ai_agent_IP

ai_agent

maintenance

instantTrialDurationMinutes

isBiopharma

enableNewMyJoveSectionDesign

educationFeatures

seoMetaApi

ai_copilot_institution_blacklist

ai_chat_institution_blacklist

freeAccessWindow

ssoRoleCapture

scheduledMaintenanceBanner

joveLabsFeatures

disable_autoplay_for_bots

extended_trial_duration

5 minutes

<ol>
	<li>Alberti S. Phase separation in biology. Curr Biol. 2017;27(20):R1097-102.</li>
	<li>Rabouille C, Alberti S. Cell adaptation upon stress: the emerging role of membrane-less compartments. Curr Opin Cell Biol. 2017;47:34-42.</li>
	<li>Boeynaems S, et al. Protein phase separation: a new phase in cell biology. Trends Cell Biol. 2018;28(6):420-35.</li>
	<li>Hyman AA, Weber CA, J&#252;licher F. Liquid-liquid phase separation in biology. Annu Rev Cell Dev Biol. 2014;30:39-58.</li>
	<li>Banani SF, Lee HO, Hyman AA, Rosen MK. Biomolecular condensates: organizers of cellular biochemistry. Nat Rev Mol Cell Biol. 2017;18(5):285-98.</li>
	<li>Patel A, et al. A liquid-to-solid phase transition of the ALS protein FUS accelerated by disease mutation. Cell. 2015;162(5):1066-77.</li>
	<li>Shen Y, et al. The liquid-to-solid transition of FUS is promoted by the condensate surface. Proc Natl Acad Sci U S A. 2023;120(33):e2301366120.</li>
	<li>Brocca S, Grandori R, Longhi S, Uversky V. Liquid-liquid phase separation by intrinsically disordered protein regions of viruses: roles in viral life cycle and control of virus-host interactions. Int J Mol Sci. 2020;21(23):9045.</li>
	<li>Scoca V, Di Nunzio F. Membraneless organelles restructured and built by pandemic viruses: HIV-1 and SARS-CoV-2. J Mol Cell Biol. 2021;13(4):259-68.</li>
	<li>Su J, Wilson M, Samuel C, Ma D. Formation and function of liquid-like viral factories in negative-sense single-stranded RNA virus infections. Viruses. 2021;13(1):126.</li>
	<li>Etibor TA, Yamauchi Y, Amorim MJ. Liquid biomolecular condensates and viral lifecycles: review and perspectives. Viruses. 2021;13(3):366.</li>
	<li>Guseva S, et al. Measles virus nucleo- and phosphoproteins form liquid-like phase-separated compartments that promote nucleocapsid assembly. Sci Adv. 2020;6(14):eaaz7095.</li>
	<li>Emmanouilidis L, et al. NMR and EPR reveal a compaction of the RNA-binding protein FUS upon droplet formation. Nat Chem Biol. 2021;17(5):608-14.</li>
	<li>Kathe NC, Novakovic M, Allain FHT. Buffer choice and pH strongly influence phase separation of SARS-CoV-2 nucleocapsid with RNA. Mol Biol Cell. 2024;35(5):ar73.</li>
	<li>Novakovic M, Schmoll J, Emmanouilidis L, Allain FHT. Using solution NMR to characterize biomolecular condensates under biphasic conditions. J Vis Exp. 2026;(230):e70530.</li>
	<li>Novakovic M, et al. LLPS REDIFINE allows the biophysical characterization of multicomponent condensates without tags or labels. Nat Commun. 2025;16(1):4628.</li>
	<li>Emmanouilidis L, et al. A solid beta-sheet structure is formed at the surface of FUS droplets during aging. Nat Chem Biol. 2024;20(8):1044-52.</li>
</ol>

