SYD-1, Ein Protein Mit PDZ Präsynaptischen, C2 Und RhoGAP-ähnlichen Domänen, Gibt Axon Identität in C. Elegans

Nature Neuroscience. Nov, 2002  |  Pubmed ID: 12379863

Wachstum Und Methanoxidation Raten Der Anaeroben Methanotrophen Archaea in Einem Durchlauf-Bioreaktor

Applied and Environmental Microbiology. Sep, 2003  |  Pubmed ID: 12957936

Identifizierung Von Methyl-Coenzym M Reduktase A (mcrA) Gene, Die Mit Methan Oxidierende Archaeen Assoziiert

Applied and Environmental Microbiology. Sep, 2003  |  Pubmed ID: 12957937

Umwelt Erwerb Von Thiotrophic Endosymbionten Von Tiefsee-Muscheln Der Gattung Bathymodiolus

Applied and Environmental Microbiology. Nov, 2003  |  Pubmed ID: 14602641

Rückwärts Methanogenese: Prüfung Der Hypothese Mit Umwelt-Genomik

Science (New York, N.Y.). Sep, 2004  |  Pubmed ID: 15353801

Histone in Crenarchaea

Journal of Bacteriology. Aug, 2005  |  Pubmed ID: 16030242

Gemeinschaft Genomics Unter Geschichteten Mikrobielle Assemblagen in Den Ozean Interieur

Science (New York, N.Y.). Jan, 2006  |  Pubmed ID: 16439655

Mikrobielles Leben überwiegt im Ozean, doch ist wenig über seine genomischer Variabilität, vor allem entlang der Tiefe bekannt. Wir berichten hier genomische Analysen von Plankton mikrobielle Gemeinschaften in die North Pacific subtropischen Gyre, von der Meeresoberfläche zu tiefen Meeresgrund nahe. Sequenz Variation in mikrobiellen Gemeinschaft Gene sich vertikale Zonierung der taxonomischen Gruppen, funktionale gen Repertoire und metabolische Möglichkeiten wider. Die Verteilung Muster der mikrobielle Gene schlug Tiefe-Variable Gemeinschaft Tendenzen in Kohlenstoff und Energiestoffwechsel, Anlage und Motilität, Gen Mobilität und Host-viralen Interaktionen. Vergleichende genomische Analysen der geschichteten mikrobielle Gemeinschaften haben erhebliche Einblick Gemeinschaftsorganisation höherer Ordnung und Dynamik bieten kann.

Wege Der Kohlenstoff-Assimilation Und Ammoniak-Oxidation Von Genomischen Umweltanalytik Der Marine Crenarchaeota Vorgeschlagen

PLoS Biology. Apr, 2006  |  Pubmed ID: 16533068

Einen reichlichen Bestandteil des ozeanischen Microbiota mit Potenzial erheblich beeinflussen biogeochemische Radfahren in marinen Ökosystemen sind Marine Crenarchaeota. Frühere Studien mit bestimmten Archaea Lipid Biomarker und Isotopen-Analysen zeigten, dass Plankton Crenarchaeota haben die Kapazität für autotrophen Wachstum, und neuere Anbau-Studien eine Ammoniak-basierte Chemolithoautotrophic-Energiestoffwechsel stützen. Wir berichten hier Analyse Fosmid-Sequenzen, die von der Wildpflanze marine Crenarchaeote, Cenarchaeum Symbiosum, konzentrierte sich auf den Wiederaufbau der Kohlenstoff und Energiestoffwechsel abgeleitet. Gene vorhergesagt um mehrere Komponenten eines modifizierten 3-Hydroxypropionate-Zyklus der autotrophen CO2-Assimilation zu codieren, identifizierte, mit Nutzung von Kohlendioxid als eine Kohlenstoffquelle waren. Darüber hinaus wurden Gene codieren einen nahen kompletten oxidativen Tricarboxylic Säure Zyklus voraussichtlich auch, mit den Verbrauch an organischem Kohlenstoff und bei der Herstellung von Zwischenprodukten für Aminosäure und Cofaktor Biosynthese identifiziert. C. Symbiosum hat daher das Potenzial, Funktion, eine strenge Autotrophie, oder als ein Mixotrophie mit Kohlendioxid und organisches Material als Kohlenstoffquellen. Vom Standpunkt des Energiestoffwechsels waren Gene vorhergesagt Ammoniak-Monooxygenase-Untereinheiten, Ammoniak-Permease und Urease Harnstoff-Transporter codiert identifizierte, konsistent mit dem Einsatz von reduzierten Stickstoffverbindungen als Energiequellen Betankung autotrophen Stoffwechsels. Homologen dieser Gene, erholte sich von Meerwasser weltweit, zeigen die Erhaltung und die Allgegenwart von Crenarchaeal Wege für Kohlenstoff-Assimilation und Ammoniak-Oxidation. Diese Erkenntnisse weiter untermauern die wahrscheinlich globale metabolische Bedeutung der Crenarchaeota in Bezug auf wichtige Schritte bei der biogeochemischen Transformation von Kohlenstoff und Stickstoff in marinen Ökosystemen.

