Die massenspektrometrische Charakterisierung von Neuropeptiden liefert Sequenz-, Quantifizierungs- und Lokalisierungsinformationen. Dieser optimierte Workflow ist nicht nur für Neuropeptidstudien nützlich, sondern auch für andere endogene Peptide. Die hier bereitgestellten Protokolle beschreiben die Probenvorbereitung, die MS-Akquisition, die MS-Analyse und die Datenbankgenerierung von Neuropeptiden unter Verwendung von LC-ESI-MS, MALDI-MS-Spotting und MALDI-MS-Bildgebung.