<table><tbody><tr><td>1.5 mL tüpler</td><td>herhangi bir marka uygundur</td><td>N/A</td><td></td></tr><tr><td>18 kuyucuklu oda slaytları</td><td>ibidi</td><td>81816</td><td>STORM için</td></tr><tr><td>düşük jellendirilme sıcaklığı agaroz</td><td>Sigma-Aldrich</td><td>A9414</td><td>moleküler biyoloji sınıfı</td></tr><tr><td>agaroz, ultra saf&nbsp;</td><td>Invitrogen</td><td>16500500</td><td></td></tr><tr><td>kanal slaytları</td><td>ibidi</td><td>80606</td><td>mikroskopi için</td></tr><tr><td>konfokal mikroskop</td><td>Nikon</td><td>N/A</td><td></td></tr><tr><td>Cy5 boya, NHS kimyası</td><td>Jena Biosciences</td><td>FP-201-CY5</td><td>protein etiketleme için</td></tr><tr><td>D2O (deuteryum oksit)</td><td>Sigma-Aldrich</td><td>151882</td><td></td></tr><tr><td>easyFRAP</td><td>Koulouras et al. 2018</td><td>N/A</td><td>https://pubmed.ncbi.nlm.nih.gov/29901776/</td></tr><tr><td>Everspark 2.0 dSTORM tamponu</td><td>idylle</td><td>KMO|ETE+</td><td></td></tr><tr><td>FUS NTD proteini</td><td>N/A</td><td>N/A</td><td>laboratuvarımızda referans 13'te tarif edildiği şekilde rekombinant olarak ifade edilmiştir (Emmanouilidis et al. Nat Chem Biol 2021)</td></tr><tr><td>ısıtma bloğu veya su banyosu</td><td>herhangi bir marka uygundur</td><td>N/A</td><td>herhangi bir marka veya model yeterlidir</td></tr><tr><td>HEPES</td><td>Sigma-Aldrich</td><td>H3375</td><td></td></tr><tr><td>görüntü analiz yazılımı</td><td>Fiji</td><td>N/A</td><td>https://fiji.sc/</td></tr><tr><td>KCl</td><td>Sigma-Aldrich</td><td>P5405</td><td></td></tr><tr><td>NaCl</td><td>Sigma-Aldrich</td><td>S9888</td><td></td></tr><tr><td>NMR spektrometresi</td><td>Bruker</td><td>N/A</td><td>750 MHz, PATXI oda sıcaklığı probu, daha fazla bilgi için referans 13'e bakın (Emmanouilodis et al. Nat Chem Biol 2021)</td></tr><tr><td>NMR tüpü</td><td>Bruker</td><td>N/A</td><td>3 mm, cam</td></tr><tr><td>P10, P20, P200 ve P1000 pipetler</td><td>herhangi bir marka uygundur</td><td>N/A</td><td></td></tr><tr><td>pCp-Cy3 boya&nbsp;</td><td>Jena Biosciences</td><td>NU-1706-CY3</td><td>RNA etiketleme için</td></tr><tr><td>poli(A) RNA</td><td>N/A</td><td>N/A</td><td>laboratuvarımızda sentezlenmiş in vitro, uzunluk yaklaşık 50 nükleotitler, Kathe et al. Mol Biol Cell 2024'te açıklandığı gibi</td></tr><tr><td>s2m RNA</td><td>N/A</td><td>N/A</td><td>laboratuvarımızda sentezlenmiş in vitro, uzunluk 45 nükleotitler, dizi: 5'-GGUUCACCGAGGCCACGCGGAGU ACGAUCGAGUGUACAGUGAACC-3', Kathe et al. Mol Biol Cell 2024'te açıklandığı gibi</td></tr><tr><td>SARS-CoV-2 nukleokapsid proteini</td><td>N/A</td><td>N/A</td><td>laboratuvarımızda rekombinant olarak ifade edilmiştir, Kathe et al. Mol Biol Cell 2024'te açıklandığı gibi</td></tr><tr><td>çizim yazılımı (ör. R)</td><td>R-Project</td><td>Sürüm 4.2.1</td><td>https://www.r-project.org/</td></tr><tr><td>STORM mikroskop</td><td>Nikon N-STORM</td><td>N/A</td><td></td></tr><tr><td>ThunderSTORM eklentisi</td><td>Ovesny et al. 2014</td><td>N/A</td><td>https://pmc.ncbi.nlm.nih.gov/articles/PMC4207427/</td></tr><tr><td>kullanılan pipetler için uçlar</td><td>herhangi bir marka uygundur</td><td>N/A</td><td></td></tr><tr><td>TopSpin</td><td>Bruker</td><td>Sürüm 3.2 ve 4.1</td><td></td></tr><tr><td>üre</td><td>Sigma-Aldrich</td><td>U5128</td><td></td></tr></tbody></table>

