مقالة منهجية

تمتد سلاسل قصيرة من الحمض النووي مع ثابت القوة المحورية الملقط البصري

DOI:

10.3791/3405

⸱

أكتوبر 13, 2011

 ,  , 
1LSA Biophysics, University of Michigan , 2LSA Biophysics, Department of Physics, University of Michigan

في هذه المقالة

ملخص

$$\rightleftharpoonup{xx}$$ $$\longleftharp{xx}$$, $$\longrightharp{xx}$$,

نحن توضيح استخدام القوة البصرية ملاقط ثابتة المحوري لاستكشاف الخواص الميكانيكية للجزيئات DNA قصيرة. بواسطة DNA تمتد محوريا، ونحن تقليل العوائق الفراغية والتحف التي تنشأ في التلاعب الجانبية التقليدية، مما يسمح لنا لدراسة جزيئات DNA قصيرة قدر نانومتر 100 ~.

الملخص

$$\rightleftharpoonup{xx}$$ $$\longleftharp{xx}$$, $$\longrightharp{xx}$$,

واحدة جزيء DNA تقنيات لتمتد أطوال محيط أقل من كيلو قاعدة محفوفة الصعوبات التجريبية. ومع ذلك، العديد من الأحداث البيولوجية مثيرة للاهتمام مثل هيستون والبروتين ملزمة بوساطة حلقات من DNA 1،2، تحدث على هذا النطاق طول. في السنوات الأخيرة، وقد تبين الخواص الميكانيكية للDNA للعب دورا هاما في العمليات الخلوية الأساسية مثل التعبئة والتغليف من الحمض النووي في Nucleosomes للألياف الكروماتين المدمجة و3،4. بوضوح، ومن ثم من المهم أن نفهم الخواص الميكانيكية للمسافات قصيرة من الحمض النووي. في هذه الورقة، ونحن نقدم دليل عملي لتقنية واحدة جزيء البصرية نتف الريش التي قمنا بتطويرها لدراسة السلوك الميكانيكي للDNA مع أطوال قصيرة قدر كفاف لbasepairs بضع مئات.

العقبة الرئيسية في قطاعات تمتد قصيرة من الحمض النووي هو التي تم تصميمها بشكل عام ملاقط البصرية التقليدية لاستخدام القوة في directioن الجانبي إلى المرحلة 5،6، (انظر الشكل 1). في هذه الهندسة، والزاوية بين حبة وساترة، والتي يتم ربط الحمض النووي، ويصبح حاد جدا لطول DNA submicron. ويجب الآن أن الموقف المحوري تمثل، والذي يمكن أن يشكل تحديا، ومنذ التمديد للالمكروية تستمر أقرب إلى ساترة، وتعزيز الآثار الفراغية. وعلاوة على ذلك، نتيجة لعدم التكافؤ في المجهرية، وتمديد الجانبي توليد مستويات مختلفة من عزم الدوران بسبب دوران الكرة المكروية في فخ البصرية منذ اتجاه التغييرات قوة رد الفعل خلال فترة التمديد.

طرق بديلة لتشغيل DNA submicron تمتد حتى ضد حواجز فريدة خاصة بهم. على سبيل المثال، يقتصر فخ مزدوج الحزمة الضوئية لتمتد من DNA حول الطول الموجي، والذي آثار التدخل نقطة بين اثنين والفخاخ من تشتت الضوء بين المجهرية تبدأ تشكل مشكلة كبيرة. استبدال واحدة من الفخاخومع micropipette على الأرجح تعاني من تحديات مماثلة. في حين يمكن للمرء أن استخدام مباشرة المحتملة المحوري لتمتد DNA سوف تكون هناك حاجة إلى وجود مخطط التقييم بالموقع لتطبيق قوة ثابتة وعرض النطاق الترددي لهذا ستكون محدودة للغاية، وخاصة في القوات منخفضة.

