$$\rightleftharpoonup{xx}$$
$$\longleftharp{xx}$$,
$$\longrightharp{xx}$$,
1. إنتاج الفيروسات البطيئة وحصادها وتجميدها
- راجع مسؤول السلامة في مؤسستك قبل البدء في هذا البروتوكول، واتبع إرشادات السلامة الموصى بها.
- اليوم 1. ابدأ بخلايا 293T صحية وسريعة النمو لإنتاج الفيروس. ازرع الخلايا بكثافة 5 x 106
خلية لكل طبق مقاس 10 سم. استخدم وسط 293T خالٍ من المضادات الحيوية (DMEM عالي الجلوكوز مع 10% FBS و 4 mM L-glutamine) لإنتاج الفيروس.
- اليوم 2. في وقت متأخر من بعد الظهر، قم بنقل الجينات (transfect) إلى خلايا 293T كما يلي (الأرقام المذكورة لطبق واحد مقاس 10 سم).
اترك جميع الكواشف لتصل إلى درجة حرارة الغرفة. انقل 375 μl من OptiMEM إلى أنبوب طرد مركزي دقيق، ثم أضف 25 μl
من Fugene HD. لا تسمح لـ Fugene غير المخفف بملامسة سطح الأنبوب.
- في أنبوب طرد مركزي دقيق، اخلط ما يلي:
- 5 μg من بلازميد النقل (Slc7a1، أو ناقل مستهدف، أو ناقل تحكم فلوري)
- 3.75 μg من بلازميد التعبئة (pCMV-dR8.91 أو psPax2)
- 1.25 μg من بلازميد الغلاف (pMD2.G للفيروسات الشاملة pantropic، أو pHCMV-EcoEnv للفيروسات المحدودة ecotropic)
- OptiMEM خالٍ من المصل حتى يصل الحجم إلى 100 μl
- اجمع الأنبوبين معاً واترك الخليط ليتحضن لمدة 20-30 دقيقة في درجة حرارة الغرفة.
- استبدل الوسط في خلايا 293T بـ 10 ml من وسط 293T طازج وخالٍ من المضادات الحيوية. أضف مزيج Fugene/بلازميد
على شكل قطرات إلى الطبق، واتركه ليتحضن طوال الليل عند 37°C و 5% CO2.
- اليوم 3. استبدل الوسط في خلايا 293T بـ 10 ml من وسط 293T طازج وخالٍ من المضادات الحيوية. تعامل بحذر،
لأن خلايا 293T تلتصق بشكل ضعيف ويمكن أن تنفصل إذا تم نقل الأوساط بقوة مفرطة فوق الطبقة الخلوية. اترك الخلايا تتحضن لمدة يومين في حضانة رطبة لإنتاج الفيروس.
- اليوم 5. اجمع الفيروس وقم بترشيحه باستخدام مرشح 0.45 mm منخفض الارتباط بالبروتين. استخدمه فوراً أو قسمه
إلى حصص فردية وجمدة عند -80°C. يجب إعادة تقدير عيار (titer) الفيروسات المجمدة الشاملة (pantropic) والمحدودة (ecotropic) بعد تخزينها لمدة ستة أشهر وشهر واحد، على التوالي.
- قدّر عيار الفيروس كما يلي، باستخدام خلايا قابلة للنقل الجيني (transduction) نسبياً. انقل الفيروس التحكم الفلوري إلى الخلايا طوال الليل باستخدام تخفيفات متسلسلة (مثلاً 1:10، 1:100، 1:1000) في وسط طازج يحتوي على 6 μg/ml من PB. استبدل الوسط بوسط طازج في اليوم التالي. اترك الخلايا لمدة يومين بعد عملية النقل ليبدأ التعبير عن البروتين الفلوري، ثم حدد نسبة الخلايا المنقولة جينياً باستخدام تقنية FACS. احسب العيار بوحدات التحويل (TU) لكل ml، بناءً على التخفيفات التي تعطي < 15% من النقل الجيني لتقليل أحداث النقل المتعددة.
