مقالة منهجية

استخدام MALDI-TOF الطيف الكتلي وقاعدة بيانات مخصصة لتوصيف البكتيريا الأصلية إلى فريد كهف البيئة (Kartchner الكهوف، AZ، ​​الولايات المتحدة الأمريكية)

DOI:

10.3791/52064

⸱

يناير 2, 2015

 ,  ,  , 
1School of Mathematical and Natural Sciences, Arizona State University, 2Applied Maths NV

في هذه المقالة

ملخص

$$\rightleftharpoonup{xx}$$ $$\longleftharp{xx}$$, $$\longrightharp{xx}$$,

يوضح هذا العمل إجراءات التعرف السريع على البكتيريا باستخدام MALDI-TOF MS. تشمل إجراءات تحديد الهوية الحصول على الطيف، وبناء قواعد البيانات، وتحليلات المتابعة. يتم تقديم طريقتين لتحديد الهوية ، المستندة إلى معامل التشابه والطرق القائمة على المؤشرات الحيوية.

الملخص

$$\rightleftharpoonup{xx}$$ $$\longleftharp{xx}$$, $$\longrightharp{xx}$$,

MALDI-TOF ثبت أن قياس الطيف الكتلي هو أداة سريعة وموثوقة لتحديد البكتيريا في الجنس والأنواع ، وفي بعض الحالات ، مستويات الإجهاد. وقد استحدثت أدوات برمجية متاحة تجاريا ومفتوحة المصدر لتيسير تحديد الهوية؛ ومع ذلك ، لم يتم وصف خط أنابيب تحليل البيانات العالمي / الموحد في الأدبيات. هنا ، نقدم عرضا شاملا ومفصلا لإجراءات تحديد البكتيريا باستخدام مطياف الكتلة MALDI-TOP. تم جمع الأطياف الكتلية من 15 بكتيريا متنوعة معزولة من كهوف كارتشنر ، أريزونا ، الولايات المتحدة الأمريكية ، وتم تحديدها بواسطة تسلسل 16S rDNA. تم إنشاء قواعد البيانات في BioNumerics 7.1. وأجريت تحليلات متابعة لأطياف الكتلة، بما في ذلك التحليلات العنقودية، ومطابقة الذروة، والتحليلات الإحصائية. تم تحديد الهوية باستخدام عينات مشفرة عمياء تم اختيارها عشوائيا من هذه البكتيريا ال 15. يتم تقديم طريقتين لتحديد الهوية: الطرق القائمة على معامل التشابه والطرق القائمة على المؤشرات الحيوية. تظهر النتائج أن كلتا طريقتي تحديد الهوية يمكنهما تحديد البكتيريا على مستوى الأنواع.

المقدمة

$$\rightleftharpoonup{xx}$$ $$\longleftharp{xx}$$, $$\longrightharp{xx}$$,
< p class = 'jove_content'> قياس الطيف الكتلي (MS) بمساعدة الامتصاص بالليزر / التأين (MALDI-TOF) ثبت أنه أداة سريعة وموثوقة لتحديد البكتيريا في الجنس والأنواع وفي بعض الحالات مستويات الإجهاد1-4. يؤين MALDI-TOF MS الجزيئات البيولوجية (عادة البروتينات) التي تنشأ من أسطح الخلايا والأغشية داخل الخلايا والريبوسومات من الخلايا الكاملة البكتيرية أو مستخلصات البروتين1،5. تشكل القمم الناتجة أنماطا مميزة أو "بصمات" للبكتيريا التي تمتحليلها 1. يعتمد تحديد البكتيريا على "بصمات الأصابع" هذه من الكتلة إلى الشحن.

اثنتان من أكثر استراتيجيات تحديد الهوية شيوعا هما الاستراتيجيات القائمة على المكتبات والمعلوماتيةالحيوية 1. تتضمن الأساليب القائمة على المكتبات مقارنة الأطياف الكتلية للمجهول بأطياف الكتلة التي تم جمعها مسبقا للبكتيريا المعروفة في قواعد البيانات / المكتبات لتحديد الهوية. تتوفر البرامج المتاحة تجاريا ، مثل حزم برامج BioNumerics و Biotyper و SARAMIS ، بالإضافة إلى أدوات البرامج مفتوحة المصدر ، مثل SpectraBank6 ، لتسهيل المقارنة والقياس الكمي للتشابه بين الأطياف الكتلية للجهول والبكتيريا المرجعية. عادة ما تعتمد الأساليب القائمة على المعلوماتية الحيوية على جينومات البكتيريا المتسلسلة بالكامل لتحديد الهوية. على عكس الأساليب القائمة على المكتبات التي لا تتضمن تحديد الطبيعة البيولوجية لقمم معينة ، تتضمن الأساليب القائمة على المعلوماتية الحيوية تحديد البروتين1.

