Burada, aşağıdakiler hakkında ayrıntılı bilgi içeren optimize edilmiş bir filtre sindirim protokolü sunuyoruz: protein sindirimi, peptit saflaştırma ve veri bağımsız edinme analizi. Bu strateji, eksprese edilen prostat salgıları-idrar örneklerinin analizine uygulanır ve üriner proteomların yüksek proteom kapsama alanına ve düşük eksik değer etiketsiz profillemesine izin verir.