Archaea Pre-mRNA Spleißen: Eine Verbindung Mit Hetero-Oligomere Spleißen Endonuklease

Biochemical and Biophysical Research Communications. Aug, 2006  |  Pubmed ID: 16781672

Eukaryotischen Cbf5 ist ein Protein-Untereinheit des kleinen nukleoläres RNA-Protein-Komplexes. Zuvor wurden, in Archaea UCP1 des cbf5 die Crenarchaea Aeropyrum Pernix, Sulfolobus Solfataricus und Sulfolobus Tokodaii, die ersten Beispiele der Introns Archaea Protein-kodierenden Gene. Wir berichten hier, den immunologischen Nachweis von Cbf5 Protein von S. Tokodaii, das Produkt aus der gespleißten mRNA cbf5. Die Hetero-Oligomere Spleißen Endonuklease-Aktivität von rekombinanten S. Tokodaii Untereinheiten zerspaltet die Exon-Intron-Grenzen von cbf5 Pre-mRNA Fragmenten, darauf hindeutet, dass die Synthese von in Cbf5 Protein diese Tätigkeit erfordert. Recherchen und PCR-Bildschirme identifiziert zusätzliche cbf5 Introns in einigen, aber nicht alle Crenarchaeal Genome sequenziert. Die vorhergesagten Sekundärstrukturen der Exon-Intron-Grenzen vieler die neu identifizierten Intron-haltigen cbf5 Pre-mRNAs enthaltenen entspannte Formen der Ardennenoffensive-Helix-Ausbuchtung Motiv ähnlich dem von S. Tokodaii. Diese Beobachtungen sind konsistent mit früheren Berichten, dass Untereinheit Zusammensetzung der Spleißen Endonuklease Substratspezifität beiträgt.

Genomische Analyse Der Wildpflanze Marine Crenarchaeote-Cenarchaeum-Symbiosum

Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America. Nov, 2006  |  Pubmed ID: 17114289

Crenarchaeota sind allgegenwärtig und reichlich mikrobielle Bestandteile der Böden, Sedimenten, Seen und Gewässer des Ozeans. Um die kosmopolitische nonthermophilic Crenarchaeota weiter zu beschreiben, analysierten wir die Genom-Sequenz aus einem Vertreter, der Wildpflanze Schwamm Symbiont Cenarchaeum Symbiosum. C. Symbiosum Genotypen coinhabiting demselben Host in zwei dominierende Populationen, entspricht der oben beschriebenen Varianten a - und b-Typ Ribosomale RNA partitioniert. Obwohl sie syntenic waren, werden hegte überlappende a - und b-Typ Ribotype Genome erhebliche Variabilität. Ein einzelne Fliesen-Pfad bestehend aus der dominanten a-Typ-Genotyp wurde montiert und verwendet, um die genomischen Eigenschaften von C. Symbiosum und seinen Verwandten Plankton zu untersuchen. Von 2.066 ORFs abgestimmt 55,6 % Gene mit vorhergesagten Funktion aus zuvor sequenzierten Genome. Die übrigen Gene zwischen funktionalen RNAs (2,4 %) und Hypotheticals (42 %) mit begrenzten Homologie zu den bekannten funktionale Genen partitioniert. Die zweite Kategorie enthalten einige Gene der Archaea-Schwamm symbiotische Vereinigung wahrscheinlich beteiligt. Umgekehrt 525 C. Symbiosum ORFs waren höchst ähnlich Sequenzen von marine genomische Umweltüberwachung, und sie stellen anscheinend Orthologous gen von freilebenden Plankton Crenarchaeota. Insgesamt C. Symbiosum Genom war bemerkenswert unterscheiden sich von denen der anderen bekannten Archaeen und viele metabolische Kernfunktionen gemeinsam mit seinen freilebenden Plankton Verwandten geteilt.