استخدمت غالبية الدراسات الحديثة القائمة على بصمات الأصابع في MALDI مناهج قائمة على المكتبة لتحديد البكتيريا1. تتطلب الأساليب القائمة على المكتبة بناء قواعد البيانات ومقارنة التشابه بين الأطياف الكتلية. تشير الدراسات إلى أن العديد من الإجراءات التجريبية ، مثل المتوسط3،7 ، ووقت الزراعة8 ، وطريقة تحضير العينة3 ، والمصفوفة المستخدمة9 ، تؤثر على أطياف الكتلة التي تم الحصول عليها. علاوة على ذلك ، تولد بعض الأنواع والسلالات وثيقة الصلة أطياف مع اختلافات طفيفة فقط. وبالتالي ، تتطلب الأساليب القائمة على المكتبة إجراءات موحدة بدقة لتوليد أطياف كتلية قابلة للتكرار بدرجة عالية بين التكرارات. قد تضر الاختلافات الطفيفة في البروتوكولات بفعالية تحديد الهوية ، خاصة في مستويات الأنواع الفرعية والسلالة1،3،10. ومع ذلك ، لا تتضمن قواعد البيانات المرجعية المقدمة من الصانع ولا قواعد البيانات المخصصة المبلغ عنها إجراءات موثقة بصريا لإنشاء قاعدة البيانات و / أو تطبيق خط أنابيب تحليل البيانات. لهذا السبب ، كان الهدف من هذا العمل هو تطوير وتطبيق وإظهار إجراء شامل ومفصل لتحديد البكتيريا المستندة إلى المكتبة باستخدام MALDI-TOF MS.

في هذا العرض التوضيحي ، تم جمع أطياف كتلة من 15 بكتيريا معزولة من بيئة كارستية (Kartchner Cavern ، AZ ، الولايات المتحدة الأمريكية) واستيرادها إلى برنامج لإنشاء قاعدة بيانات نموذجية. تم تفصيل معالجة البيانات وخط أنابيب التحليل باستخدام قاعدة بيانات النموذج. أخيرا ، تم جمع الأطياف الكتلية للبكتيريا المشفرة العمياء والتي تم اختيارها عشوائيا من هذه البكتيريا ال 15 مرة أخرى ومقارنتها بالأطياف المرجعية في قاعدة بيانات النموذج لتحديد الهوية. تظهر النتائج أنه يمكن تحديد البكتيريا بشكل صحيح إما بناء على معاملات التشابه أو المؤشرات الحيوية المحتملة / فئات الذروة.

الوصول مقيد. يرجى تسجيل الدخول أو بدء فترة تجريبية لعرض هذا المحتوى.

البروتوكول

$$\rightleftharpoonup{xx}$$ $$\longleftharp{xx}$$, $$\longrightharp{xx}$$,

الحذر: بكتيريا مجهولة الهوية من أي بيئة قد تكون المسببة للأمراض ويجب التعامل معها بحذر باستخدام بروتوكولات المناسبة للسلامة الأحيائية. يجب إجراء عمل مع الثقافات الحية في مجلس الوزراء من الدرجة الثانية للسلامة الأحيائية باستخدام السلامة البيولوجية المستوى 2 (BSL-2) الإجراءات. مزيد من المعلومات حول 2 BSL-إجراءات متاحة في بعنوان دليل CDC / NIH، "السلامة الأحيائية في الميكروبيولوجية الطبية الحيوية والمختبرات،" صفحات 33-38. والوثيقة متاحة على الانترنت في http://www.cdc.gov/biosafety/publications/bmbl5/BMBL.pdf . معدات الحماية الشخصية المناسبة (PPE)، بما في ذلك المختبر المعاطف / العباءات، ونظارات السلامة، والنتريل قفازات اللاتكس أو، يجب أن ترتديه. يجب اتباع الممارسات والاحتياطات القياسية الميكروبيولوجية، ويجب التخلص من النفايات biohazardous بشكل مناسب.

