1. إنتاج الفيروس البطيء (Lentivirus) وحصاده وتجميده
- استشر مسؤول السلامة في مؤسستك قبل البدء في هذا البروتوكول، واتبع إرشادات السلامة الموصى بها من قبله.
- اليوم الأول. ابدأ باستخدام خلايا 293T سليمة وسريعة النمو لإنتاج الفيروس. ازرع الخلايا بكثافة 5 × 106
خلية لكل طبق بمساحة 10 سم. استخدم وسط زراعة خلايا 293T خالٍ من المضادات الحيوية (وسط DMEM عالي الجلوكوز مع 10% من مصل جنين العجل البقري FBS و4 ميليمول من L-glutamine) لإنتاج الفيروس.
- اليوم الثاني. في وقت متأخر من فترة بعد الظهيرة، قم بنقل الجينات إلى خلايا 293T على النحو التالي (الأرقام المذكورة مخصصة لطبق واحد بقطر 10 سم).
اترك جميع الكواشف لتصل إلى درجة حرارة الغرفة. باستخدام الماصة، 375 μl وسط OptiMEM في أنبوب طرد مركزي دقيق، ثم أضف 25 μl
Fugene HD. لا تسمح لـ Fugene غير المخفف بملامسة سطح الأنبوب.
- في أنبوب طرد مركزي دقيق، اخلط ما يلي:
- 5 μg بلازميد النقل (Slc7a1، أو ناقل مستهدف، أو ناقل تحكم فلوري)
- 3.75 μg بلازميد التعبئة (pCMV-dR8.91 أو psPax2)
- 1.25 μg بلازميد الغلاف (pMD2.G للأنواع الشاملة، pHCMV-EcoEnv للأنواع المحددة)
- وسط OptiMEM الخالي من المصل لـ 100 μl
- اجمع محتويات الأنبوبين معاً، ثم حضّن الخليط لمدة تتراوح بين 20 إلى 30 دقيقة في درجة حرارة الغرفة.
- قم بتغيير الوسط الغذائي لخلايا 293T إلى 10 مل من وسط 293T الطازج الخالي من المضادات الحيوية. أضف خليط Fugene/الـplasmid إلى الطبق قطرة تلو الأخرى، ثم احضنها طوال الليل عند 37°C، 5% CO22.
- اليوم الثالث. استبدل الوسط الغذائي لخلايا 293T بـ 10 مل من وسط 293T الطازج الخالي من المضادات الحيوية. تعامل برفق، لأن خلايا 293T تلتصق بشكل ضعيف وقد تنفصل إذا تم نقل الوسط بواسطة الماصة بقوة مفرطة فوق الطبقة الأحادية. احضن الخلايا لمدة يومين في حاضنة رطبة لإنتاج الفيروس.
- اليوم 5. يُحصد الفيروس ويُرشح باستخدام مرشح منخفض الارتباط بالبروتين بقطر مسام 0.45 مم. يُستخدم المحلول فوراً أو يُوزع إلى حصص أحادية الاستخدام وتُجمد عند درجة حرارة -80°Cيجب إعادة تعيين عيار الفيروسات الشاملة المدارية (pantropic) والمدارية المحدودة (ecotropic) المجمدة بعد تخزينها لمدة ستة أشهر وشهر واحد، على التوالي.
- قم بتعيين عيار الفيروس على النحو التالي، باستخدام خلايا قابلة للنقل الجيني نسبيًا. انقل الفيروس الضابط الفلوري إلى الخلايا طوال الليل باستخدام تخفيفات متسلسلة (على سبيل المثال: 1:10، 1:100، 1:1000) في وسط غذائي جديد يحتوي على 6 μg/ml يتم تغيير الوسط إلى وسط غذائي جديد في اليوم التالي. تُترك الخلايا لمدة يومين بعد عملية التنصيل لتبدأ في التعبير عن البروتين الفلوري، ثم يتم تحديد نسبة الخلايا التي تم تنصيلها باستخدام قياس التدفق الخلوي (FACS). يُحسب العيار بوحدات التحول (TU) لكل مل، بناءً على التخفيفات التي تعطي < نسبة ترنسدكشن (transduction) تبلغ 15% للحد من حدوث عمليات ترنسدكشن متعددة.