Photophysics Und Multifunktionalität Von Hypericin-ähnliche Pigmente in Heterotrich Wimpertierchen: Eine Phylogenetische Perspektive

Photochemistry and Photobiology. Sep-Oct, 2007  |  Pubmed ID: 17880503

In diesem Papier wir überprüfen die Literatur und präsentieren einige neuen Daten zu prüfen, das auftreten und die Photophysics von den vielfältigen Hypericin-wie chromophoren in Wimpertierchen, die Photoresponses der Zellen, die verschiedenen Rollen der Pigmente und der Taxa, die untersucht werden könnte, um unser Verständnis für diese Pigmente zu fördern. Hypericin-wie Chromophore sind chemisch und Spektral bisher nur von den Stentorids und Fabrea, Letzteres jetzt gesehen zu Schwester Stentorids im phylogenetischen Baum bekannt. Für drei Hypericin-ähnliche Pigmente die Strukturen sind bekannt, aber diese berücksichtigen wahrscheinlich nicht für alle Farben, die in Stentorids gesehen. Mindestens acht physiologische Gruppen von Stentor gibt es je nach Pigment Farbe und Anwesenheit/Abwesenheit von Zoochlorellae, und einige Arten können gebleicht werden, zu viele Möglichkeiten zum Vergleich von Pigment Chemie und Zelle Verhalten führt. Mehrere verschiedene Antworten zu Licht werden unter den Wimpertierchen, manchmal von der gleichen Zelle ausgestellt; insbesondere sind Zellen mit Algen Symbionten photophilic im Gegensatz zu den gut erforscht Sciaphilous (Schatten-liebenden) Arten. Hypericin-ähnliche Pigmente sind einige bekannten Photophobie Reaktionen beteiligt, aber andere Pigmente (Rhodopsin und Flavins) auch Photoresponses in Wimpertierchen und andere Einzeller beteiligt sind. Die besten gekennzeichnete Rolle der Hypericin-ähnliche Pigmente in Wimpertierchen ist in Photoresponses und sie haben mindestens zweimal eine Rolle als Photorezeptoren entwickelt. Jedoch Hypericin und Hypericin-ähnliche Pigmente in verschiedenen Organismen mehr dienen häufig als Raubtier Verteidigung und die Pigmente sind multifunktional in Wimpertierchen. Eine direkte Rolle für die Pigmente in UV-Schutz ist möglich, aber Beweise sind nicht eindeutig. Neue Beobachtungen werden auf eine Folliculinid aus tiefen Wasser, einschließlich physikalische Charakterisierung seiner Hypericin-wie Pigment und seine phylogenetische Position auf der Grundlage von SSU rRNA-Sequenzen dargestellt. Die Photophysics von Hypericin und Hypericin-wie Pigmenten wird überprüft. Besondere Aufmerksamkeit ist wie ihre Eigenschaften begeistert-Zustand von der Umgebung geändert werden. Dramatische Veränderungen in aufgeregt-Zustand Verhalten werden beobachtet, wie Hypericin aus der homogenen Umgebung organischer Lösungsmittel verschoben wird, die viel stärker strukturierten Umgebung bereitgestellt durch die komplexe, die es bildet mit Proteinen. Unter diese komplexe, ist es sinnvoll, betrachten die Unterschiede zwischen Umgebungen wo Hypericin kommt nicht natürlich vor und wo es ist, vor allem, zum Beispiel in Wimpertierchen. Es ist klar, dass die Interaktion mit einem Protein ändert die Photophysics Hypericin und Verständnis der molekularen Basis dieser Interaktion ist eines der herausragenden Probleme in elucidating die Funktion von Hypericin und Hypericin-wie Chromophore.