تم عزل البكتيريا المستخدمة في هذه التظاهرة من Kartchner الكهوف،AZ، الولايات المتحدة الأمريكية، من أربع بيئات، بما في ذلك speleothem تجف، حجر التدفق، speleothem رطبة وبالتنقيط الهوابط (الجدول 1). تم تحديد جميع العزلات التي كتبها 16S rDNA التسلسل والاحتفاظ بها في -80 درجة مئوية في 25٪ الجلسرين-R 2 B المتوسطة. تم الانتهاء من جميع التجارب في RT.

ملاحظة: نوصي باستخدام نفس العينة طريقة التحضير للحصول على الأطياف الشامل لبناء قاعدة البيانات والأطياف الشامل من المجاهيل. وقد تبين طريقة تحضير عينات سبق أن تؤثر على نوعية الطيف واستنساخ 3. باستخدام طريقة مختلفة وإعداد العينات قد يسبب تحديد غير صحيح من المجاهيل، القرار التصنيفية وخصوصا عندما العالي (على سبيل المثال، على مستوى السلالة) هو المطلوب.

1. ترسب على MALDI الهدف

الحذر: عدة بروتوكولات للحصول على مستخلصات البروتين تتطلب استخدام الأحماض والمذيبات العضوية التي يجب أن تستخدم وفقا ارشدelines والمعلومات الواردة في ورقة بيانات سلامة المواد الخاصة بكل منها (MSDS). المناسبة PPE يجب أن ترتديه وسوف تختلف بناء على نوع وحجم المواد الكيميائية المستخدمة (على سبيل المثال، والمعاطف مختبر / العباءات، والقفازات، ونظارات السلامة، وحماية الجهاز التنفسي يجب أن تستخدم عند التعامل مع كميات كبيرة من السامة، والمذيبات القابلة للاشتعال، مثل الأسيتونتريل، والأحماض تآكل، مثل الأحماض الفورميك وtrifluoroacetic).

  1. إيداع 1 ميكرولتر استخراج البروتين لا تحتوي على خلايا قابلة للحياة (تم الحصول عليها باستخدام المناسبة والبروتوكولات التي سبق وصفها 11-13) على الفولاذ المقاوم للصدأ لوحة الهدف MALDI واتركه حتى يجف. تراكب استخراج البروتين المجفف مع 1 ميكرولتر حل مصفوفة (α-cyano-4-هيدروكسي-السيناميك حل حامض)، واتركه حتى يجف.
  2. لكل تكرار البيولوجي، بقعة عدد مناسب من مكررات الفنية (5 إلى 20 مكررات الفنية). هنا، بقعة 10 مكررات الفنية لكل تكرار البيولوجي و3 مكررات البيولوجية ثيحرث إعدادها.
    ملاحظة: نوصي باستخدام مصقول MALDI وحة الهدف الصلب عند استخدام استخراج البروتين طريقة تحضير العينة. باستخدام لوحات الهدف الصلب الأرض قد يسبب انتشار وخلط غير مقصود من عينات مختلفة خارج الآبار عينة الفردية.
  3. إيداع 1 ميكرولتر مستوى calibrant على لوحة الهدف واتركه حتى يجف. تراكب مع 1 ميكرولتر حل المصفوفة واتركه حتى يجف.
  4. إيداع 2 ميكرولتر حل مصفوفة على لوحة الهدف كعنصر تحكم السلبية.

2. قداس الأطياف اكتساب

  1. استخدام مطياف الكتلة MALDI-TOF مجهزة ليزر النيتروجين (λ = 337 نانومتر) وتشغيلها باستخدام البرمجيات بروكر FlexControl.
  2. جمع كل الطيف الشامل في الوضع الخطي الإيجابية التي كتبها تراكم 500 طلقات الليزر في 100 الزيادات النار. تعيين الجهد مصدر أيون 1 إلى 20 كيلو فولت. مصدر أيون 2 الجهد إلى 18.15 كيلو فولت. والجهد العدسة إلى 9.05 كيلو فولت. لاحظ أن هذه الثوابت هي صك SPECIالمرورية وقد تتطلب التعديل على الصكوك الأخرى للحصول على أفضل النتائج.
  3. تعيين نطاق الكتلة إلى تهمة لتقييم الطيف الآلي من 2 إلى 20 كيلو دالتون لكل تهمة. استخدام خوارزمية الكشف الذروة النقطه الوسطى. تعيين دقة عتبة الحد الأدنى عند 100 دا. تعيين إشارة إلى نسبة الضوضاء (S: N) العتبة 2. تعيين عتبة كثافة الحد الأدنى عند 100.

