Single-strand Specificità Dei Conti Di APOBEC3G Per Deaminazione Minus-filamento Del Genoma Dell'HIV

Nature Structural & Molecular Biology. May, 2004  |  Pubmed ID: 15098018

HIV-1 eliminati per la encapsidates del gene accessorio vif la deaminasi della citidina cellulare APOBEC3G. All'infezione, incapsidato APOBEC3G induce G--> un mutazioni nelle trascrizioni inversione virale. G--> un risultato di mutazioni sia da C--> deaminazione U del filamento negativo o deaminazione di entrambi filoni seguita da riparazione del filamento plus. Riportiamo qui che si è verificato che deaminazione minus-filo sopra la lunghezza del genoma del virus, preferenzialmente alle sequenze CCCA, con una frequenza graduata in 5'--> 3' direzione. APOBEC3G indotta precedentemente non rilevati C--> T mutazioni 5' U3 e il sito di legame dell'iniettore, entrambi i quali diventano transitoriamente single-stranded durante la trascrizione inversa. In vitro, APOBEC3G legato e deaminati single-stranded DNA (ssDNA) ma non double-stranded DNA (dsDNA) o ibridi DNA-RNA. Proponiamo che il requisito per ssDNA conti per le mutazioni meno-strand, 5'--> 3' classificato con frequenza di deaminazione e la rara C--> mutazioni T.

Collegato Virus Dell'immunodeficienza Umana Di Tipo 1 Droga Resistenza Multipla Mutazioni in Pazienti Con Esperienza Di Trattamento Sono Mancate Da Analisi Del Genotipo Standard

Journal of Clinical Microbiology. Jan, 2005  |  Pubmed ID: 15635002

Per indagare la misura a quale farmaco sono mancate mutazioni di resistenza dai metodi standard di genotipizzazione, abbiamo analizzato i campioni di plasma stesso da 26 pazienti con sospetta multiresistenti virus dell'immunodeficienza umana di tipo 1 utilizzando una tecnica di recente sviluppato single-genome sequencing e paragonato a analisi del genotipo standard. Campioni di plasma sono stati ottenuti da pazienti con precedente esposizione ad almeno due classi di farmaci antiretrovirali e che erano su un fallimento regime antiretrovirale. Genotipi standard sono stati ottenuti dalla trascrittasi inversa (RT)-PCR e sequenziamento del prodotto PCR di massa. Per il sequenziamento del genoma single, cDNA derivato dal plasma che RNA è stato diluito serialmente 1 copia per reazione, e una regione che comprende p6, proteasi e una porzione di RT è stato amplificato e sequenziato. Sequenze da 15 a 46 singolo genoma virale sono stati ottenuti da ciascun campione di plasma. Mutazioni di resistenza di droga identificate dal sequenziamento del genoma single non sono state rilevate da analisi del genotipo standard in 24 dei 26 pazienti studiati. Quasi mai sono state individuate mutazioni presenti in meno del 10% del genoma single standard genotipi (1 di 86). Allo stesso modo, sono state rilevate mutazioni presenti nel 10-35% dei genomi singoli solo il 25% del tempo in genotipi standard. Ad esempio, in un paziente, 10 mutazioni identificate dal sequenziamento del genoma single e conferimento di resistenza agli inibitori delle proteasi (PIs), inibitori della trascrittasi inversa analogico nucleoside e inibitori della trascrittasi inversa di nonnucleoside (NNRTIs) non rilevati dai metodi standard di genotipizzazione. Ciascuna di queste mutazioni era presente nel 5-20% dei 20 genomi analizzato; 15% di genomi in questo esempio contenuto collegate alle mutazioni di PI, nessuno dei quali erano presenti nel genotipo standard. In un altro campione del paziente, il 33% dei genomi conteneva cinque mutazioni di resistenza di NNRTI collegate, nessuno dei quali sono stati rilevati dall'analisi del genotipo standard. Questi risultati illustrano l'inadeguatezza del genotipo standard per la rilevazione di mutazioni di resistenza bassa frequenza droga. Oltre ad avere una maggiore sensibilità, il sequenziamento del genoma single identifica collegate alle mutazioni che conferiscono resistenza ai farmaci ad alto livello. Tale collegamento non può essere rilevato da analisi del genotipo standard.

Selezione E Persistenza Del Non-nucleoside Reverse Transcriptase Inhibitor-resistente in Pazienti Avvio E Arresto Non Nucleosidici Terapia Del HIV-1

AIDS (London, England). Mar, 2006  |  Pubmed ID: 16514300

Comprendere la selezione e il decadimento delle varianti di HIV-1 resistenti ai farmaci è importante per la progettazione di terapia antiretrovirale ottimale.

