Name: Combinando Sorting magnética de células mãe e testes de flutuação para Analisar Genoma Instabilidade Durante Mitotic envelhecimento celular em Saccharomyces cerevisiae (Vídeo) | JoVE Journal
Uploaded: 2014-10-16T14:00:00.000+00:00
Duration: 11 min 8 s
Description: Aprenda a analisar instabilidade genômica durante o envelhecimento celular mitótico em Saccharomyces cerevisiae usando sorting magnético de células mãe e testes de flutuação. Este método permite medir frequências de mutação.

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Este trabalho foi financiado em parte pela concessão R00AG031911 do Instituto Nacional do Envelhecimento dos Institutos Nacionais de Saúde para PHM O conteúdo deste artigo não refletem necessariamente opiniões oficiais do National Institutes of Health.

1 Preparação de Mídia e Soluções <ol><li> Cultivar células utilizando extrato de levedura-peptona-glucose (YPD) meio rico para o protocolo padrão. Prepara-se uma de bacto-peptona 2%, 1% de extracto de levedura, 2% de solução de glucose para meio YPD e adicionar 2% de bacto-agar para meio sólido 19. Autoclave para esterilizar. Utilizar um meio alternativo, se necessário, para testar uma condição particular de crescimento ou estirpe mutante de levedura. </li><li> Faça médio completo sintético sólido falta arginina com 60 mg / L canavanina (SC-arg + canavanina) para selecionar para mutantes resistentes canavanina. Prepara-se uma solução que é 0,67% de bacto-levedura base de azoto sem aminoácidos, 2% de glucose, 0,2% de mistura de suplemento completo sem arginina (mistura deleção), e 2% de bacto-agar 19. Autoclave e arrefecer antes de se adicionar canavanina de uma solução de estoque de 20 mg / ml (filtro-esterilizado, armazenada a 4 ° C) 19. <ol><li> Adicione meio completo sintético sólido contendo ácido 5-fluoroorï¿½ico (5-FOA). Prepare 500ml de uma solução que é 1,34% de bacto-levedura base de azoto sem aminoácidos, 4% de glucose, 0,4% de suplemento de mistura completa, e 0,2% de 5-FOA e esterilizar-filtro 19. Autoclave a 500 ml de uma solução de bacto-agar de 4%, brevemente fresco e, em seguida misturar com a solução nutritiva esterilizada por filtração de 500 ml. Use a mídia alternativa apropriada para outros ensaios de mutação. </li></ol></li><li> Para a marcação de biotina, fazer 500 ml de 1x solução salina tamponada com fosfato (PBS) contendo 137 mM de cloreto de sódio, cloreto de potássio 2,7 mM, 10,14 mM de fosfato de sódio dibásico, e 1,77 mM de fosfato dibásico de potássio, pH 8 Armazenar a 4 ° C e em manter gelo durante o uso. </li><li> Faça um novo estoque biotina 5 mM em estéril, água ultrapura. </li><li> Para saciar a rotulagem biotina, fazer 500 ml de 1x PBS, 100 mM de glicina. Armazenar a 4 ° C e manter em gelo durante o uso. </li><li> Dependendo do número de células utilizadas e a duração da experiência, fazer 1-2 L de tampão de rotulagem talão contendo 1x PBS, EDTA 2 mM, 0,5% bovialbumina sérica ne. Filtro de esterilizar e tampão de-gás. Armazenar a 4 ° C e manter em gelo durante o uso. </li><li> Prepara-se uma solução de 0,4% de azul de tripano em 1x PBS, filtro de esterilizar, e armazenamento à temperatura ambiente para utilização na medição da viabilidade celular. </li><li> Alíquotas pequenas volumes (~ 100 ul) de uma aglutinina de gérmen de trigo (WGA) conjugado fluorescente para armazenar a -20 ° C em folha enrolado (ou opacas) tubos de microcentrífuga para utilização na determinação da idade das células. </li></ol> 2 Determinação da taxa de mutação e Freqüência <ol><li> Estabelecer uma taxa de mutação de base por geração de células por meio de testes de flutuação para as células cultivadas em condições de cultura padrão. Grow sete a onze replicar 1 ml de uma cultura inicial de densidade 1,000-5,000 células / ml de fase estacionária precoce (~ 10 8 células / ml). <ol><li> Para cada cultura replicar, diluir as células 1: 2000 e espalhou 1-4 uL em meio não selectivo (YPD) determinar--unidades formadoras de colónias / ml. Pellet restantes células em ~ 2.400 xg durante 1 min numa microcentrífuga e ressuspender em 100 mL de água para se espalhar para o meio selectivo para identificar mutantes. Incubar as placas durante três dias a 30 ° C antes da contagem de colónias (ajustar o tempo de incubação conforme necessário com base na taxa de crescimento de células). </li><li> Determinar o número de mutações independentes (m) que ocorreram no estudo com base no número de colónias mutantes (r) obtidos em meio selectivo. Use o estimador mediana Lea-Coulson para encontrar m substituindo o número médio de colónias mutantes para r na fórmula abaixo de 9. Em seguida, substitui os valores para m até que o lado esquerdo da equação é virtualmente zero. <img alt="Equação 1" fo:content-width="1in" src="/files/ftp_upload/51850/51850eq1.jpg"></li><li> Para determinar a taxa de mutação, em primeiro lugar calcular a média do número de células viáveis, distribuídos para o meio selectivo por multiplicação da média--unidades formadoras de colónias / ml das culturas réplica e o volumeda cultura na propagação ml para o meio selectivo. Dividir o valor m do passo 2.1.2 por este número médio de células viáveis ​​para se obter a taxa de mutação, por geração celular. </li></ol></li><li> Individualmente calcular o número de células viáveis, distribuídos para o meio selectivo para cada cultura de replicação de um ensaio tal como descrito no passo 2.1.3. Dividir o número de colónias mutantes (r) obtidos por cultura de um ao número de células viáveis, distribuídos para o meio selectivo para obter a frequência de mutação. Use a média ou a mediana das frequências de mutação individuais das culturas réplica na etapa 2.1 como uma freqüência de mutações de base. </li><li> Faça medições de frequência antes e depois de células de rotulagem biotina (passos 3.2 e 3.4) para determinar se os resultados da etapa de rotulagem em qualquer alteração na frequência de mutações que precisam ser considerados ao testar para mudanças específicas por idade no acúmulo de mutação. </li></ol> 3. Biotina Labeling <ol><li> Streak S. cerevisiae a partir de um stock de glicerol a -80 ° C em meio YPD e incubar a 30 ° C durante 1-3 dias. </li><li> Usando uma pipeta estéril, as células de transferência da placa raia de 1 ml (ou mais) de manutenção de água em mente que 1-1,5 cm de uma parte densamente cultivadas da raia vai dar aproximadamente 10 8 células. Determinar a densidade celular exacta usando um hemocitómetro. </li><li> Rotular 10 8 células por estirpe (ou condição de tratamento) por ponto de coleta em que a freqüência de mutações será determinada ou um tamanho de população suficiente para obter pelo menos 5-10 colónias mutantes por amostragem em meio seletivo (com base na freqüência de mutação do passo 2.2). Incluir um adicional de 10 8 células para quantificações por tensão / condição. </li><li> Marcador de biotina de acordo com o procedimento padrão a partir do fabricante, excepto o uso de um reagente de biotina estoque 5 mM e agitar suavemente durante a incubação. Rotação por 5 min a 4 ° C a 3000 xg durante todos os passos de centrifugação, sesde girando a temperaturas superiores a 4 ° C pode levar ao aumento da perda de células. Após a lavagem final, suspender as células a uma concentração de 10 8 marcadas células / ml em água. </li><li> Verificar a viabilidade das células utilizando uma coloração com azul de tripano. Dilui-se 10 ul de células com 23 ul de água e 67 ul de 0,4% de azul de tripano em PBS 1x. Incubar durante pelo menos 40 minutos à temperatura ambiente antes de marcar células vivas (não coradas) e mortos (manchadas) utilizando um hemocitômetro. </li><li> Meça os valores de base para a instabilidade do genoma, idade celular, e outras características relevantes (ver secções 5, 6 e 7). </li><li> Transferir as células marcadas com biotina para 20 ml de meio YPD 10 por 