نحن الالتفاف على هذه المشاكل الأساسية عن طريق سحب مباشرة DNA بعيدا عن ساترة باستخدام قوة ثابتة المحوري البصرية ملاقط 7،8. ويتحقق ذلك من خلال محاصرة حبة في منطقة خطية من الإمكانات البصرية، حيث القوة البصرية يمكن ضبطها ثابت قوة التي من خلال تعديل قوة الليزر. محاصرة داخل المنطقة الخطية أيضا بمثابة المشبك القوة البصرية على جميع DNA الذي يمتد لقرابة 350 نيوتن متر في الاتجاه المحوري. نحن في وقت واحد لتعويض الانجراف الحرارية والميكانيكية عن طريق ضبط دقة موقف المرحلة بحيث المكروية إشارة إلى تمسك ساترة لا يزال في نفس الموقف والتركيز، وهوالنماذج التالية لفترة غير محدودة تقريبا المراقبة.

البروتوكول

$$\rightleftharpoonup{xx}$$ $$\longleftharp{xx}$$, $$\longrightharp{xx}$$,

1. ملاقط الإعداد

  1. يتم تقسيم شعاع من ليزر 1064 نانومتر إلى شعاعين الاستقطاب orthogonally. ويستخدم واحد لمعالجة جزيء حيوي بينما يستخدم الآخر لأغراض المعايرة (انظر الشكل 2).
  2. يتم التحكم في شدة شعاع تلاعب من قبل منحرف صوتية البصرية (AOD)، في حين يتم التحكم بشكل مستقل الموقف وتركيز كل شعاع من شعاع توجيه المرايا والتلسكوبات البصرية، على التوالي.
  3. ومعاد ثم الحزم مع آخر شعاع الاستقطاب والتقسيم مشروطة بمزيد من مجموعة نهائية من البصريات تصغير أملا قليلا الفتحة الخلفي من الهدف المجهر. A يفيض 50٪ للمعايرة شعاع يؤدي إلى فخ بصري ضيق، في حين أن عامل أصغر قليلا لشعاع تلاعب، ما يقرب من 20٪، ويعطي عمقا التركيز الذي يترجم إلى المنطقة أكبر عملية لإمكانية الخطية. وتركز أشعة بإحكام من قبل الكائنات PlanApo النفط 60x/1.4 المجهر الغمرECTIVE على عينة الخلية.
  4. يتم الجمع بين هذا الإعداد مع ملاقط brightfield المجهر بني المنزل التي توفر الإضاءة من مصابيح الهالوجين ركزت على حجرة العينة من قبل المكثف. يتم فصل الصورة brightfield من ضوء الليزر بواسطة مرآة مزدوج اللون وتصويرها على كاميرات CCD ثم اثنين. احد اعمال CCD كوسيلة لدينا الرئيسي للحصول على البيانات وتشغيلها هو برنامج لانتاج معدلات أخذ العينات دقيقة، في حين يتم استخدام CCD صورة أخرى لمرجع واحد المكروية التي تمسك الموقف بمثابة نظام التغذية المرتدة لمراقبة للتعويض عن الانجراف في المجهر.
  5. يتم وضع العينة بخشونة فيما يتعلق الهدف من مرحلة XY، ويمكن بعد ذلك وضع على وجه التحديد من قبل ثلاثي الأبعاد جزءا لا يتجزأ من مرحلة بيزو.
  6. يتم جمع ضوء الليزر إلى الأمام المتناثرة والتي أحالها المكثف brightfield وتركز في الصعود إلى photodetector. يتم تصفية الإشارة الناتجة من خلال عامل تصفية تنعيم عند 100 كيلو هرتز، وتضخيمcquired في 200 كيلو هرتز باستخدام بطاقة دق.