Cieco, Multicentrico Di Confronto Dei Metodi Per Rilevare Un Farmaco-resistente Mutante Del Virus Dell'immunodeficienza Umana Di Tipo 1 a Bassa Frequenza

Journal of Clinical Microbiology. Jul, 2006  |  Pubmed ID: 16825395

Abbiamo determinato le abilità delle 10 tecnologie per rilevare e quantificare un comune farmaco-resistente mutante del virus dell'immunodeficienza umana di tipo 1 (lisina a asparagina nel codone 103 della trascrittasi inversa) utilizzando un test cieco pannello contenenti miscele di mutante-selvaggio-tipo che vanno da 0,01% a 100% mutante. Due tecnologie, allele-specific reverse transcriptase PCR e un sistema di lievito Ty1HRT, potevano quantificare il mutante fino a 0,1 a 0,4%. Queste tecnologie dovrebbero aiutare a definire l'impatto dei mutanti farmaco-resistenti di bassa frequenza sulla risposta alla terapia antiretrovirale.

Soppressione Della Viremia E L'evoluzione Del Virus Dell'immunodeficienza Umana Tipo 1 Resistenza Ai Farmaci in Un Modello Di Macaco Per Terapia Antiretrovirale

Journal of Virology. Nov, 2007  |  Pubmed ID: 17855539

La terapia antiretrovirale (ART) in virus dell'immunodeficienza umana di tipo 1 (HIV-1)-pazienti infetti non cancella l'infezione e possono selezionare per la resistenza ai farmaci nel tempo. Non solo è resistente ai farmaci HIV-1 una preoccupazione per gli individui infettati in terapia continua, ma è un problema emergente in resource-limited settings dove, negli sforzi per arginare la madre-di-bambino-trasmissione di HIV-1, terapia con inibitori (NNRTI) trascrittasi inversa transitoria nonnucleoside data durante il travaglio può selezionare per resistenza NNRTI in madre e il bambino. Domande di HIV-1 persistenza e farmaco resistenza sono altamente suscettibili di esplorazione all'interno di modelli animali, dove manipolazione terapia è meno vincolato. Abbiamo esaminato un modello di infezione macaco pigtail sensible a reagire alla terapia anti-HIV-1 per studiare lo sviluppo di resistenza. Macachi pigtail sono stati infettati con un virus patogeno simian immunodeficiency codifica HIV-1 reverse transcriptase (RT-SHIV) per esaminare l'impatto della precedente esposizione ad un NNRTI su arte successiva comprende un NNRTI e due inibitori nucleosidici RT. K103N mutazioni che conferiscono resistenza RT rapidamente accumulato in 2/3 degli animali infetti dopo monoterapia NNRTI e ha contribuito al fallimento virologica durante arte in 1/3 animali. Al contrario, arte soppressa efficacemente RT-SHIV in 5/6 animali. Questi dati indicano che la terapia non ottimale facilita la farmacoresistenza di HIV-1 e suggeriscono che questo modello può essere utilizzato per indagare la persistenza virale serbatoi.

Polimorfismo Frequente Presso I Siti Di Farmaco Resistenza in HIV-1 Proteasi E Della Trascrittasi Inversa

AIDS (London, England). Feb, 2008  |  Pubmed ID: 18301062

Fallimento della terapia antiretrovirale può provocare dalla selezione dei preesistenti, farmaco-resistenti varianti HIV-1, ma la frequenza e il tipo di tali varianti non sono state definite.

L'impatto Del Controllo Di Infezione E Uso Antibiotico Di Modellazione Pratiche Sull'incidenza Di Staphylococcus Aureus Meticillino-resistente Acquisite in Ospedale: Un'analisi Di Serie Temporali

The Journal of Antimicrobial Chemotherapy. Sep, 2008  |  Pubmed ID: 18467307

Staphylococcus aureus meticillino-resistente (MRSA) è un agente patogeno nosocomiale principali in tutto il mondo. Una vasta gamma di fattori sono stati suggeriti per influenzare la diffusione di MRSA. L'obiettivo di questo studio era di valutare l'effetto delle pratiche di controllo antimicrobico droga uso e infezione nosocomiale incidenza di MRSA in un ospedale di insegnamento generale 426-letto in Irlanda del Nord.

Confronto Tra L'effetto Di Ciprofloxacina E Tazocin Sull'incidenza Della Meticillino-resistenti Staphylococcus Aureus (MRSA) in Un'unità Di Terapia Intensiva