8 células em um balão de Erlenmeyer (cerca de 5 x 10 6 células / ml). Crescer a cultura (s) de 16-18 horas a 20 ° C para uma densidade aproximada de 10 células / ml 8 (4-5 gerações de células), mas não permitem que as células para alcançar a fase estacionária. Usar um tempo de incubação mais curto para o crescimento a 30 ° C. Mantenha marcada com biotina cells, a 4 ° C durante várias horas antes da adição ao meio, se necessário, para optimizar o tempo do período de crescimento e colheita. </li></ol> 4 Bead Rotulagem e classificação Magnetic <ol><li> Após a fase de crescimento, dilui-se uma alíquota de cultura para determinar a densidade de células utilizando um hemocitómetro. Células por centrifugação durante 5 min a 4 ° C a 3.000 x g. Decantar o sobrenadante. </li><li> Lave as células em vortex para suspender o pellet em 30 ml de tampão de rotulagem talão, em seguida, centrifugar e decantar o sobrenadante como na seção 4.1. Repita lavagem. </li><li> Totalmente células ressuspender em tampão rotulagem talão 50 ul por 10 8 células totais em vórtice. Adicionar 2 mL esferas magnéticas por 10 8 total de células e do vortex brevemente para misturar. Incubar em gelo por 10 min, invertendo periodicamente para misturar (modificado a partir de um protocolo on-line em <a href="http://www.sysbio.org/dataresources/usermanual031113.pdf">http://www.sysbio.org/dataresources/usermanual031113.pdf &lt;</a>/ A&gt;). </li><li> Lave as células três vezes com 30 ml de tampão de rotulagem talão. </li><li> Adicionar 0,5 ml de tampão de rotulagem talão por 10 8 células totais e brevemente vortex pellet em configuração média apenas até que as células são suspensas. Derrame através de um filtro de células 40 um para um tubo de 50 mL para remover quaisquer aglomerados de células restantes. Se necessário, deixar as células em gelo durante 1-2 horas antes do carregamento na coluna. </li><li> Siga o protocolo recomendado pelo fabricante para as colunas magnéticas para ligar, lavar, e eluir as células mãe com rótulo de contas magnéticas. Para aumentar a recuperação de células marcadas, utilizar, pelo menos, uma coluna por 2 x 10 9 células totais. <ol><li> Remova todas as bolhas que ocorrem durante o carregamento de colunas, como eles vão bloquear o fluxo. Remover e substituir a coluna no separador entre lavagens para evitar que as células fiquem presos entre as esferas (modificado a partir de um protocolo on-line em <a href="http://www.sysbio.org/dataresources/usermanual031113.pdf">http://www.sysbio.org/dataresources/user</a>manual031113.pdf). </li><li> Salvo fluir através de ligação e de lavagem passos para analisar células jovens produzidos pelas células-mãe, se desejado. Concentra-se as células tal como descrito no passo 4.7. </li><li> Utilize separadores várias colunas para o processamento de várias amostras ao mesmo tempo. Eluir várias colunas da mesma amostra no mesmo tubo de recolha para reduzir o tempo de manipulação e reduzir a perda de células. </li></ol></li><li> Concentra-se as células mãe eluídas por centrifugação a 3000 xg durante 5 min a 4 ° C. Aspirar todo mas 1 ml de tampão por 10 8 células marcadas com biotina originais. Vortex brevemente a suspender as células em tampão restante. </li><li> Dilui-se uma alíquota de células e corar com azul de tripano para determinar a densidade das células e a viabilidade das células utilizando um hemocitómetro (ver passo 3.5). Calcula-se o número total de células recuperado. <ol><li> Se o número de células é substancialmente maior do que o esperado, fazer passar a amostra de eluição através de uma outra coluna para tentar remover a contaminação de células jovens.Se o número de células é substancialmente menor do que o esperado, passar o fluxo salvos, mediante a amostra através de outra coluna para tentar melhorar o rendimento das células-mãe. </li></ol></li><li> Use células para análises posteriores, conforme descrito nas seções 5 e 6 Alternativamente, as células crescem em caldo YPD de novo para aumentar sua idade replicativo (passo 3.7) e siga pela rotulagem talão e triagem (passos 4.1-4.8.1), sem a necessário repetir a rotulagem biotina. </li></ol> 5 Determinação da Idade replicativa <ol><li> Gire as células durante 2 min a 5000 xg à temperatura ambiente para todas as etapas nesta seção. Colocar 25 mL de células recuperadas (8 ~ 10 células / ml) para um tubo de centrífuga de 1,5 ml e lava-se duas vezes com 1 ml de PBS 1x. Aspirar o sobrenadante. <ol><li> Descongelar uma alíquota de WGA-conjugado, vortex para misturar, e girar rapidamente para eliminar os agregados de proteína. Suspender as células em 180 ul de 1x PBS e 20 ul de WGA conjugados com uma molécula fluorescente para rotular bud cicatrizes na superfície de thcélulas e. Cobrir o tubo de centrífuga de 1,5 ml, com tiras e incubar com agitação suave a 30 ° C durante 30 min. </li><li> Lavar três vezes com 1 ml de PBS 1X. </li></ol></li><li> Para a microscopia de fluorescência, as lâminas de rótulo e montar o protocolo habitual utilizando um agente anti-desbotamento. Totalmente curar lâminas no escuro (até poucos dias) antes de lamela de vedação para evitar o movimento celular durante o exame. Contagem de cicatrizes broto em pelo menos 50 células por amostra para obter uma medida representativa da idade da célula. Armazenar os slides para até um mês para ver broto cicatrizes, se necessário. <ol><li> Alternativamente, a determinação da intensidade do sinal fluorescente a partir do conjugado de WGA-efectuando citometria de fluxo em células em suspensão em 1 ml de 1x PBS após o passo 5.1.2. Use um laser de excitação 405 nm e 530/30 nm filtro de emissão com um filtro de passe longo de 505 nm para WGA-Alexa 488 Incluir um controle sem mácula para cada ponto de coleta. </li></ol></li><li> Gráfico bud cicatrizes em células jovens e células envelhecidas contados por microscopia noeixo Y contra a média geométrica normalizada (média geométrica corados / não corados média geométrica) da fluorescência WGA-conjugado do as mesmas populações de células no eixo-x. Obter a equação de uma linha de tendência linear para este relacionamento. Para as experiências ulteriores, substituir o meio geométrico normalizado de WGA-conjugado de intensidade de fluorescência de uma população de células por x na equação para resolver e y para determinar a idade média de células de uma amostra. </li></ol> 6. Mutação Frequency <ol><li> Espalhe classificados células mãe ressuspensas em tampão do passo 4.7 em meio YPD e meio selectivo, como descrito no passo 2.1.1. Use de 1 ml de células mãe para as células ressuspensas médias e rotação selectiva em 5.000 xg durante 1 min. NOTA: Espalhe volumes maiores de células diluídas em meio de YPD como células aumentam de idade para compensar o aumento do número de células não viáveis ​​e senescentes em populações idosas. <ol><li> Incubar meio YPD e placas de meio selectivoo passo 6.1, a 30 ° C durante 3 a 4 dias, respectivamente. Aumentar tempo de incubação até uma semana para as células muito antigas ou estirpes de crescimento lento. Calcular a frequência de mutação, tal como descrito na etapa 2.2. </li></ol></li></ol> 7 Cálculo Prevista Mutação de frequência para um replicativa Idade Dado <ol><li> Calcula-se o aumento médio na idade replicativa das células marcadas com biotina ao longo do experimento, subtraindo a média de idade da população inicial de células a partir da idade média das células-mãe ordenados para o tipo relevante. Use as idades de células calculadas no passo 5.2 ou o passo 5.2.2. </li><li> Multiplicar a taxa de mutação obtido no passo 2.1.3 pelo aumento da idade média das células calculadas no passo 7.1. Adicionar este valor para a frequência de mutação de linha de base para a população inicial calculada no passo 2.2 para determinar a frequência de mutação previstas para as células da idade replicativo relevante. </li></ol>