البناء 3. قاعدة البيانات

  1. تصميم قاعدة البيانات
    1. إنشاء قاعدة بيانات جديدة في BioNumerics 7.1 باستخدام "معالج قاعدة بيانات جديد".
    2. إنشاء نوع التجربة الطيف، على سبيل المثال، MALDI، وذلك باستخدام الأوامر في "أنواع تجربة" لوحة.
    3. خلق مستويات استخدام "قاعدة بيانات لوحة تصميم". إضافة مستويات جديدة باستخدام "مستوى> إضافة مستوى جديد ..." الأمر في القائمة "قاعدة بيانات". هنا، خلق "الأنواع" مستوى، مستوى "تكرار البيولوجي" "و" تكرار الفني "مستوى، respectivاعل.
  2. استيراد وتجهيزها الخام أطياف الكتلة
    1. تصدير الأطياف كتلة الخام كما ملفات .txt باستخدام FlexAnalysis بالضغط على "تصدير> الطيف الشامل" الأوامر في القائمة "ملف".
    2. استيراد أطياف الكتلة الخام (ملفات .txt) في قاعدة البيانات في مستوى مكررات التقنية.
    3. Preprocess أطياف الكتلة الخام.
      1. استيراد وإعادة تشكيله (باستخدام خوارزمية المناسب من الدرجة الثانية).
      2. إجراء الطرح الأساس (مع قرص المتداول مع حجم 50 نقطة).
      3. حساب الضوضاء [المستمر المويجات تحول (CWT)]، على نحو سلس (كايزر النافذة مع حجم إطار 20 نقطة وبيتا من 10 نقطة)، وإجراء الطرح خط الأساس الثاني (المتداول القرص مع حجم 200 نقطة).
      4. كشف قمم [CWT مع الحد الأدنى من إشارة إلى نسبة الضوضاء (S: N) من 10].
    4. بعد تجهيزها، وتوفير أنماط مميزة من كل الطيف الشامل، مثل قوائم الذروة التي تحتوي الذروةالأحجام، وشدة الذروة، S: N، وما إلى ذلك، في قاعدة البيانات.
  3. خلق مركب أطياف الكتلة
    1. خلق أطياف مركب من أطياف preprocessed باستخدام "لخص ..." الأمر في القائمة "تحليل". اختيار "تكرار البيولوجي" كما المستوى المستهدف.
    2. هنا، والجمع بين أطياف الشامل من 10 مكررات الفنية من نفس المستعمرة أن تسفر عن الطيف الكتلي مركب لتلك المستعمرة، مما أدى إلى ثلاثة أطياف الكتلة مركب لأنه وجد عزلة على مستوى "تكرار البيولوجي".
    3. هنا، تلخيص أطياف مركب من ثلاثة إلى إنشاء واحدة الطيف مركب لذلك عزل على مستوى "الأنواع".
      ملاحظة: الطيف المركب هو متوسط ​​نقطة بنقطة من مكررات التقنية. يعيد مع تشابه (ارتباط بيرسون) لمتوسط ​​أقل من 95٪ (الإعداد الافتراضي) مستثناة من مركب. ويطلق على قمم على أطياف مركب فقط إذا كانت موجودة في 75٪ (الإعداد الافتراضي) من مكررات المدرجة. لمكررات البيولوجية، كانت هذه الإعدادات 90 و 60٪ على التوالي.

