JoVE   
You do not have subscription access to articles in this section. Learn more about access.

  JoVE Biology

  
You do not have subscription access to articles in this section. Learn more about access.

  JoVE Neuroscience

  
You do not have subscription access to articles in this section. Learn more about access.

  JoVE Immunology and Infection

  
You do not have subscription access to articles in this section. Learn more about access.

  JoVE Clinical and Translational Medicine

  
You do not have subscription access to articles in this section. Learn more about access.

  JoVE Bioengineering

  
You do not have subscription access to articles in this section. Learn more about access.

  JoVE Applied Physics

  
You do not have subscription access to articles in this section. Learn more about access.

  JoVE Chemistry

  
You do not have subscription access to articles in this section. Learn more about access.

  JoVE Behavior

  
You do not have subscription access to articles in this section. Learn more about access.

  JoVE Environment

|   

JoVE Science Education

General Laboratory Techniques

You do not have subscription access to videos in this collection. Learn more about access.

Basic Methods in Cellular and Molecular Biology

You do not have subscription access to videos in this collection. Learn more about access.

Model Organisms I

You do not have subscription access to videos in this collection. Learn more about access.

Model Organisms II

You do not have subscription access to videos in this collection. Learn more about access.

Essentials of
Neuroscience

You do not have subscription access to videos in this collection. Learn more about access.

In JoVE (1)

Other Publications (5)

Automatic Translation

This translation into Italian was automatically generated.
English Version | Other Languages

Articles by Alain A. Mir in JoVE

 JoVE Bioengineering

Alta MicroRNA profiling Throughput: Multiplex Ottimizzato qRT-PCR a scala nanoliter sul Fluidigm dinamica IFCS ArrayTM

1The Eli and Edythe Broad Center of Regeneration Medicine and Stem Cell Research, University of California San Francisco, 2Center for Reproductive Sciences, University of California San Francisco, 3Department of Urology, University of California San Francisco, 4Department of Cell and Tissue Biology, University of California San Francisco, 5Fluidigm Corporation, Fluidigm Corporation, 6Department of Obstetrics and Gynecology, Hadassah-Hebrew University Medical Center, 7UCSF - Helen Diller Family Comprehensive Cancer Center, University of California San Francisco


JoVE 2552

Qui descrivere un ottimizzato trascrittasi inversa multiplex PCR quantitativa (QRT-PCR) protocollo in combinazione con una piattaforma microfluidica come un efficace costi e tempi high-throughput screening per microRNA (miRNA) livelli di espressione, soprattutto quando si lavora con quantità limitate di campione.

Other articles by Alain A. Mir on PubMed

Un Ruolo Essenziale Per Un Percorso Di MEK-C/EBP Durante La Neurogenesi Corticale Regolato Dal Fattore Di Crescita

Neurogenesi nei mammiferi è determinata da un'interazione tra meccanismi genetici intrinseci ed estrinseci spunti come fattori di crescita. Qui abbiamo definito una cascata di segnalazione, un percorso di MEK-C/EBP, che è essenziale per le cellule progenitrici corticale di diventare neuroni postmitotic. Inibizione di MEK o della famiglia di fattori di trascrizione C/EBP inibisce la neurogenesi durante l'espressione di un mutante di C/EBPbeta che è che un mimic fosforilazione presso un sito MEK-Rsk migliora la neurogenesi. C/EBP media questo effetto positivo di diretta attivazione trascrizionale dei geni specifici del neurone come Talpha1 alfa-tubulina. Al contrario, l'inibizione della trascrizione C/EBP-dipendente migliora la generazione CNTF-mediata degli astrociti dalle stesse cellule progenitrici. Così, attivazione di un percorso di MEK-C/EBP migliora la neurogenesi e inibisce la gliogenesis, fornendo in tal modo un meccanismo per cui fattori di crescita possono selettivamente bias progenitori di diventare neuroni durante lo sviluppo.

Classificazione Delle Proteine Umane B-ZIP Basato Sulle Proprietà Di Dimerizzazione

