z, Xie H, Feng X, Wang Y, Xu P. Overhauling the effect of surface sterilization on analysis of endophytes in tea plants. Front Plant Sci. 2022;13:849658.</li>
	<li>Berg G, Raaijmakers JM. Saving seed microbiomes. ISME J. 2018;12(5):1167-70.</li>
	<li>Bewley JD. Seed germination and dormancy. Plant Cell. 1997;9(7):1055-66.</li>
	<li>Niza-Costa M, et al. Geographically disperse, culturable seed-associated microbiota in forage plants of alfalfa (Medicago sativa L.) and pitch clover (Bituminaria bituminosa L.): Characterization of beneficial inherited strains as plant stress-tolerance enhancers. Biology. 2022;11(12):1838.</li>
</ol>

<table><tbody><tr><td>Agar</td><td>Sigma-Aldrich</td><td>01916-500G</td><td>LB agar ortamının bir bileşeni; 15 g/L.</td></tr><tr><td>Otoklaf</td><td>Lab1st&nbsp;</td><td>SV120H</td><td>Aletleri/malzemeleri sterilize etmek veya aseptik işlemeyi doğrulamak için kullanılır.</td></tr><tr><td>Bakteri DNA ekstraksiyon kiti</td><td>Promocell</td><td>PK-MB708-206-100</td><td>DNA ekstraksiyonu&nbsp;</td></tr><tr><td>Koloni sayma/kayıt kurulumu</td><td>OCS</td><td>B079Y5W57N</td><td>CFU'ları, morfotipleri ve plaka farklılıklarını kaydetmek için gereklidir; el yazması sayaç/model belirtmez.</td></tr><tr><td>Kriyosaklama şişeleri</td><td>Sigma-Aldrich</td><td>Z359033</td><td>-80 &deg;C'de gliserol stoklarının saklanması için ima edilmiştir; açıkça belirtilmemiş ancak koruma aşaması için gereklidir.</td></tr><tr><td>Dijital izolat kayıt sistemi</td><td>El yazmasında belirtilmemiş</td><td>Uygulanmaz</td><td>Köken, çoğaltma, koşul, sterilizasyon işlemi, yalıtım tarihi, plaka ortamı, morfoloji, tanımlama durumu gibi izolat meta verilerini kaydetmek için kullanılır.</td></tr><tr><td>Etanol</td><td>VWR</td><td>83813440</td><td>Tohum yüzeyi sterilizasyonu için %70 v/v etanol çözeltisi hazırlamak için kullanılır.</td></tr><tr><td>Filtre kağıdı</td><td>Fisher Scientific</td><td>11718772</td><td>Opsiyonel alternatif çimlendirme desteği.</td></tr><tr><td>Forseps/Cımbız</td><td>Sigma-Aldrich</td><td>930229</td><td>Tohumları taşımak ve çimlenen fideleri toplamak için kullanılır.</td></tr><tr><td>Genomik DNA ekstraksiyon kiti</td><td>PromoCell</td><td>PK-MB708-206-100</td><td>Arındırılmış bakteri kültürlerinden genomik DNA çıkarmak için kullanılır; tam kit/metot belirtilmemiştir.</td></tr><tr><td>Gliserin, steril %80</td><td>VWR</td><td>24388364</td><td>Kriyostok hazırlama için sıvı kültürle 1:1 v/v oranında karıştırılır.</td></tr><tr><td>Laminer akış başlığı Bio48</td><td>Faster</td><td>LAB-CAP-22</td><td>Aseptik tohum işleme, sterilizasyon transferleri ve steril malzemelerin hazırlanması için gereklidir.</td></tr><tr><td>LB agar ortamı</td><td>VWR</td><td>846495000</td><td>Karşılaştırmalı kültürler için kullanılan standart ortam; litre başına: 10 g tripsin, 5 g maya özü, 10 g NaCl, 15 g agar.</td></tr><tr><td>Mikrosantrifüj tüpleri</td><td>Ratiolab</td><td>RATI5615000</td><td>Tohum sterilizasyonu ve numune işleme için kullanılır.</td></tr><tr><td>MS ortamı</td><td>Sigma</td><td>M0404-10L</td><td>Aksenoik çimlendirme için steril çimlendirme desteği olarak belirtilmiştir.</td></tr><tr><td>NZYTaq II 2&times; Master mix</td><td>Nzytech</td><td>MB35803</td><td>Amplifikasyon için PCR karışımı</td></tr><tr><td>Parafilm</td><td>Parafilm/Merck</td><td>HS234526A</td><td>Kirlenmeyi azaltarak çimlendirme plakalarını kapatmak için kullanılır.</td></tr><tr><td>Petri kabı</td><td>Labbox</td><td>PDIP-E9N-500</td><td>Çimlendirme kurulumu, plakalama ve sterilize edilmiş tohumların işlenmesi için kullanılır.</td></tr><tr><td>Fitoagar</td><td>Duchefa Biochemie</td><td>9002-18-0</td><td>Opsiyonel alternatif steril çimlendirme desteği olarak belirtilmiştir.</td></tr><tr><td>Pipet seti ve uçları</td><td>Merck</td><td>EP3123000918-1EA</td><td>Sterilize etme çözeltilerini çıkarmak, yıkama, seyreltme ve plakalamak için kullanılır.</td></tr><tr><td>R2A agar ortamı</td><td>HI-MEDIA</td><td>M1743-500G</td><td>Uzatılmış kültüromik iş akışları için opsiyonel ek ortam.</td></tr><tr><td>Sodyum klorür, NaCl</td><td>Fisher Chemical</td><td>10040460</td><td>Homojenizasyon ve seri seyreltmeler için steril %0,45 NaCl hazırlamak için kullanılır; ayrıca LB ortamının bir parçasıdır.</td></tr><tr><td>Sodyum hipoklorit</td><td>Carlo Erba</td><td>370323</td><td>Tohum yüzeyi sterilizasyonu için %20 v/v sodyum hipoklorit çözeltisi hazırlamak için kullanılır. Koroziftir; KKD gerektirir.</td></tr><tr><td>Steriller tek kullanımlık havaneli</td><td>Eppendorf</td><td>EP0030120973</td><td>Kuru tohumların ve çimlenen fidelerin homojenizasyonu için kullanılır.</td></tr><tr><td>Vorteks karıştırıcı</td><td>Fisher Scientific</td><td>15901137</td><td>Homojenatlardan mikrobiyal hücreleri yeniden süspanse etmek için kullanılır.</td></tr></tbody></table>