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Os autores não têm nada a revelar.

Este protocolo combina vários métodos para activar os recursos e as abordagens disponíveis em Saccharomyces cerevisiae sistema modelo para ser eficientemente aplicada ao estudo de instabilidade do genoma durante o envelhecimento celular mitótico. Uma grande variedade de ensaios para quantificar as diferentes formas de instabilidade do genoma com a seleção fenotípica poderia ser combinada com a classificação magnética para estudar possíveis mudanças específicas por idade na acumulação de formas particulares de mutações ou rearranjos cromossômicos. Enquanto as abordagens todo o genoma de seqüenciamento poderia fornecer mais informações sobre os tipos gerais das mudanças que ocorrem em um genoma com a idade, a capacidade de usar os sistemas de seleção fenotípica para obter medições da taxa de mutação e isolar preferencialmente tipos específicos de mudanças genéticas são vantagens importantes para o estudo mecanicista aspectos relacionados com a instabilidade do genoma do envelhecimento. Racionalizar a fixação da idade da célula eo potencial para fazer medições paralelas de physiologimudanças cal por fluxo de citometria fornecer meios eficientes para correlacionar a instabilidade do genoma com outras alterações celulares durante a faixas etárias específicas. Determinação das alterações, dependentes da idade potenciais nas taxas de mutações que se acumulam requer: 1) determinação das taxas de cuidado em populações de células jovens, 2) a determinação precisa da idade da célula, e 3) a capacidade para enriquecer suficientemente confiavelmente grandes populações de células mãe para medir de forma reprodutível instabilidade do genoma na velhice. Esta abordagem permite que o sistema modelo de levedura de contribuir para a definição de mecanismos subjacentes responsáveis ​​pelas alterações dependentes da idade das taxas e / ou frequências de instabilidade do genoma nas células por mitose ativos. Além disso, fatores genéticos e ambientais podem ser rapidamente avaliado por contribuições para o genoma instabilidade dependente da idade. Em última instância, essas caracterizações pode levar ao desenvolvimento de modelos que representam a maneira pela qual as mutações se acumulam durante o envelhecimento replicativo. Este método depende da capacidade para detectar mutações ou outros tipos de instabilidade do genoma através do aparecimento de fenótipos seleccionáveis ​​para medir as taxas de tais acontecimentos. No entanto, a criatividade no design de ensaio pode permitir que muitos aspectos da instabilidade do genoma a ser investigado. Por exemplo, o gene URA3 e CAN1 genes podem ser colocados em diferentes locais genómicos para testar quaisquer influências sobre a localização genómica nos resultados. Reversão de alelos específicos de genes não-funcionais para alelos de genes funcionais poderia testar determinados processos de mutação. Além disso, a introdução de vários alelos inactivos do gene de um ou flanqueando um gene com as sequências de repetição podem ser utilizados para examinar através de eventos de recombinação restauração ou perda da função do gene, respectivamente. Testes de flutuação são o método padrão para a determinação das taxas desses vários eventos de instabilidade do genoma 9. O protocolo é feito com a Lea-Coulson estimador mediana bem aceito e relativamente simples para determinar mutataxa ção para torná-lo mais acessível a diversos pesquisadores, embora o método de MSS-estimador de máxima verossimilhança é considerada a melhor abordagem para determinar as taxas de mutação 9. O estimador MSS-máxima probabilidade foi anteriormente analisado em detalhe 9, e pode ser utilizado como um método alternativo, mas requer cálculos mais sofisticados. Alternativamente, software livre para calcular as taxas de mutação com este método foi disponibilizado 22. A obtenção de medidas reprodutíveis de taxas de mutação requer atenção para alguns aspectos do design experimental, incluindo o uso de culturas réplica suficientes, inoculando culturas em densidades celulares iniciais bastante baixas que o tamanho da população aumenta em volumes de cultura apropriados 10.000 vezes ou mais, e escolher para que o todo população de células pode ser transmitida para o meio selectivo. Para o último ponto, uma fórmula anteriormente descrita pode ser utilizada para ajustar a taxa de mutação com base na fracção de cultura tested 9. Variação na taxa de crescimento das culturas pode complicar a determinação de uma taxa de mutação reprodutível, e um estimador baseado em mediana modificado que pode produzir resultados mais reprodutíveis em tais situações, tem sido recentemente descritos 23. A capacidade de medir com precisão a idade celular é outro fator que é importante para estabelecer se as frequências de instabilidade do genoma em células velhas são diferentes dos valores esperados, devido à taxa de eventos em células jovens. Foram encontradas manchas WGA ser preferível calcoflúor coloração branca, tanto em termos de flexibilidade e de fundo, uma vez que está disponível WGA conjugado com diferentes moléculas fluorescentes. Essa flexibilidade pode oferecer mais oportunidades para medições simultâneas de outras características celulares com reagentes fluorescentes. O trabalho inicial para estabelecer uma relação entre a intensidade do sinal para a coloração de WGA e o número correspondente de broto cicatrizes nas células podem, então, levar a uma maiora determinação rápida da idade da célula através de citometria de fluxo. Esta abordagem também permite a utilização de tamanhos da população maior do que seria normalmente examinadas por microscopia para melhorar a reprodutibilidade das medições. Enquanto todas as determinações de idade poderá ser feita através de exame microscópico das células, nós sentimos que a citometria de fluxo abordagem facilita a rápida triagem de fatores que influenciam genoma instabilidade dependente da idade. Além de medir a idade das células de forma fiável, a consideração deve ser dada para o número de divisões celulares de células-mãe são permitidos para sofrer com cada ronda de crescimento sucessivo e triagem de células. Use de um tamanho de populao inicial menor ou um maior volume de cultura pode permitir que as células se submeter a mais