International Journal of Antimicrobial Agents. Dec, 2008  |  Pubmed ID: 18801646

Staphylococcus aureus meticillino-resistente (MRSA) è un agente molto significativo di infezioni associate all'assistenza sanitaria recalcitranti. Un maggiore rischio di acquisizione di tali infezioni è pensato per essere modulata tramite l'uso di particolari terapie antimicrobiche. L'obiettivo di questa ricerca era di valutare prospetticamente l'impatto della utilizzando ciprofloxacina o Tazocin (Piperacillina + tazobactam) sull'incidenza di MRSA in un'unità di terapia intensiva (ICU). Lo studio cross-over di 1 anno (2 x 6 mesi) è stato effettuato in un ospedale di medie dimensioni (426 letti) insegnamento. Durante il primo periodo di 6 mesi, Ciprofloxacina è stato usato come la terapia antibiotica ad ampio spettro di prima linea di scelta. Durante il periodo di 6 mesi in secondo luogo, Tazocin è stato utilizzato come terapia di prima linea. L'incidenza di MRSA acquisite in ospedale (cioè colonizzati o infetti) e le tariffe del rispetto dei lavoratori sanitari ICU di pratiche igieniche ottimali mano sono state registrate durante lo studio. Lo studio osservato differenze statisticamente significative (P = 0.1) tra i tassi di incidenza MRSA in terapia intensiva durante la ciprofloxacina (letto 4.4/1000 giorni) o Tazocin (letto 11,4/1000 giorni) le braccia dello studio. È interessante notare che, pratiche di igiene delle mani osservando i lavoratori sanitari durante l'intero studio ha mostrato che i lavoratori sanitari aderiscono a queste pratiche 59,2% del tempo durante il braccio di ciprofloxacina e 66.0% durante il braccio di Tazocin. Le tariffe di bassa incidenza all'interno dell'unità ha dimostrato l'importanza del controllo delle infezioni nel limitare la diffusione di MRSA nonostante l'ampio uso di antibiotici in un ambiente ad alto rischio.

Valutazione Dell'efficacia Di Un Regime Di Pulizia Convenzionale Nella Rimozione Di Staphylococcus Aureus Meticillino-resistente Da Superfici Contaminate in Un'unità Di Terapia Intensiva

Infection Control and Hospital Epidemiology : the Official Journal of the Society of Hospital Epidemiologists of America. Mar, 2009  |  Pubmed ID: 19215198

Quasiexperimental Studio Degli Effetti Dell'uso Di Antibiotici, Agenti Gastrici Acido-soppressivi E Le Pratiche Di Controllo Di Infezione Sull'incidenza Di Diarrea Clostridium Difficile-associata Nei Pazienti Ospedalizzati

Antimicrobial Agents and Chemotherapy. May, 2009  |  Pubmed ID: 19289520

L'obiettivo di questo studio era di valutare gli effetti dell'uso di farmaci antimicrobici, gastrico acido-soppressiva agente uso e le pratiche di controllo di infezione sull'incidenza di diarrea di difficile associata del Clostridium (CDAD) in un ospedale di insegnamento generale 426-letto in Irlanda del Nord. Lo studio è stato retrospettiva ed ecologici nel design. Per correlare l'incidenza CDAD con uso di antibiotici, uso gastrico acido-soppressiva agente e le pratiche di controllo di infezione all'interno dell'ospedale per un periodo di 5 anni (febbraio 2002 al marzo 2007) è stato costruito un modello autoregressivo multivariata integrato Mobile Media (analisi di serie temporali). I risultati di questo studio hanno dimostrato che variazioni temporali nell'incidenza CDAD seguirono variazioni temporali nell'uso di cefalosporine di esteso-spettro (media ritardo = 2 mesi; variazione dell'incidenza CDAD = 0.01/100 giorni di letto), cefalosporina ad ampio spettro di utilizzo (media ritardo = 2 mesi; variazione dell'incidenza CDAD = 0.02/100 giorni di letto), fluorochinolone uso (media ritardo = 3 mesi; variazione dell'incidenza CDAD = 0,004/100 giorni di letto), amoxicillina-clavulanico acido uso (media ritardo = 1 mese; variazione dell'incidenza CDAD = 0,002/100 giorni di letto)e usare macrolidi (media di ritardo = 5 mesi; variazione dell'incidenza CDAD = 0,002/100 giorni di letto). Relazioni temporali sono stati anche osservati tra incidenza CDAD e l'uso di antagonisti dei recettori dell'istamina-2 (H2RAs; media ritardo = 1 mese; variazione dell'incidenza CDAD = 0,001/100 giorni di letto). Il modello ha spiegato il 78% della varianza dell'incidenza mensile di CDAD. I risultati di questo studio evidenziano un rapporto temporale tra alcune classi di antibiotici, H2RAs e l'incidenza CDAD. I risultati di questa ricerca possono aiutare gli ospedali a fissare le priorità per limitare l'uso di specifiche classi di antibiotici, basato sull'effetto-dimensioni di ogni classe e il ritardo necessario per osservare un effetto.

Prevalenza Di Colonizzazione Meticillino-resistenti Staphylococcus Aureus Residenti E Personale in Case Di Cura in Irlanda Del Nord

Journal of the American Geriatrics Society. Apr, 2009  |  Pubmed ID: 19392953

Per determinare la prevalenza di e fattori associati, colonizzazione meticillino-resistenti Staphylococcus aureus (MRSA) residenti e personale in case di cura in uno geograficamente definita area amministrazione salute dell'Irlanda del Nord.