düşük eriyen agararoz hidrojellerinde stabilize edici protein ve protein—rna kondensatları nicel biyofiziksel Ölçümler İçin

Stabilizing Protein and Protein&#8212;RNA Condensates in Low-Melting Agarose Hydrogels for Quantitative Biophysical Measurements

Düşük Eriyen Agararoz hidrojellerinde Stabilize Edici Protein ve Protein—RNA Kondensatları Nicel Biyofiziksel Ölçümler İçin

Biomolecular condensates formed by liquid&#8211;liquid phase separation are increasingly recognized as fundamental organizational units of the cell, with ...

Araştırmamız, biyomoleküler kondensatların dinamik özelliklerini korurken onları üç boyutlu olarak sabitlemek için standartlaştırılmış bir agaroz gömme protokolü geliştirmeye odaklanmıştır. Kondensatlar hareket etme, birbirleriyle kaynaşma veya yüzeylere yapışma eğilimindedirler, bu da bazı ölçümleri zorlaştırmaktadır. Bu agaroz gömme protokolü söz konusu sınırlamaları gidermektedir.Başlamak için, uygun miktarda düşük erime noktalı veya standart agaroz tartın ve bunu droplet tamponu içeren 1,5 mililitrelik bir tüpe ekleyin. Agaroz stokunu bir ısıtma bloğunda veya su banyosunda 80 ila 90 santigrat dereceye ısıtın ve yaklaşık 10 dakika boyunca vorteksleyerek agarozu tamamen çözün. Agaroz stokunu ısıtma bloğunda veya su banyosunda, düşük erime noktalı agaroz için 37 santigrat dereceye, standart agaroz için ise 55 santigrat dereceye dengeleyin.Çözeltinin bu sıcaklıkta berrak ve sıvı kaldığını doğrulayın. Agaroz stokunun sıcaklığını bir termometre ile kontrol edin. Agaroz ile doğrudan temas edecek tüm malzemeleri, bir ısıtma bloğuna veya inkübatöre iki ila üç dakika yerleştirerek yaklaşık 37 °C'ye önceden ısıtın.Damlacık tamponunu, faz ayırıcı bileşenleri ve numuneler için ek katkı maddelerini hazırlamak için gerekli reaktifleri toplayın. Hazırlanan tüm solüsyonları oda sıcaklığına getirerek dengeleyin. Numune için gerekli damlacık tamponu, agaroz stok, faz ayırıcı bileşenler ve tamamlayıcı katkı maddeleri hacimlerini hesaplayın.Başlangıç değerleri olarak, standart biyofiziksel analizler için ağırlık başına hacimce %0,3 ile %0,5 arasında nihai agaroz konsantrasyonu kullanın. Uzun süreli stabilizasyon deneyleri için ise ağırlık başına hacimce %0,8 ile %1,0 arasında bir konsantrasyon kullanın. Önce hesaplanan tampon ve agaroz hacimlerini, ardından katkı maddelerini ve faz ayırıcı bileşenleri önceden ısıtılmış 1,5 mililitrelik bir tüpe ekleyin.Tüpü ısıtma bloğunda veya su banyosunda tutun ve hava kabarcığı oluşmamasına dikkat ederek karışımı pipetle birkaç kez aşağı yukarı çekin. Bir pipet kullanarak örneği hızla mikroskopi lamı üzerine aktarın. Örneğin oda sıcaklığında beş ila 10 dakika boyunca jelleşmesini bekleyin, ardından örneği standart mikroskopi protokolüne göre ölçün.%0,5 ağırlık/hacim oranında düşük erime noktalı agaroz varlığında N proteini ve poly-A ile oluşturulan damlacıklar, oda sıcaklığında beş dakika sonra düşük erime noktalı agaroz olmadan oluşturulan damlacıklarla yaklaşık olarak aynı boyuttaydı. Numune hazırlığından 60 dakika sonra, agaroz gömülü damlacıkların boyutunda bir değişiklik olmazken, düşük erime noktalı agaroz içermeyen kondensatlar füzyon ve yüzey ıslanması nedeniyle boyutlarında belirgin bir artış gösterdi. Fotobleş sonrası floresan geri kazanımı ve görünür damlacık difüzyonu, düşük erime noktalı agaroz olan ve olmayan durumlarda oldukça benzerdi.Bu protokol, araştırmacıların damlacıkların dinamik davranışlarını koruyarak geniş zaman ölçeklerinde görüntüleme yapmalarına ve bunları nicelleştirmelerine olanak tanır. Bu protokolü uygularken karşılaşılan en büyük zorluk, hem agaroz sıcaklığının hem de gömme işleminin zamanlamasının doğru ayarlanmasıdır. Gömme işlemi tamamlandıktan sonra kondensatlar, geniş bir mikroskopi teknikleri yelpazesiyle veya NMR gibi diğer biyofiziksel yöntemlerle incelenebilir.