Bakterien, Archaea Und Eukaryal Gemeinschaftsstrukturen Im Gesamten Bodenhorizonten Von Waldbeständen Geerntet Und Natürlich Gestört

Environmental Microbiology. Dec, 2009  |  Pubmed ID: 19659501

Störungen verursacht durch die Holzernte kritische langfristige Auswirkungen auf den Wald-Boden-Microbiota und grundlegende Ökosystemdienstleistungen von dieser Gemeinschaften zu ändern. Diese Studie bewertet die Auswirkungen von organischer Substanz entfernen und Bodenverdichtung auf mikrobielle Gemeinschaftsstrukturen in verschiedenen Bodenhorizonten 13 Jahre nach der Holzernte am Standort langfristig Boden Produktivität an Skulow Lake, British Columbia. Ein geernteten Stand wurde mit einem nicht verwalteten Wald Stand verglichen. Ribosomal intergenetischer Abstandhalter Profile von Bakterien, Archaea und Eukarya angegeben deutlich unterschiedliche Gemeinschaftsstrukturen in den oberen drei Bodenhorizonten der zwei Stände mit abnehmender Tiefe unterschieden. Groß angelegte Sequenzierung der ribosomal intergenetischer Abstandshalter Kopplung mit klein-Untereinheit Ribosomale RNA Gene erlaubt taxonomische Identifizierung von größeren mikrobiellen Phylotypen betroffen sind ernten oder unterschiedliche unter Bodenhorizonten. Actinobacteria und Gemmatimonadetes waren die vorherrschenden Phylotypen in den bakteriellen Profilen, mit der relativen Fülle dieser Gruppen, die höchsten in der nicht verwalteten Stand, vor allem in den tieferen Bodenhorizonten. Vorherrschende Eukaryal Phylotypen wurden vor allem bekannte Mykorrhiza und saprotrophen Arten von Basidiomyceten und Ascomycetes zugewiesen. Ernte hatte stärkere Auswirkungen auf einige Ascomycetes aber Basidiomyceten in einem geringeren Ausmaß betroffen. Archaea-profile hatte geringe Vielfalt mit nur wenigen vorherrschenden Crenarchaeal Phylotypen deren Fülle erschien mit Tiefe zu erhöhen. Nachweis dieser Effekte 13 Jahre nach der Ernte deutet auf eine langfristige Änderung der Prozesse von der mikrobiellen Gemeinschaft Konsequenzen für Wald Produktivität vermittelt. Diese Effekte rechtfertigen umfassendere Untersuchungen der Auswirkungen der Ernte über die Struktur des Bodens mikrobielle Waldgesellschaften und funktionellen folgen.

Phylogenetische Vielfalt Des Übergangs Und Anoxischen Zone Bakteriellen Gemeinschaften Innerhalb Einer Anoxischen Nearshore-Becken: Nitinat Lake