Sanitari Di Qualità Di Vita Dopo Lo Scarico Di Unità Di Terapia Intensiva: Un Confronto Tra 2 Regimi Antibiotici Standard

Infection Control and Hospital Epidemiology : the Official Journal of the Society of Hospital Epidemiologists of America. Aug, 2009  |  Pubmed ID: 19591584

Una Valutazione Di Conformità Con Una Politica Di Antibiotica in Reparti Chirurgici Presso Un Ospedale Di Insegnamento Generale in Irlanda Del Nord

Infection Control and Hospital Epidemiology : the Official Journal of the Society of Hospital Epidemiologists of America. Sep, 2009  |  Pubmed ID: 19653821

Antiossidanti E Altri Trattamenti Farmacologici Per L'atassia Di Friedreich

Cochrane Database of Systematic Reviews (Online). 2009  |  Pubmed ID: 19821439

Atassia di Friedreich è una rara ereditaria, autosomica recessiva, malattia neurologica caratterizzata inizialmente da instabilità in piedi e camminare, lentamente progredendo a dipendenza della sedia a rotelle di solito nella tarda adolescenza o venti anni. È associato con eloquio, scoliosi, anomalie pes cavus e del cuore che possono causare morte prematura nel 60-80% delle persone. Non c'è nessun trattamento conosciuto e non facilmente definiti marker clinici o biochimici.

Dinamiche Di Sottopopolazione RT-SHIV Nei Macachi Infettati Durante La Terapia Anti-HIV

Retrovirology. 2009  |  Pubmed ID: 19889213

Per studiare la dinamica delle varianti di HIV-1 RT wild-type e farmaco-resistente, abbiamo sviluppato una metodologia che segue i destini di genomi individuali nel tempo all'interno della quasispecie virale. Sequenze di genoma singolo sono stati ottenuti da 3 macachi pigtail infettati da un virus dell'immunodeficienza delle scimmie ricombinante contenente il RT codifica regione da HIV-1 (RT-SHIV) e trattati con efavirenz short-course in monoterapia post-infection 13 settimane seguita da quotidiana inizio di terapia (ART) antiretrovirale di combinazione a settimana 17. Strumenti bioinformatici furono costruiti ai genomi individuali traccia dall'inizio dell'infezione fino alla fine del trattamento.

Varianti Inibitore-resistenti Di Bassa Frequenza Nonnucleoside Trascrittasi Inversa Contribuiscono Al Fallimento Dei Regimi Contenenti Efavirenz in Pazienti Trattamento Sperimentato

The Journal of Infectious Diseases. Mar, 2010  |  Pubmed ID: 20102272

Il contributo di bassa frequenza farmaco-resistenti al virus dell'immunodeficienza umana tipo 1 (HIV-1) varianti al fallimento di antiretroviral therapy non è ben definita in pazienti con esperienza di trattamento. Abbiamo cercato di rilevare inibitore di nonnucleoside minori della trascrittasi inversa (NNRTI)-varianti resistenti all'avvio del multidrug terapia contenenti efavirenz in pazienti sia NNRTI naive e NNRTI-con esperienza e per determinare la loro associazione con risposta virologica sostenuta.

Comparison of PCR/clonazione Standard a Singolo Genome Sequencing Per L'analisi Delle Popolazioni Di HIV-1

Journal of Virological Methods. Sep, 2010  |  Pubmed ID: 20451557

Per confrontare la PCR standard/clonazione e unico il sequenziamento del genoma (SGS) nella loro capacità di riflettere è stato analizzato il polimorfismo inoculato effettiva delle popolazioni di HIV-1, un totale di 530 HIV-1 pro-pol sequenze ottenute da entrambe le tecniche di sequenziamento da un set di 17 campioni di pazienti naïve ART. Per ogni campione, sequenze 12 e 15, in media, sono state caratterizzate da due tecniche. Utilizzando l'analisi filogenetica, test per panmixia ed entropia e trame Bland-Altman, nessuna differenza nella struttura della popolazione o diversità genetica è stata mostrata in 14 dei 17 soggetti. Prove di campionamento bias dalla presenza di sottoinsiemi di sequenze identiche è stata trovata da uno dei due metodi. Nel complesso, lo studio dimostra che nessuno dei due metodi è stato più polarizzato rispetto a altro e fornire un adeguato numero di modelli di PCR è analizzato, che entrambi i metodi che il sequenziamento di massa acquisisce la diversità della popolazione virale, sono probabile che forniscono una misura simile della diversità della popolazione.