stabilizing-protein-proteinrna-condensates-low-melting-agarose

Research

JoVE Journal

Biochemistry

Biyokimya

Bu video, hücre kültürü için uygun, uyumlu, ekstrasellüler matriks (ECM) kaplanmamış maddeler imal etmek için kullanılan deneysel teknikler göstermek ve çekiş gücü mikroskopi için uygun ve hücre davranışı üzerindeki etkilerinin gözlenmesi ECM sertlik.

Hücresel Daralma miktarının Şikayet Matrisler hazırlanması

Bu video, proteinler için denatüre edici bir poliakrilamid bazlı ayırma tekniğini göstermektedir. Bu teknik, proteinlerin moleküler ağırlıklarına göre ön tanımlanmasına yardımcı olur.

Protein Analizi için Sodyum Dodesil Sülfat Poliakrilamid Jel Elektroforezi: Moleküler Ağırlığa Göre Proteinleri Ayırmak ve Görselleştirmek İçin Bir Teknik

Bu video, amiloid liflerinin iki boyutlu yarı denatüre edici deterjan agaroz jel elektroforezi bazlı ayrımını göstermektedir. Teknik, polimorfik amiloid agregatlarını heterojen boyutlarına göre ayırır.

İki Boyutlu Yarı Denatüre Edici Agaroz Jel Elektroforezi: Polimorfik Amiloid Liflerini Boyut Heterojenliğine Göre Ayırmak İçin Bir Teknik

Bu videoda, insan fonksiyonel olmayan hipofiz adenomunun (NFPA) tümör dokularından elde edilen karmaşık bir protein karışımından tek tek proteinleri ayıran iki boyutlu bir jel elektroforezi yöntemi gösteriyoruz. Proteinler, birinci boyutta elektrik yüklerine göre ayrılır ve ikinci boyutta moleküler ağırlıklara göre daha da ayrılır.

İki Boyutlu Poliakrilamid Jel Elektroforezi: Yük ve Moleküler Ağırlığa Dayalı Kompleks Protein Karışımındaki Proteinlerin Analizi İçin Bir Ayırma Tekniği

Floresan probları içeren poliakrilamid (PA) jelleri imal edilmesi için geleneksel teknikler yapışkan bir yüzeyi ve bir cam kayar arasında sandviç tarzı bir jel barındırır. Burada, poli-D-lisin (PDL) ve fluoresan problar, bu slayt kaplama jel yüzeyinden 1.6 um olan probları lokalize olduğunu göstermektedir.

Çekme Kuvveti Mikroskopi Hücre Kültürü Yüzey civarında yerelleştirme raportör flöresan Beads için Yeni Bir Yöntem

TRNA (UUU) üretimi ve agaroz jel geciktirme testleri ile TcdA enzimi ile kompleks içinde tRNA (UUU) analizi için bir protokol sunulmuştur.