2. ترنسدكشن الخلايا البشرية المستهدفة بمستقبل الفيروس القهقري الفأري Slc7a1
- اختر تعددية عدوى (MOI) = 2 لضمان نقل الجينات إلى معظم الخلايا. وبالنسبة للخلايا المستهدفة المقاومة للنقل مثل HDFs، ستكون هناك حاجة إلى MOI أعلى؛ حيث نقوم بتخفيف supernatant الفيروسي بنسبة 1:2 فقط لتحقيق نقل الجينات إلى غالبية الخلايا.
- قم بنقل الجينات إلى الخلايا المستهدفة طوال الليل باستخدام supernatant فيروسي مخفف في وسط زرع جديد يحتوي على 6 μg/ml PB، مما يزيد من كفاءة النقل عن طريق تعزيز التفاعل الكهروستاتيكي بين الفيروس والخلية المستهدفة.1 ومن الناحية المثالية، يجب استخدام أقل حجم ممكن من الفيروس، مثل 1 ml لطبق بقطر 35 mm، لأن الانتشار يعد عاملاً محدداً لكفاءة نقل الجينات.
- ازرع الخلايا لمدة 48 ساعة على الأقل بعد إزالة الفيروس قبل نقل الجينات إليها باستخدام فيروس ecotropic، وذلك لضمان التعبير الكافي لمستقبل Slc7a1.
- (اختياري) يمكن استخدام blasticidin لاختيار الخلايا التي تم نقل الجينات إليها بشكل مستقر والتي تعبر عن Slc7a1، إذا رغبت في ذلك. يجب إنشاء منحنى قتل blasticidin مسبقاً لتحديد أدنى تركيز فعال، والذي يتراوح عموماً بين 2 – 10 μg/ml، والذي يقتل جميع الخلايا المستهدفة غير المنقولة جينياً في غضون 7 أيام. بعد حوالي يومين من إزالة فيروس Slc7a1، انقل الخلايا المنقولة جينياً إلى وسط يحتوي على blasticidin. ازرع الخلايا في الوسط المحتوي على blasticidin لمدة 7 أيام، وعند هذه النقطة ستعبر جميع الخلايا المتبقية عن مستقبل الفيروس القهقري بشكل مستقر، مما يسمح بنقل الجينات إليها باستخدام فيروس ecotropic وكذلك حفظها للاستخدام المستقبلي كخط خلوي مستقر يعبر عن Slc7a1.
3. معايرة معقد البوليمر لتحديد السمية
- اليوم الأول. يتم توزيع الخلايا بكثافة 5000 cells/well في طبق 96-well plate، مع تخصيص ثلاث آبار مكررة على الأقل لكل مجموعة تجريبية. تُدرج خلايا غير منقولة في وسط غذائي كامل لتوفير قيمة أساسية للخلايا السليمة، بالإضافة إلى عينات تتكون من خلايا في وسط خالٍ من المصل لتحفيز توقف النمو كعينة ضابطة. وبالتوازي مع ذلك، تُوزع الخلايا في تنسيق مناسب (مثل طبق 24-well plate) لإجراء تحليل مجهري أو تحليل قائم على FACS لكفاءة النقل في كل حالة تجريبية.
- اليوم الثاني. يتم نقل الخلايا في الأطباق المجهزة لكل من تحليلي MTT وFACS باستخدام فيروس يشفر GFP، بمعدل MOI قدره 0.5 لنقل ~40% من الخلايا المستهدفة. تُختبر تركيزات متنوعة من CS/PB (على سبيل المثال 50، 100، 200، 400، 600، و 800 mg/ml من كل مكون)، بالإضافة إلى 6 μg/ml من PB، لتحديد الكميات المثلى. يتم تحضير معقدات البوليمر كما هو موضح في الجزء 4 أدناه.