Schemi Di Ricombinazione Di Virus Dell'immunodeficienza Umana Di Tipo 1 Ex Vivo Forniscono La Prova Per Coadaptation Di Siti Distanti, Con Conseguente Purificazione Selezione Per Intersubtype Ricombinanti Durante La Replica

Journal of Virology. Aug, 2010  |  Pubmed ID: 20504919

Ad alta frequenza ricombinazione è un segno distintivo di replicazione dell'HIV-1. Ricombinazione può verificarsi tra due membri del stesso sottotipo o tra virus da due diversi sottotipi, generando intra - o recombinants intersubtype, rispettivamente. Molti intersubtype ricombinanti hanno dimostrati a circolare nella popolazione umana. Ipotizziamo che diversità di sequenza colpisce l'emergere di vitali ricombinanti diminuendo gli eventi di ricombinazione e riducendo la possibilità di replicare i ricombinanti. Per testare la nostra ipotesi, abbiamo confrontato la ricombinazione tra i due virus contenente sottotipo B pol geni (B/B) e tra i virus con geni pol dal sottotipo B o F (F/B). Gli eventi di ricombinazione generati durante un singolo ciclo di infezione senza pressione di selezione sulla funzione del gene pol sono stati analizzati dal sequenziamento del genoma single. Abbiamo trovato quello ricombinazione si è verificato un po' (30% circa) meno frequentemente in B/F rispetto a virus B/B e la distribuzione delle giunzioni di crossover in pol era simile per le due classi di ricombinanti. Abbiamo quindi esaminato l'emergere di ricombinanti in un dosaggio ciclo multiple, così che sono stati selezionati prodotti del gene funzionale pol. Abbiamo trovato che l'emergente ricombinanti B/B avevano modelli complessi, e le giunzioni di crossover sono state distribuite in tutto il gene pol. Al contrario, selezionati ricombinanti B/F avevano limitati schemi di ricombinazione e limitata distribuzione di incrocio del crossover. Questi risultati forniscono la prova per i siti coadapted evoluti in varianti da diversi sottotipi; questi siti possono essere segregati dagli eventi di ricombinazione, provocando la intersubtype appena generato ricombinanti di sottoporsi a selezione purificante. Pertanto, la possibilità di replicare i ricombinanti è la principale barriera per molti di questi virus.

L'effetto Di Intensificazione Di Raltegravir Sul Basso Livello Viremia Residua Nei Pazienti HIV-positivi in Terapia Antiretrovirale: Uno Studio Randomizzato Controllato

PLoS Medicine. 2010  |  Pubmed ID: 20711481

La maggior parte dei pazienti di HIV-1-infected sulla terapia antiretrovirale efficace (ART) con livelli plasmatici di HIV-1 RNA di sotto dei limiti di rilevazione di analisi commerciale hanno viremia residua misurabile con metodi più sensibili. Abbiamo valutato se l'aggiunta di raltegravir abbassato il livello di viremia residua in tali pazienti.

HIV-1 Continua a Replicare E Si Evolvono in Pazienti Con Controllo Naturale Dell'infezione Da HIV

Journal of Virology. Dec, 2010  |  Pubmed ID: 20926564

Chiarire i meccanismi che portano al controllo naturale dell'infezione da HIV-1 è di grande importanza per la progettazione di vaccini e per comprendere la patogenesi virale. Rari individui HIV-1-infected, chiamati controller di HIV-1, hanno livelli plasmatici di HIV-1 RNA di sotto del limite di rilevazione di dosaggi standard clinici (< 50 a 75 copie/ml) senza terapia antiretrovirale. Sebbene diversi studi recenti hanno documentato persistente viremia bassa qualità in HIV-1 controller a un livello non significativamente diverso da quello in individui HIV-1-infected sottoposti ad un trattamento con terapia antiretrovirale di combinazione (cART), non è chiaro se il virus al plasma sono in fase di pieni cicli di replicazione in vivo o se l'infezione di nuove cellule è completamente bloccato da meccanismi immuni ospite. Abbiamo studiato una coorte di 21 controller di HIV-1 con un livello mediano di viremia inferiore a 1 ml/copia, seguiti per una mediana di 11 anni. Meno della metà della coorte trasportato tipi conosciuti di HLA protettivi (B * 57/27). Isolando l'HIV-1 RNA da grandi volumi di plasma, noi amplificate sequenze di genoma single di sia pro-rt ed env longitudinalmente. Questo studio è il primo documento che pro-rt di HIV-1 ed env si evolvono in questo gruppo di pazienti, anche se a prezzi leggermente inferiori in HIV-1 noncontrollers, a HLA-B * 57/27-positivo, come pure di HLA-B * 57/27-negativi, individui. Diversità virale e adattivi eventi associati alla fuga immune sono stati trovati per essere limitato in HIV-1 controller, suggerendo che la replica si verifica a fronte di meno nel complesso immunitario selezione.