divisões celulares antes de atingir a densidade de células desejada. Por exemplo, outros pesquisadores usaram apenas duas rodadas de classificação para a obtenção de células de levedura muito antigos 16, que tem a vantagem óbvia de obtenção de células velhas com menos experimeetapas ntal. Ao estudar a possibilidade de aumentar o volume de cultura para permitir que as células para completar mais divisões celulares antes da ordenação, tenha em mente o limite do número total de células que podem ser processados ​​em uma única coluna. O uso de um volume de cultura maior pode exigir a utilização de várias colunas para ordenar uma população de células. Além disso, se as células sofrem menos ciclos de divisão celular entre os pontos tipos / colecção, então há mais oportunidades para observar desvios de freqüências de mutação esperados em momentos distintos durante a vida útil. Por exemplo, a amostragem apenas no início e final dos pontos de tempo durante a vida útil pode produzir dados que indicam um aumento constante na freqüência de mutação, mas amostragem em tempos intermédios adicionais durante a vida útil pode mostrar que a freqüência de mutação aumenta rapidamente e planaltos. No entanto, uma vez que este protocolo isola células-mãe antigas, há uma oportunidade para obter uma medida mais direta das mudanças nas taxas de mutação com a idade. Testes de flutuação poderia be realizado utilizando células-mãe de idades diferentes para determinar se a taxa de mutação serão diferentes dos obtidos utilizando a taxa de células jovens. Enquanto as culturas para estes testes de flutuação será uma mistura de células jovens e velhos à medida que crescem, quaisquer desvios taxas obtidas a partir de células jovens pode ser atribuído à utilização de uma população mais velha de partida. A capacidade de se obter de forma reprodutível uma grande população suficiente de células-mãe com idade para medir com precisão a instabilidade do genoma é essencial para o sucesso desta abordagem. Embora o protocolo descreve o uso de um sistema de triagem magnética especial para este fim, outros grupos foram classificados células mãe de levedura com sistemas alternativos 14,18 (ver Tabela de Materiais). Tais sistemas alternativos também deve trabalhar com este método, embora alguns otimização de protocolos dos fabricantes pode ser necessária. Independentemente de o sistema específico utilizado, o tamanho da população requeremdifere D em função da frequência do tipo de mutação ou rearranjo do genoma escolhidas para estudo. No mínimo, deve haver células mãe suficiente para se obter pelo menos um mutante de colónias por população para calcular uma frequência de mutação. Na prática, os resultados podem ser bastante variável, se apenas de zero a cinco colónias mutantes são esperados a partir do tamanho da população, e mesmo um pequeno aumento na dimensão da população, de modo que 5-10 colónias mutantes são esperados, pode melhorar significativamente a reprodutibilidade. Quando a identificação de uma população de biotina de partida, a eficiência de recuperação para cada tipo tem de ser tida em conta para ajudar a identificar o tamanho da população adequado necessário para medir a frequência de mutação em células-mãe de idade. Com a recuperação de 90% das células-mãe depois de cada espécie, apenas 59% da população original seria recuperado após cinco rodadas de crescimento e ordenação. Esta cai para ~ recuperação de 33% da população original, depois de cinco rodadas de crescimento e classificação se apenas 80% das células-mãe são rotulados recuperared durante cada espécie. Medir e maximizar a recuperação é crucial ao medir eventos de baixa freqüência, uma vez que duas a três vezes diminuição no tamanho da população poderia facilmente levar a números não confiáveis ​​de colónias mutantes por população. Existem inúmeras opções para expandir ou modificar este protocolo para obter uma compreensão mais ampla de instabilidade do genoma durante o envelhecimento celular mitótico. Exemplos simples incluem analisar como alterações nas funções dos genes, mudanças de mídia ou outras mudanças de condição ambiental alterar o acúmulo de mutações com a idade. As taxas de mutação de células jovens com a função do gene alterado, ou na condição apropriada seria medido e utilizado para determinar se as mutações se acumulam de forma diferente do que o previsto pelos valores da taxa e de forma diferente do que nas populações de células de controlo. Populações de células em diferentes pontos durante o envelhecimento replicativo poderá estar exposto a estressores específicos, tais como as espécies reativas de oxigênio ou de DNA agentes prejudiciais. Aexposição transitória e leve ao estresse oxidativo não alterou substancialmente a capacidade de realizar a triagem de células (Figura 3), mas as tensões severas podem dificultar a recuperação das células. Seria necessário experiências preliminares para verificar que as células-mãe podem ainda ser recuperados eficientemente depois de tensões específicas. Além disso, as características celulares de células mãe isoladas podem ser analisados ​​em detalhe, incluindo os níveis de espécies reativas de oxigênio, morfologia mitocondrial e vacuolar e outras características fisiológicas que estão associadas com o envelhecimento 3. Além disso, as células-mãe pode ser uma população de partida para um novo tratamento, ou manipulação. Como as células mãe e filha estão fisicamente separados durante o procedimento, as células filhas também ainda estão disponíveis para análise. Por exemplo, alterações nas características fisiológicas das células filhas ou a herança assimétrica de macromoléculas danificadas entre mãe e filha células de levedura <saté&gt; 24 pode ser comparado com o tempo de quaisquer mudanças interessantes em mutação frequências / taxas. Frequências de mutação de populações de células filha também pode ser obtida a fim de tentar modelar se existe herança assimétrica de mutações durante o envelhecimento replicativo. Em resumo, a combinação de enriquecimento de células-mãe por meio de triagem de células magnético com testes de flutuação permite que as vantagens da S. sistema modelo cerevisiae para ser eficientemente aplicada para investigar os mecanismos responsáveis ​​pelo acúmulo de alterações genéticas durante o envelhecimento celular mitótico.

