Her beskriver vi en detaljert metode for mitokondrierisolasjon fra mus skjelettmuskulatur og den påfølgende analysen av respirasjon av oksygenforbrukshastighet (OCR) ved hjelp av mikroplatebaserte respirometriske analyser. Denne rørledningen kan brukes til å studere effekten av flere miljømessige eller genetiske intervensjoner på mitokondriemetabolisme.