2. معايرة الحجم الظاهري للحبة لموقف المحورية

  1. تحميل حجرة العينة 9 مع تفريق حل قطرها 800 نانومتر المجهرية البوليسترين مخففة في الفوسفات مخزنة المالحة. اسمحوا الجلوس لمدة 10-15 دقيقة ثم مسح برفق مع العازلة لإزالة الزائدة المجهرية.
  2. تحديد موقع المكروية تمسك بشكل عشوائي إلى ساترة وضبط ارتفاع حجرة العينة حتى المكروية حوالي 1 ميكرومتر أدناه التركيز على توليد صورة امتبائر.
  3. لقياس حجم ما يبدو من الصورة، والعثور على أول مركز المكروية باستخدام نمط هندسي مطابقة ظيفة في ابفيف.
  4. المقبل، إنشاء ملف تعريف كثافة شعاعي للالمكروية عن طريق حساب متوسط ​​360 درجة حول مركز كل مقطع عرضي. يمكن تركيبها في الملف شعاعي، والتي تتطابق مع حلقة بيضاء في كل من الصور brightfield، مع وظيفة من الدرجة الثانية للعثور علىذروة السطوع. ويمكن استخدام هذه المسافة بين الذروة ومركز كمقياس لحجم الظاهرة للحبة.
  5. باستخدام piezostage معايرة، وزيادة تدريجيا موقف محوري من المكروية والحصول على صورة في كل موقف محوري مع الكاميرا CCD.
  6. تكرار تحليل الصور لكل صورة متتالية لربط حجم الظاهرة للالمكروية مع موقعها المحوري (انظر الشكل 3). القرار المحوري حصلت عليها الأسلوب هو حوالي 1.4 نانومتر 7.

3. رسم خرائط المحتملة البصرية من الحزم التلاعب

  1. تبدأ عن طريق مواءمة collinearly شعاع شعاع تلاعب والمعايرة. شعاع المعايرة يجب أن يكون حوالي 50 ميجاوات في الفتحة الخلفي من الهدف في حين أن شعاع تلاعب ينبغي أن يكون أضعف بكثير، ويقول 10 ميغاواط.
  2. مع شعاع التلاعب مغلقا، وحصر المكروية الحرة داخل مصيدة أشد بكثير من الحزم المعايرة.
  3. الآن، تشغيل مانيpulation شعاع. منذ شعاع التلاعب أضعف بكثير من شعاع المعايرة، فإن الموقف المحوري للالمكروية يكون مضطرب قليلا. ويمكن قياس التغيير مما أدى إلى موقف محوري من الصور brightfield امتبائر بالفعل كما هو موضح.
  4. إيقاف شعاع التلاعب ومع المكروية الذين لا يزالون محاصرين في شعاع المعايرة، تحويل التركيز المحوري لشعاع المعايرة عن طريق ضبط عدسة تلسكوبية. بدوره على شعاع التلاعب، وقياس الإزاحة لاحقة من المكروية وتكرار.
  5. يمكن رسم ΔX التشريد ضد الموقف المحوري للتركيز شعاع المعايرة. الموقف المحوري المقابلة لتهجير أكبر المكروية يحدد مركز المنطقة خطية من فخ الضوئية (انظر الشكل 4).
  6. الخطوة الأخيرة في الحصول على القوة البصرية من الحزم التلاعب بوصفها وظيفة للموقف المحوري يتطلب قياس دقيق للصلابة منشعاع المعايرة. للحصول على هذا، نقل المكروية، محاصرين من قبل شعاع المعايرة، إلى نحو ميكرومتر فوق سطح العدسة من خلال تعديل تلسكوبية أثناء إغلاق شعاع من التلاعب.
  7. تسجيل الحركة الحرارية المحورية للالمكروية عن طريق قياس شدة الضوء المرسل مع photodetector.
  8. يمكن تركيبها على الارتباط الذاتي للإشارة إلى وظيفة واحدة تسوس الأسي لإتاحة الوقت للتقلبات المستمرة. τ Z
  9. يمكن تصحيح معامل الاحتكاك الهيدروديناميكية ζ، من المكروية لقربها المجهرية إلى 5،10 السطح. ثم يتم إعطاء صلابة من فخ المعايرة بواسطة (A المواد التكميلية رؤية وB) = Z ζ / τ κ Z.
  10. معرفة صلابة من فخ المعايرة يسمح احد لتحويل التشريد قياس سابقا المحوري في ƒ القوة Z = Z κ التكامل ΔX من ثيق منحنى غلة تعيين المكاني للإمكانات البصرية المحورية من الحزم التلاعب (انظر الشكل 4).

