यहां, हम माउस कंकाल की मांसपेशी से माइटोकॉन्ड्रिया अलगाव के लिए एक विस्तृत विधि का वर्णन करते हैं और माइक्रोप्लेट-आधारित श्वसनमितीय assays का उपयोग करके ऑक्सीजन खपत दर (ओसीआर) द्वारा श्वसन के बाद के विश्लेषण का वर्णन करते हैं। इस पाइपलाइन को माइटोकॉन्ड्रियल चयापचय पर कई पर्यावरणीय या आनुवंशिक हस्तक्षेपों के प्रभावों का अध्ययन करने के लिए लागू किया जा सकता है।