Her presenterer vi en optimalisert fordøyelsesprotokoll på filteret med detaljert informasjon om følgende: protein fordøyelse, peptidrensing og datauavhengig anskaffelsesanalyse. Denne strategien brukes til analyse av uttrykte prostatiske sekreter-urinprøver og tillater høy proteomdekning og lav manglende verdi etikettfri profilering av urinproteomet.