- اليوم الثالث. يُزال الوسط الذي يحتوي على الفيروس ويُستبدل بوسط غذائي جديد. تُعاد الأطباق إلى حاضنة رطبة.
- اليوم الخامس. يتم تحليل طبق FACS لتحديد كفاءة النقل مع كل تركيز من البوليمر.
- اليوم السادس. يُزال الوسط من جميع آبار طبق MTT ويُستبدل بـ 100 μl من محلول MTT (تركيز 1 mg/ml MTT في وسط كامل). تُحضن الخلايا لمدة ثلاث ساعات في حاضنة رطبة للسماح باختزال MTT في ميتوكوندريا الخلايا النشطة أيضياً.
- يُزال محلول MTT ويُستبدل بـ 200 ml من مذيب MTT (تركيز 0.1 N HCl، و 0.1% Igepal CA-630 في isopropanol).
- تُحضن العينات لمدة ساعتين في درجة حرارة الغرفة أو حتى يذوب كل راسب MTT formazan الأرجواني. تُقرأ الامتصاصية باستخدام قارئ الأطباق الدقيقة (microplate reader) عند 570 nm، مع طرح قراءة الخلفية عند 690 nm.
- يتم اختيار تركيز البوليمر الأمثل الذي يحقق أقصى تعزيز للنقل، وفقاً لما حدده FACS، مع أقل تأثير على النشاط الأيضي، وفقاً لما حدده MTT. بالنسبة لخلايا HDFs، اخترنا 100 μg/ml من CS/PB بناءً على البيانات الموضحة في النتائج التمثيلية أدناه.
4. ترانسدكشن إيكوتروبيك باستخدام تعقيد البوليمر
- قم بتحضير محاليل مخزنية مرشحة ومعقمة من PB وكبريتات الكوندرويتين بتركيز 20 mg/ml في الماء. قسم المحاليل إلى أجزاء وقم بتخزينها عند -20°C.
- انقل السائل الطافي الفيروسي باستخدام الماصة إلى أنبوب طرد مركزي دقيق وقم بتخفيفه للوصول إلى التركيز النهائي المطلوب (على سبيل المثال MOI بمقدار 2) باستخدام وسط زراعة جديد. أضف أحجاماً متساوية من PB وكبريتات الكوندرويتين (التركيزات المحددة في الخطوة 3 أعلاه) بالتتابع، مع هز الأنبوب لخلط المكونات بعد كل إضافة. سيصبح الخليط الفيروسي عكراً على الفور نتيجة تكون الرواسب. حضّن الخليط الفيروسي في درجة حرارة الغرفة لمدة 5 دقائق للسماح بتكوين المعقدات.
- أزل الأوساط من الخلايا المستهدفة التي تعبر عن المستقبلات، واستبدلها بالخليط الفيروسي، ثم حضنها طوال الليل عند 37°C و5% CO2. بعد إزالة الخليط الفيروسي، اغسل سطح الخلايا مرتين باستخدام PBS للمساعدة في إزالة المعقدات الفيروسية. لا يشترط الإزالة الكاملة؛ حيث لم نلاحظ أي آثار سلبية على صحة الخلايا نتيجة بقايا المعقدات البوليمرية.
5. التحقق من خصوصية ترنسدكشن الفيروسات الإيكوتروبية
- عند إنتاج الفيروس الإيكوتروبي (ecotropic virus) للمرة الأولى، يُنصح من منظور السلامة التحقق من عدم قدرة الفيروس على نقل الجينات إلى الخلايا البشرية غير المعدلة. قم بنقل الجينات إلى الخلايا البشرية باستخدام الفيروس اللنتيفيروسي الإيكوتروبي بتركيز عالٍ نسبياً (تخفيف السائل الطافي الفيروسي بنسبة 1 إلى 2 مرة فقط في وسط غذائي جديد) طوال الليل مع استخدام 6 μg/ml من PB أو تركيز محسّن من CS/PB.