domates tohumu ile İlgili mikrobiyotanın kontrollü Çimlenme ve karşılaştırmalı kültürleme yoluyla İzolasyonu

Isolation of Tomato Seed-Associated Microbiota Through Controlled Germination and Comparative Culturing

Domates Tohumu ile İlgili Mikrobiyotanın Kontrollü Çimlenme ve Karşılaştırmalı Kültürleme Yoluyla İzolasyonu

Surface sterilization is a critical yet frequently under-optimized step in studies aiming to isolate seed-associated microorganisms, as excessively harsh ...

isolation-tomato-seed-associated-microbiota-through-controlled

Research

JoVE Journal

Biology

Biyoloji

Kaynak: Hassan, J. A. ve diğerleri. Pseudomonas syringae pv'ye Direncin Yüksek Verimli Tanımlanması.  Fide Taşkın Tahlili kullanılarak Domateste Domates. J. Vis. Uzm. (2020).Bu video, bakteri süspansiyonu ile aşılanmış on günlük fideler kullanılarak farklı domates türlerinde bakteri direncini taramak için bir yöntem göstermektedir. Bakterilerin stomaları nasıl istila ettiğini, bitki bağışıklığını baskılamak için efektör proteinleri nasıl ilettiğini ve bitki tepkilerinin duyarlı ve dirençli...

Domateslerde Bakteriyel Direncin Taranması için Fide Taşkın Testi

Kaynak: Nathoo, N., ve diğerleri. Bitki/Mikrop Moleküler Etkileşimlerinin ve Sinyallemenin Eşzamanlı ve Sistematik Analizi için Hidroponik Birlikte Yetiştirme Sistemi. J. Vis. Uzm. (2017).Bu video, steril koşullar altında bitki-bakteri etkileşimlerini incelemek için hidroponik bir birlikte yetiştirme sistemini göstermektedir. Bitki fideleri steril, asidik bir büyüme ortamına aktarılır, inkübe edilir ve Agrobacterium ile aşılamadan önce kontaminasyon açısından incelenir. Aktive edilmiş...

Bitki konakçılarının ve etkileşen bakterilerin moleküler tepkilerini incelemek için bir birlikte yetiştirme sistemi

Endofitik bakteriler bitki dokularını kolonize eder ve bitki büyümesini destekler.Tuz stresi altında domates bitkisinin büyümesi üzerindeki etkilerini incelemek için, gelişmekte olan yaprak ve kökleri gösteren steril fidelerle başlayın.Deneysel fidenin köklerini bir endofitik bakteri süspansiyonuna daldırın; kontrolü aşısız bırakın.Dış mikrobiyal müdahaleyi önlemek için her iki grubu da sterilize edilmiş toprağa aktarın ve bir büyüme odasında inkübe edin.Bakteriler topraktan geçici kök...