2. نقل مستقبل الفيروس القهقري الفأري Slc7a1 إلى الخلايا البشرية المستهدفة
- اختر تعددية عدوى (MOI) = 2 لضمان نقل الجينات إلى معظم الخلايا. بالنسبة للخلايا المستهدفة المقاومة للنقل، مثل HDFs، ستكون هناك حاجة إلى MOI أعلى؛ حيث نقوم بتخفيف الطافي الفيروسي بنسبة 1:2 فقط لتحقيق نقل الجينات إلى غالبية الخلايا.
- قم بنقل الجينات إلى الخلايا المستهدفة طوال الليل باستخدام الطافي الفيروسي المخفف في وسط زراعة جديد يحتوي على 6 μg/ml من PB، مما يزيد من كفاءة النقل عن طريق تعزيز التفاعل الكهروستاتيكي بين الفيروس والخلية المستهدفة.1 ومن المثالي استخدام أقل حجم ممكن من الفيروس، مثل 1 ml لطبق بقطر 35 mm، لأن الانتشار يعد عاملاً محدداً لكفاءة نقل الجينات.
- قم بزراعة الخلايا لمدة 48 ساعة على الأقل بعد إزالة الفيروس قبل نقل الجينات إليها باستخدام فيروس ecotropic، وذلك لضمان التعبير الكافي عن مستقبل Slc7a1.
- (اختياري) يمكن استخدام blasticidin لاختيار الخلايا المنقولة جينياً بشكل مستقر والتي تعبر عن Slc7a1، إذا رغبت في ذلك. يجب إنشاء منحنى قتل بـ blasticidin مسبقاً لتحديد أدنى تركيز فعال، والذي يتراوح عموماً بين 2 – 10 μg/ml، والذي يقتل جميع الخلايا المستهدفة غير المنقولة جينياً خلال 7 أيام. وبعد حوالي يومين من إزالة فيروس Slc7a1، انقل الخلايا المنقولة جينياً إلى وسط يحتوي على blasticidin. ازرع الخلايا في الوسط المحتوي على blasticidin لمدة 7 أيام، وعند هذه النقطة ستعبر جميع الخلايا المتبقية عن مستقبل الفيروس الارتجاعي بشكل مستقر، وبذلك يمكن نقل الجينات إليها باستخدام فيروس ecotropic، كما يمكن تخزينها للاستخدام المستقبلي كخط خلوي يعبر عن Slc7a1 بشكل مستقر.
3. معايرة معقد البوليمر لتحديد السمية
- اليوم الأول. يتم توزيع الخلايا في طبق 96-well بمعدل 5000 cells/well، مع تخصيص ثلاث آبار مكررة على الأقل لكل مجموعة تجريبية. يتم تضمين خلايا غير محولة في وسط غذائي كامل لتوفير قيمة مرجعية للخلايا السليمة، بالإضافة إلى عينات تتكون من خلايا في وسط خالٍ من المصل لتحفيز توقف النمو كعينة ضابطة. وبالتوازي مع ذلك، يتم توزيع الخلايا في تنسيق مناسب (مثل طبق 24-well) للتحليل المجهري أو التحليل المعتمد على FACS لتقييم كفاءة التحول في كل حالة تجريبية.
- اليوم الثاني. يتم تحويل الخلايا في الأطباق المخصصة لكل من تحليلي MTT وFACS باستخدام فيروس يشفر لـ GFP، عند MOI قدره 0.5 لتحويل ~40% من الخلايا المستهدفة. يتم اختبار تركيزات متنوعة من CS/PB (على سبيل المثال 50، 100، 200، 400، 600، و800 mg/ml من كل مكون)، بالإضافة إلى 6 μg/ml من PB، لتحديد الكميات المثلى. يتم تحضير معقدات البوليمر كما هو موضح في الجزء 4 أدناه.