Os microrganismos, tais como a levedura Saccharomyces cerevisiae, são excelentes modelos para investigar as taxas de mutação, mas esses modelos não foram totalmente utilizados para investigar a acumulação de mutações durante o envelhecimento das células mitóticas. Acúmulo de mutação no genoma nuclear foi levantada a hipótese de contribuir para o envelhecimento por resultando em perda progressiva da (ou variação) das funções dos genes 1. A habilidade de usar um sistema microbiano para estudar os mecanismos e consequências da acumulação de mutações durante o envelhecimento pode acelerar consideravelmente a identificação de fatores genéticos e ambientais que influenciam este processo, por causa de sistemas genéticos fáceis ea facilidade de quantificar alterações fenotípicas raras em microorganismos. Fatores de reparo de DNA e proteínas de resposta de danos ao DNA estão bem conservados em diversas espécies 2 e semelhanças fundamentais no envelhecimento do organismo foram identificadas para organismos tão diversos como S. cerevisiae umd mamíferos 3, o que torna provável que os resultados obtidos a partir de estudos em levedura serão relevantes para o envelhecimento em muitos organismos. Estudos de envelhecimento em S. cerevisiae fazer uso de dois modelos de envelhecimento que medem envelhecimento cronológico ou envelhecimento replicativo de células. Envelhecimento cronológico é caracterizada pela perda progressiva de viabilidade em populações de células de levedura, que estão num estado (fase estacionária) que não se dividem, devido ao esgotamento de nutrientes 3. O modelo de envelhecimento cronológico tem sido utilizado para demonstrar que acumulam mutações com o aumento da idade de 4 anos, uma vez que as populações de células grandes são facilmente obtidos neste modelo para executar selecções fenotípicos para células mutantes. Neste caso, a acumulação de mutação parece ser influenciada por vias de sinalização de crescimento e de stress oxidativo 5, e cada um destes factores é relevante para a compreensão do envelhecimento em eucariotas multicelulares 3. O modelo de envelhecimento replicativo explora o divisi assimétricaem entre S. mãe e filha células cerevisiae para a investigação de envelhecimento que ocorre com as sucessivas gerações de células 3. Levedura envelhecimento replicativo tem sido muitas vezes medido por meio de micromanipulação de pequenas populações de células mãe e filha, ou, mais recentemente, por meio de microscopia de vídeo de pequenas populações de células de levedura em dispositivos microfluídicos 6,7. Tamanhos populacionais limitados fazer essas abordagens pouco adequada para investigar o acúmulo de mutação durante o envelhecimento mitótico, a menos que a informação todo o genoma é obtido a partir de células individuais ou mudanças genéticas muito alta freqüência são medidos 8. Whole-seqüenciamento do genoma de células individuais fornece conjuntos de dados substanciais para a investigação de acúmulo de mutação, mas os sistemas de seleção fenotípica tem a importante vantagem de fornecer um meio de medir as taxas de mutação para estudar mecanismos de acumulação mutação subjacente. Estudos para analisar freqüências de mutação e taxas através de seleções fenotípicas em haploid cepas de leveduras durante o envelhecimento replicativo ainda não foram relatados. As taxas de mutação são comumente medido por meio de testes de flutuação 9. Os valores de frequência de mutação reflecte o número total de células contendo uma mutação na sequência de um gene de uma população. Isto inclui as células nas quais ocorrem as mutações independentes e toda a descendência destas células que simplesmente herdam as mutações pré-existentes. Em contraste, as taxas de mutação medidos por meio de testes de flutuação representam o número de mutações independentes que recentemente surgem a cada geração celular. Esses testes envolvem tipicamente a inoculação de culturas em replicado em muitos densidades celulares baixas para reduzir a probabilidade da adição de células com mutações pré-existentes em uma sequência alvo, crescendo as culturas a próxima da saturação, e a identificação de células mutantes por crescimento em meio selectivo. Os números de células mutantes identificados nas populações replicados são então utilizados em um dos diversos modelos matemáticos para estimar o número de imutações ndependent que surgiram durante crescimento de 9. Comparando o número de mutações independentes para o tamanho médio da população dá uma medida da taxa de mutação. Em S. cerevisiae, freqüências de mutação e as taxas são freqüentemente medidos utilizando os genes URA3 e CAN 1, já que a perda de função mutações nestes genes produzem fenótipos selecionáveis. A perda da função URA3 torna as células resistentes a 5-fluoroorï¿½ico ácido (5-FOA), uma vez que a proteína codificada pelo gene URA3 converte 5-FOA em uma molécula tóxica 10. A perda da função de CAN1 permite que as células se tornam resistentes à canavanina, um análogo da arginina tóxico, uma vez que a proteína codificada pelo CAN1 transporta arginina e canavanina em células 11. Ambas as estratégias de ordenação genéticos e físicos têm sido empregados com sucesso para obter maiores populações de S. células-mãe cerevisiae para facilitar as investigações do envelhecimento replicativo. Estratégias genéticas incluem abordagens inteligentes que selecionam contra a sobrevivência da célula filha em uma população. O programa de enriquecimento de mãe (MEP) envolve a indução de beta-estradiol de Cre recombinase expressão apenas em células-filhas, levando à interrupção específica e filha de dois genes essenciais que foram projetados para conter sítios loxP 12. Estirpes MEP podem ser cultivadas normalmente na ausência do indutor, mas apenas as células mãe continuarão a dividir após a indução, enquanto que as células filhas vai prender no M-fase, tipicamente, durante a sua primeira progressão através do ciclo celular 12. Embora este sistema não tem sido amplamente utilizada para estudar a acumulação de mutação durante o envelhecimento, ele tem sido utilizado para estudar a perda de heterozigosidade, uma forma relativamente frequente de instabilidade do genoma em estirpes de levedura diplóide, bem como as alterações bioquímicas nas células mãe envelhecimento 13,14. Da mesma forma, o sistema de pára-raios-filha envolve a expressão específica de filha de S. cerevigene SIAE URA3 15. Cepas Filha-de pára-raios crescem normalmente até 5-FOA é adicionado ao meio, no qual as células ponto filha expressando URA3 vai morrer, enquanto as células-mãe continuam a crescer 15. São sistemas úteis para enriquecer de células-mãe, mas eles dependem de manutenção das funções dos genes que constituem o sistema de seleção. Mutações aleatórias em um ou mais componentes do sistema de seleção pode resultar em células-filhas que escapam a seleção e proliferam de forma exponencial. Durante o desenvolvimento das cepas MEP, os tamanhos das populações adequadas estavam determinados a evitar o aparecimento de células filhas mutantes que poderia escapar a seleção de 12. No entanto, este limite no tamanho da população compromete a detecção de formas raras de instabilidade do genoma durante o envelhecimento replicativo. Esta restrição no tamanho da população pode ser parcialmente superado usando cepas de leveduras diplóides com duas cópias de cada gene contribui para o sistema de seleção, já que a maioriamutações provavelmente seria recessivo 12. No entanto, o uso de estirpes diplóides constrange os tipos de eventos mutacionais que pode ser facilmente detectado em comparação com aquelas que podem ser facilmente detectado em células de levedura haplóides. Estratégias de ordenação físicos incluem o isolamento de células-mãe com uma superfície de células marcadas a partir de células-filhas não marcados para enriquecer para grandes populações de células-mãe. A observação de que as proteínas da superfície da célula (proteínas da parede celular) de S. cerevisiae são células filhas recém-sintetizada durante a floração foi explorada para marcar as células mãe sem marcação das células filhas que produzem 16. Por exemplo, uma população inicial de células de levedura marcadas na sua superfície com biotina podem ser cultivadas e, em seguida, isolados das suas células filhas utilizando microesferas anti-biotina e de triagem magnética 16, porque as células filhas gerados pela população inicial não contêm biotina sobre a sua superfície . Crescimento de série eordenação possibilita populações progressivamente mais antigas de células-mãe a serem obtidos e analisados. Este procedimento tem sido utilizado com sucesso para examinar as mudanças na fisiologia celular e expressão gênica durante o envelhecimento replicativo de fermento 13,14,17,18. O actual método se adapta esta rotulagem biotina e técnica de triagem magnética para enriquecer células-mãe com a finalidade de medir o acúmulo de mutações potencialmente raros ou outras formas de instabilidade do genoma ensaiadas pelas seleções fenotípicas. Crescimento de série e rearranjo físico permitir a análise da acumulação de mutações em células mãe progressivamente mais velhos, bem como em suas populações de células-filhas. Determinação das taxas de mutação por geração permite uma freqüência de mutação previsto para ser calculado para células-mãe que tenham sido submetidos a um determinado número de divisões celulares. Como os valores de frequência previstos são baseados no aumento esperado devido a rodadas adicionais de divisão celular, desvios substanciais nos Mutati observadosem frequências em comparação com os valores previstos fornecem evidências de mudanças específicas por idade na taxa de mutações que se acumulam. Usando este protocolo, coloração fluorescente de cicatrizes broto que correspondem a locais de divisões celulares em células-mãe, juntamente com a análise por citometria de fluxo pode ser usado para determinar rapidamente a distribuição etária da população ordenados e não ordenados. Os reagentes fluorescentes adicionais, tais como os utilizados para a detecção de espécies reactivas de oxigénio, podem também ser utilizados durante este protocolo. No geral, este protocolo permite a análise eficiente de alterações dependentes da idade em instabilidade do genoma com o potencial de correlação para celulares alterações fisiológicas relacionadas à idade em um organismo modelo bem adequado para estudar os fatores genéticos e ambientais que influenciam a instabilidade do genoma relacionadas com o envelhecimento.