- قم بإزالة الوسط الذي يحتوي على الفيروس واستبدله بوسط غذائي جديد. بعد تحضين الخلايا لمدة يومين، تحقق من تعبير الجين المنقول عن طريق تقنية FACS باستخدام نواقل فلورية و/أو عن طريق RT-PCR باستخدام بادئات متخصصة بالجين المنقول.
6. النتائج التمثيلية:
يوضح الشكل 1A عملية إنتاج الفيروس البطيء، بينما يوضح الشكل 1B عملية نقل العدوى للخلايا البشرية باستخدام الفيروس البطيء الموجه للحيوانات (ecotropic lentivirus)، بما في ذلك النقل المسبق باستخدام مستقبل الفيروسات القهقرية الفأرية Slc7a1. ولتقدير عيار الفيروس، نستخدم خط خلايا سرطان العضلات المخطط البشري المنقول إليه Slc7a1 بشكل مستقر (Slc-hRMS). وعند استخدام نواقل تحكم فلورية لمراقبة كفاءة نقل العدوى، فإننا نحقق عادةً كفاءة نقل عدوى تزيد عن > 90% في خلايا Slc-hRMS باستخدام الفيروس الموجه للحيوانات، كما هو موضح في الشكلين 2A و2B. وتكون معدلات نقل العدوى في الخلايا الليفية الجلدية البشرية (HDFs) أقل بشكل عام لأن الخلايا لم تخضع لعملية اختيار باستخدام البلاستيسيدين للتعبير عن المستقبل (الشكل 2C). وعادةً ما تكون عيارات الفيروس البطيء الموجه للحيوانات بنسبة 10-20% من الفيروسات الكاذبة من نوع VSV عند قياسها على خلايا Slc-hRMS (الشكل 2D).
تؤدي دورة تجميد وإذابة واحدة إلى خفض عيار الفيروس المداري (ecotropic virus) بنسبة 3 - 16%، وهو ما يعادل فقدان العيار خلال دورة تجميد وإذابة واحدة للفيروس من النوع VSV-pseudotyped (p > 0.05). وعلى عكس التقارير السابقة،2 لم نلحظ أي تأثير إيجابي على عيار الفيروس نتيجة التجميد السريع في الثلج الجاف. بل على العكس، حققنا عيارات أعلى بعد الإذابة لكلا النوعين من الفيروسات الكاذبة (pseudotype) بمجرد وضع أنابيب الفيروس في مجمد بدرجة حرارة -80°C (البيانات غير معروضة).
يتيح مقايسة حيوية MTT الكشف الحساس عن توقف النمو في الخلايا المستهدفة. ولا يؤثر النقل الفيروسي مع تركيزات من CS/PB تصل إلى 800 μg/ml على عملية التمثيل الغذائي في خلايا HDF (الشكل 3A). كما أن التعرض لـ CS/PB بدون الفيروس ليس له تأثير سام على الخلايا (البيانات غير معروضة). ويظهر تحليل FACS لخلايا HDF التي تم نقل الفيروس إليها مع تركيزات مختلفة من CS/PB تعزيزاً في عملية النقل مقارنة بـ PB وحده (الشكل 3B). ويحدث أقصى تعزيز عند تركيز 100 μg/ml من CS/PB (الشكل 3C)، وهو أقل بعدة أضعاف من القيم التي تم الإبلاغ عنها سابقاً.3 وبذلك، من المهم تحسين الظروف لأي نوع محدد من الخلايا المستهدفة.
يعزز التعقيد مع CS/PB العيار الملحوظ بنحو 3 أضعاف في Slc-hRMS (الشكل 4A، p < 0.01). ومن الناحية العملية، يؤدي ذلك إلى تأثير أكبر على كفاءة التنبيغ عند تركيزات الفيروس المنخفضة مقارنة بالتركيزات الأعلى (الشكل 4B)، وهو ما يرجح أن يكون ناتجاً عن الخلايا التي تعرضت لتنبيغ متعدد وتشبع المستقبلات عند تركيزات الفيروس الأعلى.