- اليوم الثالث. يتم إزالة الوسط الذي يحتوي على الفيروس واستبداله بوسط غذائي طازج. تُعاد الأطباق إلى حضانة رطبة.
- اليوم الخامس. يتم تحليل طبق FACS لتحديد كفاءة التحول مع كل تركيز من البوليمر.
- اليوم السادس. يتم إزالة الوسط من جميع آبار طبق MTT واستبداله بـ 100 μl من محلول MTT (تركيز 1 mg/ml MTT في وسط غذائي كامل). تُحضن الخلايا لمدة ثلاث ساعات في حضانة رطبة للسماح باختزال MTT في ميتوكوندريا الخلايا النشطة أيضياً.
- يتم إزالة محلول MTT واستبداله بـ 200 ml من مذيب MTT (تركيز 0.1 N HCl و0.1% Igepal CA-630 في isopropanol).
- تُحضن العينات لمدة ساعتين في درجة حرارة الغرفة أو حتى يذوب كل راسب MTT formazan الأرجواني. تُقرأ قيمة الامتصاصية باستخدام قارئ الأطباق الدقيقة عند 570 nm، مع طرح قراءة الخلفية عند 690 nm.
- يتم اختيار تركيز البوليمر الأمثل الذي يحقق أقصى تعزيز للتحول، وفقاً لما حدده تحليل FACS، مع أدنى تأثير على النشاط الأيضي، وفقاً لما حدده تحليل MTT. بالنسبة لخلايا HDFs، اخترنا تركيز 100 μg/ml من CS/PB بناءً على البيانات الموضحة في النتائج النموذجية أدناه.
4. التنقل الجيني الإيكوتروبي باستخدام تعقيد البوليمر
- قم بتحضير محاليل مركزة من PB وكبريتات الكوندرويتين (chondroitin sulfate) بتركيز 20 mg/ml في الماء، مع ترشيحها لتعقيمها. قسم المحاليل إلى حصص صغيرة واحفظها في درجة حرارة -20°C.
- انقل السائل الطافي الفيروسي باستخدام الماصة إلى أنبوب طرد مركزي دقيق، وخففه للوصول إلى التركيز النهائي المطلوب (على سبيل المثال MOI بمقدار 2) باستخدام وسط زراعة جديد. أضف أحجاماً متساوية من PB وكبريتات الكوندرويتين (بالتراكيز المحددة في الخطوة 3 أعلاه) بالتتابع، مع هز الأنبوب بلطف للمزج بعد كل إضافة. سيصبح الخليط الفيروسي عكراً على الفور نتيجة تكون الرواسب. احضن الخليط الفيروسي في درجة حرارة الغرفة لمدة 5 دقائق للسماح بتكوين المعقدات.
- أزل الأوساط من الخلايا المستهدفة التي تعبر عن المستقبلات، واستبدلها بالخليط الفيروسي، ثم احضنها طوال الليل في درجة حرارة 37°C و 5% CO2. بعد إزالة الخليط الفيروسي، اغسل سطح الخلايا مرتين باستخدام PBS للمساعدة في إزالة المعقدات الفيروسية. ليس من الضروري الإزالة الكاملة؛ حيث لم نلاحظ أي آثار سلبية على صحة الخلايا ناتجة عن بقايا معقدات البوليمر.
5. التحقق من نوعية ترانسدكشن الفيروسات ذات المدى البيئي المحدود (ecotropic transduction)
- عند إنتاج الفيروس الحامل للمستقبلات البيئية (ecotropic virus) لأول مرة، من الحصافة من منظور السلامة التحقق من عدم قدرة الفيروس على نقل الجينات إلى الخلايا البشرية غير المعدلة. قم بنقل الجينات إلى الخلايا البشرية باستخدام الفيروس اللينتي (lentivirus) الحامل للمستقبلات البيئية بتركيز عالٍ نسبيًا (تخفيف لسائل الفيروس الطافي بمقدار 1 إلى 2 مرة فقط في وسط غذائي جديد) طوال الليل مع 6 μg/ml من PB أو تركيز محسّن من CS/PB.