4. تحليل قداس الطيف البيانات

  1. حدد الإدخالات في قاعدة البيانات وإنشاء مقارنة بالضغط على "إنشاء المقارنة الجديدة" القيادة في "مقارنات" لوحة.
  2. هنا، استخدم أطياف الشامل في "تكرار الفني" و / أو مستويات "تكرار البيولوجي" لإظهار المقارنات والتحليلات.
  3. التحليل العنقودي القائم على التشابه والقياس متعدد الأبعاد (MDS)
    1. إنشاء مجموعات مع الألوان. حدد البيولوجي أطياف الكتلة مركب ثلاثة وانقر على "إنشاء مجموعة جديدة من اختيار" الأمر في القائمة "المجموعات" لإنشاء مجموعة لعزل المقابل. تعيين اللون المستخدم تلقائيا لهذه الأطياف الشامل الثلاثة.
    2. بدلا من ذلك، وتحديد ولايات الميدان مع الألوان المقابلة باستخدام الأوامر في "إدخالات قاعدة بيانات "لوحة مثل أن أي تجمع على أساس هذا المجال المحدد يستخدم نفس اللون محددة لهذه المجموعة.
    3. أداء التحليل العنقودي. انقر على "حساب التحليل العنقودي" الأمر في القائمة "تجميع". على مقارنة إعدادات صفحة 1، حدد "ارتباط بيرسون"، وترك غيرها من المعالم كما الافتراضي. في الصفحة 2، حدد "UPGMA". ثم انقر فوق "إنهاء".
    4. الحصول على مؤامرة MDS باستخدام "التحجيم متعدد الأبعاد ..." الأمر في القائمة "الإحصاء".
  4. مطابقة الذروة
    1. انقر على نوع الطيف "MALDI" في "تجارب" لوحة. ثم حدد "تخطيط> مشاهدة الصورة". وتظهر الأطياف كما العصابات هلام.
    2. أداء مطابقة ذروة باستخدام "هل مطابقة ذروة" الأمر في القائمة "الأطياف".
  5. تحديد الطبقات الذروة
    1. لتحليل المكون الرئيسي (PCA). تسليط الضوء على "MALDI "نوع التجربة في" التجريبية "لوحة واستخدام" تحليل مكونات الرئيسية ... "القيادة في" القائمة الإحصائية "لتنفيذ PCA.
    2. أداء اتجاهين المجموعات. انقر على "الاحصائيات> التعدين ماتريكس" ... في "مقارنة" نافذة. شدة القمم تتناسب مع الطبقات الذروة يتم تمثيل ألوان مختلفة (خريطة الحرارة).

5. تحديد البكتيريا مع قاعدة البيانات المخصصة

  1. تشابه طريقة المستندة إلى معامل
    1. إنشاء المقارنة وتوليد dendrogram على أساس أطياف الشامل على مستوى "تكرار الفني" كما هو موضح في الخطوة 4.3.3. حفظ dendrogram للمقارنة التشابه.
    2. تحديد الطيف الكتلي غير معروف، وانقر على "تحليل> تحديد الإدخالات المحددة". يظهر مربع الحوار تحديد الهوية.
    3. حدد "مقارنة على أساس" نوع المصنف (أو classif المخزنةهيئة الإنصاف والمصالحة) وانقر على "التالي". في الصفحة التالية، اختر dendrogram حفظها وعلى سبيل المقارنة المرجعية ومن ثم انقر فوق "التالي".
    4. اختيار "التشابه الأساسي" كطريقة تحديد ثم انقر فوق "التالي".
    5. اختيار "التشابه الأقصى"، كما طريقة التهديف. اكتب في قيم حدية مناسبة والقيم الفرق الحد الأدنى لكل معلمة ومن ثم انقر فوق "التالي".
    6. وبمجرد الانتهاء من الحسابات، يظهر إطار تحديد الهوية. في "نتائج" لوحة، يتم سرد أعضاء من قاعدة البيانات التي تطابق أفضل المجهول.
    7. حفظ المشروع تحديد والتحقق من صحة الاستدلال باستخدام "عبر التحقق من صحة التحليل" القيادة في لوحة "مشروع تحديد".
  2. محتمل طريقة القائم على العلامات البيولوجية
    1. تحديد فئات الذروة. في الإطار "مصفوفة تعدين"، حدد مجموعات من قمم تقاسم الخصائص المشتركة وتحديد هذه القمم كما SPECIدروس المرورية الذروة (المؤشرات الحيوية المحتملة) باستخدام "أطياف> إدارة أنواع الطبقة الذروة ..." في "نافذة مقارنة".
    2. هنا، وتحديد الطبقات الذروة محددة لعزل لجميع العزلات 15 لكل منهما.
    3. حدد أطياف الشامل من المجاهيل وتطابق قمم هذه الأطياف إلى الطبقات الذروة محددة كما هو موضح سابقا.

الوصول مقيد. يرجى تسجيل الدخول أو بدء فترة تجريبية لعرض هذا المحتوى.