Il Magnesio è Necessario Per Il Legame Del DNA Specifico Del Dominio CREB B-ZIP

Abbiamo esaminato associazione del dominio della proteina CREB B-ZIP per DNA double-stranded contenente un consenso sequenza CRE (5 '-TGACGTCA - 3'), le sequenze relative PAR, C/EBP e AP-1 e la sequenza di SP1 non correlata. Grippaggio del DNA è stato dosato in presenza o assenza di MgCl2 e/o KCl utilizzando due metodi: Spettroscopia di Dicroismo circolare (CD) e analisi di spostamento di mobilità elettroforetica (EMSA). Il dosaggio di CD permette di misurare associazione equilibrio in soluzione. Denaturazione termica in 150 mM KCl indica che il dominio di CREB B-ZIP associa tutte le sequenze di DNA, con alta affinità per il sito CRE, seguito dal PAR (5 '-TAACGTTA - 3'), C/EBP (5 '-TTGCGCAA - 3') e siti di AP-1 (5 '-TGAGTCA - 3'). L'aggiunta di 10 mM MgCl2 diminuito legame del DNA a sequenze di DNA PAR e CRE e abolito vincolante per le sequenze di DNA di AP-1 e C/EBP, con conseguente più specifica sequenza DNA binding. Utilizzando condizioni EMSA 'standard' (0.25 x TBE), CREB associato tutte le sequenze di DNA esaminate. Il complesso di CREB-CRE aveva un Kd apparente di circa 300 pM, PAR di circa 1 nM, C/EBP e AP-1 di circa 3 nM e SP1 di circa 30 nM. L'aggiunta di 10 mM MgCl2 al gel di poliacrilammide drasticamente alterato legame sequenza-specifico del DNA. Affinità di legame di CREB per DNA CRE diminuito 3 volte, ma vincolante per le altre sequenze di DNA è diminuito > di. Nell'EMSA, aggiunta di 150 mM KCl per il gel ha avuto un effetto simile a quello di MgCl2. La concentrazione di magnesio necessaria per prevenire non specifiche interazioni elettrostatiche CREB e DNA in soluzione è nel range fisiologico e quindi cambiamenti nella concentrazione di magnesio possono essere un segnale cellulare che regola l'espressione genica.

Una Ricerca Di Geni Candidati Per Lipodistrofia, L'obesità E Il Diabete Attraverso L'analisi Di Espressione Genica Di Topi A-ZIP/F-1

Analisi del genoma per diabete hanno identificato molte regioni del genoma umano che correlano con lo stato di malattia. Per identificare geni candidati per il diabete di tipo 2, abbiamo esaminato il mouse transgenico A-ZIP/F-1. Questo modello di mouse non ha nessun grasso bianco, con conseguente livelli anomali di glucosio, insulina e leptina, rendendo i topi A-ZIP/F-1 un buon modello per lipodistrofia e insulino-resistenza. Abbiamo usato i microarrays del cDNA di trovare geni differenzialmente espressi in quattro tessuti di questi topi. Abbiamo esaminato questi risultati nel contesto del collegamento umano scansioni per lipodistrofia, obesità e diabete di tipo 2. Abbiamo combinato 199 orthologs umano conosciuto dei geni misregulated mouse con 33 scansioni di genoma umano pubblicato sulla mappa del genoma. Integrazione di dati di espressione con risultati di collegamento umano ci permesso di suggerire e definire le priorità di geni candidati per lipodistrofia e disturbi correlati. Questi geni includono un cluster di 3 geni S100A sul cromosoma 1 e SLPI1 sul cromosoma 20.

Clustering Delle Sequenze Di DNA in Umani Promotori

Abbiamo determinato la distribuzione di ciascuna delle sequenze del DNA 65.536 che sono otto le basi lunghe (8-mer) in un insieme di sequenze di promotore genomic umano 13.010 allineato rispetto al sito di inizio trascrizione putativo (TSS). Un numero limitato di 8-mers hanno picchi nella loro distribuzione (cluster), e la maggior parte del cluster all'interno di 100 bp del TSS. Le sequenze di DNA 156 esibendo il più grande raggruppamento statisticamente significativo vicino il TSS possono essere posizionate in nove gruppi di sequenze correlate. Ogni gruppo è definito da una sequenza di consenso, e sette di queste sequenze sono noti vincolante di consenso siti per i fattori di trascrizione SP1 (TFs), NF-Y, ETS, CREB, TBP, USF e NRF-1. Una sequenza, che abbiamo chiamato Clus1, non è un noto sito di legame di TF. Il nono gruppo sequenza è composta dalla sequenza di Kozak strand-specifici che a valle dei cluster del TSS. Un esame della concomitanza di queste sequenze consenso TF indica una correlazione positiva per la maggior parte di loro ad eccezione di sequenze vincolati da TBP (TATA box). Dati di espressione mRNA umani da 29 tessuti indicano che l'ETS, NRF-1 e Clus1 sequenze cluster si trovano principalmente nei promotori dei geni housekeeping (ad esempio, geni ribosomiali). Al contrario, TATA è più abbondante nei promotori dei geni tessuto-specifici. Questa analisi identificato otto sequenze di DNA in 5082 promotori che consigliamo sono importanti per la regolazione della espressione genica.

Waiting
simple hit counter