- قم بإزالة الوسط الغذائي المحتوي على الفيروس واستبدله بوسط غذائي جديد. بعد تحضين الخلايا لمدة يومين، تحقق من التعبير عن الجين المنقول عن طريق تقنية FACS باستخدام نواقل فلورية و/أو عن طريق RT-PCR باستخدام بادئات متخصصة للجين المنقول.
6. النتائج التمثيلية:
يوضح الشكل 1A عملية إنتاج الفيروس البطيء (lentivirus)، بينما يوضح الشكل 1B عملية ترنسدكشن (transduction) للخلايا البشرية باستخدام فيروس بطيء إيكوتروبي (ecotropic lentivirus)، بما في ذلك الترنسدكشن المسبق باستخدام مستقبل الفيروس القهقري الفأري Slc7a1. ولتحديد عيار الفيروس (titering)، نستخدم خط خلايا سرطان العضلات المخططة البشري (human rhabdomyosarcoma) الذي تم إجراء ترنسدكشن مستقر له باستخدام Slc7a1 (Slc-hRMS). وعند استخدام ناقلات تحكم فلورية لمراقبة كفاءة الترنسدكشن، فإننا نحقق بشكل روتيني > كفاءة نقل جيني بنسبة 90% لـ Slc-hRMS باستخدام فيروس إيكوتروبي (ecotropic virus)، كما هو موضح في الشكل 2أ و2ب. وتكون معدلات النقل في الخلايا الليفية الجلدية البشرية (HDFs) أقل عمومًا لأن الخلايا لم تخضع للاختيار باستخدام البلاستيسيدين (blasticidin) للتعبير عن المستقبل (الشكل 2ج). وعادةً ما تكون عيارات الفيروسات lentivirus الإيكوتروبية بنسبة 10-20% من الفيروسات ذات النمط الظاهري الكاذب لـ VSV عند قياسها على Slc-hRMS (الشكل 2د).
تؤدي دورة تجميد وإذابة واحدة إلى خفض عيار الفيروس ذي المدى المحدود (ecotropic virus) بنسبة تتراوح بين 3% و16%، وهي نسبة تعادل فقدان العيار خلال دورة تجميد وإذابة واحدة للفيروس الكاذب النمط من فيروس التهاب الفم الحويصلي (VSV-pseudotyped virus). > 0.05). وخلافاً للتقارير السابقة،2 لم نلاحظ أي تأثير إيجابي على عيار الفيروس نتيجة التجميد السريع في الثلج الجاف. بل على العكس، حققنا عيارات أعلى بعد الإذابة لكل من النمطين الكاذبين ببساطة عن طريق وضع أنابيب الفيروس في -80°C المجمّد (البيانات غير معروضة).
يسمح اختبار MTT لقياس الحيوية بالكشف الحساس عن توقف النمو في الخلايا المستهدفة. ولا يؤثر النقل الفيروسي مع تركيزات من CS/PB تصل إلى 800 μg/ml على عملية التمثيل الغذائي في خلايا HDF (الشكل 3A). كما أن التعرض لـ CS/PB بدون الفيروس ليس له تأثير سام على الخلايا (البيانات غير معروضة). ويظهر تحليل FACS لخلايا HDF التي تم نقل الفيروس إليها مع تركيزات مختلفة من CS/PB تعزيزاً لعملية النقل مقارنة بـ PB وحده (الشكل 3B). ويحدث أقصى تعزيز عند تركيز 100 μg/ml من CS/PB (الشكل 3C)، وهو أقل بعدة أضعاف من القيم المبلغ عنها سابقاً.3 وبناءً على ذلك، فمن المهم تحسين الظروف لأي نوع محدد من الخلايا المستهدفة.
يؤدي التعقيد مع CS/PB إلى تعزيز العيار الملحوظ بنحو 3 أضعاف في Slc-hRMS (الشكل 4A، p < 0.01). ومن الناحية العملية، ينتج عن ذلك تأثير أكبر على كفاءة التنبيغ عند تركيزات الفيروس المنخفضة مقارنة بالتركيزات الأعلى (الشكل 4B)، وهو ما يرجع على الأرجح إلى الخلايا التي خضعت لتنبيغ متعدد وتشبع المستقبلات عند تركيزات الفيروس الأعلى.