Lo Stato Corrente Dei Retrovirus Xenotropico Di Leucemia Murina Virus-correlate Nel Cancro Di Prostata E Sindrome Di Stanchezza Cronica: Raggiungere Per Una Scorecard, Non Un Pad Di Prescrizione

The Journal of Infectious Diseases. Nov, 2010  |  Pubmed ID: 20936981

Diversità Genetica Di Simian Immunodeficiency Virus Codifica HIV-1 Reverse Transcriptase Persiste Nei Macachi Nonostante La Terapia Antiretrovirale

Journal of Virology. Jan, 2011  |  Pubmed ID: 21084490

L'impatto della terapia antiretrovirale (ART) sulla genetica del virus dell'immunodeficienza delle scimmie (SIV) o virus dell'immunodeficienza umana (HIV) popolazioni è stata caratterizzata in modo incompleto. Abbiamo analizzato la variazione genetica di SIV prima, durante e dopo l'arte in un modello di macaco. Sei macachi pigtail sono stati infettati con un virus chimerico SIV/HIV, RT-SHIV(mne), in cui SIV trascrittasi inversa (RT) è stata sostituita da RT di HIV-1. Tre animali ha ricevuto un breve corso di monoterapia efavirenz (EFV) prima combinazione che Art è stato avviato. Tutti i macachi ricevuto 20 settimane di EFV, emtricitabina e tenofovir. Popolazioni di plasma virus sono state analizzate dal sequenziamento del genoma single. La diversità della popolazione è stata misurata dalla differenza media pairwise, e cambiamenti nella genetica virale sono stati valutati da filogenetica e analisi panmixia. Dopo 20 settimane di arte, diversità virale non era diverso da pretherapy diversità virale nonostante più di 10,000-fold declina in viremia, indicando che, all'interno di questa gamma, non esiste alcuna relazione tra diversità e viremia al plasma. In due animali con soppressione del SIV RNA coerente a < 15 copie/ml durante arte, esistevano prove di evoluzione virale. In contrasto, nei quattro macachi con viremias &gt; 15 copie/ml durante la terapia, non c'era divergenza tra pre- e le popolazioni di virus durante-ART. Mutazioni di resistenza di droga emersero in due di questi quattro animali, con conseguente insufficienza virologica sostenuta nell'animale con il più alto livello di viremia pretherapy. Presi insieme, questi risultati indicano che diversità virale non diminuisce con l'arte soppressiva, che replica in corso si verifica con viremias &gt; 15 copie/ml, e che in questo modello il macaco di arte farmacoresistenza probabile che emerge a seguito di soppressione incompleta e droga preesistente mutazioni di resistenza.

Un'indagine Di Prevalenza Del Punto Di Prescrizioni Antibiotiche: Benchmarking E Schemi Di Utilizzo

British Journal of Clinical Pharmacology. Feb, 2011  |  Pubmed ID: 21219412

L'obiettivo dello studio era di valutare attuali modelli di prescrizione di antibiotici e l'impatto di una politica antibiotica ospedale su queste pratiche.

Stima Del Coefficiente Di Selezione Frequenza E Media Ricombinazione Efficace Per HIV Infezione Cronica

Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America. Apr, 2011  |  Pubmed ID: 21436045

Adattamento di HIV a un host nell'infezione cronica è simulato mediante un algoritmo di Monte-Carlo che comprende i fattori evolutivi della mutazione, selezione positiva con forza variabile tra i siti, la deriva genetica casuale, sollevatore e ricombinazione. Confrontando le due misure sensibili di linkage disequilibrium (LD) e il numero di siti diversi, misurati in simulazione di dati del paziente da una tantum campioni del gene pol ottenuti dal sequenziamento del genoma singolo rappresentante nei pazienti non trattati, si stima il tasso di ricombinazione efficace e il coefficiente di selezione medio per essere dell'ordine di 1% del genoma per generazione (10(-5) per base per generazione) e 0,5 %, rispettivamente. Il tasso di adattamento è duplice superiore e quattro volte inferiore a quello previsto in assenza di ricombinazione e nel limite di ricombinazione molto frequenti, rispettivamente. Il livello di LD e il numero di siti diversi osservato in dati spaziano anche tra i valori stimati in simulazione per questi due casi limitanti. Questi risultati dimostrano l'importanza critica della dimensione della popolazione finita, sollevatore e ricombinazione in evoluzione dell'HIV.

Multihospital Focolaio Di Infezione Da Clostridium Difficile Ribotipo 027: Epidemiologia E Analisi Delle Misure Di Controllo

Infection Control and Hospital Epidemiology : the Official Journal of the Society of Hospital Epidemiologists of America. Mar, 2011  |  Pubmed ID: 21460505

Per segnalare un grande scoppio di infezione difficile Clostridium (CDI; Ribotipo 027) tra giugno 2007 e agosto 2008, di descrivere le misure di controllo di infezione e valutare l'impatto di limitare l'uso di fluorochinoloni nel controllare l'epidemia.