<table><tbody><tr><td>EZ-Link Sulfo-NHS-LC-Biotina</td><td>Thermo Scientific</td><td>21335</td><td>100 mg</td></tr><tr><td>Microesferas Anti-Biotina</td><td>Miltenyi Biotec</td><td>130-090-485</td><td>2 ml MicroBeads conjugadas com anticorpos monoclonais anti-biotina de camundongo (isotipo: camundongo IgG1)</td></tr><tr><td>Colunas MACS LS</td><td>Miltenyi Biotec</td><td>130-042-401</td><td>25 colunas adequadas para separador QuadroMACS</td></tr><tr><td>Separador QuadroMACS</td><td>Miltenyi Biotec</td><td>130-090-976</td><td>Apenas Separador</td></tr><tr><td>Kit de Partida QuadroMACS</td><td>Miltenyi Biotec</td><td>130-091-051</td><td>Inclui: Separador QuadroMACS (130-090-976), MACS MultiStand (130-042-303), Colunas LS (130-042-401), Suporte para Tubos MACS 15 ml (130-091-052), Uma unidade de 2 ml de MACS MicroBeads. Nota: Sistemas alternativos incluem Dynabeads Biotin Binder e MagnaBind Magnetic Beads</td></tr><tr><td>BD Falcon Cell Strainer, 40 &micro; m</td><td>BD Biosciences</td><td>352340</td><td>40 &micro; m para uso com tubos cônicos BD Falcon 50 ml. 50 por pacote</td></tr><tr><td>Trypan Blue</td><td>Sigma-Aldrich</td><td>T6146</td><td>Pó, filtrando após a dissolução importante para remover partículas</td></tr><tr><td>Aglutinina de gérmen de trigo Alexa Fluor488</td><td>Life Technologies</td><td>W11261</td><td>Conjugados com diferentes espectros de excitação/emissão também podem ser usados</td></tr><tr><td>Reagente anti-desvanecimento ProLong Gold</td><td>Life Technologies</td><td>P36930</td><td>10 ml, outros reagentes anti-desvanecimento também podem ser usados</td></tr></tbody></table>

combinando sorting magnética de células mãe e testes de flutuação para analisar genoma instabilidade durante mitotic envelhecimento celular em saccharomyces cerevisiae

Combining Magnetic Sorting of Mother Cells and Fluctuation Tests to Analyze Genome Instability During Mitotic Cell Aging in Saccharomyces cerevisiae

Saccharomyces cerevisiae tem sido um excelente sistema modelo para estudar mecanismos e consequências da instabilidade do genoma. As informações obtidas a partir deste modelo de levedura é relevante para muitos organismos, incluindo os seres humanos, uma vez que fatores de reparo de DNA e resposta a danos do DNA são bem conservada entre espécies diversas. No entanto, S. cerevisiae ainda não foi usado para resolver completamente se a taxa de acumulação de mutações alterações com o aumento da replicação (mitose) idade devido a limitações técnicas. Por exemplo, as medidas de levedura vida replicativo através de micromanipulação envolvem populações muito pequenas de células, que proíbem a detecção de mutações raras. Métodos genéticos para enriquecer de células-mãe em populações de induzir a morte de células-filhas têm sido desenvolvidos, mas os tamanhos das populações ainda são limitados pela frequência com que mutações aleatórias que comprometem os sistemas de seleção ocorrer. O protocolo atual aproveita sorti magnéticang de células mãe de levedura rotulada de superfície para obter grandes populações suficientes de envelhecimento de células-mãe para quantificar mutações raras através de seleções fenotípicas. As taxas de mutação, medidos por meio de testes de flutuação e frequências de mutação são, primeiro, para as células jovens e usado para prever a freqüência de mutações em células-mãe de várias idades replicadoras. Frequências de mutação são então determinados para células mãe ordenadas, e a idade das células-mãe é determinada por citometria de fluxo por coloração com um reagente fluorescente que detecta cicatrizes gemas formadas nas suas superfícies celulares durante a divisão celular. Comparação das frequências de mutação previstos com base no número de divisões celulares para as freqüências observados experimentalmente para células-mãe de uma determinada idade replicativo pode identificar se há mudanças relacionadas à idade na taxa de mutações que se acumulam. Variações deste protocolo básico de fornecer os meios para investigar a influência das alterações nas funções de genes específicos oucondições ambientais específicas sobre o acúmulo de mutação para abordar os mecanismos de instabilidade do genoma subjacente durante o envelhecimento replicativo.