تعتبر عملية التنقيل باستخدام الفيروس إيكوتروبيكي (ecotropic virus) متخصصة للخلايا التي تعبر عن مستقبل الفيروس القهقري الفأري. عند تنقيل خلايا بشرية غير معدلة باستخدام الفيروس إيكوتروبيكي، لم نلاحظ وجود فلورة أعلى من الخلفية غير المنقولة، سواء عند استخدام PB أو CS/PB، كما هو موضح في الشكل 5A. وبفحصها مجهرياً، لا تظهر خلايا HDFs أي تنقيل في حالة غياب المستقبل (الشكل 5B)، بينما يؤدي التنقيل المسبق بالمستقبل إلى ظهور خلايا فلورية (الشكل 5C).

الشكل 1. عرض تخطيطي لـ (أ) عملية إنتاج الفيروس، و (ب) ترنسدكشن الخلايا البشرية بمستقبل الفيروس الارتجاعي الفأري يليه الفيروس البطيء الإيكوتروبي.

الشكل 2. نقل عالي الكفاءة لـ GFP إلى الخلايا البشرية باستخدام فيروس لينتي فيروسي إيكوتروبي (ecotropic). تم نقل مستقبل الفيروس الارتجاعي الفأري Slc7a1 إلى الخلايا مسبقاً. (A) خط خلايا ساركوما عضلية بشرية (rhabdomyosarcoma) تم اختياره بواسطة البلاستيسيدين لـ Slc7a1 (Slc-hRMS)، منقولة (باللون الأزرق) أو غير منقولة (باللون الوردي) بـ GFP. (B) صورة مجهرية فلورية لخلايا Slc-hRMS المنقولة بالفيروس الإيكوتروبي (4X). (C) خلايا HDFs منقولة (باللون الأزرق) وغير منقولة (باللون الوردي) بـ لينتي فيروس إيكوتروبي GFP؛ تم نقل Slc7a1 إلى الخلايا قبل يومين من النقل الإيكوتروبي. (D) عيار الفيروس اللينتي فيروسي الكاذب VSV-G والفيروس الإيكوتروبي، مقاساً على خلايا Slc-hRMS.

الشكل 3. تحسين تركيزات كوندرويتين سلفات/بوليبرين (CS/PB) في الخلايا الليفية الجلدية البشرية. (A) حيوية خلايا HDFs المقاسة بواسطة مقايسة MTT بعد عملية التنبيغ في وجود PB فقط أو مع تركيزات متفاوتة من CS/PB. (B) تعزيز كفاءة التنبيغ في خلايا HDFs باستخدام تركيزات مختلفة من CS/PB، مقاسة بواسطة FACS. (C) قياس كمي لتعزيز التنبيغ، مما يوضح أن أقصى تنبيغ يحدث عند تركيز 100 μg/ml من CS/PB.

الشكل 4. تأثير 400 μg/ml من CS/PB على نقل Slc-hRMS باستخدام فيروس lentivirus ecotropic. (A) تعزيز العيار، و (B) التغير في معدل النقل مقارنة بـ 6 μg/ml من polybrene وحده.

الشكل 5. غياب التنقل الفيروسي الموجه للمستقبلات البيئية (ecotropic) في الخلايا الليفية البشرية الجلدية (HDFs) عند غياب مستقبل الفيروسات القهقرية الفأرية Slc7a1. (A) مخطط FACS للخلايا الليفية البشرية BJ، غير المنقولة (باللون الوردي) أو المنقولة (باللون الأزرق) باستخدام فيروس لينتي GFP الموجه للمستقبلات البيئية، وفي كلتا الحالتين في غياب المستقبل Slc7a1. الخلايا الليفية البشرية BJ المنقولة بفيروس لينتي GFP الموجه للمستقبلات البيئية، بدون (B) ومع (C) نقل مسبق للمستقبل Slc7a1 (4X).