مقالة منهجية

تحديد مواقع التفاعل البروتين البروتين عن طريق الببتيد صفائف

DOI:

10.3791/52097

⸱

نوفمبر 18, 2014

 ,  , 
1Institute of Chemistry, The Hebrew University of Jerusalem

في هذه المقالة

ملخص

$$\rightleftharpoonup{xx}$$ $$\longleftharp{xx}$$, $$\longrightharp{xx}$$,

فحص مصفوفة الببتيد هو اختبار عالي الإنتاجية لتحديد مواقع تفاعل البروتين والبروتين. يسمح ذلك برسم خرائط للتفاعلات المتعددة للبروتين المستهدف ويمكن أن يكون بمثابة طريقة لتحديد مواقع المثبطات التي تستهدف البروتين. نصف هنا بروتوكولا لفحص وتحليل مصفوفات الببتيد.

الملخص

$$\rightleftharpoonup{xx}$$ $$\longleftharp{xx}$$, $$\longrightharp{xx}$$,

البروتين البروتين التفاعلات توسط معظم العمليات في الخلية والسيطرة التوازن الحية للكائن الحي. تفاعلات البروتين ضعف قد يؤدي إلى المرض، مما يجعل تفاعلات البروتين أهداف هامة المخدرات. وبالتالي فمن المهم جدا لفهم هذه التفاعلات على المستوى الجزيئي. يتم دراسة التفاعلات البروتينية باستخدام مجموعة متنوعة من التقنيات التي تتراوح بين المقايسات الخلوية والكيموحيوية لفحوصات الفيزيائية الحيوية الكمية، وهذه يمكن أن يؤديها إما مع البروتينات كامل طول، مع مجالات البروتين أو مع الببتيدات. الببتيدات تخدم أدوات ممتازة لدراسة تفاعلات البروتين منذ الببتيدات يمكن تصنيعه بسهولة والسماح للتركيز على مواقع التفاعل محددة. صفائف الببتيد تمكن من تحديد مواقع التفاعل بين اثنين من البروتينات وكذلك الكشف عن الببتيدات التي تربط البروتين المستهدف لأغراض علاجية. أنها تسمح أيضا إنتاجية عالية دراسات ريال. لتحديد مواقع الربط، وtypiكال الببتيد عادة يحتوي على مجموعة متداخلة جزئيا 10-20 بقايا الببتيدات المستمدة من سلاسل كاملة من واحد أو أكثر من البروتينات شريك من البروتين الهدف المنشود. فحص مجموعة للربط البروتين المستهدف يكشف عن الببتيدات ملزمة، المقابلة لمواقع الربط في البروتينات شريك، في وسيلة سهلة وسريعة فقط باستخدام كمية صغيرة من البروتين.

في هذه المقالة وصفنا بروتوكولا لفحص صفائف الببتيد لرسم خرائط مواقع التفاعل بين البروتين المستهدفة وشركائها. تم تصميم مجموعة الببتيد على أساس تسلسل البروتينات شريك مع مراعاة الهياكل الثانوية الخاصة بهم. كانت المصفوفات المستخدمة في هذا البروتوكول صفائف Celluspots بواسطة INTAVIS الآلات Bioanalytical إعدادها. تم حظر مجموعة لمنع غير محددة ملزمة ثم حضنت مع البروتين دراستها. الكشف باستخدام الأجسام المضادة يكشف الببتيدات ملزم المقابلة لمواقع محددة تفاعل بين البروتينات.

المقدمة

$$\rightleftharpoonup{xx}$$ $$\longleftharp{xx}$$, $$\longrightharp{xx}$$,

البروتين البروتين التفاعلات توسط معظم العمليات في الخلية الحية. تفاعلات البروتين ضعف قد يؤدي إلى المرض، مما يجعل تفاعلات البروتين أهداف هامة المخدرات. وبالتالي فمن المهم جدا لفهم هذه التفاعلات على المستوى الجزيئي. يتم دراسة التفاعلات البروتينية باستخدام مجموعة متنوعة من التقنيات التي تتراوح بين المقايسات الخلوية والكيموحيوية لفحوصات الفيزيائية الحيوية الكمية، وهذه يمكن أن يؤديها إما مع البروتينات كامل طول، مع مجالات البروتين أو مع الببتيدات. الببتيدات تخدم أدوات ممتازة لدراسة تفاعلات البروتين. هذا لأن الببتيدات يمكن توليفها بسهولة وتسمح بالتركيز على موقع التفاعل معين من جهة، وعلى أهداف متعددة في البروتين بطريقة إنتاجية عالية عل....

الوصول مقيد. يرجى تسجيل الدخول أو بدء فترة تجريبية لعرض هذا المحتوى.