Una Valutazione Dell'impatto Di Un Regime Di Singola Dose Di Immunoglobuline Per Via Endovenosa Nel Trattamento Delle Infezioni Di Clostridium Difficile

Infection Control and Hospital Epidemiology : the Official Journal of the Society of Hospital Epidemiologists of America. Jun, 2011  |  Pubmed ID: 21558782

Maggior Parte Delle Cellule T CD4 + Da Sangue Periferico Di Individui HIV-1-infected Contengono Soltanto Una Molecola Di DNA Di HIV

Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America. Jul, 2011  |  Pubmed ID: 21690402

Il numero di provirus di HIV-1 all'interno di singole cellule infette in pazienti affetti da HIV-1, né loro parentela genetica all'interno di singole cellule infette e tra cellule e plasma virus è ben definito. Per risolvere questi problemi, abbiamo sviluppato una tecnica per quantificare e geneticamente caratterizzano l'HIV-1 DNA da singole cellule infette in vivo. L'analisi delle cellule T CD4(+) sangue periferico da nove pazienti ha rivelato che la maggior parte delle cellule infette contenga solo una copia di DNA di HIV-1, che implica un potenziale limitato per ricombinazione nei virus prodotto da queste cellule. La somiglianza genetica tra popolazioni di HIV in cellule T CD4(+) e plasma implica lo scambio continuo tra questi compartimenti precoce e tardi dopo l'infezione.

La Mancata Conferma XMRV/MLV Nel Sangue Dei Pazienti Con Sindrome Da Fatica Cronica: Uno Studio Multi-laboratory

Science (New York, N.Y.). Nov, 2011  |  Pubmed ID: 21940862

Virus della leucemia murina (MLV), tra cui virus xenotropico-MLV-correlati (XMRV), sono stati collegati discutibile per sindrome da stanchezza cronica (CFS). Per esplorare questo problema in modo più approfondito, abbiamo raccolto campioni di sangue da 15 soggetti precedentemente segnalati per essere positivi XMRV MLV-(14 con CFS) e da 15 donatori sani precedentemente determinato a essere negativo per il virus codificato di replicare. Questi campioni sono stati distribuiti in modo cieco a nove laboratori, che ha eseguito i dosaggi progettati per rilevare acido nucleico XMRV/MLV, replicazione del virus e anticorpi. Solo due laboratori segnalate prove di XMRV/MLV; Tuttavia, replicare i risultati dei campioni ha mostrati disaccordo e reattività è stata simile tra i soggetti CFS e controlli negativi. Questi risultati indicano che dosaggi attuali non rilevare reproducibly XMRV/MLV in campioni di sangue e non è garantito che lo screening del donatore di sangue.

L'impatto Dell'uso Di Antibiotici Sul Modello Di Incidenza E Di Resistenza Dei Batteri Produttori Di ESBL in Impostazioni Di Assistenza Sanitarie Primarie E Secondarie

British Journal of Clinical Pharmacology. Dec, 2011  |  Pubmed ID: 22150975

Che cosa è già noto su questo argomento - la comparsa e la diffusione di batteri produttori di beta-lattamasi di spettro esteso (ESBLs) ha importanti implicazioni terapeutiche ed epidemiologiche. -Un obiettivo chiave per la creazione di stewardship antibiotica ospedale è ridurre l'occorrenza di ulteriore resistenza agli antibiotici. -Ulteriore ricerca è necessaria per accumulare le prove che la riduzione dell'uso di antibiotici si tradurrà in una riduzione parallela nella resistenza agli antibiotici che cosa aggiunge questo studio - restrizione fluorochinolone inverte resistenza di ciprofloxacin nelle impostazioni di assistenza sanitarie primarie e secondarie. -Fluorochinolone restrizione ridotta produzione di ESBL batteri tassi di incidenza in entrambe le impostazioni assistenza sanitarie primarie e secondarie - evidenzia il valore delle analisi di serie temporali nella progettazione efficiente stewardship antibiotica. Sfondo: l'obiettivo del presente studio era di studiare la relazione tra uso di antibiotici ospedale, uso di antibiotici di comunità e l'incidenza di beta-lactamase di spettro esteso (ESBL)-producendo i batteri negli ospedali, mentre la valutazione dell'impatto di una politica di restrizione fluorochinolone sui tassi di incidenza di batteri produttori di ESBL. Metodi: lo studio è stato retrospettiva ed ecologici nel design. Un modello autoregressivo multivariata integrato Mobile Media (ARIMA) fu costruito per correlare l'uso di antibiotici ESBLs tassi di incidenza e modelli di resistenza per un periodo di cinque anni (gennaio 2005-dicembre 2009). Risultati: L'analisi ha mostrato che ospedale incidenza di ESBLs aveva un rapporto positivo con l'impiego dei fluorochinoloni in ospedale (coefficiente = 0.174, p = 0.02), amoxicillina-clavulanico acido nella Comunità (coefficiente = 1.03, p = 0,03), e comorbilità punteggi medi per i pazienti ricoverati (coefficiente = 2.15, p = 0,03) con vari ritardi di tempo. La politica di restrizione fluorochinolone è stata implementata con successo con la media uso dei fluorochinoloni (principalmente ciprofloxacina) essere ridotto da 133 a 17 definisce dosi giornaliere (DDD) / 1000 giorni letto (p < 0,001) e da 0,65 a 0.54 DDD/1000 (p = 0,0007) abitanti al giorno, in ospedale e la comunità circostante, rispettivamente. Questa è stata associata con un migliorato ciprofloxacina-suscettibilità in entrambe le impostazioni [ciprofloxacina-suscettibilità di essere migliorato dal 16% al 28% della Comunità (p < 0.001)] e con una riduzione statisticamente significativa nei tassi di incidenza di batteri produttori di ESBL. Discussione: Questo studio supporta il valore di limitare l'uso di determinate classi di antimicrobici per controllare ESBL e dimostrare la fattibilità della retromarcia resistenza modelli post successo restrizione antibiotica. Lo studio evidenzia anche il valore potenziale dell'analisi di serie temporali nella progettazione efficiente stewardship antibiotica.