النتائج

$$\rightleftharpoonup{xx}$$ $$\longleftharp{xx}$$, $$\longrightharp{xx}$$,

قواعد البيانات التي شيدت في هذه المظاهرة كان أربعة مستويات، من أعلى إلى أدنى مستوى، بما في ذلك "جميع المستويات"، "الأنواع"، "تكرار البيولوجي" و "تكرار الفني"، على التوالي (الشكل 1A). وتضمن مستوى "التقني تكرار" جميع أطياف preprocessed من مكررات التقنية. و"تكرار البيولوجي" والمستويات "الأنواع" احتواء مركب (ملخص) الأطياف. "جميع المستويات" احتوت على جميع الأطياف تكرار الفني وكذلك جميع أطياف مركب.

وتر...

الوصول مقيد. يرجى تسجيل الدخول أو بدء فترة تجريبية لعرض هذا المحتوى.

المناقشة

$$\rightleftharpoonup{xx}$$ $$\longleftharp{xx}$$, $$\longrightharp{xx}$$,

وأظهرت هذه التظاهرة الإجراءات التفصيلية لتوصيف وتحديد البكتيريا باستخدام MALDI-TOF MS وقاعدة بيانات مخصصة. وبالمقارنة مع الأساليب الجزيئية التقليدية، على سبيل المثال، طرق بصمة 16S rDNA التسلسل، يستند إلى MS-MALDI-TOF تسهيل التعرف أكثر سرعة من البكتيريا متنوعة. بسبب قوة لها، ويستخدم على نطاق واسع هذه التقنية لتحديد خصائص البكتيريا والفيروسات والفطريات والخمائر من البيئة والمرافق الصحية 1،14-16. وعلاوة على ذلك، تم الإبلاغ عن MALDI-TOF MS على تحمل، في بعض الحالات، دقة أعلى...

الوصول مقيد. يرجى تسجيل الدخول أو بدء فترة تجريبية لعرض هذا المحتوى.

الإفصاحات

$$\rightleftharpoonup{xx}$$ $$\longleftharp{xx}$$, $$\longrightharp{xx}$$,

المؤلفان Vranckx و Janssens هم موظفون في Applied Maths NV ، الشركة المصنعة لبرامج تحليل البيانات المستخدمة في هذا الفيديو. قدمت Applied Maths NV وحدات برمجية مختارة تم تمييزها في هذا الفيديو بالإضافة إلى جزء من تكاليف النشر المرتبطة بهذا الفيديو.

شكر وتقدير

$$\rightleftharpoonup{xx}$$ $$\longleftharp{xx}$$, $$\longrightharp{xx}$$,

تم دعم هذا العمل من قبل الكلية الجديدة للفنون والعلوم متعددة التخصصات في جامعة ولاية أريزونا ، الرياضيات التطبيقية NV ، والمؤسسة الوطنية للعلوم (ملحق ROA للجائزة رقم. MCB0604300). أي آراء أو نتائج أو استنتاجات أو توصيات يتم التعبير عنها في هذه المادة هي آراء المؤلف (المؤلفين) ولا تعكس بالضرورة وجهات نظر المؤسسة الوطنية للعلوم.

الوصول مقيد. يرجى تسجيل الدخول أو بدء فترة تجريبية لعرض هذا المحتوى.

المواد

قائمة المواد المستخدمة في هذه المقالة
الاسمالشركةرقم فهرسيالتعليقات
α-cyano-4-hydroxy-cinnamicacid ACROS Organics163440050≥ 97٪ ، CAS 28168-41-8
برنامج Bruker FlexControlBruker Daltonicsالإصدار 3.0
برنامج Bruker FlexAnalysisBruker Daltonicsالإصدار 3.0
برنامج Bionumericsالرياضياتالتطبيقية الإصدار 7.1