Environmental Microbiology. Dec, 2009  |  Pubmed ID: 19735278

Zwei Stationen in Nitinat Lake, ein etwa 200 m Tiefe anoxischen Gezeiten Fjord befragt, wurde Sulfid so nah wie 15 m von der Oberfläche festgestellt. Biologische Charakterisierung, aus kleinen Untereinheit Ribosomale RNA Gensequenzierung, der Chemokline und anaeroben Zone bestimmt offenbart viele Sequenzen mit Bezug zu Schwefel oxidierenden Bakterien, was darauf hindeutet, dass Schwefel Radfahren ist eine dominante Prozess. Gamma und Epsilon-Proteobacteria mit Bezug zu Thiotrophic Symbionten sowie Chlorobium SP., dominiert die Übergangszone. Diese werden voraussichtlich in dunklen und phototrophe CO(2) Fixierung, bzw. eine Rolle spielen. Epsilon-Proteobacteria Phylotype Fülle erhöht mit Tiefe, erholte sich schließlich die 69-97 % aller Folgen, von der anoxischen Zone. Die überwiegende Mehrheit (74 %) von diesen Phylotypen wurden mit einem Roman Acrobacter SP. Gruppe (NITEP5) angeschlossen. Quantifizierung der NITEP5 ergab, dass bis zu 2,8 x 10 Absatz 5 Zellen ml(-1) in der anoxischen Zone vorhanden waren. Überraschend, obwohl Sequenzen verwandt bekannt Sulfat-reduzierenden Bakterien wurden von der Übergangszone, Quantifizierung der Dsr-gen erholt und (35)SO(4)(2-)-Aufnahme-Tests schlagen die Sulfat-Reduktion innerhalb der Wasser-Spalte ist vernachlässigbar. Insgesamt war die Sequenz Vielfalt zwischen verschiedenen vertikalen Zonen hoch, obwohl die räumliche Trennung der Gamma-Proteobakterien, Chlorobi und Epsilon-Proteobacteria nicht gemeldet hat, deutlich zwischen den Jahreszeiten variieren.

Metagenome Von Einer Vielseitigen Chemolithoautotroph Ozeanische Tote Zonen Erweitern

Science (New York, N.Y.). Oct, 2009  |  Pubmed ID: 19900896

Sauerstoff minimale Zonen, auch bekannt als ozeanische "toten Zonen" sind weit verbreitete ozeanographische Features, die derzeit wegen der globalen Erwärmung erweitern. Obwohl indem Leben unwirtlich, unterstützen sie eine kryptische Microbiota, deren metabolischen Aktivitäten Nährstoff und Trace Gas Radfahren innerhalb des globalen Ozeans auswirken. Hier berichten wir über durchgeführte metagenomische Analysen von einem allgegenwärtigen und reichlich aber Wildpflanze Sauerstoff gramnegativer Gill Symbionten von Tiefsee-Muscheln und Muscheln minimale Zone Mikrobe (SUP05) verwandt. Die SUP05 Metagenome birgt ein vielseitiges Repertoire von Genen, die Vermittlung von autotrophen CO2-Assimilation, Schwefel-Oxidation und Nitrat-Atmung, die auf eine Vielzahl von Wasser-Spalte Redox Staaten reagieren. Unsere Analyse bietet eine genomische Grundlage für das Verständnis der ökologischen und biogeochemische Rolle der pelagische SUP05 in Sauerstoff-Mangel ozeanischen Gewässern und seine mögliche Empfindlichkeit gegenüber Umweltveränderungen.

Mikrobielle Gemeinschaft Dynamik in Einem Saisonal Anoxischen Fjord: Saanich Inlet, British Columbia

Environmental Microbiology. Jan, 2010  |  Pubmed ID: 19788414

Konzentration des gelösten Sauerstoffs spielt eine wichtige Rolle bei der Gestaltung biotische Interaktionen und nahrhafte Strömungen innerhalb der marinen Ökosysteme. In den globalen Ozean, Regionen der niedrigen gelöste Sauerstoffkonzentration (Hypoxie) sind eine häufige und expandierenden Funktion der Wassersäule, mit großen Feedback auf Produktivität und Gewächshaus-Gas Radfahren. Zum besseren Verständnis von mikrobiellen Vielfalt zugrunde liegenden biogeochemische Transformationen in Sauerstoff-Mangel ozeanischen Gewässern wir überwacht und quantifizierte Bakterien und Archaea Gemeinschaft Dynamik in aufgelöst Gase und Nährstoffe während eines saisonalen Schichtung und tiefes Wasser Erneuerung Zyklus in Saanich Inlet, British Columbia, ein saisonal anoxischen Fjord. Eine Reihe von mikrobiellen Gruppen partitioniert in Sauerstoff-Mangel Gewässern einschließlich Nitrospina und SAR324 verbunden mit Delta-Proteobakterien, SAR406 und Gamma-Proteobakterien mit Bezug zu Thiotrophic Gill Symbionten von Tiefsee-Muscheln und Muscheln. Mikrobielle Vielfalt innerhalb der Hypoxie Übergangszone verringern drastisch in den Gewässern der anoxischen Becken am höchsten war und zeitlichen Muster der Nische Partitionierung entlang definierten Gradienten von Sauerstoff und Phosphat beobachtet. Diese Ergebnisse einen robusten vergleichenden phylogenetischen Rahmen für herleiten Systeme Stoffwechsel von Stickstoff, Kohlenstoff und Schwefel in Sauerstoff-Mangel ozeanischen Gewässern Radfahren und etablieren Saanich Inlet steuerbar Modellcharakter für die Antwort der mikrobiellen Gemeinschaften an wechselnde Ebenen Wasser Spalte Hypoxie zu studieren.

