Vi beskriver en effektiv, robust og kostnadseffektiv metode for å utvinne nukleinsyre fra vattpinner for karakterisering av bakterielle samfunn ved hjelp av 16S rRNA-genet amplicon sekvensering. Fremgangsmåten gjør det mulig for en vanlig behandling tilnærming for flere prøvetyper og har plass til en rekke nedstrøms analytiske prosesser.