تعد عملية التنقل الفيروسي باستخدام الفيروسات ذات التصنيف "ecotropic" متخصصة للخلايا التي تعبر عن مستقبل الفيروسات الارتجاعية الفأرية. عند نقل الخلايا البشرية غير المعدلة باستخدام الفيروسات ذات التصنيف "ecotropic"، لم نلاحظ وميضاً يتجاوز الخلفية غير المنقولة، سواء عند استخدام PB أو CS/PB، كما هو موضح في الشكل 5A. مجهرياً، لا تظهر خلايا HDFs أي نقل في غياب المستقبل (الشكل 5B)، بينما يؤدي النقل المسبق للمستقبل إلى ظهور خلايا وميضية (الشكل 5C).

الشكل 1. عرض تخطيطي لـ (A) عملية إنتاج الفيروس و (B) ترصيع الخلايا البشرية بمستقبل الفيروس الارتجاعي الفأري متبوعاً بالفيروس البطيء الإيكوتروبي.

الشكل 2. نقل عالي الكفاءة للفيروسات العدسية ذات الميول البيئية التي تشفر GFP إلى خلايا بشرية. تم نقل مستقبل الفيروسات الارتجاعية الفأرية Slc7a1 إلى الخلايا مسبقاً. (A) خط خلايا ساركوما عضلية بشرية تم اختيارها بواسطة البلاستيسيدين للتعبير عن Slc7a1 (Slc-hRMS)، تم نقلها (باللون الأزرق) أو لم يتم نقلها (باللون الوردي) باستخدام GFP. (B) صورة مجهرية فلورية لخلايا Slc-hRMS المنقولة بفيروسات ذات ميول بيئية (4X). (C) خلايا ليفية جلدية بشرية (HDFs) تم نقلها (باللون الأزرق) أو لم يتم نقلها (باللون الوردي) باستخدام فيروس عدسي GFP ذو ميول بيئية؛ تم نقل Slc7a1 إلى الخلايا قبل يومين من عملية النقل ذات الميول البيئية. (D) عنوان الفيروس العدسي من النوع الكاذب VSV-G والذي يمتلك ميولاً بيئية، مقاساً على خلايا Slc-hRMS.

الشكل 3. تحسين تركيزات كوندرويتين سلفات/بولبرين (CS/PB) في الخلايا الليفية الجلدية البشرية. (A) حيوية الخلايا الليفية الجلدية البشرية (HDFs) المقاسة بواسطة مقايسة MTT بعد ترصيف الجينات في وجود PB فقط أو مع تركيزات متنوعة من CS/PB. (B) تعزيز كفاءة الترصيف في الخلايا الليفية الجلدية البشرية بواسطة تركيزات مختلفة من CS/PB، مقاسة بواسطة تقنية FACS. (C) تقدير كمي لتعزيز الترصيف، حيث يظهر أن أقصى ترصيف يحدث عند 100 μg/ml من CS/PB.

الشكل 4. تأثير 400 μg/ml من CS/PB على نقل Slc-hRMS باستخدام الفيروسات البطيئة (lentivirus) ذات التأثر المحدود (ecotropic). (أ) تعزيز العيار، و (ب) التغير في معدل النقل مقارنةً بـ 6 μg/ml من polybrene وحده.

الشكل 5. غياب التنقيل الإيكوتروبي لخلايا HDFs في حالة عدم وجود مستقبل الفيروس القهقري الفأري Slc7a1. (A) مخطط FACS للخلايا الليفية البشرية BJ، غير المنقولة (باللون الوردي) أو المنقولة (باللون الأزرق) بفيروس GFP lentivirus إيكوتروبي، وفي كلتا الحالتين في غياب المستقبل Slc7a1. الخلايا الليفية البشرية BJ المنقولة بفيروس GFP lentivirus إيكوتروبي، بدون (B) ومع (C) تنقيل مسبق للمستقبل Slc7a1 (4X).