Endofitik Bakteri Kolonizasyonu Yoluyla Domates Bitkilerinde Tuz Stresi Toleransının Arttırılması

Kaynak: Matthysse, A. G. Laboratuvarda Ölçülen Bitki Yüzeylerine Bakterilerin Yapışması. J. Vis. Exp., (2018)Bu video, vahşi tip ve selüloz eksikliği olan patojenik bakteriler tarafından domates fidelerinin kök kolonileşmesini ölçmek için bir protokol gösterilmektedir. Sıkı yapışan bakteri sayımları, vahşi tip suşun daha fazla yapışma ve mikrokoloni oluşumu göstererek, selülozun stabil kök kolonizasyonundaki rolünü vurgular.

Patojenik bir bakteri tarafından domates fidanlarının kök kolonizasyonunun canlı hücre sayıları kullanılarak değerlendirilmesi

Ölçme ve bitkiler, özellikle kökleri ve Brüksel lahanası, bakteriyel yapışma karakterize için kolay bir yöntem bu makalede anlatılan.

Laboratuvarda ölçmek yüzeyler bitki bakterilerin bağlılık

Burada, bakteriyel solgunluk hastalığı nın incelenmesi için basit genetik analiz yapmak için Ralstonia solanacearum ile aşılama takip domates kökü dönüşümü için çok yönlü bir yöntem satMaktadır.

Bakteriyel Solgunluk Hastalığının Basit Genetik Analizi için Ralstonia Solanacearum ile Aşılama Takip Domates Kökü Dönüşümü

Fide sel testi Pseudomonas syringae bakteridirenç için yabani domates katılımları hızlı tarama kolaylaştırır. Bu tetki, fide bakteri büyüme testi ile birlikte kullanılan, daha fazla bakteriye altta yatan direnç karakterize yardımcı olabilir, ve direnç genetik temelini belirlemek için popülasyonları tarama için kullanılabilir.

Pseudomonas syringae pv Direnci yüksek-Throughput Tanımlama. Fide Sel Asası Kullanarak Domates

Aksenik bir böcek elde etmek için, yumurta yüzeyi sterilize edilir ve yumurtadan çıkan larva daha sonra aksenik yapraklar kullanılarak yetiştirilir. Bu yöntem, antibiyotik uygulamadan veya diğer yaprak yiyen böceklere de uygulanabilen yapay bir diyet geliştirmeden aksenik böcek preparatı için etkili bir yol sağlar.

Yaprak Böceğinin Host-Gut Mikrobiyota Etkileşim Çalışmaları için Doku Kültürlü Fidanlarla Aksenik Böceklerin Hazırlanması ve Yetiştirilmesi

Bu protokol, bitki köklerini toprak kaynaklı mikroplarla aşılamak için stratejilerin ayrıntılı bir özetini sunar. Verticillium longisporum ve Verticillium dahliae mantarları için örneklendirilen üç farklı kök enfeksiyon sistemi tanımlanmıştır. Potansiyel uygulamalar ve olası aşağı akış analizleri vurgulanır ve her sistem için avantajlar veya dezavantajlar tartışılır.

Bitki Köklerini Toprak Kaynaklı Mikroorganizmalarla Enfekte Etmek için Aşılama Stratejileri

Bu protokol, mikoheterotrofik bitki örneklerinin toplanması, sabitlenmesi ve sürdürülmesi için ayrıntılı prosedürler sağlamayı, mikorizal mantarlarla çimlenmiş bitki dokularında ve tohumlarda mantar kolonizasyonunu incelemek için tarama ve iletim elektron mikroskobu, ışık, konfokal ve floresan mikroskobu gibi farklı mikroskopi tekniklerini uygulamayı amaçlamaktadır.

Mikoheterotrofik Bitki Dokularında Mantar Kolonizasyonunu Yorumlamak ve Tohumların Simbiyotik Çimlenmesi için Mikroskopi Teknikleri

Domates tohumu, bitki üremesi sırasında genetik ve gelişim biyolojisini incelemek için önemli bir modeldir. Bu protokol, daha ince embriyonik yapıyı gözlemlemek için farklı gelişim aşamalarında domates tohumlarının temizlenmesi için yararlıdır.

Domateste Tohum Geliştirme Çalışması için Verimli Bir Takas Protokolü (Solanum lycopersicum L.)

iPlantMicro Lab..  Bu protokol, tohumdan fidene geçiş sırasında domates tohumu ile ilişkili mikrobiyotanın tekrarlanabilir izolasyonunu mümkün kılmak için standartlaştırılmış tohum yüzeyi sterilizasyonunu kontrollü çimlendirme ile birleştirir. Bu yaklaşım, kuru tohumlarda yeterince temsil edilmemiş kültürlenebilir mikroorganizmaların geri kazanılmasını artırır ve erken fide gelişimi sırasında karşılaştırmalı kültürel ...

Domates Tohumu ile İlgili Mikrobiyotanın Kontrollü Çimlenme ve Karşılaştırmalı Kültürleme Yoluyla İzolasyonu

Daha fazla video keşfet