4. تمتد على عينة من الحمض النووي

  1. تحميل تحتوي على جزيئات غرفة 9 سطح DNA المربوطة (<1 KBP) و، مع مراعاة الصورة brightfield، ضع تركيز شعاع التلاعب قليلا فوق المجهرية غير المتمدد عن طريق ضبط التلسكوب. ثم ضبط الموقف من مرحلة حتى يتم المحاصرين واحدة من المجهرية.
  2. موقف تقريبا المكروية في وسط الطائرة XY من فخ البصرية. توليد سلسلة من موجات مربع في ابفيف وإرسالها إلى AOD متكررة لتحويل شعاع الليزر وخارجها. التحكم بعناية شدة الليزر ومدة الولاية يوم لمنع التدفئة للغرفة العينة. عادة، استخدم حوالي 2 ميغاواط من الطاقة ليزر (قياس فتحة في الجزء الخلفي من الهدف) وإرسال نبضات من 200 مللي ثانية (على) و 500 مللي (إيقاف). اتساع ث مربعيجب افي إرسالها إلى AOD يكون نحو 0.5 V.
  3. مشاهدة المكروية كما يتم تشغيل بشكل متكرر في فخ وخارجها، وملاحظة إذا كان ليزر يدفع أي اتجاه تفضيلية لتحريك الكرة المكروية في. حين تعديل تكرارا موقف المكروية في كل من X والاتجاه Y، من خلال التحكم في piezostage، ينبغي أن الحركة العشوائية للالمكروية تصبح موحد الخواص في الطائرة XY، على الرغم من تقييد ملحوظ عندما ليزر على.
  4. المقبل، محاذاة حبة في الاتجاه Z. نبض مرة أخرى شعاع الليزر وإيقاف الوقت، هذا الوقت، وقياس الإزاحة المحورية في نفس الوقت المجهرية في الوقت الحقيقي. مركز المرحلة في المنطقة الخطية، التي هي النقطة التي تشريد Z هو أعظم.
  5. بعد محاذاة دقيق في الاتجاه Z، لا بد من التحقق من أن يتركز في فخ لا تزال في الطائرة XY. إذا محاذاة XY قد تغير، يجب تكرار كل من XY Z والمواءمة حتى يتم توسيط المكروية بشكل صحيح على طول كل ثلاثةمحاور.
  6. لتمتد DNA، المنحدر من شدة الليزر عن طريق إرسال إشارة إلى الجهد AOD، من 0 إلى 0.5 V V في الخطوات من 0،025 V. في كل خطوة، وسجل 400 في 100 إطارا في الثانية إطارات ومتوسط ​​لهم للحصول على الإزاحة المحورية.
  7. ويمكن الآن تمديد منحنيات القوة يمكن رسم ونموذج يصلح لتعديل WLC 11 (انظر المواد التكميلية B).

5. ممثل النتائج:

نقدم منحنيات التمديد للقوة تسلسل الحمض النووي الثاني: BP 1298 وتسلسل BP 247، وهذا الأخير هو أقصر تسلسل استطعنا أن تمتد بتكاثر. لفترات قصيرة من الحمض النووي، ودودة التقليدية على غرار سلسلة (WLC) النموذج لا يفسر تماما العلاقة تمديد قوة لأنه في هذه المقاييس يجب على المرء أن طول تشكل محدود الحجم والآثار صفر تمديد قوة الناشئ عن القيود الحدودية. القياسات تمديد القوة، لذلك، يجب أن يكون لائقا باستخدام نموذج WLC المحور الذي يحتوي على effectiهاء طول استمرار وامتداد القوة صفر كمعلمات مناسبا، كذلك ورد في المواد التكميلية. كفاف لفترات كبيرة من dsDNA، وطول استمرار فعالية هو ببساطة استمرار طول الاسمية (~ 50 نانومتر)، وتوسيع قوة الصفر يمكن إهمالها. لكن، وكما طول محيط يصبح أقصر من طول استمرار انخفاض فعالية أقل بكثير من 50 نانومتر والحمض النووي، وحتى في ظل قوة الصفر، ويظهر على تمديد مهمة.