Analiz için Protein-tRNA Agaroz Jel Retardasyon Testleri<em&gt; K</em<sup&gt; 6</sup&gt; Threonylcarbamoyladenosine TcdA Function

Yeni bir kuvvet-kelepçe rheometry teknik bir ses bobini motor ve bir kuvvet sensör arasında gergin düşük hacimli protein bazlı hidrojel örnekleri mekanik özelliklerini araştırmak için kullanılır. Bir analog oransal-integral-türev (PID) sistemi 'için istenen protokol deneyimli kuvvet sıkma için' sağlar.

Protein Bazlı Hydrogels karakterize için kuvvet-kelepçe Rheometry

Bir iletişim kuralı hızla termal kayması deneyleri ve nano fluorimetry tarama fark koşulları çeşitli proteinler termal kararlılığını sınamak için sunulmaktadır. Tampon sistemleri, tuzları ve katkı maddeleri, birlikte üç benzersiz istikrar ekran, oluşan uygun işlevsel ve yapısal çalışmalar arabelleklerini tanımlamak için protein ile denetlesinler.

Protein dengelemek nasıl: istikrar ekranlar için termal kayması deneyleri ve Nano diferansiyel Fluorimetry virüs-X projede tarama

Doğası gereği düzensiz birçok proteinin, çok sayıda hücresel süreç için önemli bir davranış olan oldukça dinamik biyomoleküler kondensatların oluşumuna katıldığı gösterilmiştir. Burada, canlı hücrelerdeki biyomoleküler kondensatlarda proteinlerin birbirleriyle etkileşime girdiği dinamikleri ölçmek için tek moleküllü görüntüleme tabanlı bir yöntem sunuyoruz.

Biyomoleküler Kondensatlarda Protein Etkileşim Dinamiğinin Tek Moleküllü Ölçümü

Burada, NMR metodolojileri için protokolleri sunuyoruz; bu protokoller, SEmi-katı Manyetizasyon Transferi (CONDENSE-MT) ile GÖRÜNMEZ Türlerin REstricted DIFfüzyonu (REDIFINE) ve SEmi-solid Magnetization Transfer (CONDENSE-MT) ile CONdensate DEtectioN (CONdensate DEtectioN) için protokoller sunuyoruz; bu protokoller, biyomoleküler kondensatların iki fazlı koşullarda etiketsiz, nicel karakterizasyonunu mümkün kılarak moleküler bölünme, değişim dinamikleri, kondensata hidratasyonu ve damla...

Biyomoleküler yoğunlaşmaları iki fazlı koşullarda karakterize etmek için çözelti NMR kullanımı

Hücre dışı matriks (ECM) sertliği hücresel davranışın temel düzenleyicisi olsa da, altta yatan algılama ve transdüksiyon mekanizmaları belirsizdir. Bunu ele almak için, hücre-ECM çapraz konuşmasını anlamamızı ilerletmek için ayarlanabilir sertliğe sahip poliakrilamid ve silikon bazlı substratlar oluşturmak için protokoller sunuyoruz.

Hücre Biyolojisi Uygulamaları İçin Tanımlanmış Sertlikte Poliakrilamid ve Silikon Ekstrasellüler Matris Substratlarının Üretimi

ETH Zürich.  Burada, sıvı–sıvı faz ayrılmış kondensatları gözenekli, düşük eriyen agaroz hidrojel matrisi içinde fiziksel olarak immobilize etmenin ve iç sıvı dinamiklerini bozmadan sağlam bir yöntem sunuyoruz. Bu yaklaşım, damla tortulması, birleşme ve yüzey ıslatma eserlerini en aza indirerek, saatler boyunca tekrarlanabilir görüntüleme ve nicel biyofiziksel analiz mümkün kılmaktadır.

Düşük Eriyen Agararoz hidrojellerinde Stabilize Edici Protein ve Protein—RNA Kondensatları Nicel Biyofiziksel Ölçümler İçin

Daha fazla video keşfet