Aquí, presentamos un protocolo de digestión en filtro optimizado con información detallada sobre lo siguiente: digestión de proteínas, purificación de péptidos y análisis de adquisición independiente de datos. Esta estrategia se aplica al análisis de muestras de secreciones prostáticas-orina expresadas y permite una alta cobertura de proteoma y un perfil sin etiquetas de bajo valor del proteoma urinario.