وتظهر البيانات ويناسب المقابلة من منحنيات التمديد القوة في الشكل. (5) لمتواليات اثنين. من WLC تعديل تناسبها، فقد قررنا أطوال فعالة لاستمرار منها 35 نانومتر لDNA بي بي 1298 و 25 نانومتر لDNA BP 247. لأغراض التوضيح، نحن نقدم واحدة من التدابير تمديد منحنيات القوة لكل سلسة. في الممارسة العملية، فإن المرء تكرار القياسات عدة مرات والحصول على نتائج متوسط ​​جنبا إلى جنب مع الأخطاء المعيارية. يجب أن يلاحظ أيضا ثار بعد الحصول على كل منحنى لا بد من التأكد من أن يبقى محاصرا المكروية وضعه بشكل صحيح داخل المنطقة الخطية، وإلا يجب إعادة ترتيب المكروية كما هو موضح سابقا في البروتوكول.

figure-protocol-1
الشكل 1 مبدأ ملاقط بصرية المحوري. (يسار) التقليدية فخ ملاقط بصرية بالقرب من التركيز. ثم يتم نقل حبة الجانبي إلى ساترة لممارسة التوتر. (الحق) في ملاقط بصرية المحوري، هو المحاصرين في المكروية بعيدا عن التركيز، في المنطقة الخطية من إمكانيات البصرية. في هذا التكوين، الذي عقد تحت البوليمر توتر دائم لمجموعة من الملحقات. وعلاوة على ذلك، وزيادة كثافة الليزر يحرك المكروية في الاتجاه المحوري.

figure-protocol-2
التمثيل التخطيطي الرقم 2 منوانقسم الى اثنين من الحزم تمر الخائن شعاع الاستقطاب (PBS): ملاقط بصرية المحوري ضوء الليزر (ايفو 4 1064nm بدون تاريخ). شعاع التلاعب، ويمر من خلال منحرف صوتية البصرية (AOD) ويمكن تعديلها بشكل مستقل شعاع المعايرة باستخدام عدسات تلسكوبية. ومعاد ثم شعاعين باستخدام آخر PBS وركز على عينة من هدف NA عالية. في نفس الوقت، brightfield الإضاءة تستخدم لتعقب المكروية، ويمر من خلال عينة، هو الأشعة تحت الحمراء (IR) وتمت تصفيتها ثم تصويرها بواسطة كاميرات CCD اثنين، واحد من القياسات التي تأخذ في حين أن غيرها من الأعمال كجزء من التقييم نظام التحكم.

figure-protocol-3
الشكل 3 معايرة الوظيفة المحورية. لمعايرة موقف محوري، ونحن الحصول على صور من امتبائر حبة تمسك ساترة غرفة في مواقف مختلفة المحوري للمرحلة. حجم مايكروونوتعطى من قبل فيري المسافة بين مركزها وموقف كثافة الذروة عن حلقة مشرقة تشكلت حول صورة المكروية. وأقحم يعرض توزيع كثافة شعاعي الذي يعطي حجم حبة.

figure-protocol-4
الشكل 4 المبدأ الكامن وراء رسم خريطة المحتملة البصرية. لرسم القوة البصرية من الحزم التلاعب، يتم قياس الإزاحة المحورية أنه يدفع على المكروية محاصرين داخل شعاع المعايرة أقوى بكثير. يقع وسط المنطقة حيث الخطي هذا النزوح هو الحد الأقصى. يمكن أن تكون متكاملة قوة البصرية مقابل منحنى الوظيفة المحورية للعثور على إمكانية البصرية.

figure-protocol-5
يظهر الرقم ملحق بقوة 5 المنحنى. البيانات لبي بي 1298 بي بي العشوائية و 247 (أقحم) segmenامتدت طن من dsDNA بواسطة ملاقط بصرية المحوري. وتناسب نقاط البيانات لنموذج WLC معدلة من المعادلة. أسفرت 3 (خطوط متصلة) وأطوال استمرار فعالة من 34 نانومتر ونانومتر على التوالي 25 ل1298bp و247bp.