As taxas de mutação em células de Saccharomyces cerevisiae jovens medidos por meio de testes de flutuação são usados ​​para prever frequências de mutação para células-mãe de diferentes idades replicadoras. Separação magnética e citometria de fluxo são usados ​​para medir freqüências de mutação reais e idade das células-mãe para identificar eventuais desvios de freqüências de mutação previstos.

Combinando Sorting magnética de células mãe e testes de flutuação para Analisar Genoma Instabilidade Durante Mitotic envelhecimento celular em Saccharomyces cerevisiae

Saccharomyces cerevisiae has been an excellent model system for examining mechanisms and consequences of genome instability. Information gained from this ...

O objetivo geral do experimento a seguir é determinar se as mudanças nas frequências de mutação com o aumento da replicação. A idade das células de levedura se deve simplesmente a rodadas adicionais de divisão celular ou a mudanças específicas da idade nas taxas de mutações acumuladas. Isso é obtido medindo primeiro as frequências e taxas de mutação em células jovens, espalhando as células em meios seletivos e não seletivos para calcular uma frequência de mutação prevista para células de idades crescentes devido ao acúmulo de mutações a cada rodada de divisão celular.Em seguida, uma população de células de levedura é marcada com biotina cultivada em cultura líquida e as células marcadas originais são recuperadas por classificação magnética para obter células-mãe envelhecidas que sofreram várias divisões celulares. Em seguida, as células-mãe envelhecidas são regeneradas para aumentar sua idade e, em seguida, classificadas novamente ou coradas para cicatrizes de nádegas e, em seguida, espalhadas em meios seletivos e não seletivos, a fim de determinar sua idade replicativa média e resultados de frequência de mutação são obtidos que mostram se há algum aumento ou diminuição específico da idade no acúmulo de mutações com base em uma comparação da frequência de mutação observada experimentalmente com a frequência de mutação prevista para células do idade média observada. Este método pode ajudar a responder a questões-chave no campo do envelhecimento, como mudanças nas taxas de acúmulo de danos genéticos contribuem para o envelhecimento normal ou se a expectativa de vida altera os efeitos de vários fatores genéticos e ambientais, em parte devido a mudanças nas taxas de mutação.Demonstrando o procedimento estará Melissa Patterson, uma estudante de pós-graduação em meu laboratório, para estabelecer uma taxa de mutação de linha de base por geração de células usando testes de flutuação para células cultivadas em condições de cultura padrão. Para cada cultura replicada, dilua as células de um a 2000 e espalhe de um a quatro microlitros em meio não seletivo para determinar as unidades formadoras de colônias por mililitro. Pulverize as células restantes a 2.400 Gs por um minuto em uma microcentrífuga e use 100 microlitros de água para ressuspendê-las antes de espalhar em meio seletivo para identificar mutantes.Depois de incubar as placas a 30 graus Celsius por três dias, conte as colônias, determine a taxa e a frequência de mutação inicial de acordo com o protocolo de texto que acompanha para rotular o CCI charmy com biotina Comece listrando a cultura de um estoque de glicerol em meio YPD e incube a 30 graus Celsius por um a três dias. Usando uma ponta de pipeta estéril, transfira as células da placa para pelo menos um mililitro de água. Tendo em mente que um a um centímetro e meio de uma porção densamente crescida da faixa dará aproximadamente 10 para as oito células.Use um hemocitômetro para determinar a densidade celular exata para cada cepa ou condição de tratamento. Use um estoque de reagente de biotina de cinco milimolares para rotular de 10 a oito células por ponto de coleta de acordo com o procedimento padrão do fabricante. Execute todas as etapas de centrifugação por cinco minutos a quatro graus Celsius após a lavagem final.Use água para suspender as células marcadas a uma concentração final de 10 a oito células por mililitro para verificar a viabilidade celular para diluir 10 microlitros de células com 23 microlitros de água e 67 microlitros de 0,4% Triam blue em um XPBS incube as células por 40 minutos em temperatura ambiente antes de usar um hemocitômetro para pontuar células vivas ou não coradas e mortas ou coradas. Depois de medir os valores basais para a idade celular e a frequência de mutação, de acordo com o protocolo de texto, transfira as células marcadas com biotina para 20 mililitros de meio YPD. Finja as oito células.Cultive as culturas por 16 a 18 horas a 20 graus Celsius a cerca de 10 a oito células por mililitro. Não permita que as células atinjam a fase estacionária e, se necessário, mantenha as células a quatro graus Celsius por várias horas para otimizar o tempo do período de crescimento e coleta. Depois de determinar a densidade celular e peletizar as células a quatro graus Celsius, lave as células adicionando 30 mililitros de rotulagem de contas, tampão e vórtice, gire a suspensão e despeje o sobrenadante.Após uma segunda lavagem, suspendemos as células em 50 microlitros de tampão de rotulagem de contas. Finja para as oito células totais por vórtice. Adicione dois microlitros de contas magnéticas, finja as oito células totais e, após o vórtice, incube brevemente no gelo por 10 minutos, invertendo periodicamente.Em seguida, use 30 mililitros de tampão de rotulagem de contas para lavar as células três vezes. Em seguida, adicione 0,5 mililitros de tampão de rotulagem de contas. Finja para o total de oito células e subtraia brevemente o pellet em uma configuração média apenas até que as células sejam ressuspensas.Despeje a suspensão através de um filtro de células de 40 mícrons em um tubo de 50 mililitros para remover quaisquer aglomerados de células restantes. Se necessário, deixe as células no gelo por uma a duas horas antes de carregar na coluna. Siga o protocolo recomendado pelo fabricante para as colunas magnéticas usando até duas vezes 10 elevado ao total de nove células por.Tome cuidado para remover qualquer airable ao carregar as colunas e remova e recoloque a coluna no separador entre as lavagens para evitar que as células fiquem presas entre os grânulos. Ao usar separadores de várias colunas para processar várias colunas da mesma amostra, eluia-as todas no mesmo tubo de coleta para reduzir o tempo de manuseio e diminuir a perda de células, se desejar. Salve o fluxo das etapas de ligação e lavagem para analisar as células jovens produzidas pelas células-mãe após concentrar as células por centrifugação a 3000 Gs por cinco minutos a quatro graus Celsius, aspirar todos, exceto um mililitro de tampão.Finja as oito células originais marcadas com biotina. Em seguida, vórtice brevemente para suspender as células no tampão restante. Use azul triam para corar uma alíquota de células diluídas e use um hemocitômetro para determinar a densidade e a viabilidade celular.Em seguida, calcule o número total de células recuperadas. Se o número de células for substancialmente maior do que o esperado, passe a amostra de eluição por outra coluna para tentar remover as células jovens contaminantes. Se o número de células for substancialmente menor do que o esperado, passe o fluxo salvo.Faça uma amostra em outra coluna para tentar melhorar o rendimento das células-mãe, se desejar. Regenere as células para aumentar a idade replicativa e siga a rotulagem e classificação do grânulo sem a rotulagem da biotina. Para determinar a idade replicativa, transfira 25 microlitros de células recuperadas para um tubo de centrífuga de 1,5 mililitro e use um mililitro de um XPBS para lavar as células duas vezes para rotular cicatrizes de botões na superfície das células.Use 180 microlitros de um XPBS e 20 microlitros de WGA conjugado com fluorescência para ressuspender as células, cubra o tubo de centrífuga de 1,5 mililitro com papel alumínio e incube com balanço suave a 30 graus Celsius por 30 minutos após a incubação. Use um XPBS para lavar as células três vezes. Em seguida, para microscopia fluorescente, use um reagente Antifa para montar as células em lâminas para evitar o movimento celular durante a imagem.Catalise totalmente as lâminas no escuro por até alguns dias. Conte as cicatrizes dos botões em pelo menos 50 células por amostra para obter uma medida representativa da idade celular. Alternativamente, depois de suspender as células em um XPBS, realize citometria de fluxo usando as configurações descritas no protocolo de texto grafar cicatrizes de botões em células jovens e células de idade contadas por microscopia no eixo Y contra a média geométrica normalizada da fluorescência conjugada WGA das mesmas populações de células no eixo x.Finalmente, obtenha a equação de uma linha de tendência linear para esta relação Para substituto subsequente, a média geométrica normalizada da intensidade de fluorescência conjugada WGA de uma população de células para X na equação e resolva para Y para determinar a idade celular média de uma amostra. Este gráfico ilustra que a taxa de mutação no gene can one foi semelhante antes e depois da marcação de biotina Em populações de leveduras jovens independentes, as frequências de mutação também foram semelhantes em células jovens antes e depois da marcação de biotina quando cultivadas a 20 graus Celsius ou 30 graus Celsius. O gráfico mostrado aqui demonstra o que pode ser observado ao contar as células recuperadas após a marcação e classificação da biotina de células não tratadas ou células tratadas com um peróxido de hidrogênio milimolar após a primeira classificação.O número de células pode parecer maior do que o esperado após a primeira classificação, e uma pequena perda progressiva de células é esperada com a classificação contínua. A idade replicativa foi determinada pela contagem manual de cicatrizes marcadas com fluorescência, mas nas células, como demonstrado aqui, como visto nesta figura. O sinal fluorescente, mas cicatricial, da citometria de fluxo foi comparado às contagens manuais para obter uma relação linear que permite que a idade replicativa da mãe e das populações de células controle seja determinada por citometria de fluxo.Esses gráficos mostram exemplos de frequências de mutação observadas semelhantes ou elevadas de células-mãe envelhecidas em comparação com as frequências previstas calculadas a partir da idade média das células-mãe e das frequências e taxas de mutação obtidas para populações de células jovens. Dependendo da localização genômica do pode um gene Após este procedimento. Outros métodos podem ser usados, como coloração para espécies reativas de oxigênio ou morfologia ular, para responder a perguntas adicionais, como quais mudanças na fisiologia celular estão associadas a mudanças relacionadas à idade no acúmulo de mutações.