المراجع

$$\rightleftharpoonup{xx}$$ $$\longleftharp{xx}$$, $$\longrightharp{xx}$$,
  1. Sandrin, T. R., Goldstein, J. E., Schumaker, S. MALDI TOF MS profiling of bacteria at the strain level: A review. Mass Spectrom Rev. 32 (3), 188-217 (2013).
  2. Siegrist, T. J., et al. Discrimination and characterization of environmental strains of Escherichia coli by matrix-assisted laser desorption/ionization time-of-flight mass spectrometry (MALDI-TOF-MS). J Microbiol Meth. 68 (3), 554-562 (2007).
  3. Goldstein, J. E., Zhang, L., Borror, C. M., Rago, J. V., Sandrin, T. R. Culture conditions and sample preparation methods affect spectrum quality and reproducibility during profiling of Staphylococcus aureus with matrix-assisted laser desorption/ionization time-of-flight mass spectrometry. Lett Appl Microbiol. 57 (2), 144-150 (2013).
  4. Benagli, C., et al. A rapid MALDI-TOF MS identification database at genospecies level for clinical and environmental Aeromonas strains. Plos One. 7 (10), (2012).
  5. Sauer, S., Kliem, M. Mass spectrometry tools for the classification and identification of bacteria. Nat Rev Microbiol. 8 (1), 74-82 (2010).
  6. Bohme, K., et al. SpectraBank: An open access tool for rapid microbial identification by MALDI-TOF MS fingerprinting. Electrophoresis. 33 (14), 2138-2142 (2012).
  7. Walker, J., Fox, A. J., Edwards-Jones, V., Gordon, D. B. Intact cell mass spectrometry (ICMS) used to type methicillin-resistant Staphylococcus aureus: media effects and inter-laboratory reproducibility. J Microbiol Meth. 48 (2-3), 117-126 (2002).
  8. Ruelle, V., El Moualij, B., Zorzi, W., Ledent, P., De Pauw, E. Rapid identification of environmental bacterial strains by matrix-assisted laser desorption/ionization time-of-flight mass spectrometry. Rapid Commun Mass Sp. 18 (18), 2013-2019 (2004).
  9. Sedo, O., Sedlacek, I., Zdrahal, Z. Sample Preparation Methods for Maldi-MS Profiling of Bacteria. Mass Spectrom Rev. 30 (3), 417-434 (2011).
  10. Swatkoski, S., Russell, S., Edwards, N., Fenselau, C. Analysis of a model virus using residue-specific chemical cleavage and MALDI-TOF mass spectrometry. Anal Chem. 79 (2), 654-658 (2007).
  11. Freiwald, A., Sauer, S. Phylogenetic classification and identification of bacteria by mass spectrometry. Nat Protoc. 4 (5), 732-742 (2009).
  12. Drevinek, M., Dresler, J., Klimentova, J., Pisa, L., Hubalek, M. Evaluation of sample preparation methods for MALDI-TOF MS identification of highly dangerous bacteria. Lett Appl Microbiol. 55 (1), 40-46 (2012).
  13. Lasch, P., et al. MALDI-TOF mass spectrometry compatible inactivation method for highly pathogenic microbial cells and spores. Anal Chem. 80 (6), 2026-2034 (2008).
  14. Usbeck, J. C., Kern, C. C., Vogel, R. F., Behr, J. Optimization of experimental and modelling parameters for the differentiation of beverage spoiling yeasts by Matrix-Assisted-Laser-Desorption/Ionization Time-of-Flight Mass Spectrometry (MALDI-TOF MS) in response to varying growth conditions. Food Microbiol. 36 (2), 379-387 (2013).
  15. Del Chierico, F., et al. MALDI-TOF MS proteomic phenotyping of filamentous and other fungi from clinical origin. J Proteomics. 75 (11), 3314-3330 (2012).
  16. Vitale, R., Roine, E., Bamford, D. H., Corcelli, A. Lipid fingerprints of intact viruses by MALDI-TOF/mass spectrometry. Bba-Mol Cell Biol L. 1831 (4), 872-879 (2013).
  17. Zhang, L., Borror, C. M., Sandrin, T. R. A designed experiments approach to optimization of automated data acquisition during characterization of bacteria with MALDI-TOF mass spectrometry. Plos One. 9 (3), (2014).
  18. Christner, M., Rohde, H., Wolters, M., Sobottka, I., Wegscheider, K., Aepfelbacher, M. Rapid identification of bacteria from positive blood culture bottles by use of matrix-assisted laser desorption-ionization time of flight mass spectrometry fingerprinting. J ClinMicrobiol. 48 (5), 1584-1591 (2010).

الوصول مقيد. يرجى تسجيل الدخول أو بدء فترة تجريبية لعرض هذا المحتوى.

إعادة الطباعة والأذونات

طلب إذن لإعادة استخدام النص أو الأشكال في مقالة JoVE هذه

طلب إذن

الوسوم

BioNumerics 7 1

مقالات ذات صلة