الوصول مقيد. يرجى تسجيل الدخول أو بدء فترة تجريبية لعرض هذا المحتوى.

المناقشة

$$\rightleftharpoonup{xx}$$ $$\longleftharp{xx}$$, $$\longrightharp{xx}$$,

ملاقط البصرية التقليدية تعتمد على التغذية المرتدة إما التناظرية أو الكمبيوتر التي تسيطر عليها لتطبيق قوة ثابتة على كائن سهل الانكسار. هذه النظم ملاحظات بالموقع يجدون صعوبة في أداء حيث ظل ظروف التغيرات المفاجئة في تمديد العينة يحدث، على سبيل المثال، من من البروتين ملزمة لDNA أو خطوة السريع للمحرك الجزيئية على طول خيوط. وقد تم مؤخرا طرق مختلفة لتطبيق السلبي المستمر القوات المتقدمة. أسلوب واحد من هذا القبيل، وتستخدم لحل خطوة من بوليميريز RNA في القرار basepair، والمشاركة العاملة في ا...

الوصول مقيد. يرجى تسجيل الدخول أو بدء فترة تجريبية لعرض هذا المحتوى.

الإفصاحات

$$\rightleftharpoonup{xx}$$ $$\longleftharp{xx}$$, $$\longrightharp{xx}$$,

الإعلان عن أي تضارب في المصالح.

شكر وتقدير

$$\rightleftharpoonup{xx}$$ $$\longleftharp{xx}$$, $$\longrightharp{xx}$$,

نشكر الدكتور Yih-مروحة تشن للمساعدة في ملاقط والبصرية والمحورية للمساهمة بعض بياناته تمتد إلى هذا المخطوط. وقد رعت هذا العمل عن طريق منحة NSF PHY-0957293 وFOCUS منحة PHY-0114336.

الوصول مقيد. يرجى تسجيل الدخول أو بدء فترة تجريبية لعرض هذا المحتوى.

المواد

قائمة المواد المستخدمة في هذه المقالة
الاسمالشركةرقم فهرسيالتعليقات
كاشف / معدات شركة كتالوج رقم تعليقات
الثاني: YVO4 الليزر أطياف الفيزياء T40-Z-106C
صوتية البصرية
منحرف 		IntraAction DTD-274HA6
المجهر الهدف OLYMPUS PlanApo 60X، NA 1.4
بيزو المرحلة جنون مدينة مختبرات نانو LP100 XYZ المرحلة
CCD كاميرا PixeLink PL-A741
Photodetector الكهربائية والبصريات
التكنولوجيا 		ET-3020
البوليسترين الخرز Spherotech SVP-08-10 800nm، streptavidin
مطلي
مكافحة digoxigenin روش 11333089001 من الأغنام
الاشعال MWG OPERON مخصص oligos واحد التمهيدي: البيوتين
الأخرى: digoxigenin
PCR الكواشف نيو إنجلاند
Biolabs 		طق بوليميريز،
dNTPs
ساترة فيشر العلمية
غيرها من المواد الكيميائية ل
العازلة 		فيشر العلمية

مواد تكميلية

A. معامل الاحتكاك هيدرودينامي

لتحديد معامل الاحتكاك الهيدروديناميكية من المكروية بالقرب من سطح يمكن للمرء استخدام 5،10 التوسع التالية:
figure-materials-1

حيث ح الاختزال التاليةكما تم إدخال:
figure-materials-2

يتم تعريف معامل الاحتكاك من حيث اللزوجة η السائل ونصف قطر الكرة المكروية، مع المركز المكروية في يقع على مسافة η فوق السطح. والجمع يتقاطع بشكل معقول عندما توسعت لحوالي عشرة شروط.

B. تأثير الوظيفة المحورية على معايرة تصلب

معايرة صلابة فخ المفاضلة بين ينطوي على دقة المعايرة، مما يزيد المسافة مع زيادة من السطح، وموقف الفعلي المحوري حيث يتم استخدام فخ تجريبيا. بشكل عام، يتم معايرة في فخ عند حوالي 800-1000 نانومتر من السطح، وهي نسبة أعلى من حالة التجريبية الفعلية.