البروتوكول

$$\rightleftharpoonup{xx}$$ $$\longleftharp{xx}$$, $$\longrightharp{xx}$$,

1. تصميم صفيف الببتيد

  1. تقسيم تسلسل البروتين المستهدف في متداخلة جزئيا 10-20 بقايا الببتيدات. تختلف كمية التداخل على تجربة محددة وموارد مختبر الأداء، ولكن من حيث المبدأ يعد التداخل كان ذلك أفضل. عند تصميم الببتيدات تأخذ بعين الاعتبار العناصر المعروفة هيكل الثانوي في البروتين يمكن أن يكون مسؤولا عن التفاعل.
  2. تأمر مجموعة الببتيد مصممة من خلال الباعة التجارية. هنا، الببتيدات استخدام تساهميا منضمة إلى مجموعة من خلال C-المحطة.

الوصول مقيد. يرجى تسجيل الدخول أو بدء فترة تجريبية لعرض هذا المحتوى.

النتائج

$$\rightleftharpoonup{xx}$$ $$\longleftharp{xx}$$, $$\longrightharp{xx}$$,

STIL هو بروتين centrosomal مهم للغاية. التي تسيطر عليها الانقسام الخلوي العادي وانتشار الخلايا 13،15 - 19. STIL يتفاعل مع العديد من البروتينات 18،20،21، ومعظم التفاعلات تحدث خلال دورها المركزي، وهي المنطقة المختلين جوهريا (IDR) 14. قمنا بتصميم مجموعة مكونة من الببتيدات المشتقة من STIL بروتين ملزمة CHFR. CHFR هو القامع الورم التي يسببها ردا على الإنقسامية الإجهاد 22. منذ كان هيكل المجال STIL ربط CHFR غير معروف في ذلك الوقت، قسمنا المجال ا.......

الوصول مقيد. يرجى تسجيل الدخول أو بدء فترة تجريبية لعرض هذا المحتوى.

المناقشة

$$\rightleftharpoonup{xx}$$ $$\longleftharp{xx}$$, $$\longrightharp{xx}$$,

الببتيد فحص مجموعة هو أداة ممتازة لتحديد مواقع الربط من البروتين المستهدف في شركائها. هذا الاختبار هو سريعة وسهلة لأداء ويمكن الحصول على النتائج في واحد أو يومين عمل. الببتيد فحص مجموعة هي متعددة ويمكن استخدامها لأغراض كثيرة. أنها يمكن أن تستخدم لوصف تعديلات ما بعد الترجمة مثل الفسفرة وتحديد ركائز من تحركات. على سبيل المثال: كيناز FLT3، الذي يرتبط الحادة سرطان الدم النخاعي، phosphorylates صور التي تحتوي على الببتيدات الركيزة التي عثرت عليها مجموعة الببتيد فحص 6. تم اختب.......

الوصول مقيد. يرجى تسجيل الدخول أو بدء فترة تجريبية لعرض هذا المحتوى.

الإفصاحات

$$\rightleftharpoonup{xx}$$ $$\longleftharp{xx}$$, $$\longrightharp{xx}$$,

ليس لدى المؤلفين ما يكشفون عنه.

شكر وتقدير

$$\rightleftharpoonup{xx}$$ $$\longleftharp{xx}$$, $$\longrightharp{xx}$$,

يتم دعم وأيد AF بمنحة بدءا من مجلس البحوث الأوروبي في إطار البرنامج الإطاري السابع للجماعة الأوروبية (FP7 / 2007-2013) / اتفاق ERC غرانت N ° 203413 ومركز منيرفا لبيو الهجين systems.HA معقدة ومنظمة العفو الدولية بواسطة داليا ودان رشاف الزمالة لطلاب درجة متقدمة في الجامعة العبرية في القدس.

....

الوصول مقيد. يرجى تسجيل الدخول أو بدء فترة تجريبية لعرض هذا المحتوى.

المواد

قائمة المواد المستخدمة في هذه المقالة
الاسمالشركةرقم فهرسيالتعليقات
مجموعة الببتيدINTAVIS أدوات
الحيوي الجسم المضاد للمسبار (H-3) HRPسانتا كروز التكنولوجيا الحيويةsc-8036 HRP
EZ-ECL KITالصناعات البيولوجية20-500-120
Scan MilkBecton و Dickinson and Company232100
LAS-3000 camera فوجي
التحليلفيلم

المراجع

$$\rightleftharpoonup{xx}$$ $$\longleftharp{xx}$$, $$\longrightharp{xx}$$,
  1. Benyamini, H., Friedler, A. Using peptides to study protein–protein interactions. Future Medicinal Chemistry. 2 (6), 989-1003 (2010).
  2. Geysen, H. M., Wagner, C. D. Isotope or mass encoding of combinatorial libraries. Chemistry & Biology. 3 (8), 679-688 (....

الوصول مقيد. يرجى تسجيل الدخول أو بدء فترة تجريبية لعرض هذا المحتوى.

إعادة الطباعة والأذونات

طلب إذن لإعادة استخدام النص أو الأشكال في مقالة JoVE هذه

طلب إذن

الوسوم

CHFR Still

مقالات ذات صلة