Molekulare Werkzeuge Zur Untersuchung Anme Aktivitäten Gemeinschaftsstruktur Und Funktion

Methods in Enzymology. 2011  |  Pubmed ID: 21402210

Methan-Produktion und Verbrauch in anaeroben Meeressedimente wird katalysiert durch eine Reihe von reversible Tetrahydromethanopterin (H (4) MPT)-C1-Übertragungsreaktionen verknüpft. Obwohl viele dieser Reaktionen zwischen einem CO2-Ausstoß zusammengesetzte mit Mikroorganismen konserviert sind, bleiben zwei diagnostische Archaea Methan Stoffwechsel. Dazu gehören Reaktionen katalysiert durch N5-Methyltetrahydromethanopterin: Coenzym M Methyltransferase und Methyl-Coenzym M-Reduktase (MCR). Das letztere Enzym ist zentral zur Bildung von C-H-Bond und Spaltung zugrunde liegenden methanogene und umgekehrte methanogene Phänotypen. Hier beschreiben wir eine Reihe von neuartigen Tools zur Erkennung und Quantifizierung von H4MPT gebundene C1-Übertragungsreaktionen von Wildpflanze anaerobe Methan oxidierende Archaeen (Anme-Aktivitäten) vermittelt. Diese Tools beinhalten die Polymerase-Kettenreaktion Zündkapseln gezielt ANME MCR Untereinheit A Untergruppen und Protein-Extraktionsmethoden aus Meeressedimente kompatibel mit hochauflösender Massenspektrometrie für Profilerstellung Gemeinschaftsstruktur und funktionale Dynamik.

Die Kunst Und Design Von Funktionalen Durchgeführte Metagenomische Bildschirmen

Current Opinion in Biotechnology. Jun, 2011  |  Pubmed ID: 21440432

Dieser Artikel beschreibt allgemeine Design-Prinzipien für funktionale Metagenomik. Der Schwerpunkt liegt auf Escherichia coli als Ausdruck Host, obwohl Alternativen Host-Vektor-Systeme in Bezug auf die Optimierung von Gen-Erholung in maßnahmenbezogenen Bildschirme diskutiert werden. Beispiele für DNA Isolierung und Bereicherung Ansätze, Bibliotheksbau und phänotypische Auslesen werden mit besonderem Schwerpunkt auf die Verwendung von Hochdurchsatz-Technologien für die schnelle Isolierung Umwelt Klone Codierung phänotypische Merkmale von Interesse beschrieben.

V-REVCOMP: Automatisierte Hochdurchsatz-Erkennung Umgekehrter Ergänzende 16S RRNA Gensequenzen in Großen Umwelt- Und Taxonomische Datasets

