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Articles by Samuel M. Peterson in JoVE
JoVE General
遺伝子発現解析のための胚ゼブラフィッシュとcDNA合成からのRNA分離
School of Health Sciences, Purdue University
高品質の単離は、インタクトなRNAは、多くの実験室のプロトコルで必須の工程である。ここで、我々は全体のゼブラフィッシュの胚と遺伝子発現のマイクロアレイ解析を含む様々な実験手順で、後続のアプリケーションのためのcDNA合成からのRNA抽出を示しています。
JoVE General
ゼブラフィッシュオリゴヌクレオチドのマイクロアレイプラットフォームを使用してグローバルな遺伝子発現解析
School of Health Sciences, Purdue University
遺伝子のマイクロアレイはゲノムワイドなレベルでの遺伝子発現プロファイリングの強力なツールです。この技術は、発生生物学や毒物学を含む生物学的な分野の様々なアプリケーションを持っています。このビデオでは、我々は詳細ゼブラフィッシュのための包括的なオリゴヌクレオチドのマイクロアレイプラットフォームを使用してグローバルな遺伝子発現解析用プロトコルを。
Other articles by Samuel M. Peterson on PubMed
ゼブラフィッシュの癌細胞遺伝学
ゼブラシステムは、発癌の研究のための有用なモデルとして確立されている。ゲノムの細胞遺伝学的特性、疾患の進行の我々の理解を深めるために不可欠です。ゼブラフィッシュの染色体核型とそれぞれの特定の染色体のマーカーの基本的な説明を確立するリファレンスゲノムと癌モデルのゲノムの最初の細胞遺伝学的特性を許可した。がん細胞遺伝学の分野では技術に大きく依存しているとして、技術と方法論の各進歩は、発見の対応する波をもたらしました。我々は、特定の染色体領域のDNAコピー数変化の効率的かつ正確に識別を含む細胞遺伝学的異常の詳細な特性評価を可能にするアッセイの解決に大きな改善を目撃した。ここで、我々はこれらの技術は、ゼブラフィッシュのがん疾患モデルを特徴づけるために研究に利用されてきた方法の例と共に、細胞遺伝学の分野で大きな進歩を説明します。最後に、私たちはフィールドの現在の状態を議論する方法と、マイクロアレイ技術、病気の進行を通して、様々な種類の癌で観察されたDNAのコピー数の変化のために高解像度でゲノム全体をスキャンするために実施されています。
グローバルな遺伝子発現解析は、鉛誘発性神経遺伝子変異の動的および発達ステージに依存する濃縮を明らかに
環境中の鉛（Pb）の曝露に関連付けられている微妙な神経学的変化に固有の基本的な遺伝的メカニズムは明確に解明されていない。
ゼブラフィッシュの初期胚の段階で、鉛（Pb）神経発達毒性の基礎となる軸索誘導遺伝子の減少軸索密度と変化した発現プロファイル
これまでの研究では、環境中の鉛（Pb）の露出が減少し、IQ、注意欠陥多動性障害、および減少した読書や学習能力につながる子どもの神経学的な変化をもたらすことが報告されています。しかし、神経形態の特定の変化とこれらの変化の根底にある遺伝的メカニズムはまだ完全に定義されていません。神経学的形態に変化を調査し、発達鉛の神経毒性が部分的に神経細胞の成長と軸索の輸送機能の変化により媒介されるという仮説をテストするには、胚ゼブラフィッシュの脳内の特定の軸索路の変更がで抗アセチル化α-チューブリン染色で観察した36hoursポスト受精（HPF）を介していくつかの開発時間を指しています。加えて、shha、epha4b、netrin1b、netrin2、リアルタイム定量PCR（qPCR）で調べnoiwas含むaxonogenesis関連遺伝子のサブセットの役割。鉛治療は、20、18に減少、軸索密度の結果と、脳と脳内の特定の軸索路のために24hpf。これらの観察は、それぞれ14および16hpfでshhaとepha4bの観察ダウンレギュレーションに対応していた。後の段階（30 36hpf）での鉛暴露した個人に軸索密度は、対照と有意差はなかった。これら二つの発達段階におけるnetrin2の過剰発現は、鉛の神経毒性に特定の軸索密度を調節することで、この遺伝子のための新たな役割を示唆している。軸索密度に有意差は、2つの後の発達段階で観察されなかったが、さらなる研究が初期段階で観測された形態学的変化が持続的な機能的な影響を持っているかどうかを判断するために必要とされている。
コピー数のバリアント型（Variant）の分析を通して明らかにゼブラフィッシュ系統のうち、広範な遺伝的多様性と部分構造
コピー数バリエーション（CNVsの）は、脊椎動物のゲノムの変化の実質的なソースを表しており、多数のヒトの疾患に関連付けられている。それにもかかわらず、ゼブラフィッシュでCNVsの程度は、ヒトの疾患のための重要なモデルでは、依然として不明である。 3一般的に使用される実験室株と1ネイティブの人口を表す80ゼブラフィッシュのゲノムを使用して、我々は6080 CNVの要素を含み、ゼブラフィッシュリファレンスゲノムの14.6％を網羅するゼブラフィッシュのゲノムワイド、高解像度のCNVマップを構築した。コピー数変化のこの量は、ヒトを含む以前に他の脊椎動物で観察された4回です。また、CNVの要素の69％はテュービンゲンで観察最多で、ひずみの特異性を示した。この変化はおそらくテュービンゲンの大創業サイズと複合人口の原点から、部分的に生じた。追加の人口遺伝学的研究はまた、これらの一般的に使用される実験室株の起源と下部構造に重要な洞察を提供した。ゼブラフィッシュ系統間および内でこの大規模な変動が影響を与える表現型の機能に影響を与えることがあると、適切に対処できない場合、この一般的に使用されるモデル生物で生殖系列変化と人口の下部のような大規模なレベルは、潜在的にヒトの疾患への変換を目的とし研究を混乱させることができます。