Replica Ristretta Di Xenotropico Murine Leukemia Virus Virus-correlate Nei Macachi Codino

Journal of Virology. Jan, 2012  |  Pubmed ID: 22238316

Sebbene xenotropico Murine Leukemia Virus-related Virus (XMRV) è stato precedentemente collegato al cancro alla prostata ed encefalomielite mialgica/cronica sindrome di affaticamento, dati recenti indicano che i risultati interpretati come prova dell'infezione umana XMRV riflettono contaminazione in laboratorio, piuttosto che di autentica infezione in vivo. Tuttavia, XMRV è un retrovirus di indefinito potenziale patogeno, in grado di replicarsi nelle cellule umane. Qui, descriviamo analisi completa delle due maschi codino macaques (Macaca nemestrina) infettati sperimentalmente con XMRV. Dopo inoculazione endovenosa con &gt; 10(10) RNA equivalenti copia di XMRV, replicazione virale è stato limitato e temporaneo, piazzandosi al ≤2200 virali RNA (vRNA) copie/ml di plasma e diventare inosservabile da postinfection 4 settimane, anche se virale DNA (vDNA) in PBMC rimasto rilevabile tramite 119 giorni di follow-up. Analogamente, vRNA non era rilevabile in LN di ibridazione in situ (ISH) nonostante vDNA rilevabile. Sequenziamento del cell-associated vDNA rivelato ampio ipermutazione G-a-A, suggestivo di restrizione virale APOBEC-mediata. Coerente con limitata replicazione virale, abbiamo trovato transitorie sovraregolazione di tipo risposte IFN che tornò a baseline di postinfection di 2 settimane, non rilevabili risposte immunitarie di cellulari e limitata o nessuna diffusione di tessuto prostatico. Risposte anticorpali, compresi neutralizzando gli anticorpi, tuttavia, erano rilevabili da postinfection di 2 settimane e mantenuto per tutto lo studio. Entrambi gli animali erano sani per tutta la durata del follow-up. Questi risultati indicano che diffusione e replica XMRV erano limitati nei macachi codino, prevalentemente ipermutazione APOBEC-mediata. Dato che le proteine umane APOBEC limitano l'infezione XMRV in vitro, infezione umana XMRV, se si è verificato, dovrebbe essere caratterizzato da diffusione e similmente limitata replicazione virale.

Nessun Effetto Di Intensificazione Di Raltegravir Sui Marcatori Di Replica Virale Nel Sangue Dei Pazienti HIV-1-Infected Che Ricevono La Terapia Antiretrovirale

Journal of Acquired Immune Deficiency Syndromes (1999). Mar, 2012  |  Pubmed ID: 22083073

SFONDO:: La polemica continua per quanto riguarda l'entità della replicazione virale in corso nei pazienti affetti da HIV-1 sulla terapia antiretrovirale efficace (arte). Aggiunta di un ulteriore potente agente, come raltegravir, all'arte efficace nei pazienti con viremia a basso livello residuo può rivelare se c'è la replica dell'HIV-1 in corso. Metodi:: In precedenza abbiamo segnalato l'esito di uno studio randomizzato controllato con placebo di intensificazione di raltegravir in pazienti sull'arte con HIV-1 RNA < 50 copie per millilitro che ha mostrato alcun effetto sulla viremia residua misurata mediante saggio di sola copia. Riportiamo ora gli effetti di intensificazione di raltegravir in quella prova su altre misure di potenziale di replicazione dell'HIV-1 in corso come segue: 2-LTR HIV-1 cerchi, totale del DNA cellulare di HIV-1 e attivazione delle cellule T. RISULTATI: 50 pazienti testati, 12 (24%) aveva cerchi 2-LTR rilevati al basale. I pazienti che sono stati 2-LTR-positivi erano superiore al plasma HIV-1 RNA e livelli di HIV-1 DNA di individui 2-LTR-negativo. Alla settimana 12 del raltegravir intensificazione, non c'era nessun cambiamento dal basale nei circoli 2-LTR, in totale del DNA di HIV-1 o del rapporto di cerchi 2-LTR a totale del DNA di HIV-1. Non c'era anche nessun cambiamento nei marcatori di attivazione delle cellule T. CONCLUSIONI:: In individui HIV-1-infected sull'arte efficace, non troviamo nessuna evidenza di replicazione virale in corso nel sangue che è insopprimibile di raltegravir intensificazione. I risultati implicano che raltegravir intensificazione da solo non sradicare infezione HIV-1.