Здесь мы представляем оптимизированный протокол для визуализации целых яичников для количественного и качественного анализа с использованием полноразмерного иммуноокрашивания, многофотонной микроскопии и 3D-визуализации и анализа. Этот протокол обеспечивает высокопроизводительную, надежную и повторяемую обработку, которая применима для токсикологии, клинической диагностики и геномных анализов функции яичников.