C. التعديل دودة على غرار سلسلة (WLC) نموذج

يمكن تناسب منحنيات التمديد لقوة WLC م المعدلةodel التي تمثل آثار الإقصاء حجم القوة البصرية في صفر على النحو التالي:
figure-materials-3

حيث F هي القوة الأراضي الفلسطينية المحتلة البصرية، X س معلمة صالح لتمديد قوة الصفر، X الأراضي الفلسطينية المحتلة هو امتداد تحت قوة، l هو طول كفاف من DNA، ول * ع معلمة الثاني لصالح فعالة " ويرد "طول المثابرة. WLC F من طراز WLC المعتاد 11
figure-materials-4
حيث ε هو امتداد DNA النسبية.

المراجع

$$\rightleftharpoonup{xx}$$ $$\longleftharp{xx}$$, $$\longrightharp{xx}$$,
  1. Halford, S. E., Welsh, A. J., Szczelkun, M. D. Enzyme-mediated DNA looping. Annu. Rev. Biophys. Biomol. Struct. 33, 1-24 (2004).
  2. Allemand, J. F., Cocco, S., Douarche, N., Lia, G. Loops in DNA: an overview of experimental and theoretical approaches. Eur. Phys. J. E. Soft. Matter. 19, 293-302 (2006).
  3. Kaplan, N. The DNA-encoded nucleosome organization of a eukaryotic genome. Nature. 458, 362-366 (2009).
  4. Garcia, H. G. Biological Consequences of Tightly Bent DNA: The Other Life of a Macromolecular Celebrity. Biopolymers. 85, 115-130 (2006).
  5. Neuman, K. C., Block, S. M. Optical trapping. Rev. Sci. Instrum. 75, 2787-2809 (2004).
  6. Moffitt, J. R., Chemla, Y. R., Smith, S. B., Bustamante, C. Recent advances in optical tweezers. Annu. Rev. Biochem. 77, 205-228 (2008).
  7. Chen, Y. F., Blab, G. A., Meiners, J. C. Stretching submicron biomolecules with constant-force axial optical tweezers. Biophys. J. 96, 4701-4708 (2009).
  8. Chen, Y. F., Wilson, D. P., Raghunathan, K., Meiners, J. C. Entropic boundary effects on the elasticity of short DNA molecules. Phys. Rev. E. 80, 020903-020903 (2009).
  9. Tethered Particle Microscopy (TPM) Protocol. Meiners Lab. , University of Michigan. (2011).
  10. Brenner, H. The slow motion of a sphere through a viscous fluid towards a plane surface. Chem. Eng. Sci. 16, 242-251 (1961).
  11. Marko, J. F., Siggia, E. D. Stretching DNA. Macromolecules. 28, 8759-8770 (1995).
  12. Greenleaf, W. J., Block, S. M. Single-molecule, motion-based DNA sequencing using RNA polymerase. Science. 313, 801-801 (2006).
  13. Chen, Y. F., Milstein, J. N., Meiners, J. C. Protein-mediated DNA loop formation and breakdown in a fluctuating environment. Phys. Rev. Lett. 104, 258103-258103 (2010).
  14. Chen, Y. F., Milstein, J. N., Meiners, J. C. Femtonewton entropic forces can control the formation of protein-mediated DNA loops. Phys. Rev. Lett. 104, 048301-048301 (2010).
  15. Raghunathan, K., Milstein, J. N., Juliar, B., Blaty, J., Meiners, J. C. Sequence Dependent Effects on the Elasticity of Short DNA Molecules. , Forthcoming (2011).

الوصول مقيد. يرجى تسجيل الدخول أو بدء فترة تجريبية لعرض هذا المحتوى.

إعادة الطباعة والأذونات

طلب إذن لإعادة استخدام النص أو الأشكال في مقالة JoVE هذه

طلب إذن

الوسوم

DNA

مقالات ذات صلة