FEMS Microbiology Letters. Jun, 2011  |  Pubmed ID: 21453324

Umgekehrte komplementäre DNA-Sequenzen - Sequenzen, die versehentlich rückwärts mit allen Purine und Pyrimidine umgesetzt gegeben werden - können Sequenzanalyse nachteilig auswirken, wenn nicht berücksichtigt. Wir präsentieren ein Open-Source-, Hochdurchsatz-Software Tool - V-Revcomp (http://www.cmde.science.ubc.ca/mohn/software.html) - zu erkennen und Empfangsantenne umgekehrte ergänzende Einträge im klein-Untereinheit rRNA (16S) Gen aus Sequenzierung Datasets, vor allem aus ökologischen Quellen. Die Software unterstützt Sequenz-Längen von bis auf die kurze Lesevorgänge, die charakteristisch für die Sequenzierung der nächsten Generation-Technologien sind in voller Länge. Wir evaluieren die Zuverlässigkeit der V-Revcomp durch screening alle 406-781-16S Sequenzen hinterlegt 102 der kuratierten SILVA Datenbank freigeben und gezeigt, dass das Tool verfügt über eine Genauigkeit bei der Erkennung von nahezu 100 %. Wir anschließend verwendet V-Revcomp 1 171 646 16S Sequenzen hinterlegt in den International-Nukleotid-Sequenz-Datenbanken zu analysieren und festgestellt, dass etwa 1 % von diesen Benutzern eingereichte Sequenzen hatten einen umgekehrten ergänzen. Darüber hinaus waren ein nicht-triviale Teil der Einträge anders anomale, einschließlich umgekehrte ergänzende Chimären, Sequenzen, die im Zusammenhang mit falschen Taxa, nichtribosomale Gene, Sequenzen von schlechter Qualität oder anderweitig fehlerhafte Sequenzen ohne vernünftige Übereinstimmung mit jeder anderen Eintrag in der Datenbank. So, V-Revcomp ist hoch effizient bei der Aufdeckung und Umorientierung der Rückseite ergänzende 16S Sequenzen fast beliebiger Länge und kann verwendet werden, um verschiedene Sequenz Anomalien zu erkennen.

Mikrobielles Leben in Einer Flüssigen Asphalt-Wüste

Astrobiology. Apr, 2011  |  Pubmed ID: 21480792

Pitch See in Trinidad und Tobago ist ein natürlicher Asphalt-Stausee, genährt von Tonhöhe sickern, eine Form von Erdöl, der meist Asphaltines, aus der ölreichen Region besteht. Während aufwärts sickern, Tonhöhe vermischt mit Schlamm und unter hohem Druck stehendes Gas, und der leichtere Teil verdunstet oder volatilized ist, erzeugt einen flüssigen Asphalt-Rückstand zeichnet sich durch niedrigen Wasseraktivität, widerspenstige Kohlenstoff Substrate und schädliche chemische Verbindungen. Eine aktive mikrobielle Community von Archaeen und Bakterien, viele von ihnen neuen Stämmen (vor allem aus den neuen Tar ARC Gruppen), mit eine Biomasse von bis zu 7 Zellen pro Gramm, insgesamt wurde festgestellt, dass die flüssige Kohlenwasserstoff-Matrix der Pitch Lake bewohnen. Geochemische und Molekulare taxonomischen Ansätzen offenbart, vielfältig, Roman, und tief Verzweigung mikrobielle Übertragungslinien mit dem Potenzial, anaeroben Kohlenwasserstoff Abbauprozesse in verschiedenen Teilen der Asphalt Spalte zu vermitteln. Darüber hinaus fanden wir Marker für reitenden Methan Stoffwechsel und spezifischen Gensequenzen, die fakultative und obligat anaeroben Schwefel - und Nitrit oxidierenden Bakterien angegliedert. Die mikrobielle Vielfalt im Pitch Lake wurde festgestellt, dass im Vergleich zu den Mikrobengemeinschaften analysiert bei anderen kohlenwasserstoffreichen-Umgebungen, die Rancho Le Brea, einer natürlichen Asphalt-Umgebung in Kalifornien, USA, und eine Ölquelle und ein Schlammvulkan in Trinidad und Tobago, unter anderen Seiten enthalten eindeutig sein. Diese Ergebnisse öffnen Sie ein Fenster in die Mikrobielle Ökologie und Biogeochemie widerspenstige Kohlenwasserstoff-Matrizen und die Website als ein terrestrisch analog zur Modellierung des Biotic-Potenzials der Kohlenwasserstoff-Seen, z. B. am größten Saturnmondes Titan einzurichten.