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GFP-fusão proteínas são amplamente utilizados para visualizar organelas por microscopia confocal. No entanto, a triagem para mutações que afetam a morfologia das organelas geralmente requer mutagênese individual e é demorado. Aqui, nós demonstramos um método para incorporar simultaneamente organela-GFP marcadores em quase 5.000 genes não-essenciais no fermento.

Um método de alto rendimento para estudar a morfologia global organela em S. cerevisiae

Aqui nós descrevemos um conjunto de ensaios de mutação de DNA que podem ser combinados com o fermento modelo de extensão cronológica vida ao estudo dos genes / vias que regulam ou contribuir para a instabilidade do DNA genômico durante o envelhecimento.

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Nós descrevemos aqui a operação de um dispositivo de microfluidos, que permite contínua e de elevada resolução de imagem microscópica de células de levedura de brotamento individuais durante a sua replicativo completo e / ou o tempo de vida cronológica.

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Compreender as alterações moleculares endógenas em células-tronco adultas durante o envelhecimento requer o isolamento das células de interesse. O método descrito aqui apresenta uma abordagem simples e robusta para enriquecer e isolar as células-tronco intestinais de Drosophila e as células progenitoras do enteroblasto por FACS em qualquer momento durante o envelhecimento.

Isolar células-tronco intestinais de Adulto Drosophila Intestino médio por FACS para estudar o comportamento das células-tronco durante o envelhecimento

Relatamos um método baseado em Classificação de Células Ativadas por Fluorescência (FACS) para isolar células-tronco neurais (NSCs) e sua progênie da zona subventricular (SVZ) do cérebro de camundongos adultos. Aplicado a camundongos transgênicos Fluorescence Ubiquitination Cell Cycle Indicator (FUCCI), permite o estudo da progressão do ciclo celular por imagens ao vivo.

Seleção de células-tronco neurais de células progenitoras e do rato adulto subventricular Zone e Live-imagem de seus Dynamics com o ciclo celular

Descrevemos uma estratégia de classificação para espermátides de camundongos usando citometria de fluxo. As espermátides são classificadas em quatro populações altamente puras, incluindo espermogênese redonda (etapas 1-9 da espermiogênese), alongamento precoce (etapas 10-12 da espermiogênese), alongamento tardio (etapas 13-14 da espermiogênese) e espermátides alongadas (etapas 15-16 da espermiogênese). A coloração, o tamanho e a granulosidade do DNA são usados como parâmetros de seleção.

Passo-específico Seleção de mouse Espermátides por citometria de fluxo

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Usando dispositivos microfluídicos medir Longevidade e Celular fenótipos em células individuais levedura de brotamento

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Aqui está um protocolo para identificar interações genéticas através de uma tela supressora de número de cópia aumentada em Saccharomyces cerevisiae. Este método permite que os pesquisadores identifiquem, clonem e testem supressores em mutantes de levedura de curta duração. Testamos o efeito do aumento do número de cópias de SIR2 na vida útil em um mutante nulo autofagia.

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A microscopia de lapso de tempo é uma ferramenta valiosa para estudar a meiose em leveduras em brotamento. Este protocolo descreve um método que combina sincronização do ciclo celular, microscopia de lapso de tempo e depleção condicional de uma proteína-alvo para demonstrar como estudar a função de uma proteína específica durante a segregação cromossômica meiótica.

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Combinando Sorting magnética de células mãe e testes de flutuação para Analisar Genoma Instabilidade Durante Mitotic envelhecimento celular em Saccharomyces cerevisiae (Vídeo) | JoVE Journal

Combinando Sorting magnética de células mãe e testes de flutuação para Analisar Genoma Instabilidade Durante Mitotic envelhecimento celular em Saccharomyces cerevisiae

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